3HDFA

Crystal structure of truncated endolysin r21 from phage 21
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
DGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETMRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREICLWGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Regulation of a muralytic enzyme by dynamic membrane topology.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage p21
total genus 45
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hdfA00
171LA 4EPIA 1L77A 104LA 2O7AA 1G0JA 1L22A 1L95A 3GULA 1CV6A 4ARMA 4PJZA 261LA 1L07A 1C6JA 3HWLA 1L26A 4I7MA 3HTFA 1L10A 113LA 1QSQA 2RH1A 243LA 1QT8A 144LA 1KW7A 2LZMA 4ARQA 3SBAA 1OV7A 1CUPA 1LWGA 1L59A 4I7QA 3SBBC 1L73A 1L05A 4I7SA 1L32A 1LYDA 1L08A 1DYFA 3V2WA 123LA 1L62A 164LA 1L89A 3C82A 2HUMA 1QUHA 1LGUA 1LW9A 1L63A 103LA 3HT7A 1KS3A 4DAJA 3GUOA 1L80A 1L02A 1L38A 2OE9X 1L72A 1SWZA 4W59A 2RBOA 218LA 3OE9A 3HH5A 239LA 1SX7A 1QT7A 3F9LA 1L51A 2OTYX 3HT8A 1L70A 1G06A 1L27A 3HDFA 142LA 129LA 201LA 1LYJA 3RZEA 1QS9A 4W55A 195LA 1CV1A 1CV3A 163LA 1L55A 228LA 3F8VA 1L16A 251LA 262LA 1L74A 211LA 3QAKA 4E97A 4ZPUA 1QT3A 120LA 3G3VA 1CX7A 1P6YA 3L64A 1C64A 114LA 216LA 5I14A 1L43A 3C8SA 1QTCA 1P2RA 2LC9A 1EPYA 3JR6A 1L37A 1P46A 1L0KA 1OV5A 110LA 3HTBA 112LA 198LA 2B70A 3DNAA 1QT4A 3NY8A 3C7ZA 1D2WA 260LA 4EKQA 1KY1A 232LA 249LA 3EMLA 1G0PA 155LA 1L57A 1LI2A 130LA 2QARC 2F32A 1C6LA 258LA 125LA 1XJTA 2RB1X 1L87A 223LA 3HU8A 230LA 2RB2X 3G3XA 141LA 2OTZX 1C60A 256LA 4W54A 1L31A 187LA 1L03A 254LA 3SB8A 4I7JA 192LA 1L64A 2RBRA 3DMXA 200LA 1L35A 1L34A 1CV0A 1P37A 4I7OA 151LA 4W53A 226LA 1C66A 176LA 1C6TA 1JTMA 2O79A 247LA 1CU6A 1L52A 1LLHA 3C80A 3FI5A 3GUNA 2ANVA 2Z6BA 131LA 126LA 1L88A 257LA 4ARLA 1QT5A 1G0LA 127LA 1OVHA 1QUGA 4YXCA 109LA 4ARMB 3K2RA 199LA 4EPFA 3OE8A 1L86A 143LA 4ARQB 149LA 1CUQA 4W57A 3LZMA 3ODUA 205LA 150LA 1L06A 1C6BA 1C6PA 1P64A 6LZMA 245LA 2NTHA 1L61A 1PQKA 108LA 220LA 1D3NA 3FADA 1L12A 1CU2A 1L69A 1DYCA 168LA 3PDSA 3HTDA 1C6IA 2B73A 1C68A 2B72A 3DN8A 1TLAA 1LYHA 1I6SA 3HUAA 4W51A 159LA 1L75A 3CDOA 4W52A 4I7RA 145LA 1D9WA 137LA 1L33A 1C6KA 2RAYX 162LA 2B7XA 169LA 1KY0A 3C8QA 1QTDA 1P56A 2O4WA 1L90A 3HTGA 1C6AA 1CU5A 1DYAA 4I7KA 118LA 1G1WA 1L91A 178LA 1DYEA 1CU0A 3DN2A 1C65A 1L47A 1P7SA 1L01A 1L23A 4LDEA 1L46A 1P5CA 1DYGA 2B6XA 1XJUA 1LYIA 147LA 1ZYTA 2OU9A 1L30A 3C83A 158LA 1D2YA 3GUMA 167LA 4ARPA 128LA 1L79A 2F2QA 1ZURA 1QT6A 3SB6A 229LA 1C6MA 183LA 1PQDA 231LA 1SSWA 1L19A 215LA 1L14A 1NHBA 1L17A 122LA 1C6NA 2B75A 1OWYA 1LI6A 138LA 2CUUA 184LA 1PQIA 1L81A 3GUIA 244LA 111LA 4EKPA 240LA 1L21A 107LA 3DN6A 1P36A 214LA 1C6DA 3SB7A 2QB0B 173LA 1L11A 3CDVA 1QTHA 166LA 3C8RA 1K28A 3OE0A 3FA0A 3HH3A 2OE7X 2RAZX 1L84A 2RB0X 3C7YA 7LZMA 206LA 3RUNA 3DN3A 160LA 1C6QA 1C6HA 224LA 1G0QA 1L58A 2B6WA 1C6FA 1KW5A 2A4TA 253LA 242LA 1L25A 4DKLA 1OVJA 2B6TA 1C62A 1C61A 2NTGA 1KNIA 255LA 1L42A 1LPYA 2B6ZA 1G0KA 2F47A 1L40A 2L78A 2OU8A 1C69A 1L18A 1C63A 259LA 180LA 1CU3A 1PQOA 1SWYA 1G0GA 3VW7A 197LA 233LA 165LA 238LA 3NYAA 1L39A 3SB9A 1CV4A 3C7WA 1L45A 1C6EA 1L28A 1CVKA 2RBNA 3V2YA 1L48A 170LA 1L44A 1DYDA 1T8FA 1T8GA 1L00A 3GUKA 3DN4A 1SX2A 1B6IA 1L66A 4W56A 190LA 221LA 148LE 4I7NA 1L04A 225LA 2HUKA 161LA 4GRVA 1L85A 4EJ4A 2HULA 1OWZA 3DKEX 3HH6A 252LA 4YX7C 4EKSA 1P2LA 1CX6A 1L93A 1QUOA 1DYBA 1OYUA 227LA 1QTZA 4LDOA 181LA 241LA 2B74A 2Q9DA 3SN6R 1L50A 4EKRA 3HT9A 4LDLA 4IAPA 3GUJA 1L96A 1QTBA 1CV5A 1QSBA 3G3WA 157LA 4YXAC 1L36A 1L67A 219LA 1G07A 140LA 3DN1A 2IGCA 1D3JA 3CDTA 3C81A 212LA 234LA 1QUDA 185LA 222LA 3PBLA 3HUKA 3GUPA 1ZWNA 1L20A 1D3FA 3DN0A 1JQUA 1LI3A 213LA 2OE4X 156LA 4AQNA 4DJHA 1L98A 4OO9A 236LA 1L99A 3DMVA 3HUQA 5LZMA 1D3MA 210LA 1SSYA 2Q9EA 3CDQA 2LCBA 1L56A 3HT6A 1C6CA 2B6YA 1LGXA 2ANXA 3UONA 1L0JA 1L71A 250LA 1JTNA 188LA 1L83A 1G0MA 1QTVA 2RBQA 1T8AA 1LYEA 1L09A 177LA 1LYGA 3D4SA 152LA 2RBPA 175LA 1LYFA 1OVKA 186LA 4LZMA 1L53A 102LA 1LGWA 115LA 2OEAX 3OE6A 3HH4A 4I7PA 1L24A 1L60A 1PQMA 1L94A 235LA 1L97A 4I7TA 174LA 4S0WA 4EXMA 1C6GA 1T97A 248LA 1C67A 1L82A 3CDRA 1L76A 4ARJA 191LA 4W58A 4I7LA 246LA 3DMZA 3HU9A 1L68A 3NY9A 1CTWA 119LA 4GBRB 209LA 196LA 1PQJA 237LA 1G1VA 1L49A 3HDEA 3L2XA 1P3NA 1WTHA 189LA 139LA 2OU0X 1L29A 172LA 3SB5A 2RBSA 4K5YA 217LA 1XEPA 146LA 1L15A 1LWKA 1L41A 1L13A 1T6HA 182LA 1L65A 1L54A 4PK0A 1QS5A 1L92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9UA 1LSNA 3B0OA 104LA 3A8ZA 1CV6A 1OUHA 1VDPA 1EQEA 1LMQA 113LA 1QSQA 2RH1A 4IJ4A 144LA 1KW7A 1GB7A 1OUAA 4G4CA 4DQJA 4I7SA 4NFVA 5DLAA 1LYDA 1L08A 3B0KA 3C82A 4XJBA 1QUHA 3FI7A 4DAJA 1L80A 1VDQA 2C8PA 4FDYA 3TMVA 4AGAA 4W59A 2XBSA 3OE9A 1HEMA 239LA 2BQMA 1G06A 5B07A 4YEMA 1LHHA 201LA 1QQYA 3RZEA 4WLXA 2W1LA 195LA 163LA 1YAQA 1SLYA 251LA 262LA 1BHZA 2BPUA 1IP3A 3QAKA 1JHLA 4E97A 120LA 3L64A 4NGIA 1IP1A 1KXYA 2YBHA 5I14A 2A7DA 5FCPA 1QTCA 4DYGA 1P2RA 2LC9A 3JR6A 1IX0A 1L0KA 4YOPA 110LA 3HTBA 2B70A 3DNAA 5II3A 3IWRA 4EKQA 249LA 3IJUA 2BQEA 3P68A 125LA 3HU8A 5D5CA 2XTHA 1HSXA 4G4BA 1UIGA 3AYQA 2FYDA 4W54A 4I7JA 4LYMA 3WVYA 1L35A 1LHKA 4I7OA 4RW2A 3WH1A 4W53A 1GD6A 4TWSA 247LA 1CU6A 4ARLA 1C45A 1QT5A 2YBIA 127LA 3K2RA 1GBXA 1REZA 2BQGA 1L86A 4ARQB 149LA 1CUQA 4W57A 3ODUA 205LA 3WXUA 5L3IA 1L06A 1F10A 1P64A 1V7SA 4OW1A 2NTHA 1GFTA 1GBOA 220LA 1HF4A 1L69A 1DYCA 168LA 2HU3A 3HTDA 2B73A 4WM6A 1I6SA 1AKIA 1FLUA 5DN4A 1GF3A 1JSFA 2G4QA 1XEIA 1L33A 3BKHA 4WLYA 1GFRA 2O4WA 3HTGA 1C6AA 118LA 1WVVA 1L91A 1YROA 2RSCA 4UWNA 4XN6A 4GLVA 3OJPA 2DQEY 1L23A 2BQNA 4RLMA 2Y8PA 4OOOA 4H93A 1ZYTA 3AB6A 1JSEA 4B4IA 4YM8A 2LZTA 1GF9A 2BAAA 1BWHA 2MEIA 1LKSA 128LA 1L79A 2HEDA 1ZURA 1QT6A 1WQMA 3EBAB 1LJFA 1SSWA 215LA 4MCKA 6LYTA 1C6NA 2HUBA 1GBYA 9LYZA 4M6DA 5E4PA 1PQIA 3GUIA 1RCMA 5FEKA 1NMMA 1GE4A 240LA 1P36A 1C6DA 3SB7A 2QB0B 1LPIA 1JWRA 1QTHA 166LA 3OE0A 3HH3A 4N1EI 153LA 1W08A 2CGIA 4H9CA 5ILFA 1A2YC 1L58A 1LJJA 1RFPA 253LA 4DKLA 1IWUA 1YQVY 1OVJA 1NHEA 4R0FA 1FLYA 2D4IA 255LA 1L42A 2B6ZA 1L40A 1LSMA 2BQAA 4NSIA 3A91A 1W6ZA 3W6AA 5LVKA 1IR9A 4PHIA 1CU3A 3M3UA 233LA 4HTNA 1L39A 4HTKA 1L45A 3W6CA 1SQ2L 1F6RA 4HPIA 5KXOA 4GCBA 3TXDA 4WM1A 1HMKA 1LYYA 1DYDA 1F0WA 4HSFA 3DN4A 4H9IA 3E3DA 4C3WA 4W56A 190LA 4I7NA 4NGZA 1L04A 1WQOA 4GRVA 2H9JA 2WARA 5IHGA 1B7MA 2BQJA 3WULA 4H8ZA 3RU5A 1L93A 4KT3A 2IFFY 227LA 3WUAA 1LSYA 1QTZA 4LDOA 241LA 4DD9A 1JJ1A 1DZBX 1LJKA 2F30A 3A6CY 4W94A 1T3PA 1HHLA 5T3FA 1D3JA 4NGOA 234LA 4EOFA 3WPKA 185LA 222LA 3GUPA 3W6EA 1ZWNA 1D3FA 1HFZA 1JQUA 1LI3A 156LA 1RE2A 1XSFA 3AZ4A 1BB7A 210LA 3AZ5A 4H8XA 1L56A 3HT6A 2XBRA 2A7FA 1TDYA 2ANXA 1L71A 2DQIY 250LA 1JTNA 1G0MA 1LJ4A 4OWBA 2BQCA 3ATNA 1L09A 177LA 152LA 186LA 4WG7A 4G4HA 1J1XY 1LGWA 5EBHA 3HH4A 2Z39A 1A4VA 1Z55A 4I7PA 1LZ5A 1L97A 1ZV5L 5I4YA 4M4OA 2ZYCA 3LYTA 1PS5A 3LYOA 3CDRA 1L76A 2Z2FA 1DPXA 5FELA 4I7LA 5I53A 3DMZA 4OWEA 4GCEA 1L68A 1YAMA 209LA 1PQJA 5KJ9A 3L2XA 4PPOA 3WMKA 4IATA 3ZVQA 1LZ9A 2OU0X 172LA 3SB5A 1G7LC 2RBSA 4K5YA 217LA 1L15A 1WQQA 2B5ZA 4RW1A 4PK0A 4WMGA 4N9RA 3A95A 4HJVA 2O7AA 1G0JA 4B4JA 5C6JA 1L95A 3TMXA 3SP3A 261LA 1L07A 1C6JA 1E8LA 1L26A 4I7MA 1JTOL 1MELL 1LJGA 135LA 1CUPA 1LWGA 1GF6A 1QDTA 3SBBC 1L05A 3N9AA 1BB4A 1L62A 5KXPA 4B49A 1C08C 1KIRC 1GBSA 4MR1A 1KS3A 3GUOA 1B5WA 4NHTA 1L38A 2HEAA 1L72A 2OE9X 4NG1A 1SWZA 1D0KA 4LYZA 3WW5A 3HH5A 3F9LA 1L51A 2H9KA 3A90A 1L70A 1QSAA 4C5FA 3HDFA 3WW6A 129LA 5KXMA 1GFVA 1QS9A 4OWCA 4N0JA 1UCOA 1CV1A 1BVKC 2F2NA 3LYZA 228LA 3F8VA 1AZFA 3CSRA 1LTMA 1JJ0A 5L9JA 5B1FA 4ANRA 1CX7A 1UIEA 1UICA 4GLAA 1IC7Y 3C8SA 1JTPL 1L37A 1GB5A 1OV5A 5A3ZA 1B2KA 1IR8A 1OUCA 3LZ2A 4LYBA 1QT4A 3C7ZA 1D2WA 4ZFPA 3F6ZA 3QNGA 3LZTA 5APCA 1LSEA 5KKJA 1KY1A 1LSDA 232LA 2QARC 130LA 1BB3A 1C6LA 5LA5A 1XJTA 2RB1X 223LA 5B06A 1B7SA 230LA 4QEQA 1N4FA 1DKJA 1LJHA 2OTZX 4NWEA 3TXKA 1C60A 1OP9B 187LA 3W6FA 192LA 1L64A 1LZCA 1P37A 1GF7A 5JENB 3P64A 226LA 1JIYA 176LA 4NSJA 1C6TA 2MEFA 6LYZA 4LT0A 208LA 3FI5A 2N5ZA 1QTEA 1QUGA 4G9SA 4YXCA 109LA 4ARMB 4PJ2C 1HELA 3OE8A 2X0AA 150LA 4NWHA 1KIPC 1C6PA 4WG1A 4XJGA 6LZMA 1L61A 1PQKA 3AGHA 3TXBA 3FADA 4N1CC 3PDSA 2YSSC 2D91A 2DKVA 4W51A 3HUAA 4KL7A 5LXWA 3J4GA 4OWAA 1L75A 3W3EA 3CDOA 4O34A 4W52A 4LGKA 145LA 2ZQ4A 1D9WA 1LZRA 4ML7A 1KXWA 1LZ1A 4B0DA 3A67Y 169LA 1KY0A 1QTDA 1L90A 1DYAA 4UWUA 4XJFA 2ZIKA 4PRQA 1CU0A 4N8ZA 1DI4A 1INUA 1LOZA 1JKBA 1L01A 1CJ8A 2YBNA 5KXKA 1P5CA 1XJUA 1LYIA 147LA 1D0LA 4L41A 3C83A 1LSZA 4NGYA 5DN5A 1XEJA 1QUTA 4ZEEA 3WU9A 3GXKA 4R6CA 3SB6A 229LA 3EO5A 1PQDA 1L19A 1UACY 1L17A 3W6DA 1IP7A 1GDXA 2BQDA 1OWYA 3G3AB 4H9FA 1LI6A 4WM2A 2BLXA 1GFHA 1ZVYB 4NGLA 4XJDA 1CKFA 1L11A 3CDVA 1GB8A 2OE7X 3DN3A 2BQKA 3D3DA 1C6HA 5IDDA 224LA 1OUEA 4QY9A 4PRUA 5B1GA 4I8SA 1GE0A 2A4TA 1D6QA 1B0DA 3QY4A 2B6TA 1KNIA 1NBYC 4H9AA 1G0KA 1JTTL 4DT3A 1HFXA 3T6UA 2OU8A 1C69A 1L18A 4HJYA 3VW7A 197LA 4BADA 3NYAA 1IORA 4WL6A 1CV4A 2DQJY 1C6EA 1XFPL 3AJNA 5KXZA 1IC4Y 1CVKA 4DD7A 2RBNA 1L48A 170LA 132LA 1QSWA 3GUKA 4YEOA 4XJIA 1J1PY 1DI3A 1L66A 2HEFA 4H9HA 221LA 2HUKA 1L85A 1HC0A 1I20A 2HULA 4H1PA 3DKEX 1LZAA 3HH6A 2F4AA 1D6PA 1P2LA 1FLQA 1DYBA 4G49A 3AGGG 1JUGA 1VDSA 2BQIA 1IP5A 5AMYA 3GUJA 3KAMA 1QSBA 1GBWA 1LZBA 1BB5A 3CQLA 1XGTC 1IY3A 4NGJA 212LA 1VEDA 1QUDA 2I25L 3PBLA 4ZIXA 1L20A 213LA 2OE4X 4AQNA 4DJHA 1L98A 236LA 4DDBA 4NHSA 1B7PA 1VDTA 3GXRA 5LZMA 3CDQA 1F6SA 2ZNXY 1LGXA 4GN3A 1LJIA 1L0JA 4XENA 1AT5A 188LA 2BQOA 2MEHA 1T8AA 4LFPA 3ZEKA 1LYEA 5KKIA 1LYGA 3D4SA 3RW8A 1BB6A 2D4KA 4LZMA 4XYYA 1L53A 1C43A 2MEEA 1L24A 4ET8A 1PQMA 4I7TA 1NF5A 1C6GA 5HNLA 1C67A 4ARJA 191LA 4B4EA 1CTWA 1LSBA 4LYTA 1L49A 4RLNA 3HDEA 1P3NA 2EKSC 2BLYA 2BQFA 139LA 1XEPA 146LA 2I26L 4H91A 182LA 4ZPUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D9U A;  1LSN A;  3B0O A;  104L A;  3A8Z A;  1CV6 A;  1OUH A;  1VDP A;  1EQE A;  1LMQ A;  113L A;  1QSQ A;  2RH1 A;  4IJ4 A;  144L A;  1KW7 A;  1GB7 A;  1OUA A;  4G4C A;  4DQJ A;  4I7S A;  4NFV A;  5DLA A;  1LYD A;  1L08 A;  3B0K A;  3C82 A;  4XJB A;  1QUH A;  3FI7 A;  4DAJ A;  1L80 A;  1VDQ A;  2C8P A;  4FDY A;  3TMV A;  4AGA A;  4W59 A;  2XBS A;  3OE9 A;  1HEM A;  239L A;  2BQM A;  1G06 A;  5B07 A;  4YEM A;  1LHH A;  201L A;  1QQY A;  3RZE A;  4WLX A;  2W1L A;  195L A;  163L A;  1YAQ A;  1SLY A;  251L A;  262L A;  1BHZ A;  2BPU A;  1IP3 A;  3QAK A;  1JHL A;  4E97 A;  120L A;  3L64 A;  4NGI A;  1IP1 A;  1KXY A;  2YBH A;  5I14 A;  2A7D A;  5FCP A;  1QTC A;  4DYG A;  1P2R A;  2LC9 A;  3JR6 A;  1IX0 A;  1L0K A;  4YOP A;  110L A;  3HTB A;  2B70 A;  3DNA A;  5II3 A;  3IWR A;  4EKQ A;  249L A;  3IJU A;  2BQE A;  3P68 A;  125L A;  3HU8 A;  5D5C A;  2XTH A;  1HSX A;  4G4B A;  1UIG A;  3AYQ A;  2FYD A;  4W54 A;  4I7J A;  4LYM A;  3WVY A;  1L35 A;  1LHK A;  4I7O A;  4RW2 A;  3WH1 A;  4W53 A;  1GD6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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