3HDKA

Crystal structure of chemically synthesized [aib51/51']hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords [Aib51/51']HIV-1 protease
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
total genus 18
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hdkA00
4K8SA 5P4YA 2WJOA 4Y39A 4K4RA 5P4AA 2O4LA 1BVEA 3QN8A 3OXCA 3OUDA 3TNEA 4FAFA 1SDUA 2PWRA 4LXKA 3DV1A 2VNNA 3L5FA 3MWSA 5P0JA 1HSIA 4B78A 5P4XA 3K1WA 1ZJ7A 3QAAA 2OAHA 5P35A 5OZOA 3HD8A 3SA4A 2NNKA 2Q3KA 4CP7A 2Q63A 1JLDA 5P0LA 4OC6A 3F9QA 3FIVA 5P0TA 1M43A 5OZ5A 2QP8A 2AODA 5P26A 5P2GA 5P2MA 5P64A 5J25A 4DJXA 4YCTA 1HVIA 4A6CA 3EM4A 1IIQA 2OHSA 3KN0A 3VFAA 3PWMA 1APWE 5OZSA 5P4UA 5P8NA 2QHZA 5HTZA 1PSNA 3BRAA 1FB7A 1MIQA 4DQBA 2OHRA 4L7GA 5P7RA 5P3GA 3ER3E 5P7JA 4GJ5A 1K6CA 3O9GA 3PI0A 6APRE 3IXOA 4ER4E 1XE6A 4MC2A 1E80E 3EC0A 3G70A 5P2SA 4NPUA 2ZJHA 4Z2ZA 3S85A 4FAEA 1AZ5A 2OHUA 3MXDA 3GGAA 3ZMGA 4I0GA 2VNMA 1XL2A 4YD6A 5P67A 2I4WA 4HDBA 3FV3A 3OUDB 3B7VA 2PC0A 4ZSQA 3IA9A 4FSEA 3EL1A 4J5JA 5P7KA 5P0GA 5P33A 5P4PA 4BELA 1SIPA 5P1ZA 1D4SA 4DUSA 5OZXA 4Y3TA 4DI2A 1WBKA 3EM6A 2V12C 3HZCA 2VA5A 4R92A 5P7SA 4OBJA 4FIVA 1KJHA 2NXLA 4ZLSA 4FRJA 5OZ8A 5OZ1A 3SABA 4Y5NA 5P3NA 3ZPTA 4BFBA 5OZMA 5P2JA 4EWOA 1K1TA 5P53A 4EPJA 4Y47A 3EKYA 3VCMA 1RL8A 5ISKA 4AZYA 3WZ7A 1YM4A 2PYNA 4JPEA 5P06A 3TKWA 2HB3A 1GVUA 4KB9A 5P6IA 5E5JA 4Y5GA 5OZFA 2IL2A 4Y4ZA 3T7XA 2V16C 4B0QA 5P5LA 3VLBA 2QD6A 9HVPA 1YT9A 1KJFA 3URIA 1PPME 1HVSA 3LIVA 5P7XA 5P41A 2G69A 3T7QA 4Y4BA 5OZAA 5OYZA 3QRSA 5P3IA 3OOTA 5P2BA 3Q6YA 5DPZA 1ODWA 4DH6A 3UQUA 5P3AA 4XX4A 5DR3A 5P73A 2AVSA 2NNPA 5OZJA 5P3CA 4AUCA 5P4SA 5P1XA 4NJUA 5HDUA 3TL9A 1ME6A 5P81A 3FSMA 2QMDA 1BXQA 5OYUA 3PBDA 4AA9A 1UH9A 4D83A 2ZHVA 3CIDA 3VSXA 1BVGA 2XFKA 5P0QA 5P6EA 5P43A 4DQFA 4Y5CA 4JPCA 5AHAA 4L1AA 5P70A 5P3WA 5P4ZA 1FQXA 1EBWA 4BFDA 4XX3A 4Y3MA 2ZJMA 5P6BA 3OXVA 4FM6A 2AOEA 4J55A 5P50A 5P1YA 3SA8A 5F01A 2ER9E 2A1EA 3ZPSA 4DJOA 4HE9A 3VYFA 2P3AA 4Y3QA 3UQRA 1HIVA 1HVLA 4ER1E 3QROA 2QNNA 3GGVA 2QNPA 3O99A 5P5XA 4J0VA 5P1EA 5OZUA 2XYEA 4Q5MA 3EM3A 4IVSA 5P7CA 1K6PA 2Q5KA 3FNUA 2RKGA 5P3LA 4Y4GA 5P15A 2V13A 1C6ZA 1FMXA 2FNSA 4COEA 1U8GA 5P6HA 4CPWA 4RRNA 3SA6A 2R5PA 2HS2A 4Y54A 4Y3XA 2ZDZA 3UDHA 3HW1A 3SA3A 3ZKIA 3OXWA 1E81E 2AOCA 1FGCC 5P1VA 5P1PA 1GVVA 3WSJA 5P4LA 5OZ6A 1BIMA 1BDQA 2AZCA 5P29A 4Y48A 4KE0A 2ZE1A 1NPWA 1IVPA 5P1MA 2VJ9A 5P8OA 3KDCA 3KDBA 3VLAA 4L1AB 2FDDA 2ZHRA 4ZE6A 5P3JA 3L59A 1GKTA 5P5CA 5P54A 1BDRA 3QIHA 1RNEA 4DJQA 2VS2A 4GMIA 3PVKA 4I10A 3FKTA 3PWRA 5P58A 5P49A 5C9FA 2QU3A 4Y4UA 3FNSA 3R0WA 1DW6C 1MVPA 5P74A 5P72A 3NSHA 4RCEA 3EXOA 5OYXA 4Y3SA 5COPA 2WF4A 4LL3A 2ZGAA 2A4FA 3O9EA 3SQFA 3ZKQA 4MC1A 2XFJA 3PI5A 4EXHA 5KQXA 1BXOA 5P79A 3PSYA 1EEDP 4ZIPA 5KOSA 2QZLA 1LS5A 2Z54A 1VIJA 5KR0A 1C6YA 5P1SA 5P5IA 5C9BA 3GI4A 1A30A 3RTHA 5P1GA 2OHQA 2FMBA 2BPZA 4I8ZA 3PBZA 1IZHA 3G72A 5P01A 2QZXA 4ZEAA 5P7GA 4NKKA 1YTIA 1FMBA 5P45A 1UH7A 3TPRA 3KF0A 3PMUA 2FIVA 5OZTA 3DOXA 4GZFA 4E43A 3RVIA 2IEOA 1HIHA 3ER5E 4YBIA 5B18A 5P52A 1TSUA 1MESA 2QK5A 4K4PA 3SA5A 5P42A 4DJUA 1BAIA 5HDZA 5P69A 3ZKMA 5P7HA 3S56A 3QRVA 5P8PA 1LV1A 3KA2A 3OU3A 5TOLA 3ZPUA 4Y3YA 2NPHA 1ENTE 1K1UA 1OEXA 2G1NA 5P5MA 1HEGE 2PH8A 5COOA 5P8UA 1MPPA 3CIBA 3D91A 4HA5A 3TOFA 5P5NA 5P7IA 5OZ2A 2ZJJA 5OZBA 1AAQA 4EJKA 3VV8A 2H6TA 5P0DA 5P31A 2CEJA 3PLLA 5P0FA 4Y53A 3NUJA 4Y4XA 3GI0A 3NUOA 1FQ5A 4B1EA 3CKRA 4PHVA 2RKFA 5P30A 3AIDA 1MT7A 3IN4A 4WY6A 4PYVA 3UF3A 1EPOE 5P75A 1TSQA 5IVTA 5UPJA 5DQ4A 2BB9A 5P2ZA 1M4HA 5P7EA 5P3VA 4Z50A 1NH0A 4Y36A 3MSKA 3I8WA 4NJTA 3OU4A 4TVHA 5P3FA 3QP0A 3D1XA 5P66A 5P6FA 5P6DA 3HLOA 3I2LA 5IE1A 2AQUA 3L5EA 3WB4A 2WF1A 1HOSA 5SXNA 3LZYA 5P4TA 3SA7A 1SGZA 4J0YA 5P39A 5P89A 3ZOVA 1T6EX 1KJ7A 3IVHA 5P7FA 4R91A 5P6QA 2FGVA 3NDWA 5OZVA 3L5CA 4DJYA 4FRKA 2PYMA 3U71A 8HVPA 2WHHA 1HBVA 4GJDA 2IQGA 4YCYA 5P3PA 2R3WA 5P1RA 3O9CA 5P1JA 5P4HA 3K5CA 5P13A 3D1ZA 4FRSA 5P6JA 5P0AA 3EKVA 5OZCA 3NDXA 2QI0A 2BKTA 3GW5A 4RVXA 1LF3A 3QVIA 3PGIA 1B6LA 2Q55A 1T3RA 5OZPA 4I0HA 2Q11A 5P1UA 1XDHA 2JE4A 5OYWA 1ZLFA 5HD0A 2QNQA 5ER1E 1SDTA 3PSUA 3OU4B 1T6GA 1G35A 1SDVA 5P8AA 4Y56A 5P0XA 4FLGA 3NU3A 4FE6A 5P4NA 1M0BA 3LPKA 2JJJA 4CPRA 1QDMA 5DR7A 5P0EA 4WTUA 5HE4A 5P2LA 3T11A 5KR2A 3ZKGA 4PPHA 1IDAA 3OUAA 5P3UA 3CICA 3IXJA 4Y3JA 3DV5A 4PZWA 4DQHA 3I6OA 3OGPA 4EHCA 1SH9A 5HE5A 1MTBA 4CKUA 4Y41A 3ST5A 3OU1A 3OTSA 4GJBA 5APRE 5P4IA 5P6GA 3K4VC 3R0YA 5P0BA 3VF5A 1IVQA 1T7KA 4S1GA 4J0TA 5P40A 1SP5A 5ISJA 5P6XA 2Q15A 2HC0A 5P5ZA 5P2UA 4Y44A 7UPJA 3GI5A 3JW2A 3EKWA 4R93A 3PLDA 5P82A 3URLA 5P8HA 4YD7A 5P6YA 2WF0A 5I3WA 3ZKNA 3S43A 4YOBA 5P77A 3LPJA 4Y9WA 3ZLQA 3LIYA 4RYCA 5F00A 1NPAA 5P5PA 3KT2A 1GNOA 2FS4A 2G1OA 2IENA 1TQFA 2NTRA 1WKRA 1XN2A 1EPNE 5P1AA 5P6ZA 4DPIA 1OEWA 3DK1A 3RSXA 2HB4A 5AHBA 3NU4A 2HPFA 1PPKE 1ODYA 4TRWA 1Q9PA 5P44A 4QJ6A 5P5BA 2XFIA 1FMUA 5P37A 5OYSA 4DVFA 5DR8A 3OU1B 5P4BA 1W5YA 2ZYEA 4JP9A 2VIJA 4LC7A 3Q70A 1EPRE 5P3YA 5P34A 3EL9A 1DPJA 3HAWA 1HRNA 4HDPA 5P17A 1IZEA 3HBOA 4Y35A 1CPIA 4H3IA 3EL5A 2BJUA 4X7IA 1ZTZA 5P2AA 4Y37A 1RV7A 5OZ9A 3VEUA 5P2OA 1E5OE 5P46A 4DV9A 4LXMA 5P2FA 5P62A 2B7ZA 3UFLA 2PMAA 1MTRA 2V0ZC 1MSMA 1QBTA 3S43B 1BWBA 1LF2A 3LNKA 4Y4WA 2HM1A 4ZPFA 3KFPA 2ZJNA 2ZJKA 5P6MA 5IS4A 3IXKA 5P8RA 2F8GA 2UXZA 5P0MA 3NU6A 4PEPA 2P4JA 4OBKA 4OBZA 4J0ZA 3GGUA 4BEKA 2F3KA 1FFFC 5OZDA 2OHMA 5P5YA 5DR0A 2VA6A 5CONA 4J17A 3UQXA 4LBTA 2ZHUA 4KE1A 4XXSA 4ZSPA 2B7FA 2VJ7A 5P5KA 5P6UA 3NXNA 3PHVA 2VA7A 1NPVA 3KFRA 3S7LA 1B6KA 5P6VA 1D4JA 4QGIA 1J71A 5P5RA 4Y5KA 3PEPA 4B1CA 5P07A 4Y5LA 2UPJA 4U7QA 5HVPA 1EC2A 2P83A 2PWCA 3TPJA 5DR4A 4Y57A 1EC0A 1HWRA 4DPFA 1HTGA 3BXRA 5HU0A 4YE3A 2AZ9A 4ACXA 3LZUA 4EP3A 3UHLA 3DCKA 3KFSA 1D4IA 5P2XA 3T6IA 1HXBA 5P8MA 5P83A 4EJ8A 3D3TA 5P18A 2B60A 4RCDA 2QHYA 3QPJA 1Z1HA 2WF2A 2WEBA 3QRMA 2IGXA 4FM7A 5P3MA 3BUGA 4YHQA 5P38A 3U7SA 4OBZB 5HU1A 1ER8E 1F34A 5P48A 2BKSA 1SIVA 3LIQA 5P4GA 4Y5BA 4QLHA 4R5NA 2CENA 1FEJC 3PSGA 4Y3AA 4I11A 5OZGA 4I0JA 4Y3PA 3APPA 4FRIA 5P20A 2AVOA 2FGUA 3UDMA 4APRE 5P3BA 1APUE 5P4CA 4Y45A 2IRZA 1UPJA 3NXEA 2SAMA 5P12A 5P7QA 1F7AA 4Y43A 5P7YA 4Y3HA 2AOFA 4CPQA 4J1EA 1HPXA 1QBRA 3AUPA 1W6IA 5P19A 2HPEA 3PRSA 5BS4A 1W5VA 2ZJIA 3OXXA 1C6XA 4L7JA 1AJXA 3KFNA 3KT5A 5P80A 2QI3A 5P10A 5E5KA 1PPLE 5OZKA 1MUIA 4U7VA 3APRE 1MERA 3UCBA 4FCOA 1ZP8A 2FXDA 1BILA 4I0FA 5P4DA 2R8NA 4AMTA 3OQDA 2AVVA 5DGUA 4FGXA 4ZSMA 1DP5A 4EYRA 2Q54A 4FSLA 5P56A 5P4KA 3BUHA 4N00A 1Z8CA 1EBZA 3UQPA 3RTMA 3NU9A 1B6MA 5P28A 3QBFA 3MSJA 5I3XA 3D20A 3BGCA 5OZRA 4H3GA 3SLZA 2WEDA 3VF3A 4I0ZA 5P6KA 1FQ6A 1HVKA 5P4JA 5P8DA 4F74A 5P3DA 1IZIA 1IDBA 1QS8A 5ER2E 2RSPA 3JVYA 2WECA 3KDDA 5P16A 2BQVA 2AIDA 5HCTA 5P32A 2VIYA 4GJ7A 1A9MA 5DQ5A 5KOQA 4Y3FA 3LINA 4LHHA 2WEZA 2OHNA 4JECA 4CPXA 1B6PA 4J0PA 4RCFA 2F81A 1SBGA 4K9HA 1DAZC 2AOJA 3NLSA 2FNTA 5BWYA 1EC1A 4Y4EA 4Y58A 1Z1RA 1G2KA 4PZXA 4QJ7A 3QI1A 5P2NA 5P2TA 3UDYA 1PROA 4A4QA 1A8KA 2I4VA 3CKPA 3HAUA 4RGHA 1XS7D 2QZKA 4NPTA 4YOAA 1MRXA 4Y4DA 3B80A 2HIZA 1QRPE 2G27A 2R43A 2QI6A 4TVGA 4EQ0A 3FX5A 4J54A 4ER2E 5P5OA 4CPTA 5P25A 1C70A 2FDPA 4J1KA 4M8XA 5DGWA 1A8GA 3O9LA 5OZNA 1PSAA 1CZIE 2HAHA 1FQ8A 1ZPAA 4NJVA 2BPXA 4KUPA 5P0UA 2G22A 1RQ9A 1D4LA 5P7BA 3N3IA 1HTFA 4GJCA 4ZPGA 3NWXA 4D88A 3BUFA 1IZDA 1HVCA 1B5FA 1K2CA 3CKTA 4Y3WA 5OZLA 5OYYA 4CPSA 3PB5A 5OZ3A 5P3HA 2J9JA 1HPSA 5P04A 3UDPA 1TCXA 3VUCA 2NXDA 2IKOA 1AM5A 4Q1WA 2AVMA 3NYGA 5P6PA 4L7HA 5P1TA 3MSLA 5P5FA 4Z22A 5P6CA 4B05A 4DJRA 4YD4A 2ZHSA 4HLAA 3WZ8A 1HSHA 2V00A 5JG1A 3EBZA 4YDGA 2VJ6A 1YTHA 2PSGA 1N49A 4L6BA 4Q1YA 3OOZA 5P8VA 1HXWA 5P7TA 3GI6A 3HDKA 4RRSA 2HB2A 4Y5PA 3O9LB 4EP2A 4QJAA 3KM4A 4J1IA 2JXRA 3PCZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4K8S A;  5P4Y A;  2WJO A;  4Y39 A;  4K4R A;  5P4A A;  2O4L A;  1BVE A;  3QN8 A;  3OXC A;  3OUD A;  3TNE A;  4FAF A;  1SDU A;  2PWR A;  4LXK A;  3DV1 A;  2VNN A;  3L5F A;  3MWS A;  5P0J A;  1HSI A;  4B78 A;  5P4X A;  3K1W A;  1ZJ7 A;  3QAA A;  2OAH A;  5P35 A;  5OZO A;  3HD8 A;  3SA4 A;  2NNK A;  2Q3K A;  4CP7 A;  2Q63 A;  1JLD A;  5P0L A;  4OC6 A;  3F9Q A;  3FIV A;  5P0T A;  1M43 A;  5OZ5 A;  2QP8 A;  2AOD A;  5P26 A;  5P2G A;  5P2M A;  5P64 A;  5J25 A;  4DJX A;  4YCT A;  1HVI A;  4A6C A;  3EM4 A;  1IIQ A;  2OHS A;  3KN0 A;  3VFA A;  3PWM A;  1APW E;  5OZS A;  5P4U A;  5P8N A;  2QHZ A;  5HTZ A;  1PSN A;  3BRA A;  1FB7 A;  1MIQ A;  4DQB A;  2OHR A;  4L7G A;  5P7R A;  5P3G A;  3ER3 E;  5P7J A;  4GJ5 A;  1K6C A;  3O9G A;  3PI0 A;  6APR E;  3IXO A;  4ER4 E;  1XE6 A;  4MC2 A;  1E80 E;  3EC0 A;  3G70 A;  5P2S A;  4NPU A;  2ZJH A;  4Z2Z A;  3S85 A;  4FAE A;  1AZ5 A;  2OHU A;  3MXD A;  3GGA A;  3ZMG A;  4I0G A;  2VNM A;  1XL2 A;  4YD6 A;  5P67 A;  2I4W A;  4HDB A;  3FV3 A;  3OUD B;  3B7V A;  2PC0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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