3HF3 | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	348
structure length	348
Chain Sequence	ALLFTPLELGGLRLKNRLAMSPMCQYSATLEGEVTDWHLLHYPTRALGGVGLILVEATAVEPLGRISPYDLGIWSEDHLPGLKELARRIREAGAVPGIQLAHAGRKAGTARPWEGGKPLGWRVVGPSPIPFDEGYPVPEPLDEAGMERILQAFVEGARRALRAGFQVIELHMAHGYLLSSFLSPLSNQRTDAYGGSLENRMRFPLQVAQAVREVVPRELPLFVRVSATDWGEGGWSLEDTLAFARRLKELGVDLLDCSSGGVVLRVRIPLAPGFQVPFADAVRKRVGLRTGAVGLITTPEQAETLLQAGSADLVLLGRVLLRDPYFPLRAAKALGVAPEVPPQYQRGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermus scotoductus
publication title	Crystal structure of a thermostable old yellow enzyme from Thermus scotoductus SA-01 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chromate reductase
total genus	131
structure length	348
sequence length	348
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2009-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hf3A00

5AYYA 4NJIA 3A9IA 1XCFA 1KBIA 3W1AA 1NFBA 1UUOA 1RVGA 1UASA 2NXGA 3PAJA 1H63A 4N9DA 3CIXA 1G6CA 3IGSA 4JTIA 1W5OA 1JUKA 2V82A 5I3JA 4UTMA 4TMBA 3F4WA 4MYXA 4ALDA 1EP3A 1XBXA 4PFMA 4NNCA 4HN4A 4N9CA 3M5VA 2FQIA 1GG1A 3E12A 3UWQA 1R2SA 4O54A 1OK4A 3D0CA 4O0KA 4R33A 1DQXA 1PHQA 1XDLA 2V5BA 2YW3A 2QUUA 5GVJA 2JBMA 2ZRXA 3H55A 3W2MA 3SGUA 1W37A 1O95A 4UTHA 4JTFA 4CCCA 2G95A 2E1DA 2P10A 1TQXA 1VRDA 1JCYA 4NZFA 3ZFHA 3NQMA 3V1PA 4Y8FA 1O5XA 1YXYA 3I68A 4NXSA 3PBYA 3MP4A 1F05A 4KWVA 5LGZA 4O28A 3K30A 2A2IA 1YADA 1ALDA 2EAWA 1OX4B 1EIXA 2QJGA 3NQ7A 3T40A 1KFEA 4K7YA 1AG1O 3A22A 5EYWA 4IX0A 3NQAA 4JIQA 3S1UA 3UWWA 3QC3A 1OG0A 1XM3A 3LB0A 1AW2A 3KX6A 5HWMA 1G7VA 1OJXA 4DEFA 4IOTA 4M5PA 1SQ7A 1KTBA 2YPIA 4RLIA 3ATYA 4PC8A 4AF0B 5G2WA 3STEA 3KAOA 3MHFA 5EPDA 3UPWA 4OU1A 4UTTA 2DU2A 3B0VC 2ZZ3A 1GWJA 3DGRA 1L6SA 1BEUA 3DFTA 3LLFA 2E5DA 3DFSA 4OQVA 1GYLA 1W3IA 3O8AA 3R2GA 3W7KA 4UCGA 1FCBA 4Y96A 3BW4A 1W5NA 3N73A 4QJ1A 3QSTA 2ZA3A 1H60A 3NL5A 5FF4A 3A5VA 3LHWA 2BLEA 4GXMA 3P61A 3NPXA 5FF0A 2ZRYA 1THFD 3R13A 3NM1A 4XBKA 3CQ0A 3MHUA 2NX9A 2O7QA 3G22A 4JY8A 4TO8A 4JS3A 1YPFA 4IXXA 3NPVA 1SSGA 4DO4A 1DHPA 2C16A 4LC8A 5EL1A 1O4UA 4NUWA 4LVAA 2OCZA 2NV1A 3DI1A 4I7VA 2QCGA 4N9BA 4S2BA 3NEVA 3G1DA 1HFBA 2YSWA 3MBFA 2W79A 1F73A 1RQBA 2Z0IA 4O53A 1F7BA 1OABA 4LTSA 3SY5A 5TIMA 3GAKA 4A3UA 3JRKA 3USBA 4LW7A 1JUBA 1O5KA 5AHFA 4AHQA 4HPJA 4DF1A 2ZRUA 4UFMA 4ZZ9A 4JTTA 2CZFA 4K38A 3MWAA 5HULA 3CPRA 4O10A 3OVRA 2C6QA 2VEKA 4TX9A 1W8SA 1SW3A 4JDYA 4LV9A 1K3UA 4H4IA 4RJEA 3BG9A 1PVNA 1GT8A 2ZTJA 3FOKA 3NQ6A 1K8ZA 4ADUA 1BTMA 3PB2A 4IPJA 2W0UA 1VC4A 4MFEA 1TPDA 3MP3A 4BR1A 3QM3A 3STFA 5D32A 3RNDA 3W72A 4JIPA 1RQEA 3G0SA 2NXIA 2Y7FA 3F4NA 5DXYA 1FCUA 3NQFA 4UIOA 5TBOA 3ZWTA 3TJLA 4R7JA 1NF7A 4FX8A 3WK3A 4NZJA 3BVJA 3QFEA 2EHHA 1PS9A 1KTNA 3IVTA 3S6DA 3EWBX 4O52A 1RZMA 3PSVA 5BOOA 5I3KA 3O6YX 4RV8A 2XFWA 4X9SA 3QYQA 2PRMA 3I65A 5BNKA 2X30A 4JTJA 3C8FA 1MZHA 1R46A 1SO6A 1N55A 4LUJA 2WOQA 3R5EA 4FXRA 3UQNA 5D30A 4RCXA 4KFNA 4WY0A 4D2JA 3M43A 3L65A 4AHOA 2GVGA 2Y70A 1P0NA 1A5CA 3NQGA 2NWSA 3EX4A 1TV5A 4WD0A 2KZHA 1QPQA 2PRHA 1W31A 2EKCA 1T99A 3M16A 4K37A 4JR5A 1LLZA 4X2RA 2GQ8A 1K8YA 3TCEA 3W1QA 5CPNA 5F2GA 1LROA 3KFTA 2FPVA 1F5ZA 3QRHA 3E96A 1VH7A 3P60A 4LUIA 4BWLA 3A5FA 3MBDA 1X1ZA 3HJZA 5IBXA 2QUVA 3F1QA 1K7FA 4WY0F 4AHPA 3IGXA 3CEPA 3TE9A 1BKSA 5D2YA 3H53A 1JCJA 5KZMA 5CKSA 1D3HA 3NNTA 1PCWA 1WBJA 2YZRA 3S5YA 3GDLA 2VEPA 3LXCA 1Q45A 1H5YA 1ZJIA 4MJZA 1Z44A 1Z48A 1GVRA 4HNNA 5LKYA 2BZNA 4K7VA 4WOQA 4YCPA 2QJHA 5AC6A 4UTWC 3M7WA 3VE9A 3FEMA 3Q2DA 4GUFA 1KM1A 4IQLA 7TIMA 2QCDA 1SPQA 5FEXA 1QO2A 1MEHA 2RHGA 4HIBA 5A8GA 1AK5A 1ICPA 5LZLA 2RKXA 3RFAA 1EP2A 3PBVA 3NGJA 2YYTA 4JDBA 4LVBA 4CCDA 3LCHA 4IWWA 3LHTA 1B4EA 4JX5A 2WSQA 5FI8A 2C19A 2Y62A 4YXGA 3C2OA 1WDWA 2EGZA 5DELA 1XI3A 3ANYA 2YFNA 2Q8LA 2J9YA 1ZY9A 4XBSA 1LYXA 3DZ1A 2VXNA 3GKAA 2VC6A 3EWXA 4GJ1A 1MXSA 4XKYB 1OFEA 1H62A 1VCGA 3EEGA 3IGUA 3FA5A 4MIMA 1SO5A 4OWGA 4GUGA 3TQVA 2ZZ7A 2ZZ4A 3STGA 1GTEA 1VPXA 1PL9A 2ATSA 3GX9A 3S0CA 5G4EA 3IV3A 5D2XA 1N8FA 4FNUA 2PE4A 3PR2A 2VELA 2V2DA 1KM5A 3SI9A 5LGXA 3LRKA 1WYIA 2HS6A 4ONVA 3QSRA 4L4MA 2FJKA 4EWND 3PC0A 5HNRA 1SZEA 2YXGA 3P84A 4ORMA 1OX5A 4GWEA 3M47A 2GQAA 2NV2A 1KFJA 4XWUA 2J88A 3C2EA 3P74A 2XN0A 4DQWA 1ZALA 2C14A 5HWJA 2DZSA 3MP5A 3QEZA 3LRLA 3S1WA 2QEZA 3GXPA 4IMCA 3IIZA 3W85A 3PB0A 4PA8A 4IMEA 3T55A 5DY2A 1R2TA 1IGSA 2JKAA 4NNBA 3W1PA 4ZVJA 1KFCA 3ABQA 3CEUA 1DQWA 1P1XA 5CZSA 5E1QA 5CSSA 3L5AA 1UB3A 1QFEA 4LVFA 1B3OA 4MOZA 3UNDA 4YCOA 1OYAA 3GZ3A 1TIMA 2QDHA 5T26A 4CNNA 1CI1A 1VYPX 1OFQA 4WXYA 3W1RA 1IXQA 2E09A 3IVSA 3O63A 5BRBA 1W54A 1KM6A 3LBCA 1B4KA 3QQ1A 1KFLA 1QOQA 2QKFA 1SZNA 2ISSA 4YWIA 5CG7A 4QM1A 4Z08A 2FB3A 2RH9A 4FX7A 1LBMA 3GB6A 3UZ5A 3NPUA 3MW7A 3DXIA 1ZFJA 3EWWA 4MZ1A 1KV5A 4FNPA 2EPHA 3S5NA 2CLLA 1I2QA 1HL2A 3W22A 5J5DA 2NX3A 1XBYA 2B7NA 3NO5A 4JD4A 4UMAA 1WOAA 2FDSA 5DBTA 3W1NA 2QCHA 1KTCA 1SUXA 3L66A 3BLEA 2IQTA 5F1UA 3PY2A 4MYAA 2QR6A 1O94A 1S5VA 1EUNA 5G2IA 1TYGA 5AC7A 3BG3A 3N2MA 3C6CA 3EXSA 1LTDA 3ABOA 3TQKA 2OT0A 4RZ4A 3NM3A 5F4SA 4DPQA 8TIMA 1UBSA 4UMBA 3N9RA 2E6FA 3W1TA 2E68A 1XUUA 1ME8A 1FDZA 3YPIA 4UC5A 1WV2A 5DCDA 1VYSX 2ZRWA 1JJKA 5I3GA 1QNVA 3TXZA 1OX6A 1ZAHA 5H91A 1FDYA 3W23A 4RR4A 4IX2A 5EBUA 5L9FA 3PG9A 1G4EA 5D38A 4Q33A 4MUZA 4AXKA 1LBLA 3EX2A 3BK0A 2Y7DA 1OF6A 3NR0A 3ZS4A 3L21A 3Q58A 2Z2UA 2WO5A 3E49A 3G0UA 1P5BA 3BO9A 3LCIA 2X1TA 4UNLA 3FYOA 5EKYA 1HO1A 1F6KA 5HR6A 5HR7A 2AAMA 5AYZA 4GFSA 2OJPA 3BV4A 3W75A 1VLWA 1W5PA 2CZDA 4FNTA 1QO5A 5C55A 3KXQA 1SR9A 4YMZA 2Y88A 3NZRA 4NXKA 1FWTA 1S5WA 4AB4A 3C56A 1TPUA 3WFAA 4BI5A 3NL6A 3T78A 2BXVA 3TV8A 5DLCA 3IIXA 3W1MA 3HB9A 3S42A 3LTYA 3W71A 1UCWA 1RPXA 3BPWA 4Z1DA 3ZR4A 2Q3RA 1WQ5A 2FPTA 4KWWA 5AC8A 3MHGA 3SECA 3TMQA 2A6NA 3SZ8A 1R30A 4OV9A 3DH7A 3KVJA 3TAKA 3W7NA 1G7UA 3GXTA 3W1UA 4EOUA 3CT7A 2JK2A 1Q6LA 2YW4A 3OG3A 3NQ8A 1ICQA 3M6YA 2P0OA 3T4CA 3FS2A 4C1LA 5D09A 4O57A 1A5AA 2ZBTA 3LCXA 2QCFA 4UTTC 2DJLA 1AW5A 4K6AA 3IIVA 3MUXA 3FKRA 3GAYA 3PF3A 4M7TA 1JULA 2QCEA 4PODA 2XN2A 1LZOA 1V7YA 1CX9A 3S8HA 1G69A 4PH6A 3P62A 2W6RA 3TUUA 1W5QA 5EMUA 5CPOA 3U2OA 2FFCA 3G3DA 1Q6QA 3UZJA 1GJPA 1HO4A 4JTHA 4E2BA 1VJIA 4LU0A 5SWUA 1TO3A 2YDAA 2GVLA 4J9JA 2QCCA 3EKZA 1X7FA 1JVNA 4GBUA 1DBTA 4GUJA 3QMSA 3CWOX 1HTIA 1FCQA 1PE1A 1S5TA 4PCFA 5C5YA 3Q37A 2J9XA 4DBDA 2DZUA 4ICNA 3THAA 2Y7EA 1GVQA 4O16A 4IUOA 4QIUA 3S1VA 3PULA 4JYDA 4IMDA 2EF9A 4C1KA 1DJQA 4N6FA 4PTNA 4R53A 3STCA 4Z0SA 1JCLA 2AQWA 2HSAA 2A0NA 4UFKA 2LLEA 4ZQPA 2A7PA 4Y6GA 4WZHA 1QPRA 1F74A 1T96A 1ICSA 5K2ZA 4XQ6A 4JX6A 2Q8ZA 2Q3OA 4MY1A 1K8XA 1FY6A 4K39A 1KLYA 5U4NA 3HG5A 5E0KA 2VOMA 5D2TA 1OF8A 4FNSA 2ZYFA 2R94A 4E2DA 4QISA 5G1YA 3H54A 5C2XA 4CLMA 2RDTA 2OX1A 4LS0A 3M9YA 2J6XA 1I4NA 1Q6RA 4HNTA 1KA9F 3G3MA 2HTMA 4DXVA 1VYRA 4L4LA 4NJKA 5F2LA 3O07A 3W7PA 4AMAA 3O6DA 1NSJA 3GKFA 3QF0A 3TXVA 2Y85A 4I7WA 2QAFA 4WXZA 2V2CA 3VCRA 1G4PA 5CZTA 3Q94A 1L6YA 2DJXA 3NG3A 4XUGA 1GQNA 2J24A 3MJYA 5AFDA 1VCVA 4QSHA 4A22A 3W7OA 5CGQA 3SW6A 3DKLA 2CZ5A 2G97A 2NWRA 1Z41A 4ZL1A 3W2LA 2V30A 3RLVA 1ZAJA 4BK9A 1QWGA 3S5OA 1TPH1 3BGGA 5LSMA 2VEMA 1F6PA 2YFOA 1A5BA 4Z0JA 1B57A 4OV4A 5HWNA 4LS1A 5K9XA 2X2GA 1JR1A 2E6AA 3PBWA 1YLVA 4UFJA 2V5LA 5CPLA 1VS1A 3M0ZA 4BWLC 2X1SA 3W76A 2VFIA 5IBXC 3NQVA 2ZRZA 1D9EA 1W56A 2WV8A 3CLMA 2ALDA 3WJXA 4Z1BA 4O4WA 5AHEA 1LCOA 1DKWA 2FB2A 5I3FA 3GDMA 4BFAA 2B7PA 2WQPA 4ZQNA 3OIXA 4MLRA 5FEZA 1SO4A 4NJGA 3NL3A 3OHIA 3N3MA 3LHUA 1OYBA 3JR2A 5LNSA 1LM1A 2I14A 4QNWA 2VKZG 3FIGA 1TTQA 4RXGA 1DVJA 3HGSA 1H7NA 1E51A 2DZTA 4ZQOA 3WJZA 3TU9A 1TRDA 4S2CA 1FWNA 4M6PA 3C3NA 4OT7A 4JTEA 3NOEA 2V81A 3ATZA 3UY8A 1JQVA 1V5XA 1XUZA 3GNNA 2VFHA 4I7UA 3KRZA 1MO0A 5FEPA 2CU0A 3LI1A 5DY3A 3W3OA 1YDVA 5LNRA 1JCMP 4NNAA 3TX9A 3LX9A 2TSYA 2QF7A 2ZFAA 3TROA 3G1SA 4K36A 2YGYA 2JGQA 3O1NA 2VFEA 5AHLA 3TSBA 3NYZA 5BMWA 1LRTA 2Y89A 2C3ZA 1R2RA 5LNWA 3GDKA 3EWZA 4JTLA 3TH6A 5DXXA 4A29A 1VCFA 2VFFA 4Y9AA 2A7RA 2B7QA 4AH7A 3CC1A 3FLUA 6TIMA 3NVTA 4UFLA 2X16A 5TQLA 4NX5A 1DL3A 3TAOA 4O13A 1H7OA 3G1FA 3RU6A 1DOSA 3P8JA 3TSMA 1QMLA 1WXJA 3G18A 1B9BA 1AL7A 1M7PA 4O50A 3O06A 4Z1AA 2QAPA 4K8HA 4JGDA 1ZAIA 5KTLA 5AHNA 2OZ0A 4O8RA 5I3HA 3HQ1A 1EA0A 3W7DA 1WOBA 1I2RA 4UUIA 4I9AA 1XBVA 2D73A 1W5MA 3PM6A 2C18A 1MEWA 2DZXA 4NU7A 5DCEA 3EX3A 2X1RA 5LNVA 4JXCA 4JEQA 3KRSA 3B05A 3FKKA 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4TMCA 4NT0A 1F76A 3LXBA 5K7JA 1QPNA 1RV8A 1WAUA 3L2IA 4GNJA 3A21A 4RX0A 1I8JA 1W3TA 4IMFA 4KFPA 1TJRA 4AF0A 3L0GA 3P8IA 2C1HA 3NPWA 1TMHA 2I1OA 5G4WA 4HHPA 1JRBA 3HPSA 2GJLA 2G96A 5HMSA 2Y7GA 5DCBA 1QPOA 2H8ZA 2QCDB 3W7GA 2TYSA 2DORA 2VFDA 1VLIA 5DN1A 2B7OA 4YL2A 2O7SA 5F2IA 1FWSA 3PUOA 5D2VA 1TRIA 4RZ5A 1PIIA 3HF3A 1IF2A 3UXAA 4P61A 3UY7A 4JTKA 1EWEA 2RDWA 5D37A 4X22A 1XXXA 4MLJA 4O0ZA 3U8GA 4CNPA 3EWUA 5ABTA 3WJSA 4AVFA 2A21A 3A24A 3GIYA 4OBTA 4RKAA 4O4VA 1GZGA 4FF7A 4E38A 2J9ZA 3B0UX 3C4UA 1ONRA 4ZQCA 3HOJA 5HQEA 3QPZA 2CWNA 3WJYA 3VI2A 1TPFA 2VFGA 3G1HA 4NJJA 1YDOA 2CW6A 2V9DA 1GTHA 2Z1BA 1OFOA 2Z6JA 3O6CA 1KBJA 2C0AA 5FESA 5HINA 4N2YA 1H7PA 3B4UA 4ORIA 1YPIA 3C0JA 3KRUA 4HNVA 2CLMA 3MI6A 1TPWA 3OEXA 4P2VA 1YTEA 4LRSA 1HG3A 5HJLA 3DKJA 3RK8A 5F1VA 4O1CA 1NF0A 2ZZ2A 3LERA 3M5YA 3HIJA 3CTLA 5AYXA 2VENA 3DFQA 1G67A 4MKNA 4ZMGA 4ZQMA 2JKEA 4MY8A 2V8ZA 5F4XA 1H51A 5K3VA 2GJNA 1YXDA 4WOZA 2WNNA 4B5NA 5AHMA 3W6YA 2CFFA 4HT3A 3L0NA 1X1OA 4EF8A 1VR6A 4UFHA 2BWGA 1JCXA 4UTJA 3O16A 4GC4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3HF3A

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