3HFMY

Structure of an antibody-antigen complex. crystal structure of the hy/hel-10 fab-lysozyme complex
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Complex(antibody-antigen)
source organism Mus musculus
publication title Structure of an antibody-antigen complex: crystal structure of the HyHEL-10 Fab-lysozyme complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYHEL-10 IGG1 FAB (LIGHT CHAIN)
total genus 39
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hfmY00
2PC2A 2ZWBA 1INUA 5KXNA 1YIKA 4X3BA 132LA 1TCYA 4WMGA 5HMJA 1DQJC 1HNLA 6LYZA 1NHEA 2DQFC 1BWIA 1IC5Y 1I1ZA 1OUGA 5DLAA 5LAFA 1IORA 4BS7A 3N9AA 2MEIA 3LZTA 1LHKA 3OJPA 5LVKA 1LZSA 1B5UA 1OUBA 4N1CC 5DL9A 4NGLA 3ZVQB 5C6JA 5KXWA 5D5FA 1GB2A 5LA5A 1B5ZA 3M3UA 1WQPA 1IY3A 1GF6A 4LYZA 1VFBC 2BQIA 1IWVA 3TXFA 3B0IA 2ZIKA 1JTTL 4OWHA 3GXRA 3A34A 1WQOA 4H9EA 4MR1A 4ZIXA 4B4EA 5KJ9A 3AZ6A 2CDSA 3F6ZA 1LZ1A 1QTKA 4DT3A 3ULRA 3TMUA 2N5ZA 1LZ4A 9LYZA 5I4WA 1C10A 2YBJA 2YBHA 1GF5A 4BAFA 1B5XA 3A8ZA 2MEHA 1AT6A 1LMCA 3N9EA 2BQCA 3CT0A 1DI3A 1F6RA 2NWDX 1CJ7A 3B6LA 4WLTA 2EIZC 5ILFA 2G4PA 4CFOA 3TXEA 2BLXA 3D9AC 1HSWA 4NFVA 4Z41A 4H8XA 4N8ZA 2A7DA 1HC0A 3D3DA 3AW7A 5F16A 1LHHA 4RLMA 1VDQA 1LSEA 1CKHA 4LT3A 1CKGA 4A7DA 2BQJA 1NBYC 2Z37A 1HELA 3A90A 3A94A 1IWZA 1LMTA 1SLYA 1LZBA 4NSGA 1LJ4A 1F10A 1LZGA 4UWVA 1GB6A 1QIOA 5B05A 3N9CA 134LA 2F2NA 2I26L 1LZNA 3LZ2A 5LAGA 4QY9A 2HUBA 1NF5A 1LOZA 1LZ9A 3EXDA 4XJIA 1YAQA 1JJ1A 4XADA 5KY1A 1G7JC 1YILA 3W3EA 4LYOA 3WVYA 1B5VA 1C43A 4ET8A 3J6KA 4H9AA 4XJDA 1NDMC 3G3BB 1LSYA 1IWWA 1GB8A 4ANRA 1LJJA 3WPJA 1F0WA 3AGIA 5ILCA 3TMVA 2B5ZA 1AM7A 2BQKA 3J4GA 2BQGA 5LYZA 1DI4A 3WU9A 4PJ2C 4ETAA 5FCPA 1ALCA 1CKFA 1AZFA 1DKKA 4MSTA 1UIEA 1QSWA 2BQNA 4NGWA 4PHIA 4AXTA 1O23A 1GF8A 4DD7A 4ET9A 1HEQA 1GDXA 3HBEX 1C7PA 1T6VL 1GFGA 4UWNA 2IFFY 4HJVA 4WO9A 5KXZA 5LVIA 4H9HA 3VWOA 2ZIJA 1XEJA 1BVXA 1GEVA 1JTPL 1UIAA 2BPUA 4WM5A 1VDSA 1LJIA 2DQHY 2LZ2A 1HMKA 4KT3A 3TMWA 2LZTA 1GWDA 4GCCA 5I4YA 3P66A 4WM6A 2Z12A 4TSBA 4WM3A 4DDCA 1UA6Y 2EPEA 3B0KA 3AGHA 1UC0A 1GFAA 4NGJA 3RW8A 1LZ8A 4HSFA 1CNSA 2BQFA 4I0CA 1REYA 5FHWA 1IVMA 3MGWA 4NWHA 1LJGA 4ETBA 2C8OA 5KXYA 1G7MC 1NDGC 1WVVA 1DKJA 1IWTA 1LSGA 3LYTA 2HEAA 1LZCA 2DQDY 2F30A 3QNGA 3RNXA 4TUNA 1GFHA 1QTEA 5APFA 4H9FA 4NWEA 1NKHA 1UIBA 1HHLA 1LJ3A 2XBSA 2Z2EA 2ZNXY 1J1OY 4N9RA 4P2EA 4NGIA 1IP6A 1PZYA 4WL6A 4Z3MA 5LVGA 2YBMA 1N4FA 1B7OA 1OUJA 1J1XY 4WLDA 5LVHA 3FE0A 1E8LA 1LMOA 2H9KA 1RJCB 4DC4A 8LYZA 4WOAA 5KKIA 1VDTA 3TMXA 1ZV5L 4W96A 5FSTA 4LYCA 4R0FA 5B07A 5I54A 2DQAA 5B1GA 1DZBX 1BWHA 1VAUA 1JIYA 2MEEA 1IP5A 2CGIA 3CSRA 4CJ2A 5KXXA 5LXWA 4H9BA 1DXJA 1OUDA 1IO5A 4GLAA 5E4PA 4XJBA 4DD1A 1GBOA 1LSZA 1XSFA 4CFPA 4EOFA 5DN4A 1GB7A 4NHQA 3A96A 4XYYA 1JTOL 1OUCA 4DD2A 5APCA 1HFZA 1FLQA 1JITA 1GB0A 1XEKA 1GF4A 1B7QA 1IWXA 3A92A 1B7SA 1GXXA 2G4NA 1D9UA 4L41A 1GF0A 4DWXA 1IC7Y 4TX7A 1TEWA 2DQIY 2HEEA 4HV1A 4DYGA 2HTXA 4HPEA 3T6UA 1EL1A 5KXOA 4LZTA 1LJNA 4M6DA 3LHMA 1LSPA 4LT1A 4DDBA 2VB1A 1JSFA 4H93A 1UIDA 1SQ2L 193LA 4HTQA 5HNCA 1IIZA 1I56A 1YAOA 4YOPA 1LSAA 4NSHA 1IC4Y 2HECA 1IOTA 1D0MA 4J1AA 1LMAA 1LMQA 3G3AB 2A7FA 3LYOA 1FLUA 4NG1A 3WPKA 4XJGA 4H91A 2GV0A 1DPXA 1GAYA 2MEBA 5LVJA 3SP3A 1LKRA 3TXDA 1HEOA 3WUNA 4GN5C 4BAPA 4I8SA 4O34A 1LZRA 1H6MA 4NSIA 1B7NA 3W6BA 5APEA 5IELA 1TBYA 3B72A 1B0DA 5I4XA 1C08C 2D91A 1CKDA 2BQOA 135LA 1JEFA 1EQ5A 2FYCA 1YANA 3P65A 4NY5A 1IR9A 2BAAA 3TXKA 3A95A 3WUMA 4B1AA 5IHGA 1B9OA 1HERA 4YEOA 1GFKA 1ZVHL 1IY4A 4NEBA 1UBZA 1GE4A 4LFXA 1FLYA 1OUIA 3WVXA 1XGUC 3A67Y 4GCFA 2CJLA 2HU3A 2YBLA 3LYMA 5DM9A 2ZNWY 2BQHA 2W1MA 3LYZA 3AJNA 1G7LC 2W1YA 5F9UA 4LT2A 1IOCA 1YROA 1JKBA 2H5ZA 4OOTA 4XJHA 1IR7A 1GF7A 1GXV2 4II8A 1LZDA 5I5QA 1HFYA 3EMSA 1A2YC 4NIJA 4PPOA 4WLYA 1JISA 1GE3A 4LYTA 4D9ZA 2XJWA 2LHMA 1MELL 1ZVYB 4WL7A 1KIPC 4N0JA 1LZTA 1JKCA 1REZA 1B5WA 4NGOA 1GE1A 4DD3A 5LYMA 1WQQA 3M18B 4NG8A 3ATNA 4GLVA 1LMPA 2DKVA 4WM1A 4YM8A 1Z55A 3EBAB 3AB6A 2D6BA 2BQDA 4H90A 5JENB 1D6PA 1YQVY 4H8ZA 1QDTA 5T3FA 4GN3A 3BKHA 3WULA 1G7HC 4J0LA 2W1LA 1UUZC 1XGQC 1JJ3A 1IEEA 1P2CC 2AUBA 1FKVA 4KXIA 3GXKA 4PRUA 5IDDA 4OWCA 1LYSA 1LSFA 1BB4A 1JHLA 2CWIA 2EQLA 3ATOA 1B2KA 1QQYA 4LYBA 1MLCE 2Z18A 1LHMA 1LSBA 1QDRA 1HENA 3HBHA 4GCDA 1IOSA 4XENA 1D0LA 1EQ4A 2DQGY 1WQRA 3CT1A 1AT5A 3P4ZA 4HPIA 4NGYA 2MEAA 2ZYPA 1YAPA 3CQLA 2D4JA 3FI7A 4N5RA 5A3EA 5J7CA 1IP4A 5AMYA 5EBHA 1FKQA 1NMMA 2I6ZA 2Z19A 3P68A 4OW1A 2BQAA 1B5YA 4NHTA 5HQ1A 4LYMA 4QDNA 4ETCA 5L3IA 4J1BA 3AZ4A 1F6SA 1WTNA 2Z2FA 2F4GA 3A3QA 1VEDA 1WQNA 4H92A 4Z98A 1BHZA 4YEMA 1IP2A 4WG7A 133LA 1JSEA 4ETDA 4YF2A 1HEPA 1JUGA 1FLWA 3B0OA 4FJRA 4U3XB 5LA8A 5B1FA 1GF3A 1GBSA 1HMLA 1GFJA 4Z46A 2DQEY 1LHJA 4G4BA 4KPMA 3AZ5A 1IP1A 2MEDA 4GCBA 153LA 1BB6A 1XEIA 2DBTA 2BLYA 1GFVA 1KXYA 1IX0A 3CB7A 1BB7A 2MEFA 4G49A 4HTKA 1REMA 5D5CA 3IJUA 4CHXA 2ZQ4A 1NBZC 1LCNA 4ZFPA 1BQLY 1TAYA 3P64A 1GFRA 2XBRA 2I25L 2YSSC 5F14A 5C6IA 5A3ZA 4NSJA 1ZMYL 1LYOA 2BQEA 3A93A 1UACY 4NGKA 2YVBA 3QY4A 4OOOA 1H87A 1BVKC 1REXA 4XN6A 1EQEA 4WM2A 2X0AA 4H9CA 3ZVQA 1XGRC 3TXIA 4G4HA 4NGZA 1GB5A 1JJ0A 2YBIA 1OUAA 4E3UA 4IJ4A 4HTNA 1GBYA 4OWBA 4HJYA 1KIQC 1UIFA 2FBBA 2LYOA 4NHIA 5KXKA 2HEFA 4YENA 5KXRA 2EKSC 4H1PA 207LA 5KXSA 3WW6A 5HLLA 5FELA 4W94A 3HBDA 1LJHA 3WXUA 3E3DA 5LINA 4ML7A 1HF4A 1KIRC 1IP7A 1YL1X 1C45A 4XJFA 3EO5A 2BQBA 3WW5A 3WU7A 3TXJA 5FDJA 1LTMA 3TXGA 1B7LA 5F81A 4DD9A 1YKZX 3CSQA 3AYQA 4J7VA 3A3RX 6LYTA 1AKIA 1FN5A 1NWGA 2ZQ3A 2IHLA 5HNLA 3ZEKA 4MCKA 4CGEA 1GBXA 2FBDA 1LJEA 4IASA 3TXHA 1JPOA 1LZ5A 1GD6A 4GN4A 4H9IA 2DQCY 4RDSA 3W6EA 2HU1A 1PS5A 4C3WA 2YBNA 4QEQA 5KXMA 3IJVA 1LZYA 4HJZA 5HMVA 1UIHA 1LJKA 1OQMA 2BQLA 3A91A 1IWYA 5I53A 1W6ZA 2MECA 194LA 1LZAA 1KXWA 4B4IA 3A6BY 4LT0A 1GE0A 1V7TA 1BWJA 3RZ4A 3T36A 1CKCA 5APDA 1YKXX 1DPWA 4B4JA 4IATA 4FDYA 1VDPA 1B7MA 3WU8A 2Q0MX 7LYZA 4NHSA 3AGGG 1RI8B 1NQIA 1GBWA 4DD0A 5LYTA 1GEZA 1WQMA 1IR8A 3IWRA 5KXPA 1A4VA 5K7OA 1J1PY 1LZ6A 4OWAA 4M4OA 1I20A 1D6QA 1LAAA 2MEGA 2HEBA 3AW6A 4RW1A 1BGIA 2HEDA 2XTHA 3AZ7A 4DDAA 1LHLA 3CSZA 3HFMY 2YDGA 2W1XA 2LYZA 1TDYA 1GAZA 1LMNA 5B06A 4N1EI 4B0DA 1B7PA 4PRQA 4G9SA 4RLNA 1WVUA 4ZEEA 4UWUA 5L9JA 3WMKA 1QUSA 1B7RA 4WLXA 3WUAA 5C6LA 5KKJA 1XGPC 1YAMA 3W6DA 1GHLA 2C8PA 3LN2A 2DQJY 1OUHA 3WH1A 4LGKA 1YL0X 2D4IA 4WG1A 1XGTC 2ZILA 2LYMA 5LIOA 1BB5A 4TSCA 3WPLA 1JKAA 1GFUA 5F9XA 5II3A 1VATA 1GE2A 1RCMA 4TTDA 4ETEA 1HEWA 1D0KA 4LFPA 3WL2A 1JKDA 1GFTA 1LSCA 3KAMA 1FDLY 4HP0A 3W6FA 4NGVA 1XFPL 2Y8PA 2FYDA 4PGJB 2WARA 3K3TA 1QSAA 3OK0A 4HV2A 1FBIX 2G4QA 5DN5A 1WTMA 3WXTA 2RSCA 1LPIA 1HEMA 4TWSA 1CJ6A 1HFXA 4QGZA 1OUFA 4GCEA 1RE2A 5FEKA 1V7SA 1UICA 1JWRA 1LHIA 1IP3A 4WM4A 5E9RA 1KXXA 1BB3A 1C46A 1RFPA 3W6AA 1T3PA 3BKVA 1CJ9A 1GB3A 1LJFA 2Z39A 154LA 4H8YA 1LSMA 4KL7A 4B49A 1LSNA 1LKSA 4OWEA 1W08A 5B59A 1UIGA 1CJ8A 2BQMA 1GF9A 4WO6A 1LSDA 1YKYX 4R6CA 3QE8A 1GPQC 3TXBA 5KXLA 3WYHA 2F4AA 1HSXA 2ZYCA 1LYYA 4EMNA 1UCOA 4NHPA 4H94A 5M1YA 2H9JA 1IWUA 1OUEA 1QUTA 1GDWA 4C5FA 1GFEA 4BADA 1IOQA 208LA 2D4KA 1OP9B 1LZEA 2Z38A 4RW2A 4AGAA 3CT5A 3A6CY 3RU5A 5KXTA 5L3HA 1DI5A 1GB9A 1GBZA 3RT5X 3W6CA 1LYZA 1G7IC 4G4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PC2A 4I7NA 4PK0A 1HNLA 1TLAA 5DLAA 1IORA 5LVKA 261LA 3PDSA 5DL9A 199LA 1P2LA 3ZVQB 4EPIA 5LA5A 3M3UA 1WQPA 172LA 3G3XA 1L56A 1IWVA 2ZIKA 1JTTL 230LA 3A34A 1WQOA 4B4EA 1L71A 3ULRA 3HDFA 2N5ZA 2YBJA 4BAFA 3DN6A 174LA 1L94A 1DYGA 5ILFA 4CFOA 4NFVA 1QTCA 1P7SA 2A7DA 1HC0A 2OU9A 2XQOA 3GUIA 1CKHA 4LT3A 1D3JA 3A90A 1LZBA 1QIOA 5LAGA 4XJIA 1JJ1A 237LA 3WVYA 1L45A 4XJDA 214LA 1IWWA 1L86A 2B5ZA 3LZMA 1AM7A 2BQKA 3WU9A 1DI4A 1CKFA 1DKKA 219LA 2BQNA 1QSWA 4ET9A 1GF8A 1GDXA 3HBEX 4UWNA 2IFFY 4HJVA 4WO9A 5KXZA 1BVXA 1GEVA 1UIAA 217LA 4WM5A 3TMWA 1HMKA 4GCCA 3P66A 123LA 4I7MA 3B0KA 1GFAA 4NGJA 1LZ8A 4HSFA 1CNSA 1IVMA 2L78A 1LJGA 2C8OA 1DKJA 2B7XA 2OEAX 6LZMA 3RNXA 4TUNA 1QTEA 220LA 4H9FA 1HHLA 4P2EA 4I7PA 1IP6A 3CDVA 5LVGA 1N4FA 3SBAA 2H9KA 1L10A 1RJCB 8LYZA 5KKIA 4W96A 5B07A 2DQAA 1DZBX 1BWHA 1VAUA 2CGIA 3CSRA 5LXWA 1L50A 3SB8A 1IO5A 1LI6A 2O79A 1D2YA 1GB7A 4NHQA 4XYYA 138LA 3SN6R 4DD2A 1LWGA 1KW5A 1L97A 1OV5A 1IWXA 3A92A 4TX7A 235LA 4DYGA 2HTXA 1LJNA 3LHMA 4LDLA 1IIZA 1YAOA 4NSHA 1IOTA 1LMAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PC2 A;  2ZWB A;  1INU A;  5KXN A;  1YIK A;  4X3B A;  132L A;  1TCY A;  4WMG A;  5HMJ A;  1DQJ C;  1HNL A;  6LYZ A;  1NHE A;  2DQF C;  1BWI A;  1IC5 Y;  1I1Z A;  1OUG A;  5DLA A;  5LAF A;  1IOR A;  4BS7 A;  3N9A A;  2MEI A;  3LZT A;  1LHK A;  3OJP A;  5LVK A;  1LZS A;  1B5U A;  1OUB A;  4N1C C;  5DL9 A;  4NGL A;  3ZVQ B;  5C6J A;  5KXW A;  5D5F A;  1GB2 A;  5LA5 A;  1B5Z A;  3M3U A;  1WQP A;  1IY3 A;  1GF6 A;  4LYZ A;  1VFB C;  2BQI A;  1IWV A;  3TXF A;  3B0I A;  2ZIK A;  1JTT L;  4OWH A;  3GXR A;  3A34 A;  1WQO A;  4H9E A;  4MR1 A;  4ZIX A;  4B4E A;  5KJ9 A;  3AZ6 A;  2CDS A;  3F6Z A;  1LZ1 A;  1QTK A;  4DT3 A;  3ULR A;  3TMU A;  2N5Z A;  1LZ4 A;  9LYZ A;  5I4W A;  1C10 A;  2YBJ A;  2YBH A;  1GF5 A;  4BAF A;  1B5X A;  3A8Z A;  2MEH A;  1AT6 A;  1LMC A;  3N9E A;  2BQC A;  3CT0 A;  1DI3 A;  1F6R A;  2NWD X;  1CJ7 A;  3B6L A;  4WLT A;  2EIZ C;  5ILF A;  2G4P A;  4CFO A;  3TXE A;  2BLX A;  3D9A C;  1HSW A;  4NFV A;  4Z41 A;  4H8X A;  4N8Z A;  2A7D A;  1HC0 A;  3D3D A;  3AW7 A;  5F16 A;  1LHH A; 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 3WUA A;  5C6L A;  5KKJ A;  1XGP C;  1YAM A;  3W6D A;  1GHL A;  2C8P A;  3LN2 A;  2DQJ Y;  1OUH A;  3WH1 A;  4LGK A;  1YL0 X;  2D4I A;  4WG1 A;  1XGT C;  2ZIL A;  2LYM A;  5LIO A;  1BB5 A;  4TSC A;  3WPL A;  1JKA A;  1GFU A;  5F9X A;  5II3 A;  1VAT A;  1GE2 A;  1RCM A;  4TTD A;  4ETE A;  1HEW A;  1D0K A;  4LFP A;  3WL2 A;  1JKD A;  1GFT A;  1LSC A;  3KAM A;  1FDL Y;  4HP0 A;  3W6F A;  4NGV A;  1XFP L;  2Y8P A;  2FYD A;  4PGJ B;  2WAR A;  3K3T A;  1QSA A;  3OK0 A;  4HV2 A;  1FBI X;  2G4Q A;  5DN5 A;  1WTM A;  3WXT A;  2RSC A;  1LPI A;  1HEM A;  4TWS A;  1CJ6 A;  1HFX A;  4QGZ A;  1OUF A;  4GCE A;  1RE2 A;  5FEK A;  1V7S A;  1UIC A;  1JWR A;  1LHI A;  1IP3 A;  4WM4 A;  5E9R A;  1KXX A;  1BB3 A;  1C46 A;  1RFP A;  3W6A A;  1T3P A;  3BKV A;  1CJ9 A;  1GB3 A;  1LJF A;  2Z39 A;  154L A;  4H8Y A;  1LSM A;  4KL7 A;  4B49 A;  1LSN A;  1LKS A;  4OWE A;  1W08 A;  5B59 A;  1UIG A;  1CJ8 A;  2BQM A;  1GF9 A;  4WO6 A;  1LSD A;  1YKY X;  4R6C A;  3QE8 A;  1GPQ C;  3TXB A;  5KXL A;  3WYH A;  2F4A A;  1HSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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