3HI0A

Crystal structure of putative exopolyphosphatase (17739545) from agrobacterium tumefaciens str. c58 (dupont) at 2.30 a resolution
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
505
structure length
501
Chain Sequence
RSEAQGRLTGLAPVSVIDIGSNSVRLVVYEGLSRAPAVLFNEKVLCGLGKGLALTGRMHEEGVTRALMALRRFHVLSEQAQAQKLYVLATAAAREAENGPDFIREAEAILGCEIEVLSGEKEALYSAYGVISGFYQPDGIAGDLGGGSLELIDIKDKSCGEGITLPLGGLRLSEQSDGSLEKAATIARKHVKSFAKLLAAGEGRTFYAVGGTWRNIAKLHMEISGYPLHMMQGYELPLEEMLNFLEEVIVSRDAWQAVSKNRRSLLPFGAIAMREVLRAMKPAKIAFSAQGVREGYLYSLLTEAERESDPLLVAADELAILRARSPEHARELADWSGRTFPVFGIDETEEESRYRQAACLLADISWRAHPDYRGLQALNIIAHSSFVAITHPGRAYIALANYYRFEGLNDNGTTEPLAAMAGERLQELGKLLGGLLRVVYLFSASMPGVVDHLKFRKSDNPDIDLEFVVPHDYCDFAGERLDGRLQQLAKLTGKRLAFVFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Putative exopolyphosphatase
publication title Crystal structure of Putative exopolyphosphatase (17739545) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS str. C58 (Dupont) at 2.30 A resolution
rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
molecule tags Hydrolase
total genus 168
structure length 501
sequence length 505
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.3210.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Hypothetical protein af1432 Hypothetical protein af1432 3hi0A03
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hi0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3hi0A02
4BRKA 4MLEA 1OKJA 1J6ZA 2CH6A 5TK6A 2VCPA 2P9UA 5JMVA 4B1XB 1YAGA 4BRMA 1HKGA 4DMBA 4H0VB 3LJXA 4H0YB 3QB0A 5AQMA 4FWNA 4JNEA 5F0XA 3D7EO 2QXLA 4TNXA 4IZ9A 3I33A 4BGAA 1K8KB 2AA4A 3HM8A 4FWRA 4CBWA 2PARA 2A42A 4FPAA 1JCEA 3D2FB 3VESA 2P9LA 4BVOA 2NLXA 1ATRA 4BRFA 2E88A 3VEZA 1BG3A 2FLOA 5AQQA 3ENHA 3O1BA 4QG1A 3RSEB 3ZEUB 5LJWA 2E2OA 3QICA 4MLHA 4BG8A 4MZ7A 4FWSA 4H5RA 3O1WA 5TK8A 2QWMA 3MN7A 3TMCA 5F2RA 1NLVA 2HF4A 5AQTA 1XC3A 3HBTA 5I9EB 2QWNA 1DEJA 5BRHA 2FXUA 5JICA 1ZBSA 1HX1A 3G25A 5TK9A 4AM7A 4JHDB 3U1NA 4BRDA 5AZIA 2D1KA 3CJ9A 3WXIA 3LDNA 4AM6A 4FWQA 3FFKB 3D2EB 4BC4A 4RWTA 5AO0A 3J8AA 1KAXA 4M7XA 4BVPA 2CGKA 2P9IA 1T6DA 2P9KA 3SLCA 4IWVA 1NGAA 5AFUH 4RTFD 3MN6A 4B1WB 1U2VB 3UKRA 4IXCA 4QG0A 5BN9A 3WEEB 2HF3A 5BN8A 3GE1A 3FLCO 1P8ZA 2A40A 2QWRA 4QFYA 5TK7A 3M1FA 1E4FT 2D0OA 4L1JB 3O80A 4H0OA 4PKIA 2PAQA 4N6WA 3UKRB 2FF3B 2GUPA 3TMDA 4EFHA 3M1TA 3GDQA 4X9EA 3BP8A 2V52B 3BUZB 4A62A 1BOTO 1K8KA 4B9QA 4TNQA 2QWPA 2ZGYA 3DJCA 2CQZA 3D2FA 4FWOA 4N71A 4MLNA 3QBWA 4TNZA 3HI0A 5KPTA 3MN5A 1NGEA 3VF2A 3QBXA 1NGGA 4EHTA 2A41A 3LDOA 4XH1A 3RSEA 3GOIA 4K42A 3ZEUA 5KQ8A 1GLEG 4R8ZA 4TO4A 3AAPA 3LDLA 1BDGA 4Q7HA 3CCGA 2AP1A 3EZWA 1JCFA 4RXPA 1T44A 3CQYA 3R6MA 2ASOA 1DKGD 3H3NO 1MDUB 4BROA 1KXPA 4RXSA 1KAYA 3D2EA 4FWLA 2E8AA 5AQOA 3SMPA 3WQUA 3KH1A 3CI5A 5AQNA 3WXJA 4CBUA 3B8AX 3HZ6A 4BRGA 2YJFA 3BG2A 4LRLA 3MK6A 4I6MA 4L3QA 5BRFA 5ELZA 3WEEA 5AQZA 4CZMA 1NMDA 4L1JA 5AO2A 5LJVA 1MWKA 5AQVA 2PGSA 4Y0WA 5AQUA 1IJJA 2V51B 1ATNA 2OANA 3A5OC 3DXMB 5LY3A 3QMLA 1ATSA 2W40A 4BR4A 4M7YA 3UKUB 4B1VA 3SK3A 1VJ7A 3P4IA 1NGHA 1VQRA 4TO0A 1XX7A 3ENOA 4BC5A 4FOIA 5F1XA 1D4XA 5AQLA 2OGIA 5EY4A 3FZMA 3VGLA 3KVGA 3L4IA 3R8EA 3CJ1A 3EO3A 2GZ4A 1V4SA 3U9ZA 3LDQA 1BWFO 3ULEB 5AO3A 2I7NA 3VEWA 3O5BA 4BR0A 2Q31A 5FPMA 4MDZA 2BUPA 3A5NC 3VF6A 3GG4A 1BA0A 2P9SB 4LC9B 3AARA 2F9TA 4BC3A 4PKGA 1RFQA 3VENA 3U9DA 3LM9A 5AO1A 5E26A 3TPQA 1YXQA 3C7NA 4E1JA 4ZWEA 2FSKA 3ZETB 4CD3A 3MCPA 4JAXA 2FF6A 1XUPO 1NM1A 5AQKA 4BGBA 5AQRA 2V7ZA 5TKAA 5ADXH 1EQYA 1ZXOA 3A0IX 3S41A 5BPNA 1NWKA 2IVNA 4FWKA 2YJEA 1Q18A 1DGKN 3DWLA 2PAUA 4H03B 4A2BA 3ID8A 3FE1A 3L6QA 2HEKA 3CIPA 1QZ5A 3A8YA 2Q2RA 4L7EA 4TO1A 3MEMA 1QQOA 4FOEA 1QZ6A 4ISFA 2HOEA 5AQWA 4FO0A 4H5VA 3WQTA 1TYQB 2VYPA 4BRLA 4EIAA 2IIRA 4XEIA 2E1YA 4BRIA 2P9PB 3QFPA 2D0PA 1NGJA 4DHYA 3IFRA 3L0QA 4BRPA 1HKBA 4H0PA 5EX5A 1H1VA 3NR1A 3DXKB 5BREA 4TNYA 1R59O 1CZAN 4O8KA 3FZHA 1BU6O 4CZEA 3TM8A 3SJHA 3ULEA 5FPDA 3EL2A 2GEMA 5TKYA 3ZX0A 2E20A 1X3NA 1HPMA 2P9SA 2YI1A 3HTVA 4BC2A 3FR0A 4CZJA 4BRHA 1X3MA 2A5XA 2QM1A 4RXRA 1BUPA 4CZKA 2Q1NA 3WUHA 3ATUA 2ITMA 3WXKA 3ZETA 4H0XB 4TO2A 2CGJA 1E4GT 3CERA 1ESVA 2Q14A 2ZWHA 4EHUA 1YOYA 4WQ4A 4JHDA 2E2PA 4BRAA 2GELA 3CJ7A 4RXQA 2KHOA 2QW9A 3HC1A 1XQSC 4BZBA 4BG9A 1NGCA 2FSJA 3ATVA 4WQ4C 2ZF5O 4A61A 5BPLA 4GNIA 3CJBA 5JLFA 4BR2A 2WUSA 1Z05A 3CJCA 4CJ7A 5AQFA 4CZGA 1HJOA 1MA9B 2V7YA 4PKHA 3MZOA 1KAZA 2UYTA 4O5FA 5AQSA 3BEXA 4CZLA 4B1ZA 2F9WA 1C0FA 1U2VA 3IRHA 4BREA 4BR5A 2QWLA 2CGLA 2YHWA 3ZX2A 3VEYA 5AQHA 4FPBA 1TYQA 2P9LB 3P3QA 3M3ZA 2D4WA 1U6ZA 2QWOA 4CBXA 2GTDA 2IVOA 2PAVA 4BZCA 4EAHD 4TNPA 2FSNA 3DXKA 3RF0A 2GWKA 5EXWA 3EKUA 4BRNA 2PBDA 3H1VX 3GL1A 3VERA 3JXUA 4H5WA 4K41A 4MO5A 2E2QA 2EWSA 5AQYA 5KPZA 1BO5O 4IJAA 4L7WA 1NGDA 4QS7A 3FZFA 5FPNA 4NO7A 3EN9A 3QFUA 2NZTA 4JD2B 4CZHA 1RGIA 5AQGA 3M6GA 2PQ7A 2J4RA 4PL7A 2YHYA 3QDKA 1V4TA 3KZBA 3VOVA 2YCHA 1NBWA 1WOQA 3VEOA 3EKSA 4XH4A 4A2AA 5AO4A 5AQXA 3CHWA 2E1ZA 4TO3A 3TMBA 4TO5A 1JCGA 3LL3A 4XH5A 2Q0UA 3W3DA 1GLDG 1SAZA 4QS8A 4B1UB 4RXOA 5KPRA 5B8HA 4BRQA 1ZC6A 1NGBA 5E84A 4DCHA 3MDQA 4BR7A 4CZIA 4CZFA 4ISEA 3IUCA 3O6WA 1YUWA 2DPNA 2Q36A 2O6IA 3H45C 3IMXA 3DXMA 4QFZA 5EVZA 3FZLA 4MCWA 4B1YB 4TNRA 3UKUA 1GLBG 1SQKA 3OHRA 4CI6A 3H46O 4ZWGA 2HMPA 4WQ5A 3C0BA 1BA1A 3AY9A 1HUXA 4K25A 4XDSA 4BQLA 4F9OA 3DAWA 4RCHA 4WQ5C 4BR9A 4ME4A 4C23A 5BR9A 3O4WA 2DQBA 3A5LC 3FZKA 4JD2A 1TUYA 2Q97A 1YNBA 1S22A 4QG4A 2NRHA 4H0TB 3O8MA 2BTFA 1RDWX 1HKCA 1HLUA 3IDHA 2CH5A 3H1QA 4M63C 5AZJB 3H6EA 1GLAG 1NGIA 4I6MB 3R9PA 3WXLA 1QQMA 3U8XA 4Z94A 5AQPA 3LDPA 1QQNA 1MWMA 4H5TA 3VEVA 2W41A 2ZGZA 4YDUA 2VWBA 4FL9A 4BQZA 2P9NB 5BRDA 1Y64A 4PL8A 1LOTB 3KHYA 4DB3A 1GLFO 4YDUC 4QG2A 4BRCA 3A5MC 1X9JA 3F9MA 3MN9A 3O08A 4WYBA 3VGMA 3UE5A 1LCUA 3HSCA 4GY2B 5EOYA 3VEXA 4K43A 5ADXA 5BPMA 2P9UB 4QS9A 3JS6A 4DQ8A 3U4LA 3UB5A 5AQIA 4ISGA 5JLHA 1G99A 2ASMA 5AQJA 4HWIA 2Q0RA 3ZX3A 4H5NA 3GBTA 3VPZA 2O08A 2YHXA 3CETA 1NGFA 2QWQA 3NQWA 2P9PA 5AFUA 4HTLA 3W0LA 2E2NA 1WUAA 1IG8A 3VF4A 1SZ2A 1QHAA 1GLJO 1C0GA 4JN4A 4FWPA 4TO6A 2I7PA 2A6AA 3C7NB 3CJAA 5AR0A 2ASPA 3SMSA 1S3XA 5AZJA 1TUUA 2GWJA 2IVPA 4NB4A 3BF1A 4FWMA 1GLCG 4IO8A 3AAQA 2A3ZA 5KQDA 3WT0A 3I7AA 3FGUA 3VETA 3CQXA 3BF3A 4J8FA 5AZIB 1T6CA 4QFXA 3H3OB 4IJNA 2P9NA 3TU5A 4FSVA 2H3GX 3VGKA 5FPEA 3MMVA 5CE3A 3I8BA 2P9IB 3LM2A 2P9KB 4CD1A 1YVNA 4KBOA 1GLLO 4MLMA 4MO4A 1Z6RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5K14A 4GMJB 2CH6A 3ALYA 3G4SN 3BY5A 1YAGA 3OYCA 4H0VB 4DMBA 3LJXA 4KHWA 3T1HK 1HRHA 1GOCA 2DFEA 2E5LK 4FPAA 4DR7K 3D2FB 3VESA 4HCBA 5SZTA 1W0HA 3LZIA 4NXMK 2E88A 2UU9K 1RDBA 1BG3A 2FLOA 3VEZA 5CHIA 4LH4A 3ENHA 2G8UA 1REVA 3ZEUB 4LF7K 1WNSA 2FBYA 4MZ7A 4EZ9A 5HP1A 1VSJA 3TMCA 3L2QA 4F8RA 5AQTA 3OW2M 5I9EB 3AVIA 5BRHA 2FXUA 3KKRA 1ASWA 5TK9A 4AM7A 1BL3A 1FKOA 3U1NA 3VQCA 3CJ9A 3LDNA 3MXJA 3V9XA 1DT9A 2QI2A 5MLCQ 1TAQA 3SLCA 1NGAA 4RTFD 4B1WB 3UKRA 3O9RA 4JI5K 3WEEB 2HF3A 3C6HA 2XHBA 3NGZA 1LWEA 4CGIA 2D0OA 3O80A 2O8BB 2PAQA 4N6WA 3DMJA 4LY7A 3HM9A 1XNQK 5KI6A 2B6AA 3GDQA 4X9EA 1WAJA 3BP8A 2V52B 2QWPA 2ZGYA 3QO9A 4TNZA 4IEIA 1NK4A 3MN5A 1NGEA 3VF2A 3QBXA 1KSPA 2A41A 1S6QA 4DS5A 2XY8A 3V6DA 3HPHA 3ZT4A 3L8BA 4DR1K 1QSLA 4R8ZA 4O44A 3ZSVA 3CCGA 2HHSA 3EZWA 1J9AA 1U04A 3BGRA 4RXPA 1DKGD 3AA3A 4DFPA 4NYNA 5C25A 4DTPA 3V81A 3THYB 4BROA 3S4LA 3SV4A 4FK2A 1KXPA 1SL1A 1JXBA 4IOXA 2YX6A 3D2EA 3THXA 4OO1J 2E8AA 3KH1A 1Q86O 3CPEA 4I6MA 5ELZA 1T05A 3B6PA 5AO2A 1LV5A 2PGSA 5KRSA 3RRGA 2ETJA 2OANA 3A5OC 3QMLA 2W40A 2XRIA 3SAHA 4M7YA 2JGUA 4KTWA 1YIJN 4X62K 1HQEA 4F2RA 4BWMA 1XX7A 4AHVA 5F1XA 1RTIA 3O9TA 4FOIA 1XC9A 1D4XA 4F4KA 3AA5X 1YI2N 4E0DA 4FXDA 3VQEA 1Z26A 4M3WA 2W6LA 3VGLA 3D0PA 3L4IA 3EO3A 1V4SA 3ZSQA 1VQ7N 2I7NA 3VEWA 1B9DA 4BR0A 1JXEA 3MEEA 1NK7A 3A5NC 3AARA 3OS2A 2VQFK 4WCEL 4A5AA 4JK8A 3O3HA 3PLAA 5E26A 3G10A 3TPQA 5M1PA 3T7ZA 4JKHA 4ZWEA 4CK3A 3ZETB 1IKVA 3SNNA 2HHQA 4B9NA 5AQRA 5ADXH 1EQYA 4UQGA 3S41A 2IVNA 4NCGA 3O9SA 3VQ9A 4DU4A 1HR0K 1DGKN 3NBPA 2HVIA 4A2BA 3FE1A 1NMNA 3L6QA 3OYDA 1TKZA 1QZ5A 2YKMA 4CF0A 3A8YA 3TSQA 4CF8A 2Q2RA 4FVMA 3SJJA 4A5BA 2HOEA 3QLHA 5AQWA 2HHTA 4JI0K 4R5PA 2IIRA 2UUCK 2E1YA 4BRIA 3IFRA 4NXNK 4BRPA 2W6KA 1H1VA 3OS1A 4TNYA 1CZAN 3TM8A 4DQQA 4KKOA 4LSLA 2GEMA 3ZX0A 2YI1A 3FR0A 1DTTA 1X3MA 2A5XA 2QM1A 4RXRA 4CZKA 3AA2A 4YY3K 4JEPA 2NRTA 4HCCA 2OTJN 3ATUA 3KK7A 2ITMA 4TO2A 3HOTA 2P1JA 2ZWHA 4EHUA 3THWB 1QHTA 2GELA 4QQZA 4JS4A 4JRPA 3T3FA 4BG9A 1TK0A 1VRUA 2FSJA 4BDYA 3ZCMA 4OVLA 1Z05A 5AQFA 3MAQA 4CZGA 3NAEA 1KAZA 5AQSA 4B8AB 5LMUK 2ZJPL 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BRK A;  4MLE A;  1OKJ A;  1J6Z A;  2CH6 A;  5TK6 A;  2VCP A;  2P9U A;  5JMV A;  4B1X B;  1YAG A;  4BRM A;  1HKG A;  4DMB A;  4H0V B;  3LJX A;  4H0Y B;  3QB0 A;  5AQM A;  4FWN A;  4JNE A;  5F0X A;  3D7E O;  2QXL A;  4TNX A;  4IZ9 A;  3I33 A;  4BGA A;  1K8K B;  2AA4 A;  3HM8 A;  4FWR A;  4CBW A;  2PAR A;  2A42 A;  4FPA A;  1JCE A;  3D2F B;  3VES A;  2P9L A;  4BVO A;  2NLX A;  1ATR A;  4BRF A;  2E88 A;  3VEZ A;  1BG3 A;  2FLO A;  5AQQ A;  3ENH A;  3O1B A;  4QG1 A;  3RSE B;  3ZEU B;  5LJW A;  2E2O A;  3QIC A;  4MLH A;  4BG8 A;  4MZ7 A;  4FWS A;  4H5R A;  3O1W A;  5TK8 A;  2QWM A;  3MN7 A;  3TMC A;  5F2R A;  1NLV A;  2HF4 A;  5AQT A;  1XC3 A;  3HBT A;  5I9E B;  2QWN A;  1DEJ A;  5BRH A;  2FXU A;  5JIC A;  1ZBS A;  1HX1 A;  3G25 A;  5TK9 A;  4AM7 A;  4JHD B;  3U1N A;  4BRD A;  5AZI A;  2D1K A;  3CJ9 A;  3WXI A;  3LDN A;  4AM6 A;  4FWQ A;  3FFK B;  3D2E B;  4BC4 A;  4RWT A;  5AO0 A;  3J8A A;  1KAX A;  4M7X A;  4BVP A;  2CGK A;  2P9I A;  1T6D A;  2P9K A;  3SLC A;  4IWV A;  1NGA A;  5AFU H;  4RTF D; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5K14 A;  4GMJ B;  2CH6 A;  3ALY A;  3G4S N;  3BY5 A;  1YAG A;  3OYC A;  4H0V B;  4DMB A;  3LJX A;  4KHW A;  3T1H K;  1HRH A;  1GOC A;  2DFE A;  2E5L K;  4FPA A;  4DR7 K;  3D2F B;  3VES A;  4HCB A;  5SZT A;  1W0H A;  3LZI A;  4NXM K;  2E88 A;  2UU9 K;  1RDB A;  1BG3 A;  2FLO A;  3VEZ A;  5CHI A;  4LH4 A;  3ENH A;  2G8U A;  1REV A;  3ZEU B;  4LF7 K;  1WNS A;  2FBY A;  4MZ7 A;  4EZ9 A;  5HP1 A;  1VSJ A;  3TMC A;  3L2Q A;  4F8R A;  5AQT A;  3OW2 M;  5I9E B;  3AVI A;  5BRH A;  2FXU A;  3KKR A;  1ASW A;  5TK9 A;  4AM7 A;  1BL3 A;  1FKO A;  3U1N A;  3VQC A;  3CJ9 A;  3LDN A;  3MXJ A;  3V9X A;  1DT9 A;  2QI2 A;  5MLC Q;  1TAQ A;  3SLC A;  1NGA A;  4RTF D;  4B1W B;  3UKR A;  3O9R A;  4JI5 K;  3WEE B;  2HF3 A;  3C6H A;  2XHB A;  3NGZ A;  1LWE A;  4CGI A;  2D0O A;  3O80 A;  2O8B B;  2PAQ A;  4N6W A;  3DMJ A;  4LY7 A;  3HM9 A;  1XNQ K;  5KI6 A;  2B6A A;  3GDQ A;  4X9E A;  1WAJ A;  3BP8 A;  2V52 B;  2QWP A;  2ZGY A;  3QO9 A;  4TNZ A;  4IEI A;  1NK4 A;  3MN5 A;  1NGE A;  3VF2 A;  3QBX A;  1KSP A;  2A41 A; 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