3HLOA

Crystal structure of chemically synthesized 'covalent dimer' [gly51/d-ala51']hiv-1 protease
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords 'covalent dimer' [Gly51/D-Ala51'] HIV-1 protease
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
total genus 43
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hloA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hloA02
1DIFA 3PBDA 5P4HA 4S1GA 5P3DA 5P51A 5P0BA 1FQ4A 5P2BA 1EPME 5P88A 4D8CA 2H6SA 1FMXA 3L5CA 2WEAA 4J17A 5P8BA 1QS8A 4FLGA 3S43A 3QI1A 5P7UA 2VJ9A 2Q5KA 3KYRA 2VIEA 5P73A 4ZIPA 5HE4A 5IE1A 2QD6A 4B1EA 5P4MA 4HA5A 1GVWA 3TPLA 3BXSA 5HU1A 2ZHTA 5P7IA 4J0PA 4J1FA 3ZL7A 1K1UA 3SA7A 3OHHA 1HWRA 2BPWA 5ER1E 5P4IA 5P4EA 3KM4A 3DM6A 4Z50A 3ZKIA 4Z4XA 5P34A 3B7VA 1C70A 1K6CA 4RZ1A 3N3IA 4Y45A 4Y58A 3OGQA 1ZPAA 4FIVA 4LL3A 5P12A 2I1AA 5P8QA 5DQ2A 3S53A 5P05A 5P46A 5P4UA 4X2LA 3T7PA 2OHPA 5AH6A 4TVGA 1EPRE 3VF7A 2PK6A 5P1NA 4R92A 4FM6A 2V00A 4DQBA 4OBHA 3PGIA 3SA4A 1MT7A 1TSQA 4RCFA 4YCYA 3O9HA 4ZEAA 1SMRA 5P7WA 3CKPA 1GVTA 5P4NA 2R3WA 2IQGA 2P8HA 2OAHA 5P3EA 6APRE 1PFZA 5OZPA 1RQ9A 3MSKA 5P7LA 1NH0A 5P39A 5F00A 2F3KA 5DGUA 1OD1A 2A1EA 5P8DA 1ZBGA 3LNKA 1LS5A 4RRSA 4CPTA 5P62A 4Y57A 4Y5KA 1KJFA 5DPZA 5P55A 2AOEA 4QJ2A 4Y48A 3GI6A 3O9DA 1YM4A 2AOGA 4QJ7A 4YOBA 3QPJA 4ER1E 3OXWA 1HVSA 5P3SA 4Z22A 3PSUA 5P58A 5P8TA 4F76A 5P6HA 4I0FA 2P3CA 4EQ0A 2HAHA 4DJUA 4MC9A 3UCBA 2O4NA 4I0GA 4I10A 2WF0A 1ZLFA 1D4JA 4U8WA 5P1HA 3R0YA 5P86A 3T3CA 3PSGA 2V13A 5P33A 4CPXA 1HVKA 4YD7A 3Q5HA 4YD6A 1IIQA 3EBZA 1QDMA 3O9LB 3NXEA 4RRNA 5P0ZA 4B0QA 4DI2A 3BGBA 2VIYA 2BKTA 3GGVA 3NR6A 5P1OA 2WKZA 3QRMA 4CPSA 4I8WA 5P4TA 3EXOA 4YD4A 3PEPA 4LXMA 1FG8C 1Z8CA 2XFJA 4H3JA 3NDTA 1KZKA 4GMIA 3TNEA 3UDHA 4FM7A 3SQFA 5P3JA 3WB4A 2QZLA 2F8GA 1BV7A 4ZLSA 3IVHA 4FSLA 2A4FA 2BPVA 1D4SA 2G94A 2O4PA 3O9CA 4Q1YA 5P23A 4I8ZA 2UY0A 4ER4E 3L5EA 3IGBA 3UTLA 2ZHUA 4XXSA 5HE7A 2ZJKA 4DH6A 4PZWA 5P2SA 4YD3A 4YD5A 5APRE 4YBFA 3PCWA 4EQJA 5I3XA 4J0TA 3EMYA 3OUBA 2QI0A 2J9JB 4ER2E 1IZHA 2RKFA 2G1RA 3QS1A 5OZZA 5P32A 5P5BA 5P8MA 5P1WA 4U7QA 3HW1A 5P2HA 5P5YA 3IA9A 2NXMA 5P04A 4Y5MA 4J1KA 4CPWA 3OQAA 4J0YA 4Y43A 5AGZA 1B5FB 1UH7A 1XS7D 3KF0A 4FE6A 2UXZA 4Y3AA 5P8HA 5HD0A 4I12A 4MC2A 2I0AA 3KT2A 4Y4ZA 5OZ8A 5P0GA 5P7YA 1VIKA 1SP5A 4HDPA 1BXQA 5P5PA 2JJJA 5SXNA 3PMYA 5BRYA 2VA6A 4ZSRA 5I70A 4HZTA 5P4WA 3NU9A 4OBGA 4Y3XA 4QLHA 3KFRA 2FNSA 1LF3A 3HAWA 5P5NA 1T7JA 3PHVA 4EXHA 1PSOE 3D3TA 3OUDB 3AIDA 3ZKQA 5P16A 2PSGA 2ER6E 1FF0C 3MXEA 4TRZA 3URLA 1EBYA 1HSHA 1TCWA 3FSMA 5OZGA 3LZYA 3SPKA 4Y4TA 2Q54A 1GNMA 5P7OA 4F73A 3S8IA 4H3IA 5ISJA 1C6XA 5DR7A 5OYRA 5P27A 2BPZA 3LPIA 5OZ9A 5P4QA 5P22A 3KA2A 3NU6A 4RYGA 3QVIA 5P64A 5OZ1A 1XN3A 4EJDA 1LYBB 5P2GA 5P4YA 1PPLE 3UDJA 1FG6C 2FXDA 2PQZA 5IVQA 2NR6A 5P7CA 5P67A 3TTPA 4DJRA 3SAAA 3D91A 2J9KA 4JP9A 1KJGA 3R2FA 5P2ZA 3BHEA 1MTBA 1MIQA 3TLHA 1MVPA 2R5PA 3O99A 3K5GA 5P8EA 1W5YA 4GZFA 3K4VA 3TH9A 1A8KA 3O9IA 5P2UA 5P4CA 4CPRA 4Y5CA 1FB7A 4RROA 3NU3A 1TZSA 5P5DA 4Y5GA 5P3GA 2G20A 5KQYA 5P4GA 1SDUA 2QHZA 2HPEA 4L1AA 2I4QA 4PHVA 5HTZA 1OEXA 4B72A 4GJ6A 4JECA 3OXVA 5P3ZA 4NKKA 2G26A 3EKYA 3K4VC 3FNSA 3TOGA 4EJKA 5P3LA 1EEDP 1ENTE 5KR8A 1ER8E 2NMZA 1SDTA 3NLSA 5OZYA 5FIVA 5COPA 1NPVA 2H6TA 3ZMGA 1T6EX 4K4PA 2CENA 2I4XA 5PEPA 4AZYA 3PCZA 4KE1A 3RU1A 5P5EA 3DUYA 5OZLA 5P2KA 3QAAA 2PWCA 2BPYA 3AUPA 3OOTA 1ME6A 3NXNA 5P5IA 3SA8A 5KQXA 4OC6A 1BDQA 4I0IA 2QP8A 1A8GA 2ZDZA 4EHCA 2B8LA 3UQUA 5OZVA 1LV1A 1PPME 5P14A 2G1OA 3PRSA 5P7TA 1BDRA 1HSGA 5P6NA 3APRE 3UDNA 2AODA 2QMFA 2WEBA 3SA3A 1RL8A 3VLAA 4QJ6A 3K5CA 4X7IA 2HB3A 5P65A 4Q1NA 1ODXA 2AVSA 5IVTA 5DR4A 5P76A 5OZHA 4Y37A 2QMPA 4Y3MA 5P49A 1YTJA 3MXDA 1CMSA 3OU1B 5P18A 5P5CA 5P87A 2ZJNA 4H1EA 1FQXA 4DQHA 4A4QA 5P0TA 2AOFA 4Q5MA 1SBGA 3DCRA 5P41A 4R5NA 4ZPEA 3ZKGA 3HD8A 3UDRA 3OY4A 3ZKSA 5P4VA 3PMUA 1G35A 1Z1HA 3VSWA 3PM4A 4YE3A 3HDKA 3IAWA 3OQFA 4Y44A 2WHHA 3S54A 2AOCA 2QAKA 5P2AA 5DR8A 4J5JA 3K5FA 1FLHA 5P59A 5KR0A 1KJ4A 5OZ2A 3URJA 5P7PA 1EPLE 1T6GA 1F34A 1HEGE 3NU5A 3PB5A 3QBHA 3EM4A 4EJ8A 1AXAA 2AVVA 5P5XA 1W5XA 4Y54A 1QBTA 5P0NA 4OBDA 5P4KA 3OUCA 3VV7A 4Y39A 1SGZA 5P2LA 3EL0A 4K4QA 5AHAA 3FIVA 1M0BA 5P25A 2P3BA 3GI5A 5P6QA 1Z1RA 1D4KA 1RPIA 4IVSA 3UDYA 9HVPA 3CYWA 3T7QA 3FV3A 5P4FA 1HIIA 1ZAPA 4Y3RA 2QCIA 3ZKMA 3S85A 5P57A 4GJ7A 3MWSA 1HIVA 3NSHA 5P68A 1GVXA 4K8SA 2NTRA 5P71A 1LYAA 3NWXA 5I3WA 5P2VA 1MTRA 4H3GA 5OZTA 2QI7A 5P6PA 5DR0A 4IVTA 5P7FA 3A2OA 5P0WA 5P69A 5SY2A 2ZHRA 1QRPE 1CPIA 5P11A 5P6ZA 4Y3SA 4KB9A 5P6AA 2ZHVA 3OAGA 1E80E 4YBIA 5P8RA 2PH8A 5ENMA 5OZCA 3IXKA 3EL9A 4Y5AA 4QJ9A 5P29A 1W5VA 3PLLA 4DQGA 1HVCA 1B6PA 1OEWA 1VIJA 5P3BA 3S45A 1YTGA 5P47A 5P8CA 4AMTA 5P60A 2B42A 1W5WA 2WF2A 2VS2A 2HM1A 2ANLA 5P7KA 1EPNE 4DVFA 5P7HA 5P37A 3VV8A 1C6YA 4I0JA 1E81E 2RENA 3KFSA 5OZBA 4EJLA 1D4HA 2VIJA 3D1YA 2AIDA 5OYVA 1HEFE 2JE4A 5P56A 2I4WA 3L59A 5OZ0A 4HEGA 6UPJA 5P24A 5P15A 2AOJA 5P5VA 2QHCA 2FS4A 3KT5A 5P08A 3O9GA 1XE6A 5P1MA 2HB4A 5P6GA 3LPKA 3JVYA 4Y4DA 4Y36A 4Y3QA 5P38A 3O9AA 2G22A 1HPVA 4NJUA 3CMSA 3UFLA 1IZDA 5P3WA 3R1GB 4H3FA 5OYWA 5COKA 3UF3A 3SA9A 5OZOA 4Y4UA 4Y5LA 5P80A 5P1GA 5P0HA 1K1TA 5KQZA 4J1CA 3SM1A 4CP7A 2VJ7A 2RKGA 5P3FA 4Y5NA 1GNNA 5P1JA 5B18A 4Y5BA 2HC0A 4TRWA 4U7VA 2PYNA 3FX5A 3RTMA 4TVHA 1GKTA 4HDBA 5ENKA 2JXRA 4PYVA 1GNOA 4YHQA 3WZ8A 3QROA 2RSPA 5OZJA 2Q11A 1QBRA 3IVIA 2G27A 5P3AA 3EL5A 3IN4A 2FGVA 3M9FA 1ODWA 2PK5A 4Y9WA 2WL0A 5P0OA 3INEA 1XDHA 2OHMA 5KR1A 1J71A 4XX4A 2CEJA 4LHHA 2NXLA 3UHLA 1SH9A 3QRVA 2XFIA 5P1AA 5P6EA 4TRYA 5P3TA 1PPKE 4FM8A 3LZVA 3DV1A 5P2EA 5P1IA 1YTIA 4GJAA 5I3VA 4BFDA 3VV6A 5P2MA 1TCXA 4Y3GA 3VF5A 5P7DA 4GJDA 3ZOVA 5P53A 5P78A 1TW7A 3PWWA 4YOAA 3I8WA 5P0IA 2PMAA 5P66A 5OZ4A 4ZSMA 5P52A 2P3DA 5OZWA 3DK1A 3NDWA 5UPJA 2VIZA 1M4HA 4Y53A 3JW2A 5OZ5A 3H5BA 1EBWA 2WECA 2O4SA 5P72A 3NYGA 5P2WA 4HLAA 5BS4A 2G69A 3VSXA 1U8GA 1MPPA 5OZXA 5P28A 4UPJA 5TOLA 3OQKA 2FGUA 1DW6C 3O9EA 5P83A 4LAPA 3BRAA 5HU0A 5P2TA 3L58A 3DJKA 5P2DA 2R5QA 3RSXA 5P2CA 5HCTA 5P3QA 4I11A 4B78A 1ZTZA 3QP0A 5P54A 3S7MA 1HTRB 1G0VA 3CIBA 3GGAA 5P6JA 2AVQA 5P1EA 4RYCA 5P6RA 4D83A 2NPHA 4RVIA 5P4JA 4FRJA 1BWBA 4Y3LA 5P3PA 3NWQA 5P4BA 2FDDA 5P0SA 3RSVA 4Y35A 3ER3E 3TKGA 2WF3A 5BWYA 3PWMA 5P8KA 5P2IA 2SAMA 2FIVA 6FIVA 2AZ9A 5P70A 2OF0A 4QJAA 5P0YA 3WSJA 1MT8A 3MSLA 1YT9A 4R91A 5P26A 5EZXA 5P2XA 3VLBA 4B77A 3EL1A 5P01A 5P17A 5P0LA 3R0WA 5P7NA 4I0DA 3F9QA 1K6VA 1T7KA 4J55A 3OOZA 1EPPE 2WJOA 2ZJLA 2B60A 2FNTA 5C9DA 4M8XA 2VNMA 5P1PA 4HDFA 3UPJA 4COEA 1AIDA 3WZ7A 4K9HA 5P1YA 4Y47A 3D1ZA 2F80A 3H0BA 3C9XA 4WY6A 2APRA 1IBQA 2QZWA 4GJ8A 5P09A 1YTHA 2J9JA 3L5FA 3INFA 4FS4A 1BV9A 5P1RA 1T3RA 3SFCA 3Q6YA 1IVPA 4Y50A 5P19A 8HVPA 3EM6A 1RNEA 5P5HA 1BVGA 3LZSA 3NUOA 5P81A 5P0PA 5P8FA 4R95A 3CYXA 4Y4BA 1CZIE 3RVIA 4RCDA 4Y56A 4DFGA 2G1SA 1KJ7A 4OC6B 5OZ7A 5IS4A 5P7XA 5P6BA 5P0EA 3PBZA 1IVQA 4E43A 2CEMA 3OHFA 1HRNA 2BBBA 2OHSA 5P42A 2NNKA 5CONA 2WEDA 3EKQA 2AQUA 5AH7A 5P5WA 2AVOA 3JVWA 4I0ZA 3OU4A 4ZSQA 4Y3NA 4Q1WA 5CLMA 2QNPA 1E5OE 4OBZB 3QVCA 4APRE 3SKGA 5P3CA 1G2KA 2IKOA 5HDUA 4Y5EA 4RVJA 2XFKA 4GJBA 5JODA 3G72A 4YA8A 5P4SA 5IVRA 5P1TA 5P6VA 1TQFA 5HDXA 5KAOA 5AHCA 2Q55A 4Y3WA 2QI5A 1B6KA 1IDBA 3UDKA 4Y3EA 1LYBA 4XKXA 5HE5A 3SKFA 3SM2A 1LYWB 3D20A 2ZE1A 3Q70A 5P31A 2PH6A 3OK9A 2FLEA 3EM3A 4Z2ZA 3FKTA 3CIDA 3QIHA 1NPAA 5P6KA 5P0UA 4Y5PA 3OADB 4B05A 4EYRA 3TPJA 5P50A 4B1DA 2ZGAA 3OXCA 5OYXA 5P8OA 4DQFA 1PSAA 5P3YA 1MT9A 5P1ZA 4DJYA 5OYYA 5P63A 5P35A 4NJVA 5P7JA 1ZP8A 4WY1A 4J1EA 3I6OA 2P4JA 1HHPA 4RGHA 5P6UA 1FFFC 4FSEA 5P6YA 2OHRA 1HTGA 4MC1A 4JPEA 5P6XA 5SY3A 2PYMA 3DOXA 4CPUA 3CKTA 4OD9A 1BWAA 5P7QA 5P2OA 2ASIA 5OZQA 4L7GA 5OZMA 1D4YA 1FFIC 5DQCA 5P4XA 3SACA 2BJUA 3GGXA 1UH8A 3BXRA 5P8GA 3K5DA 4QJ8A 3TKWA 2NXDA 4Y38A 5P13A 5P3XA 4Y3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DIF A;  3PBD A;  5P4H A;  4S1G A;  5P3D A;  5P51 A;  5P0B A;  1FQ4 A;  5P2B A;  1EPM E;  5P88 A;  4D8C A;  2H6S A;  1FMX A;  3L5C A;  2WEA A;  4J17 A;  5P8B A;  1QS8 A;  4FLG A;  3S43 A;  3QI1 A;  5P7U A;  2VJ9 A;  2Q5K A;  3KYR A;  2VIE A;  5P73 A;  4ZIP A;  5HE4 A;  5IE1 A;  2QD6 A;  4B1E A;  5P4M A;  4HA5 A;  1GVW A;  3TPL A;  3BXS A;  5HU1 A;  2ZHT A;  5P7I A;  4J0P A;  4J1F A;  3ZL7 A;  1K1U A;  3SA7 A;  3OHH A;  1HWR A;  2BPW A;  5ER1 E;  5P4I A;  5P4E A;  3KM4 A;  3DM6 A;  4Z50 A;  3ZKI A;  4Z4X A;  5P34 A;  3B7V A;  1C70 A;  1K6C A;  4RZ1 A;  3N3I A;  4Y45 A;  4Y58 A;  3OGQ A;  1ZPA A;  4FIV A;  4LL3 A;  5P12 A;  2I1A A;  5P8Q A;  5DQ2 A;  3S53 A;  5P05 A;  5P46 A;  5P4U A;  4X2L A;  3T7P A;  2OHP A;  5AH6 A;  4TVG A;  1EPR E;  3VF7 A;  2PK6 A;  5P1N A;  4R92 A;  4FM6 A;  2V00 A;  4DQB A;  4OBH A;  3PGI A;  3SA4 A;  1MT7 A;  1TSQ A;  4RCF A;  4YCY A;  3O9H A;  4ZEA A;  1SMR A;  5P7W A;  3CKP A;  1GVT A;  5P4N A;  2R3W A;  2IQG A;  2P8H A;  2OAH A;  5P3E A;  6APR E;  1PFZ A;  5OZP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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