3HMFA

Crystal structure of the second bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (pb1)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSPAYLKEILEQLLEAIVVATNPSGRLISELFQKLPSKVQYPDYYAIIKEPIDLKTIAQRIQNGSYKSIHAMAKDIDLLAKNAKTYNEPGSQVFKDANSIKKIFYMKKAEIEHHE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3hmfA00
5EV9A 2RNWA 4TT4A 3IU6A 3D7CA 4QEUA 4TU6A 4IR6A 4UIUA 4QEWA 5E73A 4TZ2A 5I89A 3K2JA 2RI7A 5E3DA 4PS5A 4MR6A 5HJCA 4BJXA 1JSPB 4OGIA 4IR4A 4A9EA 2DKWA 5A5NA 3O37A 4UIXA 5FE0A 3NXBA 4QBMA 2YQDA 5CQ4A 3LQHA 5CU8A 2NXBA 5FE5A 5A5OA 4MR4A 2E3KA 3G0JA 4NXJA 5IGKA 4J0RA 4LC2A 2MJVB 4HXMA 2LSPB 3IU5A 2R0VA 5L8UA 5HQ7A 4BW3A 2DVSA 5CP5A 5I7XA 5ENHA 3I3JA 4QSPA 5E3GA 5E7DA 4O7EA 2YDWA 4QSSA 4YBTA 2YW5A 4YYDA 5LKZA 3U5LA 2YYNA 3AQAA 4O7CA 5HQ6A 4TS8A 4WHUA 5HFQA 2RFJA 4NUEA 5D7XA 4HXKA 4NRCA 3P1DA 5LKUA 3LJWA 4TZ8A 3U5OA 5E74A 5CUCA 4YYHA 5A5RA 4XY9A 4IORA 4LR6A 5FFWA 3U5PA 5I83A 5JWMA 5F5ZA 5I7YA 5FB0A 4YADA 4A9KA 4YBMA 4UIZA 4YK0A 5D3JA 5IGMA 4O7AA 5FE9A 4CUUA 3MULA 5HENA 5CTLA 5D3SA 4QR3A 5ACYA 5F1LA 5LJ1A 3U5KA 5E0RA 5FE6A 5DYAA 3HMFA 5F1HA 4CFKA 3JVJA 5G4SA 3P1CA 4QC1A 5A5QA 2R0YA 5DW2A 5ETDA 4NUDA 4NQMA 5I88A 5HQ5A 4NUCA 5EK9A 5HLSA 4UIWA 4IR5A 3MB3A 5HRWA 2R10A 1JM4B 5I1QA 5EWVA 5F3AA 5H1TA 5EM3A 4PCIA 4O78A 4LZRA 5EWDA 2E7OA 2D82A 5EP7A 2L5EA 4MR5A 4O77A 5ENIA 4NRAA 4YC9A 5E9MA 5EU1A 4IOQA 3Q2EA 5D3NA 5FE8A 5CQTA 5ENBA 4O7FA 4YH4A 4QSQA 3UVYA 5FH8A 5IIDA 4TU4A 5FB1A 5FG5A 5C4QA 2DVQA 5CUBA 5ENCA 5H85A 3SVFA 2YEMA 5EWHA 5AMFA 4NQNA 2RNXA 4X2IA 4YYKA 4QC3A 3O36A 4YYIA 4A9HA 4Y03A 4AKNA 5HM0A 3MXFA 4PCEA 1F68A 5FH6A 4UYFA 5FE7A 5A5SA 5II1A 4ALHA 5A85A 4RVRA 4CUPA 4ZW1A 4HBWA 4QSTA 5D0CA 5L99A 5DYUA 4TYLA 2G4AA 5EPSA 4LZSA 5C87A 4A9JA 5DLXA 5ETBA 5D26A 2WP2A 2F6NA 5E9IA 5EI4A 4O72A 5IGNA 5FE2A 4IOOA 5FE1A 2FSAA 5FFVA 2E7NA 4QSVA 5D3LA 5CUDA 5D24A 5A81A 4NR4A 5DLZA 5EVAA 5A82A 3ONIA 3DAIA 5H1VA 4PTBA 2OSSA 2L84A 3UVXA 4WIVA 3UW9A 5F60A 4CLBA 5K29A 2D9EA 5EGUA 4YYGA 5DFCA 2N9GA 4ZC9A 5F63A 4N4HA 5I40A 5DKHA 5FE4A 2L85A 4CUTA 4QSXA 1X0JA 5TCMA 2OO1A 2RO1A 2RNYA 5HELA 5DFBA 4CUQA 3SVGA 5CZGA 5EPBA 4YY6A 5D3RA 5C7NA 3U5NA 3P1EA 4UIYA 4NR8A 4XUAA 5CRZA 3U5JA 5CQ8A 5ENEA 5L96A 4KCXA 5KTXA 4HBXA 4Z6HA 1E6IA 4O75A 4NRBA 4O70A 4A9IA 4MEOA 2WP1A 4UYHA 5CRMA 4TT2A 5DKCA 5CPEA 4MEQA 3HMEA 5COIA 4NYWA 4XUBA 4QSUA 4LYIA 3DWYA 5F2PA 4QNSA 5HEMA 5HCLA 5IGLA 5CQ7A 3LXJA 3HMHA 5KTUA 4YH3A 5E9YA 3JVLA 4QSWA 4YAXA 4O74A 5KU3A 2DWWA 2F6JA 3MUKA 5LJ0A 4C67A 4QUUA 4QR4A 5HFRA 3MQMA 4NR7A 4CL9A 2I7KA 4HBVA 5CFWA 2H60A 5DYXA 4F3IA 5A7CA 5G4RA 4UYEA 3ZYUA 4UIVA 3AADA 4NYXA 5FFYA 3LQIA 4YABA 5LUUA 4QEVA 5C89A 4LZ2A 3O34A 4DONA 5AD3A 3JVMA 5BT5A 2I8NA 5LVRA 4BW2A 3JVKA 1N72A 5CQ5A 5F62A 4XY8A 3P5OA 5CUGA 3S91A 5L97A 2DVRA 4KV1A 5EQ1A 4ALGA 4C66A 4NR6A 3UV4A 4QYDA 4UYFB 5E9KA 4A9MA 5L8TA 5KHMA 3O35A 3UVDA 4HXRA 4Q0NA 4O76A 2DATA 3P1FA 4Z6IA 3UVWA 3UV2A 5EWWA 5EPRA 5DX4A 5DFDA 5DBMA 4MR3A 5II2A 4HXSA 5DY7A 5C85A 4MENA 5KTWA 4OUFA 4NR9A 4A9FA 5J0DA 4J1PA 4LRGA 5HRXA 3QZTA 4J3IA 3QZVA 5HRVA 3TLPA 1EQFA 3MB4A 4Z1SA 4OGJA 4N4IA 4CFLA 5AD2A 4UYDA 5E9LA 2YELA 5IBNA 4N3WA 5F36A 2DVVA 3U5MA 5D25A 5IG6A 5C8GA 4YBSA 4QSRA 4TQNA 5CGPA 5FDZA 5AMEA 4BW4A 4CURA 4N4FA 5JI8A 4QY4A 4N4GA 4NS5A 5FH7A 4YYMA 3Q2FA 5LKTA 5LVQA 4UITA 4A9NA 4KV4A 5I29A 5DKDA 4TTEA 3G0LA 5TB6A 4YATA 3FKMX 4CUSA 5CUEA 4QUTA 5ENFA 5CS8A 5ENGA 4J0SA 3SVHA 4BHWA 5CY9A 4NYVA 5A5PA 4QZSA 5EICA 5CQ6A 3S92A 4Q0OA 5DYCA 4Z1QA 4XYAA 4HXNA 1WUGA 4PY6A 4WHWA 3QZSA 4LYSA 4O71A 4E96A 2RS9B 4Z93A 4YYJA 5A83A 5ENJA 3LQJA 4LDFA 4HXLA 4QR5A 2OUOA 4TT6A 1ZS5A 5EA1A 5FBXA 4HXOA 5CQ3A 5EISA 3O33A 2GRCA 5L98A 5CUAA 3GG3A 5D3HA 4FLPA 1WUMA 4YY4A 5LJ2A 5CQAA 5EWCA 4UYGA 5KO4A 3RCWA 2YEKA 3UV5A 4QB3A 4PKLA 2R0SA 4QYLA 5F25A 5F61A 5BT3A 2KTBB 5FG6A 4HXPA 5DW1A 4A9OA 4MEPA 4ZQLA 4YYNA 5I80A 5H1UA 5E9VA 5FG4A 4HBYA 4A9LA 5BT4A 4LYWA 5D3PA 4GPJA 5D3TA 4NR5A 4O7BA 4BW1A 5FE3A 5I86A 5LKXA 4IR3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EV9A 2RNWA 4TT4A 3IU6A 3D7CA 4QEUA 4TU6A 4IR6A 4UIUA 4QEWA 5E73A 4TZ2A 5I89A 3K2JA 2RI7A 5E3DA 4PS5A 4MR6A 5HJCA 4BJXA 1JSPB 4OGIA 4IR4A 4A9EA 2DKWA 5A5NA 3O37A 4UIXA 5FE0A 3NXBA 4QBMA 2YQDA 5CQ4A 3LQHA 5CU8A 2NXBA 5FE5A 5A5OA 4MR4A 2E3KA 3G0JA 4NXJA 5IGKA 4J0RA 4LC2A 2MJVB 4HXMA 2LSPB 3IU5A 2R0VA 5L8UA 5HQ7A 4BW3A 2DVSA 5CP5A 5I7XA 5ENHA 3I3JA 4QSPA 5E3GA 5E7DA 4O7EA 2YDWA 4QSSA 4YBTA 2YW5A 4YYDA 5LKZA 3U5LA 2YYNA 3AQAA 4O7CA 5HQ6A 4TS8A 4WHUA 5HFQA 2RFJA 4NUEA 5D7XA 4HXKA 4NRCA 3P1DA 5LKUA 3LJWA 4TZ8A 3U5OA 5E74A 5CUCA 4YYHA 5A5RA 4XY9A 4IORA 4LR6A 5FFWA 3U5PA 5I83A 5JWMA 5F5ZA 5I7YA 5FB0A 4YADA 4A9KA 4YBMA 4UIZA 4YK0A 5D3JA 5IGMA 4O7AA 5FE9A 4CUUA 3MULA 5HENA 5CTLA 5D3SA 4QR3A 5ACYA 3VKGA 5F1LA 5LJ1A 3U5KA 5E0RA 5FE6A 5DYAA 3HMFA 5F1HA 4CFKA 3JVJA 5G4SA 3P1CA 4QC1A 5A5QA 2R0YA 5DW2A 5ETDA 4NUDA 4NQMA 5I88A 5HQ5A 4NUCA 5EK9A 5HLSA 4UIWA 4IR5A 3MB3A 5HRWA 2R10A 1JM4B 5I1QA 5EWVA 3D1BA 5F3AA 5H1TA 5EM3A 4PCIA 4O78A 4LZRA 5EWDA 2E7OA 2D82A 5EP7A 2L5EA 4MR5A 4O77A 5ENIA 4NRAA 4YC9A 5E9MA 5EU1A 4IOQA 3Q2EA 5D3NA 5FE8A 5CQTA 5ENBA 4O7FA 4YH4A 4QSQA 3UVYA 5FH8A 5IIDA 4TU4A 5FB1A 3D1DA 1PUOA 5FG5A 5C4QA 2DVQA 5CUBA 5ENCA 5H85A 3SVFA 2YEMA 5EWHA 5AMFA 4NQNA 2RNXA 4X2IA 4YYKA 4QC3A 3O36A 4YYIA 4A9HA 4Y03A 4AKNA 5HM0A 3MXFA 4PCEA 1F68A 5FH6A 4AI6A 4UYFA 5FE7A 5A5SA 5II1A 4ALHA 5A85A 4RVRA 4CUPA 4ZW1A 4HBWA 4QSTA 5D0CA 5L99A 5DYUA 4TYLA 2G4AA 5EPSA 4LZSA 5C87A 4A9JA 5DLXA 5ETBA 4AKGA 5D26A 2WP2A 2F6NA 5E9IA 5EI4A 4O72A 5IGNA 5FE2A 4IOOA 5FE1A 2FSAA 5FFVA 2E7NA 4QSVA 5D3LA 5CUDA 5D24A 5A81A 4NR4A 5DLZA 5EVAA 5A82A 3ONIA 3DAIA 5H1VA 4PTBA 2OSSA 2L84A 3UVXA 4WIVA 3UW9A 5F60A 4CLBA 5K29A 2D9EA 5EGUA 4YYGA 5DFCA 2N9GA 4ZC9A 5F63A 4N4HA 5I40A 5DKHA 5FE4A 2L85A 4CUTA 4QSXA 1X0JA 5TCMA 2OO1A 2RO1A 4AKIA 2RNYA 5HELA 5DFBA 4CUQA 3SVGA 5CZGA 5EPBA 4YY6A 5D3RA 5C7NA 3U5NA 3P1EA 4UIYA 4NR8A 4XUAA 5CRZA 3U5JA 5CQ8A 5ENEA 5L96A 4KCXA 5KTXA 4HBXA 4Z6HA 1E6IA 4O75A 4NRBA 4O70A 4A9IA 4MEOA 2WP1A 4UYHA 5CRMA 4TT2A 5DKCA 5CPEA 4MEQA 3HMEA 5COIA 4NYWA 4XUBA 4QSUA 4LYIA 3DWYA 5F2PA 4QNSA 5HEMA 5HCLA 5IGLA 5CQ7A 3LXJA 3HMHA 5KTUA 4YH3A 5E9YA 3JVLA 4QSWA 4YAXA 4O74A 5KU3A 2DWWA 2F6JA 3MUKA 5LJ0A 4C67A 4QUUA 4QR4A 5HFRA 1ZKRA 3MQMA 4NR7A 4CL9A 2I7KA 4HBVA 5CFWA 2H60A 5DYXA 4F3IA 5A7CA 5G4RA 4UYEA 3ZYUA 4UIVA 3AADA 4NYXA 5FFYA 3LQIA 4YABA 5LUUA 4QEVA 5C89A 4LZ2A 3O34A 4DONA 5AD3A 3JVMA 5BT5A 2I8NA 5LVRA 4AKHA 3ERRA 4BW2A 3JVKA 1N72A 5CQ5A 5F62A 4XY8A 3P5OA 5CUGA 3S91A 5L97A 2DVRA 4KV1A 5EQ1A 4ALGA 4C66A 4NR6A 3UV4A 4QYDA 4UYFB 5E9KA 4A9MA 5L8TA 5KHMA 3O35A 3UVDA 4HXRA 4Q0NA 4O76A 2DATA 3P1FA 4Z6IA 3UVWA 3UV2A 5EWWA 5EPRA 5DX4A 5DFDA 5DBMA 4MR3A 5II2A 4HXSA 5DY7A 5C85A 4MENA 5KTWA 4OUFA 4NR9A 4A9FA 5J0DA 4J1PA 4LRGA 5HRXA 3QZTA 4J3IA 3QZVA 5HRVA 3TLPA 1EQFA 3MB4A 4Z1SA 4OGJA 4N4IA 4CFLA 5AD2A 4UYDA 5E9LA 2YELA 5IBNA 4N3WA 5F36A 2DVVA 3U5MA 5D25A 5IG6A 5C8GA 4YBSA 4QSRA 4TQNA 5CGPA 5FDZA 5AMEA 4BW4A 4CURA 3VKHA 4N4FA 5JI8A 4QY4A 4N4GA 4NS5A 5FH7A 4YYMA 3Q2FA 5LKTA 5LVQA 4UITA 4A9NA 4KV4A 5I29A 2EJNA 5DKDA 4TTEA 3G0LA 5TB6A 4YATA 3FKMX 4CUSA 5CUEA 4QUTA 5ENFA 5CS8A 5ENGA 4J0SA 3SVHA 4BHWA 5CY9A 4NYVA 5A5PA 4QZSA 5EICA 5CQ6A 3S92A 4Q0OA 5DYCA 4Z1QA 4XYAA 4HXNA 1WUGA 4PY6A 4WHWA 3QZSA 4LYSA 4O71A 4E96A 2RS9B 4Z93A 4YYJA 5A83A 5ENJA 3LQJA 4LDFA 4HXLA 4QR5A 2OUOA 4TT6A 1ZS5A 5EA1A 5FBXA 4HXOA 5CQ3A 5EISA 3O33A 2GRCA 5L98A 5CUAA 3GG3A 5D3HA 4FLPA 1WUMA 4YY4A 5LJ2A 5CQAA 5EWCA 4UYGA 5KO4A 3RCWA 2YEKA 3UV5A 4QB3A 4PKLA 2R0SA 4QYLA 5F25A 5F61A 5BT3A 2KTBB 5FG6A 4HXPA 5DW1A 4A9OA 4MEPA 4ZQLA 4YYNA 5I80A 5H1UA 5E9VA 5FG4A 4HBYA 4A9LA 5BT4A 4LYWA 5D3PA 4GPJA 5D3TA 4NR5A 4O7BA 4BW1A 5FE3A 5I86A 5LKXA 4IR3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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