3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k-12
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
3SQ1A 2ZD1A 4CIEA 1TV6A 1S6QA 4Z4HA 1XWLA 5HRNA 1Z26A 1W0HA 3OYLA 1EKEA 3QLHA 4CEZA 3QEXA 4LY7A 1SL1A 1EX4A 4OVLA 1LW2A 4DQPA 1IO2A 4B9LA 3A2FA 3HYFA 4CEOA 1VSMA 1ASWA 1NOZA 1TGOA 2HHQA 5CYQA 4WE1A 3LANA 1IG9A 1NOYA 3JYTA 1Q8IA 3DOKA 2O4GA 4GMJB 5CZ2A 1S5JA 5SZTA 1RT7A 2VG5A 4CJWA 1CZ9A 4O55A 1CZBA 1RBTA 1X9MA 4CEFA 3HK2A 3F73A 3KKRA 4CJFA 4DTMA 1QSYA 3RRGA 1GOBA 3THVA 3H08A 3G0ZA 3OYKA 3DRSA 4W5TA 2YHBA 3I0SA 1LV5A 1RILA 3AV9A 4CF0A 1S1TA 3ISNC 1WSHA 4TSXA 3BGRA 2KFZA 1LWEA 4IFVA 5HROA 4KB1A 3AO4A 3VN5A 1J9AA 4FJXA 3WNHA 4F4KA 4OGEA 3OY9A 4FJNA 4DSFA 1Q9XA 2G8VA 1UOCA 1KVCA 5D3GA 3TAMA 4AHRA 3HP6A 3LDSA 3TAFA 2IGIA 3TABA 4FZZA 4E7LA 1QSLA 4PQUA 3D45A 3OYFA 4CJUA 3KLFA 3ZCMA 3KK2A 3QESA 3TAGA 4Z4EA 1KFDA 1GOCA 1TKZA 4DQSA 1X9WA 4OKJA 4ELUA 2ATQA 2Y1IA 4CK3A 4FJ7A 2FBVA 4H4OA 1C0TA 1VK0A 4CF9A 1L3VA 3PO5A 4FJKA 3C6TA 5FROA 3TARA 2HHSA 2ITGA 1WSJA 1UAXA 1JLBA 4GVMA 4N56A 4B9TA 1WSGA 4OPJA 3L2VA 4E0DA 1RT6A 4CJSA 1RDCA 4J2AA 4JRPA 1BI4B 2Y1JA 1J53A 1JL1A 3FFIA 4I2PA 3HO1A 2VG7A 3C95A 4CERA 3AVMA 4CJEA 2AJQA 1RBVA 4CJ3A 3LALA 2QXFA 4O5BA 4HCCA 1LW0A 4ZTFA 3QEWA 2FBYA 5HBMA 2HVHA 5FDLA 3SPZA 5E41A 3KIOA 3NDKA 1X9SA 4E19A 4BE0A 3K5LA 4C8KA 2KTQA 3D0PA 3U3GA 4MQ3A 3RMCA 5FRMA 5DK5A 4AHTA 1NJXA 2IS3A 3SV4A 2QKKA 4M41A 3OYDA 3QIOA 1ZBFA 4CGHA 1J5OA 4DFJA 3LWLA 4W5RA 3LZIA 4DMNA 3MXJA 2HVIA 5KI6A 1F21A 4EP5A 5KGXA 3RR7A 4KI4A 4OLBA 2IDOA 1NK0A 4CGJA 4HCBA 3O3GA 3SQ0A 4Y1DA 4AHCA 3M8RA 4DTPA 3TAPA 1T05A 1YTAA 1LAWA 1SKRA 2BDPA 3AO3A 2HHXA 4FJGA 3CFPA 4DTUA 1HYZA 1X1PA 1YT3A 3AA5X 3EY1A 4W5OA 4F8RA 3MXIA 1D9DA 4Q0BA 3TR8A 1TL3A 4I9QA 4F3TA 4CJVA 2P1JA 3ZSOA 1GOAA 1VSFA 1BL3A 5I42A 4M3WA 1IKVA 1MU2A 3G10A 1WAJA 4JS4A 4C8NA 4CFAA 2B4JA 2HNDA 2I5JA 1WSEA 4O44A 5JS2A 1DTQA 4DG1A 2RPIA 4NYNA 1HNIA 2HHWA 4PY5A 2XRIA 1LAVA 4IFYA 3NH1A 4F2RA 4M3ZA 1RTJA 2QK9A 4DFMA 4GW6A 1QHTA 3K5MA 4CCHA 1XHZA 3P5JA 4QCLA 4BDZA 4XIUA 3L2WA 2KW4A 1WNSA 4Z4FA 5HRRA 2P5GA 4OLAA 2E6LA 4KTWA 3VQQA 4CGDA 1KVBA 3AVKA 1D8YA 2KZZA 4DSIA 3AO5A 4PWDA 3VQEA 1BHLA 5DMRA 3L2QA 3SQ4A 4CJ4A 5I3UA 2LSNA 3DLEA 3NH2A 3RTVA 4DSLA 4CEAA 3QIPA 3OS1A 4FM2A 3SV3A 3TANA 2GBZA 3NH0A 1FKPA 4B08A 3KLEA 4JS5A 1YTUA 2Z1HA 4CHNA 2JLEA 1JLQA 3PX6A 1NK6A 4KHWA 1C1CA 1JKHA 1JXEA 1UA0A 1LWFA 2PYLA 1WN7A 3K57A 1S1WA 4BE1A 3AVAA 3NCIA 4KREA 1BQMA 3V1OA 3WNEA 3I8DA 4Y1CA 1N6QA 4M3UA 1BGXT 2D5RA 1NKBA 4N47A 3SUOA 4J2EA 4N76A 1RTHA 1B92A 3OYHA 4QOZB 4EZ9A 3KLGA 2ZE2A 4CE9A 4Q5VA 1Z25A 3AVIA 4E7KA 5J2MA 3PO4A 1WLJA 3QO9A 1U45A 4DU1A 3HSTB 4DU3A 4J2DA 1SV5A 1RDBA 3WNFA 2R7YA 5C42A 2XY5A 4M42A 3RR8A 1BI4A 1RDAA 3T1AA 1T8EA 4FVMA 1TKDA 4RW4A 4O4GA 4BACA 1C1AA 1JLGA 4M3XA 1VRTA 2Z1GA 3ZT1A 1QE1A 4Z4CA 3O3FA 3CQ8A 1XHXA 2IOCA 3MEDA 4CJQA 1U48A 2IAJA 1SUQA 1TKXA 3NHGA 5KTQA 3IG1A 4CESA 4HUGA 1TAQA 4I7FA 4FM1A 4EZ6A 3OS0A 4Z0UA 4E7IA 2W42A 1L3UA 4KPYA 1BCMA 4ID1A 4B3OA 1WSFA 1VSEA 4KHSA 4LD0A 2G8WA 1J54A 1TAUA 4NYFA 5KGWA 3JSMA 1VSDA 3LP1A 3O4QA 3LPUA 3M8QA 4J2BA 2YNGA 2OZSA 1B9DA 1QS4A 3NF7A 4B9VA 2EX3A 4AHUA 1QQCA 3CG7A 4KTQA 3PX0A 4FLZA 3L2UA 2D0BA 1G15A 2BANA 4AH9A 3V9ZA 1RT1A 3PUFA 2FC0A 2DFHA 1FKOA 2OA8A 3ZT4A 3NF6A 4H4MA 4FJLA 4BWMA 2DFEA 5KRSA 5FRNA 3TAQA 4OPKA 1JL2A 2KFNA 5T7BA 3MXMA 3HVTA 1A5WA 1KVAA 1QSSA 4CEEA 3LAMA 3KLHA 3SQ2A 2DY4A 2HNZA 2BGGA 4CFBA 3DRRA 4DWIA 4FJ8A 4FW1A 1NK9A 1L5UA 1BCOA 4DF8A 1L3SA 2E6MA 3KD5E 3QINA 4O0IA 4M3YA 2YHAA 2YKNA 1RCHA 3SPYA 3AA3A 1RBUA 1JLEA 1S9EA 3KKSA 1HNVA 4FW2A 4LH5A 4NCBA 3VQ9A 4B8CA 2G8KA 2YKMA 1RT5A 1CXQA 3SUPA 4ELVA 4FJ5A 4RW6A 4CHZA 1ITGA 5J1EA 4CIGA 3K58A 3S9HA 1TK8A 3SYZA 4B9UA 3OYAA 2F8TA 1EXQA 3DLRA 5K14A 1EETA 3U6FA 1RBSA 1FK9A 1NJWA 3C6UA 1C0UA 3VQ6A 4UQGA 2RN2A 2X6SA 2KQ2A 3LP3A 4FK4A 3VQ7A 2RF2A 3ZSVA 3EZ5A 4E7HA 4ELTA 3ITHA 3LP0A 1SKSA 1D5AA 3NGZA 4KHYA 4KV8A 1RT2A 5CYMA 2PY5A 4CJLA 3VQAA 4AILC 2A1RA 3AVGA 4CHQA 4DLGA 1HPZA 4IG3A 4BWJA 3ZSZA 4FLVA 3QEVA 1XI1A 1VSKA 3K2PA 3AO1A 1KCFA 1KLNA 3ZSQA 2Q3SA 2HB5A 3OYGA 3V81A 4RW7A 3V9SA 4DTNA 4JRQA 4CF8A 4FLUA 2GUIA 1Y97A 3ZSRA 4AHSA 4CEDA 3O3HA 3TWHA 2IC3A 3NBPA 4QAGA 3DLBA 3P1GA 3AA4A 2ETJA 3TI0A 1KFSA 5HRPA 4KRFA 2E4LA 2HNYA 3DMJA 3HPGA 3NF8A 3SUQA 4KHNA 2HHVA 1NKCA 3NE6A 2P5OA 4W5QA 3KK3A 4R5PA 3PX4A 3OYEA 3MEEA 4B9MA 3RMBA 2RKIA 1CXUA 1REVA 1BISA 2G8UA 4CGGA 1VSIA 3MEGA 2YNFA 1VRUA 4EP4A 5HP1A 1I39A 4H8KA 4DF4A 1FXXA 3ZSWA 2HMIA 1NK4A 3VA0A 4M3RA 1NKEA 4PA1A 4Z4IA 3ASMA 2OPSA 4B9SA 4HVJA 5J2QA 4FK0A 3NFAA 3VQ5A 3VQ8A 4FLYA 4E1MA 1RDDA 4M45A 3NAEA 3HJFA 3V6DA 4DSJA 4N41A 4C8LA 3ZT3A 1VSLA 3KLIA 3V9WA 1JLAA 1HRHA 2OPRA 3KJVA 2X6NA 1JLCA 2YV0X 4W5NA 2XY7A 1TK5A 4KAZA 3V1RA 3M8PA 1KSPA 4F3OA 4DFKA 2G8FA 3VQDA 4K8XA 4HHTA 1BQNA 1O1WA 2FBTA 4CJTA 3AVBA 1U4BA 3S3MA 1XC9A 3OYBA 1U47A 4FXDA 4DU4A 3QEPA 2Z1JA 4CJ5A 4DTRA 1IKYA 1ZBIA 3B6OA 4JLHA 5KRTA 1UWBA 3QNNA 1SL0A 4FZYA 3V1QA 4KTZA 1NK5A 3CM6A 1A5XA 3LP2A 1ZBHA 2D0CA 2HW3A 3F9KA 3KTQA 1ZYQA 3VQCA 4LSNA 5C24A 1B9FA 2O4IA 1S9GA 3RRHA 4ICLA 4HUFA 4B9NA 2Z1IA 3MECA 3K5OA 1Q9YA 4PUOA 1RBRA 3AVLA 3HM9A 2VWJA 3SNNA 4FK2A 3KD1E 3AA2A 1NJZA 1LWCA 2X74A 4DQIA 1VSHA 3HL8A 3S3NA 4OKEA 4O0JA 3IS9A 4DTOA 4CGFA 5CY4A 4KI6A 1TL1A 3OS2A 5J2PA 1D9FA 4FCYA 3ZSYA 3KK1A 1YVUA 3PV8A 1U49A 2G8HA 2OPQA 4CF2A 4HTUA 3OVNA 1NJYA 2DTUA 3AVJA 1A5VA 3NGYA 4E89A 3OYMA 1S1XA 1KRPA 4NCGA 4CFCA 4E1NA 4RW9A 4DQRA 4IKFA 5HRSA 4YNQA 2B6AA 2VG6A 3AO2A 2GV9A 4N5SA 3HXMA 3UIQA 2PZSA 4FLTA 3BDPA 4I9LA 4CHYA 3OYJA 3LWMA 4FJJA 1S1VA 3L8BA 2G8IA 3OYIA 3VQBA 2XY8A 3MAQA 1R0AA 4IG0A 4BDPA 4NCAA 4G1QA 5HLFA 1T03A 3DI6A 1N5YA 2F8SA 3OYNA 4KKOA 4I2QA 4RG8A 1TK0A 1BIZA 3HT3A 4LSLA 3IAYA 3DM2A 2JGUA 3LAKA 1ASUA 3NF9A 2XO7A 3QETA 1IKWA 5C25A 4F2SA 1DTTA 1NK7A 1RTIA 2BE2A 3VA3A 2A1SA 1IKXA 2X78A 3DRPA 3HP9A 3L2RA 3AVHA 4FJHA 3HVRA 2ZQBA 4FJMA 2P51A 4FJIA 2D0AA 3TAEA 2QKBA 1UA1A 4KFBA 1TKTA 3L3UA 1BIUA 1JLFA 4CIFA 4CJKA 1ZBLA 2NUBA 4ZTJA 2HHTA 2YNHA 5JS1A 4CK2A 3LPTA 1I3AA 1HYVA 1VSJA 4BDYA 1K6YA 4FZXC 3ZT0A 1IH7A 3HPOA 3CYMA 3E01A 4C8MA 4ZHRA 3ALYA 3K59A 1JXBA 3L3VA 5J2NA 1DLOA 1U04A 1EP4A 2OYQA 3CM5A 2WOMA 3CFRA 4YFUA 4CECA 4CF1A 4FJ9A 1KTQA 2OPPA 3QNOA 4IDKA 1HJRA 3DLKA 1S1UA 1W9HA 4CJRA 4DS4A 3U3YA 2XY6A 4C8OA 4DLEA 3S3OA 3DLGA 3VQ4A 2KZMA 3OJSA 3AVFA 3RWUA 3C94A 3AVNA 1RT3A 1ZBUA 2YNIA 4DTXA 3PY8A 4M3TA 5SWMA 1SL2A 3CFOA 3V4IA 4FLXA 2DFFA 3DOLA 1WSIA 5CZ1A 1HMVA 4KO0A 4DS5A 4FM0A 4BE2A 3QERA 3M8SA 1S6PA 3AVCA 3B6PA 4DTSA 4HUEA 3DLHA 1C0MA 4OKKA 2EHGA 4OGCA 1NK8A 3LZJA 3SJJA 4CGIA 4KHQA 2WONA 3V9XA 3RMAA 4KHUA 4AHVA 1RNHA 4IBNA 4RW8A 1C1BA 3OYCA 4MFBA 4ID5A 4DTJA 3SUNA 2FBXA 1QTMA 1KLMA 5EU7A 4OJRA 1WAFA 3IRXA 4FYDA 1HQUA 3ZSXA 2XHBA 2F96A 3T3FA 3HPHA 3EYZA 3WNGA 1RTDA 1CLQA 4DQQA 3DYAA 2HHUA 4DFPA 4CHPA 3ULDA 3NGIA 1SKWA 3SI6A 4CFDA 3OJUA 4FLWA 1C6VA 3QEIA 1ASVA 1T7PA 4L8RB 4E3SA 1HYSA 2VWKA 1RT4A 3ZT2A 4CEQA 4CK1A 4CHOA 3RMDA 4Z4GA 2B5JA 4DSEA 4CEBA 2PYJA 3K5NA 3I0RA 3T19A 3VQPA 2OZMA 4DSKA 3P83D 4B8AB 1TVRA 4E7JA 4K8ZA 3O4NA 1HQEA 4CJPA 4LH4A 1L3TA 3SCXA 3SZ2A 4KB0A 3V9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0YB 3SQ1A 2ZD1A 3OYLA 3QLHA 2WFBA 4BR9A 3QEXA 2HF3A 3M6GA 1LW2A 1IO2A 4CEOA 2P9UB 1NOZA 3NVMA 1NOYA 3JYTA 1Q8IA 2V52B 4FPAA 1YJNN 4CJWA 1CZ9A 3MK6A 2O8DB 1X9MA 3K9JA 4DTMA 1GOBA 3THVA 3CHWA 5AZIB 2P9PA 4W5TA 3C7NA 3OYKA 2GUPA 1RILA 3AV9A 3J7YP 1BA0A 1S1TA 3BGRA 1LWEA 1K8KA 3BY5A 5AQRA 3AO4A 4B1UB 1J9AA 2NLXA 2PAVA 3H3OB 4FJXA 4BGAA 3VF4A 3HP6A 3TAFA 2FF6A 1N36K 5GINA 4E7LA 4EFHA 3CCMN 1BOTO 1KFDA 5AZJB 2ATQA 4FJ7A 1VK0A 1L3VA 3B8AX 1GLJO 3TSUA 1WSJA 1UAXA 4IJNA 4JI6K 3CCEN 2YX6A 3ULEB 3VGLA 3VENA 4E0DA 2QWPA 3WEEB 1YJWN 1XQSC 2KLAA 4HTLA 4J2AA 4JRPA 5AQYA 2Q0RA 5GAGP 4FOIA 3AVMA 2AJQA 1RBVA 4CJ3A 3LALA 3J8AA 4HCCA 3SAGA 1KC8O 3QEWA 5E41A 1X9SA 4C8KA 3PLAA 4MQ3A 3ENHA 4M41A 4BC3A 3N4PA 5AQFA 4W5RA 3ID6A 4BRKA 3THYA 4G9ZA 2HVIA 1F21A 4EP5A 5KGXA 4KI4A 2IDOA 4HCBA 2A41A 2QXLA 3IMXA 2HHXA 4FJGA 3SMPA 4GKKK 4GVEA 4DTUA 1HYZA 3RSEB 4W5OA 4RCHA 3MXIA 4CW7B 3TR8A 3U4LA 1TL3A 4I9QA 4F3TA 4CJVA 4PKGA 4EIAA 1W97L 5I42A 3MCAB 4M3WA 5BPNA 3G10A 2HNDA 1WSEA 4DG1A 2RPIA 4K42A 2HHWA 5KQ8A 4H0PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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