3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k-12
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
2OPPA 4CEFA 1SKRA 3QO9A 3I0RA 3OYJA 2P5OA 3TAQA 4F4KA 1KFDA 3BDPA 1JLAA 4FLZA 1TK5A 1VSKA 3VQ9A 3LALA 1D9FA 3OYMA 4CJKA 3AVAA 1HQEA 4M45A 4DG1A 4DFJA 4FZZA 4ZTFA 5CYQA 1CXUA 3NBPA 5DK5A 4H4MA 5HBMA 3HPOA 3PX4A 1TK8A 2KW4A 4FW1A 3NH0A 3QEIA 1KRPA 1IG9A 1VSJA 2Y1IA 1C1BA 2B6AA 1BHLA 5KTQA 3G10A 4DTOA 3SUPA 2G8FA 4CCHA 4AHVA 2I5JA 2RKIA 3KK3A 3HM9A 1K6YA 3DRPA 3NDKA 1HMVA 4BWJA 1KVAA 4DTRA 3HP6A 5FRNA 4CJPA 3SZ2A 1NJWA 3V9SA 4HUFA 2QKBA 3NFAA 3LP1A 3QLHA 4Z4HA 1CXQA 2ZE2A 2IC3A 1NK0A 4OGEA 1LWFA 4MQ3A 3D0PA 4RG8A 4CHZA 4ELTA 1DTQA 2G8UA 1O1WA 2DFEA 4GVMA 1CZ9A 4BE0A 4DU3A 2VWJA 3LPTA 1JLBA 4KHYA 5SWMA 3OYLA 1DTTA 4DQIA 4DTMA 3KK1A 3F73A 3QNOA 1X1PA 4CFBA 4UQGA 4OKJA 1SUQA 3HSTB 3ZT3A 4FJLA 2DFFA 2VG7A 1GOCA 3ZSXA 4QOZB 5E41A 3HVTA 1BCOA 2VWKA 3KLEA 2OA8A 3LAMA 4CGDA 4E1MA 5HRPA 4HUGA 4PQUA 3AO1A 4JRQA 1MU2A 3L2WA 1Z26A 4B9NA 3AVFA 3LP3A 1S1VA 4B3OA 1TAUA 4TSXA 3CFRA 1L5UA 5KRTA 3ZT4A 4RW9A 5KGWA 4M41A 3OYDA 1SL0A 2OPSA 4KPYA 1HNIA 3OJSA 4BWMA 1DLOA 4IFVA 2QXFA 4BE2A 1NJZA 1BQNA 3THVA 2XY8A 4CGFA 2DFHA 4KHWA 3NH2A 4KI4A 1LW0A 3DOKA 4W5QA 3VQEA 2G8IA 5CZ1A 2O4IA 4KHUA 2OYQA 4EZ9A 1TAQA 1BQMA 3KLGA 3NF8A 3NH1A 4CEEA 4M3ZA 3QIPA 1RCHA 1ZBHA 2HVHA 4DFPA 1BIZA 3V9ZA 4Z0UA 3AA5X 1D5AA 3KLFA 3ASMA 2O4GA 2X74A 4N56A 3KTQA 2KFNA 3M8RA 4Q0BA 3DLEA 4CJTA 3LZIA 4QAGA 3P5JA 4YNQA 3TWHA 2A1SA 3CG7A 1T8EA 2WOMA 3AV9A 1EKEA 1NJXA 3TAMA 2HNYA 1LW2A 4RW4A 4EP5A 3SV4A 4DFKA 2Y1JA 2KQ2A 2FC0A 1JLGA 4FJ5A 2PZSA 1HPZA 4Z4CA 2FBYA 1TL1A 3VA3A 1KCFA 3RMCA 4FJ9A 4AHUA 4CJEA 1Q9XA 1EXQA 2FBVA 1HYSA 4CF9A 1WSIA 3AVBA 4PWDA 1VSEA 4CF2A 3OS2A 4DQSA 1U45A 3QERA 4I9QA 4FJMA 4F3TA 1KTQA 2Q3SA 3SQ1A 4E19A 2EX3A 3M8SA 3KLIA 1W9HA 4B8AB 4DTJA 4OPKA 1VSMA 1A5XA 4O4GA 4W5TA 4E1NA 1IKVA 1YTAA 3VQCA 1XHXA 3AA3A 1TKDA 3LP2A 3H08A 1TGOA 1S1XA 4LSNA 4DTPA 3NHGA 4ICLA 4B9SA 3EY1A 4J2BA 3QINA 3P83D 4IKFA 3NGYA 4Z4IA 3KIOA 3MXIA 4CJQA 3O4QA 5J1EA 1U4BA 4B9UA 3UIQA 4CHOA 3M8PA 3OVNA 4M3XA 2G8KA 3NE6A 3HP9A 2E6LA 3PX0A 5CY4A 3ZSOA 2OZSA 4CEDA 1T05A 3V1QA 1YT3A 3ZT1A 4DFMA 4FLXA 4RW7A 3AVGA 4G1QA 1ITGA 1XC9A 3ZSVA 4F3OA 5FDLA 4OKEA 3NAEA 2YV0X 3LP0A 4FLUA 4FJKA 3LWMA 1ZBUA 3PO5A 4E7LA 1XHZA 2ITGA 2BGGA 4FJNA 4B9VA 4KI6A 3L2VA 3NF6A 2XY6A 2RF2A 3SQ4A 5HROA 3TARA 5J2PA 3DLBA 3DLKA 4B9TA 2B4JA 4CGJA 4DU1A 2R7YA 3IAYA 3VN5A 3MECA 3OYIA 4CHYA 3C6TA 5FRMA 3PUFA 2W42A 1J54A 4ID1A 4DQPA 3VA0A 2IGIA 4NYFA 1RT1A 3RR8A 4CJUA 1RBTA 4FJ8A 4M3TA 3C6UA 3VQ6A 1C6VA 4E7KA 4CEBA 3MXMA 1T7PA 1NOYA 4CK1A 3VQ7A 2HHXA 4CJ4A 1W0HA 2AJQA 4KTQA 4ELUA 3AO4A 4F8RA 3AA4A 4CFDA 3L2QA 4BE1A 1WSFA 3QETA 5KI6A 3RRGA 2FBXA 2B5JA 3SUNA 4ELVA 5CYMA 2D0AA 3AVLA 1S6QA 2YHAA 2KZMA 2IS3A 3VQDA 1T03A 1WSEA 4AHCA 4HUEA 5C25A 3EZ5A 4M42A 1C0TA 1I39A 3OYBA 1GOAA 3DMJA 2XY5A 1BGXT 1NKEA 1G15A 4DSEA 1JL2A 4FK4A 4RW8A 2PY5A 4CECA 4CFAA 3AO5A 3SI6A 2NUBA 3DLGA 2HW3A 1IKXA 1WAFA 4DQQA 3DRRA 1U04A 4AH9A 2IOCA 3TI0A 1QTMA 1YVUA 3P1GA 1FKOA 3V1RA 1UA0A 3G0ZA 1A5WA 1TKXA 1JXEA 3KK2A 5J2QA 2F8TA 3OYGA 3SV3A 4DF8A 1QHTA 1NK4A 3AVIA 4LD0A 1R0AA 1VSHA 3AA2A 3K58A 1S9EA 5DMRA 1NKCA 4FLYA 1ZBFA 3KKRA 3QEXA 4XIUA 4BDYA 4IDKA 1BISA 4Y1DA 4CHQA 5J2MA 3U6FA 1XI1A 1QSYA 1RILA 1L3SA 4KAZA 4M3UA 3CM6A 4JRPA 1ZYQA 2GBZA 4FJ7A 2YKMA 3CYMA 4C8OA 3ISNC 3LDSA 4KHNA 2A1RA 2ZD1A 3HYFA 3HT3A 4AILC 4KB1A 1N6QA 1A5VA 1L3VA 1ASWA 1WSHA 4DTNA 1L3TA 2BANA 1VSDA 2YNGA 4M3YA 3DI6A 2VG6A 1L3UA 1BCMA 5SZTA 1TK0A 4CJLA 3U3YA 2G8WA 2PYJA 2HHUA 5D3GA 1JLFA 3MXJA 3V9WA 1B9DA 3C94A 4FJJA 3OYAA 1IKYA 3OYFA 1S9GA 3K59A 3PV8A 3SYZA 5HP1A 2EHGA 1D8YA 5K14A 1SL1A 4Z4GA 2XY7A 4O0JA 4DTXA 2HHTA 4C8LA 1JLQA 2YKNA 4C8MA 3WNEA 1RTIA 1WAJA 3LAKA 4J2EA 2Z1HA 2OZMA 3ZT0A 3QIOA 4E0DA 4HTUA 3MEEA 3V4IA 2WONA 3V9UA 3OYHA 1TVRA 4FK0A 4E89A 1TKZA 4LH5A 3V81A 5JS1A 3OJUA 1RNHA 1Q8IA 1RT2A 5I42A 1J53A 1CZBA 4E7IA 3DLHA 3PY8A 1BL3A 1RDBA 4O0IA 1LAWA 4HCBA 4FM1A 1HQUA 1IKWA 1RT5A 1C0MA 4CGHA 1LWCA 3VQ4A 1SV5A 5HRRA 4DS5A 4AHSA 3AVJA 1B92A 4I2QA 4O5BA 1UOCA 3K5MA 3DRSA 4FLTA 4J2AA 3K5NA 1VSIA 3JSMA 4DTSA 4YFUA 2IDOA 2ATQA 4CFCA 1U47A 4CF0A 4KHQA 3OYKA 3SUQA 2YNHA 4WE1A 2GV9A 3B6PA 3RMDA 3ZSZA 3RR7A 1RTDA 4DF4A 5HLFA 1X9WA 5KRSA 4ZTJA 4L8RB 3L2UA 4FYDA 1HJRA 1RTJA 2P51A 4DSLA 3SQ0A 3LPUA 4NYNA 1UAXA 3OS1A 3VQ5A 4DWIA 4O55A 1IH7A 1QSSA 3AVNA 2KFZA 4EP4A 3MAQA 1BI4B 3IS9A 4CJ5A 1X9SA 3OS0A 4H4OA 3QNNA 2JLEA 4OGCA 4PY5A 4CF1A 1XWLA 5EU7A 2G8VA 1I3AA 5FROA 4OLBA 1YTUA 1FK9A 1RDAA 1FKPA 3KLHA 3QEPA 1VRTA 1KLNA 3K5OA 1F21A 4OVLA 1RTHA 1WLJA 4CERA 4KTWA 3ALYA 3VQBA 4JLHA 4CEZA 1QS4A 5T7BA 1JXBA 1C1AA 3LWLA 3HVRA 1NK7A 2D0CA 4IBNA 4CGIA 3L2RA 1FXXA 3S3NA 5HRNA 1JLEA 4J2DA 2D5RA 2XO7A 4DSKA 5JS2A 4W5OA 4M3WA 2HB5A 4QCLA 3CM5A 1RBRA 4LSLA 4N47A 1JLCA 2Z1IA 4GMJB 2ETJA 4ID5A 3CQ8A 1KLMA 2BE2A 1X9MA 4IFYA 3SQ2A 2VG5A 3QEVA 1JL1A 3IG1A 1NKBA 1LWEA 3AVMA 2D0BA 3QESA 1EETA 1UA1A 2F8SA 1CLQA 1S1WA 3OY9A 4C8NA 2JGUA 1KVBA 2YNFA 2OPQA 4R5PA 4N5SA 3TAEA 3M8QA 4FLWA 3PX6A 3WNHA 5KGXA 1C1CA 1RBVA 3K2PA 4Y1CA 4CJRA 4B9MA 4CHNA 4FJIA 2PYLA 4K8ZA 4CF8A 4FK2A 3MEDA 2IAJA 5HRSA 1S5JA 2YHBA 3HPHA 3TAPA 1LV5A 1S6PA 4B9LA 3L3VA 3E01A 4CJ3A 4I9LA 3VQQA 1SL2A 4NCAA 1TV6A 2KZZA 3HJFA 3T3FA 4CJVA 3T1AA 3TR8A 3MEGA 4BDZA 3SJJA 3AO2A 3U3GA 4CJFA 4KHSA 1HYVA 3VQPA 1WSGA 2QKKA 4BDPA 1NK5A 1S1UA 4E7HA 1ASUA 1J9AA 1ZBLA 2DTUA 1B9FA 3K5LA 4CJWA 4B8CA 4C8KA 4HCCA 3RTVA 3I8DA 3HPGA 1JKHA 3AVHA 4BACA 2HHQA 4FW2A 4RW6A 1S1TA 1VK0A 1J5OA 1RBSA 3DOLA 1VRUA 5J2NA 3EYZA 1VSFA 3LANA 1RT4A 4CE9A 1HRHA 3ZSWA 1QE1A 1WNSA 4KO0A 3TABA 4CIGA 3SNNA 4NCBA 4PUOA 3HK2A 4H8KA 4HHTA 3HL8A 4KRFA 1VSLA 4IG0A 2RN2A 1KSPA 1RDDA 2Z1GA 1U49A 1Y97A 3SPZA 4OLAA 3F9KA 3OYNA 1LAVA 2HVIA 3VQAA 4AHRA 4DMNA 1IO2A 3C95A 1D9DA 4OKKA 3T19A 3ZT2A 4CGGA 4FZYA 3AVKA 3WNFA 2KTQA 4N76A 4KTZA 2BDPA 3IRXA 2HNDA 4F2RA 4FCYA 1RT3A 2E4LA 3I0SA 4KV8A 3O3FA 3SPYA 4O44A 1NJYA 2RPIA 3TAFA 1Q9YA 4CEQA 1QQCA 3DM2A 2FBTA 4M3RA 1C0UA 1SKWA 2HHSA 4ZHRA 3O4NA 4DTUA 2OPRA 1EX4A 1KVCA 4PA1A 4Z4FA 2Z1JA 4W5NA 4OPJA 3TANA 2P5GA 1HYZA 3LZJA 3V9XA 1EP4A 3BGRA 3CFOA 4KFBA 3JYTA 2HHWA 3DYAA 4DLGA 3RMAA 1NK8A 4CEOA 3D45A 1REVA 1N5YA 1WSJA 4FM2A 3KKSA 3V6DA 3NGZA 1BI4A 3KD5E 3RWUA 2HHVA 3ZCMA 4FXDA 4JS5A 4DU4A 4CK3A 4GW6A 1TL3A 2XRIA 4CESA 2X6NA 3NCIA 4CIEA 2X78A 3L8BA 3RRHA 3L3UA 4FJHA 4N41A 3SCXA 1QSLA 1WN7A 4DSIA 1ASVA 4DSFA 4FLVA 1RDCA 1UWBA 4CK2A 3KD1E 4FVMA 5C24A 3VQ8A 3NGIA 3PO4A 2E6MA 4DSJA 1HNVA 4OJRA 4F2SA 2X6SA 2YNIA 1NOZA 4FJGA 1ZBIA 2QK9A 3K57A 2GUIA 5CZ2A 1NK9A 3ULDA 3CFPA 3TAGA 3NF9A 3O3GA 4FZXC 4B08A 4FJXA 3O3HA 1BIUA 4MFBA 3WNGA 4E3SA 3ITHA 4IG3A 3KJVA 3DLRA 1RT6A 3AO3A 1SKSA 2P1JA 4I2PA 4KKOA 3S3MA 4CJSA 4W5RA 3B6OA 3A2FA 5C42A 3S9HA 4Z4EA 2HMIA 3QEWA 3RMBA 4CIFA 1RBUA 3NF7A 4KREA 2ZQBA 3SUOA 4JS4A 2XHBA 5I3UA 3AVCA 3OYEA 3S3OA 3FFIA 3ZSQA 4DLEA 2F96A 4DS4A 4NCGA 4K8XA 4LY7A 4I7FA 2DY4A 2G8HA 3V1OA 4KB0A 4HVJA 1KFSA 1RT7A 4LH4A 1Z25A 4CHPA 3HXMA 4CEAA 4Q5VA 4DQRA 2HNZA 1TKTA 3HO1A 2LSNA 4EZ6A 3ZSRA 1GOBA 3OYCA 4FM0A 1NK6A 3ZSYA 1U48A 4AHTA 4E7JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HMPA 4JN4A 3VF4A 1SKRA 3OYJA 3I0RA 1VQMN 4F4KA 5C0YA 1ATSA 1JLAA 1TK5A 2VGMA 1VSKA 3VQ9A 3P39A 4CJKA 4FZZA 5CYQA 5HBMA 4H4MA 5AQFA 2B6AA 2FXUA 2OTJN 1R59O 1VQKN 1C0GA 3KK3A 3HM9A 5M1QA 4YDUC 3DWLA 4CJPA 3V9SA 4HUFA 3NFAA 1RDWX 4JI8K 4OGEA 2WUSA 1SAZA 4J8FA 1BOTO 4IJAA 1M90O 4KHYA 3OYLA 3TSUA 3H6EA 4BGBA 4B3RK 4X64K 5FPEA 2CGJA 4DTMA 2UXCK 1IBMK 2VG7A 3VOVA 4A5AA 3KZBA 2HBJA 3KLEA 2VWKA 2OA8A 3LAMA 2GEMA 4Y0WA 4PQUA 4JRQA 1MU2A 1P90A 2E2NA 1TAUA 3MN5A 1L5UA 4DV5K 1SL0A 2NLXA 1HNIA 4BG9A 3OJSA 3KWIA 4BR5A 3U9DA 1DGKN 1G99A 2DFHA 1X3MA 4CD3A 2P9UB 3NH2A 4KHWA 1LW0A 4BRPA 4KHUA 2OYQA 1YAGA 3LM9A 1BQMA 2P9SA 4DKWA 4KH4A 3NF8A 2HVHA 1NGJA 1RCHA 1BIZA 4DV0K 2V52B 3KLFA 3T1YK 2A3ZA 4DR6K 3CG7A 2O8DB 2E2PA 3AV9A 4JKBA 3PIPL 1TL1A 2VGNA 4JV5K 1Q9XA 1EXQA 1Q86O 4CF9A 3AAPA 4CF2A 3D2EB 5AQZA 3QERA 4F3TA 5FPNA 1KTQA 4K43A 1YTAA 4M7XA 3S41A 1S1XA 4FOEA 4J2BA 4JKGB 1FJGK 2P9LA 3QINA 3P83D 3MCAB 3FLCO 4CJQA 3O4QA 5J1EA 4B9UA 4ILGB 3UIQA 5C2FA 3A5MC 3OVNA 2YJFA 3TSQA 2G8KA 2E6LA 2E8AA 3VERA 4DFMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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