3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli k-12
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
3MECA 1KTQA 5HBMA 3V9ZA 1RNHA 4Y1CA 1HQUA 4IG3A 3PX4A 3ZSQA 4J2AA 2I5JA 1L3VA 3QEIA 4J2BA 2KFNA 1EX4A 1FKPA 5J2QA 1TAQA 1WSEA 4J2EA 4QOZB 3L2WA 2YV0X 1NOZA 1HMVA 1GOBA 3VQ8A 1BCMA 4HUFA 4I2PA 3LDSA 2PY5A 2PYJA 2RN2A 3DRRA 4I2QA 5J1EA 4N5SA 1SKRA 1L3UA 3SQ2A 3EY1A 3DLHA 3OYFA 2F96A 2Z1HA 3DLEA 4BE0A 3TAPA 3AA3A 4CEQA 2HHTA 1RT5A 3ZCMA 1K6YA 4AHVA 1XHXA 3KK1A 4CJFA 1N6QA 3QIPA 1YTUA 4XIUA 1VK0A 3AVAA 1ZBHA 2KQ2A 3QINA 1RDDA 3OYMA 2HHXA 3U3GA 1WNSA 1XC9A 4BDPA 2P1JA 1SL0A 1IKWA 1BI4A 4KHWA 4LSNA 4QAGA 2HNYA 2VWJA 3F73A 4M3YA 2IAJA 4FLVA 4O0JA 4KHUA 1KFSA 4CHPA 1RBRA 2Z1JA 4KI6A 2X78A 4O4GA 4IBNA 2KW4A 1VSJA 2B6AA 4FCYA 4KRFA 4FLXA 1VRUA 4CGFA 1NOYA 1B9DA 3OVNA 3NH1A 1Z25A 5D3GA 4FJ5A 5JS1A 3V9WA 4FZZA 3AVBA 4HUEA 1S1VA 2RF2A 1NJWA 1VSHA 4CJ3A 4KV8A 4W5NA 1QS4A 4TSXA 5CYMA 4M3TA 4DQPA 2KZMA 2QK9A 3K5LA 1NK0A 3K59A 3M8SA 2YNFA 3LAMA 1HYZA 4DLEA 5HLFA 1WSIA 3BGRA 4Y1DA 2OYQA 2ZD1A 2F8SA 2KFZA 1WSGA 2QXFA 3QO9A 4KB1A 4N56A 2OPPA 2XY6A 4CJRA 1VSKA 1VSIA 3TAMA 3KK3A 3CFOA 3UIQA 3MEEA 1S9GA 1G15A 1HPZA 3AVGA 3ZSVA 3QNOA 4DFMA 1WLJA 4PY5A 3LPUA 3V9UA 3RMAA 1TK8A 4FJNA 3I0RA 4Z4EA 2RPIA 1A5WA 2Z1IA 2HNZA 4CEAA 1JL2A 4CK2A 3HXMA 3VA0A 3QEVA 3RMBA 4CCHA 1LW2A 1U47A 4CJLA 3RMDA 3BDPA 4KHNA 2BGGA 1TV6A 1S1WA 3AO2A 1T05A 2DY4A 4DSIA 4B9TA 4F8RA 3HL8A 5C25A 3OYKA 5C42A 1B92A 1S6PA 4CJSA 3QEPA 4FYDA 2VG6A 1T8EA 1J5OA 2HHVA 1X9WA 4CHNA 3V9XA 3TANA 4DU4A 3G0ZA 1X9SA 3V1QA 4L8RB 4FLYA 1QQCA 4CJ4A 1VSLA 4KFBA 2FC0A 4EP5A 4KI4A 2IOCA 4IG0A 4CE9A 3S3MA 1L3SA 4J2DA 3K2PA 5CZ2A 4CK1A 4KHQA 4AHSA 1L3TA 1C6VA 1RT4A 3QNNA 4CIEA 4ID5A 4H8KA 4F3TA 4WE1A 4NYNA 4AILC 3H08A 3PX0A 1U45A 4I9QA 3QERA 3RR8A 3P83D 4Z0UA 2OZSA 2X6SA 4GVMA 1IKXA 1SKWA 2ATQA 3C6TA 3KK2A 1D5AA 4W5QA 4HCBA 4ZTFA 2D5RA 4RW8A 1NK4A 1TK5A 3M8PA 3AVMA 3NF9A 4OKJA 1RTIA 3DRPA 3SV4A 1FXXA 4FM0A 2B4JA 1Q9XA 4E1NA 2YNHA 3NCIA 3L2UA 4CF9A 1DLOA 3HVRA 4CJTA 4FLUA 2GUIA 2JGUA 1UA1A 3ZT4A 3QEWA 4IKFA 5I42A 4HCCA 1JL1A 4K8XA 4NCAA 1ZBFA 3AVNA 3C95A 2E4LA 4CFAA 3CG7A 3TARA 5KGXA 4DTRA 1KCFA 4M45A 1TKXA 4B08A 4CGIA 2VG7A 1ZBLA 4IFYA 3HPGA 4N76A 1ASUA 1B9FA 3FFIA 4DSKA 1HQEA 1VSMA 4DS5A 2BDPA 1N5YA 4CEDA 2YKMA 3HPHA 4FK0A 2GV9A 4KB0A 3OY9A 1NK9A 4DFPA 3RRHA 1UOCA 3ALYA 1W9HA 1RCHA 3WNHA 1BGXT 4DTMA 3THVA 1O1WA 3SUOA 5K14A 4DTJA 1JXEA 4H4MA 1BHLA 4CHQA 2DFHA 5HROA 5KI6A 4CERA 4QCLA 4FJGA 4FLTA 4EZ9A 2BE2A 5FRNA 4B3OA 3VQBA 4BE1A 4JS4A 3OYNA 1T03A 2D0BA 1CXQA 4E0DA 2O4IA 2HHSA 4B9SA 1W0HA 1BCOA 3TI0A 3AO1A 3E01A 4ID1A 3EYZA 4E7KA 3AVFA 3LWMA 4M3RA 2OA8A 1DTTA 4KO0A 3SUNA 1DTQA 5KTQA 5FROA 4CECA 4KTWA 1NJXA 4RW4A 4CESA 4DSEA 4C8OA 2X6NA 1LW0A 2F8TA 4MFBA 2KTQA 4F4KA 5CY4A 3CFPA 3RMCA 2XY7A 4FXDA 1RBVA 1RT7A 3SNNA 3K5MA 1HNIA 4FLWA 2G8UA 2BANA 1J54A 1QSSA 1C1AA 5T7BA 4DTUA 1VSEA 3CYMA 2ETJA 3I0SA 1NJYA 3S9HA 4LH4A 4AHTA 4DQQA 1IKYA 4KAZA 3NGYA 1JXBA 2D0CA 3KKRA 4PA1A 2YNIA 4AHCA 2HB5A 4ELUA 3SI6A 4CJQA 3IG1A 5HRRA 4DQSA 5DMRA 1QSYA 3QEXA 3OYLA 1Z26A 4CF1A 3JYTA 3B6OA 2XHBA 1UWBA 1GOAA 2IDOA 3HP6A 1C0MA 3DYAA 2YHBA 3L2VA 4BWJA 3HYFA 1TKDA 3LP0A 4UQGA 3SPYA 3QETA 1LV5A 1HJRA 3AVIA 1IG9A 4HVJA 1WSJA 4CFBA 3OYAA 5C24A 5HP1A 1XHZA 3L2QA 2VG5A 1JLBA 3TAEA 2DFEA 3ZSWA 3TWHA 4OLBA 4B8AB 1BQMA 1RDAA 3T3FA 4FJJA 1BIUA 3L2RA 3PV8A 3QIOA 4CJUA 1WAJA 1QHTA 1S5JA 2FBTA 2VWKA 3KLIA 3NF7A 4FJXA 1NKCA 2RKIA 3VQ6A 3IRXA 1RBSA 3ZSOA 1EP4A 3AO3A 4BE2A 1U04A 2XO7A 3VA3A 1ZYQA 3KKSA 4CEEA 2XY8A 3HSTB 2AJQA 4G1QA 1TKZA 3AA4A 3VQ9A 3VQEA 4DQIA 2FBXA 4KHSA 2P5OA 1TAUA 2Z1GA 1F21A 1RBUA 3U3YA 4F3OA 1KLMA 1TVRA 4LD0A 4DQRA 5J2NA 3IAYA 4OPKA 4DWIA 3KLGA 2LSNA 2QKKA 3V4IA 4M3ZA 3SUPA 1RILA 1YVUA 1Q9YA 1WSFA 3NF6A 3EZ5A 4FLZA 3CM5A 3SQ1A 1A5XA 1ITGA 1CLQA 1LWCA 1Y97A 3OYJA 1FK9A 3OYCA 1C1BA 4FM2A 3LALA 3KJVA 4B9NA 1A5VA 3TABA 3TR8A 4M3WA 4BACA 3NBPA 3MEGA 3T1AA 1TK0A 1NK8A 1REVA 1TGOA 4DFKA 4DSJA 3KD1E 3HK2A 2WONA 1ASWA 3K5NA 2DFFA 3OYIA 1IO2A 3AA5X 1WAFA 4BDYA 1S9EA 4PUOA 1EKEA 3VN5A 2G8VA 4FVMA 4I7FA 4JRPA 4FJLA 1RTHA 3C94A 4DF8A 3KIOA 3OJUA 2Q3SA 4O0IA 4HTUA 1BI4B 1S1TA 5HRPA 1ZBIA 4C8NA 1QE1A 4CIGA 3PUFA 4OLAA 4F2SA 3KD5E 3ASMA 3HT3A 2E6LA 1LAWA 5JS2A 3OYEA 4FW1A 4CJ5A 3V81A 3RR7A 3K5OA 4H4OA 2HHQA 3OS0A 3SUQA 3ZT0A 2XY5A 3DM2A 4E3SA 4KTZA 4C8LA 4Z4GA 2Y1JA 2OPSA 3CM6A 4DLGA 4DU1A 1JLGA 3HJFA 4CJKA 1RDBA 4CFDA 3SPZA 3NGZA 4FK2A 4CJVA 3AVCA 3PX6A 3O3FA 1JLQA 3O4NA 4JRQA 3KTQA 1RBTA 2P51A 3L3UA 4HHTA 4I9LA 3ULDA 3M8RA 1SKSA 4RW6A 5SWMA 1S1XA 3DLGA 4O44A 3P1GA 4N41A 1JLFA 4DSFA 4BDZA 2O4GA 4KTQA 4Z4FA 4FJ7A 2HVIA 5KRSA 3S3OA 1XWLA 3MXIA 1TL1A 4AH9A 3RTVA 1VRTA 4CGJA 3AV9A 4AHUA 4EP4A 4DG1A 3AO4A 5E41A 2IGIA 1TL3A 3MEDA 1CZ9A 4Q0BA 4GMJB 3ITHA 3WNEA 4C8KA 4R5PA 4C8MA 1JLAA 3NF8A 3CQ8A 4ELVA 2G8KA 4FJKA 4M42A 3DMJA 1UAXA 1LAVA 2G8IA 3D0PA 3VQ7A 3F9KA 1ASVA 3C6UA 3G10A 4OVLA 4CJWA 3NH2A 2G8WA 5SZTA 1WN7A 3L3VA 1JKHA 4CF2A 1J53A 2IS3A 4E7IA 5FRMA 3NAEA 1MU2A 1NK5A 3PY8A 3V1RA 1CZBA 4OJRA 4M3XA 3OYDA 3VQ4A 3VQDA 5KRTA 4GW6A 4RW7A 3NFAA 3LZJA 1ZBUA 2HNDA 4DSLA 1HYSA 4Z4HA 5J2MA 4E7LA 3AA2A 4KPYA 1U48A 3D45A 3VQ5A 4CIFA 4NCGA 4B9UA 3AVJA 3HP9A 4NYFA 1BISA 4E7HA 1T7PA 3V9SA 3HO1A 4CEFA 4DTPA 3WNFA 4LH5A 3SJJA 2G8HA 4CGGA 4M3UA 1TKTA 2YNGA 4DTNA 2YKNA 3O3GA 3PO5A 2XRIA 2P5GA 4BWMA 4W5TA 2R7YA 3L8BA 4IDKA 1EETA 3CFRA 1KFDA 4FZXC 3SZ2A 5DK5A 2JLEA 3JSMA 4RG8A 3LAKA 4OKKA 4DFJA 3TAFA 3MXJA 4CJPA 4E1MA 1NJZA 4B9MA 1RT6A 3I8DA 4FJ8A 2HMIA 1CXUA 1SUQA 3ZT2A 4Z4IA 3NDKA 4JS5A 4FW2A 2FBVA 3O3HA 3DOKA 1BIZA 4DTOA 3HVTA 3LWLA 2EX3A 2A1SA 3DLBA 3OYHA 3LANA 3ZT1A 4DS4A 3KLEA 1I39A 4DU3A 1L5UA 4OKEA 4B9LA 4DF4A 4KHYA 1QSLA 3K58A 2PZSA 2DTUA 1C1CA 1KVCA 3VQPA 1SL1A 1JLEA 1VSFA 2YHAA 3OYGA 3SCXA 1KVBA 4E19A 1XI1A 1U4BA 4K8ZA 1C0TA 1WSHA 1RT1A 2HHUA 4CEBA 2KZZA 5CZ1A 2W42A 4LY7A 3SQ0A 2A1RA 1NK6A 3AVKA 1NKBA 5I3UA 3LP3A 3ZSXA 2GBZA 2HHWA 4CGHA 1NKEA 2G8FA 4E89A 2ZE2A 1BL3A 4FZYA 1RT3A 1S6QA 2NUBA 1RDCA 4CEOA 4CHOA 3NH0A 4DTSA 3ZSZA 1RTJA 3LZIA 3NGIA 3M8QA 2ITGA 4B8CA 2WOMA 1S1UA 1RTDA 2OPQA 4YFUA 1HNVA 3T19A 1YT3A 5J2PA 3MXMA 2E6MA 3QLHA 3VQAA 3K57A 1LWFA 3TAQA 1VSDA 2B5JA 1X9MA 3TAGA 4O5BA 3SV3A 1LWEA 3LPTA 4RW9A 3VQQA 3SYZA 4FJHA 4N47A 1HRHA 2FBYA 4CF0A 1BQNA 4KKOA 4LSLA 3OYBA 1JLCA 3OJSA 3KLFA 4E7JA 1QTMA 3RRGA 2D0AA 1I3AA 4CJEA 1EXQA 4CEZA 3MAQA 1UA0A 4CHZA 3ISNC 4ELTA 4IFVA 1KLNA 3AO5A 3DI6A 1SL2A 4YNQA 1RT2A 1SV5A 1Q8IA 3LP2A 4Q5VA 1NK7A 1KRPA 4ICLA 5CYQA 3VQCA 4CHYA 4KREA 2HVHA 3NE6A 3DLRA 4O55A 3SQ4A 4PWDA 1C0UA 3DLKA 4W5OA 3U6FA 1FKOA 4CF8A 3KLHA 3IS9A 3OS1A 1D8YA 4CGDA 1HYVA 4ZTJA 4AHRA 4CFCA 5KGWA 4NCBA 3NHGA 3V6DA 4DTXA 3B6PA 3ZSRA 5EU7A 4M41A 2X74A 3DRSA 4JLHA 4FM1A 1D9DA 3PO4A 3WNGA 2QKBA 1U49A 3RWUA 4MQ3A 4FJ9A 3QESA 4OGCA 2OPRA 3AVLA 5HRSA 1KVAA 4B9VA 2IC3A 2HW3A 3ZT3A 2ZQBA 4OGEA 3A2FA 1J9AA 4F2RA 3HPOA 1YTAA 2EHGA 3HM9A 1R0AA 4HUGA 2OZMA 4EZ6A 3ZSYA 4FK4A 4W5RA 4FJIA 3AVHA 1D9FA 3DOLA 1KSPA 4ZHRA 5HRNA 4DMNA 4OPJA 5FDLA 2PYLA 3O4QA 2Y1IA 1IKVA 3S3NA 1IH7A 4FJMA 1X1PA 3P5JA 4Z4CA 3OS2A 4CK3A 1GOCA 4PQUA 3V1OA 3LP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D7EO 3V9ZA 1HQUA 3C65A 3PX4A 3LM2A 2QTDA 3QEIA 3RVCA 4J2BA 1EX4A 3HTVA 1TAQA 1WSEA 4EHTA 1GOBA 4JI6K 4HUFA 2PY5A 2PYJA 3CI5A 3DRRA 2QWOA 3OYFA 2Z1HA 4BE0A 2HHTA 1YHQN 1Z05A 3LL3A 1NJIO 4A5BA 4AHVA 1N6QA 4CJFA 1YTUA 3IFRA 4XIUA 4GVEA 2KQ2A 2V7YA 3JXUA 4ILJA 1BA0A 3CC2N 1BI4A 4KHWA 3CPWM 4LSNA 4QAGA 4DR2K 1HNWK 2P9PB 1BWFO 4CHPA 1RBRA 5M1FA 4KI6A 1XQSC 2GTDA 2X78A 4BRFA 1VSJA 1VQ6N 1B9DA 3OVNA 1Z25A 5D3GA 5JS1A 3BUZB 3R9PA 4HUEA 1S1VA 1VSHA 4FL9A 4JKGA 1NGFA 3QB0A 4CJ3A 4KV8A 5BRDA 2IVNA 3LAMA 2KFZA 1WSGA 3MMVA 4N56A 3BEXA 2A40A 3J7YP 3KK3A 3TAMA 3P4IA 3MEEA 1S9GA 3O08A 3ZSVA 3QNOA 2O8CB 4PY5A 3LPUA 3V9UA 1TK8A 4A61A 2Z1IA 4YOTA 4CEAA 4CK2A 1LW2A 1U47A 4CJLA 3BDPA 3AO2A 3LM9A 3OYKA 3J81O 5C42A 4CJSA 4FYDA 1GLLO 3K9KA 4WQ4A 3SK3A 4DU4A 2UUAK 3V1QA 3I8BA 4FLYA 1WUAA 3CJCA 4CJ4A 4JD2A 4KFBA 2FC0A 1NGGA 4KI4A 2D0OA 2P9KB 3L0QA 3S3MA 4CK1A 3CMAN 2E1YA 1RT4A 3AAPA 1OH6A 4ID5A 4AILC 3H08A 1T6CA 3PIOL 3EKUA 4GVMA 1IKXA 5KPRA 3GDQA 1TK5A 1ATRA 2P9LB 1FXXA 2B4JA 1DLOA 4LFBK 2ZJRL 3THWA 5I42A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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