3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k-12
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
3C95A 4W5NA 4Y1CA 3HYFA 2QXFA 1IKWA 4UQGA 1S1VA 1QS4A 2YNGA 4M41A 4HTUA 3QIOA 1HYVA 3DOLA 4DG1A 1B9DA 1NK7A 3DLBA 1RTIA 2RPIA 4LSNA 3MEEA 4CGJA 3AA2A 1TL1A 4CK1A 2ZD1A 1VSJA 4OPJA 3PX6A 4CJ3A 4KHQA 4B9MA 4DTOA 4IFYA 4ELUA 2XY6A 3NBPA 4E3SA 4DQRA 1WNSA 3HM9A 4KB1A 5DMRA 4CJ5A 1RBTA 3KKSA 4CCHA 4RW8A 2BGGA 4PWDA 3SV4A 1IH7A 1VSMA 4OKKA 4G1QA 3CFOA 3KLGA 2IAJA 2YV0X 3C6TA 1JKHA 3D0PA 3V6DA 1TKTA 3PX4A 4FJ5A 1TKXA 1RTDA 4FJKA 3MAQA 1NJYA 1NJWA 1YTUA 3RWUA 1IKXA 1X9SA 2HW3A 1QTMA 5D3GA 3PX0A 2YNFA 1U4BA 3QO9A 4DTXA 3QEIA 4OJRA 4M3UA 1S1XA 1FKPA 3KLIA 4O0JA 1KLNA 5K14A 3HPHA 1SKRA 3S3MA 4FJ8A 4NYFA 3RR7A 4E7LA 4B9SA 1SL1A 4LSLA 4DS4A 3AVHA 4CEBA 4KFBA 4OGCA 4AHTA 1S6PA 3SCXA 1D9FA 2HHVA 4C8OA 3I8DA 3RRGA 1RT1A 2G8VA 3L2VA 5KRTA 3SPYA 3HP6A 3SUQA 3S9HA 2DFHA 1KFSA 4C8KA 4FXDA 4M3ZA 3CM6A 1ZBUA 3PUFA 1KFDA 2B4JA 3HXMA 2KFZA 1N5YA 3QEXA 3ZSXA 2FBVA 3T1AA 4CEDA 2OZMA 3IG1A 3MECA 4CHZA 4I2PA 5FDLA 3KKRA 3PY8A 4EP4A 3HO1A 3SYZA 4AHVA 3EYZA 2KTQA 1QHTA 4LD0A 4H8KA 4CGFA 2Z1HA 3NGZA 1NKCA 1NK0A 1RBSA 3M8RA 4RW9A 4JRQA 2O4GA 1KVBA 3KIOA 1U47A 3VQ5A 4CF2A 1C0UA 1RT4A 2OPQA 2D0AA 1RDBA 1WSEA 3P83D 4OLAA 1NK6A 2BANA 2HMIA 3AVBA 2IDOA 3TAQA 1W9HA 2ITGA 3TAGA 1SL2A 1S1TA 5KI6A 4YFUA 4FW2A 1UWBA 3TAMA 4CGIA 4AHCA 3ZSRA 4JS5A 1ZBLA 2HVIA 4WE1A 3HL8A 1LAWA 5KGXA 1BHLA 1Q8IA 4KTWA 3LP3A 3LDSA 3OYIA 1NOYA 3NGYA 3NH1A 3QNOA 1BQNA 3VA3A 3VQ8A 1U04A 5J2QA 3RR8A 4FJGA 1ASWA 3AA5X 3OYGA 4FK2A 3TAPA 4E19A 1Y97A 4CHQA 3DLHA 4GMJB 2E6MA 3MEDA 1CZ9A 2WOMA 3VQAA 3NAEA 3EY1A 4Z4GA 3HPGA 4B3OA 3DI6A 3MXMA 2P1JA 3V4IA 4F3TA 1RBVA 3CFPA 4ID5A 4CK2A 4CGGA 4DFMA 3AO5A 4CJWA 4DWIA 1TV6A 1JXEA 4CIGA 3K59A 3ZT0A 4FK0A 3SI6A 3SQ2A 4B9VA 2Z1JA 4N56A 4E7HA 2E4LA 4Q0BA 4FYDA 4CE9A 3D45A 2F8SA 3G10A 3LP1A 1K6YA 4KTQA 4DTJA 4CFAA 2VWJA 2PYJA 2YNHA 3EZ5A 1KVAA 1ZBFA 5JS2A 4RG8A 5J2PA 1LWFA 1EX4A 4ZHRA 4DQQA 3QNNA 1EETA 1HJRA 2KW4A 4BWJA 3L2RA 1RNHA 1UAXA 1Z26A 3TARA 2I5JA 4M3RA 5DK5A 3NE6A 4BDZA 4DFJA 4CECA 4CHNA 1C1AA 4CEZA 5HRSA 4E7IA 1NK4A 1U45A 1KVCA 4H4OA 1TL3A 2FBXA 4W5TA 4CIEA 4KHNA 4OGEA 1UA0A 1BGXT 2G8FA 4K8XA 4C8LA 2BE2A 3M8SA 4AH9A 1BI4B 1RILA 3AO2A 3L3UA 5CYMA 3U3YA 1C6VA 3VQQA 1TK5A 2G8HA 1L3VA 4KAZA 4J2AA 1O1WA 1TK8A 4R5PA 3SUOA 2D0CA 1TVRA 1YTAA 4DF4A 1QSYA 1XWLA 4CF9A 1D9DA 4MQ3A 5CZ1A 3LWLA 4FK4A 3OS1A 3OYNA 4FZYA 2XRIA 5I3UA 3NFAA 1HYZA 3AV9A 2DFFA 2F8TA 4M3TA 4M45A 3AVNA 2ATQA 3LPUA 2X78A 1SKWA 1QSSA 3VQPA 3OJUA 2Y1IA 3OJSA 3QETA 4K8ZA 4Z4FA 1IKVA 4KV8A 4I2QA 4CJUA 1JLQA 4DTPA 4CGHA 3CQ8A 4M3XA 3DRPA 2DFEA 4CF1A 4Z0UA 3DLEA 4AHSA 2JGUA 5FROA 3KLEA 4M3WA 2YHAA 1QE1A 3DRSA 3ZSOA 4W5RA 2P5OA 4JS4A 3SQ1A 4RW4A 3TWHA 3DYAA 2FBTA 4KTZA 4DS5A 3U6FA 1SL0A 1NJXA 4CEQA 3NH0A 4N47A 2AJQA 2G8UA 3C6UA 4KKOA 1QQCA 3HVTA 3AA3A 4CF8A 4N5SA 3DLRA 2X6SA 4DF8A 3ZT3A 3JYTA 1L3UA 4QAGA 4CEOA 1VSDA 4CHOA 3TI0A 1L3TA 1BI4A 2EX3A 3M8PA 1WSIA 3B6OA 4AHUA 1BCOA 3KK2A 1WSGA 2KFNA 3ZSYA 4Q5VA 3OS2A 4TSXA 2G8KA 4DQIA 3AVJA 5C42A 3NH2A 3SUNA 4L8RB 4B9LA 4BWMA 4ZTJA 1GOAA 3O4NA 3OS0A 5J1EA 2F96A 1VSIA 5CYQA 3QEWA 1JLGA 2YKMA 2LSNA 2XY8A 3LANA 3KTQA 2WONA 4W5OA 4OLBA 3ULDA 1Q9YA 1SUQA 3ZT2A 1G15A 4OKEA 1HRHA 3VQ6A 1NK5A 3K2PA 1CLQA 3QLHA 4GW6A 4CJQA 3T19A 3B6PA 3JSMA 2E6LA 3L2UA 3RTVA 1N6QA 4ID1A 4PY5A 1C1BA 3VQCA 5FRMA 4IBNA 2RKIA 4BE2A 3AO4A 4DLEA 1TK0A 2HHQA 3S3OA 2JLEA 1VSKA 3AVFA 4IG0A 4FW1A 4DSJA 4FJJA 2HHXA 3QERA 1FKOA 4CK3A 3KLHA 3PV8A 3OYDA 3BDPA 2O4IA 1RT5A 1JL2A 4FJHA 4CESA 1EP4A 4Z4CA 3OYFA 3LZJA 1J9AA 2QKKA 4DLGA 3V81A 3HJFA 3OYKA 1S6QA 4RW7A 3I0RA 3ZCMA 1BL3A 4FZZA 5HROA 4AILC 1LW0A 3ALYA 3O4QA 3T3FA 1T7PA 4O44A 3L2WA 3PO4A 3K5OA 1Z25A 1T03A 3RRHA 3V1QA 4O5BA 3OYCA 4E1NA 3TAFA 4KI4A 1XC9A 5J2MA 4M42A 4NCAA 3ASMA 4HUGA 1WN7A 3LAMA 5HBMA 1KCFA 3AA4A 4CF0A 3RMAA 4KREA 4E7KA 3S3NA 1S5JA 3TR8A 3ZSVA 3KLFA 3SPZA 3SNNA 1NKEA 3LWMA 2DTUA 4IKFA 4HHTA 2YHBA 1XI1A 4F2RA 4RW6A 2GUIA 4OVLA 2PZSA 4B8AB 3ITHA 3G0ZA 1J53A 1WSHA 2Z1GA 1T8EA 4E89A 4FLZA 2HNDA 4CFDA 4W5QA 4LY7A 1W0HA 3KK3A 4F8RA 1EXQA 2QKBA 1RT6A 5J2NA 5HLFA 2B6AA 4M3YA 2YKNA 4CJ4A 5HRNA 3WNGA 1WSJA 2YNIA 2B5JA 3SQ0A 4DQPA 3NDKA 4NCGA 3VQDA 4DQSA 1RTHA 4F2SA 2HNZA 3IS9A 3UIQA 3CYMA 2EHGA 3RMDA 1LW2A 2VWKA 3QIPA 4FLWA 4QCLA 3NHGA 2OYQA 1ASVA 1NOZA 2G8IA 1GOBA 4KI6A 3DMJA 5FRNA 3C94A 1GOCA 3HK2A 4O55A 3AVMA 3KJVA 2HVHA 1KTQA 1RBRA 4IG3A 2DY4A 1A5WA 3OY9A 5I42A 1FK9A 1S9EA 3KD5E 3RMBA 5C24A 3OVNA 3V9UA 3K57A 1S1WA 2GV9A 1T05A 4FLYA 2XY7A 1JLCA 1JLBA 2Z1IA 3F73A 1C0TA 2VG7A 3DOKA 4E0DA 3V9ZA 1ASUA 1D5AA 2X6NA 3TAEA 3ZSQA 3SJJA 4B9TA 4BE0A 3FFIA 3KK1A 4FJNA 3AVAA 4CJRA 3QINA 1U48A 4FZXC 1JLAA 4CERA 1RCHA 3OYAA 1J5OA 1NJZA 3U3GA 4CHPA 4Y1DA 4XIUA 4EZ6A 3ISNC 3VQEA 4C8NA 1JL1A 2HHSA 3LP2A 1REVA 1I39A 4E1MA 4DU1A 4DSIA 4KO0A 2P51A 1HYSA 1B92A 2Q3SA 1FXXA 1SKSA 1WLJA 1ZBIA 4FJLA 4AHRA 3NF8A 4KHSA 2ZE2A 1JLEA 4CJPA 3OYMA 3ZSWA 1UOCA 2BDPA 1LWEA 4J2DA 2D0BA 4CJKA 3AVIA 2ETJA 1C1CA 2ZQBA 2D5RA 3CFRA 3HT3A 4ICLA 3CG7A 3TABA 3MXIA 1IG9A 1QSLA 4CEFA 1J54A 4B9UA 1L3SA 2GBZA 2OPPA 3LZIA 4DSEA 3BGRA 4CJLA 1VSFA 4FLTA 3OYBA 4YNQA 1MU2A 3NF6A 1S9GA 3O3HA 1IO2A 1YT3A 3I0SA 4FLUA 5HRPA 3HP9A 4FJ9A 1A5VA 4CJSA 3K58A 5SWMA 4NCBA 1EKEA 4BDPA 4KB0A 4KRFA 1NK8A 4MFBA 2RF2A 1VK0A 3OYJA 2OA8A 4N76A 2VG5A 1RT2A 3M8QA 4FJ7A 3RMCA 4CFCA 3DLGA 5C25A 1BCMA 1JLFA 4FLVA 5T7BA 3ZT4A 4CIFA 1RTJA 1ZBHA 4KPYA 4E7JA 1L5UA 2A1SA 3AVCA 2FBYA 4BACA 1BISA 1TKZA 1RDCA 4JLHA 3IRXA 4LH5A 3F9KA 3OYLA 4I9LA 4I7FA 2KZMA 3DRRA 2G8WA 1XHXA 3OYEA 4F4KA 2QK9A 3SQ4A 1VSLA 1SV5A 1BQMA 1TAQA 1WAJA 1BIZA 1VSEA 3LPTA 3ZSZA 4OPKA 4FM0A 3AVLA 4CFBA 4FM1A 2KQ2A 4FJIA 5HP1A 1RT3A 3WNFA 3LALA 2RN2A 4DFPA 2OZSA 2R7YA 3SZ2A 1WAFA 4Z4HA 3HSTB 1DTQA 3V9SA 4I9QA 4FJXA 4DFKA 5KTQA 3O3GA 3NF7A 4BDYA 4C8MA 4CGDA 2A1RA 1HMVA 5KRSA 2XHBA 1NKBA 4J2BA 1X1PA 2PYLA 4DTNA 1KLMA 4DTMA 2XO7A 2HHWA 1I3AA 1LAVA 5E41A 5SZTA 4IDKA 4B8CA 3V9XA 1HNIA 1VRTA 4OKJA 4FLXA 3SUPA 1KSPA 1U49A 3VQBA 3MEGA 1VSHA 4CJTA 2P5GA 3DM2A 1KRPA 4KHYA 3L2QA 4EP5A 3DLKA 4CJVA 1B9FA 4JRPA 2FC0A 1LWCA 4KHUA 4FJMA 2NUBA 1LV5A 4B9NA 4QOZB 3QEVA 4PUOA 1HNVA 1HQEA 1VRUA 4PA1A 4CJFA 1CXUA 4BE1A 1RDAA 3O3FA 2X74A 3QEPA 3AVKA 3TANA 4HCCA 2OPSA 4HUEA 1YVUA 4B08A 4ELTA 3WNEA 3WNHA 3AVGA 1HPZA 4LH4A 4GVMA 1D8YA 1RT7A 3VQ4A 3VN5A 1A5XA 1ITGA 1NK9A 4F3OA 4DU4A 3AO3A 2KZZA 4O4GA 3LAKA 1HQUA 3OYHA 3HPOA 1R0AA 1RBUA 3QESA 4CEAA 4DSLA 3NGIA 1WSFA 3H08A 4N41A 3AO1A 3V9WA 4DU3A 1RDDA 4ELVA 3LP0A 1F21A 4FVMA 1XHZA 3VA0A 3NCIA 3SV3A 3VQ7A 1S1UA 2VG6A 1TAUA 3ZT1A 4FCYA 2IGIA 4DSKA 2OPRA 1ZYQA 2IC3A 1Q9XA 4CHYA 3IAYA 2Y1JA 1DTTA 3K5LA 1UA1A 4IFVA 4NYNA 3VQ9A 2HNYA 4DTSA 1TKDA 4J2EA 3L3VA 4HCBA 4HVJA 4EZ9A 5JS1A 3K5MA 2IOCA 2HHUA 4DTUA 5CZ2A 4PQUA 4Z4EA 3L8BA 3MXJA 2IS3A 1IKYA 3PO5A 4CEEA 3P1GA 4DMNA 1DLOA 2HHTA 1X9MA 1CZBA 3A2FA 5KGWA 4HUFA 3K5NA 4DTRA 3CM5A 3THVA 2PY5A 3KD1E 1C0MA 1CXQA 4O0IA 3V1RA 3NF9A 4Z4IA 5EU7A 2W42A 2HB5A 4DSFA 1JXBA 1TGOA 3P5JA 1X9WA 5HRRA 4ZTFA 5CY4A 3HVRA 3V1OA 2XY5A 3E01A 1BIUA 4CJEA 4FM2A 4KHWA 4H4MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q81O 4W5NA 5AQPA 1IKWA 4UQGA 4M41A 1QS4A 4PHTX 4JI2K 2D1KA 1WOQA 2VCPA 2P9UA 3MDQA 4LSNA 4CK1A 2ZD1A 4CJ3A 4IZ9A 4B9MA 4C1NI 4IFYA 4DTOA 1HJOA 4ELUA 5BREA 2A5XA 1YJNN 3CETA 1WNSA 4CVNE 3KKSA 4FOIA 3WQTA 4CD3A 3E1YA 3VETA 3ZX2A 5MLCQ 4G1QA 3U4LA 3KLGA 4JI8K 3C6TA 3WXIA 3EL2A 3GE1A 1QHAA 4K42A 4WCEL 5KPZA 3RWUA 4B1ZA 3KK7A 2O8BA 5D3GA 3QEIA 1FKPA 3C0BA 5JVGL 3S3MA 2UYTA 1HNWK 4NYFA 3FZFA 3AVHA 4OGCA 3I8DA 3C6AA 3SUQA 3S9HA 4M3ZA 1MDUB 1ZBUA 1NJIO 4H03B 1BU6O 1D4XA 4CEDA 3MECA 4CHZA 3CCSN 3PY8A 5AQVA 4FWRA 3EYZA 1QHTA 3NGZA 3M8RA 4RW9A 1U47A 3VQ5A 1W2BM 2D0AA 3P83D 4XH1A 4OLAA 2BANA 2NLXA 1W9HA 2ITGA 3MWPA 1RGIA 4YFUA 4FW2A 3EO3A 1BHLA 4K43A 3SMSA 3VQ8A 4FK2A 1EWQA 1VQ5N 3TAPA 4E19A 4GMJB 3MEDA 2P9SB 4JN4A 2Q1NA 4B3OA 1DGKN 3QFUA 3MMVA 2P1JA 4U67L 1RBVA 4ID5A 1VQPN 1TYQA 3E9PA 4CGGA 4CJWA 1JXEA 3K9JA 4B9VA 2Z1JA 4N56A 4E7HA 4FYDA 2E2NA 2J4RA 2P9IB 4DTJA 4DUYK 1X3NA 3AY9A 3EZ5A 1KVAA 1LWFA 3QMLA 4BWJA 2I5JA 4M3RA 4CECA 4CEZA 4KBOA 1KVCA 4H0XB 4W5TA 2FBXA 3W0LA 4OGEA 2UXDK 1BGXT 2G8FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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