3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k-12
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
2XO7A 3I0RA 4C8MA 3DLRA 4ZTFA 4W5TA 4CIEA 1VSKA 2Z1JA 3AA2A 2X78A 3OYCA 2A1SA 4HVJA 5C25A 4DLGA 3U6FA 3SQ1A 4CHZA 4JS5A 4CHPA 1XHZA 1IG9A 4CCHA 3OYKA 4DQQA 3AO2A 4FYDA 2FC0A 3ZSVA 3SZ2A 2W42A 1VK0A 3QEVA 4FM2A 1EP4A 3ZT0A 3RMCA 4KHSA 4IG3A 2XRIA 2XY7A 2I5JA 3PX4A 1RT7A 2GUIA 2YNGA 3QO9A 1R0AA 3OS2A 3OYMA 2HHVA 3L3UA 4CESA 4CECA 3LP2A 1XHXA 4KB1A 2X74A 3HVRA 1Q9XA 3CM5A 1QSLA 2G8UA 1HYZA 3LP0A 2QK9A 3NAEA 4CJUA 3OYDA 1BI4B 4IKFA 2D0BA 4DF4A 3I0SA 2B4JA 3TAMA 4CJVA 1VRTA 2PZSA 4DSEA 1GOAA 4CFBA 4DSIA 3M8RA 4PWDA 4B8AB 4CGHA 3V1RA 3QERA 1HPZA 2HVIA 1Y97A 3WNGA 1LWEA 1WSGA 2B6AA 3MXJA 3T19A 3ZCMA 3TARA 4K8XA 4LH4A 2ZQBA 4FLVA 1UOCA 2HNZA 3QETA 1Z26A 4OPJA 1KTQA 2OPSA 4ID1A 3O4QA 3KKRA 4B9LA 3DRSA 3V9SA 1RTDA 4EZ9A 2G8IA 5CYMA 4G1QA 4FJ9A 4E7JA 4J2BA 1VSMA 4E1NA 3H08A 4UQGA 2WONA 2RN2A 2E6LA 3VQ5A 3DOKA 5DMRA 3M8SA 1YTUA 1F21A 1J5OA 1NOYA 1QTMA 1NK9A 3T1AA 4FJ5A 4E7HA 4E7KA 3HPHA 2OA8A 4N76A 5E41A 3E01A 2ATQA 4I9LA 4CF1A 2XY5A 3TI0A 4DMNA 1S9EA 1D9DA 4FJHA 4I2PA 3LAMA 4AHUA 1HRHA 1RT3A 3SCXA 1N6QA 3RWUA 1TK8A 1T7PA 4HHTA 2VG5A 4CGGA 4EP5A 4Z4GA 3NGIA 3C95A 3KLHA 4BACA 1IKVA 2XY8A 4AHTA 3TAGA 1X9MA 1VSFA 2X6SA 4LSLA 2IDOA 3TAPA 3NGYA 1KLNA 3SYZA 4QAGA 4FJKA 1KVAA 3SUQA 4CIFA 1C0MA 1S1VA 3VN5A 1Q8IA 4CIGA 4DF8A 4KHUA 1MU2A 2WOMA 1I3AA 4DU3A 3TWHA 4RW9A 1VSJA 3OYEA 2YHAA 2Z1GA 3CFRA 1S5JA 3ISNC 3QIOA 3L3VA 3U3YA 3KTQA 2DY4A 1S1XA 5HRNA 1C0TA 5HRSA 4FZZA 3PUFA 5J1EA 4BE1A 3M8PA 3OYJA 1BGXT 2BDPA 1ITGA 3ALYA 4FJGA 3AV9A 3SUPA 4MQ3A 4JS4A 2IS3A 1CXQA 3C94A 3DRRA 3SQ4A 5HROA 5JS2A 4DU4A 2P5GA 4FM1A 2DFEA 4C8LA 3HYFA 5KTQA 3LWMA 3V81A 5J2NA 5I3UA 3ZSWA 1QSSA 4CEEA 4W5NA 3FFIA 2JLEA 3V1OA 4FJMA 3DOLA 2YNHA 3CFOA 1IKYA 4M3ZA 2ZD1A 1QSYA 2F96A 3AVKA 3WNEA 4DTSA 1U49A 3VQ6A 2G8HA 1KVBA 1VRUA 2GBZA 5HRPA 3AO4A 1CZBA 2PYLA 1JL1A 1D5AA 3G0ZA 3HXMA 5HLFA 1T03A 1DLOA 4CHNA 3OYBA 3VQAA 1TKXA 3ZSXA 3EYZA 3KK2A 1Q9YA 4FLTA 2X6NA 3CM6A 3VQ8A 3OYNA 1RBUA 4AHCA 3OJUA 3SI6A 4LSNA 1WAFA 2YNIA 1NJWA 2F8TA 3AO5A 2IAJA 1J9AA 1RNHA 5CY4A 4J2AA 2Y1IA 1WSEA 3MEEA 3P1GA 5J2QA 5KGWA 3LDSA 1KRPA 4CJEA 3QEPA 3DM2A 3WNHA 1U4BA 1YTAA 2QXFA 3DMJA 3AVBA 4CF2A 1VSHA 4HUEA 3O3GA 3SQ0A 2YKNA 3G10A 1U47A 4DLEA 3O3HA 4KHNA 3KD5E 1RILA 1TKTA 4CJRA 3CFPA 5KGXA 1GOBA 4DSLA 1ZBFA 5KRSA 3HJFA 4DS4A 4CJPA 1LWCA 2VWKA 4CJTA 1SKSA 4BDZA 3LALA 3RRGA 5HRRA 1NJZA 1G15A 3HT3A 4W5RA 3ULDA 1SL0A 2F8SA 1SL1A 4DTOA 1B92A 2A1RA 3VA0A 4MFBA 1RT2A 1T8EA 1EX4A 2VG6A 4OVLA 3C6UA 4PY5A 4RW4A 3VQPA 3SPZA 3V4IA 2DFFA 2HHUA 1J54A 4H4MA 1N5YA 3CG7A 4CGJA 1RCHA 3ZT3A 3TAFA 1L3SA 3KK3A 1GOCA 3LAKA 1BQMA 1LW2A 4B08A 1JLCA 3LWLA 4FLXA 4EZ6A 4CEOA 1JLEA 4WE1A 4E1MA 3L2UA 5C24A 3KK1A 1VSEA 4RW6A 4M45A 1BIZA 4KKOA 3VQ7A 3CQ8A 3SV4A 4CGDA 1KFSA 4O0JA 3SUOA 4CJSA 2KTQA 3HO1A 4KHYA 4AHVA 5FRMA 3ASMA 3HVTA 4O44A 3MXIA 4NYFA 3OYFA 1RDAA 4Z4EA 2FBXA 2VWJA 1UA0A 4Q5VA 1X1PA 1C6VA 3KIOA 4GMJB 1SKRA 3QLHA 1U04A 1WSJA 1SV5A 2E4LA 4OKEA 3P83D 3V9WA 1NK7A 1LAWA 2KQ2A 4M41A 1XC9A 3QNOA 1XWLA 1IO2A 2ITGA 4BWMA 1RT1A 2HNYA 1L3VA 1CZ9A 3F73A 4K8ZA 3RR7A 2D5RA 3LP3A 3SUNA 4FJXA 4CJ4A 1JLFA 1JKHA 4N47A 2XHBA 4KI6A 1QQCA 4AH9A 4DFKA 2Y1JA 1QE1A 3NH1A 4FJLA 4FJ8A 4O5BA 3LANA 4OGEA 1NKBA 4FZXC 1LAVA 3S3MA 4E0DA 4M3RA 4M42A 4DSFA 5J2PA 1NK8A 1T05A 3P5JA 4DQSA 1C0UA 3K5MA 3VQ9A 4FJIA 5CZ1A 3K57A 4NCBA 3MEDA 3KJVA 3AA3A 1BHLA 3AO1A 4B8CA 4F4KA 4W5OA 3LP1A 1FKPA 5CZ2A 4CERA 3O3FA 2OPRA 2HHTA 2VG7A 3AVFA 4DFPA 2PY5A 2KFZA 4Z0UA 4CJFA 3HP6A 3AA5X 4DTRA 5C42A 4DTJA 4CFAA 3HPOA 3D45A 4KTWA 1TK5A 1RBSA 3DLBA 1HYSA 3MAQA 4FK0A 4BWJA 1JL2A 1RDCA 3IG1A 5KRTA 4FLWA 4B9NA 4M3XA 2KW4A 1ASVA 1TGOA 4Z4CA 1VSDA 2KZMA 3OVNA 5K14A 4F3TA 1B9DA 3TR8A 2HHWA 2HHSA 1KCFA 3LPTA 1UAXA 3NF6A 3ZSYA 4FLZA 5DK5A 1BL3A 4E19A 3SV3A 4GVMA 1RBVA 3RMDA 3WNFA 1UWBA 3ZT1A 2KZZA 4CJQA 3PX0A 4E3SA 2DTUA 5FRNA 2HHQA 4CJ3A 2FBTA 5FDLA 4FVMA 2G8VA 2QKBA 4DTNA 2GV9A 1VSLA 3VQ4A 4AILC 1SL2A 1BI4A 5D3GA 1W9HA 5HBMA 2HNDA 4CJLA 1S6PA 3PO4A 5SZTA 1NOZA 2YNFA 4QOZB 1REVA 4O55A 5CYQA 3VQCA 3PY8A 4KB0A 2D0AA 3HP9A 5KI6A 3L2QA 1RDBA 1TAQA 3JSMA 4FLYA 3RRHA 3NDKA 4KREA 1A5WA 4FXDA 3TANA 1IKXA 4FW2A 1WLJA 3KLEA 1A5XA 3DYAA 1NJXA 3L2WA 3ZSZA 2DFHA 4DTMA 3MXMA 4HCCA 4CK1A 4CEZA 3S3OA 3AA4A 2XY6A 2OZSA 4NCAA 2E6MA 1JXBA 4HUFA 1RBRA 3OYLA 4CJWA 2RPIA 2YKMA 3MECA 3D0PA 4E7LA 4KHWA 4OLBA 1O1WA 1WSFA 3VQDA 3KLIA 4OLAA 4DQRA 3S9HA 1D8YA 4DSKA 5I42A 4KHQA 4O0IA 3JYTA 4Q0BA 2HHXA 1TL3A 3CYMA 2O4IA 4KO0A 4BDYA 1YVUA 2D0CA 1FKOA 3AVIA 1C1AA 2RKIA 1ZYQA 3OY9A 1DTTA 1CXUA 3A2FA 1U48A 4KTZA 1EXQA 3B6OA 4B9SA 4N5SA 1C1BA 1BCMA 1EETA 3U3GA 4RG8A 1WNSA 3NHGA 4B9UA 1DTQA 4RW8A 3VQQA 3IRXA 4KI4A 4M3WA 1HYVA 1HMVA 2HB5A 1FK9A 3ZSRA 5FROA 3DLGA 1I39A 2HW3A 1KLMA 4ZTJA 2BGGA 1JLGA 4DQPA 3QINA 3IS9A 1RTIA 5T7BA 1RDDA 4Z4HA 4DG1A 3NE6A 3NH0A 2ZE2A 3KLGA 1WN7A 4ELUA 3K5LA 2NUBA 4GW6A 4CJKA 2YV0X 3ZSOA 3NH2A 2IOCA 4B9MA 3DI6A 1HNIA 1QS4A 1S9GA 2B5JA 2YHBA 1K6YA 2RF2A 3HM9A 3UIQA 4FJNA 4CHQA 2KFNA 4DU1A 1BISA 4DSJA 1NK5A 1Z25A 1TKDA 2HMIA 3SQ2A 4CHYA 2AJQA 2Z1HA 3OYHA 1TKZA 4HUGA 5J2MA 4AHSA 4CFCA 1UA1A 3IAYA 3THVA 1A5VA 3I8DA 4ICLA 4BE2A 3SPYA 2OPQA 4CGFA 4DFJA 2QKKA 4FK4A 4KV8A 1KVCA 2OPPA 3ITHA 4FCYA 3V9ZA 3O4NA 3MEGA 3TAQA 1RTJA 1X9WA 4C8KA 4N56A 2IC3A 4CHOA 4FZYA 3V9XA 3OYIA 3QIPA 4RW7A 1TV6A 1HQEA 1SUQA 4I7FA 3TABA 2OYQA 4BDPA 3AVHA 1RTHA 3NBPA 1CLQA 3NF8A 4KPYA 4NCGA 4DTXA 1JLQA 4CEAA 3RR8A 3BDPA 3AVGA 1RT6A 3PO5A 2BANA 1HNVA 4ZHRA 4BE0A 4DTUA 4FJ7A 1S1WA 4CE9A 4DQIA 1JXEA 3L8BA 2IGIA 4B3OA 1JLBA 3OJSA 3V9UA 4CJ5A 1LV5A 4R5PA 1X9SA 4HCBA 1HJRA 3TAEA 3K5NA 1WSIA 4IDKA 1NK6A 1HQUA 2JGUA 3OS0A 3NF9A 4CF9A 5SWMA 4Z4FA 4EP4A 1ZBHA 1KFDA 2Z1IA 4FLUA 4OKKA 1KSPA 3NFAA 1IH7A 4PQUA 2G8FA 4AHRA 1BIUA 3AVCA 4PA1A 1ZBLA 1L3UA 3KD1E 4DTPA 3KLFA 3K58A 2OZMA 4IFVA 4M3UA 4O4GA 3ZT4A 4FW1A 3DLEA 2ETJA 2R7YA 3ZSQA 3DRPA 3DLKA 3NGZA 1TK0A 4B9TA 3NF7A 1TL1A 4C8OA 2P51A 4JRPA 4ELTA 1JLAA 1IKWA 3QESA 4M3TA 3F9KA 3L2VA 3K5OA 4DFMA 3QEIA 4LH5A 2O4GA 4W5QA 4JLHA 3OS1A 4LD0A 3OYGA 1WSHA 4M3YA 1L3TA 3M8QA 2EX3A 3S3NA 1D9FA 1RT5A 3DLHA 3LZJA 3VQBA 4H4OA 1ASUA 1J53A 1EKEA 1NKEA 4OGCA 3HPGA 4CEBA 4CFDA 4FK2A 5HP1A 3C6TA 3QEXA 1NK4A 4YFUA 2FBYA 4E7IA 1RT4A 3KKSA 4DWIA 3QEWA 4F2RA 4JRQA 4CK3A 3LPUA 3T3FA 3BGRA 2EHGA 4I2QA 1BCOA 1BQNA 3OYAA 4ID5A 4TSXA 3L2RA 4B9VA 4OKJA 1WAJA 5EU7A 1RBTA 4FJJA 4Y1DA 4J2DA 3SNNA 3NCIA 1S6QA 3AVNA 4FM0A 3HK2A 4YNQA 4OPKA 4HTUA 3AVJA 1FXXA 3VQEA 1XI1A 1C1CA 1YT3A 3RMBA 4C8NA 1W0HA 1SKWA 4IFYA 1TAUA 2P5OA 1ASWA 4CEFA 4ELVA 2P1JA 1L5UA 4DS5A 2G8WA 3QNNA 4PUOA 2Q3SA 1S1TA 3B6PA 3RMAA 3AVMA 4XIUA 3EZ5A 3K2PA 3V6DA 3AVLA 2G8KA 3PX6A 1NJYA 3V1QA 4CF0A 4CK2A 4LY7A 1B9FA 4N41A 4F3OA 2HVHA 1ZBUA 1LWFA 4H8KA 4OJRA 4IG0A 4NYNA 4CGIA 4CEQA 4Z4IA 1TVRA 1NKCA 2FBVA 1LW0A 3AVAA 4CF8A 4CEDA 4I9QA 1NK0A 4KTQA 3RTVA 4Y1CA 4J2EA 3SJJA 3LZIA 1U45A 1ZBIA 4KRFA 1QHTA 1VSIA 3HSTB 4E89A 3K59A 1S1UA 4KFBA 2PYJA 4F2SA 3AO3A 4IBNA 3ZT2A 5JS1A 2LSNA 3EY1A 4F8RA 3HL8A 2BE2A 3PV8A 3VA3A 4KAZA 4L8RB 4QCLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ7A 4CIEA 2X78A 5C25A 1QQOA 3SAGA 3SQ1A 1XHZA 2GX9A 1HJOA 2FC0A 4YOWA 1VK0A 3ZT0A 5C2FA 5GAGP 1VQ4N 1MWKA 4IG3A 2XRIA 2I5JA 3PX4A 4JI0K 2GUIA 1T44A 3OYMA 2HHVA 5AQIA 5FPDA 4DR6K 3ZLJA 5TKYA 4KB1A 2X74A 3HVRA 1HYZA 3CCMN 3OYDA 2D0BA 4B1WB 3I0SA 1VRTA 2PZSA 4DSIA 1GOAA 4BRCA 4CGHA 3QERA 2O8CB 1IBKK 3ZCMA 3MXJA 3T19A 4JEPA 4GV9A 2HNZA 1Z26A 4B9LA 4A57A 3ZX0A 4DV1K 3CPEA 2CH5A 4JI6K 2YCHA 3ATUA 2JWLA 1F21A 1J5OA 1GLFO 3NVKA 1GLCG 4N76A 4FWNA 1GLBG 3TI0A 4DMNA 3THXA 4BVPA 5F0XA 5B8HA 4FJHA 3O1WA 4BRNA 3DXMA 2UUBK 2E20A 4AHTA 3LDNA 3ZEUB 1X9MA 1Q86O 4LSLA 4JNEA 2FF3B 4BVOA 4CIFA 5EXWA 3D2EA 4XH4A 5AQZA 2GUPA 1S5JA 3L3VA 1S1XA 1XMOK 1NM1A 4B3SK 3QICA 3OYJA 4H5TA 1NGAA 3RSEB 4FJGA 3SUPA 4BGAA 3DRRA 1CXQA 5JS2A 4DU4A 3HYFA 2Q0RA 1HNXK 3IUCA 3V1OA 1SAZA 3WNEA 3H1VX 4DTSA 1U2VB 2QW9A 3HXMA 5HLFA 1DLOA 3VQAA 1NGCA 3FE1A 4I6MB 3OBWA 3EYZA 4CW7B 4R79A 1Q9YA 3OJUA 3THWB 4AHCA 4FO0A 3CJBA 3C6HA 3AO5A 3ATVA 3JAMO 2Y1IA 4JKGA 2VQFK 4K0KK 1XQSC 3DM2A 2UYTA 1U4BA 4HUEA 4CF2A 3E66A 3O3GA 4LFBK 4KHNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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