3HT6A

2-methylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht6A00
1DYFA 2F47A 3HU9A 3CDQA 258LA 1C6HA 229LA 2OU9A 2RAYX 1CU0A 1CU2A 3SBBC 1L07A 1LI3A 2OTYX 1L61A 2IGCA 1QTHA 1L12A 3QAKA 1L44A 1DYAA 4DKLA 107LA 1L19A 1QUHA 1T8AA 1CX6A 3C8SA 3HTDA 111LA 1L93A 2B73A 1D3JA 1L85A 3HH4A 3OE8A 3SB6A 1L36A 1QUGA 4I7NA 1L16A 1L53A 3RZEA 4EKSA 1DYBA 1CUPA 1P2LA 243LA 230LA 1L88A 1PQIA 257LA 4I7PA 143LA 184LA 1T97A 3NYAA 228LA 123LA 181LA 1PQDA 1DYDA 2B6XA 1L42A 1L03A 4I7TA 3SBAA 1L55A 128LA 1P7SA 168LA 2B6TA 164LA 1L02A 3GULA 1LWKA 4EJ4A 1L95A 3G3WA 1C6FA 1L47A 1L72A 2OE7X 1L39A 3C8QA 1L98A 1L54A 4S0WA 1SX2A 1C6AA 1L63A 113LA 127LA 159LA 2B6ZA 4ARQA 3C80A 138LA 1L09A 1LYIA 146LA 3DMXA 3DN6A 4ZPUA 1L04A 4I7SA 1L92A 171LA 1JTNA 125LA 2OEAX 1G06A 2RB0X 1L33A 1C63A 1ZYTA 1L29A 223LA 4YXAC 1L40A 2LZMA 3HT6A 1CV6A 195LA 4W59A 215LA 3SB5A 152LA 157LA 1L68A 3CDVA 2ANVA 1CVKA 1L08A 1LYDA 3C7ZA 1L22A 245LA 130LA 1LI6A 183LA 3GUPA 1KW7A 160LA 3HH3A 1L34A 165LA 3DN1A 1L20A 248LA 1D3MA 185LA 251LA 1LGXA 126LA 163LA 4YXCA 1L0JA 1PQKA 3HU8A 2RB1X 4IAPA 234LA 1T8FA 1C6KA 1L73A 4EKPA 3SB8A 1SX7A 155LA 1G07A 3HUKA 260LA 1L49A 1G0PA 3PDSA 4W51A 1L59A 1L21A 1P6YA 1QS5A 3G3VA 3HDFA 6LZMA 213LA 1QTDA 1L24A 3HH6A 1L37A 115LA 3GUNA 2Q9EA 1C61A 104LA 1L52A 3DMVA 3GUMA 186LA 198LA 1XJTA 1L11A 1NHBA 103LA 1KS3A 3C83A 2RBOA 1L77A 3HDEA 247LA 196LA 1LYEA 4W52A 1L71A 4W54A 1QSBA 1OWZA 137LA 3HT7A 1LGUA 3FADA 1L17A 110LA 1C6BA 1XJUA 1C6JA 233LA 1OVHA 4W58A 5LZMA 4OO9A 4LDOA 241LA 1C64A 144LA 1C6NA 1D2YA 4I7MA 3DMZA 1QSQA 4LDLA 1L25A 1L15A 1L99A 4ARLA 1CV3A 1G1WA 206LA 1EPYA 4ARJA 1JTMA 2RAZX 1QUOA 2RH1A 249LA 1JQUA 1QT4A 1TLAA 3FI5A 1L75A 3UONA 1L10A 2B70A 129LA 1L57A 3PBLA 1L81A 1LW9A 1OVKA 250LA 3RUNA 3HWLA 174LA 1C6IA 112LA 177LA 3JR6A 1L38A 2RBQA 3HTGA 1K28A 1L60A 4ARPA 1L64A 1L06A 1C6CA 2ANXA 3SN6R 1WTHA 242LA 1SSWA 145LA 2B72A 1P36A 1L90A 2NTHA 4ARMA 2Z6BA 147LA 118LA 1L18A 3DNAA 1L58A 150LA 3CDOA 1LI2A 1OYUA 4I7JA 1QTCA 3EMLA 1G0JA 139LA 2HUMA 1G0KA 220LA 2B7XA 3DN0A 3GUJA 1P2RA 131LA 205LA 1CUQA 3OE0A 4GBRB 262LA 172LA 1C67A 3DN8A 1L80A 3V2WA 252LA 4EKQA 1D9WA 1OVJA 239LA 261LA 4E97A 3SB9A 1P46A 4W56A 4EKRA 1SWYA 149LA 1QT5A 2RB2X 1L74A 166LA 2F2QA 201LA 1CX7A 1OWYA 190LA 1P37A 4EPFA 1ZURA 240LA 1C6PA 1QTVA 169LA 2OE9X 1DYEA 3L64A 1CV4A 1OV5A 4PJZA 175LA 1L41A 3F8VA 1L69A 2B6YA 1L30A 1LGWA 4EXMA 4LZMA 2B6WA 1CTWA 1C65A 120LA 1P5CA 1SSYA 1L70A 188LA 210LA 3HH5A 1C66A 254LA 2QB0B 1L91A 4I7OA 253LA 1L35A 191LA 225LA 1L00A 3D4SA 1LYHA 7LZMA 1L89A 1L27A 187LA 1L82A 3C8RA 3HT9A 3GUOA 1QS9A 212LA 3FA0A 108LA 246LA 1KY0A 1QT8A 2O7AA 1C6EA 1DYGA 1D3NA 4ARQB 2OU8A 4LDEA 3C81A 3ODUA 2B75A 1QUDA 1D3FA 2RBSA 1T6HA 1L26A 182LA 142LA 3HUQA 1L50A 237LA 259LA 1ZWNA 4AQNA 158LA 1P56A 211LA 2OTZX 1KNIA 214LA 1QT3A 1LPYA 1L83A 1LYFA 1L96A 170LA 1L86A 1L45A 1L23A 1CU3A 1L87A 1I6SA 227LA 5I14A 1L66A 114LA 4PK0A 3HTBA 4YX7C 178LA 1C68A 2A4TA 3HT8A 1L65A 1L0KA 236LA 1OV7A 1CU6A 3G3XA 180LA 1QTBA 3CDTA 226LA 4I7RA 1C60A 1L97A 1L51A 217LA 4W57A 2HULA 4I7QA 148LE 221LA 3HTFA 1L01A 1L67A 2O4WA 218LA 1L48A 2LC9A 1KY1A 3VW7A 1L46A 2HUKA 3DKEX 109LA 1LYGA 1L14A 122LA 2RBRA 2OU0X 4DJHA 1G0MA 256LA 1CV0A 1L79A 1LYJA 244LA 1CV1A 151LA 1C6LA 3GUIA 1C62A 4I7KA 4K5YA 192LA 1T8GA 1L56A 2Q9DA 1L43A 222LA 1PQOA 2OE4X 2NTGA 1C6MA 3SB7A 224LA 1C6TA 3V2YA 3OE6A 1KW5A 1L76A 1CV5A 4GRVA 156LA 1L13A 140LA 1QT7A 3F9LA 3OE9A 3GUKA 1G0GA 3HUAA 3L2XA 1C69A 1PQJA 2LCBA 2CUUA 167LA 216LA 1P64A 1L31A 1L32A 176LA 173LA 1QTZA 102LA 4I7LA 4EPIA 1G1VA 1CU5A 141LA 231LA 209LA 3CDRA 1L28A 162LA 255LA 4DAJA 232LA 1G0LA 2B74A 1P3NA 3C7WA 189LA 4W53A 1L84A 3LZMA 235LA 3C7YA 2RBPA 1C6GA 199LA 2L78A 1L05A 1D2WA 3DN2A 1C6DA 1DYCA 3NY9A 1LWGA 238LA 119LA 1SWZA 3K2RA 2F32A 1PQMA 3NY8A 1L94A 1LLHA 4W55A 2RBNA 1G0QA 197LA 2QARC 1QT6A 4ARMB 161LA 1L62A 1C6QA 3DN3A 3C82A 219LA 3DN4A 200LA 2O79A 1XEPA 1B6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVIA 1DYFA 5F81A 258LA 1LJIA 2RAYX 1F6RA 5C6LA 1L07A 2LZ2A 2IGCA 1QTHA 3QAKA 1WVUA 1L44A 1L19A 3LZTA 1UIHA 5D5FA 2B73A 5FDJA 1UBZA 1JKAA 1L36A 1QUGA 4RLMA 1L53A 3N9EA 2YBHA 3A8ZA 1GF9A 1DYBA 3TXIA 243LA 1L88A 4DYGA 3AZ5A 143LA 1T97A 1YAOA 2G4PA 1D6PA 228LA 4NWHA 4AXTA 1PQDA 1L42A 1L03A 128LA 1G7LC 3TXKA 1RFPA 4EMNA 4YM8A 4ZFPA 1L02A 3GULA 4EJ4A 3QE8A 2ZNXY 2OE7X 2HU3A 4S0WA 5KKIA 1SX2A 4KXIA 4HV2A 194LA 1LSAA 2DQJY 3SP3A 4NSJA 3LN2A 1G06A 1H6MA 1FLQA 4HTQA 223LA 4LZTA 4YXAC 3MGWA 1C08C 3A3QA 4FDYA 1LMOA 2LZMA 1VATA 3WVXA 1GBSA 195LA 215LA 1GD6A 1UIEA 152LA 1YL0X 5LVGA 1LOZA 1L08A 1IY3A 5ILFA 1L22A 1LI6A 3HH3A 1L34A 3DN1A 3LZ2A 1GDXA 3HBEX 1GFVA 1LHHA 251LA 1LGXA 1UCOA 1CKFA 126LA 1L0JA 3HU8A 1YILA 1C6KA 1LSEA 3WL2A 155LA 3HUKA 1IWXA 1G0PA 4W51A 1AT6A 1QTDA 1LSFA 3A92A 1L24A 132LA 1VDTA 1FLUA 2Q9EA 3DMVA 1UIAA 1DKKA 1A4VA 1XJTA 1IORA 3C83A 2RBOA 1LYEA 4W52A 1L71A 4W54A 1LZCA 5IHGA 3HT7A 1I56A 1JSEA 4MSTA 1G7HC 1L17A 4DQ7A 1C6JA 4W58A 4LFPA 1IIZA 4OO9A 5II3A 1C64A 1LJ4A 3A6BY 1C6NA 1D2YA 3DMZA 1QSQA 1L15A 1HMLA 4GCBA 1CV3A 1G1WA 4ET9A 4ARJA 1GFJA 1JTMA 1VAUA 2RAZX 1QUOA 2DQIY 1NQIA 2RH1A 2BQEA 1LJJA 3EMSA 4NHQA 3WUAA 3A6CY 4CGEA 1L75A 5IELA 1LZDA 7LYZA 3B0KA 1EQEA 1LSBA 1QDRA 1B7LA 2D4IA 4DD9A 4UWVA 1LYYA 1LZ8A 1LMPA 1L60A 1IP4A 3CSZA 4ARPA 5JENB 1C45A 2BQCA 2NTHA 3DNAA 139LA 2MEBA 1YKZX 4TSCA 4OWHA 1P2RA 1JUGA 1GE1A 3LYZA 1ALCA 1WQQA 1JKDA 3HFMY 2IFFY 4LT0A 1C67A 3DN8A 5AMYA 252LA 4EKQA 5HQ1A 1GXV2 2G4NA 1H87A 3SB9A 3WXUA 5T3FA 1SWYA 1GF0A 166LA 4NWEA 4QEQA 3W6DA 1OWYA 1TDYA 2H9JA 240LA 1HEOA 1XGUC 1QTVA 5KY1A 169LA 1IWZA 5HMVA 1YQVY 1L69A 1LSZA 1B2KA 4EXMA 4LZMA 1C65A 120LA 1P5CA 3M3UA 1LYOA 5LAFA 1KXWA 1FLWA 1C66A 3WPLA 1L00A 3D4SA 3LYTA 1LYHA 1L89A 4LYZA 3HT9A 1QS9A 5KXTA 212LA 3FA0A 1OUDA 108LA 1QT8A 1C6EA 1LZ5A 3VWOA 1GFKA 3C81A 4H8ZA 1BB6A 1F0WA 1GFTA 1OUBA 2YVBA 1P56A 4RW2A 1KNIA 214LA 1QT3A 1NDGC 4BADA 1YKYX 170LA 1JTTL 2ZYCA 1L23A 1CU3A 2BQMA 1I6SA 6LYTA 4WM4A 1OUFA 4BAFA 4PK0A 5KKJA 4YX7C 1C68A 1LYZA 1L65A 1GB7A 1CU6A 4NSGA 1REZA 4B49A 226LA 2BAAA 2LYZA 1HEPA 1L97A 4H9EA 1L51A 217LA 4IATA 8LYZA 4I7QA 1KXXA 221LA 1OUIA 4N8ZA 2NWDX 1JISA 4GCCA 2ZNWY 1QUSA 1GAZA 2LC9A 2IHLA 2HUKA 109LA 1LYGA 1L14A 122LA 4NGJA 4RDSA 1CV0A 1G7JC 151LA 1DXJA 1W08A 3WVYA 4E3UA 3SB7A 2NTGA 1FKVA 2Z2FA 3OE6A 2DBTA 4H9FA 1KW5A 1L76A 3P65A 156LA 4WLDA 1LAAA 140LA 1PS5A 4QY9A 1BVKC 2W1LA 5DLAA 5F14A 1C69A 4XJGA 3RNXA 1P64A 1L32A 173LA 1G1VA 1GB9A 2B74A 4W53A 1GF3A 1IEEA 1KIQC 1L84A 2HTXA 1NWGA 1FN5A 235LA 4FJRA 2RBPA 199LA 5LVJA 2HECA 2Y8PA 3KAMA 3DN2A 4ANRA 1DYCA 3NY9A 4YEMA 5KXLA 119LA 3K2RA 1PQMA 3W6EA 2RBNA 1DQJC 1G0QA 2HEFA 5I53A 1XGTC 3DN3A 5KXZA 200LA 2O79A 1SQ2L 1JHLA 1I20A 2OU9A 4MR1A 1XEJA 2DQFC 4WLTA 3GXRA 1LI3A 2OTYX 4PJ2C 1LMAA 107LA 1IOTA 4NGYA 1V7TA 5F9XA 5L3IA 1AKIA 1T8AA 1UUZC 1CX6A 5B59A 1LZ4A 1B5YA 1L85A 1F10A 3SB6A 1LJ3A 5K7OA 1L16A 5APDA 1OUAA 4XYYA 4EKSA 2MEFA 3G3AB 1PQIA 184LA 3NYAA 4YEOA 1D0LA 123LA 5E4PA 2B6XA 1B5WA 4I7TA 1J1OY 1JITA 1LJFA 4WO6A 168LA 4HJZA 1YAPA 1L47A 1L72A 1L39A 1L98A 3BKHA 2B6ZA 1LMCA 3RT5X 2MEAA 138LA 1BGIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LVI A;  1DYF A;  5F81 A;  258L A;  1LJI A;  2RAY X;  1F6R A;  5C6L A;  1L07 A;  2LZ2 A;  2IGC A;  1QTH A;  3QAK A;  1WVU A;  1L44 A;  1L19 A;  3LZT A;  1UIH A;  5D5F A;  2B73 A;  5FDJ A;  1UBZ A;  1JKA A;  1L36 A;  1QUG A;  4RLM A;  1L53 A;  3N9E A;  2YBH A;  3A8Z A;  1GF9 A;  1DYB A;  3TXI A;  243L A;  1L88 A;  4DYG A;  3AZ5 A;  143L A;  1T97 A;  1YAO A;  2G4P A;  1D6P A;  228L A;  4NWH A;  4AXT A;  1PQD A;  1L42 A;  1L03 A;  128L A;  1G7L C;  3TXK A;  1RFP A;  4EMN A;  4YM8 A;  4ZFP A;  1L02 A;  3GUL A;  4EJ4 A;  3QE8 A;  2ZNX Y;  2OE7 X;  2HU3 A;  4S0W A;  5KKI A;  1SX2 A;  4KXI A;  4HV2 A;  194L A;  1LSA A;  2DQJ Y;  3SP3 A;  4NSJ A;  3LN2 A;  1G06 A;  1H6M A;  1FLQ A;  4HTQ A;  223L A;  4LZT A;  4YXA C;  3MGW A;  1C08 C;  3A3Q A;  4FDY A;  1LMO A;  2LZM A;  1VAT A;  3WVX A;  1GBS A;  195L A;  215L A;  1GD6 A;  1UIE A;  152L A;  1YL0 X;  5LVG A;  1LOZ A;  1L08 A;  1IY3 A;  5ILF A;  1L22 A;  1LI6 A;  3HH3 A;  1L34 A;  3DN1 A;  3LZ2 A;  1GDX A;  3HBE X;  1GFV A;  1LHH A;  251L A;  1LGX A; 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