3HT7A

2-ethylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht7A00
1DYCA 140LA 4I7QA 123LA 1LWKA 2B6WA 1L00A 1L61A 260LA 4LDOA 104LA 151LA 1LI2A 1L73A 1P2RA 2Q9DA 241LA 181LA 4DJHA 1L93A 2OTZX 3SBBC 1C6MA 1C6CA 2RBRA 3FI5A 3SB9A 4I7KA 228LA 1L96A 1L94A 1L81A 1KY0A 2OTYX 3CDRA 3C7YA 102LA 1QUGA 4ARMA 1L87A 1SSWA 3HTGA 1KY1A 1TLAA 1WTHA 158LA 1PQKA 239LA 4W51A 2B72A 1QTZA 2ANXA 1C62A 3DN2A 131LA 166LA 1SWZA 159LA 1L75A 1L71A 187LA 3HUKA 214LA 5LZMA 3DMXA 2F47A 3G3XA 1LYEA 1L52A 2RB2X 253LA 3C81A 1L60A 1L43A 1KNIA 1L47A 3SB8A 1L70A 3OE9A 4I7RA 1L11A 2B6YA 3DN6A 1SSYA 3GUKA 1SX2A 192LA 1PQMA 1CV4A 1NHBA 4ARQB 177LA 1C6AA 3NYAA 1P37A 4PJZA 4EKQA 1L57A 1LYHA 141LA 186LA 107LA 1L27A 1LYFA 1OYUA 1L16A 161LA 261LA 4ARPA 196LA 1QUOA 1L56A 175LA 144LA 1QSBA 137LA 1L50A 4EXMA 1L03A 1L65A 240LA 4W57A 1OWZA 2RBOA 2RBQA 3OE0A 1CU5A 1L15A 109LA 1L45A 3HU8A 1L08A 255LA 1QTHA 1G07A 2B74A 2LCBA 146LA 3HH4A 2IGCA 222LA 4I7JA 1JQUA 1SX7A 2OU8A 172LA 156LA 119LA 1L53A 3HTDA 3C80A 3HDFA 249LA 3HT7A 2CUUA 129LA 3F8VA 1C6DA 4EKSA 3SB7A 147LA 2NTHA 163LA 1JTMA 1T6HA 1L99A 4ARQA 3K2RA 1JTNA 1QT5A 1G0GA 1QSQA 1LGXA 1L36A 1QT4A 126LA 2B6TA 1D3MA 1G0QA 1C69A 3HTFA 1C6JA 142LA 245LA 3G3VA 1C60A 1D3NA 217LA 1G0KA 3HH5A 190LA 1C66A 4LDLA 1L26A 4I7NA 4LDEA 2B73A 1G0JA 1OV5A 1CV1A 211LA 1DYGA 185LA 4IAPA 1D3JA 1L51A 164LA 155LA 3JR6A 4ZPUA 224LA 1L40A 4EKRA 1G0MA 1CV3A 1G0LA 3NY9A 3DN0A 189LA 1L62A 4EJ4A 3HUAA 3SB6A 1L01A 1T8GA 4S0WA 2OEAX 168LA 5I14A 4EPFA 1CU2A 1OVJA 173LA 4W52A 3D4SA 3C82A 3HT8A 127LA 1L88A 3PBLA 1P36A 1L10A 1OVKA 4ARLA 2HUMA 1L72A 1C63A 2QB0B 1T97A 219LA 3C7WA 1QTDA 2RB0X 1KW5A 3SBAA 1L41A 3OE8A 145LA 1LI6A 176LA 1L64A 170LA 1L49A 1L12A 1L46A 2O4WA 1C64A 1L76A 1L23A 1L44A 2RAZX 2NTGA 3NY8A 1DYBA 112LA 1L85A 4LZMA 1XJTA 180LA 1QTBA 3CDOA 1QT8A 1ZYTA 1L06A 198LA 2OE7X 160LA 1L25A 1L63A 1P7SA 3GUMA 213LA 1CTWA 229LA 110LA 4EKPA 143LA 1L34A 3L2XA 1C6KA 3HUQA 4YXAC 3EMLA 225LA 165LA 1L84A 221LA 1L09A 1OVHA 2F32A 1L07A 3RZEA 4GBRB 3HH3A 120LA 4I7MA 1L95A 3HDEA 3DNAA 1LYIA 1L58A 1L31A 2B70A 3HWLA 4I7LA 230LA 199LA 3CDVA 1QTCA 1P3NA 243LA 4W53A 1D2YA 223LA 231LA 1LWGA 1D9WA 1OV7A 1L79A 3C8RA 256LA 235LA 3DN3A 1L69A 242LA 2RBPA 128LA 3RUNA 2RH1A 1CUQA 1LGUA 1L66A 1SWYA 149LA 1T8AA 1C6BA 1L90A 2ANVA 1I6SA 1LYJA 1L17A 191LA 1C67A 1P2LA 114LA 1L35A 2QARC 1G1WA 216LA 1G0PA 3C8SA 3ODUA 3GULA 1DYDA 2Q9EA 3CDTA 1ZURA 4W54A 234LA 2RBNA 236LA 1C61A 150LA 4W55A 103LA 2HULA 2OU9A 3CDQA 2A4TA 4I7TA 3SB5A 130LA 1L33A 1P46A 3C8QA 1PQJA 7LZMA 1PQOA 1QUHA 1C6FA 1XJUA 1C6EA 1K28A 3QAKA 4AQNA 1D3FA 3HH6A 227LA 1CVKA 3C7ZA 1PQDA 1L28A 1QUDA 2B7XA 1LPYA 162LA 2O7AA 1L86A 1L74A 1L55A 3DMZA 3L64A 1G06A 139LA 1LYDA 1L48A 1EPYA 1P6YA 1L20A 1L83A 4W58A 3SN6R 167LA 1ZWNA 3DMVA 220LA 1C6NA 259LA 2OE9X 1LYGA 1KW7A 206LA 1CUPA 1CX7A 171LA 1C6TA 1D2WA 1QTVA 258LA 3DN4A 3LZMA 3OE6A 184LA 2L78A 218LA 4I7SA 201LA 2Z6BA 3HTBA 178LA 4ARJA 4I7PA 4DAJA 4K5YA 1L0KA 3C83A 262LA 4W56A 6LZMA 1P64A 3DKEX 246LA 1L98A 3G3WA 1QT7A 1L67A 1XEPA 3DN1A 3GUOA 3GUPA 1G1VA 138LA 1L29A 1LGWA 122LA 115LA 1CV5A 183LA 1L30A 2OE4X 1L32A 3GUIA 244LA 212LA 205LA 215LA 1C6PA 2B6XA 1L13A 113LA 2O79A 2B6ZA 248LA 1CU6A 118LA 148LE 169LA 1C6LA 3PDSA 182LA 157LA 1C6QA 1L19A 251LA 1DYAA 1L59A 250LA 1L02A 3VW7A 3DN8A 238LA 2RB1X 1L18A 1L77A 1L14A 1C6IA 257LA 2HUKA 3V2WA 4E97A 1C65A 1P5CA 2OU0X 125LA 210LA 254LA 1L68A 1QS5A 237LA 1L24A 1QT3A 1C68A 1QT6A 1LLHA 188LA 1T8FA 233LA 4YX7C 4PK0A 3HT6A 1L0JA 1L05A 3GUNA 1PQIA 1OWYA 1L91A 2LZMA 232LA 1L92A 4I7OA 1L38A 1L39A 1LW9A 3UONA 2B75A 3F9LA 4W59A 1L82A 226LA 252LA 2F2QA 2LC9A 1L21A 1LI3A 2RBSA 111LA 1C6GA 1L89A 2RAYX 4OO9A 1L37A 1KS3A 1CV6A 3GUJA 4ARMB 152LA 4EPIA 4YXCA 3FADA 1L42A 1DYFA 1C6HA 3HT9A 209LA 1L54A 1L04A 1L97A 4DKLA 1CV0A 1DYEA 1QS9A 1CU3A 200LA 247LA 1CX6A 3HU9A 174LA 1L22A 1P56A 197LA 1B6IA 3FA0A 108LA 3V2YA 4GRVA 195LA 1L80A 1CU0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3BB 1GDWA 1RCMA 1HFXA 1GFUA 4I7QA 3CB7A 4WOAA 1C10A 4KXIA 1UIFA 2BQMA 2BQDA 3AGHA 2LYZA 4PJ2C 1LYYA 1CKGA 104LA 1JSEA 1F10A 3HFMY 2Q9DA 7LYZA 4DJHA 5I54A 5B59A 5E9RA 228LA 1KY0A 4NY5A 1QUGA 4ARMA 3HTGA 1LSGA 4C5FA 158LA 239LA 2MEAA 1LHKA 3QY4A 1QTZA 3TMUA 131LA 4WLDA 187LA 1YKZX 4OOTA 3HBEX 5HNCA 3DMXA 1L60A 1L47A 1WTMA 3SB8A 1G7JC 4I7RA 2DQGY 4ARQB 1OUEA 4XJDA 1OUFA 186LA 3AZ6A 1L27A 1LJKA 2YBJA 1HFZA 1PZYA 2BQEA 2F30A 4WLTA 4GN4A 1QSBA 1SLYA 1TCYA 1L50A 5LVKA 1L65A 2C8OA 2ZYPA 1GEZA 1ZV5L 5D5FA 2RBOA 2RBQA 1B5WA 1DXJA 3TXKA 1L15A 109LA 4UWNA 134LA 1L45A 5KXRA 255LA 1LYOA 1GBWA 1G07A 1REZA 4PHIA 1GFHA 2D4KA 2DBTA 2OU8A 1HEPA 4PRUA 3HTDA 2HTXA 4NEBA 3HT7A 1IP1A 4H94A 1RJCB 2PC2A 163LA 3TMXA 3TXEA 3K2RA 1JTNA 1A2YC 5KXTA 2HECA 126LA 1G0QA 4WM5A 3WXTA 3B72A 1IWYA 1LZSA 1D3NA 217LA 6LYTA 1G7HC 4QEQA 1IP5A 1C66A 4LDLA 4DD3A 1L26A 1HFYA 1CV1A 1J1XY 2BQAA 4LYOA 4BS7A 4AGAA 3JR6A 4YM8A 1IP7A 224LA 2CDSA 5FELA 1L40A 1G0LA 2Z19A 1YL0X 1GB5A 5KKIA 189LA 1JPOA 1JUGA 1L62A 4XJHA 1T8GA 4TUNA 4B49A 4EPFA 4G4HA 1CU2A 3D4SA 3C82A 1EQEA 1IX0A 1GWDA 1VAUA 2W1YA 3T36A 3TXDA 1OVKA 4ARLA 1T97A 219LA 1QTDA 1KW5A 1IC5Y 1L41A 1LMAA 1XEIA 4B4IA 1L46A 1C64A 1L76A 2NTGA 3NY8A 4LT1A 1L85A 5LA8A 5LAGA 3T6UA 3WXUA 4WM6A 1QTBA 3CDOA 4H8ZA 2BQIA 1REXA 3OJPA 3WL2A 1UIGA 2OE7X 1L25A 1C7PA 1CTWA 1G7MC 2Z2FA 3L2XA 1KXYA 1C6KA 133LA 3EMLA 5L3HA 165LA 1GFTA 1LSFA 1IC4Y 2F32A 2EPEA 1N4FA 3ATOA 4ZIXA 4LYZA 1LYIA 1L58A 3HWLA 4I7LA 3CDVA 243LA 4W53A 1I20A 3CSQA 1D2YA 5HMVA 4NGKA 3C8RA 256LA 2BQJA 1L69A 4QDNA 1BGIA 3EBAB 5DN5A 1LAAA 3A6BY 1UACY 1C67A 1P2LA 4ET9A 4MR1A 1GHLA 3ODUA 1HELA 3GULA 1DYDA 1LSBA 4GLVA 1CJ9A 1ZURA 1EL1A 2RBNA 150LA 3N9AA 1VATA 2RSCA 3C8QA 1QUHA 1K28A 3QAKA 1D3FA 1T3PA 2DQFC 4HJYA 1GB9A 1L28A 1QUDA 4EOFA 4OWCA 162LA 1LSEA 1IR9A 1H6MA 1UCOA 1NDGC 1P6YA 3DMVA 220LA 4NSHA 1WVVA 1LZ8A 4E3UA 206LA 3P64A 4H9CA 1CX7A 1D2WA 2LYOA 5II3A 3OE6A 4BAPA 218LA 4I7SA 1LJ4A 1IWWA 3HTBA 178LA 2YBMA 1LSAA 1LZ9A 3RNXA 3C83A 3TXBA 3D9AC 1L98A 8LYZA 3FE0A 1IP3A 1JHLA 4CFPA 5AMYA 1UUZC 4LT3A 1L32A 3GUIA 1CKCA 4NGIA 205LA 2HEFA 1C6PA 2B6XA 5DM9A 4RLNA 2CJLA 5ILFA 3PDSA 148LE 1C6LA 5FSTA 1VDSA 2LZ2A 182LA 2H9JA 157LA 251LA 1DYAA 1LJEA 4H93A 3LHMA 2F4GA 5APFA 1QDTA 1FBIX 3W6EA 257LA 2H5ZA 1IO5A 2YBLA 1P5CA 2DQCY 3A34A 1L24A 3CT1A 3IJUA 1QT3A 1BVKC 3HBDA 3WW5A 3IWRA 1LZTA 3J4GA 3HT6A 1L05A 1IIZA 1IWUA 1JKCA 3A6CY 1L92A 1L39A 1YAQA 3TXIA 3F9LA 2LC9A 3IJVA 1C6GA 4NGZA 2YDGA 4NSJA 1L89A 1G7LC 3M3UA 1BHZA 1CV6A 4ARMB 4EPIA 5F14A 1DYFA 4XJBA 3A92A 1CX6A 3QNGA 1GAYA 2ZIJA 4MSTA 2DQJY 4N8ZA 1DYCA 4TWSA 123LA 1L61A 4HV2A 1OUCA 5KXNA 2MECA 5IELA 1LI2A 1YAMA 5B06A 241LA 1B7PA 1L93A 2BPUA 4I8SA 4J7VA 2ZIKA 3SBBC 1C6CA 2RBRA 3SB9A 1P2CC 1L96A 2OTYX 3C7YA 102LA 5LYZA 1DI3A 1L87A 4G9SA 1TLAA 3A8ZA 1B5UA 2B72A 3DN2A 5DLAA 4RDSA 159LA 4BADA 1L71A 4GCEA 1WTNA 214LA 3AZ5A 4WLXA 1XSFA 1VDPA 5LZMA 4KT3A 2F47A 3B0IA 1L52A 2BQFA 1LYSA 1L43A 1KNIA 1QIOA 1XEJA 3TXGA 1L11A 2B6YA 5F16A 1HC0A 1SX2A 192LA 1LHIA 1PQMA 177LA 1C6AA 1LZDA 1L57A 4NHTA 5KXKA 141LA 107LA 4HTKA 4NGOA 161LA 1NKHA 1HENA 3LYZA 4LZTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G3B B;  1GDW A;  1RCM A;  1HFX A;  1GFU A;  4I7Q A;  3CB7 A;  4WOA A;  1C10 A;  4KXI A;  1UIF A;  2BQM A;  2BQD A;  3AGH A;  2LYZ A;  4PJ2 C;  1LYY A;  1CKG A;  104L A;  1JSE A;  1F10 A;  3HFM Y;  2Q9D A;  7LYZ A;  4DJH A;  5I54 A;  5B59 A;  5E9R A;  228L A;  1KY0 A;  4NY5 A;  1QUG A;  4ARM A;  3HTG A;  1LSG A;  4C5F A;  158L A;  239L A;  2MEA A;  1LHK A;  3QY4 A;  1QTZ A;  3TMU A;  131L A;  4WLD A;  187L A;  1YKZ X;  4OOT A;  3HBE X;  5HNC A;  3DMX A;  1L60 A;  1L47 A;  1WTM A;  3SB8 A;  1G7J C;  4I7R A;  2DQG Y;  4ARQ B;  1OUE A;  4XJD A;  1OUF A;  186L A;  3AZ6 A;  1L27 A;  1LJK A;  2YBJ A;  1HFZ A;  1PZY A;  2BQE A;  2F30 A;  4WLT A;  4GN4 A;  1QSB A;  1SLY A;  1TCY A;  1L50 A;  5LVK A;  1L65 A;  2C8O A;  2ZYP A;  1GEZ A;  1ZV5 L;  5D5F A;  2RBO A;  2RBQ A;  1B5W A;  1DXJ A;  3TXK A;  1L15 A;  109L A;  4UWN A;  134L A;  1L45 A;  5KXR A;  255L A;  1LYO A;  1GBW A;  1G07 A;  1REZ A;  4PHI A;  1GFH A;  2D4K A;  2DBT A;  2OU8 A;  1HEP A;  4PRU A;  3HTD A;  2HTX A;  4NEB A;  3HT7 A;  1IP1 A; 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