3HT8A

5-chloro-2-methylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht8A00
1G07A 140LA 1P3NA 156LA 114LA 1LWKA 1L73A 167LA 1CTWA 1L88A 250LA 1P56A 3HUQA 1G0LA 1L42A 1QSQA 1L99A 1LYDA 228LA 3GUOA 1L43A 190LA 3SB5A 221LA 145LA 1CU0A 1L17A 1T8GA 1DYFA 1L90A 1L21A 1CV6A 1L36A 1WTHA 162LA 1D3MA 1L20A 1SX2A 3UONA 3C8RA 1L25A 1PQKA 164LA 4W59A 2F2QA 2O7AA 7LZMA 2OE4X 245LA 261LA 3SBAA 2NTGA 3HT6A 3SN6R 1SX7A 3OE6A 1L50A 1C63A 1JQUA 1CV3A 3C7ZA 1L09A 217LA 1C68A 215LA 227LA 125LA 1LYIA 1OV5A 1QUHA 4I7KA 1L55A 1L29A 3L2XA 226LA 4LDLA 1SWYA 141LA 3DN1A 4ARQA 1L80A 1KW7A 1C60A 2QB0B 3OE8A 1C6MA 2OTZX 235LA 4I7QA 2RBRA 4ARJA 144LA 223LA 4EKSA 1L41A 1G0JA 2RAZX 169LA 1L74A 2LZMA 240LA 4E97A 3HU9A 1C65A 1DYBA 159LA 1L51A 1LYGA 2B6TA 1L97A 1CU3A 1L77A 247LA 3FI5A 1JTNA 1D3NA 4IAPA 191LA 195LA 3GUKA 3DN8A 119LA 1C67A 3DN0A 1SSWA 187LA 1C6QA 3C80A 3OE9A 1L69A 2RBQA 1DYGA 3DN3A 1L46A 255LA 3CDVA 1OVKA 257LA 1KNIA 1L92A 1OWYA 1L00A 1L22A 197LA 3C8SA 1L93A 216LA 1C6PA 1OV7A 1QTBA 1QT5A 122LA 1L15A 4I7MA 2HUKA 1QTZA 1G1VA 2IGCA 3HDFA 4I7OA 4DKLA 1CUPA 181LA 1D2YA 2B70A 3HDEA 184LA 1C6TA 1L18A 4YXCA 3HTBA 220LA 142LA 175LA 4W55A 1LI2A 2OEAX 1PQMA 224LA 178LA 1D3FA 1QS5A 147LA 1XEPA 246LA 3HTGA 1L12A 1L07A 1L48A 3SBBC 1L23A 108LA 218LA 1CU5A 3PDSA 4ARLA 1L04A 188LA 1QTCA 4OO9A 2OE9X 4LZMA 180LA 4DJHA 1LGXA 1LGUA 3CDTA 4I7LA 3DN4A 1L87A 4S0WA 1K28A 1QT7A 3GUJA 138LA 1DYCA 1D2WA 1L64A 1L84A 1L06A 115LA 1L49A 4YX7C 3HT7A 1L75A 1L81A 2CUUA 1CU2A 242LA 112LA 1L01A 107LA 3QAKA 252LA 1CVKA 214LA 225LA 3V2YA 1JTMA 1CX7A 126LA 1L58A 1P36A 1TLAA 4AQNA 1L10A 1L03A 1PQIA 2O79A 2RBOA 3DN2A 1LYHA 4I7NA 243LA 3HH5A 189LA 1L45A 3OE0A 1C6GA 165LA 149LA 2F32A 211LA 1CX6A 3PBLA 1NHBA 4EKQA 3F8VA 1L62A 3JR6A 237LA 111LA 244LA 3VW7A 1C6FA 1T97A 2LC9A 3C83A 1C6HA 1L60A 1T8FA 258LA 130LA 2A4TA 3HUAA 4W52A 1L52A 1P5CA 241LA 262LA 1G0MA 3FA0A 161LA 1L19A 1ZWNA 3K2RA 1PQJA 2O4WA 2RB0X 1LWGA 1L61A 1PQOA 230LA 171LA 3V2WA 1KW5A 1C6JA 234LA 1L47A 3C81A 118LA 160LA 2B7XA 1CUQA 2OU8A 229LA 3SB7A 1PQDA 4W58A 1L37A 233LA 1C6IA 2B74A 1G0GA 1C6NA 113LA 170LA 1CV0A 1L27A 1LLHA 4GBRB 1QSBA 1DYDA 1G1WA 3C7WA 4DAJA 2RB2X 1OVJA 201LA 1QT4A 4PJZA 236LA 239LA 2B6XA 3LZMA 3HTFA 3NY9A 155LA 4I7TA 174LA 1QUOA 198LA 3RUNA 1C61A 1EPYA 4ARQB 1L40A 1ZYTA 2Q9DA 3NYAA 2RH1A 3GUIA 2F47A 1L11A 4LDOA 3FADA 1I6SA 1B6IA 3L64A 183LA 1L68A 3C7YA 3SB9A 205LA 1SSYA 2B6YA 4W51A 249LA 1XJUA 3HTDA 1C6DA 1C6LA 1KY0A 3ODUA 158LA 1QT8A 219LA 251LA 2QARC 185LA 127LA 1CU6A 1L71A 196LA 2Z6BA 3HH6A 1OYUA 3DKEX 1P6YA 176LA 4EKRA 143LA 1L65A 4GRVA 4I7SA 1OVHA 3C8QA 4K5YA 1LW9A 1L98A 210LA 3GULA 2RBPA 1CV1A 1L0KA 1L32A 1C66A 1L70A 104LA 4ZPUA 3C82A 1LI6A 1L34A 151LA 232LA 1L0JA 1L35A 4ARMB 1L85A 2ANXA 1L82A 1G06A 4EPIA 166LA 1G0PA 139LA 1L16A 2NTHA 3HU8A 3D4SA 2RAYX 120LA 173LA 1QTVA 1SWZA 1ZURA 2Q9EA 172LA 3G3XA 129LA 1QT6A 3HT8A 4I7PA 3CDRA 2L78A 1LGWA 3CDQA 192LA 1L38A 1QS9A 1T8AA 1G0KA 1P2LA 1P37A 1L96A 1P7SA 3DMZA 4ARPA 4W57A 1D3JA 1L94A 1L28A 259LA 1L02A 103LA 1P2RA 2RB1X 1L26A 4I7RA 1T6HA 3NY8A 1P46A 110LA 1L76A 231LA 2LCBA 3EMLA 1L72A 1LYEA 253LA 1LPYA 1C6KA 137LA 152LA 4LDEA 1L24A 1XJTA 1P64A 1LYJA 2HULA 1L53A 1G0QA 1KY1A 1L95A 1L59A 2OTYX 222LA 4I7JA 3HT9A 212LA 4W56A 157LA 4YXAC 1D9WA 1L63A 213LA 4EKPA 1DYAA 186LA 3GUNA 248LA 1OWZA 4W53A 2B6WA 1CV4A 1QUDA 206LA 3HWLA 2OU9A 1L44A 148LE 1L57A 2ANVA 1C6BA 1QUGA 177LA 2RBNA 1CV5A 1L66A 256LA 1LYFA 1C69A 3HH3A 1L83A 2B73A 3CDOA 1QT3A 1QTDA 1C6AA 2B6ZA 6LZMA 1C64A 1C6EA 1L91A 3GUPA 5LZMA 128LA 1L54A 163LA 1C6CA 4EPFA 1L30A 109LA 4ARMA 3RZEA 3SB6A 1DYEA 2B72A 238LA 2OU0X 200LA 4EXMA 1C62A 123LA 1L67A 209LA 3HH4A 1L39A 1L05A 260LA 4PK0A 2OE7X 3DMXA 3G3WA 168LA 1L31A 1L08A 3HUKA 3GUMA 2RBSA 5I14A 3DNAA 3G3VA 1KS3A 3DN6A 3SB8A 254LA 1L33A 4EJ4A 1LI3A 2B75A 182LA 1L79A 2HUMA 1L14A 102LA 1L89A 1QTHA 199LA 1L86A 3F9LA 146LA 150LA 1L56A 3DMVA 4W54A 131LA 1L13A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
156LA 5B05A 3WXTA 167LA 1L88A 250LA 1LHIA 3HUQA 4BAPA 1IY3A 190LA 1L36A 4QEQA 1WTHA 4ZEEA 2LZTA 5HMVA 6LYZA 1L25A 164LA 2BLYA 1JJ1A 2DQAA 5F81A 1XGQC 245LA 261LA 2NTGA 3HT6A 5LYZA 5ILCA 4CFPA 2PC2A 1CV3A 2XTHA 4ET9A 1C68A 227LA 2HEDA 4G9SA 5T3FA 1L55A 3L2XA 3P64A 2LYMA 4LDLA 4LT2A 1YKZX 3DN1A 5B59A 8LYZA 4J0LA 1GFUA 4U3XB 1WQPA 223LA 1L41A 4NGYA 2LZMA 1QUSA 4CFOA 1DKKA 1L51A 2B6TA 1GF3A 4H91A 3W6DA 195LA 3DN8A 119LA 3C80A 1C6QA 4XADA 1OUFA 4GN4A 1WVUA 2F4AA 1GF7A 1YIKA 1XFPL 1KNIA 1OWYA 1EL1A 197LA 3C8SA 4BS7A 1C6PA 4NGVA 1CJ9A 3W6EA 4Z3MA 1GB7A 1L15A 2A7FA 4DD7A 4OWEA 4I7OA 1HEWA 4R6CA 1JKAA 4M4OA 1D2YA 2XJWA 3HTBA 1J1PY 2DQEY 4GCCA 4WM6A 178LA 1QS5A 246LA 5KXSA 3WMKA 1LJIA 193LA 5KXLA 1LJEA 4DD1A 3PDSA 4ARLA 5DN5A 188LA 4NSJA 4LZMA 5J7CA 4YENA 1LGXA 1LGUA 4I7LA 5IELA 1L87A 4S0WA 5HLLA 4WM2A 4DQ5A 1L84A 1I20A 4YX7C 1L75A 1A2YC 1CU2A 5F9UA 5F14A 1IWTA 1LSBA 1UUZC 3V2YA 214LA 1L58A 4AQNA 1G7IC 4OOOA 6LYTA 1WTNA 2ZILA 5APDA 1V7SA 3B72A 5KJ9A 2F32A 2ZIJA 1JITA 1JTPL 1NHBA 1TBYA 1FBIX 4HP0A 3WUMA 1IIZA 3HFMY 4OWHA 5LA5A 2F30A 1H6MA 1L52A 4ET8A 1G0MA 2O4WA 2RB0X 1LWGA 1TCYA 4N5RA 2LZ2A 3V2WA 1QTKA 3A8ZA 234LA 1L47A 1LMOA 229LA 3A92A 1GFAA 2BQKA 1C6IA 1C6NA 4NGJA 170LA 1NF5A 1LMPA 1LLHA 4DAJA 3EO5A 5HNLA 1OVJA 1LJFA 3TXEA 1VDTA 5KXYA 1WQOA 239LA 4J1AA 1LHMA 3NY9A 155LA 1QUOA 3RUNA 4ARQB 2F2NA 3TMWA 3NYAA 1J1XY 2F47A 1L11A 2FYDA 1IP7A 1NBYC 1GBYA 4DDBA 3L64A 1B7QA 3C7YA 4W94A 4N9RA 3AB6A 3SB9A 1CNSA 3HTDA 1KY0A 158LA 1NWGA 3IJUA 251LA 4NIJA 185LA 1GB0A 2BQGA 1UIAA 3DKEX 176LA 3D3DA 3A94A 4I7SA 4KPMA 4K5YA 1O23A 2RBPA 2HEBA 3TXHA 151LA 2H9KA 4LYCA 166LA 1G0PA 4H92A 139LA 3LYZA 4N8ZA 2DKVA 4HJZA 2RAYX 1UCOA 1ZV5L 173LA 2CJLA 3HT8A 5I54A 1CKDA 1HEQA 3CDQA 4C3WA 1QS9A 1FKVA 1P37A 1L96A 1P7SA 1QSAA 4WOAA 4W57A 2RB1X 1L26A 4I7RA 1CKFA 4HTQA 1IOQA 4IASA 3G3BB 2LCBA 1UICA 1BB5A 4DD3A 2NWDX 1L72A 4NSIA 1F10A 5E9RA 3F6ZA 4WM5A 1C6KA 1BB7A 152LA 1OUJA 3G3AB 4DD9A 1BQLY 4H8YA 4HSFA 1G0QA 2HU3A 222LA 1EQ5A 1GBWA 3T6UA 5JENB 1C45A 157LA 4LGKA 4YXAC 1DQJC 4NGLA 4DT3A 3A91A 1PS5A 248LA 4NHPA 3A3RX 2BQBA 1B7MA 2I26L 1DXJA 177LA 2RBNA 4I8SA 4HJYA 1L66A 1LZSA 2LYZA 1VFBC 1C69A 1REXA 1HMLA 1L83A 2B73A 1WQRA 3CDOA 1GE1A 6LZMA 4CHXA 1LZ8A 2I6ZA 1C10A 2ZYCA 3GUPA 3AJNA 4DD0A 128LA 1T3PA 4H9AA 4EPFA 1JTOL 2W1LA 1XEKA 3RZEA 2MEAA 1DI3A 1LMAA 1UIHA 4PRUA 200LA 1IP2A 1HSXA 2D91A 1F6RA 1NDGC 3WL2A 123LA 1WTMA 3WXUA 3HH4A 3CT0A 1WQQA 1D0MA 2OE7X 1F6SA 5AMYA 4UWUA 3M18B 3GUMA 1IP4A 1V7TA 1KS3A 3DN6A 1L33A 2B75A 1L79A 4N1EI 102LA 3F9LA 1JEFA 150LA 4W54A 4FJRA 1YKXX 2MEDA 1G7MC 114LA 1LWKA 2G4QA 1G0LA 1LYDA 4DDAA 4NWEA 3GUOA 1IOSA 1YAQA 3SB5A 2G4NA 221LA 145LA 1CU0A 2XQOA 1T8GA 3EXDA 3W6BA 4WM4A 1L20A 2F4GA 4ML7A 1PQKA 1UACY 2O7AA 1LJGA 5LVKA 3SN6R 3OE6A 3AW6A 1HHLA 217LA 4RLNA 2W1MA 215LA 1TDYA 125LA 1LYIA 1VDQA 1QUHA 1ZVHL 4I7KA 4H9FA 1HEPA 3N9AA 1LSYA 2QB0B 4KXIA 4I7QA 1REYA 1L74A 3E3DA 5C6IA 3HU9A 1DYBA 1UIBA 3AZ5A 1GB5A 4WM3A 4IAPA 191LA 1IEEA 4PJ2C 4N0JA 3AGGG 3GUKA 3BKVA 1SSWA 3IJVA 1L69A 5LXWA 1DYGA 3DN3A 1L46A 1OVKA 257LA 1L00A 5KXZA 4DC4A 2Z12A 2MEEA 216LA 5L3IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 156L A;  5B05 A;  3WXT A;  167L A;  1L88 A;  250L A;  1LHI A;  3HUQ A;  4BAP A;  1IY3 A;  190L A;  1L36 A;  4QEQ A;  1WTH A;  4ZEE A;  2LZT A;  5HMV A;  6LYZ A;  1L25 A;  164L A;  2BLY A;  1JJ1 A;  2DQA A;  5F81 A;  1XGQ C;  245L A;  261L A;  2NTG A;  3HT6 A;  5LYZ A;  5ILC A;  4CFP A;  2PC2 A;  1CV3 A;  2XTH A;  4ET9 A;  1C68 A;  227L A;  2HED A;  4G9S A;  5T3F A;  1L55 A;  3L2X A;  3P64 A;  2LYM A;  4LDL A;  4LT2 A;  1YKZ X;  3DN1 A;  5B59 A;  8LYZ A;  4J0L A;  1GFU A;  4U3X B;  1WQP A;  223L A;  1L41 A;  4NGY A;  2LZM A;  1QUS A;  4CFO A;  1DKK A;  1L51 A;  2B6T A;  1GF3 A;  4H91 A;  3W6D A;  195L A;  3DN8 A;  119L A;  3C80 A;  1C6Q A;  4XAD A;  1OUF A;  4GN4 A;  1WVU A;  2F4A A;  1GF7 A;  1YIK A;  1XFP L;  1KNI A;  1OWY A;  1EL1 A;  197L A;  3C8S A;  4BS7 A;  1C6P A;  4NGV A;  1CJ9 A;  3W6E A;  4Z3M A;  1GB7 A;  1L15 A;  2A7F A;  4DD7 A;  4OWE A;  4I7O A;  1HEW A;  4R6C A;  1JKA A;  4M4O A;  1D2Y A;  2XJW A;  3HTB A;  1J1P Y;  2DQE Y;  4GCC A;  4WM6 A;  178L A;  1QS5 A;  246L A;  5KXS A; 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