3HTBA

2-propylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htbA00
1ZWNA 1L79A 4EJ4A 4EPFA 148LE 3LZMA 1DYGA 1L27A 1C66A 1KY0A 1LI6A 1D3JA 1C6TA 6LZMA 1L51A 1L67A 256LA 1XJTA 2LZMA 3CDVA 1L26A 1L88A 3GULA 168LA 217LA 2IGCA 1L94A 3G3VA 189LA 4I7RA 1P2LA 2RAYX 1DYCA 4EKPA 1L44A 1LPYA 2OU8A 240LA 4W54A 4EKSA 107LA 1L55A 4ARQB 2B6TA 130LA 3HT9A 2RBNA 156LA 1L0JA 260LA 1L87A 1G1VA 1K28A 1L66A 2HUKA 4YX7C 3SBAA 1LYJA 2Q9EA 237LA 5I14A 2L78A 191LA 1L25A 3G3XA 1LGWA 3SB5A 1L0KA 1L60A 1CU5A 3C8RA 1L32A 1LWKA 2ANVA 3RUNA 1P3NA 3F9LA 2O79A 1L30A 1OYUA 1QTHA 3HDFA 172LA 110LA 3C81A 1L47A 1LYEA 215LA 1SWYA 1LGUA 3DMXA 1CV6A 1D3MA 4EKQA 1C62A 1L11A 251LA 1L70A 192LA 1L33A 151LA 4EPIA 152LA 3NYAA 2RB0X 166LA 1KS3A 259LA 2Z6BA 150LA 102LA 4ARPA 7LZMA 221LA 1D3FA 3CDOA 1L95A 1L65A 190LA 1LI2A 2RBOA 1QTZA 1DYFA 219LA 182LA 2QARC 3HT8A 4ARQA 185LA 1QT5A 1LGXA 145LA 249LA 3PBLA 3OE9A 1P7SA 2NTHA 1L06A 1JTMA 205LA 1L82A 3HU8A 1L68A 223LA 1L39A 1L86A 209LA 234LA 3DMZA 1L53A 1G0JA 184LA 1CX7A 244LA 1L00A 2B6WA 1PQKA 3C7WA 143LA 1LYIA 123LA 2RH1A 126LA 1TLAA 1C65A 129LA 1L02A 1P64A 1L84A 4I7SA 1DYBA 1C69A 252LA 1QS5A 2RBPA 1OV5A 2F32A 4S0WA 176LA 1L76A 241LA 225LA 1KW7A 257LA 1D9WA 181LA 1L08A 2Q9DA 1QT8A 125LA 201LA 3G3WA 1L54A 4ARMA 1XJUA 4I7QA 4I7MA 1SSYA 210LA 1L22A 2B6XA 1L12A 1CUPA 1L57A 3CDQA 2RBRA 4ZPUA 3HH6A 1PQMA 2B6ZA 104LA 3DN1A 3DN4A 3HUQA 139LA 1L43A 216LA 118LA 1OWYA 1L31A 2NTGA 226LA 174LA 3GUPA 4DKLA 1L98A 3SB7A 245LA 103LA 3DN2A 197LA 4AQNA 1L18A 231LA 2RB2X 1L52A 170LA 1L23A 1CVKA 1L56A 138LA 1L71A 3HT7A 1D2WA 236LA 199LA 1G1WA 1L19A 1QTCA 1L97A 2B72A 3HUKA 1C68A 1C60A 1G06A 1LW9A 4I7LA 1L21A 1OV7A 1L42A 4ARLA 3SB6A 1L13A 1L05A 3HH5A 4DJHA 1L77A 186LA 4W58A 3CDRA 1LYFA 1OVKA 1OVJA 3GUKA 144LA 141LA 2LC9A 146LA 2B6YA 227LA 112LA 1C6CA 1L90A 1L49A 3HH3A 1L59A 188LA 3C8QA 3DN3A 159LA 1G0QA 1P46A 1T8AA 4W52A 1CV1A 3FA0A 1CU0A 4ARMB 4YXAC 2A4TA 2LCBA 147LA 3OE6A 1C6MA 137LA 2OE4X 3DN8A 1L92A 1CUQA 173LA 246LA 1L28A 4I7JA 1QSQA 115LA 1ZURA 1CV4A 2F47A 1G0MA 200LA 1L50A 212LA 2QB0B 2RB1X 1C6HA 1KNIA 3V2WA 1L91A 4W53A 4GRVA 224LA 1L40A 1L10A 3HDEA 1L15A 2RAZX 3CDTA 128LA 3OE8A 4YXCA 3SB9A 1C6JA 2OTZX 1P6YA 1NHBA 1C64A 1C67A 1SSWA 3GUNA 4I7PA 1QTDA 230LA 2RBSA 1L09A 127LA 3FADA 1T97A 1B6IA 3C8SA 195LA 1L85A 1L80A 222LA 4E97A 1C6FA 3VW7A 238LA 3GUIA 3RZEA 175LA 1L48A 1LI3A 1QT4A 1QUHA 2OU0X 1CV5A 3L2XA 1C6BA 1G0PA 162LA 1XEPA 4LDLA 4LDEA 3HWLA 5LZMA 1C6EA 4I7KA 4W51A 1L74A 1L36A 3OE0A 4I7OA 2O7AA 2RBQA 2HULA 1LYDA 1T8GA 1LYHA 1QS9A 131LA 1C63A 142LA 1CV0A 3F8VA 4W59A 3SN6R 1L14A 255LA 3HU9A 114LA 1C6IA 2OEAX 1QTBA 1C6LA 2B73A 1PQOA 3C7YA 3NY8A 258LA 157LA 164LA 3HTFA 1L81A 1L04A 1P2RA 196LA 1C61A 1CU2A 1C6AA 253LA 1QT3A 1L35A 247LA 1L89A 1QT7A 2OU9A 3FI5A 1QUOA 1PQDA 1L62A 1P37A 169LA 4IAPA 1WTHA 3DKEX 1CU6A 3DN6A 1QTVA 262LA 4LDOA 3V2YA 228LA 1P5CA 1KW5A 1KY1A 4ARJA 1P56A 3C7ZA 2B75A 3L64A 1L16A 122LA 1L83A 248LA 218LA 1L07A 3K2RA 1LLHA 1L99A 211LA 1OWZA 1L63A 4DAJA 1G0KA 1I6SA 1C6QA 254LA 242LA 4I7NA 1C6DA 1L29A 198LA 2CUUA 108LA 183LA 161LA 1G0LA 1L58A 4W57A 3HTBA 3HUAA 3C80A 4PK0A 1L37A 1DYAA 1L24A 2B7XA 165LA 243LA 1SX2A 233LA 3HT6A 180LA 155LA 1L96A 239LA 3SBBC 4W55A 4K5YA 160LA 3PDSA 4W56A 1CTWA 187LA 1ZYTA 1P36A 1QSBA 1C6KA 250LA 214LA 3NY9A 158LA 1G07A 1L72A 1EPYA 1SX7A 1T8FA 4LZMA 235LA 140LA 2ANXA 229LA 2OE9X 1CX6A 119LA 1D2YA 1G0GA 120LA 3C83A 1PQJA 1L61A 1L20A 2O4WA 167LA 4OO9A 4PJZA 1LYGA 2B70A 3D4SA 1T6HA 3QAKA 3SB8A 1L46A 4I7TA 109LA 1L38A 1L17A 171LA 178LA 1L73A 3DN0A 4EKRA 1CV3A 206LA 3DMVA 1QUDA 1C6GA 1QT6A 261LA 2OE7X 3HTDA 1L69A 1LWGA 149LA 3C82A 2OTYX 4EXMA 1L01A 3GUJA 1L75A 1C6NA 1SWZA 2HUMA 3ODUA 177LA 3HTGA 3EMLA 3DNAA 4GBRB 2B74A 213LA 3GUMA 232LA 163LA 3UONA 1QUGA 1JQUA 1CU3A 2F2QA 1DYDA 1L03A 1L45A 3GUOA 220LA 111LA 1L34A 113LA 1L93A 1OVHA 1JTNA 1L41A 1DYEA 1C6PA 3JR6A 3HH4A 1L64A 1PQIA 1D3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7NA 4EJ4A 5B59A 4EPFA 194LA 1P2CC 1C6TA 1L67A 3TXGA 168LA 4FDYA 1LSBA 1JKCA 1CKGA 189LA 2RAYX 1DKKA 4N1CC 3ATOA 4GLVA 3WU8A 3AZ4A 1GFVA 1YROA 4W54A 3A6CY 130LA 3HT9A 2CJLA 1L66A 5I4XA 5FHWA 3SBAA 237LA 4E3UA 132LA 4HV2A 1UIAA 1LGWA 1D9UA 2HEDA 1N4FA 1IP5A 4GCBA 5HQ1A 3GXKA 3WPJA 1VAUA 1QSAA 110LA 2DQAA 3A34A 3C81A 1C08C 1L47A 1D6PA 3DMXA 1W08A 1L11A 1L70A 192LA 5KXTA 3A8ZA 1RJCB 3TXKA 1PZYA 166LA 259LA 4X3BA 4HTKA 4I0CA 150LA 4ARPA 7LZMA 1D3FA 3CDOA 1L95A 1B7PA 1LZDA 219LA 1C46A 185LA 3WVXA 1LGXA 3PBLA 1DI3A 3OE9A 1L06A 3LYTA 2BQNA 1LJHA 4J0LA 4P2EA 5APFA 1C43A 4XJDA 1DZBX 1XGUC 1LZ1A 1CKHA 209LA 1L53A 1FBIX 3CSZA 4B4JA 1HC0A 1PQKA 3C7WA 1OUFA 5FEKA 2ZYPA 5KXNA 5C6JA 1C69A 1LZ9A 4UWNA 1OV5A 2BQGA 2DQCY 2EKSC 3LZ2A 1L76A 225LA 4WOAA 1L08A 4YENA 1LZ8A 1IY3A 2W1XA 4WM4A 3G3WA 1L54A 1XJUA 4I7QA 1LZTA 4I7MA 1RFPA 3AW6A 4I8SA 4DDCA 1LSNA 210LA 5HNLA 5APEA 4H90A 1FKVA 3CDQA 2RBRA 4OOOA 3HH6A 3DN1A 1ZV5L 3J4GA 5DLAA 3HUQA 1L43A 1W6ZA 5B1FA 1IP7A 216LA 1LHJA 1WQNA 1AZFA 3GUPA 4O34A 1F6RA 2MEFA 245LA 4AQNA 3QNGA 5LIOA 1IY4A 1IP4A 1L71A 138LA 1B7LA 1C60A 4LYMA 1G06A 1LW9A 4I7LA 1HFYA 1OV7A 3AGGG 4NWEA 4N5RA 3SB6A 5LVIA 3A96A 3HH5A 1IWWA 1L77A 186LA 4W58A 1TBYA 1GHLA 1LYFA 1LZYA 3CT0A 4DDBA 3VWOA 141LA 4NG1A 1BWJA 3RW8A 4Z41A 227LA 1JWRA 1L49A 1B5ZA 1BVKC 3HH3A 1A4VA 3AJNA 3WU9A 188LA 4J7VA 3DN3A 4TWSA 1T8AA 4H1PA 4HPIA 4W52A 1OUBA 7LYZA 3A95A 1LHIA 2LCBA 4NHIA 2Z39A 3OE6A 4NGZA 1L92A 1CUQA 173LA 246LA 1L28A 1QSQA 5B07A 2DQIY 1G0MA 1BB3A 1KNIA 4H9EA 2I26L 3LZTA 4W53A 4WO6A 4GCFA 3ZEKA 4GRVA 4GLAA 5DL9A 3WYHA 1GF4A 1L40A 2HTXA 3HDEA 1L15A 5KXRA 4HTQA 4NHTA 4WG7A 3GUNA 230LA 3LN2A 1L09A 127LA 5I54A 3FADA 1OQMA 1QDRA 1LSEA 1B6IA 2LYMA 4C3WA 4XN6A 1LZBA 3MGWA 1QUHA 1QTEA 2OU0X 4B0DA 1GE3A 162LA 4LDEA 3HWLA 1C6EA 4I7KA 2F2NA 4W51A 1L74A 1L36A 3OE0A 4YF2A 1JPOA 1HMLA 1LYDA 1G7LC 1JSEA 1IC5Y 1NQIA 1LYHA 1QS9A 142LA 4G49A 1VEDA 4W59A 1IC7Y 1LSPA 4NGLA 1GE0A 3A67Y 2ZNXY 2B73A 1LZ4A 3C7YA 164LA 5AMYA 4GN5C 2BLYA 1P2RA 1LZGA 5LAFA 5C6LA 1L89A 1UUZC 1IWUA 3FI5A 5KKJA 1B7SA 1PQDA 1GEZA 1VDSA 4DD0A 5DM9A 2Z2EA 3DN6A 1QTVA 5F81A 5F9UA 3V2YA 1KY1A 4ARJA 2B75A 2D4KA 3B72A 1LKSA 1HENA 1B2KA 3A3QA 1GDXA 3WPLA 1JIYA 1D0KA 1L99A 1C6QA 1IORA 1JJ3A 3WW6A 2LYOA 4HP0A 2CGIA 1AM7A 2CUUA 108LA 2YSSC 3HTBA 3C80A 1LJKA 4CFOA 1IWTA 165LA 180LA 1QUSA 1LSFA 1JTTL 4W55A 1CTWA 187LA 4PHIA 1QSBA 214LA 1JSFA 3IWRA 158LA 1G07A 1L72A 1JEFA 1LMCA 2ZNWY 1VFBC 1GFAA 4W94A 1D2YA 2X0AA 1L61A 1LZRA 3TMWA 2O4WA 4XJFA 1YIKA 4PJZA 208LA 1LKRA 1T6HA 4GCDA 178LA 1L73A 3DN0A 5KXOA 3DMVA 2YBMA 1C6GA 1QT6A 4IASA 1LSAA 1GF8A 4YEMA 1J1XY 2Z12A 1CKFA 1WVVA 1IX0A 2BQLA 3N9EA 3ODUA 3HTGA 2B74A 2FBBA 5FELA 6LYTA 1NF5A 1DYDA 5LAGA 4DQ5A 5LYMA 3B0KA 1IP2A 4CJ2A 1L93A 1GAYA 1LJIA 2Z2FA 4H9AA 2CDSA 4MR1A 1L64A 1PQIA 1D3NA 3K3TA 1ZWNA 3TXJA 1DYGA 1L27A 4NHPA 1D3JA 3ZVQB 5B1GA 1GEVA 1L51A 3QY4A 3CDVA 1XJTA 2LZMA 1L26A 4D9ZA 2YBLA 5LVHA 5IHGA 3A3RX 1GFEA 3IJVA 3B0OA 4Z3MA 1VDQA 4HV1A 1JKAA 1G7IC 4BAPA 1GFKA 2OU8A 4G4BA 4GCCA 4Z46A 4H92A 2RBNA 156LA 1L0JA 4B4EA 1XEJA 260LA 1K28A 1HSXA 2HUKA 5LYTA 1LYJA 1XGTC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B7N A;  4EJ4 A;  5B59 A;  4EPF A;  194L A;  1P2C C;  1C6T A;  1L67 A;  3TXG A;  168L A;  4FDY A;  1LSB A;  1JKC A;  1CKG A;  189L A;  2RAY X;  1DKK A;  4N1C C;  3ATO A;  4GLV A;  3WU8 A;  3AZ4 A;  1GFV A;  1YRO A;  4W54 A;  3A6C Y;  130L A;  3HT9 A;  2CJL A;  1L66 A;  5I4X A;  5FHW A;  3SBA A;  237L A;  4E3U A;  132L A;  4HV2 A;  1UIA A;  1LGW A;  1D9U A;  2HED A;  1N4F A;  1IP5 A;  4GCB A;  5HQ1 A;  3GXK A;  3WPJ A;  1VAU A;  1QSA A;  110L A;  2DQA A;  3A34 A;  3C81 A;  1C08 C;  1L47 A;  1D6P A;  3DMX A;  1W08 A;  1L11 A;  1L70 A;  192L A;  5KXT A;  3A8Z A;  1RJC B;  3TXK A;  1PZY A;  166L A;  259L A;  4X3B A;  4HTK A;  4I0C A;  150L A;  4ARP A;  7LZM A;  1D3F A;  3CDO A;  1L95 A;  1B7P A;  1LZD A;  219L A;  1C46 A;  185L A;  3WVX A;  1LGX A;  3PBL A;  1DI3 A;  3OE9 A;  1L06 A;  3LYT A;  2BQN A;  1LJH A;  4J0L A;  4P2E A;  5APF A;  1C43 A;  4XJD A;  1DZB X;  1XGU C;  1LZ1 A;  1CKH A;  209L A;  1L53 A;  1FBI X;  3CSZ A;  4B4J A;  1HC0 A;  1PQK A;  3C7W A;  1OUF A;  5FEK A;  2ZYP A;  5KXN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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