3HTBA

2-propylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htbA00
2HUMA 115LA 4I7RA 2O4WA 3SB9A 1L13A 3NYAA 1L76A 2RBPA 1L22A 144LA 1C6KA 3SB8A 150LA 177LA 4LDEA 233LA 188LA 130LA 1PQKA 4W58A 3C8RA 1KY0A 3EMLA 187LA 1D3JA 1G0MA 152LA 181LA 1L0JA 3V2YA 1C65A 1L73A 1L58A 1I6SA 2B75A 1L79A 247LA 1QUDA 3OE9A 1C66A 164LA 1C68A 1L01A 2OU8A 4ARQA 1DYDA 173LA 4PK0A 1L27A 4ARJA 1L77A 4DAJA 3C7ZA 1L28A 252LA 3F9LA 244LA 1LYHA 2F47A 3HTBA 1JTMA 214LA 4S0WA 4I7JA 2Q9DA 1G1VA 1L35A 1QT6A 1SSWA 4I7OA 1T8FA 4W56A 3UONA 1C69A 1OYUA 1D3FA 1G0QA 222LA 1L75A 1QTBA 1QTZA 1L82A 4W52A 1L09A 1DYCA 1JTNA 3C8QA 1P2LA 122LA 1L15A 219LA 119LA 1SX7A 251LA 114LA 1LPYA 1PQIA 138LA 3C83A 1G1WA 234LA 198LA 167LA 1LYGA 1L16A 3C82A 255LA 3FA0A 126LA 1OVHA 1L04A 246LA 1T8GA 239LA 3HH4A 258LA 3L2XA 111LA 1KS3A 4DKLA 6LZMA 160LA 230LA 2B6WA 3GUPA 4GBRB 180LA 1OV7A 2RB0X 1LI6A 1L10A 196LA 113LA 2NTGA 1XJTA 2B6TA 169LA 1LI2A 1QS9A 3C7YA 3G3VA 1L48A 4YXAC 1L34A 2RBNA 3HWLA 1KY1A 2IGCA 1G06A 1C6EA 3DN4A 3HTDA 3HH3A 1SWYA 260LA 3FADA 1CV4A 1KW5A 1P36A 1L26A 3DN8A 155LA 140LA 1CU0A 1L61A 1OV5A 3RZEA 3SB6A 1L33A 1L07A 1L52A 1P46A 141LA 163LA 3C80A 1C6DA 1L23A 123LA 1C6HA 1L72A 1L83A 262LA 191LA 195LA 4IAPA 2OE4X 2O79A 1LW9A 4AQNA 4OO9A 3OE0A 1L47A 1L84A 1L08A 3GUJA 4I7MA 3HH5A 3GULA 3PBLA 1L19A 4ARMB 4EXMA 1L05A 3DKEX 4GRVA 192LA 1L54A 3JR6A 1L36A 213LA 253LA 2RBRA 170LA 1P64A 165LA 149LA 161LA 168LA 2ANXA 1QUHA 2OTZX 197LA 1L50A 3CDRA 201LA 3GUIA 1QT5A 1QT3A 3NY9A 1CV5A 1L24A 1SX2A 2L78A 145LA 142LA 3RUNA 1L81A 205LA 159LA 3ODUA 3SBBC 1K28A 4W55A 1L39A 183LA 2RB1X 1ZYTA 235LA 1L18A 3DMZA 4W54A 1C6GA 1CV3A 1QSBA 1C64A 1B6IA 1G0PA 3DMVA 1CTWA 7LZMA 242LA 1L92A 1QUGA 225LA 3DN0A 1DYBA 3C81A 1L0KA 3DN6A 1CX6A 1T97A 2RAYX 4W51A 1CV1A 4EKPA 1L68A 3SB5A 216LA 1OVJA 2B73A 1L32A 1L66A 3CDQA 176LA 223LA 2A4TA 2B72A 1L99A 1KNIA 3OE6A 5I14A 1DYAA 1OWYA 1LGWA 1C6JA 1L42A 206LA 1LYDA 1C6NA 1L96A 156LA 1L20A 3DN3A 1L64A 3HH6A 143LA 2HUKA 3HUQA 1LLHA 4ARQB 2B7XA 1L41A 120LA 2OE9X 110LA 1G07A 3G3XA 1QTCA 1L49A 3G3WA 4ARPA 1CU3A 4LDLA 3SN6R 4LDOA 3PDSA 3GUMA 1OVKA 3LZMA 1P2RA 238LA 1L71A 4EKSA 2OEAX 1L12A 3DNAA 3NY8A 1L31A 4E97A 1L43A 4EKRA 4ARLA 3HT9A 257LA 1G0GA 1C61A 227LA 1L80A 1C6CA 3L64A 4DJHA 1L74A 1L30A 1L53A 189LA 1L02A 3HDEA 2Q9EA 178LA 1L00A 1L67A 4YX7C 1CV0A 1OWZA 1LI3A 2Z6BA 1QSQA 4EPIA 4EJ4A 3OE8A 1L55A 215LA 4LZMA 2OU9A 171LA 1LGUA 3HT6A 3GUNA 1L38A 186LA 1L40A 1L59A 4ARMA 182LA 1QTVA 221LA 4I7KA 4I7LA 1DYFA 1PQMA 1PQOA 226LA 1LYFA 3HUAA 2LC9A 157LA 3F8VA 1QUOA 4I7NA 1C62A 200LA 1L87A 224LA 1P7SA 1C6IA 256LA 172LA 1CU6A 1SWZA 3HTGA 5LZMA 2ANVA 4EPFA 1C67A 1CVKA 2B74A 211LA 184LA 220LA 1C6TA 2RBSA 1KW7A 3VW7A 1CUPA 218LA 2RB2X 2QB0B 217LA 1L86A 1DYGA 3DMXA 1CV6A 146LA 2B6XA 2HULA 199LA 3CDOA 4I7PA 1G0KA 1QT7A 1L65A 2RAZX 2F32A 1L44A 1QTHA 1L21A 1C6PA 1TLAA 1L45A 1PQJA 131LA 1L11A 3C8SA 162LA 1CU2A 1L94A 1D9WA 240LA 3DN2A 151LA 1L14A 2RBOA 3HDFA 158LA 1L60A 3HT8A 4W57A 1L70A 1L37A 108LA 212LA 3V2WA 185LA 1P3NA 2LCBA 4I7TA 4W53A 2RH1A 1L69A 1L97A 1XJUA 1L91A 209LA 254LA 1LGXA 2QARC 2CUUA 1P6YA 107LA 2OE7X 118LA 3QAKA 1QT8A 3C7WA 1LWGA 261LA 1D2YA 1T6HA 232LA 3CDVA 231LA 1D3MA 3HU9A 1C6LA 1C60A 3HU8A 1L95A 241LA 1L17A 1DYEA 1EPYA 1D3NA 1L57A 248LA 102LA 148LE 1SSYA 1L51A 1NHBA 1C6FA 3FI5A 1L06A 125LA 1C6MA 1L98A 1LYIA 1QT4A 2F2QA 1XEPA 129LA 3SBAA 1C6AA 249LA 1CX7A 4ZPUA 3DN1A 1G0JA 109LA 1C6QA 4I7SA 259LA 1LYJA 4I7QA 1L85A 2B6ZA 1L25A 166LA 1L46A 2NTHA 2O7AA 128LA 1WTHA 2RBQA 1L29A 1P5CA 2LZMA 210LA 1L93A 2OTYX 3K2RA 236LA 245LA 3GUOA 175LA 1L89A 190LA 4YXCA 112LA 147LA 137LA 3D4SA 104LA 174LA 2B6YA 1C63A 1ZWNA 237LA 4PJZA 103LA 3SB7A 1LWKA 1JQUA 1L88A 3HTFA 4K5YA 1LYEA 1QS5A 3HT7A 1CUQA 2OU0X 1D2WA 1ZURA 1QTDA 250LA 3GUKA 4W59A 229LA 3HUKA 1G0LA 1T8AA 3CDTA 1L90A 1CU5A 1L62A 1L63A 243LA 4EKQA 1P56A 228LA 1P37A 139LA 127LA 1C6BA 1L56A 1L03A 2B70A 1PQDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L13A 4LT3A 1C6KA 233LA 3T36A 188LA 130LA 1UIBA 4HP0A 1IEEA 4N0JA 1C7PA 1G0MA 2ZWBA 4DD9A 1L0JA 2F4GA 1GF9A 1L73A 1L58A 5F81A 3WPLA 1I6SA 247LA 2XQOA 1QUDA 2CWIA 2A7DA 164LA 1C68A 5B05A 1L27A 1GB8A 1FKQA 1YANA 1IWUA 1YAMA 3F9LA 244LA 1LCNA 1F10A 4FJRA 3HTBA 2YDGA 4KL7A 4S0WA 197LA 1SSWA 3A6BY 1C69A 1LMQA 1GAYA 1QTZA 1NF5A 4PRUA 5DLAA 1BB5A 1XEKA 1QTEA 2DQGY 3AZ7A 1VATA 3C8QA 219LA 1GFRA 1LZGA 4XJBA 3C83A 3OK0A 2C8PA 1F6RA 167LA 4H9AA 4LFXA 4YF2A 1BVXA 4NGWA 1LZ8A 246LA 4DDBA 3HH4A 1B5YA 111LA 4PJ2C 160LA 1Z55A 2B6WA 3GUPA 3AZ5A 1CKDA 196LA 2NTGA 1XJTA 169LA 3HBDA 4ZFPA 4YXAC 1OUDA 1C10A 1LSPA 5I5QA 1VDPA 2I26L 1CV4A 1CKCA 1GB2A 1KW5A 1L26A 3DN8A 4CGEA 4W96A 1GPQC 1C43A 1L33A 2MEHA 2Z37A 1L07A 4ML7A 1I1ZA 2IFFY 163LA 1IOCA 4WM1A 1CJ8A 1OUJA 1L83A 4AXTA 262LA 2YBIA 5FHWA 5DM9A 5LYZA 4ETCA 1LZ4A 2OE4X 5ILFA 1LJFA 4OO9A 1L47A 1GXV2 1JEFA 3WH1A 4N8ZA 4OWBA 5D5CA 4H92A 3PBLA 1L19A 4PPOA 4A7DA 2DQAA 192LA 1L54A 3JR6A 1IC5Y 1UIEA 5I53A 3LYTA 1KXYA 2ANXA 149LA 1GF3A 1LZNA 1QUHA 2OTZX 1H87A 2NWDX 1L50A 201LA 3WVYA 4TTDA 3NY9A 1CV5A 1L24A 4DQJA 2D4KA 2HTXA 205LA 3A3QA 4J7VA 1K28A 5LXWA 183LA 2N5ZA 3DMZA 1XGRC 3FE0A 1CKHA 225LA 1GFAA 4W51A 1L68A 3SB5A 3WPJA 5HQ1A 2MEEA 3B0KA 1L32A 176LA 2MEBA 2A4TA 4NHIA 2Z39A 3P68A 1VFBC 1XGPC 1LMOA 1HFYA 1IR8A 4NY5A 1L42A 2Z2FA 4C3WA 4RLNA 1C08C 1JKCA 1L96A 3DN3A 1LKSA 1OUIA 2Z18A 1FDLY 4H9FA 3CSQA 154LA 1DPXA 4ARQB 5KXXA 1JIYA 2B7XA 2H5ZA 2MEFA 4LYZA 1L49A 4H9CA 4ARPA 1CU3A 1D6PA 2PC2A 3IJUA 4ANRA 1P2RA 4EKSA 4LT1A 3DNAA 1B2KA 2G4NA 4LFPA 3WYHA 4OWEA 5IDDA 5APEA 3B72A 2I6ZA 3LHMA 4ARLA 1UIDA 1HEWA 1IP2A 1LSMA 2C8OA 2D4JA 4DJHA 1L80A 2ZNWY 3WU8A 3LZTA 5DL9A 178LA 3W3EA 1KXWA 1CV0A 1LHJA 2Z6BA 3K3TA 5F9XA 4EPIA 4OWHA 1GEVA 1RI8B 3WMKA 1JKDA 1QTVA 4J0LA 1DYFA 1PQOA 3F6ZA 2LC9A 4Z3MA 200LA 224LA 5J7CA 4DQ5A 1QQYA 3LYOA 1JTOL 3HTGA 2VB1A 1CVKA 4GCEA 1KW7A 1IR7A 218LA 1GE4A 217LA 5HMVA 1RJCB 4DD2A 1ALCA 1LJGA 2B6XA 3WU7A 4I7PA 1B7QA 132LA 1L21A 1TLAA 2D6BA 4YM8A 1L45A 3QE8A 4P2EA 162LA 5IHGA 240LA 2ZQ3A 151LA 3HDFA 158LA 3HT8A 1XEJA 3HBEX 1GEZA 3V2WA 212LA 1TCYA 4W53A 1LHHA 1L97A 1IY4A 1GD6A 4DWXA 3EO5A 2CUUA 3ZVQB 1D0LA 1JUGA 1P2CC 118LA 1UC0A 2BLYA 2BQLA 3EMSA 3CDVA 4WM4A 4NHSA 1GF6A 4ZIXA 1D3MA 1C45A 4GCDA 1WQQA 1L95A 1GE0A 4GN5C 1DYEA 1OUGA 102LA 3QNGA 1CKFA 3A34A 1L51A 1NHBA 3P4ZA 125LA 1TDYA 1QT4A 3TXHA 3D9AC 4XJDA 5KXRA 2F30A 4ZPUA 1LJJA 4G9SA 2ZIJA 1HHLA 1L85A 5I4XA 1L25A 1JSEA 4NGVA 1GB0A 4PGJB 128LA 5HLLA 4NGYA 5LINA 4HJVA 4XJGA 1GB6A 4H94A 1UIGA 210LA 1GFUA 3VWOA 1IOTA 3EXDA 1L89A 4YXCA 3D4SA 3HBHA 2B6YA 4MCKA 1PS5A 4PJZA 103LA 1NWGA 2YBHA 1L88A 3HTFA 4ETAA 3HT7A 1CUQA 2OU0X 1D2WA 250LA 4G49A 4E3UA 3HUKA 1WVUA 4WL6A 1EQEA 3CDTA 4RLMA 1DQJC 4HSFA 1L56A 4DD7A 4ZEEA 2RBPA 144LA 3SB8A 4WO9A 2FYCA 3C8RA 5FCPA 4LYMA 4WO6A 1D3JA 5JENB 4H90A 3ZVQA 1YL0X 4B4EA 1G7IC 2B75A 2EQLA 2OU8A 3CB7A 2LHMA 1DYDA 1LSZA 5F9UA 4OOTA 1LSEA 1LYHA 5KXTA 4I7JA 4HTQA 1T8FA 4W56A 4H9BA 1G7HC 1WVVA 222LA 1G0QA 4H91A 1HMKA 1OUEA 4W52A 1P2LA 1L15A 251LA 1LPYA 4DYGA 1DKJA 1A4VA 4NSGA 5I4WA 4UWUA 1GBYA 5LVKA 3WXTA 1LSDA 1LHLA 1L16A 3C82A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L13 A;  4LT3 A;  1C6K A;  233L A;  3T36 A;  188L A;  130L A;  1UIB A;  4HP0 A;  1IEE A;  4N0J A;  1C7P A;  1G0M A;  2ZWB A;  4DD9 A;  1L0J A;  2F4G A;  1GF9 A;  1L73 A;  1L58 A;  5F81 A;  3WPL A;  1I6S A;  247L A;  2XQO A;  1QUD A;  2CWI A;  2A7D A;  164L A;  1C68 A;  5B05 A;  1L27 A;  1GB8 A;  1FKQ A;  1YAN A;  1IWU A;  1YAM A;  3F9L A;  244L A;  1LCN A;  1F10 A;  4FJR A;  3HTB A;  2YDG A;  4KL7 A;  4S0W A;  197L A;  1SSW A;  3A6B Y;  1C69 A;  1LMQ A;  1GAY A;  1QTZ A;  1NF5 A;  4PRU A;  5DLA A;  1BB5 A;  1XEK A;  1QTE A;  2DQG Y;  3AZ7 A;  1VAT A;  3C8Q A;  219L A;  1GFR A;  1LZG A;  4XJB A;  3C83 A;  3OK0 A;  2C8P A;  1F6R A;  167L A;  4H9A A;  4LFX A;  4YF2 A;  1BVX A;  4NGW A;  1LZ8 A;  246L A;  4DDB A;  3HH4 A;  1B5Y A;  111L A;  4PJ2 C;  160L A;  1Z55 A;  2B6W A;  3GUP A;  3AZ5 A;  1CKD A;  196L A;  2NTG A;  1XJT A;  169L A;  3HBD A;  4ZFP A;  4YXA C;  1OUD A;  1C10 A;  1LSP A;  5I5Q A;  1VDP A;  2I26 L;  1CV4 A;  1CKC A;  1GB2 A;  1KW5 A;  1L26 A;  3DN8 A;  4CGE A;  4W96 A;  1GPQ C; 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