3HTDA

(z)-thiophene-2-carboxaldoxime in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htdA00
1L58A 2O79A 1L91A 3QAKA 156LA 1L82A 1DYFA 247LA 3FI5A 4W52A 1LGXA 2RB0X 3OE8A 3JR6A 1C64A 1EPYA 1L16A 1L0KA 4ARPA 1L98A 1TLAA 195LA 1DYGA 201LA 3HH3A 1DYBA 1L47A 1P6YA 1QT8A 3HDFA 1L87A 2B72A 1LI3A 1L69A 1OV7A 255LA 1L76A 1L67A 254LA 1LGWA 1L18A 1OYUA 261LA 102LA 3PBLA 3HT6A 1L08A 164LA 1LWGA 2B6TA 2IGCA 3C8SA 2HUMA 4LZMA 1PQIA 3DMXA 137LA 2B74A 3RUNA 200LA 248LA 2RBOA 3F8VA 1CV4A 3G3XA 1LI2A 1L66A 1L37A 1KNIA 3NYAA 2B7XA 3DNAA 4EXMA 2CUUA 2HUKA 1L64A 107LA 3DN8A 1L97A 3HTFA 1L30A 1KW7A 3HT8A 3L64A 1G0PA 1OWYA 158LA 2ANXA 1LYGA 1L72A 2Q9DA 162LA 3HU8A 220LA 2RBSA 214LA 1CX6A 2O7AA 108LA 1L09A 1L46A 1T97A 140LA 1D9WA 2OU0X 1D3MA 4PJZA 4IAPA 3HUAA 1QTCA 122LA 2F2QA 1QTHA 3C7YA 181LA 3D4SA 210LA 144LA 1CTWA 4YX7C 3F9LA 159LA 252LA 4I7NA 3C83A 1D2YA 1C6LA 1C6PA 1L61A 4ARQA 4K5YA 1JQUA 1L92A 1CV1A 191LA 1SX2A 1L27A 231LA 2RAZX 3HT9A 1DYAA 1LYJA 4LDOA 3GUOA 1L62A 1G1VA 1G0QA 4AQNA 2B75A 1T8GA 217LA 1LGUA 4ARJA 1L26A 1QSBA 3CDQA 3GUPA 245LA 1QT5A 1C6CA 152LA 149LA 4GBRB 4OO9A 2B6YA 1C6FA 228LA 2ANVA 3SBBC 1L44A 113LA 1L77A 112LA 1C66A 4EKRA 3OE6A 1L75A 1CU5A 1C65A 123LA 1L99A 3HDEA 260LA 3V2WA 187LA 186LA 1G0GA 4ARMB 197LA 1DYCA 3DMVA 240LA 4I7PA 213LA 1L52A 1L15A 1QTVA 4I7OA 3G3WA 4YXAC 1L42A 4I7LA 1QT3A 4DAJA 4LDEA 145LA 3DN6A 230LA 182LA 3GUIA 1L41A 1L56A 2B6XA 1QTZA 1DYDA 1D2WA 1L0JA 3SB6A 234LA 1T6HA 4W59A 1L17A 1L60A 104LA 1L88A 2B73A 5I14A 226LA 4W53A 185LA 1SWYA 3HH4A 160LA 3HT7A 4LDLA 2Z6BA 1L57A 1L93A 3DN3A 4I7MA 1L00A 4E97A 1LPYA 4EJ4A 1OVKA 3VW7A 4EKPA 4W51A 1G0LA 3HUQA 1QUHA 1L95A 189LA 1C6HA 1D3NA 2F47A 1LLHA 1KS3A 176LA 209LA 1G1WA 4EKSA 4EPIA 2RB2X 1L13A 1C67A 3EMLA 115LA 219LA 211LA 3C8QA 1L38A 221LA 3HWLA 1L73A 1ZWNA 2RH1A 224LA 1L35A 4W58A 4ZPUA 1LYIA 2LZMA 1L04A 4S0WA 1L14A 109LA 190LA 1L28A 4I7QA 3GUKA 1QT4A 1CU6A 1QUGA 2OE4X 198LA 222LA 229LA 3DN0A 4EKQA 1L85A 146LA 2RBPA 241LA 3PDSA 1C6DA 103LA 3HH5A 2LC9A 163LA 128LA 175LA 1P37A 227LA 2NTGA 131LA 1C6IA 1QS5A 142LA 3C80A 3GULA 143LA 3FADA 1CU2A 1L68A 4I7TA 1L32A 1L12A 1DYEA 215LA 242LA 165LA 1JTNA 2QB0B 3OE9A 1P2LA 1KY1A 1ZYTA 3HUKA 2OE9X 1L74A 1K28A 235LA 1C60A 3V2YA 4I7RA 1L43A 218LA 1SSYA 1CV5A 1LWKA 1CV3A 7LZMA 4I7KA 120LA 1L55A 180LA 4YXCA 3HH6A 1L48A 1OWZA 1L24A 2B70A 150LA 141LA 1XJTA 2OEAX 232LA 3C8RA 3DMZA 1QT7A 1G06A 1L94A 206LA 1QTDA 3C82A 1L59A 1ZURA 1QTBA 1QUOA 225LA 3OE0A 1P5CA 1XEPA 3DN1A 3SN6R 148LE 3FA0A 4ARLA 1L20A 4ARMA 1L83A 3C7WA 4EPFA 173LA 166LA 1L34A 1L03A 2NTHA 2B6WA 3C7ZA 1SWZA 205LA 161LA 1CU0A 1G0KA 216LA 4I7JA 4PK0A 1L63A 1OVHA 1QS9A 1OV5A 151LA 1CUPA 258LA 259LA 119LA 172LA 1L86A 1QUDA 1OVJA 262LA 3SB9A 212LA 2RBRA 1L39A 1PQMA 3ODUA 1L33A 184LA 1LYFA 129LA 1L65A 2OU9A 1LW9A 1PQKA 3CDOA 1L06A 3HU9A 1P36A 192LA 157LA 2OU8A 1L25A 147LA 1C6KA 3GUMA 249LA 127LA 2L78A 233LA 1L53A 251LA 1C6AA 1CVKA 1G07A 139LA 1JTMA 177LA 1WTHA 125LA 1L21A 1C6JA 2F32A 1L05A 253LA 3GUJA 110LA 1L31A 3UONA 3K2RA 3SB7A 1L81A 1L70A 118LA 1L50A 246LA 238LA 3DN2A 3NY9A 114LA 3CDRA 239LA 199LA 250LA 178LA 3GUNA 243LA 168LA 2RBQA 1CX7A 6LZMA 237LA 1L90A 1D3FA 1L36A 1P64A 1L45A 3DKEX 111LA 2HULA 1C6TA 3SB5A 1LI6A 1CV6A 1L23A 2Q9EA 1L10A 1LYDA 3HTDA 1L22A 1C69A 2A4TA 1L01A 3CDVA 1CUQA 1L51A 3DN4A 3HTBA 1KY0A 1C6EA 4DKLA 1P7SA 236LA 1C62A 1C61A 1SSWA 1L40A 1T8AA 2O4WA 1P56A 1L79A 174LA 257LA 1C68A 1L07A 1NHBA 244LA 171LA 2RAYX 1L29A 3CDTA 155LA 1L54A 170LA 1PQOA 4W54A 3SBAA 2RB1X 183LA 1D3JA 1CU3A 4I7SA 3NY8A 2QARC 1G0MA 1KW5A 1I6SA 1QSQA 167LA 1C6QA 1LYHA 4GRVA 1PQDA 1C6GA 4ARQB 2LCBA 130LA 1XJUA 1C6BA 2B6ZA 1CV0A 2OE7X 5LZMA 1C6NA 1G0JA 1L02A 1C63A 1L19A 223LA 188LA 1L84A 4W55A 3HTGA 1PQJA 3L2XA 3G3VA 1L71A 3LZMA 4DJHA 1L80A 1T8FA 1LYEA 1P3NA 1B6IA 1P2RA 1QT6A 3RZEA 1SX7A 256LA 2RBNA 2OTYX 3C81A 4W56A 1L49A 126LA 4W57A 169LA 196LA 1L89A 3SB8A 1L96A 2OTZX 1L11A 138LA 1P46A 1C6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NWDX 1YL0X 3ZEKA 4ET9A 1L82A 5I4WA 1GFVA 2BAAA 2RB0X 3GXKA 4HV1A 4NGYA 5FSTA 2F4AA 1YAOA 1LSAA 195LA 4W94A 1FKQA 1L47A 2ZNWY 1T3PA 3AZ6A 2I25L 254LA 5IHGA 1OYUA 4J1BA 3ZVQB 1WQNA 102LA 2ZQ3A 1GBSA 4R0FA 2YSSC 1N4FA 2B74A 1CKHA 3WVYA 3A67Y 2MEEA 2HECA 3NYAA 4GCCA 1L97A 4NHIA 3A90A 1KW7A 1B7NA 1G0PA 158LA 4CFPA 1L72A 3HU8A 4XN6A 220LA 4Z46A 2CJLA 108LA 2OU0X 5DLAA 1AKIA 3A92A 1GB6A 1XGUC 3C7YA 1CTWA 4YX7C 1A4VA 4N1CC 159LA 1LZNA 1OUHA 4NHTA 1BWJA 1LZ8A 1IWVA 1HC0A 1JQUA 1JJ1A 1OUDA 191LA 5LVGA 5JENB 2BQJA 1GFEA 2B75A 1GFAA 1IX0A 217LA 5K7OA 4HJVA 3CDQA 245LA 1QT5A 1IWYA 1UA6Y 2YBHA 1UUZC 1WQRA 2MEDA 1YILA 1LJ4A 2FYDA 1F10A 123LA 1L99A 5LIOA 3TXIA 2HEAA 4ARMB 4RDSA 1DYCA 3DMVA 4I7PA 1CKCA 3G3WA 1GDWA 5IDDA 3VWOA 1LKRA 1PZYA 135LA 3TXKA 145LA 3DN6A 230LA 2XJWA 3GUIA 1KXXA 3M18B 1L56A 2ZNXY 4GCDA 5KJ9A 4H9EA 4HTNA 4W59A 2C8PA 3OJPA 2BQFA 5T3FA 4W53A 5KXZA 1MELL 1L93A 1WVVA 3DN3A 4I7MA 4E97A 1LPYA 1OVKA 1GF3A 3RNXA 3VW7A 1J1PY 1L95A 189LA 2F47A 1LLHA 1FLWA 1FN5A 3HBEX 1IOSA 2G4PA 3A6CY 211LA 3QNGA 1P2CC 1QIOA 2BQNA 5LAFA 1JHLA 3FE0A 5FELA 5I4YA 1FLUA 190LA 4I7QA 1CU6A 5LINA 4H9BA 1XGRC 229LA 1NBZC 2DQDY 4LT0A 1W6ZA 3WH1A 1UCOA 241LA 3PDSA 128LA 1P37A 2NTGA 1ZVYB 3W6DA 1QS5A 142LA 1LHHA 2BQDA 143LA 1CU2A 1L68A 2A7FA 1JTNA 5C6LA 1IP2A 2D4KA 1P2LA 2EQLA 1KY1A 1DQJC 4YENA 1L74A 1XGTC 1UC0A 1QTEA 1SSYA 5HMJA 1QSWA 3AYQA 1IP5A 5APDA 1L55A 1YAMA 132LA 2Z12A 3C8RA 1GFJA 1G06A 1B5WA 1YROA 2A7DA 3LZTA 4GN5C 225LA 2Q0MX 3IJVA 4TTDA 4ARLA 1IP3A 3C7WA 4EPFA 5KXSA 1H6MA 6LYTA 4DDBA 2B6WA 3C7ZA 1SWZA 1CU0A 1LSEA 4DD7A 3AW6A 4M4OA 1L63A 1OVHA 3RZ4A 1CUPA 1IIZA 2GV0A 1V7TA 1UBZA 1GBWA 2BQIA 1QUDA 1EQ5A 4WMGA 1L39A 3ODUA 1LZ9A 2OU9A 3CDOA 1B0DA 192LA 1D6QA 1GF8A 1GEVA 1UACY 1C6KA 249LA 4LYMA 2Z18A 5I5QA 251LA 5LXWA 2BQOA 1I56A 1CVKA 4DDCA 1G07A 1GE4A 177LA 1BB5A 2ZYCA 1GB7A 3AJNA 1LYOA 1L31A 3GXRA 3UONA 1HENA 1LJIA 1L70A 118LA 239LA 2BLXA 168LA 1SLYA 3CT1A 1IP1A 1L90A 4H9AA 4DWXA 2HULA 1L10A 1LYDA 4CJ2A 3WW5A 2A4TA 1IOCA 1XSFA 1L51A 3DN4A 1WTMA 4N1EI 1QDRA 1C6EA 4HP0A 4DKLA 5APFA 3IWRA 5KXXA 1LMCA 2LYMA 1SSWA 1L40A 1HERA 2W1MA 4LYBA 3W6BA 1TCYA 1E8LA 174LA 4NGOA 4H91A 1QSAA 257LA 1L07A 3CSRA 171LA 1L54A 4ETCA 1JKAA 1RJCB 183LA 4N5RA 1JJ3A 4AXTA 1I6SA 4DQ7A 167LA 1C6QA 1LHKA 2Z37A 1PQDA 2LCBA 1LSMA 130LA 1VAUA 3LYOA 3WMKA 4B49A 1C6NA 1L02A 1B5ZA 1IWXA 4IATA 1XGQC 1L19A 188LA 3IJUA 4WO6A 1LYEA 3F6ZA 2RBNA 1HFZA 2OTYX 3C81A 1BHZA 1L49A 1LJKA 4BAPA 1BVKC 2Z38A 4WM3A 3EXDA 154LA 1L96A 5B1GA 1GFGA 1BWIA 5HQ1A 2O79A 1GF9A 1L91A 3QAKA 156LA 247LA 2H5ZA 3FI5A 4W52A 2ZWBA 1D0KA 1EPYA 2W1LA 1WQOA 3LYTA 1L98A 1LMNA 5KXYA 1IP6A 1DYBA 4M6DA 1XEKA 2C8OA 1L69A 2HEBA 1OV7A 1REYA 255LA 1LGWA 1JKDA 1GBXA 3A94A 1GFRA 261LA 3PBLA 1EQEA 3HT6A 3C8SA 3WPJA 5D5CA 137LA 1CKGA 200LA 1LZ4A 1H87A 1F6RA 1L37A 1OUCA 2B7XA 2CUUA 1WQMA 1L64A 2EKSC 4BADA 1GE1A 3DN8A 2BPUA 4WL6A 1OWYA 1JTTL 1LYGA 4NY5A 2Q9DA 162LA 2RBSA 1CX6A 4BS7A 4W96A 3A93A 1L46A 1YANA 4OWAA 5F16A 1D3MA 2Z19A 2BQHA 3HUAA 1LSNA 1QTCA 122LA 1AT5A 2W1XA 4QEQA 4QGZA 1IWWA 4II8A 1LSYA 4NEBA 4PGJB 4XENA 3TXGA 1CV1A 4GN3A 4KXIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NWD X;  1YL0 X;  3ZEK A;  4ET9 A;  1L82 A;  5I4W A;  1GFV A;  2BAA A;  2RB0 X;  3GXK A;  4HV1 A;  4NGY A;  5FST A;  2F4A A;  1YAO A;  1LSA A;  195L A;  4W94 A;  1FKQ A;  1L47 A;  2ZNW Y;  1T3P A;  3AZ6 A;  2I25 L;  254L A;  5IHG A;  1OYU A;  4J1B A;  3ZVQ B;  1WQN A;  102L A;  2ZQ3 A;  1GBS A;  4R0F A;  2YSS C;  1N4F A;  2B74 A;  1CKH A;  3WVY A;  3A67 Y;  2MEE A;  2HEC A;  3NYA A;  4GCC A;  1L97 A;  4NHI A;  3A90 A;  1KW7 A;  1B7N A;  1G0P A;  158L A;  4CFP A;  1L72 A;  3HU8 A;  4XN6 A;  220L A;  4Z46 A;  2CJL A;  108L A;  2OU0 X;  5DLA A;  1AKI A;  3A92 A;  1GB6 A;  1XGU C;  3C7Y A;  1CTW A;  4YX7 C;  1A4V A;  4N1C C;  159L A;  1LZN A;  1OUH A;  4NHT A;  1BWJ A;  1LZ8 A;  1IWV A;  1HC0 A;  1JQU A;  1JJ1 A;  1OUD A;  191L A;  5LVG A;  5JEN B;  2BQJ A;  1GFE A;  2B75 A;  1GFA A;  1IX0 A;  217L A;  5K7O A;  4HJV A;  3CDQ A;  245L A;  1QT5 A;  1IWY A;  1UA6 Y;  2YBH A;  1UUZ C;  1WQR A;  2MED A;  1YIL A;  1LJ4 A;  2FYD A;  1F10 A;  123L A;  1L99 A;  5LIO A;  3TXI A;  2HEA A;  4ARM B;  4RDS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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