3HTDA

(z)-thiophene-2-carboxaldoxime in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htdA00
4DKLA 107LA 1C6GA 1QUHA 1L13A 200LA 1D3JA 1XJUA 2RBOA 1G1WA 1L46A 1LGXA 4I7KA 147LA 1CV0A 2LC9A 3HT6A 1SX7A 3NY8A 1L01A 241LA 4EPIA 169LA 1L16A 3DN1A 1WTHA 4S0WA 146LA 2OE9X 1L62A 3HTBA 1C6KA 3DKEX 4GBRB 1G0LA 1DYBA 181LA 1L40A 211LA 3GUKA 3DN0A 182LA 1L12A 1C6BA 2B6YA 3C8SA 1L49A 4GRVA 1C6AA 3HWLA 1T97A 1L06A 3CDOA 3OE6A 4ARLA 243LA 1L27A 240LA 1L59A 2ANVA 2O79A 256LA 3HU9A 167LA 1QT6A 3CDQA 4YX7C 1K28A 2RBNA 3GULA 2B7XA 109LA 1QTHA 1QTZA 4YXCA 1L41A 186LA 1PQJA 1P56A 190LA 2RAZX 255LA 219LA 1QSBA 2B72A 3GUJA 1KY0A 1P36A 192LA 3C7WA 128LA 1CV6A 1L72A 1L52A 5I14A 1C6CA 5LZMA 160LA 138LA 1P7SA 1L56A 4I7RA 259LA 3SBBC 1ZURA 1OV5A 3SB6A 2RB2X 3HH3A 1CU5A 1L85A 175LA 118LA 4I7MA 3V2WA 1CU0A 1L44A 1L07A 2IGCA 1L76A 1C63A 1C64A 3EMLA 1L21A 1CV3A 3PDSA 206LA 2OE7X 3HH6A 1G06A 173LA 1PQDA 1LGUA 1L17A 1OWYA 3G3XA 1CX6A 244LA 1LYEA 1D9WA 196LA 3HUAA 1T8AA 1G1VA 4K5YA 1LYHA 1D2YA 142LA 1C6PA 1CUQA 2HULA 225LA 3FA0A 1L67A 3HUKA 149LA 2B6TA 197LA 1DYGA 3D4SA 1L93A 1QS5A 3HH4A 1OVHA 2O7AA 4EXMA 252LA 1KNIA 3HT9A 4ARJA 1L65A 1PQIA 2RH1A 4ZPUA 1LWKA 1D3MA 1L70A 1G0QA 1P5CA 1L11A 178LA 2RB1X 123LA 1C6NA 1G0PA 2L78A 4EJ4A 198LA 1DYEA 1LPYA 1C6FA 1L61A 2QARC 3FI5A 3L64A 239LA 209LA 1LLHA 1QS9A 1L02A 2Q9EA 1L15A 4I7JA 258LA 1T8GA 1C66A 4EKPA 3CDRA 1L74A 234LA 2NTHA 1G07A 4AQNA 3DMZA 3SN6R 1L79A 1L0JA 170LA 2B74A 222LA 210LA 1C61A 1L48A 1DYCA 4W57A 3JR6A 1LI2A 213LA 1C6JA 254LA 4YXAC 1NHBA 1C6HA 3DN6A 1L51A 1C60A 1L54A 4W52A 3HDFA 1L97A 3C8QA 1L81A 3HTDA 3HT8A 2RBRA 1L60A 1QT8A 4W59A 3C83A 242LA 126LA 1CU2A 183LA 3C81A 3HDEA 237LA 2B6ZA 1DYFA 1T8FA 1C6IA 3OE0A 1L63A 3SBAA 1B6IA 3GUMA 1L39A 1P37A 1QUDA 4EKRA 261LA 253LA 155LA 2HUKA 4DAJA 143LA 1L57A 1C67A 3HUQA 1P2LA 141LA 110LA 163LA 145LA 1SWZA 1SSYA 1LI6A 1L88A 137LA 1L22A 1L18A 172LA 191LA 1QTDA 1L20A 3C8RA 3CDVA 1P3NA 162LA 3DN2A 1L28A 1L80A 127LA 1QUOA 1TLAA 4PJZA 168LA 3DN8A 228LA 3LZMA 1CU6A 1CU3A 1L0KA 2RBPA 2B73A 4EKSA 1CV5A 224LA 1DYDA 1OYUA 1CTWA 1G0JA 4I7PA 2RBQA 1L37A 1T6HA 1C6LA 238LA 3C82A 1P2RA 1L05A 159LA 3SB7A 3HTFA 148LE 221LA 1L43A 3C7YA 4IAPA 1P6YA 3K2RA 1ZWNA 4ARPA 1D3NA 3SB9A 4W51A 1L75A 1L53A 4OO9A 235LA 3PBLA 3GUPA 223LA 1L34A 4ARQB 1L25A 1PQMA 1L58A 3HT7A 262LA 144LA 4PK0A 180LA 1LYJA 131LA 120LA 3QAKA 1C62A 1XJTA 1SSWA 4I7NA 125LA 152LA 2OU9A 3L2XA 1L14A 1LYIA 1L84A 214LA 4ARMA 1I6SA 2B75A 7LZMA 1CV1A 1L35A 1LW9A 227LA 1D2WA 230LA 3OE8A 2B70A 1LWGA 212LA 1L99A 1SWYA 1CUPA 164LA 1L29A 1OWZA 3G3WA 1L77A 260LA 233LA 4ARMB 1L95A 1C6QA 1JQUA 1LYGA 1L45A 1L55A 2LCBA 3F9LA 3G3VA 114LA 1QT5A 1ZYTA 184LA 1L66A 2QB0B 1L82A 3DN4A 3DMXA 2A4TA 4EPFA 185LA 3F8VA 226LA 3NY9A 1L38A 3NYAA 4W54A 249LA 4W53A 187LA 1QTBA 1G0GA 1C65A 2F2QA 3RUNA 122LA 236LA 205LA 201LA 158LA 1D3FA 1CV4A 1L09A 1L83A 231LA 102LA 1L68A 4I7QA 2RB0X 4I7LA 1L87A 1C68A 3HTGA 4I7SA 174LA 1P46A 3RZEA 2NTGA 1C69A 1JTNA 1L91A 1L30A 1LYFA 1L89A 4I7TA 1SX2A 1L94A 2OE4X 3DN3A 1L69A 1CX7A 157LA 1DYAA 1KW5A 251LA 3GUNA 220LA 1QT4A 216LA 171LA 2F32A 1L03A 3HH5A 3SB5A 4E97A 1LYDA 3OE9A 257LA 4W58A 139LA 1C6DA 229LA 165LA 1L73A 1L00A 1OV7A 1L86A 2B6XA 1L98A 1XEPA 2O4WA 4LDLA 3C7ZA 1L33A 2ANXA 2F47A 1L64A 1PQOA 1QSQA 113LA 199LA 3VW7A 4I7OA 4W55A 1LGWA 2Z6BA 1L04A 247LA 215LA 3V2YA 250LA 1G0KA 2LZMA 4ARQA 2OU0X 2B6WA 1L42A 1PQKA 1G0MA 1QT3A 111LA 3ODUA 2RAYX 1C6TA 130LA 150LA 1OVKA 104LA 1L36A 188LA 176LA 1L26A 2OU8A 218LA 1QTVA 115LA 1QT7A 2OTYX 108LA 3SB8A 3DNAA 1L47A 1L71A 1EPYA 232LA 1C6MA 1CVKA 3GUIA 3C80A 3UONA 1L50A 119LA 1L96A 1L90A 3DMVA 217LA 3GUOA 1P64A 4W56A 6LZMA 4LDOA 189LA 1L08A 166LA 1L92A 1QTCA 1C6EA 1QUGA 1KW7A 1L24A 245LA 112LA 1KY1A 140LA 2CUUA 1L23A 1OVJA 1L31A 248LA 4LDEA 1JTMA 3HU8A 246LA 161LA 1L19A 2Q9DA 1L32A 2RBSA 4EKQA 3CDTA 103LA 195LA 129LA 156LA 4DJHA 2OTZX 2HUMA 1KS3A 4LZMA 177LA 3FADA 1LI3A 151LA 1L10A 2OEAX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DKLA 1C6GA 2C8OA 3LHMA 1LZEA 1C45A 4XJDA 2MEHA 4YENA 2I25L 4WM3A 1WTHA 1NWGA 4GCBA 1C6KA 3DKEX 2ZWBA 1G0LA 211LA 4ETAA 1L12A 1D6QA 3C8SA 3FE0A 1QDRA 1L49A 4GRVA 3CDOA 1GBYA 1GXV2 3OE6A 1IWZA 133LA 1L59A 5FSTA 3RU5A 3WPJA 5DLAA 4R6CA 5LVHA 4ANRA 1FLQA 1PQJA 1KXYA 3AJNA 1LZBA 1QTEA 192LA 1OUFA 1QSAA 3C7WA 1LYZA 3G3AB 4H9HA 1JKAA 1B5XA 2C8PA 1C6CA 5LZMA 4HP0A 1IOSA 1P7SA 4WM2A 1ZURA 2RB2X 4FJRA 4MCKA 1D9UA 1L44A 1YQVY 2XBSA 1L07A 2IGCA 1MELL 4HTKA 1L76A 1C63A 3RT5X 1UIGA 2XJWA 1LYSA 1PQDA 4UWVA 1GB9A 1LGUA 1L17A 3P4ZA 1NBYC 4PRQA 1LYEA 3N9EA 3FI7A 1UICA 2HEFA 1C46A 4HTNA 1YAPA 2D6BA 225LA 2ZNXY 3FA0A 3GXRA 3W6EA 197LA 1HHLA 2Z39A 3WYHA 5ILCA 1VDPA 3WULA 1KNIA 1LZ5A 1LWKA 1D3MA 1G0QA 1WQMA 4DC4A 178LA 1XSFA 4KL7A 2L78A 4WM5A 3FI5A 4LYTA 1AT6A 1XGTC 4DQJA 1L15A 1IC4Y 4EKPA 1NBZC 1L74A 2RSCA 1UIHA 3DMZA 5KXLA 1WTNA 2YDGA 2HEAA 1LMTA 1QDTA 2LYZA 1C61A 4CFPA 5K7OA 4W57A 1A4VA 1DQJC 2DQIY 1IP4A 1C6JA 254LA 1NHBA 3P68A 2YBIA 1B7LA 4W52A 1IWYA 4GCCA 1BWHA 1EQ5A 1IP3A 2RBRA 3WUNA 242LA 1B7NA 1BB7A 1RJCB 1BB5A 1VDTA 1L63A 1B6IA 2LHMA 3GUMA 1T3PA 2YVBA 3W6FA 2B5ZA 1GBWA 1C43A 2HUKA 5L3IA 4PPOA 1L57A 1CJ6A 1OUEA 1IO5A 1SWZA 2F4GA 1HNLA 1L88A 1LJJA 1L18A 4XJBA 2DQHY 1LSBA 1LZAA 3AYQA 5HLLA 4B49A 162LA 5I4WA 127LA 168LA 2LYMA 1BVKC 2RBPA 1CTWA 5EBHA 1JSFA 238LA 1I56A 2HU1A 1ZV5L 1IOTA 1JSEA 4H9AA 4QGZA 1G7HC 2LYOA 1ZWNA 1LCNA 1HMLA 4H9BA 4W51A 2BLYA 235LA 3PBLA 1V7SA 3GUPA 4B4JA 1LJFA 4WM6A 4ARQB 1YL0X 180LA 1GE4A 1LYJA 1WQNA 2A7DA 1KIRC 1AM7A 3AGGG 3QAKA 1GB5A 5LA8A 4NGOA 5IELA 5KY1A 3L2XA 1B2KA 1QTKA 3LYZA 2DKVA 1CV1A 2I6ZA 3OE8A 4H9EA 1B0DA 4QEQA 212LA 1IVMA 1SWYA 1QIOA 2W1MA 3G3WA 4C3WA 1PS5A 1L95A 1REZA 1LYGA 4U3XB 1GHLA 1IWTA 2MEBA 1L55A 1LZGA 4J0LA 1DPXA 1L66A 2QB0B 1LHKA 3W3EA 1L38A 1PZYA 5LAGA 187LA 1GE2A 1B7RA 4IJ4A 3CSZA 4H94A 2HU3A 9LYZA 1GFKA 1HEQA 231LA 5KXYA 1LJ4A 3HTGA 3RZEA 1GXXA 5LYMA 1IWUA 1DZBX 1H87A 1F6SA 3DN3A 4DQ7A 4OW1A 1JEFA 4NSIA 216LA 171LA 1L03A 3HH5A 3OE9A 257LA 229LA 1GEZA 3KAMA 3CT5A 1V7TA 3HBEX 3T6UA 1LSZA 2BQHA 4DWXA 2F47A 1L64A 3TMXA 3AGHA 4I7OA 1LGWA 2Z18A 1L04A 247LA 1CNSA 2F2NA 250LA 5HNCA 3CSQA 2H5ZA 2I26L 5DL9A 1DPWA 2RAYX 2ZQ4A 1OVKA 3WPLA 218LA 1W6ZA 4J7VA 108LA 4NSHA 3LN2A 1L71A 1LMOA 1CVKA 8LYZA 5I4YA 3AZ4A 1L96A 1OUIA 4LT2A 4W56A 1LSCA 2A7FA 6LZMA 1QTCA 1GWDA 4LYBA 1JIYA 1GD6A 2BQBA 1OVJA 1L31A 4XJGA 1GBZA 5E4PA 246LA 1VDQA 1L19A 4WM4A 1L32A 1LSNA 3TXBA 1KS3A 2BQOA 2D4JA 3N9AA 107LA 4NGZA 1LHMA 1QUHA 4Z46A 1D3JA 4ZFPA 1IWXA 4NHTA 1G1WA 1LGXA 147LA 2MEFA 4ZIXA 3HT6A 4N9RA 4AXTA 241LA 3A90A 1L16A 3DN1A 3ZVQA 3AZ6A 2Z37A 1LSEA 1OUJA 4S0WA 146LA 2OE9X 1HENA 1HF4A 2XTHA 4CJ2A 5APEA 2FYCA 1LMQA 2BAAA 5D5FA 4H9IA 4BAFA 3WH1A 4DD2A 3A95A 167LA 5B1GA 4N8ZA 4LT3A 1GB2A 1XGRC 4LGKA 1QTHA 3LZ2A 4DDBA 1L41A 3ATNA 4LYCA 3WVXA 190LA 2RAZX 255LA 3GUJA 3QE8A 5FDJA 1GFAA 1DKJA 2FYDA 1B7MA 1IEEA 160LA 1L56A 3SB6A 3TMUA 5KXNA 5KXKA 1LZCA 3EMLA 1CV3A 3PDSA 2OE7X 1G06A 173LA 1GE0A 1YANA 3BKVA 1LZTA 1GEVA 5I54A 244LA 3EBAB 1D9WA 1HEOA 3WU7A 1T8AA 1G1VA 4OWEA 1LYHA 4WMGA 142LA 2DQCY 193LA 1J1PY 1L67A 1J1XY 1YILA 1JJ1A 3HUKA 149LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DKL A;  1C6G A;  2C8O A;  3LHM A;  1LZE A;  1C45 A;  4XJD A;  2MEH A;  4YEN A;  2I25 L;  4WM3 A;  1WTH A;  1NWG A;  4GCB A;  1C6K A;  3DKE X;  2ZWB A;  1G0L A;  211L A;  4ETA A;  1L12 A;  1D6Q A;  3C8S A;  3FE0 A;  1QDR A;  1L49 A;  4GRV A;  3CDO A;  1GBY A;  1GXV 2;  3OE6 A;  1IWZ A;  133L A;  1L59 A;  5FST A;  3RU5 A;  3WPJ A;  5DLA A;  4R6C A;  5LVH A;  4ANR A;  1FLQ A;  1PQJ A;  1KXY A;  3AJN A;  1LZB A;  1QTE A;  192L A;  1OUF A;  1QSA A;  3C7W A;  1LYZ A;  3G3A B;  4H9H A;  1JKA A;  1B5X A;  2C8P A;  1C6C A;  5LZM A;  4HP0 A;  1IOS A;  1P7S A;  4WM2 A;  1ZUR A;  2RB2 X;  4FJR A;  4MCK A;  1D9U A;  1L44 A;  1YQV Y;  2XBS A;  1L07 A;  2IGC A;  1MEL L;  4HTK A;  1L76 A;  1C63 A;  3RT5 X;  1UIG A;  2XJW A;  1LYS A;  1PQD A;  4UWV A;  1GB9 A;  1LGU A;  1L17 A;  3P4Z A;  1NBY C;  4PRQ A;  1LYE A;  3N9E A;  3FI7 A;  1UIC A;  2HEF A;  1C46 A;  4HTN A;  1YAP A;  2D6B A;  225L A;  2ZNX Y;  3FA0 A;  3GXR A;  3W6E A;  197L A;  1HHL A;  2Z39 A;  3WYH A;  5ILC A;  1VDP A;  3WUL A;  1KNI A;  1LZ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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