3HTGA

2-ethoxy-3,4-dihydro-2h-pyran in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htgA00
1LGXA 3F9LA 1G0GA 1L38A 2HUMA 1L97A 4W59A 3OE6A 3SB6A 1L42A 1OWYA 1L09A 3JR6A 102LA 158LA 128LA 1CUQA 112LA 1L37A 2O79A 1KNIA 1CTWA 1P5CA 227LA 157LA 4S0WA 1L57A 4W54A 1OV5A 1C6PA 1CU0A 129LA 3DN4A 1D3FA 1L91A 3G3WA 1DYBA 1L93A 3GUNA 160LA 190LA 169LA 152LA 4EKRA 1L79A 2B70A 1T8GA 2B6XA 1L06A 3HU9A 3SN6R 1L20A 4W51A 2RB2X 1C6LA 1C65A 1L70A 1L36A 174LA 219LA 1L15A 1L94A 2RBPA 1QT5A 1QUDA 224LA 2OE4X 3SBBC 1QS5A 1PQIA 1L46A 1CX6A 3OE8A 236LA 1C67A 1L29A 1QSBA 1C6QA 3G3XA 3HUQA 1C6NA 1L18A 3HT6A 1LI3A 1OVKA 1L60A 6LZMA 1SSWA 126LA 4EPFA 2A4TA 3HU8A 1LYHA 1SWYA 1L34A 3G3VA 1L27A 242LA 221LA 3C83A 231LA 4ARQA 1L48A 244LA 3C8QA 1L63A 2RBOA 1L25A 2RAYX 1L32A 1D3NA 2OU0X 2LZMA 2Q9DA 1L24A 4LZMA 1L23A 4LDEA 163LA 3C7WA 1P37A 148LE 1C61A 1XEPA 111LA 3K2RA 233LA 184LA 183LA 1C64A 1PQOA 1L49A 1L50A 3QAKA 1L40A 156LA 4EKPA 1DYDA 1QUGA 1P3NA 1L16A 4W57A 1CVKA 3SB9A 228LA 2L78A 3V2YA 147LA 3SBAA 1QT7A 1L43A 159LA 3DN6A 2OE7X 1G06A 1L67A 260LA 4ARPA 1L84A 1NHBA 3OE0A 115LA 3C7ZA 3CDVA 4I7PA 120LA 1T97A 1I6SA 1L61A 1QT3A 4I7JA 186LA 1D3JA 4W53A 5I14A 1LYJA 1LYDA 3GULA 2RBSA 1G1WA 246LA 1L81A 1LGUA 3FA0A 2O7AA 1JQUA 2B74A 4I7NA 201LA 165LA 258LA 141LA 1C6HA 3NYAA 4LDLA 262LA 1T6HA 2IGCA 250LA 138LA 1L47A 1QSQA 1C6TA 1L89A 1L03A 178LA 1KW5A 1D3MA 1C62A 4EJ4A 3DMXA 3GUJA 1P64A 222LA 1WTHA 1D2YA 1CU5A 1CX7A 3GUOA 177LA 104LA 5LZMA 2HULA 1DYAA 1LLHA 1L30A 3CDTA 1CV0A 3HH4A 1SX2A 123LA 239LA 3D4SA 1LYIA 2QB0B 229LA 4W52A 3DN8A 109LA 200LA 1TLAA 1LYFA 214LA 2B75A 198LA 168LA 1L14A 1C60A 256LA 1QTDA 1C6FA 4ARMB 1KS3A 252LA 1L71A 3FADA 4LDOA 108LA 1C6JA 1QS9A 3HTFA 1C66A 3EMLA 3RZEA 3HDEA 2HUKA 1G0KA 4PK0A 1L35A 4I7TA 230LA 1SX7A 1OWZA 1T8FA 4W58A 1C69A 3HH5A 114LA 143LA 2O4WA 1LI2A 110LA 235LA 1QT4A 4YXCA 3LZMA 1L41A 1LWKA 245LA 261LA 4W56A 1DYEA 1L80A 1G07A 3HTBA 3SB5A 1ZWNA 167LA 1CV4A 1L65A 3HT7A 139LA 1L19A 1L72A 1SWZA 4ARMA 1K28A 1CU2A 1QUOA 1L55A 1C6KA 182LA 1KY0A 3HTGA 240LA 2RB1X 209LA 125LA 1L45A 1L08A 1L69A 1D9WA 3DMVA 3DNAA 3SB7A 2RH1A 3HT9A 2NTHA 1CUPA 4I7SA 213LA 1QT6A 4I7LA 1L52A 2RB0X 2B6ZA 1L51A 175LA 3DMZA 2B72A 2OEAX 254LA 247LA 232LA 1L39A 255LA 1LGWA 1G0JA 1XJTA 131LA 237LA 1L26A 118LA 164LA 1OYUA 3HT8A 2OE9X 1C6GA 2LCBA 4YXAC 103LA 180LA 206LA 4I7RA 1L95A 188LA 1C6EA 1LI6A 3UONA 3HUKA 2QARC 1PQJA 3CDRA 196LA 3C7YA 3DN1A 1ZYTA 1C6IA 4PJZA 1L56A 144LA 119LA 1QTCA 249LA 216LA 2ANXA 257LA 1L54A 2B6YA 3CDOA 2RBQA 2RBRA 1CV3A 1CV6A 2OU9A 3HTDA 1L0KA 1G0MA 1G0LA 2B6WA 3L64A 1L86A 173LA 170LA 1QUHA 1JTMA 225LA 4EKSA 2B73A 1EPYA 3CDQA 2RBNA 4DAJA 4YX7C 3DN3A 3RUNA 1L44A 1PQKA 2B6TA 1L76A 1L01A 1P46A 3SB8A 3C8SA 1XJUA 1QTHA 3DKEX 1L05A 1L62A 1C6BA 1G0PA 1L12A 1L82A 1L33A 162LA 181LA 1OVHA 2B7XA 3L2XA 259LA 4ARJA 4EKQA 3C81A 1DYGA 1P7SA 1C68A 3C82A 185LA 1C63A 3GUPA 1L88A 2OU8A 1T8AA 1QTZA 4ZPUA 199LA 3NY9A 4I7KA 4EPIA 2OTZX 3DN2A 4AQNA 140LA 4K5YA 161LA 217LA 2CUUA 1L90A 243LA 4ARLA 1L96A 127LA 1G1VA 149LA 107LA 215LA 1G0QA 1L74A 3VW7A 166LA 1L28A 1L22A 1C6AA 1LPYA 2F2QA 172LA 3HH6A 1L53A 1L02A 1QTBA 1DYFA 1SSYA 2RAZX 234LA 137LA 1L11A 1L04A 1L10A 4ARQB 113LA 151LA 145LA 1OV7A 1L83A 1C6MA 189LA 3GUKA 1CU3A 191LA 1JTNA 3PDSA 3NY8A 1L75A 1L68A 1L99A 122LA 1L21A 238LA 1D2WA 4GRVA 3V2WA 1KW7A 1KY1A 1LWGA 146LA 248LA 1L0JA 130LA 1L00A 150LA 1L98A 1L17A 1P56A 155LA 1P36A 1QTVA 2OTYX 4I7QA 1L85A 2F47A 2Z6BA 3DN0A 1DYCA 1L64A 1L58A 2NTGA 1L77A 2F32A 241LA 1L59A 3GUMA 4IAPA 226LA 223LA 3OE9A 220LA 1P6YA 212LA 1CV5A 1OVJA 210LA 3HH3A 1L92A 1L66A 3C80A 1QT8A 3GUIA 1L73A 1LW9A 3HUAA 4DJHA 195LA 251LA 1LYGA 1LYEA 2LC9A 4I7OA 4EXMA 2Q9EA 1CV1A 3F8VA 1L07A 205LA 4OO9A 1ZURA 4E97A 1CU6A 1C6CA 3FI5A 1L13A 4W55A 211LA 4GBRB 142LA 1L31A 1L87A 3ODUA 7LZMA 176LA 1PQMA 192LA 187LA 1B6IA 218LA 171LA 4I7MA 3C8RA 197LA 1PQDA 1P2LA 253LA 3HWLA 1C6DA 3HDFA 3PBLA 4DKLA 2ANVA 1P2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F9LA 4HV1A 1QIOA 1G0GA 4ML7A 4YF2A 1LZYA 1OWYA 1L09A 4PRQA 1JJ0A 5FHWA 1L37A 1QQYA 3RW8A 1D0KA 154LA 1L57A 2H9JA 1B5WA 1C6PA 5K7OA 3W6EA 2YBNA 1L93A 1NWGA 160LA 1YAMA 152LA 1KIRC 3WH1A 1LZCA 3MGWA 1L06A 1LKRA 3IJUA 174LA 1L94A 1QT5A 2W1MA 3EO5A 5F16A 1UIDA 4IASA 1QS5A 1PQIA 2H9KA 3OE8A 1SQ2L 1GBOA 1QSBA 2DBTA 4NGVA 3HT6A 4M4OA 1C08C 1LMTA 126LA 4EPFA 1FDLY 5HMVA 2BQBA 1LYHA 3WYHA 2CWIA 3WULA 4DDAA 5KXMA 4CHXA 3LYTA 4J1BA 3C8QA 4GCBA 1L63A 1YANA 1L25A 2RAYX 1D3NA 2OU0X 1CKDA 2Q9DA 1B5YA 1GF3A 1L24A 207LA 4NHIA 1GEVA 1W6ZA 1JTPL 1P37A 1WTNA 1XEPA 1PZYA 2ZWBA 1BWHA 1GE0A 3K2RA 1Z55A 184LA 1C64A 5C6IA 1GFRA 4Z46A 4OOTA 4ZIXA 1LSYA 4B0DA 3QAKA 5FCPA 4WLTA 1JJ1A 1CVKA 1GDWA 3FE0A 3B72A 1GFJA 1QT7A 1YKXX 2BQIA 3OE0A 3ZEKA 115LA 4N1CC 3CDVA 1I6SA 2HECA 186LA 4LT0A 4CFPA 2D6BA 4XJBA 208LA 4WM4A 1LGUA 4GCCA 153LA 3WW5A 1NMMA 1IP2A 1GFTA 3CSRA 2IGCA 1G7HC 1RJCB 4G4BA 250LA 138LA 2BQGA 1F6SA 178LA 5LVKA 1IR9A 4MCKA 1LZGA 3WW6A 3DMXA 3GUJA 1JSFA 5LVIA 4EMNA 4WLDA 1IO5A 1C45A 177LA 104LA 2C8OA 1LZ4A 3HH4A 3N9EA 2DQJY 1KIPC 1IOSA 4HSFA 229LA 3B0IA 200LA 1UACY 1OUFA 3AW7A 4BS7A 2DKVA 2LYOA 1L14A 256LA 1BB5A 1IWVA 2F4GA 1A4VA 1C6FA 252LA 4LDOA 2BQNA 2W1LA 1C66A 2ZYPA 3P4ZA 3EMLA 3RZEA 3HDEA 2HUKA 4PK0A 1OWZA 1GAYA 143LA 1NBYC 4DD2A 4ET9A 1QT4A 4GCDA 3ATNA 5IDDA 1OUBA 1LJHA 2BQMA 2MEIA 1BB6A 3TXJA 5LA5A 3SB5A 4H90A 1L65A 1L19A 1SWZA 1GFVA 1L72A 2Z38A 1CU2A 1JKCA 2DQDY 3WVYA 1KY0A 4WOAA 1B7MA 1L69A 1SLYA 3DNAA 3HT9A 1I56A 4LYBA 1IR8A 1QT6A 4I7LA 1HERA 1QTKA 4DQ5A 1KXXA 5KXLA 1CJ6A 247LA 1G0JA 4ZEEA 3TXIA 3HT8A 2DQHY 1C6GA 103LA 4I7RA 188LA 4H8ZA 3HUKA 1EQ4A 4WM5A 196LA 1JKDA 3DN1A 4H9EA 2VB1A 1L56A 1LZAA 4J1AA 1LYYA 1BGIA 216LA 1QUSA 4TWSA 4UWUA 1W08A 2NWDX 1L54A 2B6YA 2BAAA 4OWCA 4WM3A 2RBQA 1V7SA 4N5RA 1FKQA 1AKIA 1L86A 173LA 2D4IA 170LA 1JTMA 225LA 1HMLA 2RBNA 3DN3A 1P46A 2YDGA 5HNLA 3C8SA 1QTHA 3DKEX 1C6BA 1L82A 1L33A 3L2XA 1FN5A 1JIYA 1HSXA 3C81A 3J4GA 2MECA 1C63A 5KKJA 2OU8A 1LZBA 3NY9A 1INUA 4EPIA 1D6QA 161LA 1CJ7A 1XEKA 217LA 2CUUA 3HBEX 4LYMA 1I1ZA 1L90A 243LA 1G1VA 2IHLA 2DQIY 4KXIA 215LA 1G0QA 3VW7A 2F2QA 3HH6A 1L53A 4GLVA 5APEA 1JITA 1L11A 1UIFA 1G7MC 3QE8A 1BHZA 4QDNA 1A2YC 145LA 4YOPA 1TEWA 5D5FA 1LZ5A 3IJVA 1B9OA 1BQLY 2XBSA 191LA 2HEFA 3NY8A 2ZNWY 3OK0A 4GRVA 1BB7A 1KW7A 1HFZA 1LWGA 248LA 130LA 150LA 1YKYX 5HQ1A 4DDCA 5KXSA 5KKIA 1OUGA 4J0LA 2CJLA 4XN6A 2NTGA 3LYZA 3GUMA 4DC4A 5L3IA 1FKVA 4H94A 210LA 1L92A 1L66A 4Z3MA 3E3DA 4CGEA 1WQPA 4XJFA 1ALCA 3RZ4A 3WMKA 1LYGA 4I7OA 1OUAA 1GFGA 4EOFA 4OO9A 3LN2A 4XJHA 1TCYA 1LMAA 142LA 1IR7A 1D0LA 1REZA 4BADA 3ZVQB 1IOTA 5KJ9A 3HDFA 2ANVA 1LGXA 1GEZA 3A90A 1B2KA 3HBDA 1JJ3A 1L38A 3SB6A 3D9AC 3JR6A 102LA 5C6JA 1LOZA 1CTWA 1DI4A 2YVBA 157LA 2EIZC 1TAYA 4W54A 4P2EA 1OV5A 3DN4A 1YL0X 1H87A 1DYBA 1E8LA 4RW1A 4NG1A 3B0OA 190LA 5HLLA 3J6KA 169LA 1B7SA 1AZFA 2B70A 2B6XA 3HU9A 4W51A 1C6LA 5I53A 4NHQA 5A3ZA 2RBPA 224LA 2OE4X 4ETDA 4C5FA 3SBBC 135LA 1DZBX 4II8A 1CX6A 236LA 1LZDA 4B49A 1LI3A 1V7TA 3QNGA 5DN5A 3HU8A 1GFHA 1SWYA 4NGLA 2I26L 4D9ZA 242LA 2YBMA 1IIZA 2LYMA 1IWWA 1CKFA 1GB5A 2LZMA 3WUNA 3IWRA 4LZMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3F9L A;  4HV1 A;  1QIO A;  1G0G A;  4ML7 A;  4YF2 A;  1LZY A;  1OWY A;  1L09 A;  4PRQ A;  1JJ0 A;  5FHW A;  1L37 A;  1QQY A;  3RW8 A;  1D0K A;  154L A;  1L57 A;  2H9J A;  1B5W A;  1C6P A;  5K7O A;  3W6E A;  2YBN A;  1L93 A;  1NWG A;  160L A;  1YAM A;  152L A;  1KIR C;  3WH1 A;  1LZC A;  3MGW A;  1L06 A;  1LKR A;  3IJU A;  174L A;  1L94 A;  1QT5 A;  2W1M A;  3EO5 A;  5F16 A;  1UID A;  4IAS A;  1QS5 A;  1PQI A;  2H9K A;  3OE8 A;  1SQ2 L;  1GBO A;  1QSB A;  2DBT A;  4NGV A;  3HT6 A;  4M4O A;  1C08 C;  1LMT A;  126L A;  4EPF A;  1FDL Y;  5HMV A;  2BQB A;  1LYH A;  3WYH A;  2CWI A;  3WUL A;  4DDA A;  5KXM A;  4CHX A;  3LYT A;  4J1B A;  3C8Q A;  4GCB A;  1L63 A;  1YAN A;  1L25 A;  2RAY X;  1D3N A;  2OU0 X;  1CKD A;  2Q9D A;  1B5Y A;  1GF3 A;  1L24 A;  207L A;  4NHI A;  1GEV A;  1W6Z A;  1JTP L;  1P37 A;  1WTN A;  1XEP A;  1PZY A;  2ZWB A;  1BWH A;  1GE0 A;  3K2R A;  1Z55 A;  184L A;  1C64 A;  5C6I A;  1GFR A;  4Z46 A;  4OOT A;  4ZIX A;  1LSY A;  4B0D A;  3QAK A;  5FCP A;  4WLT A;  1JJ1 A;  1CVK A; 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