3HTGA

2-ethoxy-3,4-dihydro-2h-pyran in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htgA00
2LCBA 110LA 183LA 1KW5A 1L49A 3NY9A 3V2YA 1PQIA 259LA 1L44A 113LA 1L11A 1D2YA 1LW9A 112LA 1L0KA 1C6DA 1L64A 1L67A 251LA 1L97A 1OVHA 1QS5A 243LA 1L57A 4DJHA 3G3WA 1L58A 4LDOA 4GRVA 1C60A 250LA 3GUNA 168LA 2LC9A 3SBAA 1DYFA 4YXAC 4I7NA 4I7RA 1L94A 3C8QA 150LA 4OO9A 1L24A 1ZURA 3SB5A 4DAJA 122LA 1QT7A 2O7AA 1L46A 3F9LA 226LA 142LA 4W59A 180LA 1C6HA 1LYFA 1LYDA 3FI5A 1QTHA 1L92A 248LA 3HTDA 107LA 4I7KA 119LA 1L26A 1C6IA 213LA 162LA 1L25A 1LYEA 1QSBA 2L78A 229LA 3DKEX 2HUKA 1L62A 157LA 1OWZA 1PQMA 1L80A 167LA 125LA 1DYDA 1L10A 3HDFA 4LDLA 1CU6A 1L53A 2OE9X 171LA 1L73A 1LWKA 4DKLA 3DN2A 234LA 127LA 1L19A 1L36A 3L64A 1LI3A 1L98A 1C63A 3DN3A 1OYUA 3GUJA 3OE8A 1G0QA 1SSWA 1L20A 1C68A 1PQKA 258LA 1CV3A 1L82A 3C83A 3ODUA 1P36A 228LA 1JQUA 3C8SA 4LZMA 1G0LA 159LA 2IGCA 3HDEA 1WTHA 1L07A 233LA 1L89A 3HT7A 1L95A 1L37A 4I7SA 1QTBA 2B6WA 2B6YA 3CDRA 4EKRA 3GUOA 4YXCA 4EPIA 147LA 1L45A 1PQJA 3DN4A 3C80A 1L75A 4ARLA 1L93A 1C61A 1LWGA 152LA 1KY1A 239LA 7LZMA 173LA 4W54A 160LA 1DYAA 247LA 3G3VA 1L40A 161LA 1LI2A 3C7ZA 3C82A 1CUPA 3FA0A 3GUMA 3GULA 123LA 2OE4X 211LA 1KW7A 1C6EA 1D3FA 174LA 3HH5A 131LA 1CV6A 4I7TA 3HUKA 1L83A 1CX6A 230LA 1B6IA 1L28A 1G1WA 3GUKA 2B72A 1CVKA 3G3XA 1C67A 3CDQA 1CV0A 166LA 201LA 3F8VA 3RZEA 192LA 1LGWA 128LA 2QARC 3HT6A 4ARPA 3QAKA 1L41A 252LA 3HTFA 3K2RA 138LA 4IAPA 200LA 1XJUA 2ANXA 1D2WA 1OVKA 1L21A 4W51A 3DMXA 1L55A 261LA 184LA 2B6XA 3C8RA 1L74A 2OE7X 1L35A 148LE 3RUNA 3D4SA 3HTBA 2RBQA 244LA 1L66A 2F47A 156LA 189LA 1L51A 137LA 1C6TA 1L88A 143LA 1L16A 1L81A 5LZMA 3GUPA 1QTCA 2RAYX 2B6ZA 4I7LA 1C64A 246LA 240LA 3SB8A 1L70A 3EMLA 1L77A 231LA 1L13A 1D3JA 1PQOA 1EPYA 1L99A 1L22A 1L63A 1L68A 1G07A 2B75A 1OVJA 224LA 3SB6A 1L23A 146LA 2HULA 245LA 3HUQA 169LA 108LA 188LA 262LA 2LZMA 1L05A 2F2QA 4ZPUA 1ZYTA 210LA 1L33A 196LA 120LA 2OU0X 175LA 2B7XA 1CU2A 1T97A 205LA 4PK0A 2A4TA 3NYAA 1QUGA 3GUIA 1QTDA 1QUOA 1C6JA 1L18A 149LA 1P37A 1SSYA 158LA 1L54A 4EPFA 3HT9A 5I14A 3L2XA 1C6NA 1L12A 222LA 2ANVA 1QUHA 238LA 1T8GA 4E97A 1LLHA 1NHBA 114LA 4W58A 199LA 103LA 1C6CA 1CU0A 118LA 206LA 1C6AA 1L02A 115LA 1P56A 3DN6A 3CDTA 1L69A 3DN8A 1G0PA 1LGXA 3C7WA 1KNIA 217LA 1XEPA 216LA 140LA 1DYBA 1L76A 2O79A 1C6FA 1KY0A 1LYHA 1L59A 1L72A 4ARQA 2RB1X 2OTYX 1P2LA 1C62A 1CU3A 1L84A 254LA 1L71A 1JTNA 3HTGA 102LA 2F32A 3SBBC 178LA 4EKPA 3VW7A 3JR6A 1SX7A 1QSQA 1P2RA 1T6HA 198LA 1L85A 4LDEA 1D9WA 1G0MA 2RBOA 1CUQA 3DMVA 4W52A 1C6PA 2RH1A 4ARJA 1XJTA 186LA 3CDVA 1C66A 4ARMA 4ARMB 1L61A 256LA 2B74A 1L04A 4EKQA 1G1VA 212LA 2OTZX 2OEAX 3DMZA 1C6BA 223LA 232LA 151LA 165LA 3DNAA 1CV1A 3DN0A 2HUMA 225LA 1L43A 1L34A 1OV5A 1P5CA 1L91A 1C69A 4GBRB 4W53A 139LA 1PQDA 1L90A 181LA 1L03A 1DYGA 1SX2A 2RBSA 260LA 2OU8A 126LA 1L39A 3PBLA 177LA 1QTZA 1P3NA 1LYJA 1CU5A 104LA 6LZMA 1CTWA 2B6TA 2NTGA 3C7YA 1D3NA 209LA 1LI6A 1SWZA 109LA 221LA 1L87A 1OWYA 2O4WA 4W56A 1QS9A 3FADA 2OU9A 1QT4A 172LA 236LA 1QT3A 1L47A 195LA 1L38A 241LA 3PDSA 215LA 130LA 3HWLA 190LA 1D3MA 1P6YA 4EXMA 3SN6R 1L01A 1DYCA 1G0JA 1QTVA 4W55A 1P64A 1L08A 1L86A 1QT8A 144LA 3V2WA 3NY8A 3HH6A 3OE6A 155LA 1C6KA 1L48A 253LA 129LA 1QUDA 4I7OA 2RB0X 1L00A 214LA 1ZWNA 3OE9A 3HT8A 3HH4A 249LA 1LGUA 4S0WA 2B73A 1K28A 141LA 3HUAA 3OE0A 1DYEA 1OV7A 1JTMA 4EKSA 191LA 111LA 3DN1A 1P46A 1CV5A 2RBRA 2RBPA 237LA 3CDOA 219LA 2RB2X 1QT6A 1L14A 1C6MA 1L56A 1L0JA 197LA 255LA 3SB7A 1CX7A 176LA 1L17A 2Q9EA 1L27A 1LPYA 4K5YA 4I7MA 1TLAA 1G0KA 145LA 1CV4A 1L09A 227LA 1P7SA 1L52A 235LA 2QB0B 1SWYA 1L29A 1KS3A 1LYIA 1LYGA 4ARQB 1T8FA 4I7QA 3SB9A 4W57A 1C6GA 1L65A 1C6LA 218LA 4PJZA 1T8AA 1L32A 3C81A 3HH3A 1QT5A 1L50A 1L31A 3LZMA 164LA 2RBNA 1G06A 2B70A 2NTHA 3HU9A 2Q9DA 3UONA 1L15A 2Z6BA 4EJ4A 3HU8A 1L06A 4AQNA 4I7JA 1G0GA 163LA 1C6QA 2CUUA 1L96A 1L30A 1I6SA 4YX7C 1L42A 4I7PA 2RAZX 182LA 185LA 242LA 220LA 187LA 1L60A 1L79A 1C65A 257LA 170LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZWBA 183LA 1L49A 1B7RA 1FLQA 4IATA 3V2YA 1TAYA 1NHEA 1IO5A 1L44A 5B59A 113LA 4DDCA 112LA 1L0KA 1C6DA 3HBDA 1IP4A 1L57A 5C6LA 3G3WA 1C60A 1LMCA 1WTNA 4KXIA 1LZ8A 2LC9A 3SBAA 2EIZC 2BQNA 4KL7A 1DYFA 1DZBX 4YXAC 4I7RA 2AUBA 1GBSA 1RI8B 1ZVYB 4DAJA 1L46A 4ZFPA 4W59A 1F6SA 2Z18A 5I53A 1KIPC 1QTHA 248LA 1LSBA 4UWVA 2XQOA 1DI4A 1LSCA 1OUEA 3M3UA 1L25A 1QSBA 4WG1A 1UIAA 1KXYA 3OJPA 167LA 125LA 2Z39A 1HMLA 4HV2A 4ETDA 2IHLA 1L73A 3N9CA 1GBZA 1GB6A 3L64A 1LHKA 1P2CC 1VATA 4MR1A 3F6ZA 1QTKA 3J6KA 1HMKA 1AKIA 1GDWA 3B0OA 1B0DA 1SSWA 4B1AA 1L20A 4PPOA 4NWEA 4XADA 4HP0A 1L82A 3C8SA 1OUGA 2BQLA 5KY1A 3HDEA 1L07A 1YKYX 5I5QA 4G49A 3IJVA 3HT7A 5I4YA 1GFHA 2Z37A 4I7SA 1UIFA 4RLNA 4EPIA 4ETAA 147LA 1L75A 1L93A 1JSEA 1LWGA 1KY1A 1GF9A 4QY9A 2YSSC 173LA 5KXKA 160LA 1LI2A 1C46A 3RZ4A 1LYOA 3C82A 1CUPA 4WL7A 4G4HA 1XFPL 1FN5A 4GLAA 1D3FA 4H90A 4WG7A 4I7TA 1YL1X 1L83A 3RT5X 1B6IA 4WM3A 1BB6A 3TMWA 4H8YA 2G4NA 1C67A 166LA 2BQIA 192LA 1LGWA 128LA 252LA 3HTFA 1B7LA 4IAPA 200LA 4O34A 2ANXA 1OVKA 4N1EI 3A90A 5II3A 3QE8A 4ZEEA 184LA 2B6XA 1LZ6A 1LSEA 3LYTA 3G3BB 2DQHY 4BADA 2RBQA 2F47A 156LA 189LA 4N0JA 1GFJA 1L81A 3P65A 4QDNA 1IWXA 1LSAA 1C64A 3W6BA 1CKGA 1GBWA 3W6AA 1Z55A 240LA 1HHLA 1LJ3A 231LA 5KXLA 1L13A 1JHLA 3CT1A 1L22A 1L63A 1L68A 1WQOA 146LA 4WO6A 169LA 1HC0A 188LA 2LZMA 133LA 262LA 2F2QA 4ZPUA 1ZYTA 2YBIA 5DLAA 196LA 175LA 2DQDY 3AZ5A 4PK0A 2A4TA 4WL6A 1QTDA 1QUOA 2BQDA 3A91A 5L3IA 1B5VA 1P37A 1SSYA 158LA 1L54A 4OWCA 4EPFA 1IC5Y 2ANVA 5FDJA 4D9ZA 206LA 1L02A 3CDTA 1L69A 3ZEKA 3A6BY 1OUIA 1VDTA 217LA 3C7WA 1DYBA 2ZYPA 1L76A 3A67Y 2OTYX 1REZA 1HELA 1LJ4A 2FBBA 1XGPC 4CJ2A 3HTGA 102LA 1UUZC 3E3DA 2W1YA 2I25L 3N9AA 1QSQA 1D9WA 1GHLA 3W3EA 4NGWA 4ARJA 1XJTA 4M4OA 1B2KA 1C66A 4ARMA 2EQLA 1DXJA 1L04A 1LSGA 223LA 232LA 2MEBA 1P5CA 4HPEA 5E9RA 139LA 1PQDA 1GEVA 1GDXA 4DC4A 1SX2A 3CSQA 177LA 1L39A 1W08A 4TUNA 4NY5A 4NGOA 1VAUA 2G4PA 1LZ9A 1JTPL 4NHPA 3WUMA 236LA 2NWDX 2YBLA 1QT3A 1L38A 1HF4A 1VEDA 2FYDA 3EO5A 2CWIA 1L01A 1G0JA 1QTVA 2XTHA 1LMNA 1P64A 1VDPA 3V2WA 155LA 1LMOA 3AZ7A 1L48A 2PC2A 129LA 1W6ZA 4LT0A 3TXGA 4GCDA 4S0WA 2Z2EA 1OUCA 2I6ZA 1LSYA 1IIZA 1B5WA 111LA 2MEGA 4DQJA 1BVXA 2DBTA 4XYYA 3FI7A 1CKHA 1QT6A 1L14A 1GXV2 1RJCB 255LA 1L17A 2HEDA 5LA5A 1L09A 1P7SA 1F6RA 2QB0B 1G7IC 134LA 4ARQB 4I7QA 1D6QA 4W57A 1C6GA 1L65A 1GB9A 1CJ8A 1LZEA 1L31A 3LZMA 164LA 2RBNA 4ET9A 2NTHA 1G7MC 1HFZA 1L15A 2Z6BA 4KT3A 1JWRA 3HU8A 1C6QA 2CUUA 1I6SA 4DD7A 2HU3A 4HJVA 2BQCA 187LA 2LCBA 110LA 4N9RA 1KW5A 4XJFA 3WYHA 4H9BA 5I4XA 2DQEY 4DWXA 1B5YA 1FDLY 4HJZA 1JIYA 1IWZA 1L67A 1L97A 1VFBC 1L58A 1NDGC 4UWNA 2GV0A 1N4FA 3GUNA 4NEBA 2DQIY 2WARA 2F4AA 1C10A 4ZIXA 4IJ4A 1JISA 1LZSA 1GBOA 150LA 4OO9A 1ZURA 122LA 1QT7A 2IFFY 2O7AA 1PZYA 2F2NA 2Q0MX 1IC7Y 226LA 1LYFA 5A3ZA 3A96A 1LZ4A 2LYZA 4J7VA 3AZ6A 3HTDA 5I54A 1GFAA 119LA 2MEAA 1L26A 1HEMA 5IHGA 213LA 229LA 1D0LA 3QY4A 2MECA 2BQKA 2D91A 1KXWA 1L10A 2XJWA 3HDFA 4LDLA 5FSTA 1TEWA 2YBNA 5FEKA 3TMUA 171LA 3P68A 4DKLA 234LA 1L19A 1L36A 2H9KA 2I26L 1G0QA 1C68A 1LSFA 3C83A 1B7OA 228LA 1G0LA 1WTHA 1LHLA 1L89A 3A6CY 8LYZA 4J1AA 4BAPA 3CT5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZWB A;  183L A;  1L49 A;  1B7R A;  1FLQ A;  4IAT A;  3V2Y A;  1TAY A;  1NHE A;  1IO5 A;  1L44 A;  5B59 A;  113L A;  4DDC A;  112L A;  1L0K A;  1C6D A;  3HBD A;  1IP4 A;  1L57 A;  5C6L A;  3G3W A;  1C60 A;  1LMC A;  1WTN A;  4KXI A;  1LZ8 A;  2LC9 A;  3SBA A;  2EIZ C;  2BQN A;  4KL7 A;  1DYF A;  1DZB X;  4YXA C;  4I7R A;  2AUB A;  1GBS A;  1RI8 B;  1ZVY B;  4DAJ A;  1L46 A;  4ZFP A;  4W59 A;  1F6S A;  2Z18 A;  5I53 A;  1KIP C;  1QTH A;  248L A;  1LSB A;  4UWV A;  2XQO A;  1DI4 A;  1LSC A;  1OUE A;  3M3U A;  1L25 A;  1QSB A;  4WG1 A;  1UIA A;  1KXY A;  3OJP A;  167L A;  125L A;  2Z39 A;  1HML A;  4HV2 A;  4ETD A;  2IHL A;  1L73 A;  3N9C A;  1GBZ A;  1GB6 A;  3L64 A;  1LHK A;  1P2C C;  1VAT A;  4MR1 A;  3F6Z A;  1QTK A;  3J6K A;  1HMK A;  1AKI A;  1GDW A;  3B0O A;  1B0D A;  1SSW A;  4B1A A;  1L20 A;  4PPO A;  4NWE A;  4XAD A;  4HP0 A;  1L82 A;  3C8S A;  1OUG A;  2BQL A;  5KY1 A;  3HDE A;  1L07 A;  1YKY X;  5I5Q A;  4G49 A;  3IJV A;  3HT7 A;  5I4Y A;  1GFH A;  2Z37 A;  4I7S A;  1UIF A;  4RLN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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