3HU8A

2-ethoxyphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hu8A00
205LA 3LZMA 155LA 1QUGA 183LA 128LA 1L96A 1NHBA 1L64A 1L99A 3SBAA 4PJZA 1CV3A 1QT6A 226LA 5I14A 2O7AA 114LA 4W59A 3GULA 229LA 3OE9A 2Q9DA 240LA 1L0KA 3HT8A 1L29A 2RBOA 1L40A 1SX2A 4IAPA 192LA 141LA 3NYAA 222LA 1QTVA 1C68A 255LA 1OV7A 4I7OA 257LA 1C6HA 1L0JA 1L38A 3GUJA 2B73A 3K2RA 1L65A 1L59A 3FADA 3DMVA 1KY0A 127LA 2RB2X 161LA 245LA 1SWZA 197LA 130LA 1SSYA 4ARQA 209LA 191LA 1L49A 1CV6A 1L34A 1L97A 1CUPA 1L09A 2OU0X 252LA 1SWYA 1C6BA 220LA 158LA 1L61A 190LA 1D3NA 1L00A 1OWYA 149LA 258LA 2F2QA 2RBSA 3C7ZA 2A4TA 1PQIA 1L19A 7LZMA 1T97A 1L50A 1L76A 3GUKA 1G0QA 1LI3A 2B6WA 1G1VA 3L2XA 1WTHA 1L57A 1G0PA 1XEPA 140LA 3RZEA 3DN3A 4PK0A 1I6SA 1C62A 1P2RA 119LA 1DYCA 3HH5A 1LWKA 3SB9A 1L36A 249LA 1L22A 2RAZX 145LA 111LA 4ARJA 1L95A 4YXAC 233LA 2B6XA 3G3WA 4I7TA 163LA 3HU8A 237LA 104LA 2OU8A 4S0WA 1C6DA 1L37A 147LA 3HH6A 4YX7C 1C65A 1L92A 1G0JA 4EXMA 182LA 200LA 1KW5A 1LGWA 142LA 159LA 1CU0A 1CX7A 4I7QA 253LA 1C61A 225LA 243LA 2RBRA 3G3VA 120LA 1LGXA 1C6CA 4I7NA 4LDEA 1CV0A 4EKPA 196LA 1LYDA 1QTDA 1T8AA 1LWGA 2F47A 2RB1X 1L74A 1LYHA 2B6ZA 1L08A 2QB0B 2L78A 1C6EA 2O4WA 1LI6A 1XJTA 1LLHA 1L12A 4I7KA 3C83A 1P3NA 113LA 2LCBA 1OV5A 4I7JA 2RB0X 195LA 1DYFA 1QUOA 1C6QA 156LA 126LA 3C82A 1L93A 1D3JA 6LZMA 1C63A 4LDOA 1C6LA 3CDVA 2RBPA 3GUNA 3C8RA 1C6AA 1QS5A 177LA 108LA 3C81A 254LA 1K28A 1C64A 1L15A 1L82A 3GUMA 248LA 4W51A 3C8SA 103LA 160LA 1C6TA 3DN6A 1L46A 4W52A 3SB7A 2LZMA 150LA 184LA 1L13A 1L33A 2Z6BA 1L02A 3HTGA 1L98A 4K5YA 172LA 206LA 4DJHA 1QT4A 3CDQA 1L83A 230LA 3NY8A 261LA 2RBNA 3SB5A 1L88A 1L21A 171LA 1L25A 3SBBC 148LE 1C6NA 1C69A 1QT7A 1JQUA 1JTNA 1L23A 4EJ4A 1QTBA 3DN8A 109LA 1L91A 3HH3A 1L06A 2OTZX 1EPYA 4ARQB 1L68A 259LA 1QS9A 3FI5A 3HT9A 1L73A 1L71A 1DYAA 174LA 1C6KA 115LA 1DYDA 1L31A 236LA 239LA 1L66A 3ODUA 4I7MA 3DNAA 3RUNA 2B6TA 1L03A 1PQOA 2OU9A 2RH1A 1DYBA 228LA 1LYFA 2OTYX 125LA 3SN6R 1KNIA 1L56A 242LA 3UONA 1P64A 1CV4A 4I7SA 246LA 178LA 3HTFA 188LA 1QUHA 4DKLA 3F8VA 4W53A 3F9LA 1L44A 2OE4X 218LA 1D2WA 4EKRA 1SSWA 129LA 1SX7A 1DYGA 4ARLA 2CUUA 4GBRB 4W58A 4EPFA 3GUPA 1G07A 2ANXA 4LZMA 2B72A 138LA 2O79A 1L62A 1G0KA 1L84A 1T6HA 122LA 180LA 102LA 1L47A 2HUKA 1PQMA 1P6YA 1CVKA 1QTHA 3DN2A 3HDEA 144LA 1L07A 2B6YA 2OEAX 1L90A 3C7YA 231LA 3C80A 201LA 1L70A 167LA 1PQKA 4AQNA 241LA 5LZMA 3HWLA 110LA 1L45A 4ZPUA 1PQJA 3GUIA 4E97A 170LA 2NTGA 1L87A 1P36A 1L94A 1CU3A 1L27A 1QT8A 168LA 199LA 3D4SA 164LA 4ARMA 112LA 1L48A 213LA 1L05A 1L30A 3DMZA 1L52A 143LA 4EKSA 1C6PA 1QT3A 3DN0A 175LA 166LA 2B75A 1QSQA 1L20A 3FA0A 1L17A 3C8QA 1L41A 1LYGA 1KW7A 1ZWNA 1G06A 1G0MA 1OVKA 1L75A 1C6MA 224LA 176LA 2RAYX 3C7WA 210LA 214LA 4OO9A 1L67A 1L89A 1L63A 1L32A 186LA 1LPYA 2NTHA 3VW7A 1QT5A 3SB8A 1L01A 234LA 1LYJA 1ZYTA 1L04A 1L69A 1LYEA 152LA 1QTCA 2B74A 1T8FA 1LI2A 3L64A 1L42A 1L80A 1L60A 3EMLA 4ARPA 1C6GA 1DYEA 3DKEX 1G0LA 189LA 1D3MA 1C6JA 1L43A 223LA 2IGCA 137LA 1L24A 1P5CA 3HTDA 1L16A 227LA 1CU6A 3G3XA 232LA 1CU5A 1P46A 1XJUA 3HH4A 1QUDA 1TLAA 2OE9X 198LA 4I7PA 1L72A 1LGUA 3CDRA 3SB6A 162LA 1B6IA 4W57A 1L39A 251LA 1L10A 1L35A 1ZURA 3HUKA 238LA 1CUQA 157LA 1JTMA 1L18A 235LA 247LA 3CDOA 1OVJA 1C60A 1L81A 2HUMA 3OE8A 1L28A 2B7XA 1LYIA 3JR6A 1CV5A 221LA 2ANVA 2QARC 1L53A 1CU2A 1L54A 1D3FA 139LA 1PQDA 3HUAA 1L58A 3OE0A 262LA 4YXCA 165LA 1CTWA 1CV1A 1P56A 216LA 1D9WA 4DAJA 2Q9EA 212LA 3HUQA 3GUOA 3HT6A 2B70A 146LA 169LA 185LA 3DMXA 1C66A 1L51A 4W56A 1KS3A 4I7RA 1C6FA 3DN4A 2LC9A 3PBLA 4W54A 3HTBA 3V2YA 2F32A 4EKQA 211LA 4W55A 1LW9A 3OE6A 1L14A 131LA 3HU9A 1L85A 1KY1A 1T8GA 4LDLA 1QSBA 2RBQA 2HULA 215LA 219LA 3HDFA 118LA 1D2YA 250LA 3V2WA 1L55A 1C6IA 1OYUA 151LA 1L26A 1OVHA 1QTZA 173LA 2OE7X 217LA 1OWZA 1L86A 1P37A 1L77A 1L79A 1G1WA 1C67A 123LA 256LA 3CDTA 1P7SA 3NY9A 3HT7A 3PDSA 1G0GA 181LA 244LA 187LA 1CX6A 4EPIA 260LA 107LA 4GRVA 1P2LA 1L11A 3DN1A 3QAKA 4ARMB 4I7LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZMA 1HERA 128LA 1NHBA 4PJZA 3CB7A 1IWWA 3OJPA 2Q9DA 1LZ5A 5LVHA 4B1AA 1TCYA 3HT8A 1GF3A 1L29A 1QIOA 1UIEA 1WQQA 4XJIA 2RBOA 1FLUA 1L40A 4IAPA 141LA 1CKHA 4XYYA 1B5UA 1QDRA 1C6HA 5LAGA 3GUJA 1L38A 3RW8A 1L65A 1L59A 3FADA 3DMVA 1GBXA 3TMVA 1IWTA 3T6UA 4ARQA 2FYCA 209LA 1L97A 1CUPA 1YILA 1L09A 2CDSA 2OU0X 3W6EA 1SWYA 158LA 5KXTA 4IATA 4EOFA 4GLVA 1OWYA 149LA 4WLXA 1OP9B 3D3DA 3C7ZA 1T97A 2FBBA 4HTNA 4NWEA 1RJCB 3DN3A 1LOZA 4HSFA 4WO9A 4PK0A 1GF8A 1C62A 3ATNA 1P2RA 1JUGA 1L36A 4H93A 4J7VA 2HU1A 1LHLA 4XADA 1XGTC 4YXAC 3G3WA 104LA 5F9XA 1L37A 1WQNA 5HQ1A 1WQMA 3A67Y 4YX7C 1G0JA 4EXMA 142LA 4I7QA 1C61A 2RBRA 1GF7A 1EQEA 1QSAA 1GB5A 4ET8A 4I7NA 1JITA 196LA 1LYDA 5LVGA 1T8AA 1F6RA 3W6CA 1LWGA 1LHMA 1B7LA 1IWXA 2RB1X 3WW5A 1TEWA 2B6ZA 2L78A 2O4WA 4LYMA 2Y8PA 1GDXA 4I7JA 1IOQA 1LJ3A 2RB0X 5F14A 1B5YA 2Z37A 1WQPA 156LA 3WVXA 2A7DA 2DQCY 6LZMA 4NGJA 1GE4A 5I4YA 2DQGY 1C6AA 1QS5A 2ZWBA 5LYZA 3A3RX 1L15A 248LA 1LKSA 4WLTA 2DQAA 3ATOA 3DN6A 1LJKA 1RE2A 150LA 4DD1A 1L13A 2F4GA 1BB6A 1HF4A 4WG1A 4NHSA 1GB9A 1QT4A 3CDQA 2XQOA 3WUAA 2GV0A 1L83A 1IVMA 2XJWA 3AGHA 4NSJA 5I4XA 3SB5A 3LYTA 2D4JA 1L88A 2DQHY 4NGWA 4MR1A 1L25A 1WQOA 148LE 1N4FA 2MEEA 1OUAA 1JQUA 2DQJY 1GB0A 1JTNA 4EJ4A 1HNLA 109LA 4LFPA 2OTZX 2BQIA 5C6IA 1QS9A 3HT9A 1L71A 1DYAA 1C6KA 4KL7A 1L31A 4I7MA 2B6TA 2RH1A 1PQOA 1JPOA 2BLYA 2OU9A 4WG7A 2OTYX 4DD0A 1LYSA 4Z46A 4LYBA 4I7SA 3HTFA 4A7DA 3CT0A 2EKSC 1LZ8A 4W53A 4YENA 2D6BA 1GAYA 1L44A 1D2WA 1DYGA 2MEIA 2LYOA 2ANXA 1TAYA 1CNSA 138LA 2O79A 2BQOA 1LMAA 5B06A 122LA 102LA 1WVUA 1PQMA 1P6YA 4GCCA 3DN2A 2B6YA 5C6JA 2X0AA 1L70A 5DN4A 1ZVHL 1JTTL 241LA 3HWLA 5K7OA 1I1ZA 4ZPUA 4E97A 1EQ4A 3MGWA 4UWNA 4IJ4A 1ALCA 4H9FA 1L87A 4BADA 208LA 1P36A 1GDWA 2IFFY 3WUMA 1GB3A 4ETEA 1NWGA 1L30A 143LA 2H9JA 1QT3A 3DN0A 1E8LA 1G7IC 1GB8A 1LMNA 166LA 2CWIA 3W6AA 3WVYA 5LIOA 3FA0A 1BB7A 1ZWNA 6LYTA 1G06A 210LA 214LA 1VDQA 3AW7A 2NTHA 3VW7A 3SB8A 234LA 1LYJA 1L04A 4XJDA 1JKAA 4E3UA 1L80A 3LN2A 5B05A 4W96A 3FI7A 4NHIA 1WTNA 1LSBA 2Z38A 1C6JA 2IGCA 1MLCE 1P5CA 4H91A 1CU5A 1B5VA 1D0LA 1BWHA 1L72A 1LGUA 3CDRA 4PGJB 4NGKA 5HNLA 1ZURA 4GCFA 1CUQA 157LA 235LA 1NBYC 1QSWA 3CDOA 1L81A 153LA 1HFZA 3TXJA 1XGQC 1AT6A 3ZEKA 4NHQA 221LA 2ANVA 2QARC 1J1OY 1L53A 1B2KA 1CU2A 1HC0A 4TX7A 4WO6A 4NIJA 1VDPA 1P56A 4HPEA 1GE1A 1IIZA 212LA 1GFTA 169LA 2Z18A 1ZV5L 5HMJA 2YBJA 4H9HA 5L3HA 3DN4A 1O23A 4W54A 3V2YA 1YKZX 1LMTA 4NFVA 5E4PA 4LYOA 1B7QA 1XGUC 5A3ZA 1LJGA 3HDFA 4B49A 1D2YA 1NQIA 4G9SA 250LA 4NSHA 1L26A 3N9EA 1BWIA 3A3QA 3HT7A 1G0GA 2BAAA 1XEKA 4J1AA 2BPUA 1P2LA 3DN1A 4R0FA 4C3WA 4ETAA 3E3DA 1L99A 1L64A 1QT6A 5I14A 2O7AA 1AT5A 1FLYA 2ZIKA 240LA 1L0KA 4RLMA 4N0JA 4G4CA 3NYAA 4N1CC 1JJ3A 255LA 4I7OA 257LA 5D5FA 3K2RA 127LA 2RB2X 161LA 1SWZA 1IC4Y 4MSTA 5LA8A 1SSYA 191LA 1GXV2 252LA 4OOTA 1C6BA 4DQ7A 1D6QA 6LYZA 4GN4A 1L61A 4U3XB 3A91A 1L00A 1UC0A 2F2QA 2ZYPA 1L19A 3GUKA 1TBYA 2B6WA 3L2XA 1LZ4A 1IP6A 1XEPA 4B4JA 2W1MA 1JWRA 4LYZA 1VAUA 4WLYA 1LWKA 249LA 4I0CA 145LA 111LA 2DQFC 1B7RA 1MELL 1YROA 2HEEA 2HU3A 163LA 3HU8A 2OU8A 2HEFA 3HH6A 3TXFA 1QQYA 5B1FA 4B4EA 4UWUA 1CX7A 225LA 1IWYA 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135LA 1L48A 2YDGA 213LA 1H87A 5EBHA 4NSIA 2XBRA 2WARA 2YVBA 1GXXA 3C8QA 1LYGA 1GFGA 1G0MA 4PPOA 3AZ6A 224LA 176LA 5DM9A 5F16A 1INUA 2Z2EA 4OO9A 5KXRA 2Z39A 1L63A 4XN6A 1LPYA 2BQNA 1IWVA 1L01A 1LSNA 1LYEA 1HEWA 4WM2A 1L42A 3GXKA 1L60A 4LYCA 1G7LC 3DKEX 5FELA 5FEKA 4C5FA 137LA 3HTDA 4M4OA 5B1GA 2ZILA 1TLAA 2OE9X 3SB6A 2A7FA 4G4HA 3W6DA 1L10A 1B7MA 2I25L 4DWXA 238LA 4PRUA 247LA 3N9AA 1C60A 3JR6A 5APFA 1NDGC 1YIKA 4WLDA 1UUZC 262LA 2NWDX 1DPWA 3WU7A 4YXCA 1CTWA 4PRQA 1CV1A 4HV1A 2VB1A 5IDDA 2B70A 1QDTA 146LA 1LJIA 1KXXA 4I7RA 1GFRA 2LC9A 4ML7A 3PBLA 1IX0A 211LA 1LW9A 3A6BY 1L14A 1LHJA 3HU9A 3HFMY 1C08C 1KY1A 1T8GA 2DBTA 5FCPA 2RBQA 5LINA 215LA 132LA 219LA 4XENA 1C6IA 3TXDA 1KIQC 2W1YA 173LA 1JJ1A 4ZIXA 4CJ2A 1P37A 4NHPA 2FBDA 4II8A 1LHKA 3PDSA 1P7SA 3AJNA 181LA 4DDBA 4HJVA 4BAFA 1UIFA 187LA 260LA 1GEVA 155LA 2YBHA 5KXLA 183LA 1UICA 2F30A 3SBAA 1CJ7A 2LHMA 4ETCA 1LSFA 3GULA 4LT2A 229LA 3OE9A 1BHZA 1LZ6A 1NKHA 1SX2A 192LA 5C6LA 1QTVA 1C68A 1OV7A 4TWSA 1L0JA 2B73A 3A34A 1FKVA 4PJ2C 5KXYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LZM A;  1HER A;  128L A;  1NHB A;  4PJZ A;  3CB7 A;  1IWW A;  3OJP A;  2Q9D A;  1LZ5 A;  5LVH A;  4B1A A;  1TCY A;  3HT8 A;  1GF3 A;  1L29 A;  1QIO A;  1UIE A;  1WQQ A;  4XJI A;  2RBO A;  1FLU A;  1L40 A;  4IAP A;  141L A;  1CKH A;  4XYY A;  1B5U A;  1QDR A;  1C6H A;  5LAG A;  3GUJ A;  1L38 A;  3RW8 A;  1L65 A;  1L59 A;  3FAD A;  3DMV A;  1GBX A;  3TMV A;  1IWT A;  3T6U A;  4ARQ A;  2FYC A;  209L A;  1L97 A;  1CUP A;  1YIL A;  1L09 A;  2CDS A;  2OU0 X;  3W6E A;  1SWY A;  158L A;  5KXT A;  4IAT A;  4EOF A;  4GLV A;  1OWY A;  149L A;  4WLX A;  1OP9 B;  3D3D A;  3C7Z A;  1T97 A;  2FBB A;  4HTN A;  4NWE A;  1RJC B;  3DN3 A;  1LOZ A;  4HSF A;  4WO9 A;  4PK0 A;  1GF8 A;  1C62 A;  3ATN A;  1P2R A;  1JUG A;  1L36 A;  4H93 A;  4J7V A;  2HU1 A;  1LHL A;  4XAD A;  1XGT C;  4YXA C;  3G3W A;  104L A;  5F9X A;  1L37 A;  1WQN A;  5HQ1 A;  1WQM A;  3A67 Y;  4YX7 C;  1G0J A;  4EXM A;  142L A;  4I7Q A;  1C61 A;  2RBR A;  1GF7 A;  1EQE A;  1QSA A;  1GB5 A;  4ET8 A;  4I7N A;  1JIT A;  196L A;  1LYD A;  5LVG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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