3HU9A

Nitrosobenzene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hu9A00
1OVJA 1LYHA 3HT9A 3GUPA 1L31A 3SBAA 221LA 3ODUA 1LGWA 1G0JA 2B72A 4I7SA 1LYFA 3NY9A 3HTBA 1T8AA 1L23A 1P64A 3HTGA 1L56A 4GBRB 4ARMA 4I7KA 1C6HA 1CV3A 1L67A 201LA 2OE4X 3RZEA 1C60A 212LA 1P37A 4W57A 1L61A 1QUHA 1LGUA 1L05A 2B6ZA 3PDSA 123LA 238LA 1L52A 1LI2A 223LA 2B6WA 1LWKA 3DN4A 3NYAA 171LA 1L86A 128LA 3CDQA 5I14A 2RBPA 1QT8A 114LA 260LA 2Q9EA 4I7TA 4EKRA 155LA 3DN3A 1P56A 3C80A 3DN2A 4K5YA 1L25A 4I7RA 218LA 184LA 2QB0B 1P2LA 1D3MA 3L64A 1PQJA 3CDTA 1KS3A 2LC9A 2B73A 113LA 1WTHA 185LA 1C6GA 1L55A 4W56A 3SB6A 3F8VA 3D4SA 4GRVA 1L97A 1QT6A 2HUMA 1L45A 1L70A 2NTHA 1C6CA 2LCBA 3GUNA 2L78A 1C6KA 1C64A 1D3NA 1L37A 1C6LA 2RBNA 109LA 1LI6A 1CX7A 3NY8A 1P36A 1L51A 1L29A 3HTDA 1CV1A 115LA 1C6IA 4I7MA 1L68A 1SSYA 1G0GA 162LA 3HH5A 256LA 198LA 1L59A 3SN6R 1ZYTA 3GULA 3SB8A 1C61A 1CV5A 1L12A 103LA 3GUOA 1QTVA 4I7QA 1XEPA 1L40A 143LA 1L43A 224LA 1L30A 7LZMA 3HH4A 1CV0A 181LA 108LA 1JTMA 139LA 1QSBA 4ARQB 244LA 1L21A 253LA 1LYJA 3OE6A 1CU3A 3GUJA 177LA 1KW5A 1QTZA 250LA 1G1WA 247LA 3DMXA 1ZWNA 2RBRA 4YXCA 1L63A 1L07A 1L83A 2OE9X 1T97A 1L42A 1L92A 147LA 4OO9A 3VW7A 1L02A 151LA 3V2WA 3HU9A 1QUGA 1L33A 1L47A 3DN8A 3DMVA 1L08A 1L99A 1P3NA 1L13A 1P5CA 1LLHA 1L95A 2B6TA 3C8SA 1L0JA 3C82A 4EKSA 107LA 188LA 1L77A 156LA 1QUDA 1L94A 3C83A 1KNIA 3RUNA 2O79A 1L24A 197LA 3V2YA 1L06A 3HWLA 1L72A 227LA 248LA 1L82A 1DYBA 1DYFA 3PBLA 1L26A 1LYIA 1XJUA 1L53A 3CDRA 1C6DA 1L65A 1CU2A 257LA 119LA 158LA 1OWZA 141LA 2HUKA 1C6MA 206LA 192LA 1SSWA 4W58A 3DN1A 1L10A 1L49A 3FADA 2RBSA 4W54A 1L41A 1L91A 1QUOA 1T6HA 3HUKA 1L54A 4E97A 1CV4A 2O7AA 1PQIA 2RH1A 1L89A 3DMZA 1L01A 4ARLA 146LA 1LYDA 1OV5A 2OTZX 4ARPA 169LA 229LA 1DYAA 1L96A 1TLAA 1L46A 1C62A 4EKPA 168LA 1QT7A 258LA 4EKQA 1CVKA 118LA 254LA 2ANVA 1L76A 1QTCA 174LA 104LA 1C65A 1L35A 1LI3A 235LA 3CDVA 1OYUA 1L58A 1CX6A 2OU9A 102LA 261LA 1QSQA 1L22A 220LA 1NHBA 3HT8A 200LA 161LA 4ZPUA 4S0WA 166LA 1L03A 3HH6A 2F32A 1KY0A 230LA 122LA 186LA 4EJ4A 195LA 1C63A 219LA 4ARJA 1DYDA 1L38A 3C7WA 3C7YA 1D3FA 3CDOA 255LA 1CV6A 3F9LA 3G3XA 1JQUA 2RB0X 4LDLA 3C8RA 1L87A 1L69A 3UONA 3G3WA 4I7NA 1CUPA 1D3JA 173LA 1DYCA 160LA 1L18A 1L75A 3DN0A 2B74A 1C67A 1L44A 217LA 1C6AA 1L17A 4DAJA 1PQDA 4DKLA 1L93A 4LDOA 191LA 4ARMB 252LA 2ANXA 2OTYX 2F2QA 2A4TA 1C6BA 2B70A 126LA 1JTNA 148LE 1L81A 214LA 1L85A 129LA 1C6PA 1L79A 249LA 3FI5A 2F47A 233LA 2RBQA 3SB9A 1L74A 1L09A 1KY1A 3SBBC 1L48A 1C69A 1ZURA 1L0KA 1L50A 1QS9A 2OU0X 199LA 4LDEA 2HULA 130LA 1OV7A 1D9WA 1LWGA 140LA 157LA 1I6SA 1KW7A 1EPYA 1G0PA 4DJHA 125LA 2RB2X 4EXMA 232LA 4ARQA 2NTGA 1L98A 2LZMA 4PK0A 4W52A 4EPIA 1C6QA 4I7OA 1QTHA 209LA 1L32A 1SX2A 152LA 3FA0A 2OEAX 144LA 3SB5A 138LA 3C81A 2IGCA 4W55A 236LA 242LA 1PQMA 172LA 187LA 1L66A 142LA 1L71A 246LA 1L84A 4W53A 164LA 176LA 2Q9DA 2RAYX 1OVHA 1T8GA 163LA 2B6XA 1C68A 1L28A 110LA 1C6JA 180LA 1DYGA 1SX7A 120LA 1QS5A 3GUMA 1L11A 1L60A 213LA 4W51A 3HDEA 4W59A 2CUUA 1L00A 259LA 1L20A 1QT5A 165LA 3OE9A 178LA 1LYEA 3DKEX 2QARC 1SWYA 1L73A 4I7PA 3OE0A 210LA 228LA 1C6FA 189LA 3OE8A 237LA 1LW9A 239LA 1L04A 150LA 4YX7C 1QT3A 205LA 1L64A 1QTBA 2OE7X 3HT6A 4EPFA 1XJTA 3HT7A 3HDFA 1L36A 243LA 1DYEA 240LA 1L57A 1LPYA 2B75A 3C7ZA 3HUAA 1P2RA 1PQKA 1OWYA 3DN6A 215LA 1D2WA 1SWZA 4YXAC 211LA 1L15A 3SB7A 3HU8A 112LA 1G07A 1LYGA 225LA 1G06A 131LA 196LA 251LA 234LA 1CU5A 3GUKA 1D2YA 226LA 1G1VA 262LA 4IAPA 1T8FA 127LA 3G3VA 3K2RA 1L39A 1OVKA 3LZMA 159LA 4AQNA 1P46A 1G0LA 3EMLA 3GUIA 3HTFA 1L14A 1G0QA 182LA 1C6NA 2O4WA 1LGXA 1L19A 1QT4A 222LA 2Z6BA 1L34A 1QTDA 4I7LA 1CU6A 1L16A 1L80A 6LZMA 1P7SA 4LZMA 190LA 175LA 149LA 1C6TA 170LA 231LA 4PJZA 5LZMA 111LA 1G0KA 3HUQA 241LA 145LA 1PQOA 2RAZX 1L88A 2RB1X 1G0MA 3HH3A 2B6YA 3QAKA 2OU8A 1L90A 1B6IA 3DNAA 216LA 2B7XA 1CTWA 3JR6A 1P6YA 1C66A 1C6EA 1CU0A 1K28A 137LA 167LA 3L2XA 1L27A 4I7JA 1CUQA 245LA 3C8QA 183LA 2RBOA 1L62A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GUPA 3ODUA 1RCMA 5E4PA 1JIYA 2X0AA 1N4FA 5D5CA 3ULRA 2ZIKA 5FELA 4WLXA 4I7KA 1CV3A 201LA 2OE4X 1RE2A 1LZGA 4GLVA 1YAQA 1LZRA 2CDSA 1LGUA 2BQEA 5F9UA 223LA 1QUTA 2BQMA 1LYOA 1L86A 3CDQA 4WO9A 4LFXA 1QT8A 2DBTA 4I7TA 3LZTA 4XADA 1UIEA 1BWJA 184LA 2MEGA 1LHKA 1XEIA 1B5XA 2LC9A 3D3DA 1VDPA 2FBBA 1HFZA 5B59A 2HEFA 4W56A 4GRVA 1OUIA 1JEFA 2NTHA 1C6KA 4ETEA 109LA 3M3UA 1WQQA 3HTDA 4ZIXA 1C6IA 1NQIA 3D9AC 1G0GA 3HH5A 256LA 1GWDA 5LYMA 1L59A 1J1OY 1GBZA 1ZYTA 4MSTA 3GUOA 1XEPA 1CJ6A 1L40A 5HNCA 1B5ZA 4DD3A 3HH4A 2BQLA 1T6VL 3A34A 3A95A 1LYZA 1OUGA 1LYJA 5LA5A 1IP7A 3GUJA 3WU8A 3DMXA 1IP6A 1YIKA 1JSFA 1T97A 1UBZA 1FBIX 3VW7A 151LA 1D6PA 1J1PY 3TXDA 1CKFA 1GFEA 1L0JA 3C82A 4OWCA 4EKSA 4CHXA 188LA 1XSFA 4N0JA 1JKAA 3C83A 4IATA 3ZVQB 1L06A 3HWLA 1L72A 227LA 2W1XA 1DYFA 1L26A 1IWWA 1I20A 3CDRA 3P68A 2A7DA 1LSYA 2HUKA 206LA 192LA 1SSWA 4W58A 1HEMA 2BPUA 1L10A 4NY5A 1HEOA 3TXBA 1L91A 3HUKA 1OQMA 1LHJA 2YBHA 1CV4A 4HJYA 1PQIA 1L89A 1MLCE 1UC0A 1L01A 1LYDA 2D91A 1OV5A 169LA 4J1AA 1L96A 1TLAA 1L46A 5DLAA 4BAPA 1G7IC 4KT3A 1VDTA 1CVKA 254LA 4NHPA 4PJ2C 5F81A 3TMUA 1WQRA 235LA 1OYUA 1IIZA 3AZ4A 3CSRA 4RDSA 2DQFC 3HT8A 1YANA 4ZPUA 5HMJA 1W6ZA 230LA 5LXWA 1C63A 4KPMA 1GB6A 219LA 2ZWBA 1DYDA 4ARJA 3HFMY 2BQAA 1D3FA 2ZYCA 3CDOA 1HFYA 3N9CA 1LOZA 1XFPL 2XBSA 3QY4A 3WVXA 3W6BA 4I7NA 1D3JA 173LA 1F0WA 1L44A 3WU7A 1L17A 1FLWA 1GPQC 191LA 2HEDA 4G4BA 2ANXA 2OTYX 1HSXA 2A4TA 4WG1A 4ZFPA 148LE 1BVXA 1KIPC 214LA 1C6PA 2HU3A 4H94A 3FI5A 4C5FA 3AZ5A 2F47A 3AW6A 1C69A 1QIOA 1ZURA 1NBZC 1QQYA 1L50A 1IP4A 1LSDA 5KXMA 4QDNA 1GFVA 3EBAB 1EPYA 4EXMA 232LA 1JTPL 5L3HA 1L98A 4PK0A 5KXKA 4H9CA 4BADA 4I7OA 209LA 5DL9A 3P4ZA 5E9RA 3VWOA 1NWGA 1F10A 4GN5C 132LA 3C81A 4W55A 1HF4A 1L66A 142LA 2Q9DA 4LYMA 163LA 2WARA 5LVHA 4DQ5A 1LMCA 1LZ9A 1L11A 1L60A 4NGIA 5AMYA 4W59A 259LA 165LA 2QARC 2MECA 1GE4A 1CKDA 2LYOA 228LA 3OE8A 4J1BA 1LW9A 1YAPA 5B1GA 150LA 5B07A 1XGPC 1L64A 3HBHA 3HT6A 5LA8A 2D4JA 3HDFA 1L36A 240LA 3WXTA 1L57A 3GXKA 215LA 1B7SA 4YXAC 3CT1A 4TUNA 234LA 3TXKA 131LA 3WVYA 1CU5A 1GF9A 3AJNA 5APFA 4H8YA 1G1VA 1QTEA 1Z55A 1GF5A 1GB8A 3G3VA 1GF6A 1SQ2L 3K2RA 5KJ9A 1HFXA 5IDDA 1EQEA 3LZMA 3GUIA 1L14A 5I4YA 3TMXA 4B0DA 1G0QA 182LA 2O4WA 222LA 4H8XA 4FDYA 2LHMA 6LZMA 1I56A 1P7SA 4LZMA 1C6TA 170LA 4Z41A 1G0KA 1HMKA 1HEQA 241LA 5HNLA 2RAZX 1L88A 1LTMA 3QAKA 4HPEA 4LT0A 1ZMYL 2FYCA 3B0KA 1P6YA 167LA 5KXNA 3WL2A 5KXPA 2RBOA 1OVJA 4TX7A 3SBAA 221LA 1LGWA 1G0JA 1G7MC 3HTBA 3TXHA 4N9RA 1H87A 193LA 1L56A 2Z19A 1LSPA 1DXJA 1JSEA 4ARMA 5LVJA 3RZEA 212LA 1L61A 3TMWA 4ETBA 1LI2A 4TTDA 3T36A 4EOFA 4NGLA 1GF3A 1B7QA 1LZYA 1B7OA 1DKKA 5I14A 1B7LA 2RBPA 1GE1A 4EKRA 4NGYA 3DN3A 1P56A 2H5ZA 4UWNA 4I7RA 5F9XA 4H9IA 1P2LA 1D3MA 1GBSA 1GF4A 4BS7A 1VAUA 2BQJA 1C6GA 1G7HC 1BWHA 1LPIA 2F2NA 4G4HA 3SB6A 1UUZC 1LZTA 4NGVA 1L70A 1IP1A 4DDBA 1NDMC 2LCBA 4DYGA 4WOAA 3GUNA 2L78A 1HC0A 1B5YA 2EIZC 1O23A 208LA 3NY8A 1GDXA 2ZNXY 1HENA 1L29A 1L51A 3WUAA 3TXJA 3B0OA 1B9OA 2DQHY 4I7MA 4WL6A 5IELA 1B0DA 4HTKA 3N9AA 4E3UA 3TXGA 3SN6R 3GULA 2MEEA 4DDCA 1CV5A 2I26L 1L43A 1L30A 1CKHA 4PHIA 1LMOA 1CV0A 108LA 4HV1A 1WVVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GUP A;  3ODU A;  1RCM A;  5E4P A;  1JIY A;  2X0A A;  1N4F A;  5D5C A;  3ULR A;  2ZIK A;  5FEL A;  4WLX A;  4I7K A;  1CV3 A;  201L A;  2OE4 X;  1RE2 A;  1LZG A;  4GLV A;  1YAQ A;  1LZR A;  2CDS A;  1LGU A;  2BQE A;  5F9U A;  223L A;  1QUT A;  2BQM A;  1LYO A;  1L86 A;  3CDQ A;  4WO9 A;  4LFX A;  1QT8 A;  2DBT A;  4I7T A;  3LZT A;  4XAD A;  1UIE A;  1BWJ A;  184L A;  2MEG A;  1LHK A;  1XEI A;  1B5X A;  2LC9 A;  3D3D A;  1VDP A;  2FBB A;  1HFZ A;  5B59 A;  2HEF A;  4W56 A;  4GRV A;  1OUI A;  1JEF A;  2NTH A;  1C6K A;  4ETE A;  109L A;  3M3U A;  1WQQ A;  3HTD A;  4ZIX A;  1C6I A;  1NQI A;  3D9A C;  1G0G A;  3HH5 A;  256L A;  1GWD A;  5LYM A;  1L59 A;  1J1O Y;  1GBZ A;  1ZYT A;  4MST A;  3GUO A;  1XEP A;  1CJ6 A;  1L40 A;  5HNC A;  1B5Z A;  4DD3 A;  3HH4 A;  2BQL A;  1T6V L;  3A34 A;  3A95 A;  1LYZ A;  1OUG A;  1LYJ A;  5LA5 A;  1IP7 A;  3GUJ A;  3WU8 A;  3DMX A;  1IP6 A;  1YIK A;  1JSF A;  1T97 A;  1UBZ A;  1FBI X;  3VW7 A;  151L A;  1D6P A;  1J1P Y;  3TXD A;  1CKF A;  1GFE A;  1L0J A;  3C82 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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