3HUAA

4,5,6,7-tetrahydroindole in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3huaA00
1L79A 1KW5A 3HH6A 3SB5A 156LA 3OE6A 4ZPUA 3GUKA 1L76A 2OU9A 218LA 4GBRB 1L30A 1C6GA 1L85A 1L50A 171LA 185LA 1L00A 3L64A 4EKQA 3HDEA 2OE4X 158LA 5I14A 166LA 1C6IA 1C6FA 1DYCA 1QSQA 120LA 1L44A 2RBRA 3GUOA 228LA 4I7JA 186LA 2O4WA 3DNAA 1L52A 103LA 1L25A 1QUHA 1OVKA 128LA 151LA 3HDFA 2RH1A 1L04A 2OE9X 4IAPA 1SX2A 2L78A 3CDOA 1C61A 241LA 3QAKA 4I7PA 3CDQA 232LA 1L54A 1L94A 1CV0A 1L63A 251LA 1QT7A 1LYJA 3HH4A 102LA 1L89A 2RAZX 3DN4A 2RB1X 1C6HA 1LI6A 4W51A 1C6MA 210LA 1CV4A 2B6TA 1QUOA 3SN6R 1L82A 4EJ4A 1CV5A 5LZMA 1L59A 177LA 1T6HA 1L23A 1QT4A 144LA 145LA 3C81A 1L05A 4EKPA 3DN2A 1L49A 1L99A 1QS9A 1JTNA 4ARPA 1C6BA 1L22A 140LA 1DYDA 1L66A 1QT3A 227LA 1OWYA 104LA 1L75A 187LA 1L86A 3SB9A 2HUKA 3LZMA 162LA 1L31A 216LA 1CX7A 233LA 1L71A 1T8AA 242LA 2Q9EA 4W55A 1P3NA 1C6JA 188LA 226LA 4ARMB 217LA 147LA 260LA 3C8RA 2HULA 3HU9A 1G0PA 247LA 1C60A 1L32A 1L09A 1PQIA 2B73A 1L34A 157LA 1LI3A 1D3FA 1CTWA 1L12A 1C6KA 3HU8A 3HT8A 1L88A 191LA 1L24A 2B7XA 3CDTA 1L41A 2RB2X 255LA 1DYEA 1G1VA 183LA 4EPIA 3CDRA 143LA 1WTHA 1L95A 1L81A 1NHBA 3C83A 1C65A 1DYBA 4W52A 2OTZX 3C7WA 1OYUA 1P56A 1L91A 3RUNA 3SBAA 189LA 1OWZA 1G0GA 1L37A 163LA 2OU0X 3DN0A 4W57A 3G3WA 1D3JA 1PQDA 2RBPA 3DMVA 1L51A 1PQJA 175LA 229LA 3GULA 110LA 4I7NA 3DN1A 3G3VA 3UONA 4I7KA 1LYDA 1P64A 1L57A 4PK0A 1SX7A 3DKEX 184LA 3DN6A 2B70A 1L98A 1LYIA 3D4SA 221LA 2RBNA 1L20A 1LYEA 152LA 138LA 1L06A 3DN8A 3GUIA 1L36A 3DMZA 3V2WA 1KW7A 1L80A 149LA 131LA 230LA 1LWGA 4ARQA 150LA 1OVJA 4EPFA 1L17A 1G1WA 1C67A 196LA 1SWZA 109LA 1C62A 127LA 259LA 222LA 256LA 1CUQA 159LA 122LA 1L01A 1LW9A 2B74A 172LA 3HTBA 1C6PA 1L74A 2ANVA 4LDOA 1L87A 209LA 114LA 3HTGA 1L19A 1TLAA 2B6WA 2B75A 234LA 3HUKA 2RBOA 4W56A 1C69A 1KY1A 4I7OA 3HT6A 213LA 1L96A 223LA 2B6YA 1P7SA 1CVKA 2O79A 2Q9DA 1T97A 1C68A 2LC9A 3C8SA 243LA 1L0JA 1QTCA 1L58A 1C6CA 4ARJA 1ZWNA 1QUDA 1CV3A 1LGXA 4I7MA 1DYGA 2B6XA 1L07A 3GUMA 1L73A 1L18A 2CUUA 2A4TA 2NTHA 237LA 2B72A 254LA 118LA 139LA 1P36A 4OO9A 1XJTA 1XEPA 1CU5A 2RBQA 2QARC 4DAJA 190LA 4YXAC 1C64A 3DN3A 107LA 1L56A 1L65A 167LA 2ANXA 3C8QA 4AQNA 7LZMA 3RZEA 3NYAA 231LA 4S0WA 4LDLA 1L72A 3SB7A 148LE 2OEAX 212LA 4EXMA 1L53A 1D2WA 1QTZA 201LA 125LA 3OE9A 249LA 4W58A 3C82A 2RB0X 1L60A 4I7TA 161LA 2NTGA 1LWKA 180LA 3V2YA 1L38A 1G07A 1LPYA 4ARQB 1SWYA 1L47A 3HH3A 1P46A 146LA 1L26A 4GRVA 1L16A 1JQUA 2OE7X 1L08A 1L15A 3NY8A 199LA 197LA 1G0JA 1LI2A 1L28A 211LA 2RBSA 1L67A 3GUNA 224LA 1LYGA 1QUGA 1L02A 1QS5A 1G0QA 1L29A 3CDVA 1CU0A 4YX7C 1L42A 1D3MA 3FA0A 1L55A 3EMLA 1L33A 3HH5A 1ZYTA 155LA 3PDSA 250LA 1CV6A 1D2YA 164LA 1L68A 4DJHA 1LYHA 1P6YA 1CU6A 4I7SA 1JTMA 3OE8A 2OU8A 4I7RA 1L40A 1L48A 1QSBA 1PQOA 1OV5A 3VW7A 214LA 2LCBA 1OV7A 3HT7A 3HWLA 142LA 4K5YA 4I7LA 1C66A 1PQMA 1L14A 4W54A 169LA 236LA 1G06A 1L21A 220LA 1L61A 1OVHA 206LA 262LA 1C63A 168LA 1L83A 129LA 257LA 3C7ZA 1L93A 1C6AA 3SB8A 3HTDA 2LZMA 3FADA 219LA 4YXCA 239LA 1T8FA 2F47A 3K2RA 225LA 1DYFA 2F2QA 170LA 1DYAA 1L62A 111LA 4W59A 215LA 113LA 176LA 1L69A 1D3NA 1KNIA 1KY0A 1D9WA 3HT9A 3DMXA 2Z6BA 3PBLA 1L03A 3HUQA 3F9LA 192LA 3C80A 2QB0B 4ARLA 2RAYX 1T8GA 141LA 1QTVA 1K28A 1CX6A 3GUPA 1CU2A 1CUPA 1EPYA 1L43A 1L77A 235LA 112LA 1L46A 4EKSA 174LA 246LA 1L13A 1QT5A 1C6TA 3FI5A 3SBBC 3C7YA 182LA 1LGUA 123LA 3OE0A 4LDEA 119LA 240LA 1L35A 2F32A 4LZMA 126LA 2HUMA 245LA 4EKRA 253LA 3NY9A 1PQKA 3JR6A 1SSYA 3HTFA 1QTDA 1L70A 1L45A 195LA 1P2LA 4W53A 1P2RA 1L84A 261LA 1LYFA 108LA 1L39A 1G0KA 1L11A 1QTBA 1L27A 2OTYX 1SSWA 173LA 2O7AA 200LA 1G0LA 115LA 4DKLA 244LA 1G0MA 4I7QA 181LA 1L90A 1QTHA 1KS3A 160LA 3HUAA 1L0KA 3SB6A 178LA 1CV1A 1C6DA 1P5CA 130LA 1I6SA 3L2XA 137LA 1L64A 205LA 1P37A 4PJZA 2IGCA 3GUJA 1ZURA 1QT8A 6LZMA 238LA 1L10A 252LA 1B6IA 4E97A 3F8VA 1C6NA 1C6LA 1L92A 1LLHA 1C6QA 198LA 165LA 2B6ZA 3ODUA 4ARMA 1L97A 258LA 1CU3A 3G3XA 1C6EA 1QT6A 1LGWA 248LA 1XJUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQEY 1IP5A 1JTTL 3LYZA 3B0IA 1NQIA 1L50A 4XJGA 158LA 4L41A 5I14A 4WMGA 1C6FA 2WARA 1LSYA 120LA 1CJ7A 3W6AA 4H9CA 4I0CA 1L52A 3WVYA 1GEZA 4IAPA 1C61A 4CJ2A 1GBXA 4H92A 3A95A 3QAKA 4WM3A 5L9JA 232LA 3M3UA 1GHLA 251LA 3HH4A 4H9EA 1G7LC 2RAZX 2GV0A 1REMA 1B7OA 4W51A 1CV4A 4ETAA 1GFAA 1REZA 1IWTA 1T6HA 144LA 145LA 1LJFA 1L05A 4N1EI 1HHLA 1JTNA 1B7MA 1C6BA 1VDPA 1L22A 1QT3A 1L66A 1YKYX 1CNSA 3EO5A 1ZVHL 1GE2A 5LINA 3LZMA 4ETCA 1B7LA 2Z19A 4W55A 5APFA 4ET9A 5HMVA 1JJ1A 3WXUA 3C8RA 3HU9A 4RW2A 1G0PA 4LT0A 3A93A 1QSAA 1PQIA 1BVXA 5II3A 4XENA 1L41A 2RB2X 4N0JA 255LA 2ZNWY 1GF4A 5KKIA 5KXOA 183LA 3C83A 1C65A 4WO9A 1EQ4A 1KXXA 3A91A 1LJNA 3RUNA 3SBAA 1YAPA 2EQLA 4GLVA 1IOCA 1L51A 3WW6A 1TEWA 1IX0A 4AXTA 1B7SA 1SX7A 1WQRA 3DKEX 1IR7A 3D4SA 1QUSA 2RBNA 4HTNA 3N9EA 1LZBA 1NDMC 4NGIA 1LWGA 4YM8A 1D0LA 5LVJA 1NKHA 208LA 1YKXX 4DD7A 196LA 109LA 222LA 3LYMA 4LFXA 4RLNA 1L19A 1GFJA 1GAZA 2DQGY 2B6WA 4MCKA 1LMAA 3WL2A 3TXBA 1L96A 223LA 1C45A 4B0DA 1LMNA 1LZNA 3F6ZA 1L0JA 1QTCA 1L58A 4ARJA 2ZYPA 2W1YA 3AJNA 1DI4A 4I7MA 1L07A 2CUUA 2A4TA 2B72A 4NY5A 254LA 4YOPA 1XEPA 2BAAA 2QARC 107LA 1L65A 2LYOA 3CSQA 4GLAA 1BWIA 7LZMA 3RZEA 3NYAA 1FBIX 1OUFA 1DXJA 2HTXA 1UIAA 1XEJA 148LE 1L53A 1IP3A 5LA5A 4NWEA 4LT1A 5F16A 3B72A 1OUEA 3ZVQB 1KXWA 2HU1A 4MR1A 5LAGA 4I7TA 2D4JA 2NTGA 1HENA 3V2YA 1WVVA 4QEQA 1SWYA 1D6PA 146LA 1IP1A 1LSBA 1D0MA 1LZ4A 4PRUA 4DQ7A 1GB0A 1TBYA 2Z18A 1L28A 1LSMA 211LA 3M18B 2FBDA 4E3UA 1QDRA 3GUNA 1QUGA 1B7PA 4J7VA 3EMLA 1L33A 2DQFC 3PDSA 164LA 3A96A 5DN5A 1LHHA 1I1ZA 2ZWBA 1UIDA 4QY9A 1JTMA 4WOAA 3OE8A 1IORA 4B4IA 1HFXA 1YQVY 1GE0A 3T6UA 4I7RA 4TSCA 1L40A 1L48A 2A7DA 3TXGA 1QSBA 4M6DA 3A90A 1LJEA 2W1LA 4H8ZA 1IWXA 1CKHA 4NHSA 5I4YA 1L14A 4LYBA 4EOFA 1JITA 4CHXA 4YF2A 1AM7A 1L61A 4NGJA 2BQAA 257LA 3TXDA 154LA 1JKAA 3FADA 219LA 3QE8A 2MEAA 1GFEA 4LZTA 4WO6A 1LOZA 225LA 4LYMA 1FKQA 1DYAA 4W59A 215LA 2F4GA 3GXRA 3P64A 1GXV2 1LTMA 2MEHA 3N9AA 3CT0A 3F9LA 3C80A 4IASA 4I8SA 2QB0B 1IP4A 4YEOA 2MEIA 3MGWA 4OWBA 3IJVA 4ARLA 5L3HA 1XEKA 1QTVA 1CUPA 235LA 1L46A 4GCDA 2ZYCA 4CFPA 1CJ9A 2CWIA 2HUMA 245LA 3WU9A 253LA 1KIRC 1LZTA 1L70A 4OWAA 1P2LA 1OUGA 4W53A 3RW8A 1P2RA 1XGQC 4J1AA 5FELA 1LZYA 1L11A 4B4JA 1B5YA 1B7NA 1JSEA 5LXWA 4Z3MA 3SP3A 4XJBA 1G0MA 1HERA 4WL7A 1L90A 1L0KA 3SB6A 178LA 1LJIA 1C6DA 4DQJA 130LA 4HPEA 5KXYA 2IGCA 1ZURA 1QT8A 3WUNA 1IY4A 5M1YA 3KAMA 4ANRA 1DZBX 1C6QA 2XBRA 1LHIA 1IO5A 4ARMA 1J1XY 258LA 1C6EA 1QT6A 1XJUA 3AYQA 2HEEA 1L79A 4B1AA 2MEEA 3W6DA 1LZ9A 4H9HA 3A6CY 1GAYA 1L30A 1C6GA 185LA 2OE4X 1GBYA 4N5RA 1LYYA 2RBRA 2YBIA 3GUOA 5I53A 4I7JA 4NHPA 1T6VL 2HU3A 5IHGA 1T3PA 1L25A 1QUHA 3LYTA 4DD1A 3HDFA 2RH1A 2OE9X 1LZDA 1SX2A 3CDOA 4PPOA 4AGAA 1G7JC 241LA 5LYZA 1J1OY 2X0AA 3CDQA 1L54A 4OWCA 1L63A 5KXWA 1QT7A 4H90A 5F14A 3DN4A 2RB1X 4LGKA 1C6HA 2Z39A 1OUBA 4WLXA 3AGGG 5F9UA 1CV5A 1LZ8A 5LZMA 1L59A 1I20A 4HTKA 3C81A 4EKPA 4WG1A 1L49A 2Q0MX 3LZ2A 4TX7A 4Z46A 1L86A 4H8YA 132LA 2G4NA 162LA 3A3QA 1CX7A 233LA 1WTMA 1GBOA 4G4BA 242LA 2HEDA 1P3NA 188LA 226LA 147LA 3W3EA 1KIQC 3B0OA 247LA 4ETEA 1C60A 5B59A 5KXRA 1L09A 1L34A 1LI3A 2IFFY 1D3FA 1C6KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2DQE Y;  1IP5 A;  1JTT L;  3LYZ A;  3B0I A;  1NQI A;  1L50 A;  4XJG A;  158L A;  4L41 A;  5I14 A;  4WMG A;  1C6F A;  2WAR A;  1LSY A;  120L A;  1CJ7 A;  3W6A A;  4H9C A;  4I0C A;  1L52 A;  3WVY A;  1GEZ A;  4IAP A;  1C61 A;  4CJ2 A;  1GBX A;  4H92 A;  3A95 A;  3QAK A;  4WM3 A;  5L9J A;  232L A;  3M3U A;  1GHL A;  251L A;  3HH4 A;  4H9E A;  1G7L C;  2RAZ X;  2GV0 A;  1REM A;  1B7O A;  4W51 A;  1CV4 A;  4ETA A;  1GFA A;  1REZ A;  1IWT A;  1T6H A;  144L A;  145L A;  1LJF A;  1L05 A;  4N1E I;  1HHL A;  1JTN A;  1B7M A;  1C6B A;  1VDP A;  1L22 A;  1QT3 A;  1L66 A;  1YKY X;  1CNS A;  3EO5 A;  1ZVH L;  1GE2 A;  5LIN A;  3LZM A;  4ETC A;  1B7L A;  2Z19 A;  4W55 A;  5APF A;  4ET9 A;  5HMV A;  1JJ1 A;  3WXU A;  3C8R A;  3HU9 A;  4RW2 A;  1G0P A;  4LT0 A;  3A93 A;  1QSA A;  1PQI A;  1BVX A;  5II3 A;  4XEN A;  1L41 A;  2RB2 X;  4N0J A;  255L A;  2ZNW Y;  1GF4 A;  5KKI A;  5KXO A;  183L A;  3C83 A;  1C65 A;  4WO9 A;  1EQ4 A;  1KXX A;  3A91 A;  1LJN A;  3RUN A;  3SBA A;  1YAP A;  2EQL A;  4GLV A;  1IOC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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