3HUKA

Benzylacetate in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hukA00
254LA 1LYJA 2RH1A 2LCBA 257LA 1QS9A 183LA 1OVKA 1L04A 4I7JA 1L0KA 1L87A 1SWZA 243LA 3GULA 1L56A 123LA 2OTYX 253LA 230LA 1C64A 1P36A 3SB6A 172LA 3C82A 1CU2A 1L00A 1C6QA 2B70A 4DKLA 259LA 3C7WA 2LC9A 3GUMA 128LA 1D2YA 1L67A 1L58A 1L46A 1LYDA 137LA 1L44A 3C83A 155LA 188LA 4W51A 205LA 218LA 1PQKA 4YXCA 1QTDA 1C6NA 1I6SA 1L64A 237LA 1PQOA 1L23A 4EPFA 1L37A 120LA 148LE 177LA 3OE0A 3DN4A 1C69A 1C65A 1L57A 1XJTA 2OU0X 1L88A 3C8RA 3C81A 4YX7C 1C6AA 107LA 210LA 3CDVA 2RAYX 4I7QA 173LA 1CV4A 3DMZA 1LYHA 1OV5A 1P64A 1L93A 1DYEA 1LWGA 3K2RA 1L35A 1ZURA 2Q9EA 1L49A 1L24A 4I7KA 103LA 1L12A 1C6KA 3ODUA 4W57A 3GUJA 236LA 1CUPA 1C6JA 3HU8A 256LA 156LA 1L68A 1L26A 138LA 1L20A 1C68A 3SBAA 1L81A 191LA 1L96A 3GUKA 1SSYA 1QUOA 114LA 3PBLA 160LA 1WTHA 4YXAC 149LA 1T6HA 2NTHA 1L29A 2RBQA 1L01A 1OV7A 1L99A 1K28A 2B7XA 1JTNA 2ANVA 233LA 1L02A 4I7PA 260LA 4EXMA 1CVKA 2RBPA 1G0LA 1L63A 209LA 1CV1A 3DN1A 1OWZA 1L66A 222LA 225LA 239LA 4IAPA 4EKPA 197LA 4ARLA 3HDEA 118LA 1C6BA 3CDRA 2HULA 4I7RA 4LDLA 3C7YA 1LLHA 3HH5A 1G07A 4I7LA 162LA 4EKQA 3G3XA 3QAKA 1SX7A 187LA 1LGXA 140LA 4W52A 1C6DA 152LA 3GUOA 142LA 3SBBC 1L91A 241LA 224LA 3GUPA 251LA 1L70A 1T8GA 228LA 3C8SA 1L16A 2A4TA 102LA 2B6XA 1C61A 1LI2A 250LA 1C62A 3HTBA 1QT7A 110LA 1OVHA 1L09A 1L19A 2RBNA 1QT5A 4PK0A 1T8FA 2QARC 112LA 1P6YA 1G0MA 2B6ZA 159LA 1T97A 3V2YA 1P56A 2RBSA 127LA 3HTGA 1L50A 119LA 3F8VA 234LA 151LA 1L17A 3C8QA 3HTDA 3CDTA 221LA 1P2LA 144LA 1QS5A 163LA 1L94A 109LA 5I14A 2RBRA 129LA 141LA 1LI6A 1SX2A 1L73A 3F9LA 7LZMA 3FADA 1QTZA 178LA 3GUIA 3VW7A 168LA 1LI3A 4ARMB 4ARMA 1DYBA 3EMLA 1LYFA 3HT7A 3HT9A 1C6TA 1JTMA 242LA 1L39A 2F2QA 3HUAA 4LDOA 1L31A 147LA 220LA 1D3JA 213LA 3DN2A 3OE8A 4PJZA 1PQDA 1KY0A 1QT4A 262LA 3DKEX 1L21A 1D3FA 1QUHA 3C7ZA 229LA 4W55A 215LA 3HU9A 2F32A 1L72A 2IGCA 2OU8A 1L79A 2HUMA 3G3VA 3L2XA 3HTFA 1L14A 1P46A 258LA 1L22A 4I7OA 1P37A 1QT3A 3HT6A 1L03A 223LA 1CUQA 195LA 3HUKA 1L80A 1L07A 1LGUA 171LA 1CV0A 1L18A 2B75A 1B6IA 1T8AA 3SB7A 126LA 1L85A 145LA 4I7MA 2RB0X 1CV5A 1L84A 1SWYA 161LA 248LA 196LA 1L74A 1XEPA 1L98A 1L65A 131LA 212LA 3DN3A 3G3WA 1C6EA 255LA 1L55A 1QT6A 1L05A 1ZWNA 2OE7X 5LZMA 3LZMA 1L11A 1L06A 2B6TA 1L95A 2B72A 4DJHA 235LA 1XJUA 1L28A 1CX7A 2RB2X 3SN6R 1L97A 3PDSA 1P3NA 1L54A 1L61A 1L86A 2B6YA 186LA 4LZMA 4EKRA 1C6IA 1D3NA 3UONA 4E97A 1D3MA 4I7NA 1L89A 1KNIA 227LA 1QTCA 219LA 226LA 3HH4A 1DYDA 2O7AA 1L32A 1G0JA 2OEAX 4ARQB 1C6FA 1LWKA 1QTBA 180LA 1L40A 1L60A 231LA 150LA 1L82A 3NY9A 1DYGA 3HT8A 3HWLA 1LGWA 1C67A 4EJ4A 261LA 1P5CA 3FA0A 1TLAA 238LA 1C6HA 1KY1A 3DMVA 1C6CA 2OU9A 1L59A 184LA 1QUGA 2HUKA 1L51A 1L43A 167LA 3GUNA 1L27A 3OE6A 1LW9A 3D4SA 4AQNA 1DYAA 1L77A 3DN8A 1SSWA 1D2WA 1CU5A 1G06A 3RUNA 1L41A 240LA 4I7TA 4I7SA 1L34A 1L52A 3DN6A 174LA 1G0PA 1QTHA 1C66A 216LA 157LA 111LA 1L36A 2B74A 1C60A 4S0WA 201LA 252LA 217LA 115LA 2B73A 122LA 1L08A 1CX6A 1QTVA 1L25A 3JR6A 143LA 4GBRB 1L90A 3C80A 164LA 1OYUA 2NTGA 1KW7A 1ZYTA 1L33A 211LA 3DN0A 1OVJA 1CV6A 2OTZX 4W58A 1CU3A 176LA 1LYIA 1PQIA 1D9WA 199LA 1C63A 4EPIA 1QSQA 1DYCA 3RZEA 2F47A 146LA 1G1VA 1KW5A 3L64A 3FI5A 1G0GA 3CDQA 1C6PA 4W59A 3HDFA 1KS3A 1L62A 1CTWA 247LA 165LA 2B6WA 192LA 4EKSA 2RB1X 1L53A 185LA 1L13A 1L75A 1NHBA 2Z6BA 246LA 4ARJA 1PQMA 3DMXA 1G0QA 4ARPA 3SB9A 1P2RA 200LA 4GRVA 4LDEA 2OE4X 3DNAA 158LA 1LYGA 1G0KA 1L42A 2QB0B 198LA 1C6MA 1CU0A 1QUDA 1L47A 3HH3A 1PQJA 1L76A 2O79A 190LA 4W56A 1L48A 1LYEA 3CDOA 214LA 1G1WA 3HUQA 4DAJA 1QSBA 6LZMA 3NY8A 166LA 2CUUA 104LA 3SB5A 125LA 4W53A 1L38A 4ARQA 130LA 1L10A 4W54A 1L71A 2O4WA 1L15A 1L92A 113LA 232LA 1LPYA 2Q9DA 189LA 2LZMA 1EPYA 1C6GA 1L83A 249LA 3NYAA 1JQUA 1L0JA 245LA 175LA 170LA 1CU6A 169LA 2RBOA 182LA 139LA 1QT8A 1L30A 206LA 1CV3A 2ANXA 181LA 1L45A 1OWYA 3HH6A 4K5YA 1L69A 3V2WA 3OE9A 244LA 1P7SA 108LA 1C6LA 2OE9X 3SB8A 2L78A 4OO9A 2RAZX 4ZPUA 1DYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YILA 2LCBA 1OVKA 4I7JA 1G7HC 1L87A 1OUHA 3TMXA 3QE8A 1VDQA 4GN3A 4HTKA 4XN6A 1C64A 1AT6A 1KXXA 1L00A 3TXBA 1LHJA 1FLQA 1LTMA 1BWHA 1J1OY 3C7WA 1LSYA 2LZ2A 128LA 1D2YA 1CNSA 155LA 1QUTA 4KPMA 6LYZA 1PQKA 2B5ZA 1QTDA 1C6NA 3IJUA 1B7MA 1BWJA 1KXYA 3T36A 1L23A 1OUEA 3AW6A 1V7TA 177LA 3OE0A 4YEOA 4NFVA 3AZ5A 3C81A 3G3AB 8LYZA 1BVKC 210LA 1NHEA 1UCOA 4NGJA 1GEVA 1CV4A 1XSFA 1GE1A 3DMZA 1LHLA 1L93A 3TXGA 3CQLA 2ZNWY 1L24A 1C6KA 1HC0A 1LYYA 5LVGA 1JSFA 1BB3A 1GF9A 2YBJA 3WUNA 1IWUA 2XBRA 256LA 1L26A 3OK0A 5DLAA 1C68A 3GUKA 1B5VA 1QUOA 4LGKA 4YXAC 149LA 2NTHA 1L01A 3T6UA 5F9XA 2CDSA 2HEBA 233LA 260LA 2D6BA 5KXTA 2RBPA 5APEA 222LA 4EKPA 2DQDY 4ARLA 118LA 4HV2A 2Z12A 4Z41A 4I7RA 2IFFY 1LLHA 2Z37A 5KXSA 1BB7A 4H9AA 3G3XA 2BPUA 2ZIJA 4H9BA 1SX7A 2ZILA 1LGXA 142LA 3GUPA 251LA 1L70A 4ETBA 1JUGA 1L16A 102LA 2DQHY 250LA 3A93A 1C62A 1IP1A 1QT7A 1NWGA 110LA 1GE4A 5KXWA 1L19A 2ZQ3A 4N8ZA 154LA 2MEGA 3ULRA 159LA 1P56A 1G7IC 2FYCA 2RBSA 4UWNA 1JTPL 1VFBC 1HEPA 1L50A 3F8VA 1L17A 1XFPL 221LA 1NMMA 1P2LA 163LA 109LA 1EL1A 1P2CC 141LA 1LI6A 1L73A 5I4XA 7LZMA 1TCYA 1QTZA 4GLVA 4CFPA 3GUIA 1IR7A 4L41A 3VW7A 1YKXX 3A90A 1N4FA 1LI3A 5C6LA 3WVXA 4MSTA 1IO5A 1LZ5A 1LCNA 1LJ3A 2F2QA 5I4WA 1BB6A 3DN2A 2Z2EA 4DQ7A 5C6IA 262LA 7LYZA 3A3QA 133LA 3DKEX 1QDTA 4W55A 2GV0A 1CJ8A 1IWYA 2HUMA 258LA 1QT3A 3AZ4A 1VATA 1L80A 1HEMA 1YANA 171LA 2B75A 1GFVA 1L85A 2RB0X 5KY1A 2DKVA 4B4JA 1XEPA 1L65A 2A7DA 212LA 3DN3A 4I0CA 2MEAA 1QT6A 1C45A 4NY5A 2YBIA 1L11A 4WM5A 4KT3A 3SN6R 2Y8PA 1L97A 3PDSA 1L54A 1B5YA 1L61A 1LZ4A 1L86A 4LZMA 5HNLA 3ZVQB 1C6IA 1T3PA 3UONA 1GFEA 219LA 1G7MC 226LA 1B9OA 1L32A 3WPKA 1YAMA 1IOCA 1C6FA 1QTBA 3GXRA 180LA 1L40A 2BQAA 5L9JA 2NWDX 1LPIA 1IY3A 1L82A 1OQMA 2YBLA 3HWLA 4EJ4A 3IWRA 1P5CA 238LA 2DBTA 1LSFA 1UUZC 3WYHA 2BQFA 1QUGA 2HUKA 1L43A 4Z98A 1L27A 1PZYA 1LW9A 3D4SA 3CSQA 4WM2A 5KXLA 2DQJY 3DN8A 2BLXA 3J6KA 2G4NA 1PS5A 4NWHA 5F9UA 2EQLA 4YF2A 4I7TA 1GF4A 4GN5C 111LA 2B74A 1QSAA 1HEWA 201LA 252LA 4BADA 1D6QA 3A6CY 1I20A 1GAYA 122LA 4TX7A 1QTVA 1REXA 3BKVA 5FELA 1A4VA 1IP6A 1T6VL 2C8OA 5KJ9A 5E9RA 4OOTA 5ILCA 1OYUA 211LA 3TXHA 1OVJA 2BQEA 1CU3A 5B05A 4O34A 1PQIA 5LA8A 1C63A 4B1AA 1DYCA 3RZEA 2F47A 4NG1A 4UWVA 1LZYA 1G1VA 4XJBA 1KW5A 4HJVA 1C6PA 3WUAA 4RW2A 1WQPA 1XGQC 192LA 1LZEA 2RB1X 1L53A 185LA 5APDA 4LZTA 1BHZA 1GHLA 1HHLA 4NGWA 3SB9A 2LHMA 4HTQA 2OE4X 4N1CC 2QB0B 1C6MA 1QUDA 1IVMA 2BQLA 2N5ZA 4NHPA 2O79A 1FN5A 1XGTC 1LMTA 4TUNA 1HEQA 3HUQA 4G4CA 166LA 1GFJA 2CUUA 4W53A 1QQYA 4ARQA 4W54A 1QIOA 1L15A 1L92A 1LPYA 2D91A 4H93A 4H1PA 1L83A 1OUGA 1CU6A 4G4HA 182LA 4FDYA 4WMGA 2HU3A 2ANXA 1OWYA 1HSXA 1L69A 3B0KA 1AT5A 3QY4A 1NF5A 1QUSA 2YDGA 2L78A 1GB7A 2YVBA 1F6SA 3WU7A 1DYFA 254LA 257LA 2F2NA 1B7NA 2BQJA 2LYMA 3GULA 1LZ8A 1L56A 123LA 4NGLA 5KKJA 5M1YA 172LA 1CU2A 1C6QA 1XEKA 1UACY 1GB3A 2B70A 4DKLA 5KXMA 1KIQC 1VDPA 1LSPA 3AGIA 2LC9A 1L46A 1LYDA 2LZTA 3WXUA 137LA 1UIGA 188LA 1RFPA 1WTNA 4DDAA 4AXTA 1L64A 1CKDA 1LHKA 3HBDA 3RW8A 2F4AA 4H8XA 148LE 3HFMY 3P65A 1XJTA 4H8YA 2HU1A 1L88A 4YX7C 4GLAA 1C6AA 1GFGA 2FYDA 5F81A 1GXXA 1LWGA 3K2RA 1IOSA 4IATA 1L49A 4I7KA 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1L28A 1CX7A 4H9CA 4WLDA 1GWDA 4EKRA 1D3NA 4U3XB 1GBOA 1D3MA 3A96A 227LA 1QTCA 3HH4A 3B0IA 5K7OA 2O7AA 4YM8A 4ARQB 1IORA 1IP4A 1HEOA 1L60A 231LA 4WLXA 150LA 3HT8A 3E3DA 5LIOA 1IP7A 3FA0A 1W08A 1KY1A 3BKHA 1J1PY 1LSCA 1V7SA 1IEEA 1L59A 4R6CA 1L51A 1JKAA 1REMA 4PRUA 1LZTA 1UIDA 1L77A 5L3IA 3P64A 3WULA 4UWUA 5LXWA 1SSWA 1G06A 2BQMA 3F6ZA 4LYMA 1GFRA 1L41A 4I7SA 3DN6A 174LA 1G0PA 1QTHA 4TWSA 3EMSA 1LJHA 4S0WA 3TMVA 4CHXA 2B73A 4W94A 1L08A 1KIRC 1GF8A 3JR6A 3N9AA 1NQIA 1GF3A 3AZ7A 1L90A 1OUDA 2NTGA 1WQRA 1ZYTA 1L33A 1OUJA 4TTDA 2CWIA 2OTZX 5HMJA 1LYIA 4LYTA 1D9WA 4PPOA 199LA 3P68A 4M6DA 4NEBA 4NSJA 1B7PA 3W3EA 4WLTA 3HBEX 1FLWA 207LA 3L64A 3FI5A 1MELL 1EQEA 3W6EA 2F4GA 1LZDA 4EKSA 2XJWA 2YSSC 5I53A 4DD0A 1LJ4A 2Z6BA 5D5FA 1G0QA 1WQOA 4YOPA 1JWRA 1P2RA 200LA 4GRVA 3W6CA 3WL2A 158LA 1G0KA 1CU0A 3HH3A 3WUMA 1L76A 2ZYPA 1C08C 1VDSA 2I6ZA 3CDOA 4DD1A 1G1WA 4HJZA 6LZMA 4DAJA 5IELA 3NY8A 1ZVHL 3SB5A 2Q0MX 4J0LA 4RLNA 5HMVA 2Z19A 1L71A 1XGPC 4HPIA 1UICA 1LKRA 1BQLY 2Q9DA 3B6LA 2ZQ4A 2HTXA 249LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YIL A;  2LCB A;  1OVK A;  4I7J A;  1G7H C;  1L87 A;  1OUH A;  3TMX A;  3QE8 A;  1VDQ A;  4GN3 A;  4HTK A;  4XN6 A;  1C64 A;  1AT6 A;  1KXX A;  1L00 A;  3TXB A;  1LHJ A;  1FLQ A;  1LTM A;  1BWH A;  1J1O Y;  3C7W A;  1LSY A;  2LZ2 A;  128L A;  1D2Y A;  1CNS A;  155L A;  1QUT A;  4KPM A;  6LYZ A;  1PQK A;  2B5Z A;  1QTD A;  1C6N A;  3IJU A;  1B7M A;  1BWJ A;  1KXY A;  3T36 A;  1L23 A;  1OUE A;  3AW6 A;  1V7T A;  177L A;  3OE0 A;  4YEO A;  4NFV A;  3AZ5 A;  3C81 A;  3G3A B;  8LYZ A;  1BVK C;  210L A;  1NHE A;  1UCO A;  4NGJ A;  1GEV A;  1CV4 A;  1XSF A;  1GE1 A;  3DMZ A;  1LHL A;  1L93 A;  3TXG A;  3CQL A;  2ZNW Y;  1L24 A;  1C6K A;  1HC0 A;  1LYY A;  5LVG A;  1JSF A;  1BB3 A;  1GF9 A;  2YBJ A;  3WUN A;  1IWU A;  2XBR A;  256L A;  1L26 A;  3OK0 A;  5DLA A;  1C68 A;  3GUK A;  1B5V A;  1QUO A;  4LGK A;  4YXA C;  149L A;  2NTH A;  1L01 A;  3T6U A;  5F9X A;  2CDS A;  2HEB A;  233L A;  260L A;  2D6B A;  5KXT A;  2RBP A;  5APE A;  222L A;  4EKP A;  2DQD Y;  4ARL A;  118L A;  4HV2 A;  2Z12 A;  4Z41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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