3HUQA

Thieno[3,2-b]thiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3huqA00
3DN0A 3L2XA 1C65A 1XEPA 1P5CA 160LA 3VW7A 243LA 172LA 1CV6A 1WTHA 2O79A 3HT9A 2ANXA 140LA 1G0QA 4I7OA 1I6SA 1L08A 4I7PA 1L59A 1G0MA 222LA 1CU3A 1QSQA 1QTCA 2ANVA 181LA 1L09A 1L12A 228LA 1L35A 1QUGA 1LI3A 1P37A 1QTVA 1L89A 248LA 1L52A 1SWZA 1QT5A 3HUKA 1QT3A 180LA 1C6CA 3SB8A 1C6JA 1LW9A 1L34A 3D4SA 1SSYA 254LA 191LA 3HTFA 110LA 158LA 3G3WA 4LDOA 1P3NA 2LZMA 1L11A 2B7XA 1KW7A 1C6PA 2QARC 1C6GA 3DN1A 3GUJA 4W58A 3QAKA 1LI2A 3GUIA 1CU0A 2B70A 1L56A 4I7QA 114LA 1C6MA 1L41A 1QTHA 1C6TA 1QTZA 1LLHA 2B72A 2OEAX 4DAJA 2HULA 2OE7X 174LA 1SWYA 109LA 1KNIA 233LA 1L06A 1L90A 2Z6BA 1G0PA 232LA 3HWLA 1L0JA 3DMXA 237LA 3C8SA 4YX7C 1DYBA 2RBNA 4LDEA 4ARPA 1LYGA 1L67A 4PJZA 103LA 104LA 4OO9A 1PQDA 234LA 1CV3A 1L64A 1L65A 216LA 2OE4X 1D2WA 4ARMA 4DKLA 167LA 150LA 1PQOA 3FA0A 258LA 3GUPA 4I7LA 1D9WA 1L53A 113LA 3G3VA 176LA 3C81A 1C60A 4K5YA 229LA 200LA 4I7RA 4ARMB 1P2LA 130LA 3RZEA 1L25A 7LZMA 3UONA 1D3NA 1L87A 1OV7A 2B75A 1EPYA 1L63A 4I7NA 2B6TA 1LGWA 1C6IA 2RB1X 1C6DA 156LA 212LA 3PBLA 151LA 217LA 2A4TA 2RBOA 236LA 1L92A 185LA 1OVHA 3NYAA 1L86A 1JTMA 3V2WA 1L74A 4I7SA 3SB7A 4YXAC 187LA 1L27A 129LA 3V2YA 4W53A 1CX7A 3C8QA 168LA 1L60A 183LA 1P2RA 1SX2A 1L42A 3C7ZA 4W59A 1CV5A 2NTGA 1C6EA 112LA 1CU2A 108LA 1LWKA 2OE9X 4I7JA 3HH4A 165LA 1L69A 1OV5A 2B74A 126LA 3GULA 1L57A 2Q9DA 3HT7A 4GRVA 2HUMA 3SBBC 4ARJA 1G0GA 3C82A 1L61A 5I14A 1L07A 1L44A 3C83A 227LA 3HTBA 1L20A 3NY8A 3CDQA 1L18A 2RBQA 1L15A 1L43A 1L50A 1L14A 144LA 1L77A 1L95A 1SX7A 111LA 1L00A 3HU8A 241LA 2F2QA 1QT8A 244LA 131LA 1L62A 1CV4A 1LGXA 119LA 1DYAA 1L24A 1D2YA 1PQKA 231LA 3HU9A 3PDSA 1L01A 170LA 1XJTA 138LA 2L78A 1L38A 3SB6A 220LA 1ZYTA 4E97A 1C6KA 1L10A 1C69A 142LA 1DYEA 2LC9A 1LPYA 3HH5A 3OE6A 178LA 1L32A 189LA 145LA 1CTWA 1T6HA 146LA 1OVKA 1QTDA 2RH1A 4LDLA 1L76A 2F47A 148LE 1C6QA 1CV1A 1L47A 1QT7A 4DJHA 4S0WA 1L04A 192LA 128LA 3SB5A 250LA 1L66A 205LA 162LA 3DN4A 3HT6A 3CDOA 1L91A 1LYJA 1L16A 4W52A 1L54A 215LA 4I7MA 137LA 1C6FA 1OYUA 245LA 2RBPA 2Q9EA 1SSWA 1QUHA 1C62A 4W57A 1OWYA 123LA 235LA 1C6HA 252LA 3C7YA 1QUDA 1L40A 1L93A 1L68A 1CVKA 4ARQA 3F9LA 1G0KA 4W54A 1C63A 1L58A 3GUNA 3HUAA 1L82A 251LA 4EJ4A 1CU6A 1CUQA 177LA 3C7WA 3CDRA 4ARQB 3LZMA 1K28A 1CU5A 226LA 3HDEA 125LA 3SBAA 211LA 3OE8A 1P36A 1L71A 255LA 1L33A 3HH3A 4W51A 4EPIA 3F8VA 115LA 1C68A 1L02A 197LA 3DN8A 2OTYX 3DKEX 1L46A 1KY0A 1CV0A 1JQUA 3JR6A 1L49A 260LA 3RUNA 3G3XA 3OE0A 1G1WA 3DNAA 1XJUA 4W56A 2CUUA 1T8FA 1DYDA 1LYDA 163LA 2OTZX 1L88A 2B73A 3GUKA 1L29A 1G0JA 1L84A 1NHBA 1DYFA 1P46A 247LA 4EKRA 3FI5A 107LA 2LCBA 1OWZA 1T8AA 3ODUA 1L45A 159LA 1KW5A 1L99A 1G1VA 1LYEA 1L03A 259LA 166LA 209LA 4W55A 2OU8A 122LA 1ZWNA 2RBRA 2OU9A 225LA 1G07A 1P64A 1L26A 3DMVA 3HTDA 152LA 1LYIA 1L30A 1CX6A 3SN6R 199LA 206LA 1C64A 224LA 3C80A 2O7AA 253LA 1P6YA 1L23A 186LA 2QB0B 1L17A 1ZURA 210LA 184LA 3K2RA 127LA 3FADA 1T8GA 120LA 4PK0A 1QT6A 1LWGA 1C66A 164LA 1JTNA 1L85A 230LA 2NTHA 190LA 261LA 3DN6A 1L79A 3C8RA 214LA 242LA 1L98A 1LI6A 1L36A 147LA 195LA 1LYHA 4AQNA 1L19A 2OU0X 1D3FA 4EKSA 1PQJA 1L37A 1D3MA 1C67A 3HDFA 1L51A 1L70A 3HTGA 161LA 2IGCA 1CUPA 4I7KA 1B6IA 1QS9A 1TLAA 1C6BA 1L96A 139LA 182LA 1QUOA 1L48A 213LA 3DMZA 1DYCA 1L13A 2B6ZA 1L55A 1L21A 1L0KA 1P56A 221LA 218LA 4IAPA 3NY9A 3L64A 4LZMA 249LA 2B6WA 4GBRB 1L22A 1C6LA 171LA 3EMLA 1G06A 1L39A 2RB2X 1DYGA 4I7TA 3SB9A 2O4WA 4ZPUA 1L80A 1LGUA 141LA 2RAZX 2B6YA 1C6AA 1L73A 3HUQA 256LA 4EKPA 3HH6A 1L31A 102LA 1L97A 1L28A 3DN3A 2RAYX 1KY1A 3CDVA 4EKQA 157LA 2B6XA 4ARLA 1C61A 1L75A 198LA 2RB0X 1PQIA 173LA 5LZMA 1G0LA 1QTBA 4YXCA 4EPFA 155LA 1L05A 3GUMA 4EXMA 149LA 2F32A 2HUKA 1D3JA 1LYFA 118LA 1OVJA 219LA 1T97A 3HT8A 143LA 1QSBA 257LA 3DN2A 196LA 246LA 3OE9A 1L83A 2RBSA 1C6NA 1L81A 175LA 1QT4A 1KS3A 239LA 262LA 1PQMA 240LA 169LA 3GUOA 3CDTA 1L72A 238LA 201LA 223LA 6LZMA 188LA 1QS5A 1L94A 1P7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TSCA 2YVBA 1QTKA 4MCKA 1GB0A 3VW7A 243LA 1GFJA 2Z18A 1JEFA 2ANXA 4I7OA 4H9BA 1LYZA 1EL1A 1G0MA 4DD0A 4ANRA 1GF9A 1QSQA 1GBOA 4I0CA 1HSXA 2FBBA 3GXRA 1QTVA 4Z41A 1L89A 1LMAA 4NGKA 1HEQA 1QT5A 1SWZA 2LZ2A 3HUKA 1QT3A 180LA 4PJ2C 5KXXA 3SB8A 1B7LA 2W1XA 1UICA 2D6BA 5E4PA 4M4OA 3CB7A 1LZ4A 1IVMA 3D9AC 4XN6A 5FDJA 1LAAA 1P3NA 4GN3A 4NY5A 5LIOA 1C6PA 3GUJA 4DDBA 4R0FA 1IWTA 1XEJA 1CU0A 1C6MA 1L41A 3TXFA 4H9EA 5B1FA 2ZILA 1QTZA 1LLHA 2HULA 3AGIA 2BQCA 174LA 6LYZA 1KNIA 3FE0A 4NWHA 2YBHA 4DD2A 3WULA 1DI4A 3HWLA 3TXDA 1L0JA 237LA 1UBZA 4YX7C 1DYBA 4LDEA 103LA 3A95A 1LMOA 1GB7A 3EBAB 1JITA 1PQOA 3FA0A 3GUPA 4LYMA 1GB3A 1D9WA 2BQNA 1GF7A 113LA 3CT5A 2YBLA 4J1BA 4K5YA 2XQOA 4H8XA 2RSCA 1L25A 5C6IA 3UONA 1D3NA 1EPYA 2ZNXY 5KXOA 2W1LA 1YAQA 1LGWA 1LZ8A 1C6DA 5HMJA 2A4TA 1OVHA 4NG8A 5F9UA 1JTMA 1D6QA 187LA 1XGPC 2BLYA 4NWEA 4TTDA 1GFGA 5FELA 1UIHA 1L60A 1LZ5A 5KY1A 1SX2A 2Z2FA 3ULRA 2MEGA 4W59A 4B1AA 112LA 1CU2A 2EKSC 4PRUA 3IJUA 1L69A 1OV5A 2MEAA 2A7FA 4OWAA 3HT7A 2HEBA 2EIZC 4AGAA 1OUGA 1FN5A 1G0GA 2DQAA 3CT1A 1OP9B 1L07A 1XGRC 227LA 3BKVA 1HEWA 2BQKA 4DWXA 1LPIA 1L43A 1L14A 5HLLA 244LA 119LA 1UIFA 2BPUA 1D2YA 1PQKA 4L41A 1UIAA 170LA 1BB6A 1XJTA 4E97A 5HMVA 5JENB 1DYEA 2BQFA 1LPYA 5ILCA 1YILA 2BQAA 3W6FA 1LOZA 1FLUA 5I5QA 5LXWA 3WPLA 1KIRC 1IR8A 4ZIXA 2NWDX 8LYZA 5IHGA 1IWUA 1QTDA 1YKYX 4NHIA 2F47A 1BWHA 1CV1A 3TXJA 4NSJA 1L47A 1FKVA 4LT1A 5B07A 1IP6A 1GF5A 4W52A 215LA 4I7MA 1GFUA 137LA 1C6FA 1OYUA 1QDRA 1QUSA 1GWDA 133LA 1C62A 1F6RA 1OUEA 235LA 5I4WA 1LCNA 3J6KA 3C7YA 1AZFA 2LHMA 1L68A 4O34A 4ARQA 2MEHA 4XJFA 1CJ7A 3HUAA 3TMVA 1L82A 5HNLA 1A4VA 177LA 4ARQB 3AZ5A 4UWVA 3HDEA 3SBAA 5KXPA 4H8ZA 4LGKA 4WM6A 4H91A 197LA 1L46A 2MEDA 1QSWA 1JQUA 4UWUA 4G4BA 5DM9A 260LA 3RUNA 1B5ZA 1REMA 4ZFPA 1IR7A 3DNAA 4CFOA 2BLXA 2CUUA 7LYZA 1DYDA 163LA 5APFA 1HFZA 3GUKA 3A6BY 1L29A 4PGJB 1V7SA 1L84A 2XBRA 5A3ZA 1P46A 247LA 1LSCA 4H9CA 3FI5A 1HENA 1GFTA 2VB1A 3CSRA 1L03A 1OQMA 1VFBC 5L9JA 1B7OA 3CSZA 2OU9A 4HSFA 4LT3A 1P64A 1L26A 3EXDA 2G4PA 2EQLA 1LZAA 206LA 1DPXA 1GBXA 1HC0A 1P6YA 1L23A 193LA 186LA 5L3IA 2CWIA 3K2RA 1QTEA 1LWGA 164LA 2HEFA 2I25L 2BQJA 1CKDA 261LA 4DQ5A 5AMYA 1LKSA 1ZVYB 3FI7A 242LA 4MSTA 147LA 195LA 1LYHA 4AQNA 5HQ1A 1HEOA 4NGYA 4TUNA 1BWJA 1L51A 1BB5A 1LZ6A 3WH1A 1CUPA 4DQ7A 3IWRA 1OUCA 1TLAA 1WTNA 1QUOA 4NGVA 3DMZA 1DYCA 1JSFA 1HMLA 3AZ6A 3WVYA 4H92A 1IWZA 4YENA 2B6WA 3TXEA 171LA 1L39A 1YANA 1DYGA 3WXTA 2DKVA 4DYGA 2D4KA 1GB9A 4ZPUA 1LGUA 3LYOA 4H9HA 2B6YA 2LYMA 1I56A 4EKPA 102LA 3A3QA 1JISA 3CDVA 3W3EA 4C3WA 1C61A 1JJ1A 4RW2A 2ZWBA 4H9IA 2MECA 4DD1A 2RB0X 173LA 4YM8A 1B5WA 4N9RA 2N5ZA 3HBDA 4HV1A 1D3JA 3LN2A 4HPIA 4BAFA 4LYZA 2B5ZA 3P66A 1UA6Y 3OE9A 4NGWA 1IY3A 4NGIA 175LA 3TXHA 2HEEA 1F0WA 2BQGA 1KS3A 240LA 169LA 4G49A 1IP4A 1JTPL 1SLYA 1UIDA 1P7SA 1B7NA 3DN0A 3L2XA 1ZVHL 1IWXA 160LA 1CV6A 1TDYA 140LA 207LA 1I6SA 1GFHA 4AXTA 2LYOA 1L59A 1GEVA 1NBYC 222LA 4NHTA 4OOTA 1QTCA 2XTHA 5KXKA 1QUGA 4LYBA 4WL7A 4QEQA 3KAMA 1LJEA 1L52A 5I53A 1LMQA 1C6JA 4G4CA 5KXRA 4YEOA 1SSYA 134LA 1B0DA 5B06A 1VDTA 1IORA 3OJPA 110LA 158LA 3A91A 4H93A 2QARC 1IC5Y 1C6GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TSC A;  2YVB A;  1QTK A;  4MCK A;  1GB0 A;  3VW7 A;  243L A;  1GFJ A;  2Z18 A;  1JEF A;  2ANX A;  4I7O A;  4H9B A;  1LYZ A;  1EL1 A;  1G0M A;  4DD0 A;  4ANR A;  1GF9 A;  1QSQ A;  1GBO A;  4I0C A;  1HSX A;  2FBB A;  3GXR A;  1QTV A;  4Z41 A;  1L89 A;  1LMA A;  4NGK A;  1HEQ A;  1QT5 A;  1SWZ A;  2LZ2 A;  3HUK A;  1QT3 A;  180L A;  4PJ2 C;  5KXX A;  3SB8 A;  1B7L A;  2W1X A;  1UIC A;  2D6B A;  5E4P A;  4M4O A;  3CB7 A;  1LZ4 A;  1IVM A;  3D9A C;  4XN6 A;  5FDJ A;  1LAA A;  1P3N A;  4GN3 A;  4NY5 A;  5LIO A;  1C6P A;  3GUJ A;  4DDB A;  4R0F A;  1IWT A;  1XEJ A;  1CU0 A;  1C6M A;  1L41 A;  3TXF A;  4H9E A;  5B1F A;  2ZIL A;  1QTZ A;  1LLH A;  2HUL A;  3AGI A;  2BQC A;  174L A;  6LYZ A;  1KNI A;  3FE0 A;  4NWH A;  2YBH A;  4DD2 A;  3WUL A;  1DI4 A;  3HWL A;  3TXD A;  1L0J A;  237L A;  1UBZ A;  4YX7 C;  1DYB A;  4LDE A;  103L A;  3A95 A;  1LMO A;  1GB7 A;  3EBA B;  1JIT A;  1PQO A;  3FA0 A;  3GUP A;  4LYM A;  1GB3 A;  1D9W A;  2BQN A;  1GF7 A;  113L A;  3CT5 A;  2YBL A;  4J1B A;  4K5Y A;  2XQO A; 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