3HVGA

Structure of bace (beta secretase) in complex with ev0
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
TGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Based Discovery of BACE1 Inhibitors Using Functional Assays
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 379
sequence length 390
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hvgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hvgA02
4R93A 4Y3QA 3INDA 1D4SA 2IS0A 4DJRA 5P3FA 3OADA 1OEWA 4Y54A 5P3GA 5OYVA 4Y4BA 2G1NA 2R8NA 5OZXA 5P7DA 2AZBA 2Q15A 3IXOA 3LNKA 4RCFA 5P0LA 1B6KA 4FIVA 4DQFA 3LZVA 5P6IA 3UFNA 3OHHA 1OEXA 5P29A 2NPHA 5KR8A 5E5JA 3NDWA 5P4UA 3FSMA 5P45A 4LBTA 1FMUA 5P57A 3ZPUA 2XFIA 1D4KA 3QROA 4FE6A 1Z1HA 1LF4A 4F76A 5P08A 5P4QA 2PYMA 4NJTA 1FFIC 3DJKA 3BVAA 5P38A 5IVTA 3OQDA 3GI0A 4TRWA 4B05A 2IL2A 5P8OA 1AVFA 2WF0A 4CPUA 5C9FA 3L38A 3VV7A 4N00A 3HDKA 3N4LA 5P7MA 3VV6A 3NDXA 5P7HA 2IDWA 1BIMA 4ACUA 3OUDB 2VJ7A 3TPJA 1APTE 1KJHA 4CPQA 5P8GA 4HE9A 2V16C 3AUPA 5P7AA 5P1PA 3LZSA 1GVWA 3NR6A 4CPXA 4DI2A 5P6PA 5OZVA 2FLEA 3SQFA 5P0DA 4HLAA 3MSLA 2WF3A 3S56A 2A1EA 2QNNA 1IBQA 3VFBA 1U8GA 4J1EA 5P6GA 5COPA 5OZUA 4OC6A 2UY0A 5P59A 1TCXA 2AOEA 4Y3LA 1FMXA 2V11C 1SGZA 3KT5A 1ZAPA 2UPJA 3BVBA 4RCDA 2QMPA 5P8FA 3L58A 5P13A 3D3TA 3O9BA 3KMXA 5P5WA 3UQRA 1ZTZA 3OU1B 4J1IA 5CONA 5AH9A 2QD6A 5P7TA 3K5CA 2V10C 2BJUA 3DV1A 1IZHA 4ZPFA 5P3TA 1ZSRA 5P56A 2QAKA 3OQAA 1C6XA 4FRKA 5OYXA 1HTFA 3HAWA 5P6MA 1LYAB 4H3IA 5P1QA 4CPTA 1HIVA 5P66A 2FGVA 4Y4WA 4ZPGA 2ZJLA 4YHQA 5P1OA 3I2LA 1K6PA 3EL5A 5OZFA 5OZJA 5P0AA 1SIPA 2G22A 4A6CA 3OQKA 1E81E 5HTZA 4EP2A 4GJ6A 5OZ9A 4J0ZA 1HPSA 2WJOA 3G70A 3VUCA 5P63A 4EXHA 4H1EA 4DJPA 1K6VA 3O9GA 4B0QA 1HVSA 3KFSA 3JVYA 3RTHA 4XX4A 5P1JA 4ER1E 2WEAA 5P73A 5HDXA 4DVFA 4FGXA 5P1TA 5P15A 3D1XA 2HIZA 2QMGA 5P1VA 3BUHA 4FCOA 4J1FA 4RRSA 5P0MA 4B70A 5P5JA 3RTNA 4BFDA 2PYNA 4Y5EA 2QZXA 4Y43A 2AVVA 1SGUA 3SA3A 5P3EA 4J0PA 1RNEA 2HAHA 3T7PA 5P61A 5P3HA 2JE4A 5IE1A 3PSYA 3O9CA 2ZE1A 4OC6B 4RVIA 5OZ8A 5P22A 5P5XA 4Y47A 2CEJA 3OHFA 5P78A 5IVQA 4Y36A 5P41A 2WEDA 5P4AA 1BBSA 3L59A 4MC9A 2JJIA 5P51A 5P0CA 1BVGA 3S54A 4Y3JA 5P4KA 1EPRE 4MC1A 4I8ZA 4AUCA 2XYEA 4GIDA 5P2QA 2ZJJA 4YCKA 2EWYA 1APVE 3QRMA 2AOFA 4YOBA 5P0KA 3SA8A 3UQUA 3ZL7A 2V13A 4JPEA 5P54A 5P5UA 2AOJA 3QI1A 2I0DA 3Q70A 2WHHA 4YD5A 5OZ2A 5OZKA 5P4TA 5P81A 5OZ1A 5P2UA 5P4VA 1ZSFA 3NU5A 4Y5KA 5P5ZA 3UQXA 1SDUA 2NNKA 5P5BA 3R2FA 6APRE 4EYRA 1AZ5A 3QBHA 1ODWA 4M8YA 3TOHA 5P5IA 4QJAA 5HE5A 1HEGE 2NMYA 5P1HA 5OZEA 2QZLA 2VS2A 5I70A 1TCWA 4D85A 1XN2A 5P7NA 1EC2A 5P7BA 2PH8A 1YTGA 4Y39A 3FNUA 2BKTA 3BUFA 2VNNA 3NSHA 5P17A 3UDJA 1FQ4A 3INFA 1JLDA 2Z54A 3PSGA 5P1BA 1DIFA 1HPOA 4GJAA 5P4YA 4Y3FA 1IZDA 5P89A 4TRYA 1A30A 2OHQA 4K8SA 5P4LA 3VYDA 3VSXA 5C9DA 2O4KA 3MSJA 4LP9A 5P86A 1FFFC 4OBDA 4I0FA 5IVSA 5P1RA 5P0NA 5P1NA 1MRWA 4KE0A 3OUCA 2VJ6A 3OGPA 4Y6MA 3FNSA 3LIXA 5P2TA 5P8MA 2H6SA 5P8NA 1HSHA 2BPVA 5P1LA 1VIKA 5P60A 3PWRA 1B6PA 1UH8A 2FGUA 3OGQA 3SPKA 4I11A 2G1OA 2Q11A 5P1FA 5P33A 1ZP8A 4L1AA 1EC0A 2P3BA 1FQXA 1ME6A 1MIQA 5P24A 1UH9A 5P7QA 1QBUA 2I4XA 3QPJA 4FM8A 4FRSA 2ZJKA 4OBZA 5P03A 5KQFA 5P2JA 3TOGA 1DP5A 5P2YA 2ER6E 2MIPA 1W5XA 1T6GA 5P2GA 1BDLA 2ZHTA 5P67A 5KQZA 5P84A 3NWQA 4S1GA 3LPJA 3VF7A 1AJVA 5P2ZA 4ZE6A 5P18A 1IZIA 5P3SA 4PZWA 2BKSA 3QVIA 1TSQA 5P4BA 3ER5E 5P31A 5P4CA 3VG1A 1APWE 2V12C 1TW7A 2I4UA 1D4YA 3UHLA 1GVUA 3I7EA 5P64A 5P07A 1HWRA 1BXOA 3UCBA 4FSEA 2QP8A 5P06A 4NPUA 5P4DA 5J25A 5P6DA 1MT8A 2R5PA 1HBVA 2QI7A 2HB4A 4HZTA 1WBKA 3KFRA 1QS8A 3WZ7A 2XFJA 4Z50A 1FQ6A 2F81A 3LIVA 4L7GA 3D20A 3L3AA 2QD8A 1SH9A 2IRZA 4B1EA 2AVQA 3TKGA 1EPNE 4Y5MA 4MC2A 3SACA 1BXQA 2WF4A 5DQ5A 5P14A 3OOTA 4Y5CA 2HM1A 4CPWA 1F34A 4YD3A 5P1ZA 2ZDZA 1YTJA 4I8WA 4Y4DA 5P2WA 5P53A 4Y50A 5COOA 5UPJA 2ZJHA 3EM3A 3G6ZA 5P0HA 5IS4A 2B8LA 2HS2A 5DR3A 5P6ZA 3UDHA 4EXGA 2CEMA 3IA9A 5AHAA 5P0SA 2VA7A 2PQZA 4U8WA 5DQCA 4I12A 5P4PA 5P5VA 5P2BA 2QD7A 5DR0A 2NMZA 4L1AB 5P2SA 4LHHA 5HE4A 5P88A 4J17A 4NPTA 5OZWA 5I3YA 2QI6A 1W51A 5P27A 2XYFA 4WTUA 5P6SA 5P5TA 4OBZB 4Y3WA 2O4SA 5P3PA 2Z4OA 5OZAA 1W50A 5P25A 1FEJC 1EC3A 5I3VA 1TSUA 4YCYA 4CPRA 5P43A 5P8AA 5P48A 1G6LA 2PSVA 4X2LA 5P1SA 4GB2A 1T7IA 5P6OA 5P5YA 2FDDA 5P7ZA 2Q64A 4QJ6A 4EJKA 1NH0A 3GGXA 2IEOA 4ZSRA 3TPRA 1OHRA 4HA5A 3TLHA 3HD8A 2NR6A 5P77A 4COEA 7HVPA 5P6HA 3VEUA 4Y3HA 3LITA 4M8XA 3UF3A 1HIHA 3WB4A 1HPXA 5P1WA 1DMPA 4Y3RA 2OHKA 2ZHRA 5HU1A 5JFUA 3A2OA 4IVSA 4RYCA 1YM2A 4TVGA 1E82E 5E5KA 4TRZA 3PB5A 5PEPA 1D4IA 4I0GA 5P6NA 1KJFA 1SP5A 1ER8E 5OZRA 1YTIA 5B18A 2IQGA 3TPPA 1QRPE 5P37A 5P7KA 3OK9A 4A6BA 3PSUA 5P7GA 5P5AA 5P6JA 3D91A 4DJYA 4ZSPA 4Y5LA 1LYBA 5P8SA 3NLSA 1UH7A 5P20A 3SA4A 5P4XA 5ENKA 4ZSQA 1E5OE 3ZOVA 5BS4A 4R91A 3EM4A 4J5JA 2HB2A 3NDTA 4FAFA 1C6YA 5P8DA 5P8TA 3KF0A 4J55A 5P5GA 1OD1A 2AZCA 3GI5A 3CKPA 1W5WA 1MRXA 1AXAA 1W6IA 5P3BA 1N49A 3I25A 2AZ9A 3KFPA 5P3VA 3OAGA 5P6FA 3LIZA 5SXNA 4Z2ZA 3L5CA 5P00A 5P8HA 4JOOA 5BWYA 5P3OA 3OUBA 2BBBA 3PWWA 4J1CA 5P71A 5SZ9A 4JPCA 4I0DA 3GI4A 2F3KA 3JW2A 2WF1A 3PBDA 4XX3A 5P50A 3SKGA 5P5MA 3CIBA 1XL5A 4B78A 4DQHA 5P0YA 5P6RA 3LIYA 5P1CA 3FV3A 3EL4A 2RKFA 5OZHA 3KN0A 1FQ8A 5AH6A 5P1MA 2B60A 3QAAA 3K5DA 2ZJNA 5APRE 3FNTA 5P02A 1SDVA 1HOSA 5OYWA 1SDTA 5OZNA 3BXSA 2FXEA 5P5DA 3O9LA 5P1YA 4Y37A 3OADB 4DQGA 1IDBA 1AM5A 2P8HA 2FNTA 3SM1A 5P40A 4DUSA 2G94A 5P3IA 5P5OA 3RVIA 3B7VA 4Q1YA 1FKNA 2JJJA 4I0JA 5OYSA 5P2DA 4B00A 5C9BA 5HE7A 3PEPA 3KDDA 2G24A 1G0VA 5P2HA 1DPJA 3QRSA 4FLGA 4EJ8A 5KQXA 1FF0C 5KQYA 3PCWA 2QHZA 5P28A 4Y5PA 2R5QA 3IN4A 3NXEA 3INHA 5P4OA 4A4QA 3ZMGA 2A4FA 2ZHSA 5P49A 1GKTA 5P39A 5P4NA 5P3UA 5OZ0A 5OYRA 5P6LA 2V00A 1GNMA 5DR1A 3VSWA 4J0VA 3RSXA 4Y5GA 5P1EA 5P3DA 3EL1A 4OBHA 4RZ1A 1PSAA 5P3YA 2Q54A 5P2FA 5P8CA 4K4PA 5P44A 3HLOA 1NSOA 5JG1A 2FDPA 3DCKA 2I4QA 1LS5A 1MVPA 1XL2A 2R9BA 4YA8A 4DJQA 1B6MA 5P82A 3DK1A 4Y3AA 2ER0E 4RLDA 3QS1A 2AVOA 2VIZA 5F01A 3LZYA 1HXBA 5P3AA 2OHUA 1Z8CA 2PWRA 5P5EA 5P68A 3NXNA 5OYTA 5P3XA 3CYXA 5P85A 3NDUA 3TTPA 4GJCA 5OZSA 5P0TA 2VA6A 3EBZA 3URIA 5P2MA 2J9KA 5P1GA 2IGYA 5P8JA 1KJGA 4EJDA 5P6AA 1HSGA 3ZKSA 3O99A 4KUPA 5P0FA 4FRIA 5P2KA 4HEGA 4B1DA 1LF3A 3O9LB 5P5SA 1BVEA 2P3CA 5OYQA 1B5FA 1LV1A 3R1GB 1ENTE 2ER9E 3O9AA 3NU9A 4AMTA 5IVRA 3LHGA 4Q5MA 5P5PA 1PSOE 4J1HA 2B42A 3IVIA 3HVPA 2F3FA 3QRVA 3BGBA 3KYRA 2P3DA 1HVLA 1FIVA 2BB9A 3N3IA 4JECA 4Z22A 5P7FA 3MWSA 3OQ7A 2QCIA 5KAOA 5P3WA 1T7JA 5OZCA 5P2NA 4DQCA 3EKTA 4FM6A 5DR7A 5EZXA 5OZLA 2VIYA 3PI0A 2QU2A 5OZ6A 3EL9A 1LF2A 4Y4ZA 3KDCA 3L5FA 3NU6A 2RENA 1FG8C 3PLLA 2G21A 3SO9A 1QDMA 1ODXA 3APPA 3WZ8A 5P34A 4EJLA 4D88A 5P19A 1IVPA 3NYGA 4LXKA 5P11A 3BUGA 3TKWA 4Z4XA 5P7VA 5P2VA 3GGVA 5P8KA 3R0WA 5P10A 3ZPSA 2OHRA 4DFGA 4ZLSA 4DPIA 1T7KA 2HPEA 5P52A 1MT9A 3UDRA 1G35A 3QBFA 5P8LA 5P3QA 5P6TA 3VLAA 1GVVA 3IAWA 3OU4A 4YBFA 4Y3ZA 5P6BA 1EC1A 3T7QA 5P2EA 3RSVA 4YDGA 5P4MA 5P2RA 1GNOA 5P0IA 4J54A 2QHYA 4J0YA 5P8QA 5P8EA 1XE6A 1F7AA 1MUIA 1K1TA 2R43A 3O9IA 5OZGA 3UDPA 5P7CA 5P7YA 3EKVA 2I4DA 3GGAA 3S7MA 1EPQE 2F80A 5HD0A 4ZEAA 3MSKA 3ZPTA 4E43A 5CLMA 2QI3A 2VJ9A 2P3AA 2NXLA 4Q1NA 4ER2E 2VIEA 5P1UA 5P0WA 2ZGAA 3PMUA 4Y3PA 5P7EA 2ZJIA 5P3NA 3LINA 5P0RA 3S43A 4Y44A 1LEEA 4Y4EA 2FIVA 4L6BA 5P2IA 1RPIA 3S45A 3OXWA 5F00A 5P30A 5P2LA 4AZYA 3ZKIA 4DPFA 6UPJA 4GYEA 5P72A 4MC6A 5SY2A 4NKKA 3OXVA 4Y4UA 4B1CA 2VKMA 3KT2A 4YD4A 4F73A 1HVKA 4ZSMA 3KDBA 3S2OA 1ZJ7A 1PROA 3VF3A 4R95A 4NJSA 5P79A 4Y53A 4ZIPA 4AA9A 3U7SA 3LPKA 1EAGA 5OYYA 5OZ7A 4LC7A 3QN8A 3PWMA 1IDAA 3SM2A 2BPWA 3PRSA 1K1UA 1YTHA 1LYWA 4DJUA 5OZDA 4PEPA 3UPJA 5ISJA 3PJ6A 4CPSA 3BGCA 1IIQA 4R5NA 1FLHA 5ER2E 3OTYA 5P3RA 1QBTA 1MTBA 5HCOA 3FX5A 3PHVA 5I3WA 4Y56A 2NNPA 5P80A 1EPLE 2AOGA 3NUJA 2AOCA 5OZZA 5P5HA 4Y3MA 1HEFE 4KE1A 4Y5NA 4OD9A 3OQFA 5P62A 2ER7E 2FXDA 5P6YA 4DJVA 1IVQA 2H6TA 2B7ZA 3IXJA 5P5FA 1YT9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R93 A;  4Y3Q A;  3IND A;  1D4S A;  2IS0 A;  4DJR A;  5P3F A;  3OAD A;  1OEW A;  4Y54 A;  5P3G A;  5OYV A;  4Y4B A;  2G1N A;  2R8N A;  5OZX A;  5P7D A;  2AZB A;  2Q15 A;  3IXO A;  3LNK A;  4RCF A;  5P0L A;  1B6K A;  4FIV A;  4DQF A;  3LZV A;  5P6I A;  3UFN A;  3OHH A;  1OEX A;  5P29 A;  2NPH A;  5KR8 A;  5E5J A;  3NDW A;  5P4U A;  3FSM A;  5P45 A;  4LBT A;  1FMU A;  5P57 A;  3ZPU A;  2XFI A;  1D4K A;  3QRO A;  4FE6 A;  1Z1H A;  1LF4 A;  4F76 A;  5P08 A;  5P4Q A;  2PYM A;  4NJT A;  1FFI C;  3DJK A;  3BVA A;  5P38 A;  5IVT A;  3OQD A;  3GI0 A;  4TRW A;  4B05 A;  2IL2 A;  5P8O A;  1AVF A;  2WF0 A;  4CPU A;  5C9F A;  3L38 A;  3VV7 A;  4N00 A;  3HDK A;  3N4L A;  5P7M A;  3VV6 A;  3NDX A;  5P7H A;  2IDW A;  1BIM A;  4ACU A;  3OUD B;  2VJ7 A;  3TPJ A;  1APT E;  1KJH A;  4CPQ A;  5P8G A;  4HE9 A;  2V16 C;  3AUP A;  5P7A A;  5P1P A;  3LZS A;  1GVW A;  3NR6 A;  4CPX A;  4DI2 A;  5P6P A;  5OZV A;  2FLE A;  3SQF A;  5P0D A;  4HLA A;  3MSL A;  2WF3 A;  3S56 A;  2A1E A;  2QNN A;  1IBQ A;  3VFB A;  1U8G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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