3HVPA

Conserved folding in retroviral proteases. crystal structure of a synthetic hiv-1 protease
Total Genus 11
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
11
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
molecule keywords UNLIGANDED HIV-1 PROTEASE
publication title Conserved folding in retroviral proteases: crystal structure of a synthetic HIV-1 protease.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 11
structure length 97
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1989-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hvpA00
2QNQA 2XYFA 4Y3EA 5OZYA 5OZCA 1PPLE 2F3KA 1TZSA 2O40A 5P8QA 3ZLQA 9HVPA 3VLAA 4OBZB 3ST5A 1FG6C 3EM3A 5P8IA 4R93A 1HPSA 1EC1A 5HE4A 4FL8A 3GGVA 5P5CA 2G26A 5OZGA 2V16C 1IZIA 5JFUA 4YOAA 5P76A 3OXVA 4Q1WA 1LEEA 1T6EX 2IGXA 3VYEA 1FQ6A 4QGIA 5F00A 1KJHA 2OF0A 1HVKA 3ZKQA 1HPXA 2BPXA 5COKA 5P3XA 3TPLA 5I70A 1QRPE 4L7JA 3VSXA 4DJQA 3QAAA 2HPEA 3L5FA 4J0VA 1B6MA 5OYRA 5P5VA 3O9GA 4DJYA 3QI1A 5P0MA 3NLSA 4B1DA 3K5DA 5P89A 1SH9A 4OC6A 2WL0A 4GJ6A 4JPEA 3LPIA 5OZOA 3TH9A 5P1PA 4U7QA 4Y3GA 5OZKA 4YDGA 3GI6A 5P2UA 3RTNA 3SA4A 5P6HA 5E5KA 2I4QA 3GI4A 3VYDA 1MT9A 4I0DA 4J1IA 3KT2A 4I0JA 3UDMA 3EC0A 3OTYA 3OQAA 4QJ9A 5DR1A 5P0TA 5P36A 4GJ8A 3PRSA 4ZEAA 2VJ9A 5P5IA 3INFA 5OZMA 3MXEA 1JLDA 5P0NA 3DK1A 5P0DA 3QRMA 2V11C 3DJKA 4M8YA 4I10A 5P66A 2I4UA 3T6IA 5I3VA 4U7VA 5P03A 1FB7A 3HD8A 3R1GB 1PSOE 5P83A 5OZIA 1IVPA 4L1AA 4CPWA 2QHCA 3UQUA 3OUAA 4QJ8A 1EEDP 1IZEA 4J1HA 3EKWA 4Y5KA 1T3RA 2B60A 1LYWA 3GGUA 1BXQA 2AZ8A 4LL3A 1HPVA 2VA6A 3VF5A 4B1CA 3FSMA 2AOFA 1W6IA 4EQ0A 3VLBA 2AOCA 5P63A 5KR0A 2HS1A 1A30A 4WTUA 5P74A 2CENA 5P2HA 4Y3LA 5P7LA 3F9QA 1YM2A 2QMPA 1AIDA 2OHSA 5P4OA 5JODA 1UH7A 5P18A 4DJUA 3B7VA 4A4QA 1LZQA 2NXMA 5P7TA 1MT8A 3OUDA 3S45A 3L5BA 4EP2A 2XYEA 4GMIA 4LP9A 3L3AA 5KR1A 5SXNA 5P8OA 5P6BA 4DJXA 3CIBA 4XXSA 5P4JA 1CMSA 4YA8A 2BPYA 2BKSA 2WJOA 5OYZA 1BWAA 1GNNA 4IVSA 3OU1A 5IVTA 3VF7A 4XX3A 5IVRA 2FDEA 1BV9A 5P6IA 3IXJA 3TPJA 3O9HA 4B0QA 3PCZA 5P8GA 1ME6A 5P2RA 2PC0A 1OD1A 4Z50A 4LXAA 3ZPSA 1EPQE 5P0SA 5P0JA 1NSOA 3APPA 3IGBA 3BVAA 1GVXA 3RU1A 5P6AA 5P7VA 3EKTA 5P2KA 3A2OA 1YM4A 2XFKA 3CKPA 4Y3HA 4PYVA 3BUGA 4YD3A 5P24A 3VUCA 5P6TA 3UDKA 4EWOA 1SIVA 2VJ7A 2QI5A 5P0XA 3OXWA 5P3JA 3AIDA 5P54A 5P69A 1G2KA 5P7DA 3UDYA 1Z1HA 1EPNE 1XL2A 2Q54A 4RZ1A 3L59A 5P5RA 5P50A 2VIJA 3D1ZA 5P5EA 2QMDA 5IVQA 2FIVA 5P1VA 3KF0A 4GYEA 3S7MA 4YHQA 2AOHA 3H5BA 4PEPA 2ZGAA 1HVIA 3LZSA 4MC2A 3EKXA 5P3FA 5P6VA 3OGQA 4YD7A 5P2LA 2RSPA 1Z1RA 2QCIA 3SKFA 4GJ7A 5P7KA 4J1FA 5P0IA 1HSHA 1ZPKA 5P56A 3R0YA 1W51A 3JW2A 2VIEA 2APRA 3OAGA 5P1TA 4HVPA 2FLEA 3SPKA 3KM4A 3L5CA 2F3EA 3NUJA 5OZVA 3KYRA 3INEA 5P5HA 1D4JA 5BS4A 1AXAA 4TRYA 5P61A 1K1TA 4YD4A 1IZDA 4KE0A 4X2LA 5P53A 4NKKA 5OYWA 4Y44A 3NWXA 1C6XA 5OZQA 5P2WA 1B5FA 2OHTA 2NR6A 5P3HA 1YG9A 5P1MA 1IZHA 4DPFA 4PPHA 5P0HA 5P6PA 4EJLA 3SFCA 1OEXA 4Y43A 5P7ZA 3I8WA 3KMXA 2R9BA 2HC0A 1APWE 2P8HA 3GI5A 2EWYA 4B00A 5P2SA 2J9KA 4XX4A 1YTGA 5P2CA 5P4AA 2AQUA 5P5LA 2IRZA 5HE5A 5P7OA 1A8GA 3L5DA 3PWMA 1GNMA 5SY3A 3QIHA 4EXHA 5P7AA 4Y47A 4Y3FA 3L38A 1AAQA 3B80A 4YOBA 1ZBGA 4BELA 2ER9E 2G1RA 2JXRA 2BPZA 3G72A 4QJ2A 3SQFA 1GVTA 2FXDA 3TPPA 3GGAA 4I0GA 3EKPA 2IS0A 2H6TA 2O4SA 5P14A 5P7FA 3HVGA 1QBRA 5OZBA 5P1LA 4QJAA 2PWRA 1APTE 4R5NA 5P7SA 5P1BA 5P8LA 4QJ6A 5OYXA 1BAIA 4OC6B 1DW6C 3TL9A 5P81A 3O9LA 3SA7A 5P0BA 2V12C 3QBHA 5P62A 2IDWA 3LZVA 4Y5NA 1PFZA 5P15A 4APRE 3T7XA 4GJBA 3KFSA 2VIYA 2ZHTA 5P0GA 5P3LA 4WY6A 3UPJA 5DR7A 3S2OA 2ER0E 5P8FA 4ZSQA 4Y4TA 5P6JA 5P8TA 5P55A 5P6YA 1MSNA 3I2LA 3OHFA 5P8RA 5C9DA 4J0YA 2PSGA 2WECA 3BUFA 1FFFC 2JJIA 3VG1A 5F01A 1GNOA 5BRYA 4EQJA 4BFBA 1FQ7A 4JECA 5ER1E 3HW1A 5P6GA 4LXKA 4K4QA 3VSWA 3S53A 3NXEA 4CPTA 1IDAA 4GIDA 3OADA 2RKGA 1BVGA 3OQ7A 1E5OE 3N3IA 4D85A 3TNEA 5P2JA 5DR8A 3SA9A 5P5UA 3OOTA 2G1SA 1M43A 4OD9A 1QBSA 3LIYA 2VNNA 3VEUA 4M8XA 2G1NA 5DPZA 3R0WA 3PEPA 5P45A 5DQ2A 4FS4A 1LYWB 3UFLA 1M4HA 3PMYA 5P1NA 5P6KA 1ZAPA 5P4RA 5P7EA 4OBHA 5AH9A 2RMPA 5T4SA 4YD5A 4B05A 2WEZA 1HTGA 3UDRA 3UDJA 5P33A 4Q5MA 1EBYA 3IVHA 2ZHRA 4Y3XA 3PMUA 3UF3A 1MVPA 5P4MA 3D3TA 2QP8A 4Y51A 3PBZA 4PZXA 5P0KA 5P87A 3CIDA 4DVFA 3O9IA 4ZE6A 1AZ5A 2ZJMA 5P5YA 3EL1A 1HVSA 5P2VA 5HDZA 3UCBA 3ZKGA 2QZLA 4J1CA 4FRIA 5P4FA 3O9CA 2V0ZC 3OU4A 4HEGA 5OZ6A 1HEGE 2R3WA 3SA6A 3PCWA 5COOA 1A94A 3UDHA 1MESA 3OU1B 2HB4A 3ZKMA 1A9MA 2O4PA 3D1YA 5P84A 2B8VA 5P02A 4L7HA 4Y58A 3PSUA 1PPKE 1LF4A 5ER2E 2PMAA 4DI2A 2ZJJA 1HVCA 3Q3TA 3QRSA 1MRWA 3KA2A 1T6GA 3URLA 3FKTA 2FXEA 5P68A 1K6VA 5UPJA 4Y45A 5P17A 3H0BA 5P48A 1UH8A 3EKYA 5P19A 4EJ8A 3KMYA 5P1WA 5P8KA 4B77A 3RTHA 4DJVA 5AH8A 1SIPA 4GB2A 5P3UA 4GZFA 4LC7A 5P8JA 5OYQA 3PI5A 2AOEA 5P2ZA 3TOHA 1LYAB 3NU6A 4CPSA 2Q5KA 5OYSA 5P4IA 5P27A 6FIVA 5P85A 4I0IA 3T7PA 4HA5A 1FIVA 5P51A 3AUPA 5P10A 5P6XA 3MSKA 2O4KA 5P6OA 2V00A 1D4YA 4R8YA 4RRNA 1G0VA 1AM5A 4LAPA 4ZSPA 3SO9A 5P0OA 4K9HA 1FEJC 4TVGA 5P52A 1HRNA 1FQ5A 5P1EA 5P4PA 4ZPFA 2BKTA 3ZKXA 2V13A 1AVFA 5OZAA 3NWQA 4Y3WA 2J9JB 3PBDA 3K4VA 4IVTA 5P3SA 3TLHA 1PSAA 5P43A 5OZ1A 1LF3A 1ODXA 4ZSMA 3TOGA 1GVUA 3WSJA 2AZ9A 2QD6A 2JE4A 3OAGB 4L6BA 5P3RA 1B6JA 4Y3ZA 3BUHA 4EJDA 2I4VA 2WF3A 5P7YA 4FRJA 4DJRA 1UH9A 1M0BA 4Y3AA 5P44A 4FCOA 3O9EA 5P1RA 5P3KA 4RCFA 2QI6A 1SGUA 2Q63A 3APRE 2HB2A 4J0TA 4FSLA 4OBFA 3K1WA 5OZHA 1C6ZA 5IE1A 5P77A 5P3GA 1HIIA 4DV9A 3WZ7A 5P3YA 1XE5A 4COEA 2PYNA 5ISKA 2PH8A 2G27A 4LBTA 1FMXA 3BGBA 4FAEA 4FM7A 1HTEA 5DQCA 2P3AA 5P3DA 2QMFA 1SGZA 4RCEA 4B1EA 1W5VA 1LS5A 3RSXA 2I4XA 5P86A 2ZJIA 2BB9A 5OZRA 4DQHA 1W5XA 2VA5A 2OHKA 3HAWA 2A1EA 5OZSA 3BGCA 2AOIA 3BC4A 5P1XA 2I1AA 3UDPA 2FS4A 4LHHA 3L58A 2OHPA 4DFGA 4GJDA 4KE1A 3SA5A 1ZSRA 2ZDZA 2AZCA 2P3BA 2QZXA 3VYFA 1HVHA 2WHHA 3ZPUA 1FQ4A 2OHNA 4OBJA 3VCMA 4Q1XA 5P1QA 5P5FA 3EL0A 3ZKSA 5P3AA 1BXOA 1MRXA 3K4VC 5OZZA 3FNTA 2PQZA 4FM8A 1YTIA 2QMGA 2VA7A 5TOLA 1FMBA 5P3PA 1T7IA 4H3IA 2WF1A 4HDBA 3O9LB 3PLLA 5OYYA 3O99A 2ZE1A 4APEA 2QNNA 1K2CA 2OHUA 2ER7E 5P7PA 4UPJA 4F73A 1XL5A 3LINA 5OZPA 4FRSA 5EZXA 2UXZA 3HAUA 4I0ZA 5P00A 1HTRB 1T7KA 4Y4DA 5P0EA 3JVYA 2XFIA 1EC3A 1HXBA 2VKMA 5OZXA 4AMTA 4EHCA 5P6CA 2OHLA 4Y5PA 4Y41A 1PSNA 3LIQA 2Q11A 5P2OA 5P16A 5P38A 1XN2A 5P3BA 3VV7A 4XKXA 2QK5A 2BQVA 4DJPA 5P32A 5P67A 4Y5CA 2HB3A 5HDUA 5DGWA 5P6RA 2QU3A 4Y54A 3SM1A 1F7AA 3FIVA 3EBZA 3O9AA 1MTRA 5P6NA 2R3TA 1KJ4A 2PK6A 4F76A 4OBZA 1B11A 1RNEA 3T3CA 5P5AA 4NJSA 3HDKA 3OQDA 3PWWA 1LYBA 5IS4A 4TRWA 2OHQA 4GJ9A 5P2TA 3ZKIA 1HVJA 1AJXA 4EXGA 4RGHA 2P3CA 5P4XA 3I7EA 4Y57A 3INDA 1G35A 1KJGA 2UY0A 4D89A 1FG8C 3QS1A 2WEDA 3NDUA 4ACXA 4Y38A 3R4BA 5APRE 1ODWA 4RVIA 5DQ1A 2NMZA 4K8SA 5P73A 2A4FA 3DV1A 5P65A 5P6ZA 4B78A 2JYSA 2NXDA 5KAOA 5P29A 1NPVA 2ER6E 5P1UA 2BJUA 5P26A 4Y5LA 8HVPA 3SM2A 5P4KA 4JPCA 3KDBA 4Y9WA 2WF4A 1K6TA 5P3MA 5OZ2A 1XN3A 3OTSA 3PB5A 4YE3A 4Y4GA 2VJ6A 4I0HA 4CMSA 3D1XA 4DQCA 3Q6YA 4D88A 3K5FA 2Q3KA 2ZHVA 2RKFA 4KUPA 3ZL7A 3L5EA 5P0FA 5P5WA 5P70A 5P60A 2AZBA 5P1SA 3ZPTA 4Y3SA 1IIQA 3RTMA 5HU1A 4AA8A 5OYVA 1CPIA 2I0DA 4Z2ZA 2QZWA 4RLDA 1GKTA 3C9XA 1NPWA 1HSGA 4ER4E 5P5PA 5HTZA 5HVPA 1Q9PA 4J55A 2G21A 3QBFA 1VIKA 5P8DA 5DQ4A 1HBVA 1APUE 2P4JA 3SKGA 5P1JA 3LHGA 5ENKA 2BPWA 5P1ZA 1EC0A 1MUIA 4Y35A 4HZTA 1Z8CA 2WF0A 4N00A 5P57A 2OAHA 4DPIA 5OZUA 4CP7A 3DM6A 3EKVA 5P35A 1FLHA 3U6AA 4NJVA 4Y3TA 4Y5AA 5P3NA 3ZKNA 2IQGA 5OZ4A 1W6HA 5DGUA 3TTPA 5C9FA 4JOOA 1NH0A 2ZJLA 3OK9A 1QS8A 4ZPGA 4DH6A 5P8VA 1LF2A 4DQEA 5P5NA 4U8WA 3CYXA 3T7QA 5P1KA 3SACA 3IA9A 2VIZA 2AVQA 5P2GA 2NXLA 2IKOA 1SDUA 1ER8E 1N49A 2V10C 2PWCA 5P0VA 1DAZC 1TW7A 5P4VA 1RV7A 3PM4A 5P37A 4MC9A 5P8PA 5P05A 4F75A 5P5MA 4ZPEA 5P5GA 2BPVA 1RL8A 1K1UA 2QZKA 1MTBA 5DR3A 1YX9A 4FIVA 4Y5MA 5P3CA 1EPRE 4ZLSA 4Y3JA 4YBIA 5AH6A 3TKGA 1WKRA 1HVRA 5EZZA 4RRSA 1W5YA 5P8BA 3RVIA 1BWBA 2PH6A 1BIMA 4H3GA 4DQFA 3K5CA 4DJWA 5P7CA 3LPKA 4QJ7A 2R5QA 5P7RA 1HSIA 4L1AB 2PSVA 5P4DA 2UPJA 4TRZA 2OHMA 5P12A 3CKTA 3EL9A 5SZ9A 1BDRA 1ZLFA 4FE6A 4FRKA 3RSVA 5P0YA 4R95A 5P22A 3S7LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QNQ A;  2XYF A;  4Y3E A;  5OZY A;  5OZC A;  1PPL E;  2F3K A;  1TZS A;  2O40 A;  5P8Q A;  3ZLQ A;  9HVP A;  3VLA A;  4OBZ B;  3ST5 A;  1FG6 C;  3EM3 A;  5P8I A;  4R93 A;  1HPS A;  1EC1 A;  5HE4 A;  4FL8 A;  3GGV A;  5P5C A;  2G26 A;  5OZG A;  2V16 C;  1IZI A;  5JFU A;  4YOA A;  5P76 A;  3OXV A;  4Q1W A;  1LEE A;  1T6E X;  2IGX A;  3VYE A;  1FQ6 A;  4QGI A;  5F00 A;  1KJH A;  2OF0 A;  1HVK A;  3ZKQ A;  1HPX A;  2BPX A;  5COK A;  5P3X A;  3TPL A;  5I70 A;  1QRP E;  4L7J A;  3VSX A;  4DJQ A;  3QAA A;  2HPE A;  3L5F A;  4J0V A;  1B6M A;  5OYR A;  5P5V A;  3O9G A;  4DJY A;  3QI1 A;  5P0M A;  3NLS A;  4B1D A;  3K5D A;  5P89 A;  1SH9 A;  4OC6 A;  2WL0 A;  4GJ6 A;  4JPE A;  3LPI A;  5OZO A;  3TH9 A;  5P1P A;  4U7Q A;  4Y3G A;  5OZK A;  4YDG A;  3GI6 A;  5P2U A;  3RTN A;  3SA4 A;  5P6H A;  5E5K A;  2I4Q A;  3GI4 A;  3VYD A;  1MT9 A;  4I0D A;  4J1I A;  3KT2 A;  4I0J A;  3UDM A;  3EC0 A;  3OTY A;  3OQA A;  4QJ9 A;  5DR1 A;  5P0T A;  5P36 A;  4GJ8 A;  3PRS A;  4ZEA A;  2VJ9 A;  5P5I A;  3INF A;  5OZM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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