3HW1A

Structure of bace (beta secretase) in complex with ligand ev2
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
389
structure length
370
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Based Discovery of BACE1 Inhibitors Using Functional Assays
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 370
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hw1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hw1A02
5P2ZA 3QBFA 5KR1A 5P6ZA 5P5FA 1HSIA 3T7QA 1IVQA 3SO9A 4Y3YA 4Y3FA 1YM2A 4LHHA 3FV3A 1HIVA 1B5FB 1FFIC 2AOHA 5EZXA 5P78A 2EWYA 1BWBA 4Y5PA 2G1RA 1HVJA 3WZ8A 2F3FA 1N49A 5P2DA 4Y3GA 2O4NA 3FSMA 5P0AA 4NJUA 2R8NA 1DMPA 3MSLA 5P6EA 2IKUA 5P70A 5C9FA 3SACA 1EPQE 3MSKA 5OZGA 1PPME 1NSOA 2WKZA 5P60A 5OZ2A 1HTEA 2WEZA 3CIBA 3FX5A 3SFCA 4U7VA 3CYXA 2ER9E 4UPJA 5P3UA 1GNOA 2OHPA 2NMZA 3VSXA 5P3AA 2AOGA 1AXAA 2J9KA 4DPFA 2PK5A 2Q15A 4I8WA 1HIIA 4FLGA 4ZSMA 3HAUA 5P18A 2CEJA 2AODA 2QMPA 2QHZA 4NJVA 5HDVA 4U8WA 2PH8A 5OYZA 3LZSA 3PEPA 5P61A 1YM4A 1K6TA 4Y4TA 4Z22A 5P17A 3SLZA 2IDWA 3VYDA 5P48A 4NPUA 3JVWA 5P7JA 4DQCA 4FAEA 3HVGA 4Y39A 5P73A 3LNKA 5OZOA 5P3DA 3O9GA 1B5FA 3PI5A 3SA8A 4Y5EA 3NWQA 4I1CA 3FNSA 3O9HA 5C9DA 1FQ4A 5P2KA 4RVJA 2G69A 2QI1A 2QNPA 3QRMA 5P03A 1HOSA 5P00A 5P3KA 1IZIA 4PHVA 3KT2A 3TOGA 3EKYA 2B42A 1D4LA 2H6TA 3DM6A 4Q1NA 4Y3LA 1FEJC 4NJTA 3CICA 4XKXA 4AA8A 3LIQA 4ZPEA 5P53A 3EMYA 3QN8A 2F3KA 2WF2A 5P35A 5P07A 5P3IA 5P1PA 2ANLA 3PHVA 5P6TA 5P84A 2AOCA 1MVPA 2VKMA 5P2LA 3EL5A 5KR2A 4LL3A 1T7KA 4Y3XA 2BPXA 4CPQA 4QJAA 3NDUA 2G1OA 5P42A 1AZ5A 3CKTA 4RCEA 2I4WA 1FG6C 4XX4A 1ENTE 4FS4A 5P05A 5P6XA 5P7DA 1SMEA 3PWMA 3VFAA 3TL9A 3KYRA 5P4DA 3JVYA 3CIDA 3G70A 5P56A 3S43B 3EM3A 3OTSA 3LITA 4I10A 4DJXA 4KB9A 2R3WA 4TRYA 2OHTA 5FIVA 3TKGA 3TLHA 3U71A 2V00A 3IGBA 2ER6E 1FQ6A 1M0BA 3OXXA 2CEMA 3SM2A 2BPWA 4J54A 1B6PA 2HB4A 4Y4UA 5P49A 5P7VA 2FNSA 2QI6A 4Y43A 3ZKIA 3SAAA 3K5FA 1YTIA 5P3QA 5P89A 1QS8A 2I4VA 3L38A 5J25A 4B70A 5P7GA 1D4SA 2G21A 5P75A 4CPUA 5P1BA 4DVFA 1E5OE 5P0CA 3GI4A 2O40A 5P8RA 5OZJA 3VCMA 5P01A 1APWE 3C9XA 3RSXA 3UHLA 1WKRA 3TPLA 3UDHA 2AVMA 3KMXA 3S43A 1C6YA 1EBZA 1U8GA 3I8WA 1SH9A 3PWWA 3TOFA 5P8PA 2R5QA 5P8BA 4DJVA 1ZLFA 5E5JA 3SA3A 3NUJA 5P4OA 3KT5A 2O4KA 4DJPA 4Y56A 3CKRA 1DP5A 3S85A 5F00A 3PCZA 1A94A 3NXEA 5IE1A 4HDBA 4Y4GA 2HIZA 3LIVA 1ZJ7A 4LAPA 2P8HA 3D91A 3KDDA 3H0BA 2AQUA 5P58A 1EBYA 4BEKA 3DV1A 5P12A 3D20A 5P3NA 2OHNA 5P2GA 2QNQA 5P41A 2AOEA 4Y6MA 1AAQA 4PZXA 1EC3A 1BV9A 5P28A 5HD0A 1VIJA 2SAMA 3KDCA 4RRNA 3T7XA 1K6PA 4RGHA 2QMDA 2QU2A 5P6GA 3K5GA 4H3IA 5P02A 3KMYA 1G35A 3S2OA 5P8TA 1CZIE 3OXWA 4Y41A 5OZ6A 4DUSA 1ZSFA 3DJKA 2VS2A 3S53A 4NJSA 4Y45A 1LYAB 3ZLQA 5P1UA 3L58A 3UQUA 2NXMA 4NPTA 2FMBA 2VNNA 2OHUA 2I0AA 4Y5MA 4TVHA 3PBDA 5OZ1A 4MC2A 3HAWA 4YE3A 3OADB 4Y3WA 5P1KA 1XL2A 1CPIA 1SDUA 2CENA 3KM4A 4RYGA 3SM1A 1FG8C 3UQXA 1TSUA 2RMPA 3Q6YA 3NLSA 1D4HA 1B6MA 4J1KA 3VLAA 3PSGA 3PLDA 3ZPUA 4AMTA 5P2YA 4FRKA 1QBUA 3PWRA 3D1XA 5P4JA 4XX3A 2QAKA 5P0UA 5P20A 1IZHA 5HDXA 2B8VA 4Y9WA 1META 2QZWA 3ST5A 5OZTA 3UDQA 2VIEA 5P77A 3K4VC 1APUE 2ZHRA 1LF3A 1LS5A 4J1EA 2XFIA 4QJ2A 5BS4A 1T6GA 5DR0A 5P7ZA 1IBQA 5P2IA 4A6CA 1FQ5A 1LYAA 3MXEA 3TKWA 5OZ9A 4LXKA 3EL9A 5AHCA 2AOFA 1T7JA 4RRSA 5P7BA 4Q1XA 5P2AA 2PWCA 1SDTA 1BAIA 3WZ7A 5OZIA 5P27A 3GGUA 3ZMGA 5SY2A 3OADA 4LXMA 4I0DA 4IVTA 5P0HA 5P72A 5C9BA 5PEPA 1D4IA 1AVFA 3PMUA 4L7HA 1RNEA 5P8NA 4Y4JA 1W5XA 1FQXA 5P1XA 2PK6A 4J1CA 5P8HA 3TPRA 3HLOA 5HU0A 2V10C 4YOAA 1UH8A 1F7AA 2UXZA 2Q64A 5P2UA 5P4YA 5P7MA 4YDFA 4Z4XA 3INHA 5P7LA 5P1JA 5P4QA 2ZYEA 1D4KA 3LPJA 5P2TA 3UFLA 2I4UA 5DPZA 4Y5LA 4B78A 2V13A 3RTNA 3EM4A 4M8XA 5P0YA 2I1AA 2VA7A 1M4HA 2ZJIA 3PCWA 2AVVA 4CPRA 3QPJA 1YG9A 5P1YA 4MC1A 3R0YA 4GJ9A 3OWNA 5I3WA 3LZYA 4Y3HA 4K4QA 4YHQA 1A9MA 1SP5A 4FE6A 5P0NA 1M43A 4GJCA 1FMBA 1OEXA 3INFA 4PZWA 5JFPA 5P45A 3URLA 1FMXA 1SDVA 2FIVA 5P43A 4B05A 1W51A 2FDDA 2P83A 5KR0A 4EXHA 2Q63A 3BUHA 4A4QA 4YD5A 5BWYA 1DAZC 5P0EA 1A30A 4K9HA 1WBMA 4B0QA 5P5UA 2BPZA 1Q9PA 9HVPA 5OZLA 2PH6A 2NNPA 1HPXA 2P3AA 3IXJA 5P5MA 3BC4A 2QD7A 4JPEA 5KOSA 3NDXA 1BDLA 5P3MA 4HZTA 5P4MA 4CPSA 5F01A 7UPJA 2WF0A 5KR8A 1GVXA 4AUCA 1LF4A 1MSNA 3JW2A 1PPLE 3APRE 3G6ZA 2P3CA 5OZSA 4DFGA 5HE7A 4S1GA 1ME6A 5P1SA 3L5DA 3Q70A 4B72A 4H1EA 2FXEA 5OYRA 5P8AA 4GJ6A 2JJJA 1B6LA 1EC1A 3LZUA 4K4RA 1APTE 5P4GA 3S54A 3ZKSA 2R38A 3EXOA 5P3EA 3L5BA 1BVEA 4WY6A 1FQ8A 3QVIA 1IVPA 3IVIA 5P2OA 1HRNA 3QBHA 5P3XA 3SA4A 3LHGA 2ZJHA 1UPJA 3URIA 3IN4A 2QD8A 4J1FA 2I4XA 5P5QA 1ODXA 5P2JA 3MSJA 4EP3A 5ER2E 4Y5NA 3PVKA 1PSNA 5P6IA 3UDKA 1GVTA 3TPPA 1EPRE 4YCKA 4GJDA 2QZXA 4Y35A 5P46A 4ZSRA 5P40A 3VEUA 5OZMA 1HIHA 1HXWA 5T4SA 1J71A 1ZPAA 5P7NA 2BBBA 2ZJKA 5P10A 5P85A 3Q3TA 5P65A 2ZHUA 1EPME 4GJBA 1K6CA 5P5ZA 2ZJNA 4EJKA 4YDGA 3ZKGA 4Y4EA 5P11A 4ZSPA 1HBVA 1MEUA 3PI0A 2HM1A 2BPVA 2WF1A 4WY1A 1XE6A 3SQFA 2NXDA 4JECA 2QI4A 4QJ7A 4YCYA 2IGXA 2IENA 5P6LA 2ZJJA 3BVBA 2V11C 3L5EA 1SGUA 3NDTA 3OXVA 3UPJA 1HPSA 2ER7E 5P06A 5P4PA 1IDBA 4QJ8A 3HZCA 5P7YA 2R5PA 3O9LB 5P39A 2ZJLA 2BB9A 5P51A 3T6IA 4Y51A 3KFSA 3UDYA 4J1IA 2NNKA 2MIPA 3PSUA 1FLHA 4ER1E 5P5JA 5HDUA 5P0QA 3WB5A 4DJQA 5OYTA 5P7PA 5P0BA 4H3JA 5OZCA 4R8YA 4OBFA 5P0SA 4J55A 4GYEA 5P8MA 2BJUA 1MT9A 3FNUA 3O9AA 4Y5AA 5P0VA 2Q5KA 4Z2ZA 4APRE 4DQBA 3TNEA 1ZBGA 5P47A 5P7IA 4DJRA 8HVPA 3B7VA 2IL2A 4YOBA 4OBDA 2QP8A 3GGVA 3D3TA 3VF7A 3OHFA 3EC0A 1PFZA 3GGXA 1QBTA 3EL0A 4DQGA 4Y38A 1MTRA 3O9IA 4N00A 3ZKNA 4J0TA 5OZEA 4F73A 4HE9A 3OQAA 1W6HA 4CPTA 2G1YA 3OU3A 5P62A 3VYEA 1B11A 1Z8CA 2A4FA 3O9LA 1D4YA 1K2BA 3OAGB 5P25A 3NU9A 5SZ9A 3T3CA 5P5EA 3ZPSA 1ODYA 2OAHA 2WL0A 3OQFA 5BRYA 3UDMA 3VSWA 3UF3A 1K6VA 1MERA 5P3RA 1PPKE 5P63A 5P1OA 1HVLA 4Y37A 4HLAA 3D1ZA 5P0KA 5P4TA 5P1GA 1HPOA 1BDRA 3EL4A 2V16C 4GJ8A 5IVRA 1FMUA 3I6OA 3TPJA 5P6MA 5ER1E 2NTRA 4ER2E 4RVIA 2R3TA 5OZBA 1W5YA 1EPNE 5P30A 3I2LA 1XN2A 2FDPA 5P6BA 3OUDB 3UDRA 5P8LA 2ZHSA 5P50A 5P66A 4TRZA 5P80A 2ZHTA 1MTBA 5DQ5A 2QD6A 3K5DA 3SPKA 5AHAA 5P71A 3VV7A 5P3PA 5P5KA 1HEGE 1D4JA 1B6KA 5P2VA 4DJYA 4QGIA 5P4WA 2BPYA 1HEFE 5P0GA 2HAHA 2PSUA 4YD7A 3OAGA 5OZ7A 1KJGA 5P7CA 3KFNA 1MRWA 5P14A 2IQGA 5SY3A 4A6BA 2ZGAA 4ZPGA 1YTJA 5P38A 4FM8A 5P5BA 5P19A 5P3JA 1UH9A 2B7FA 1EC0A 5B18A 1HVSA 3K4VA 5P7EA 5P0ZA 3VF3A 3OUCA 3BUGA 3S7MA 3QS1A 2QI0A 3NYGA 4HDPA 3MWSA 4I0JA 5P8OA 2B7ZA 4J0VA 4MC9A 4Y3MA 1BVGA 1GKTA 3KDBA 2OF0A 1EBKC 1AM5A 4GB2A 5AH9A 3QVCA 3O9EA 3OUDA 2HPFA 5P5PA 3N4LA 4PEPA 4ZE6A 4EWOA 2PWRA 2FDEA 3GGAA 1DIFA 3NWXA 1BV7A 4Q5MA 3KFRA 4FM6A 5OZZA 2VA6A 5OYYA 5P6SA 3WZ6A 4Y44A 4Y3SA 4TVGA 5P5DA 5OZRA 5P8CA 6UPJA 5P0TA 5P16A 3UDJA 5P3OA 2G1SA 1HVRA 4QJ9A 1C70A 4Q1WA 1BXOA 4I8ZA 5P2RA 2VIYA 5KQZA 2WF3A 5KQXA 3NDWA 3U6AA 2JYSA 3UQWA 2B60A 2IEOA 5TOLA 3KFPA 5HVPA 5P33A 3PJ6A 5HCTA 3ZOVA 3OQDA 4AZYA 2VNMA 2O4LA 3KF0A 1W5VA 5P3GA 4EXGA 5JFUA 3OOZA 5P23A 5P5IA 3QROA 1MPPA 5P54A 4BFDA 1SBGA 1KJ7A 5P0XA 4Y3JA 4DQFA 3GI6A 5P6HA 5APRE 5P31A 4R5NA 4I0EA 1T7IA 5P1MA 5P52A 5P6YA 2BKTA 4FL8A 1LV1A 4COEA 3AUPA 4DH6A 4ACUA 3HDKA 2OHLA 5OZ8A 3VYFA 5COKA 4FRJA 4J0YA 3R1GB 5DR1A 5P6VA 2IKOA 3IXKA 3B80A 5DGUA 3VLBA 2RENA 4YBIA 3I7EA 6APRE 3FIVA 4R92A 1CMSA 5P2BA 3PRSA 1GVVA 4B00A 5DQCA 4RYCA 5DGWA 1LZQA 5COPA 5P81A 1MSMA 3IVHA 5P7OA 5P4LA 3QI1A 1ODWA 1NPAA 1KJFA 5HDZA 3N3IA 5IVQA 1APVE 1HVIA 5P6DA 3EKWA 1ZAPA 1QRPE 1PSOE 3HBOA 1E81E 3K5CA 3INDA 1HXBA 3NU6A 2FLEA 5OZ3A 4KUPA 1ZP8A 2NXLA 1OD1A 2Z54A 4H3GA 3L3AA 3BXRA 1KZKA 5AH6A 4BFBA 3DK1A 4Y3PA 5P0LA 1QDMA 5P7AA 2BKSA 1HWRA 2AZ8A 2VJ6A 3H5BA 4L6BA 4KE0A 5P8IA 1XL5A 3BHEA 2Q11A 1QBSA 5P2MA 1IZDA 3TTPA 1SIVA 4B1EA 4ZPFA 4U7QA 5P8EA 4I0GA 4D85A 5P2CA 1HSGA 3EKTA 1UH7A 2WEDA 5P57A 1NPWA 5P5SA 5P3TA 3BXSA 1MESA 5P0JA 4RROA 5P1QA 3WB4A 3O99A 4QJ6A 4Z50A 3UQPA 5OZHA 3DOXA 3BGCA 3OOTA 5ENMA 4K8SA 2WJOA 4HA5A 1FKNA 1FB7A 4L7JA 5P1LA 3S45A 3OQKA 5OZUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2Z A;  3QBF A;  5KR1 A;  5P6Z A;  5P5F A;  1HSI A;  3T7Q A;  1IVQ A;  3SO9 A;  4Y3Y A;  4Y3F A;  1YM2 A;  4LHH A;  3FV3 A;  1HIV A;  1B5F B;  1FFI C;  2AOH A;  5EZX A;  5P78 A;  2EWY A;  1BWB A;  4Y5P A;  2G1R A;  1HVJ A;  3WZ8 A;  2F3F A;  1N49 A;  5P2D A;  4Y3G A;  2O4N A;  3FSM A;  5P0A A;  4NJU A;  2R8N A;  1DMP A;  3MSL A;  5P6E A;  2IKU A;  5P70 A;  5C9F A;  3SAC A;  1EPQ E;  3MSK A;  5OZG A;  1PPM E;  1NSO A;  2WKZ A;  5P60 A;  5OZ2 A;  1HTE A;  2WEZ A;  3CIB A;  3FX5 A;  3SFC A;  4U7V A;  3CYX A;  2ER9 E;  4UPJ A;  5P3U A;  1GNO A;  2OHP A;  2NMZ A;  3VSX A;  5P3A A;  2AOG A;  1AXA A;  2J9K A;  4DPF A;  2PK5 A;  2Q15 A;  4I8W A;  1HII A;  4FLG A;  4ZSM A;  3HAU A;  5P18 A;  2CEJ A;  2AOD A;  2QMP A;  2QHZ A;  4NJV A;  5HDV A;  4U8W A;  2PH8 A;  5OYZ A;  3LZS A;  3PEP A;  5P61 A;  1YM4 A;  1K6T A;  4Y4T A;  4Z22 A;  5P17 A;  3SLZ A;  2IDW A;  3VYD A;  5P48 A;  4NPU A;  3JVW A;  5P7J A;  4DQC A;  4FAE A;  3HVG A;  4Y39 A;  5P73 A;  3LNK A;  5OZO A;  5P3D A;  3O9G A;  1B5F A;  3PI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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