3HXSA

Crystal structure of bacteroides fragilis trxp
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
GTIHLTRAEFLKKIADYENHSKEWKYLGDKPAIVDFYADWCGPCKMVAPILEELSKEYAGKIYIYKVNVDKEPELARDFGIQSIPTIWFVPMKGEPQVNMGALSKEQLKGYIDKVLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title In vivo oxidative protein folding can be facilitated by oxidation-reduction cycling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin
molecule tags Electron transport
source organism Bacteroides fragilis
total genus 26
structure length 117
sequence length 117
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3hxsA01
5ELGA 4X0XA 4ZBDA 2GS3A 1E6BA 5JWRB 4JRRA 4ILFA 2M72A 3GFKA 3N5OA 4MH3A 4N30A 2HE3A 2B1KA 4KAEA 4HZ4A 2A2RA 3GKKA 3KMNA 2LSTA 4GWRA 3EINA 1QFNA 3FR9A 1LU4A 3RBTA 5ECMB 1ZL9A 1DUGA 1PX7A 2PVOC 4MPGA 1W89A 4GSTA 4LMWA 1BQ7A 5IMZA 4MPFA 2CZ3A 4K0NA 4WF4A 2V6OA 4KB3A 4ECBA 3KEBA 4MLYA 3FHKA 3TB2A 3TGZA 3PGTA 1K0BA 3ZIVA 2NBSA 4KDYA 2M80A 2OACA 1K0AA 2GQMA 4G10A 1X9SB 1WWJA 3A5WA 4EO3A 4CDOA 3C73A 1YEXA 5D96A 3M0FA 3GUSA 2LS5A 5ID2B 2P5QA 1YY7A 1NW2A 3D4TA 1SL0B 3KZQA 3VURA 4JE1A 3C7MA 2YZHA 3TRQA 3QMXA 5F0GA 3WT1A 2YP6A 1V58A 3KXOA 5ECKB 2KP1A 5ECIB 3GHAA 1OC9A 2LRNA 3VPQA 2EIOA 2H1AA 4P3YB 3RPNA 3FYGA 1AIUA 3GX8A 4FH8A 3IR4A 1YKCA 5B8AA 11GSA 2PN8A 1F9MA 1Y25A 3TKRA 4PQ1A 2JZSA 5G1KA 1T7PB 4MJEA 3D0ZA 1PKWA 4MABA 3EYTA 3QPMA 5EVOA 4I2TA 2XHFA 3UVTA 4KA0A 1J0FA 1QGVA 5DQYA 2VCVA 4K0GA 3L0HA 3F3RA 2AUVA 5IMCA 3DEXA 3TJGA 2X64A 3FR3A 3LWAA 1R26A 2B1LA 1RW1A 1JZDA 4MJAA 2YJ7A 4IJIA 3UARA 3APSA 1XW6A 3H1NA 3KD0A 2GSSA 3TOTA 5CNWA 4MCUA 5H5QA 16GSA 3EURA 5F8BA 4F2IA 1XW9A 3LYPA 5ID2A 5G1LA 4KDUA 2DLXA 4MJCA 2VLVA 1U87A 2OA7A 4K8MA 3NZNA 2ZCTA 1HQOA 3I69A 1ZMAA 3HZ8A 1AQXA 2ON7A 5ECNB 5B8BA 5IO2A 4F82A 4MH2A 3CSHA 5JWOB 2H6ZA 1K0OA 4V2NA 2F8AA 5H5SA 3TCOA 5IMAA 1X9WB 1V57A 3MAKA 1SYRA 5HR1A 2IJYA 4KSOA 5IMDA 1SKSB 1ZZYA 2DJKA 3QAWA 2PUKC 3GKNA 4MZWA 4L5LA 1ZYEA 1XFLA 1BG5A 2WULA 5ECRB 1SK0A 1MDKA 3QAVA 3AY8A 3PH9A 1THXA 3I9V2 4OWYA 4QL7A 5D9WA 3IE3A 3A2VA 5GZZB 2DIZA 2C3NA 3HKRA 3HJPA 1EP7A 2JSZA 2IWTA 1OAZA 4PXOA 3M3MA 2CX3A 5D93A 2H19A 2RIIA 3UMAA 2A2SA 1EEMA 2K6VA 4L5OA 5DQSA 1TRUA 4PGTA 2Z9SA 4O7HA 6GSSA 4IS0A 3LXZA 5A4WA 2YWOA 4YH2A 2H6XA 3F6DA 1GSFA 2VCZA 4XS4B 3ZYWA 5D73A 2OBKA 3ZFLA 3P7XA 1SD8A 1GLPA 4ECIA 1ML6A 1TU8A 4OD7A 1A24A 2ZNMA 1THOA 2IIYA 2L4CA 1OC3A 2WRTA 3GTUB 4IQ1A 2V32A 2PBJA 2NTOA 2V2GA 3HXSA 2DC5A 1GP1A 2XPDA 2DJ2A 1ERTA 3GYKA 5HR0A 5INYA 19GSA 5C00A 5J4UA 2KP2A 4FYBA 1OYJA 1TK5B 2VD1A 5ECPB 2N5AA 4K6XA 1M2DA 3QAGA 2C4JA 4O32A 3FZ9A 2VM2A 3RHBA 1Z7RA 1ZYQB 2GDRA 1K3YA 2PWJA 4POMA 5JCWA 1XWBA 1SK2A 3FKFA 2H6YA 1K0DA 1AC1A 2KOKA 2WFCA 1FW1A 3J7Yk 2H72A 1EZKA 2WJUA 2X8HA 1W4VA 5DDLA 2MMAA 3UJ1A 3LFLA 4NHWA 3RPPA 3ZRDA 1CQGA 14GSA 3MNGA 4HJMA 3KP9A 3ZVJD 1VF3A 1A2MA 1HNAA 4XIHA 4YQVA 1AQWA 1OE8A 3ZZXA 1H75A 3C1RA 1SJZA 2CVBA 3VWWA 3FW2A 4WEYA 2CZ2A 3EMPA 1ILOA 2E2MA 4XS4A 1FVJA 2H76A 2YWNA 3EC3A 1XWCA 2VLUA 5A4UA 2MBSA 2FWEA 4D73A 6GSUA 4OFTA 2GVPA 4ZB8A 4TR1B 5CRWA 4ISDA 6GSWA 1I5GA 5ECSA 2PPTA 1ABAA 3I43A 3GTUA 3FZ5A 4NAXA 2CX4A 1DBYA 1GUMA 1MDIA 1GNEA 10GSA 1ST9A 4WF5A 2V6KA 5DCGA 4NXIA 3BBYA 4MK3A 2B7KA 2ON5A 3LSZA 4HDEA 4NPBA 4IKHA 3GMFA 3QR6A 4TW5A 1A0FA 2H73A 3EE2A 3H4KA 1PKZA 4KX4A 3FZAA 3DGQA 1SKRB 4WXTA 5FHIA 2GZZA 3F9UA 5J3RA 3VK9A 1KEBA 4BVYA 2C1YA 3HVVA 3HVXA 1T1VA 2L5OA 18GSA 3ERWA 5D9TA 5IPGA 1FG4A 3VI5A 4I5QA 4IP1A 2GQLA 1UC7A 4GQCA 5CREA 5F06A 4JR6A 2GZPA 4TVEA 2GT6A 4XCSA 5DCHA 5IOXA 1T3BA 2L6CA 2YPMA 5AGYA 1FHEA 2J23A 4KCAA 1F3AA 2P31A 5DAKB 4RUVA 4F0CA 4TR1A 4I97A 1ON4A 2GSTA 3VI7A 2XBQA 1VRSD 3LQ7A 2DMMA 1OVNA 1ACVA 4PNGA 4J57E 3VLNA 2WGRA 4RI7A 1N2AA 1UVZA 1EGRA 1ZCPA 1PL1A 3M8NA 3W8JA 5KN1A 3MSZA 2CQ9A 2RLIA 1X5EA 3LORA 2OJLA 4O5RA 1PN9A 5IMFA 1TU7A 3EU4A 1PQNA 1OC9B 1VF2A 4ZB6A 4EDYA 4HU7A 1O8XA 2L57A 4OCFA 2X99A 2HRNA 1LJRA 2H71A 3O6TA 2HYXA 3CYNA 2C0DA 2OE3A 4KNDA 4BL7A 2LRTA 4PNFA 2GSRA 3R2QA 4F03A 2MMZA 2VCXA 4AGSA 3GL3A 5ELAA 3CBUA 4HQZA 1U88A 3BD2A 3HYPA 1PX6A 2H0IA 1XOAA 1GTIA 2VO4A 2C8UA 2LNTA 5HR3A 2NPBA 2GLRA 3UBLA 4L0UA 1T00A 1NHOA 3H79A 5CRHA 3N9JA 4KW6A 2X8GA 4HJ2A 3U6VA 1ZGNA 4WR4A 4TR0A 1OKTA 6GSXA 3GX0A 4X43A 3M1GA 1URMA 3IC4A 5DAKA 4FO5A 3SBCA 1B8XA 3M9KA 4GXZA 1GULA 2QGVA 4XHMA 2PGTA 2LNSA 3E3EA 1SL2B 3FRCA 3IHQA 2H74A 5ECHB 3IK9A 2R37A 2I3YA 1G7OA 1J08A 5D8IA 5CRGA 3BCIA 2F51A 4L8EA 3FY7A 3KM6A 1SJIA 1FVKA 2K18A 3GKXA 3Q6OA 2FCHA 4NWYA 3QCPA 2J9HA 2O85A 5DBQA 4RQXA 3F63A 1PL2A 2XBIA 3L78A 2M46A 4ECCA 1GLQA 1QUWA 4K7NA 2O87A 2VAFA 4MZCA 1X5CA 2HRFA 5G5EA 5IPHA 1T8EB 2FWFA 1TI1A 1JHBA 2WCIA 2QC7A 2K8VA 3V1WA 1Y6EA 1G0TA 4POLA 1M9AA 3GN3A 5L71A 1FOVA 3TUEA 1B48A 3KGKA 4XRAA 1X9MB 2QKEA 4HU9A 2F8FA 5LNKe 2MZCA 5IOWA 2F9SA 3ERGA 1JZWA 1J9BA 2CVDA 4OCEA 2C0EA 3IAM2 2AYTA 4GRFA 3A2XA 3WGXA 1GWCA 4HI7A 1MD3A 3CMIA 3G7JA 3ERFA 3ME8A 3NIVA 3ZFBA 3APOA 1HYUA 2IMIA 3GSSA 3IA1A 1M7TA 1PSQA 1TI3A 1Z6NA 1XWKA 1ERVA 2GGTA 2PMTA 4Q5RA 4E8EA 2VOCA 5IQYA 4EE0A 3WT2A 4JZQA 1SK1A 1N8JA 1GSDA 5IM9A 1ZOFA 5G31A 3W8SA 4TXOB 2LQQA 1GH2A 1Z7PA 2YOIA 4BWSA 3IXRA 1GSEA 5D9XA 1EOGA 1A0RP 3GKMA 4GF0A 1PA3A 17GSA 2BTOT 2TIRA 4KDXA 3KIJA 2VL9A 3IAS2 1TW9A 2HI7A 3GH6A 1BYEA 1GNWA 5KN2A 3F8UA 4PQHA 2RUEA 2YCDA 4ZBAA 3D4MA 1WMJA 3ZITA 5CYYA 4TOPA 4KCEA 1A2LA 4TRXA 3CRTA 1KBNA 3QFBC 3ZLPA 2YWIA 1WIKA 2C0GA 3TJJA 1GTUA 3P90A 4JU5A 1AQVA 4GSSA 2K9FA 2HSHA 2MBTA 2O7KA 2OADA 5HR2A 2WZ9A 4F9ZA 3G9BA 4IHUA 3OR5A 1EEJA 2HNLA 1Z3EA 1AUCA 4JR4A 1A2JA 1XCCA 4XS6A 2H8LA 5HFGA 1RK4A 3W6GA 1O81A 2YJHA 1F2EA 1GUKA 5G2ZA 3HJOA 1U6TA 1XBSA 2FGXA 2JZRA 3F4SA 3TKPA 1U3AA 4L0WA 3QDNA 1R5AA 3GL5A 3DD3A 2FA8A 3PR8A 1IYIA 2TRXA 4FYUA 1F37A 4QQ7A 5AISA 1K3LA 1TRSA 3UVHA 1UN2A 1QXHA 3KCMA 4D73B 3PINA 2LJAA 4ZBBA 1WOUA 3L4NA 4OFNA 3A3TA 5B6MA 4TXOA 4YAPA 1TP9A 2B5YA 1F6MC 1YDKA 3H93A 3BCKA 3P2AA 2VCQA 4XS1A 3BJ5A 4FIWA 4IVFA 3ZL5A 4N0ZA 5JWQB 4G2EA 1OKDA 1BAYA 1NSWA 4N10A 4K1FA 1B4PA 2B5EA 3FR6A 1WJKA 4ACSA 3TDGA 3QFAC 2R2JA 1NM3A 3UEMA 1O73A 3GRXA 3KP8A 1LBKA 5LCZA 1EP8A 1K0MA 2N5BA 4G9HA 2LJRA 2KUCA 1TK0B 3KTBA 2LTKA 3VPTA 3DVXA 5F07A 4K2DA 2YANA 7GSSA 1V98A 4V2LA 3VWVA 4MJBA 1YF0A 4EL1A 3UOMA 4AJ8A 5KN0A 3ZIJA 2AAWA 1H4OA 1WRYA 2DMLA 2WS2A 3TRPA 4PQIA 4XTSA 2V1MA 2G0FA 4K9ZA 1TTZA 2GZYA 2CAQA 3TKQA 1PRXA 2YNXA 3C71A 2OKAA 2DSAA 6GSTA 1GRXA 5IO0A 13GSA 3Q19A 4IN0A 3VFIA 1VGLA 3F4RA 2VD0A 5EY6A 4N0VA 1Q4JA 4GLTA 3D21A 4GQFA 3ZMLA 4CHSA 3P8WA 2R5GA 1K0CA 2IMEA 3LYKA 3TKSE 4AF2A 3DYRA 4IGJA 2E0QA 3KH7A 1AXDA 4MF7A 2AB6A 3ZREA 2AHEA 1B4QA 1HNBA 1XZOA 2ES7A 3IDVA 1DE2A 2D2ZA 2I81A 4NV2A 2DIYA 4GTUA 4EUYA 5B7CA 1DSBA 4POBA 1S3DA 4I2UA 2IMKA 1NHYA 3F4TA 5J9CA 2NDOA 2F3MA 1JLVA 2JADA 1GUHA 4ZXGA 5GAND 3FZ4A 3F6FA 2GSQA 3RAZA 3EWLA 1O7UA 2N5FA 5GSTA 2I1UA 4QL9A 1XWGA 4J2FA 4AJ7A 3VWXA 1FO5A 4PUAA 2REMA 2TRCP 2LEGA 2EIQA 1XVQA 5DJMA 1G7EA 3UIWA 2HLSA 3DKSA 3HHVA 3M9JA 1XVWA 3O76A 3CXGA 1V2AA 3ZVJA 3GIXA 1MTCA 3DWVA 2CVKA 1BX9A 4RI6A 4EVMA 5KEJA 4E8HA 3JCML 2B6MA 1O6JA 2DJ1A 4MZBA 1M0UA 2RM6A 4MA9A 3BOAA 3TKSA 2V41A 5G5FA 3GA4A 2O8VB 1GTAA 3K8NA 6GSVA 5EPFA 3ISOA 1S3CA 3LXTA 4IP6A 5DVBA 1AW9A 1Z6MA 3D5JA 4WBRD 2H66A 3GURA 5FT3A 3LEFA 2QSIA 2H1GA 1TDIA 2CA8A 4TXVA 5IMVA 4Z7XA 3QOUA 1G6WA 4HQSA 3HZ4A 2LRCA 4LMVA 3IK7A 2LJKA 2X8CA 4ULXA 1FB6A 1O8WA 2AV4A 1TOFA 3ME7A 2PERA 4ZL9A 1MD4A 2JACA 4N11A 3IV4A 2BJXA 1GTBA 3DIEA 4EC0A 1JZOA 1TRWA 1TRVA 4PUFC 3TKSC 4IBPA 8GSSA 3FK8A 1XIYA 2R4VA 3SWLA 1FB0A 3TJKA 2L6DA 1YJ6A 2H30A 1BJXA 3GSTA 4DSSA 4ECJA 3RDWA 4BPYA 4TR4A 1TXXA 4WBJA 4KSMA 2HSYA 5F05A 3HCZA 5D9VA 3HA9A 2XC2A 1WP0A 2LKUA 4XRDA 3J7Yb 5J5NA 3HY2A 3L9SA 3KH9A 2IFQB 1UA5A 3ED3A 2BMXA 3HJMA 4J56E 3KTLA 4PX1A 3WGEA 1QMVA 1MEKA 1EGOA 5B6NA 3WGDA 4IW9A 2KLXA 1R4WA 3IPZA 5J41A 2VCWA 5CO3A 3GH9A 5J9BA 4BVXA 1GL8A 2VUPA 1YZXA 4NHZA 2XPEA 1PGTA 1VF4A 1XPVA 5CRDA 1K3OA 3EMXA 2JU5A 4O92A 3LG6A 2CV4A 4LL1B 2HT9A 1SD9A 3WYWA 2PU9C 5JCUA 1R5PA 1A8YA 4GSNA 3C8EA 4TR3A 1F3BA 4Q5QA 2LQOA 5A5KA 4X1UA 2HXKA 2H01A 1JFUA 4K7OA 3UBKA 4HOJA 2LUSA 5E59A 4MF6A 3UL3A 2KHPA 4AJ6A 5HFKA 3WD6A 2DBCA 2DJ3A 1M9BA 1A23A 4IQAA 5COHA 2YN1A 3IOSA 3G7YA 2P0GA 3Q18A 3O3TA 1HD2A 2IFQA 2L59A 4V1Ag 1PMTA 2C80A 5A4VA 9GSSA 1X5DA 4ZB9A 3U5RE 2MYGA 3C1SA 3L9UA 4BA7A 2H1BA 1C72A 2B7JA 3G7IA 3IRAA 1WE0A 2IL3A 3FEUA 1OC8A 4MMMA 3TRXA 2VL3A 3NOFA 5DALB 2FUG2 4OO4A 1K0NA 2NVLA 3VWUA 4KH7A 4NV5A 3D6IA 4MDCA 4CW9A 1V9WA 2VL2A 2E7PA 4WKWA 2GQKA 4HUAA 1EV9A 3D22A 5C04A 2FD3A 4ID0A 4TKYA 2R3XA 4HS1A 5E4WA 2RM5A 4DSQA 2L5LA 3A2WA 2IN3A 1GSYA 1SYXA 2O89A 2ZUPA 4TN8A 3ZTLA 1T4ZA 2VLTA 2YZUA 3L9VA 4ML1A 2VM1A 2L4QA 4MF5A 3KJYA 2H1DA 2GT5A 2MMNA 1BEDA 1KTEA 2H0GA 5CAXA 4KUNA 5H5RA 2YV7A 2I9HA 4BWQA 5EL8A 5LD0A 2IPAA 4PURA 3DMLA 5GAPD 3S9FA 1YQ1A 4EDZA 3GV1A 2FLSA 1XWAA 4IJ3A 3MWHA 1GSUA 2VL2C 3ZMKA 1YF1A 1VF1A 3F0IA 3E0UA 3IBHA 4V2MA 1YKAA 5ECLB 4MP4A 2CAIA 5DALA 5KN3A 5FWGA 1M2BA 3TOUA 3Q74A 1A8LA 2G2QA 4H86A 2VCTA 3DXBA 2FNOA 2AJQB 1EOHA 2C0FA 4Q5FA 5HFIA 1G6YA 5DJLA 1S3AA 4HZ2A 2WB9A 4I6XA 2A4VA 1Z5YE 5AIXA 2EC4A 4EXJA 4WR5A 1AAZA 1GSQA 1SU9A 4NMUA 1O85A 1XOBA 2CT6A 4FYCA 3CTFA 4DEJA 3DVWA 4LA1A 4IELA 1IYHA 2C3QA 2FA4A 2FWGA 1QQ2A 1KNGA 2HZEB 4OO5A 2JSYA 2OE1A 4ML6A 4KE3A 1TK8B 4YAVA 4WETA 5IIZA 2RUFA 4LLRA 4OFMA 1JZRA 4OMVA 1RQMA 2H0HA 5AN1A 4ZL7A 12GSA 1OE7A 2K8SA 1M2AA 4RQRA 4POKA 1JLWA 2IMFA 3KMOA 4I8BA 2DJ0A 3E9JB 1TJDA 1Z9HA 2DJJA 4K7IA 1XW5A 5GSSA 1YEPA 5ENUA 3H8QA 3EVIA 5ABRA 4LL4B 2YV9A 5ECOB 1I9DA 4GCIA 3GNJA 3APQA 1Q98A 3CRUA 4ZILA 3DRNA 1TKDB 2FWHA 4JEDA 1XXUA 4JBBA 2EIRA 1USBA 1MDJA 1PD21 2B5XA 3LJRA 1EV4A 4DSRA 2VIMA 1E2YA 2PVQA 5AIVA 2IMDA 2I4AA 3CSJA 5JCGA 2H70A 2OBIA 2LV3A 1DE1A 2R6KA 5CP1A 1V40A 2B3SA 1X0RA 2HZFA 1B9XC 3QD9A 1CQHA 2H75A 4DSSB 3HD5A 1SKWB 1U3IA 1HNCA 3RHCA 5ECQB 3CSIA 1ERWA 2FY6A 2JZTA 2FHEA 3F3QA 6GSYA 4EKZA 2HZEA 3CTGA 3US3A 2GTUA 3I6AA 2YWMA 22GSA 3MDKA 3HDCA 1WPIA 3EU3A 1B9YC 2HFDA 1EWXA 3UAPA 1QK8A 4EF0A 3LGCA 4F0BA 4KGIA 4ZIJA 4Q5NA 3HVSA 1ERUA 1M99A 1FAAA 1SENA 4YQMA 4ZL8A 4DVCA 1T4YA 1SL1B 2WDUA 3TJFA 2C3TA 1R7HA 4V1Ap 2JL4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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