3HZ4A

Crystal structure of thioredoxin from methanosarcina mazei
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
b'NGSSIIEFEDMTWSQQVEDSKKPVVVMFYSPACPYCKAMEPYFEEYAKEYGSSAVFGRINIATNPWTAEKYGVQGTPTFKFFCHGRPVWEQVGQIYPSILKNAVRDMLQHGEECIRKSTP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Thioredoxin from Methanosarcina mazei
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
source organism Methanosarcina mazei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 33
structure length 120
sequence length 120
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3hz4A00
2M46A 1SYXA 4XRDA 1M0UA 2KHPA 3UJ1A 1GNWA 2HZEA 5DCGA 4JZQA 4E8HA 3FR6A 5IMVA 1I9DA 1VRSD 2N5BA 1TXXA 4Q5RA 5IO0A 6GSUA 4YH2A 4HU9A 5LCZA 3EC3A 1XWCA 4XTSA 4BL7A 1TK5B 3WD6A 4AJ8A 3HZ4A 3TGZA 4I5QA 2WRTA 3L9VA 2IFQA 5KEJA 2WB9A 3QAWA 5JWQB 2YPMA 3KTBA 3BOAA 2CAQA 4YQVA 2V2GA 4N0ZA 3HCZA 5JCUA 3CSIA 3Q74A 1FOVA 1N2AA 2I1UA 1WJKA 5DALB 1SD8A 3GMFA 6GSWA 5A4UA 5IMZA 3JCML 2J9HA 2H70A 1F3AA 2F9SA 3VWVA 3GNJA 1PKWA 4K7IA 1W89A 2GT6A 3KGKA 4X0XA 4BVYA 2IIYA 12GSA 1FG4A 2QGVA 1Y6EA 1HNCA 3RHCA 3S9FA 4MF5A 3EE2A 3QDNA 3RAZA 2I4AA 4Q5NA 5G5FA 2F8AA 4ZBBA 1ERUA 4PQ1A 2OACA 5ECQB 1HNAA 4HU7A 5ID2A 1T00A 1SD9A 4RI7A 2H30A 4TW5A 5IPGA 1IYIA 2J23A 1ERTA 4Z7XA 4HUAA 3IOSA 2CT6A 1JZDA 1PKZA 3DYRA 2ALBA 2JZRA 3GTUB 1PRXA 2OBIA 2NPBA 5J9CA 4O5RA 5KN1A 3LFLA 1TRUA 3GX0A 2B5YA 3C73A 3VPQA 5ECRB 3A5WA 3DIEA 2YWOA 2PU9C 3RDWA 2H1BA 4MLYA 2H0GA 4OO4A 1M7TA 1T7PB 4G19A 1AIUA 4I6XA 4YQUA 3KXOA 2FNOA 4LL1B 1Z9HA 1F2EA 2JSZA 1ZGNA 3MDKA 4XIHA 3GIXA 3M9JA 3CRUA 1QXHA 1PN9A 2VL2A 2QKEA 5ECHB 3CSHA 4PXOA 5IMDA 1N8JA 1A8YA 3F6FA 1THXA 2H6ZA 3M3MA 1TW9A 1EEJA 4NHZA 5ECIB 1Q98A 4WEYA 1WMJA 2DIZA 2PWJA 3D4MA 3IA1A 1GSYA 4P3YB 2E2GA 4GQFA 1PD21 1OVNA 2LNTA 1Q4JA 1GSQA 5DCHA 3VLNA 5HR1A 2QSIA 1TKDB 3DEXA 3QFAC 3P7XA 4MMMA 1UA5A 4NV2A 5A4VA 4GSTA 2EC4A 4BPYA 3FZ9A 1YF1A 3EURA 2R3XA 2LSTA 4JEDA 2DJ1A 5JWRB 2C0FA 3G7JA 5IMFA 2FWEA 5FT3A 4XS6A 2YJ7A 3KMOA 3H4KA 2BMXA 4F03A 3BCIA 2JADA 3HVVA 3LQ7A 3TCOA 4ZBAA 5EVOA 10GSA 3QFBC 5F8BA 1QGVA 4IS0A 1JFUA 2JZTA 2YOIA 3KP8A 3PINA 5JCGA 3SBCA 2YWNA 3QMXA 1M2BA 5B8BA 1WRYA 2YANA 3VURA 3GSTA 1J0FA 3EWLA 2K8VA 4PQHA 3D5JA 3WGDA 2K9FA 2KP2A 2MMZA 1VF4A 1XW5A 1SKWB 5EPFA 2V41A 3HJPA 5CRWA 1XW9A 3F8UA 4Q5QA 2H1GA 2X64A 5IMAA 3HZ8A 1CQGA 4WR4A 4KDYA 4K6XA 3L9UA 3EYTA 4KW6A 4V1Ap 2HXKA 4IHUA 2ZCTA 1QMVA 2A2SA 3IAS2 3FW2A 4ISDA 5IOXA 3K8NA 3QAVA 2WJUA 2RUFA 4X43A 2MBTA 2VAFA 2IFQB 3ZREA 2LEGA 1Y25A 2O87A 1EOGA 3IBHA 2FLSA 1RW1A 1NSWA 2IMIA 1LBKA 3HXSA 3I9V2 1YY7A 3D22A 2GQMA 4HJMA 2P5RA 4L5OA 4E8EA 4MF7A 2GDRA 1X5EA 1R5PA 2RUEA 4V1Ag 1HQOA 2X8GA 2WDUA 2RIIA 3F4RA 5INYA 2GZPA 5JWOB 1X5DA 1EP8A 1BQ7A 1MTCA 5J9BA 1PX6A 3ZFBA 2C3TA 4EXJA 1XW6A 2L57A 3ED3A 3C71A 1DUGA 3WYWA 1TRWA 1OC9A 1J9BA 2B5EA 3CRTA 2XBIA 1S3DA 2LRCA 2FA8A 3GFKA 2M80A 1V98A 3FZ5A 4KE3A 1TI1A 3TJKA 2CQ9A 1H4OA 5F07A 2WS2A 8GSSA 5D9TA 5CP1A 2R4VA 4JU5A 5DJLA 4O32A 3LXZA 4MP4A 1TJDA 3TKSA 2PERA 1GTIA 4LA1A 4JE1A 5G31A 4GSSA 1O85A 1TK8B 2KOKA 3GL5A 2VD1A 5EL8A 5ECMB 1JLVA 2ON7A 4ZB8A 3EMPA 2MBSA 1B9YC 4XS1A 2RM5A 1K3YA 3PH9A 3ZTLA 4ACSA 4L0WA 1AQXA 1K3OA 2DLXA 4ZL7A 4OFTA 3UVTA 3P2AA 4QL9A 1GLQA 2VD0A 2C80A 3VWUA 4MJCA 1A0RP 4KB3A 1DE1A 4MPGA 3H79A 1KTEA 1JHBA 1HYUA 5ECLB 2L59A 4WBRD 2FY6A 1T4ZA 1GSDA 1E2YA 1TOFA 4HDEA 1GUMA 3TKRA 1YKAA 2L4QA 2H66A 2O8VB 1U6TA 4PX1A 1X0RA 3VWWA 4MZCA 2FWHA 2H6XA 3EVIA 3QAGA 2H71A 2GZZA 2WZ9A 2H0HA 3GX8A 1XXUA 2YZHA 4N0VA 4KAEA 5AGYA 1GP1A 2AAWA 3TOUA 2FCHA 1AC1A 4ZILA 2P31A 4TXOA 4PUFC 3W8JA 2B1LA 5G2ZA 3FRCA 4DSQA 2L6CA 3D21A 5AN1A 1ERVA 4FYBA 1F6MC 3LG6A 4ULXA 3BBYA 3F63A 3HVXA 4HS1A 1J08A 4PNFA 2H76A 3HHVA 4K2DA 4MZBA 5D73A 3CSJA 5D9VA 2VM1A 3GH9A 3O76A 5LNKe 2ZNMA 4TR3A 3UVHA 4OCFA 1Z7RA 1H75A 3LWAA 3ZZXA 4GSNA 5AIXA 2CA8A 5HR2A 1GUKA 2EIRA 4G2EA 2TRCP 2YP6A 3UOMA 3F4SA 3FHKA 3EMXA 1EOHA 5COHA 5DAKB 1VF1A 2YNXA 2AJQB 1IYHA 3I43A 1YKCA 4FIWA 1AQVA 3ME8A 4X1UA 1AUCA 2DBCA 4J2FA 3IHQA 4HI7A 3KH9A 5ECNB 3TDGA 1WIKA 1R5AA 1K0OA 3Q6OA 2C0DA 2B1KA 3HA9A 17GSA 5A4WA 3APQA 3IC4A 3TJFA 4GQCA 3HD5A 3F4TA 3R2QA 2OE0A 2HRNA 3NOFA 5HFIA 2GGTA 1S3AA 1DBYA 3QCPA 3IK9A 4AGSA 2TRXA 1R26A 6GSTA 4NWYA 5FHIA 3U6VA 3HDCA 4NXIA 1X9MB 1O7UA 3SWLA 1M2DA 3CBUA 4I2TA 1OYJA 3GKKA 4ZIJA 2R37A 4G10A 1U3AA 2PVQA 3TJGA 4L8EA 5G1LA 3V1WA 4MJEA 2H74A 3ZFLA 2R6KA 2IMDA 2NVLA 1B4PA 4LMVA 1PGTA 5JCWA 9GSSA 4PURA 1JZWA 1G6WA 4IELA 3VWXA 2VLUA 2WCIA 1XVWA 2DJKA 3GH6A 2CZ3A 1TP9A 2B6MA 2C0GA 1UN2A 1EEMA 1OC8A 4F9ZA 3EINA 2D2ZA 3PR8A 2FWGA 1AW9A 1SJ6A 2AHEA 3KD0A 5H5QA 1MDIA 1MDKA 3LYPA 4KGIA 5IIZA 5E59A 4GCIA 2P5QA 1ABAA 1XPVA 1OAZA 3ZLPA 5F0GA 4BWSA 3LYKA 3GYKA 4DEJA 3UAPA 1UVZA 2YCDA 2GZYA 2VUPA 2OBKA 4JR6A 3G7YA 1ON4A 4XRAA 5HR0A 1XOBA 2K18A 5CYYA 1SK2A 1T3BA 4WXTA 2V6KA 1WOUA 3L9SA 3KP9A 4ZL8A 4AJ7A 1USBA 5IQYA 3TKPA 5H5RA 1FAAA 1EP7A 2HT9A 2GSQA 1SK1A 4JBBA 1SL2B 2OADA 7GSSA 3KM6A 1WE0A 1B4QA 3ERWA 1ZYQB 5IMCA 2E7PA 1PL2A 1T8EB 2DJ0A 3D0ZA 3H1NA 4KUNA 4ZB9A 3KEBA 1HNBA 4FYCA 3VI5A 4AJ6A 1BEDA 3FY7A 2MZCA 3LJRA 4DSSA 1NHYA 2WGRA 1B8XA 1KEBA 3Q18A 2BJXA 2C3NA 2FGXA 2O89A 4TR1B 1XWAA 5EY6A 14GSA 3MWHA 3OR5A 1X5CA 2IWTA 4GRFA 1NM3A 1O6JA 5G30A 4GLTA 4D73A 2IMFA 1GLPA 4ECIA 2HFDA 3FKFA 3KCMA 4KA0A 2V6OA 2LQOA 2VIMA 1EGRA 4MDCA 1BX9A 4ILFA 2YWMA 3TJBA 4TXOB 2E0QA 4POMA 1X9SB 4EL1A 2AYTA 4CHSA 5KN3A 3IR4A 1QFNA 1V9WA 3E3EA 1G0TA 4WETA 4LL4B 3PGTA 4IBPA 2NTOA 2GQLA 5CREA 2LJKA 1TU8A 3A2WA 1A0FA 2HZEB 4K0NA 3W8SA 2AUVA 3DRNA 2WULA 5ENUA 5F05A 2C1YA 2MMNA 3CTFA 1C72A 4EDYA 2VLTA 4YAVA 5J41A 1QQ2A 3LSZA 3UIWA 4KCEA 5CRHA 5DALA 2RM6A 2DSAA 1XWGA 1WP0A 1GWCA 4L0UA 3FEUA 2GSTA 3KH7A 4TN8A 2HYXA 3P8WA 2VCXA 1V40A 4ZL9A 1GTBA 2O85A 2H6YA 3TOTA 1KNGA 4WF4A 5ABRA 2FD3A 1XWKA 1U87A 5D93A 3QOUA 1U3IA 3UMAA 3ZVJD 4ID0A 2NDOA 1PSQA 3MAKA 2ON5A 2GTUA 2GS3A 1M9AA 1GH2A 2GVPA 2HI7A 3HJOA 1TDIA 1QK8A 4HZ4A 4KH7A 3TJJA 1FB6A 2YN1A 2H75A 2JSYA 5FWGA 1EV9A 3US3A 2LRNA 1WPIA 2E2MA 4XS4A 1I5GA 2JACA 2MMAA 4MA9A 3APSA 3HKRA 4Q5FA 4TR4A 1MEKA 3E9JB 5ID2B 3IRAA 4MCUA 5A5KA 2DJ3A 1F9MA 3A2VA 3L0HA 3L4NA 3ZVJA 5B7CA 2NBSA 1SKRB 2Z9SA 2G2QA 4QQ7A 5E4WA 2DMMA 1GTAA 4FYUA 3ZL5A 1MDJA 1GULA 4WR5A 4PNGA 2CX3A 4N11A 2LQQA 5KN2A 3ERFA 3WGEA 1K0MA 4BVXA 4CDOA 3TKSC 3IV4A 3IE3A 2VO4A 4J57E 1DSBA 2IJYA 4KNDA 4HJ2A 2YV9A 5J5NA 1FO5A 1ZMAA 3FYGA 4K9ZA 3MSZA 3HY2A 1Z5YE 2X8CA 4PUAA 2HSYA 3GHAA 3E0UA 4HZ2A 1M9BA 1GSUA 1TI3A 1TU7A 6GSXA 2L4CA 4IQ1A 2PPTA 4HQZA 5CNWA 4K7NA 2F3MA 1Z6MA 3TRXA 4XHMA 1T4YA 3BCKA 1ZL9A 1A2MA 2CV4A 3VK9A 1EGOA 1XFLA 3O6TA 2LRTA 5GZZB 3KMNA 3HYPA 2N5AA 2VCVA 4ECBA 5B8AA 2I9HA 2HLSA 5D9WA 4GWRA 2HSHA 3IXRA 4WF5A 5ECPB 3H93A 4HEA2 2QC7A 2XHFA 3ZMKA 1YZXA 1G7EA 1A8LA 3ME7A 4DVCA 4DSSB 1TRSA 1SJZA 1THOA 4N30A 2IMKA 2P0GA 2HE3A 4ECCA 5IOWA 4EE0A 3M1GA 1FB0A 1O81A 3HVSA 3GA4A 3DGQA 3CYNA 1G6YA 1A24A 4IKHA 3HJMA 3DVWA 4BA7A 4MH3A 3GN3A 4D73B 4K0GA 1K0NA 3F6DA 1ST9A 5ELGA 2LTKA 1OE8A 1AQWA 2H1AA 2HRFA 3IDVA 1LU4A 5CAXA 1YJ6A 3C1RA 2VL9A 4FH8A 2IPAA 2V1MA 4ECJA 1PQNA 5G5EA 1MD4A 2XBQA 5ELAA 4EDZA 3QR6A 1M2AA 3FZAA 4V2MA 5J3RA 4ML6A 1SJIA 6GSVA 4NPBA 3APOA 2B7JA 2CVKA 1XBSA 2DC5A 3I69A 5D96A 3F3RA 19GSA 2CVBA 3VI7A 1TK0B 3G9BA 3EU4A 3UBLA 3FR3A 3LGCA 3O3TA 5ECOB 3F9UA 2N5FA 5CO3A 2OE1A 4FO5A 1BJXA 2HNLA 2CAIA 2I81A 1NW2A 4IJ3A 4MJAA 4V2NA 2PN8A 4OD7A 3ZRDA 4G9HA 3WT2A 4RI6A 3L78A 1BYEA 1OC3A 5D9XA 2XPDA 1Z3EA 2EIOA 1NHOA 4POKA 4TOPA 2GSSA 3N9JA 2VCTA 1RK4A 4MJBA 3I6AA 4K1FA 2VCZA 5H5SA 1K3LA 2H01A 2H0IA 3MNGA 5ECSA 1ILOA 3VPTA 4GTUA 4WKWA 2DJ2A 4DSRA 1YDKA 5GAPD 1OC9B 3FK8A 4KCAA 2XPEA 4XS4B 1GRXA 2JZSA 5ECKB 5DVBA 1K0DA 1SL1B 3TUEA 3RPNA 1X9WB 1SL0B 5B6MA 2XC2A 4JRRA 4OO5A 2PUKC 3C7MA 4NMUA 1M99A 2F51A 1TRVA 2HZFA 3NIVA 2MMOA 2LJAA 5IPHA 3GL3A 4O7HA 4PGTA 3LXTA 2PMTA 5HFGA 4L5LA 4GF0A 4RUVA 4YQMA 2CZ2A 1JZOA 3DMLA 1GTUA 4AF2A 2KLXA 4POBA 3ERGA 4EF0A 2YWIA 2X99A 2DMLA 5C00A 4F82A 3IAM2 4MH2A 4BWQA 4CW9A 4HOJA 2G0FA 1K0AA 1ERWA 4I2UA 5HQPA 1RQMA 2IN3A 4MZWA 2H73A 2VLVA 3EU3A 2AB6A 1E6BA 18GSA 3VFIA 3AY8A 2BTOT 2FUG2 3FZ4A 1FVJA 2GSRA 4KDUA 2VL2C 1B48A 1AAZA 3ISOA 4IQAA 3D4TA 4H86A 4F2IA 2YJHA 1XZOA 4GXZA 1QUWA 1V2AA 3QD9A 4YAPA 4PQIA 2C8UA 2R2JA 5AIVA 3TRPA 4K8MA 4V2LA 3DWVA 2L5OA 1XCCA 1EZKA 3IK7A 5KN0A 5HR3A 3CXGA 1A2LA 1S3CA 2VM2A 1JLWA 3W6GA 4ML1A 2GT5A 5B6NA 4TR0A 4OMVA 2M72A 3M9KA 1PL1A 4KSMA 1TTZA 2LKUA 1B9XC 1PX7A 1A23A 1WWJA 4IP1A 1ZYEA 1XOAA 1ZZYA 2A2RA 1SENA 2MYGA 3FR9A 3BJ5A 2B3SA 5DBQA 2K6VA 3UARA 5F06A 3GKMA 1LJRA 2B7KA 1AXDA 2LUSA 2VCQA 3TKQA 2CX4A 1FVKA 2FWFA 5G1KA 1SK0A 3DXBA 3M8NA 2H19A 4F0BA 4QL7A 5DAKA 13GSA 1BAYA 1O8WA 2VL3A 1OE7A 1OKDA 4EO3A 2C4JA 2JL4A 3WGXA 1R7HA 2TIRA 5DQYA 1O73A 1PA3A 3NZNA 3RBTA 2CVDA 6GSYA 3KZQA 1T1VA 4KX4A 1SKSB 20GSA 3TRQA 2I3YA 4OFNA 3D6IA 4POLA 1ZCPA 4I97A 3ZIVA 2DIYA 4XCSA 3GKNA 5DQSA 3J7Yk 1FHEA 4IN0A 4ZBDA 2H8LA 2KUCA 5IO2A 1ACVA 2X8HA 4LLRA 3WT1A 3TB2A 2RLIA 1V57A 2K8SA 1ML6A 2PBJA 3J7Yb 2A4VA 2IMEA 1GUHA 4MPFA 4EKZA 3KTLA 4IGJA 3ZITA 2VOCA 3DD3A 3G7IA 4N10A 2ZUPA 3ZYWA 1EV4A 1K0CA 4RQXA 4EC0A 1MD3A 4OFMA 3A3TA 2LJRA 4TRXA 2L6DA 2GLRA 3C1SA 3A2XA 1DE2A 2EIQA 3IPZA 4NAXA 3GUSA 1A2JA 1R4WA 4O92A 2OA7A 1U88A 2AV4A 4TKYA 1FW1A 3KIJA 22GSA 2OJLA 4I8BA 2V32A 3BD2A 2C0EA 3GTUA 4RQRA 1GL8A 4ZXGA 3LEFA 1SU9A 6GSSA 1EWXA 1ZOFA 16GSA 4IP6A 5GSSA 5GAND 3GKXA 1O8XA 3F3QA 1G7OA 11GSA 1SYRA 2LV3A 5AISA 4KSOA 1PMTA 1YQ1A 5L71A 3CTGA 5GSTA 4NV5A 2H1DA 1JZRA 1KBNA 3RHBA 3U5RE 1UC7A 5IM9A 2FA4A 3UBKA 4J56E 1F3BA 2OKAA 3KJYA 4ZB6A 2PGTA 4MF6A 1YF0A 3GRXA 1V58A 4EUYA 4IVFA 2YZUA 2FHEA 5CRDA 1YEPA 2LNSA 4F0CA 3TKSE 4KDXA 1VF3A 3DKSA 2WFCA 4LMWA 3F0IA 5DJMA 3GSSA 2ES7A 4OCEA 3N5OA 4IW9A 4TVEA 1GNEA 5HFKA 3CMIA 2LS5A 2B5XA 2C3QA 2O7KA 1URMA 5D8IA 2YV7A 3M0FA 1BG5A 3GV1A 4MABA 1Z7PA 1W4VA 2DJJA 1HD2A 5C04A 1F37A 4JR4A 1GSSA 3GURA 5DDLA 1OKTA 2JU5A 4TR1A 4TXVA 2IL3A 4EVMA 1K0BA 2R5GA 4OWYA 3P90A 2REMA 1YEXA 4MK3A 3ZMLA 2PVOC 1XWBA 5CRGA 3DVXA 3H8QA 4HQSA 3UEMA 5J4UA 2VCWA 3QPMA 4K7OA 1GSEA 3ZIJA 2KP1A 1GSFA 3UL3A 1Z6NA 1XIYA 5LD0A 2L5LA 1XVQA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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