3HZ4A

Crystal structure of thioredoxin from methanosarcina mazei
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
b'NGSSIIEFEDMTWSQQVEDSKKPVVVMFYSPACPYCKAMEPYFEEYAKEYGSSAVFGRINIATNPWTAEKYGVQGTPTFKFFCHGRPVWEQVGQIYPSILKNAVRDMLQHGEECIRKSTP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Thioredoxin
publication title Crystal Structure of Thioredoxin from Methanosarcina mazei
rcsb
source organism Methanosarcina mazei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 33
structure length 120
sequence length 120
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3hz4A00
2L6CA 5F8BA 4EF0A 3IDVA 3QCPA 2HNLA 1E2YA 2H6YA 4E8HA 2YV7A 4Q5QA 5DAKB 1A8LA 3VWVA 1TU7A 5J3RA 1SL0B 3KP8A 3EMXA 4H86A 2ZNMA 9GSSA 2CZ3A 1TDIA 2E2GA 1R26A 4P3YB 3RDWA 4TXOB 4I2UA 3W8SA 1GTAA 2GS3A 6GSUA 4V2NA 4ZBAA 1ERTA 5C00A 1A2MA 3TJKA 5IPHA 3I9V2 3GX8A 1ERWA 11GSA 1YKAA 2GSTA 2JL4A 5DAKA 4YAVA 1O6JA 3V1WA 1VF4A 1V40A 2JZRA 3DYRA 2H6XA 3VWWA 3KIJA 4V1Ag 3ZIJA 1NW2A 3ME8A 1PA3A 2DIYA 1YJ6A 4KGIA 1EGRA 1ERUA 3HJOA 2GT6A 4YAPA 1PL1A 4PQHA 5G1LA 5ECNB 1VF3A 1ZYEA 4RQXA 1BJXA 5JWRB 3NIVA 5HFGA 3M1GA 2ON5A 2GSRA 4BPYA 2B1LA 1DE1A 3EU3A 3FEUA 2LTKA 2LRNA 3P90A 1TRSA 3RHBA 4JU5A 4ZL9A 1GNEA 4IBPA 1TTZA 3BCKA 2WFCA 2LSTA 2WJUA 4IQ1A 4NXIA 1SK2A 3IAM2 5ECKB 1CQGA 2IMFA 4KUNA 2XPDA 1XOBA 5IMDA 3PH9A 2C3NA 1MD4A 5CRDA 3C7MA 1WPIA 4LL1B 4OFNA 3GKKA 3KTLA 3J7Yb 5G5EA 3LORA 1GLQA 2AAWA 3WD6A 14GSA 4PUFC 1GP1A 5KN2A 3BBYA 2WDUA 1XPVA 3GL3A 3QAVA 1ERVA 3FW2A 1W89A 1XIYA 5ECPB 5B8BA 5AISA 4HZ2A 4JZQA 4AGSA 3GHAA 4PX1A 4KCEA 4QQ7A 1K3LA 5IMZA 1LJRA 1QUWA 3L9SA 3A2WA 2RUEA 1KEBA 2GLRA 4JEDA 4KDUA 5G30A 5HR3A 5DQSA 5HR0A 5ENUA 1ACVA 1G7EA 5IQYA 3CXGA 4N10A 5IMAA 3QMXA 2QSIA 3P8WA 3KGKA 4IQAA 2LNSA 2JSZA 3KZQA 3KD0A 1TI3A 3FZ4A 1N2AA 2MMNA 5F06A 4XS4B 1A2LA 2MMAA 2X8CA 4GXZA 4E8EA 1R5PA 4HJ2A 1O81A 1M2DA 7GSSA 3A3TA 2HFDA 4D73B 4ECBA 2IN3A 5EPFA 4Q5RA 3LXTA 1OKTA 3FR6A 1VGLA 4K2DA 1JHBA 3KCMA 2JSYA 1YQ1A 3ERWA 2VAFA 1PMTA 4AJ7A 3SWLA 2F9SA 1GSQA 3IR4A 4WETA 2FY6A 3U6VA 2CVBA 2H72A 4XS4A 4MJCA 4IELA 2QGVA 2P0GA 2YP6A 3IBHA 3HJPA 2J23A 1U88A 3D21A 4D73A 2BJXA 4EO3A 3CYNA 4MCUA 2FWHA 4IW9A 3F63A 1AQVA 5D93A 3G7IA 1T4ZA 3H4KA 1WWJA 5E59A 4F03A 2L59A 4MPFA 1TXXA 3UMAA 1GTBA 3VPQA 1K0OA 3FR3A 6GSYA 4TOPA 2NBSA 4KSMA 3LQ7A 4K1FA 1GUHA 4EDZA 2X8GA 1MTCA 1GTUA 18GSA 3ZMLA 4I97A 1ABAA 2N5BA 4IS0A 3EC3A 1R7HA 3PGTA 2VCZA 3KH9A 2H1DA 2HE3A 3I69A 5LD0A 3FK8A 4ML1A 2VD0A 3VI7A 4IP1A 3UEMA 3QFAC 4Q5FA 2GDRA 2WB9A 4L8EA 3KTBA 2J9HA 1X5EA 2M46A 2ZUPA 3WT1A 4ECIA 2FNOA 4K6XA 5CYYA 1O85A 3NZNA 2Z9SA 2YWMA 4MH3A 1PL2A 2CX3A 3VFIA 1SYRA 2H1GA 1Z9HA 3GH9A 4MJEA 4OD7A 4EKZA 3F4TA 1M2BA 5JWQB 1XVWA 4EVMA 2H76A 1SU9A 1T8EB 4OWYA 3LFLA 4HEA2 1TK0B 5IO2A 2RM5A 4HU7A 2FLSA 2K8SA 4YQVA 4WKWA 3L0HA 2EIRA 3IXRA 2C80A 3GTUB 2MBSA 1EEJA 4OFTA 3I6AA 3IOSA 3IC4A 2B7KA 5ECHB 1PKWA 4L0WA 1FVKA 1UC7A 4K7NA 2VIMA 5DALB 2IPAA 3D4MA 1AW9A 3DXBA 1E6BA 2AUVA 1EZKA 2VL9A 4HJMA 3VPTA 4CW9A 1GH2A 3LEFA 3C8EA 1SL2B 2E0QA 5G2ZA 2VOCA 3E3EA 4RI6A 4IJIA 1Z3EA 3VI5A 5LNKe 3GTUA 4X1UA 3A5WA 4WR5A 4OCEA 3VWUA 2LEGA 2R5GA 2DJJA 1O73A 2LJAA 1G6YA 4N0ZA 4KE3A 1J9BA 3KJYA 1U6TA 4HUAA 1M9AA 5DALA 5FWGA 2H71A 3F3RA 4MH2A 3ZZXA 4X43A 4ECJA 4HZ4A 2OE1A 3GKXA 3KM6A 2PWJA 3CMIA 4RI7A 1ZOFA 4HU9A 2M72A 3L9VA 3CRUA 1RK4A 3GURA 3R2QA 4XS6A 1SK0A 4GWRA 1O7UA 1GTIA 5D9XA 1AIUA 4NWYA 1G6WA 4PURA 1Z7RA 4O5RA 3QFBC 4TW5A 4O32A 2BTOT 3KP9A 4ZB6A 5FT3A 5J4UA 1BYEA 3TKQA 2OE0A 3M9KA 2OBKA 2DJ2A 3GMFA 3Q19A 2ZCTA 4YQMA 4GTUA 2FCHA 2MZCA 5AN1A 2PVOC 1PSQA 1LBKA 4EXJA 5H5QA 12GSA 2NVLA 4JE1A 2YJ7A 5ECIB 2DMLA 2GTUA 16GSA 1B4QA 3CRTA 4OFMA 1U3IA 4F0CA 2R37A 3D6IA 4KW6A 1U3AA 1X9SB 4GCIA 4V2MA 2YJHA 2IIYA 4KSOA 3UAPA 1F2EA 5B6NA 1V98A 1QK8A 4LA1A 2BMXA 4PXOA 1K3YA 4XRAA 1A0FA 1JZDA 3D0ZA 3FRCA 2VLVA 2GT5A 3RAZA 1EGOA 1FW1A 1M2AA 2C4JA 1NHYA 2IJYA 2A2SA 3UVHA 4EE0A 4XCSA 2LRCA 1K0MA 1EOGA 4IVFA 1XW6A 1XWKA 3TGZA 3GSSA 2B1KA 4XIHA 3UIWA 1FG4A 2EIOA 3VWXA 1JLVA 4KCAA 1FVJA 1AQWA 3D22A 2OADA 4JRRA 1OE8A 2YWIA 1TK5B 2OBIA 3IK7A 2HZEA 2H8LA 2I3YA 2YZHA 2AB6A 2C3QA 4EL1A 3FZ9A 2CT6A 2C0EA 3O76A 3WGDA 5DVBA 4J2FA 5A4VA 2X99A 3HVXA 1QMVA 3TRPA 4L5LA 3TJJA 1YDKA 2LJKA 1PKZA 4PNFA 1GSEA 3OR5A 3LJRA 6GSXA 1N8JA 4IKHA 3FZ5A 4K8MA 5J9BA 1YEXA 3GRXA 2RUFA 5IOWA 3HYPA 4K0GA 1UN2A 1YEPA 2HRNA 5A5KA 2YANA 2JU5A 1ZL9A 1TRWA 1ZMAA 2YPMA 2PU9C 3SBCA 3HKRA 2VL2C 4ULXA 3E9JB 3VLNA 1MDJA 1FB0A 2WRTA 4IN0A 3DEXA 3IRAA 1X9WB 2L4QA 1OC3A 2H30A 3NOFA 4PNGA 4OMVA 4F0BA 2PGTA 5ECOB 1O8WA 1F6MC 1M99A 4PGTA 1G0TA 1OAZA 1ZYQB 2AYTA 2GGTA 2VL3A 2L5LA 1BEDA 1AXDA 3GA4A 4G9HA 2AHEA 2K6VA 20GSA 4CHSA 1SD8A 1AC1A 3GYKA 2LV3A 3EURA 5CRWA 1B9XC 1M0UA 1A8YA 2R3XA 1WE0A 4GSSA 5H5RA 1PX7A 2OACA 5IIZA 1SKRB 5EY6A 2LS5A 4GF0A 1Z7PA 5DDLA 5GAND 3BD2A 4MF6A 3UOMA 4X0XA 2PBJA 4ACSA 2CVKA 4FYUA 1H4OA 4FO5A 1QFNA 2LJRA 3HJMA 1FO5A 4ZB8A 2L5OA 1EV4A 2KHPA 2LRTA 2CVDA 5ECQB 2LUSA 4RUVA 1K0AA 1XBSA 3HZ8A 1C72A 4PUAA 2VUPA 3CBUA 1VF2A 1J08A 1NM3A 2JZTA 5DBQA 4K7IA 2H6ZA 2HXKA 4KH7A 2YV9A 1JZRA 3MAKA 1VF1A 2DBCA 2H0IA 3BOAA 3ZYWA 2VM2A 1PX6A 3KMOA 5DCGA 4HI7A 4MJBA 2HSHA 4EDYA 1RW1A 1GSYA 1SK1A 4WBJA 1Y25A 2YZUA 3FKFA 1OC9B 3HXSA 2VLTA 1EP8A 2DJ1A 3FHKA 3KXOA 3F6DA 4G19A 1HQOA 2K18A 3H93A 1WJKA 5D96A 2IL3A 1S3CA 3DVWA 2YOIA 3EMPA 3BCIA 2O8VB 1XZOA 3VK9A 2MMZA 2NDOA 2CAQA 3ISOA 4IGJA 3WT2A 2YCDA 4ISDA 1OYJA 2G2QA 4NV2A 4IHUA 3TDGA 1IYHA 3HDCA 1ZGNA 2HSYA 4QL9A 1F9MA 3Q18A 2PERA 2HZFA 2KOKA 2C0FA 3EINA 2I1UA 2YN1A 4CDOA 2R6KA 5KN0A 1XVQA 1XWGA 1B4PA 1OC9A 3M3MA 2FA4A 5A4WA 4AJ6A 2H66A 4DSRA 2C8UA 3P7XA 5HQPA 5GSTA 4MF7A 1U87A 1Z6NA 1RQMA 2YNXA 4F82A 5IMCA 4NPBA 3TOTA 1KTEA 1OKDA 3GV1A 4K0NA 5GSSA 4ZBDA 2TRXA 1GSDA 4ZL8A 8GSSA 1GSUA 2XHFA 4TXVA 4MABA 3ERGA 5COHA 1KBNA 2F8AA 2JACA 3VURA 5CRHA 2OE3A 3LWAA 2HRFA 3EE2A 1GUMA 3U5RE 3FY7A 3S9FA 1GLPA 1X5DA 1X0RA 3ZLPA 1J0FA 2VCQA 1YF0A 5F05A 4FIWA 3ZFBA 3KEBA 4FYCA 2TRCP 1A24A 2LNTA 2GSQA 3MNGA 2CZ2A 5D9TA 2V6OA 4MK3A 2P5QA 1SL1B 2DC5A 4ZL7A 4ZBBA 1MDKA 1ZZYA 2V32A 1ST9A 3TCOA 2XPEA 3GL5A 2WS2A 4K7OA 5JCUA 4XHMA 4JR4A 2LKUA 3ME7A 2PVQA 2VD1A 4XTSA 4WF4A 2NPBA 5CRGA 3TUEA 1GL8A 3IE3A 2O85A 1XWAA 2B5YA 3KMNA 5B7CA 2B5EA 1PQNA 4OO4A 2HI7A 1WRYA 3F9UA 4JR6A 3HVSA 3C73A 5ECSA 1Y6EA 4N30A 4BVYA 3QDNA 3EYTA 1SJZA 2FA8A 1BG5A 1BX9A 1HNCA 5IMFA 2VLUA 4MP4A 2I81A 1WMJA 4WXTA 4AF2A 5DCHA 4GLTA 3UVTA 4MDCA 2PMTA 5ELAA 5H5SA 1V9WA 5IO0A 5HFKA 5G31A 2F8FA 2I9HA 3D5JA 3F4RA 3APSA 2I4AA 3G7YA 2LQQA 2RIIA 5ECRB 1SKWB 5A4UA 3GIXA 3O3TA 4NMUA 2IMDA 5ECLB 2ON7A 2A2RA 2GQKA 3F3QA 3W8JA 22GSA 4LLRA 1TRUA 2N5AA 1YZXA 5KEJA 2P5RA 4MLYA 1WP0A 1WIKA 2V2GA 3IAS2 1BAYA 1EP7A 3G7JA 1GUKA 3ZVJA 2LQOA 1K3OA 5D73A 2O89A 4EUYA 2X8HA 1XCCA 1SKSB 1FHEA 3GUSA 2K8VA 5HR1A 1TJDA 1S3DA 5ID2B 1F3AA 3ZITA 5DJLA 1TKDB 3TJFA 5E4WA 4MMMA 2PUKC 2CAIA 1K0CA 2GZZA 3N5OA 1VRSD 5KN1A 1HNBA 1T7PB 3MSZA 3HD5A 3DMLA 2FWEA 2TIRA 4TR4A 2VCTA 3A2XA 5HR2A 2OKAA 2GQLA 4MA9A 5ID2A 4HDEA 3AY8A 3HY2A 5D9WA 3C71A 2F3MA 3UBKA 4QL7A 4LL4B 4NV5A 1TK8B 3TKSC 4DSQA 1PN9A 3GKMA 1A2JA 3TKSE 1XXUA 3GNJA 1R5AA 1B48A 2HZEB 3JCML 5J5NA 3WYWA 3TB2A 2KLXA 2H75A 2ALBA 2QC7A 1F3BA 1OE7A 4DSSB 4MZBA 3LYPA 1EWXA 2H0HA 4WEYA 1GULA 1T4YA 5B8AA 3HCZA 4FH8A 3DGQA 1GSSA 3EU4A 3M9JA 1DE2A 2C1YA 1AAZA 1W4VA 2XBIA 3TKPA 3D4TA 4GRFA 3IV4A 3LG6A 1EEMA 3WGEA 5AIXA 6GSVA 2FWFA 1KNGA 2ES7A 3ZRDA 1R4WA 1K0DA 3GSTA 2RLIA 2GZPA 1K0BA 4ML6A 3DRNA 4DSSA 1HD2A 3UARA 2V6KA 3BJ5A 4YQUA 3TJBA 5CO3A 1Q4JA 1O8XA 2YWOA 1A0RP 3ZIVA 2O87A 3ED3A 3LYKA 2L57A 5G1KA 4LMWA 4TXOA 4KAEA 4L0UA 1FB6A 5EL8A 1PRXA 2V41A 1F37A 1V2AA 2D2ZA 3IHQA 4K9ZA 4KB3A 5FHIA 1FAAA 1MD3A 3I43A 2DJ3A 2FUG2 4TN8A 2B7JA 4AJ8A 3E0UA 5D9VA 3UBLA 4Z7XA 2M80A 2H0GA 3APQA 3ZFLA 3Q6OA 4O7HA 3C1RA 3IK9A 2H73A 3ZL5A 1V58A 3O6TA 3UJ1A 1X5CA 3RHCA 4G10A 5EVOA 1JZWA 2XBQA 3PINA 5J9CA 3Q74A 2R4VA 4NHZA 1ZCPA 2HYXA 3F8UA 2B5XA 2DJ0A 2CX4A 5IMVA 1CQHA 2FHEA 4I6XA 3GX0A 1XW9A 4EC0A 5L71A 1DUGA 2P31A 3M0FA 4ZB9A 4XS1A 3IA1A 4PQ1A 2PN8A 2QKEA 4RQRA 1GSFA 2GVPA 2VCVA 3CSIA 5JCGA 1DBYA 4F2IA 4BVXA 5HFIA 3QD9A 2DJKA 4TRXA 1H75A 1SJIA 2E2MA 1I5GA 3HZ4A 1YF1A 3K8NA 2L4CA 3H8QA 1ML6A 4GQFA 2R2JA 1TU8A 3HVVA 2MBTA 1MEKA 2MYGA 2K9FA 3UL3A 3RPNA 1I9DA 1HYUA 3ERFA 2VO4A 2X64A 3QPMA 1T1VA 2L6DA 1SENA 4FYBA 1T3BA 2REMA 4MZWA 1B8XA 3GH6A 3LSZA 4KNDA 5DJMA 3N9JA 2CV4A 2C0DA 5G5FA 4MZCA 2EIQA 3CTGA 4IP6A 1TRVA 2FD3A 1THXA 1URMA 2CQ9A 3F0IA 6GSSA 4I8BA 2KP1A 4JBBA 4HQZA 4POKA 1SYXA 4OCFA 4OO5A 3CSHA 1HNAA 2E7PA 4O92A 1XFLA 4N11A 5INYA 2DIZA 5JCWA 4Q5NA 1YKCA 1JFUA 3US3A 4PQIA 2NTOA 4GQCA 3TKSA 1V57A 2CA8A 2A4VA 5GAPD 1QXHA 2IMEA 3GKNA 5ECMB 1PD21 4KDXA 5CREA 3G9BA 1JLWA 4TR0A 3RBTA 2WULA 2B6MA 1IYIA 4TVEA 17GSA 1XW5A 4KX4A 3RPPA 2YWNA 4IJ3A 4J56E 2V1MA 1USBA 3DD3A 1TP9A 3DVXA 3TOUA 2C3TA 1K0NA 1UA5A 3M8NA 2IMKA 3F6FA 3H79A 2KUCA 4GSNA 1OC8A 2WGRA 1GWCA 4HOJA 1TI1A 2WZ9A 3DKSA 4YH2A 3MWHA 3W6GA 3CSJA 2GSSA 4TR1B 4BWQA 1G7OA 5AIVA 2O7KA 4POBA 1TOFA 4L5OA 3TKRA 5ELGA 4GSTA 5J41A 3L78A 3IPZA 4BL7A 3DWVA 3F4SA 3LXZA 2KP2A 5C04A 4WF5A 4POLA 1XWBA 3QR6A 3FZAA 1B9YC 1M9BA 1X9MB 2VCXA 3EWLA 1THOA 5F07A 3ZREA 1M7TA 4I2TA 3QAGA 5IOXA 4G2EA 5CP1A 4BA7A 3APOA 3CTFA 3HHVA 4WR4A 1GNWA 2F51A 4ILFA 2H70A 4TR1A 5DQYA 1ILOA 1FOVA 2RM6A 1Z6MA 1NSWA 2FWGA 6GSWA 4ECCA 2H1BA 2VL2A 4BWSA 2DLXA 3KH7A 2XC2A 3LGCA 1GRXA 3MDKA 2WCIA 2MMOA 1EOHA 1QQ2A 2IFQB 1WOUA 5D8IA 2PPTA 4I5QA 2VM1A 3ZMKA 3FYGA 2H01A 4F9ZA 1XOAA 2HLSA 2JZSA 1PGTA 19GSA 2GQMA 3ZTLA 1SJ6A 4TR3A 3DIEA 3P2AA 3GN3A 4MPGA 1JZOA 2H74A 4NAXA 3EVIA 1NHOA 1XWCA 4LMVA 2JADA 2N5FA 13GSA 2H19A 3QOUA 1SD9A 2IFQA 3FR9A 2AJQB 1YY7A 2FGXA 2GZYA 10GSA 1UVZA 2OJLA 1OVNA 1EV9A 1S3AA 3L9UA 4POMA 3A2VA 4V1Ap 5CNWA 4DVCA 3L4NA 1BQ7A 3GFKA 4J57E 4ZILA 5B6MA 5IPGA 2C0GA 2DSAA 5IM9A 4HS1A 4NHWA 6GSTA 2DMMA 1A23A 1QGVA 5JWOB 4ZXGA 4KDYA 5GZZB 3QAWA 1Q98A 5CAXA 2IMIA 4ZIJA 2VCWA 3TRXA 2B3SA 1DSBA 4MF5A 2AV4A 4HQSA 4KA0A 5KN3A 5LCZA 4DEJA 1MDIA 2IWTA 4ID0A 3H1NA 1LU4A 3TRQA 3ZVJD 2G0FA 1AQXA 2H1AA 5ABRA 3WGXA 5AGYA 3C1SA 2HT9A 4V2LA 1TW9A 1Z5YE 3PR8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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