3HZCA

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [gly51;aib51']hiv-1 protease molecule complexed with mvt-101 reduced isostere inhibitor
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords [Gly51;Aib51'] 'covalent dimer' HIV-1 protease
publication title Hydrogen bonds at the protein-inhibitor interface in the HIV-1 protease / inhibitors complexes probed by total chemical synthesis and X-ray crystallography
rcsb
total genus 42
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hzcA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hzcA02
3SA3A 3QRVA 2QI3A 1W50A 2P3BA 5P37A 3LNKA 1MTRA 3URIA 3ER5E 1A94A 3IN3A 5P1MA 5P6DA 3NR6A 1YX9A 1B6MA 3QVCA 4PHVA 2WKZA 1T7KA 4Y5CA 1FFFC 2QNNA 2OHTA 1HSHA 5OZVA 3OUCA 1B6JA 5P2AA 5P3TA 2Z54A 1G6LA 4R93A 4GYEA 1IZIA 2WEDA 5P6TA 3ZKNA 1PSAA 4S1GA 6UPJA 3HD8A 5P3FA 5OYWA 3KFPA 5P2UA 3EKPA 4RYGA 4HE9A 2RSPA 2QAKA 4Y3DA 3OADA 3KN0A 2RKFA 1NSOA 1BWAA 1IDBA 5P6OA 2ZJKA 3LPIA 4RCFA 5OZMA 1LZQA 4FIVA 4F75A 5P5UA 5P62A 5P2OA 2Q15A 3TPLA 4DQCA 5P36A 4K9HA 3BGBA 1QBSA 5P7VA 5HTZA 2HB4A 1LYWA 5P27A 3R4BA 2UPJA 3PBDA 5HE5A 2G1OA 2QHZA 3VF3A 1OHRA 4DH6A 4I8WA 5P5TA 5ENKA 5P0FA 3BRAA 4Y56A 3OQ7A 2B7FA 3UDJA 2G69A 2QU3A 4OBKA 5P1GA 3EXOA 2AOGA 5P0JA 2QP8A 1YM2A 4QJ6A 5P57A 2VA7A 1MEUA 1FB7A 3TKWA 3U6AA 3TNEA 5DPZA 5P2BA 3PLDA 6APRE 3L59A 5P4MA 3QPJA 4FSEA 1XE5A 2IKOA 3UDHA 5P74A 1QDMA 2AVVA 3UQRA 3TOHA 1QRPE 1KJFA 4KUPA 5OZBA 3MWSA 5KR2A 3ZPUA 5P8DA 4Q5MA 3FNTA 3BUGA 3ZKQA 5OZJA 3EKXA 3I6OA 5DQ2A 2V11C 1HVSA 1HTFA 1DIFA 1LEEA 4NJVA 3RSXA 3L58A 4OBHA 1TZSA 3QRSA 3KMXA 4M8YA 1AAQA 1K6TA 4IVTA 2JYSA 1HPOA 4QJAA 3TOGA 1EBYA 4J1EA 1G0VA 1UPJA 5P67A 1EAGA 4JPCA 3I2LA 3RTNA 3NU9A 5P1NA 1F34A 4J55A 1ZSRA 4R92A 2ZHTA 4DPFA 2HM1A 4BFDA 3CYWA 5OZ3A 5P6FA 3ZKSA 1HVJA 3TLHA 2P3AA 1EC1A 1D4JA 5SZ9A 3Q6YA 5OYTA 2V16C 3NUOA 5P4NA 4ZEAA 3VCMA 5P6CA 3ZKIA 2V0ZC 3EL1A 3OUAA 1T3RA 5P2HA 1ER8E 3O9CA 5IS4A 4R95A 2O40A 2V12C 1MVPA 3IA9A 4DJUA 4EXGA 3KF0A 4Y4JA 5P68A 5EZXA 5P13A 5P8KA 2FDEA 3RU1A 3VYFA 3TH9A 4Y3XA 2JE4A 1MSMA 3TKGA 2OF0A 1GVWA 5AH8A 3ZL7A 5KR1A 5CLMA 5P5OA 2AZ8A 4Y39A 2A1EA 3K1WA 5P2XA 2WECA 5P19A 3GI5A 1W6IA 1A30A 2HS1A 3NU5A 2WJOA 5KQFA 3S7MA 3UFNA 4Y3SA 4Q1XA 1EC3A 4Y3EA 1AJXA 5P08A 5P1KA 4EJ8A 5P7DA 5JFUA 3LZYA 1HEFE 2F3EA 3LPKA 3VFBA 1YTGA 4HVPA 3KT2A 4OBDA 4B70A 2G22A 1GVUA 4Y37A 5KQZA 3H0BA 1FF0C 2WF4A 2ZJJA 4NPTA 5OYVA 4YD6A 3OADB 2HPFA 2VNNA 1E80E 5P58A 5P8EA 1MRXA 1EPPE 1W5XA 5HE7A 5P05A 3HDKA 3OGPA 5KOQA 2ZE1A 3LIQA 3NUJA 2JJJA 4Y38A 4Y4AA 1LYWB 3LINA 3D1YA 3KFNA 5P7TA 4GJ9A 5AHAA 4I0IA 1T7JA 4K4PA 3IVHA 3WB4A 1FGCC 5DGUA 5P01A 5IVRA 3IGBA 5P0EA 5OZTA 3BHEA 2VKMA 4J1IA 3JW2A 3ZOVA 4Y48A 1U8GA 5P6PA 4A6BA 4QJ2A 1BDQA 1B11A 3A2OA 1YG9A 2QMPA 4OC6B 3LZSA 3OU4A 3RTMA 1T6EX 3GI4A 2P3CA 5BRYA 4DJVA 5P7OA 3NU4A 4DVFA 2BPXA 2G1YA 1OD1A 5P0GA 5OZ5A 2ZJHA 2CEMA 5P7RA 5P1HA 5HU1A 5P61A 3ZKGA 1YM4A 1IVQA 4GJ5A 1HOSA 5IVQA 5ER1E 5OYZA 5P06A 3NXEA 4X2LA 4WY6A 3BVAA 1FEJC 4L1AA 3EKWA 5P0NA 1B5FB 5OZEA 4Y3WA 3K4VC 3VYDA 5OZUA 1N49A 3OHFA 4Y43A 3HW1A 2EWYA 5P3SA 1RQ9A 4Y3GA 5TOLA 1HVRA 5P4QA 1PROA 4H3IA 1HEGE 3S7LA 4Y5PA 1D4LA 5OZPA 5P5LA 5P81A 4YBIA 5P5XA 3FIVA 4Z22A 1XDHA 5P26A 5KOSA 5P8RA 4I0GA 1BAIA 5P4OA 5P48A 4B0QA 4MC1A 5P00A 1EBZA 5OZ9A 1B6PA 5HU0A 2G21A 5P1UA 3LHGA 4Y4TA 3T11A 3UDYA 5P50A 2IRZA 3PSGA 1HSGA 1ZLFA 4CKUA 5OZIA 4JOOA 4J54A 1D4HA 3O9EA 3AUPA 3OQAA 4Y6MA 3VF7A 1J71A 5OYUA 4Y3QA 4KE0A 5AGZA 5P7MA 4Y4BA 4GJAA 5P2WA 2QD7A 4Y3RA 5P0BA 4J1FA 5P72A 5P4IA 1E81E 3GI0A 4RCDA 5P4FA 5P55A 3QN8A 7UPJA 3SAAA 4LL3A 5P2LA 4TVHA 5P35A 3EM3A 2P3DA 5P7EA 3UDRA 3BXRA 4Y4GA 3ZLQA 2CENA 5P6QA 5P7QA 3TPRA 5P5RA 3O9DA 4NKKA 5P5PA 5OZNA 3R1GB 3QBFA 3ZKMA 5P8SA 1KJHA 3IVIA 4Y5MA 5P20A 2I0DA 2JJIA 1W5VA 5HDVA 2QD8A 4FLGA 4X7IA 4DUSA 3UHLA 2HS2A 4RZ1A 1HVHA 4L7HA 3EKVA 3D1ZA 4MC9A 3QP0A 5P5MA 3KA2A 4U7VA 3UDMA 2B8LA 5P0TA 4YD5A 3LZVA 4PZWA 2FNSA 5P45A 3WZ7A 1GVTA 5P2IA 2VA5A 5OZOA 5P7AA 4YD3A 5P54A 5P4HA 4TVGA 5AH9A 5P2CA 3SA4A 5P29A 3INDA 5DQ4A 5BS4A 1IVPA 3D20A 5P3DA 5P4WA 1K2BA 2PWCA 5AH6A 2Z4OA 4GJ6A 1AJVA 3EM6A 5P3AA 5P4CA 1HPVA 4RRSA 5P2ZA 5P5AA 4DQBA 5P41A 4APRE 5OZRA 1QBTA 4Y35A 4Y5LA 1KJ4A 2R5QA 4HLAA 5CONA 4RRNA 3BVBA 2VIYA 4FRIA 4KB9A 3RTHA 2OHPA 5P6MA 4B1CA 5P46A 1MSNA 1DMPA 5P1SA 1BVEA 5P7NA 2NXLA 2Q5KA 1D4SA 5P8GA 5P8PA 5ENMA 5P8QA 2QZWA 4L1AB 4Y3HA 4ZPGA 1MTBA 5COOA 3NWQA 5P89A 3R2FA 2I4QA 1PPKE 3EKYA 5P8IA 1D4KA 5IVSA 5J25A 2VJ7A 4JPEA 4OBJA 1BILA 5P3UA 3PMUA 3PCWA 1IDAA 3HZCA 3NU6A 4DJRA 4XX4A 1WBKA 3DJKA 5HVPA 2IL2A 4CPRA 3L5BA 5P1CA 5P88A 2AOCA 1ENTE 3FX5A 3NSHA 3FKTA 2OHMA 4Y54A 4Y36A 3F9QA 3S2OA 1BWBA 2R5PA 4NJUA 5JFPA 4AMTA 3OY4A 4EP2A 3CKPA 3INEA 5P7GA 1SDVA 1AXAA 5P4ZA 4RVIA 5P1TA 3QVIA 1HVLA 3WZ8A 3LIXA 4Y4WA 5P23A 3UDKA 2QZKA 2ASIA 2I4DA 2NR6A 1HTGA 2NPHA 4I10A 3SACA 5P4KA 5P5FA 3IXJA 5P1JA 1MT8A 1TCWA 3KDCA 1SDTA 3O9AA 2VJ9A 2I4VA 4Y41A 5PEPA 3QAAA 1QS8A 5P28A 2BPZA 4J17A 1QBUA 5P71A 5OZ0A 5P0ZA 4WY1A 4F76A 5P5VA 5P7KA 4Y3LA 4MC6A 1HWRA 4APEA 2HIZA 5P3KA 4BELA 3OTSA 1APVE 4OC6A 1EPQE 1K2CA 5P3XA 2G1NA 4CPXA 3NDWA 1FLHA 5P5HA 1HHPA 8HVPA 5DR8A 3PEPA 5P8NA 1ZTZA 4XKXA 4ER1E 1GKTA 2ER0E 4Y4XA 5P1AA 4K8SA 4ZSRA 3PCZA 5COPA 4K4QA 3OOZA 3SABA 4L6BA 5P1XA 1KJ7A 4EJLA 5P7IA 4CPSA 5P8CA 3EKTA 4TRZA 5P07A 4J0TA 5P1IA 5I3VA 5P1RA 5P2TA 2R38A 4GJCA 5P34A 5P1EA 5P2KA 2G94A 3ECGA 3ST5A 5KQXA 4Y47A 3S54A 5P3GA 1B5FA 5P6RA 1ZSFA 4Y4UA 5P4JA 3KDBA 4FL8A 4J0YA 4AA8A 1SDUA 4Y5GA 3T7XA 2V00A 2VIZA 1FQ6A 3VUCA 4CMSA 1HPXA 3OTYA 5P60A 4F74A 1UH9A 2J9JA 5P7ZA 5P4VA 1D4YA 4DJQA 3Q5HA 4Y5AA 4CPWA 4I1CA 4Y5NA 3UQWA 1SMEA 4RROA 5P0QA 1EPLE 2V10C 5P16A 3D1XA 4UPJA 2OHLA 3CMSA 2BPYA 1XL5A 2BKSA 1DAZC 4J0VA 5P4SA 3PWWA 5P5EA 2ZYEA 1RL8A 3IXKA 1FQ5A 2B42A 1A8KA 4AA9A 1IZHA 5P79A 1SGZA 1SIPA 2QU2A 1FMBA 3O9GA 3PLLA 1K6PA 5P0RA 2BB9A 2IS0A 3UQPA 2FLEA 5ISJA 5P3MA 4DJWA 4I0EA 3OGQA 5DQ5A 5JODA 5P4BA 4I8ZA 4J0PA 2ER7E 5F00A 4DQHA 3L38A 2P83A 5F01A 3S8IA 3O9LA 4DPIA 4YCYA 3HAWA 5P32A 3DV1A 5P4PA 5P7WA 2VIEA 4Y3JA 4QLHA 4FRJA 5P5JA 2AVSA 1BIMA 3PMYA 3EC0A 5P76A 5P1PA 5P1QA 3B80A 5P5ZA 5P5NA 3SO9A 1Z1RA 3PI5A 3VEUA 3QROA 1APTE 4XX3A 3BXSA 3OXCA 4Y3PA 3T7QA 2AOFA 5DR7A 3UPJA 1A8GA 2R43A 2F3KA 5HDUA 3KYRA 5P4GA 3L3AA 5P6VA 3SM1A 1HPSA 2WF1A 4LXMA 3KMYA 2PC0A 4QJ9A 5OZCA 5P6ZA 2BQVA 5P8JA 1EC0A 5P5BA 5FIVA 4Y3ZA 5P14A 5I3XA 2J9KA 3SQFA 4ER2E 4FAEA 1T7IA 3U71A 3DUYA 2F8GA 2V13A 4FGXA 4Z50A 1CZIE 5AHCA 4AUCA 1DP5A 5P86A 3O99A 3UQXA 5P4LA 1HSIA 1YTJA 1KZKA 2JXRA 3DK1A 3K4VA 3K5CA 5P1BA 5P3OA 3R0YA 5P10A 2ZDZA 5OZHA 5P49A 4Z4XA 3SA6A 1BDLA 2AVMA 2AVOA 2NXMA 3MSLA 5OZ1A 4CPUA 5P6XA 3PM4A 5P69A 1YT9A 1MIQA 1NPVA 4FCOA 1VIJA 5COKA 3MSKA 5P3PA 4B1DA 4EPJA 3ZMGA 2QD6A 4M8XA 5P5SA 3DV5A 5OZDA 2WEZA 1E5OE 2PQZA 4YDFA 2XFKA 2PMAA 4RCEA 2PK6A 4YE3A 3PSUA 3OWNA 3PSYA 4NJTA 2AZCA 3L5FA 5OYYA 5P83A 5JG1A 3T3CA 2UXZA 5P0XA 5DR3A 5P1VA 3D91A 5C9BA 1HBVA 1MESA 5HE4A 4Y3FA 5P1OA 1B6KA 1FQ4A 3HAUA 4PYVA 1OEXA 2FDPA 5P17A 3PHVA 4D85A 5C9FA 2FXDA 3OXWA 5P8HA 2J9JB 3OUBA 5P0YA 2FGVA 4J1KA 4YHQA 1GNNA 2B7ZA 2R8NA 2VA6A 5P66A 1FIVA 3KT5A 5P44A 1WKRA 5P1LA 1AZ5A 3EM4A 3PGIA 2QI5A 4ZLSA 1EBKC 3K5DA 4I0ZA 3U7SA 3HLOA 5P0SA 3GGVA 2VIJA 3UQUA 5HDZA 3FSMA 4HEGA 3UF3A 3VLAA 4YCKA 1T6GA 3SKFA 4D88A 3QI1A 1NH0A 5P8BA 5P15A 4EQ0A 3TOFA 4B72A 3I7EA 3NLSA 5P5KA 5P0WA 3S56A 5P8VA 1LYBB 5P0DA 5KQYA 1EPRE 2A4FA 4NJSA 4ACUA 4FM6A 5OZSA 5P3WA 3O9LB 5P31A 2PWRA 5SY3A 5P5IA 4R91A 4EXHA 4A6CA 1NPAA 3ER3E 5ISKA 4I0JA 1XN2A 1IZDA 5P8MA 2WF0A 3G72A 1MRWA 2AOJA 3LZUA 2AODA 5OZ2A 6FIVA 5P2JA 3UDQA 4Y5BA 5P4TA 1PPME 5DR0A 5P4UA 3Q4BA 4BEKA 4YOBA 2HAHA 3NU3A 4A4QA 5P6AA 2FMBA 3NDUA 5P09A 5P4EA 5IVTA 4F73A 2NNPA 1C70A 5P3JA 2PSUA 9HVPA 3EBZA 1SBGA 4RLDA 2PH8A 2IENA 1TQFA 2XFIA 4OBFA 5P6HA 4KE1A 3WB5A 4I12A 2FNTA 3M9FA 5P7FA 2F80A 3INFA 2Q64A 5P78A 1UH7A 5P02A 2QCIA 2OHKA 2BPWA 5SXNA 3PVKA 3VFAA 1M0BA 4D89A 2PSGA 5OYXA 5P39A 2O4NA 5AH7A 3OQKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA3 A;  3QRV A;  2QI3 A;  1W50 A;  2P3B A;  5P37 A;  3LNK A;  1MTR A;  3URI A;  3ER5 E;  1A94 A;  3IN3 A;  5P1M A;  5P6D A;  3NR6 A;  1YX9 A;  1B6M A;  3QVC A;  4PHV A;  2WKZ A;  1T7K A;  4Y5C A;  1FFF C;  2QNN A;  2OHT A;  1HSH A;  5OZV A;  3OUC A;  1B6J A;  5P2A A;  5P3T A;  2Z54 A;  1G6L A;  4R93 A;  4GYE A;  1IZI A;  2WED A;  5P6T A;  3ZKN A;  1PSA A;  4S1G A;  6UPJ A;  3HD8 A;  5P3F A;  5OYW A;  3KFP A;  5P2U A;  3EKP A;  4RYG A;  4HE9 A;  2RSP A;  2QAK A;  4Y3D A;  3OAD A;  3KN0 A;  2RKF A;  1NSO A;  1BWA A;  1IDB A;  5P6O A;  2ZJK A;  3LPI A;  4RCF A;  5OZM A;  1LZQ A;  4FIV A;  4F75 A;  5P5U A;  5P62 A;  5P2O A;  2Q15 A;  3TPL A;  4DQC A;  5P36 A;  4K9H A;  3BGB A;  1QBS A;  5P7V A;  5HTZ A;  2HB4 A;  1LYW A;  5P27 A;  3R4B A;  2UPJ A;  3PBD A;  5HE5 A;  2G1O A;  2QHZ A;  3VF3 A;  1OHR A;  4DH6 A;  4I8W A;  5P5T A;  5ENK A;  5P0F A;  3BRA A;  4Y56 A;  3OQ7 A;  2B7F A;  3UDJ A;  2G69 A;  2QU3 A;  4OBK A;  5P1G A;  3EXO A;  2AOG A;  5P0J A;  2QP8 A;  1YM2 A;  4QJ6 A;  5P57 A;  2VA7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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