3I25A

Potent beta-secretase 1 hydroxyethylene inhibitor
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
388
structure length
373
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of potent BACE-1 inhibitors containing a new hydroxyethylene (HE) scaffold: exploration of P1' alkoxy residues and an aminoethylene (AE) central core
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 373
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i25A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i25A02
4Q1WA 5ISJA 5C9DA 5P1LA 4RLDA 3BHEA 5P19A 2G24A 3OWNA 1G6LA 3PBDA 1XN3A 4GJDA 1MT7A 2VJ6A 5OZVA 4Y3AA 2PQZA 2VA6A 5P6UA 2PYMA 4FRIA 4YCTA 5I3WA 5P1AA 4Z2ZA 1AVFA 2CENA 3DV1A 3UDNA 3GI5A 2IEOA 1WBMA 5OZMA 1BVGA 4R92A 5P8HA 5P1KA 4B77A 1YTHA 5P0GA 2V16C 4YOAA 2A4FA 2BBBA 2QMDA 4I0ZA 3BUHA 3QBHA 3SQFA 3O9DA 5P17A 4CPSA 4DJYA 2OHUA 3R2FA 5P1NA 1D4YA 1HIVA 2SAMA 5P8NA 1YM4A 3BC4A 2Q5KA 5P2FA 4JOOA 2QHZA 5P5QA 3UTLA 3DOXA 5P4LA 3U7SA 1FB7A 3OUCA 1MRXA 1QBSA 4EP3A 1ZP8A 1FFIC 4RYCA 5P1VA 3OGQA 3IVIA 1MIQA 4Y36A 2FXEA 4CMSA 2OHRA 4EJKA 5P7IA 2NNPA 2IQGA 3ECGA 3LITA 3EMYA 5P0FA 4J54A 4ZEAA 5OZOA 5P0ZA 4DJQA 2VNNA 5P0CA 4Y4TA 4TRZA 5P0NA 4FAEA 5P6VA 5P7CA 2FMBA 4YDGA 1OD1A 3NDUA 2R8NA 3D1XA 4Y3HA 2B8LA 3UQRA 1EAGA 5P4JA 2HPEA 5P5EA 3OQFA 3FIVA 3PCWA 3URLA 1YG9A 3UDYA 3PB5A 1A30A 5P6MA 3LPIA 4IVSA 4D83A 5P3DA 2VIJA 3KN0A 4KB9A 3INFA 4ZSMA 5P43A 4OC6B 3K5GA 4D85A 3DM6A 5P0KA 3EL5A 3EKTA 1TQFA 3N4LA 4H3IA 1T7KA 3KMYA 1GKTA 5P4XA 2WF4A 1ZBGA 1AAQA 5P8EA 2QHYA 5P70A 1A94A 2R43A 1B11A 3Q6YA 2F8GA 4LL3A 5P88A 1FQXA 5P5FA 4I0IA 1HHPA 5ER2E 5P7ZA 3IXJA 1BDRA 1EPRE 5HTZA 3HVGA 1HRNA 2NPHA 5P6EA 4Y3SA 4B0QA 1E81E 3HAWA 3VG1A 5JFPA 1A8KA 3SM2A 1W5YA 4NKKA 4Q1NA 4FE6A 1FKNA 5OZ1A 4L1AB 4DI2A 3CYXA 3S54A 3OAGB 1E82E 1SIVA 3CKTA 2AVQA 4Z4XA 1HPOA 3KF0A 1SDUA 5P34A 5DPZA 5P8UA 2J9JB 4S1GA 4QLHA 2ASIA 3LIZA 3SA6A 5P1UA 3ZKSA 1GVWA 4WY1A 2UXZA 1XE5A 3IVHA 4F74A 5HCOA 2P3BA 5P5UA 3S85A 1MRWA 1QDMA 2VIYA 4Y3ZA 1DP5A 3LZVA 1KJFA 1W5VA 4GYEA 4LAPA 5COPA 5P35A 1KJHA 4TVHA 5P58A 6APRE 4A6BA 4GJ5A 1YT9A 1TSUA 4Y53A 1FMUA 4Y3NA 5P2EA 5JODA 2QU3A 4Y5GA 4MC9A 3VYFA 3MXDA 4PYVA 1EBWA 3GGXA 5OZ9A 2HAHA 5P7LA 3PBZA 2QAKA 2OAHA 3PWWA 4BFBA 1IZIA 2H6TA 4Y5BA 1TCWA 4EJDA 4YDFA 2QI0A 4OD9A 3VFBA 5P4VA 5P00A 5OZCA 4CPRA 3OY4A 2VA5A 1SP5A 5P7JA 5P1DA 5P6DA 1FQ7A 1EPNE 3NLSA 3NXEA 3OOTA 3TPLA 2I4UA 2QNPA 3QVIA 4J5JA 2QP8A 4AUCA 4FSLA 4FRKA 5HE5A 4PEPA 1LYAA 2WF0A 5P3JA 2VKMA 4Y43A 1UH9A 3R1GB 3TL9A 2F3FA 4UPJA 3AUPA 2QZLA 2BPYA 5P3MA 1SGZA 4Y4XA 2R9BA 4F76A 4Z22A 5P3LA 5P41A 3SA9A 1MPPA 2WF1A 5P0LA 3SA3A 1AJXA 3NU3A 1TW7A 5P3YA 3L59A 4DPFA 3G72A 5P2DA 1MVPA 1HVSA 4Y4JA 1SIPA 4XX4A 3EM3A 5P6XA 2BKSA 3K4VA 1OEWA 3VLAA 4Y38A 3TKWA 5OYVA 3OQKA 4Y4WA 2JE4A 1K6CA 4I12A 1D4LA 4DJPA 3IA9A 2BPZA 3PSGA 5P4HA 3UDQA 1UPJA 5ER1E 4JPEA 3NWQA 3PVKA 3M9FA 3R0WA 4HA5A 1IVQA 1IZHA 1MSNA 1LYBA 3QS1A 3OXVA 5P5DA 5OZ6A 3PJ6A 4RCEA 4H3JA 5C9BA 3TPRA 1B6MA 5OYQA 3ZKGA 2P3CA 5OZFA 2OHSA 2IRZA 1ZPAA 2OHKA 5AH9A 5P1MA 1CZIE 2APRA 4YCKA 2RKGA 2OHPA 2AOJA 2Q3KA 2PYNA 2V00A 1YTGA 3FNTA 4I0GA 4B1EA 2Z54A 1LF3A 4I8WA 5P48A 5P5KA 1PPLE 2ZDZA 1GVVA 1HVRA 5P45A 3N3IA 1VIKA 5P5CA 1YX9A 3PM4A 3HD8A 5P6SA 3EKQA 4I11A 3DUYA 3OOZA 4GZFA 4APRE 1HSIA 3VUCA 4OBGA 3BVAA 3K1WA 3O9HA 2JJIA 1PPKE 5P1TA 1BXOA 5HDXA 2Q64A 1D4IA 3R0YA 3TOHA 1BILA 4EHCA 1YTIA 4J1EA 2P3BB 1Z8CA 4L6BA 2Q54A 1FIVA 5P1EA 5OZKA 2QD6A 4JECA 5AHCA 2ZHSA 3O9GA 5P6YA 5P1PA 3B80A 2B60A 3EKWA 4GJCA 4Y9WA 1ENTE 2NXDA 3UFNA 2G20A 1NSOA 3L5DA 5KAOA 3G6ZA 3ZLQA 4M8XA 5OZBA 5P87A 5P12A 1Z1RA 3QVCA 5TOLA 1T6GA 2AOFA 2G1YA 4GJ6A 3S56A 4FSEA 5P78A 5P1QA 4RRSA 3RTMA 2P83A 1SMEA 1SMRA 1IVPA 4H3FA 4OD9B 1EC1A 4R91A 5P72A 3BVBA 3CIBA 3VYDA 3BGBA 4Y44A 1F34A 3LZSA 4Y50A 2IKUA 5P46A 5P01A 2PMAA 5OYWA 5IVTA 4K4PA 5IVRA 2I4WA 2QZXA 3JW2A 4U7QA 1MTRA 3UPJA 5P49A 5P55A 1HIHA 2G69A 5KR2A 5OZDA 5P2JA 5P0SA 5P3FA 3T3CA 1LYAB 1D4JA 5P3WA 2F3EA 1BV7A 2IENA 3LPJA 4DQFA 1EEDP 1QRPE 3H5BA 5P3KA 1EPOE 5PEPA 3URIA 1YTJA 3PI0A 5P31A 4YD7A 4TRWA 3HAUA 3I6OA 4KE0A 3LNKA 4Q1YA 2BPVA 3EKYA 5P73A 2ANLA 1MESA 4F73A 1M0BA 4OBFA 4XX3A 5P2QA 5P29A 4X2LA 5I3VA 1SH9A 5FIVA 3KT5A 2ZHTA 3L5CA 3OAGA 1XDHA 2G1OA 5P0UA 4YHQA 3K4VC 5HU1A 3T7PA 4NJVA 3KDBA 4EXHA 4DQCA 2J9JA 3BXSA 1GNNA 1LYBB 1NPVA 1TSQA 2I1AA 5P4ZA 3ZKQA 3ZOVA 4Y3XA 5P8DA 4MC2A 1QBRA 5P8FA 1EBZA 3ZPTA 3O9IA 2B7FA 2ZHVA 5P59A 4LP9A 2CEMA 2IS0A 4PHVA 5P4MA 2FNTA 1G0VA 3FX5A 2QMPA 4KUPA 5P5WA 3SPKA 2B42A 1C6ZA 2G1NA 5P7XA 3VV7A 3O9CA 1XE6A 3SKFA 5P1OA 3PMUA 5P3RA 3NU6A 5P3XA 5P75A 4Y45A 5ISKA 3VYEA 5P1ZA 5P30A 4DJWA 1FG6C 3NU5A 4EJLA 3VF3A 2ZYEA 2O4KA 1VIJA 5JFUA 5P2IA 4MC1A 1T7IA 4J0YA 5P7VA 2PH6A 4FGXA 3LIXA 2NNKA 5HCTA 2WECA 5OZHA 1GVUA 2RKFA 1XN2A 3HBOA 3LIYA 5AHAA 2G26A 2VJ9A 3L5EA 4Y57A 2VNMA 2ER7E 3K5FA 1EBYA 5P4TA 2OHQA 4Y3FA 4DFGA 3BGCA 2R3TA 5P4PA 3NR6A 1D4HA 1BDQA 5P4IA 2VIEA 5P2CA 4ER1E 2FGUA 3QRMA 4Y4BA 4Y47A 4GJAA 1HEFE 3MXEA 3UQPA 4LXMA 4Y3DA 5DR4A 5P82A 2QNNA 3OQAA 5HDVA 1ZLFA 5SY3A 4Y4GA 3IGBA 4H3GA 4J1CA 4L7JA 4GJBA 3OTSA 3MSJA 5UPJA 4GB2A 4PPHA 5P5BA 5P6NA 4HLAA 3MSLA 4GJ7A 3OHFA 4E43A 2WEDA 2FDEA 2WEAA 3MWSA 3DV5A 5P36A 3RU1A 1PPME 5P33A 3H0BA 1ZPKA 3IXKA 3F9QA 1KJ4A 3NU4A 5IVQA 1SBGA 4EYRA 1HEGE 5P2MA 2PWRA 1ZSRA 5P4FA 5P8KA 2PC0A 5P5OA 2FS4A 2I4QA 5AH6A 5P80A 4I0FA 1K2BA 2IKOA 3GGAA 4HDBA 4RVXA 5KR1A 2G21A 5P5GA 4PZXA 2ZE1A 3TTPA 3AIDA 2P4JA 3INHA 5EZXA 1HVKA 2FLEA 4ZPEA 4QJ7A 3OUDB 2XFKA 5P61A 3NYGA 5DR1A 1E80E 4Y5CA 3NSHA 5P5IA 3Q70A 4OBJA 5E5KA 5P5LA 1SDTA 1QBTA 1IDAA 5P5JA 5DGWA 4K9HA 5KQZA 4Y6MA 2ZHUA 4CP7A 2QMFA 5P1HA 1AJVA 2I4VA 4Y56A 5P6OA 1DPJA 3T11A 1PSOE 3SA7A 2G27A 3EM6A 3INEA 5P0IA 5P8LA 3HLOA 4J1HA 2ZHRA 3SABA 5P1YA 2AVMA 4YCYA 5P66A 2WHHA 5AH7A 4OBKA 5P18A 2WEZA 3PMYA 4DJUA 1FGCC 1LS5A 3SLZA 5P1RA 5P71A 2F80A 5P22A 2G94A 3DCKA 3EKXA 2AIDA 5P3OA 5P7UA 3OUBA 3Q3TA 5P6HA 2HS2A 1C6XA 1KJGA 2JYSA 5P0VA 5P1WA 2QCIA 5P28A 4X7IA 5KOQA 4ER4E 5DR8A 4ZPFA 5P5XA 3ER5E 3PLDA 1XL2A 1APVE 5P20A 3OQ7A 1ME6A 4QGIA 4ZE6A 5P3PA 1K1UA 5P11A 3EM4A 3TH9A 2AZCA 3OXCA 5HE7A 3SACA 1FQ5A 2R38A 5P64A 2V12C 4J0TA 5P2BA 3APPA 3SA5A 4J55A 4Y5LA 5P0DA 4LXAA 1KJ7A 3SO9A 1OEXA 1MUIA 5P6BA 4DQBA 3A2OA 5P2LA 3UHLA 4FAFA 2FNSA 3UDHA 5P3GA 2G22A 1XS7D 1HVCA 4DUSA 5P83A 4YBIA 5P26A 2HC0A 4DV9A 1YM2A 3PWRA 5P2UA 2OHNA 1EPQE 1CPIA 5P5AA 5P6FA 5P25A 2QI5A 4QJ8A 3KDCA 2IGXA 3IXOA 5OZZA 1KZKA 4QJAA 4OBDA 1B6PA 5COOA 2OHLA 1GVXA 3DJKA 4GJ8A 2AZBA 4I0EA 5P8SA 3URJA 3HDKA 1RNEA 1LF4A 1PSNA 4I0HA 4A4QA 1HXWA 2QI4A 1BV9A 4XXSA 3GI6A 1W6HA 5P14A 4DJXA 4RYGA 2Q63A 3PWMA 5P2RA 2P3DA 4RVIA 3EL9A 5HDZA 2XYEA 5P23A 5AGZA 3VEUA 1B6KA 1XL5A 1GNOA 5P0TA 5P24A 5P69A 2HM1A 1E5OE 4FL8A 3IN3A 4DQEA 2PSUA 3OU4B 3VSWA 5P16A 3L5BA 5P3CA 4PZWA 1M4HA 5P8JA 2AOGA 1APTE 4ACUA 4COEA 2HPFA 5EZZA 3S2OA 4DQGA 5P7HA 1W50A 2V11C 5OZ3A 3VF5A 3I25A 3S7MA 5P0EA 5P2HA 5P54A 4Y3RA 4YA8A 3RVIA 3ZMGA 5P7DA 4Y3EA 5P05A 3BUFA 3KFNA 3QP0A 1HXBA 2HS1A 1WBKA 4TRYA 1HVHA 3DK1A 1HVJA 5P6RA 2PSGA 4B78A 4B1CA 5P5HA 5P0XA 4Y4EA 4FRSA 2JXRA 3KFPA 1W5WA 5P7TA 1EC0A 3OUAA 1HSGA 5P8TA 2QI6A 3ZL7A 4OBZB 1AZ5A 2XYFA 3KFSA 5P08A 3VLBA 2IL2A 5P09A 1AXAA 4AA8A 5P1CA 5P06A 1AIDA 1BXQA 3EC0A 5SY2A 4WY6A 5P5TA 1IZDA 1BDLA 3WZ6A 5P7NA 1UH7A 2V13A 1UH8A 5P7YA 4LXKA 3LZYA 3K5DA 1HIIA 5P37A 2XFJA 3SA8A 2NTRA 2ZJKA 4NJUA 5F01A 5P2TA 4I1CA 5P7KA 5P67A 4HDPA 1RPIA 3QRVA 2Q11A 1W51A 1ODYA 3B7VA 5OZIA 3ZKMA 3SA4A 2VA7A 3FKTA 5P8AA 2R5PA 3UF3A 5OYYA 3T7XA 5P1SA 1K6TA 2QZKA 1W6IA 5F00A 2AZ8A 1WKRA 1ZAPA 5P6PA 3PSUA 2FIVA 5BS4A 4I0DA 3JVYA 1C70A 3PEPA 4ER2E 4B70A 1JLDA 3D91A 2Q15A 4GIDA 8HVPA 1PFZA 1EPPE 1IIQA 3OXWA 4Y51A 4ZPGA 5P6QA 4Y3TA 1MSMA 4YD5A 2P3AA 5P2SA 5OZJA 2FGVA 5P4UA 5P8VA 2QNQA 5KR8A 1A8GA 4Y37A 5DQ1A 3D20A 2RSPA 5P1BA 1QBUA 1A9MA 4L7GA 3UQUA 1MT8A 3UFLA 4H1EA 5DQ2A 3S45A 1META 3ZPUA 2NXLA 5OZPA 5P4BA 5B18A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q1W A;  5ISJ A;  5C9D A;  5P1L A;  4RLD A;  3BHE A;  5P19 A;  2G24 A;  3OWN A;  1G6L A;  3PBD A;  1XN3 A;  4GJD A;  1MT7 A;  2VJ6 A;  5OZV A;  4Y3A A;  2PQZ A;  2VA6 A;  5P6U A;  2PYM A;  4FRI A;  4YCT A;  5I3W A;  5P1A A;  4Z2Z A;  1AVF A;  2CEN A;  3DV1 A;  3UDN A;  3GI5 A;  2IEO A;  1WBM A;  5OZM A;  1BVG A;  4R92 A;  5P8H A;  5P1K A;  4B77 A;  1YTH A;  5P0G A;  2V16 C;  4YOA A;  2A4F A;  2BBB A;  2QMD A;  4I0Z A;  3BUH A;  3QBH A;  3SQF A;  3O9D A;  5P17 A;  4CPS A;  4DJY A;  2OHU A;  3R2F A;  5P1N A;  1D4Y A;  1HIV A;  2SAM A;  5P8N A;  1YM4 A;  3BC4 A;  2Q5K A;  5P2F A;  4JOO A;  2QHZ A;  5P5Q A;  3UTL A;  3DOX A;  5P4L A;  3U7S A;  1FB7 A;  3OUC A;  1MRX A;  1QBS A;  4EP3 A;  1ZP8 A;  1FFI C;  4RYC A;  5P1V A;  3OGQ A;  3IVI A;  1MIQ A;  4Y36 A;  2FXE A;  4CMS A;  2OHR A;  4EJK A;  5P7I A;  2NNP A;  2IQG A;  3ECG A;  3LIT A;  3EMY A;  5P0F A;  4J54 A;  4ZEA A;  5OZO A;  5P0Z A;  4DJQ A;  2VNN A;  5P0C A;  4Y4T A;  4TRZ A;  5P0N A;  4FAE A;  5P6V A;  5P7C A;  2FMB A;  4YDG A;  1OD1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ZPS A;  1HTR B;  4HEG A;  3OQD A;  4WTU A;  4JPC A;  3ST5 A;  5P7P A;  3O9F A;  2NXM A;  4Y3Q A;  1DIF A;  3GW5 A;  1RV7 A;  2QMG A;  5P79 A;  3FV3 A;  2ER6 E;  5OZ2 A;  1U8G A;  2HB2 A;  1C6Y A;  4J1K A;  3UCB A;  5P7E A;  1QS8 A;  3HW1 A;  5P7G A;  3RTN A;  1DW6 C;  3FNS A;  3NUJ A;  3RSX A;  1LV1 A;  3UDJ A;  4KE1 A;  3GI4 A;  3QI1 A;  4EJ8 A;  4CPU A;  5P2Y A;  2I0D A;  4J1I A;  3CIC A;  5P7W A;  3EL4 A;  5P8Q A;  3VCM A;  2Z4O A;  5P3Z A;  2FDD A;  3CKR A;  3KM4 A;  4CPW A;  5P13 A;  1HTF A;  1B6L A;  5DQC A;  3ZKI A;  2OHM A;  4CPQ A;  4BEK A;  5P0J A;  4ZLS A;  3PCZ A;  1MTB A;  4Y48 A;  4DVF A;  5I3Y A;  5P2V A;  3K5C A;  2O4L A;  2WF3 A;  4Y39 A;  4D89 A;  1NH0 A;  1HVI A;  3NDX A;  3L38 A;  1FLH A;  2O4S A;  5P47 A;  2I4D A;  2BB9 A;  5P7Q A;  1K6V A;  4OC6 A;  2FXD A;  5P3I A;  2QD7 A;  5P8I A;  4DPI A;  1FG8 C;  4I10 A;  5P81 A;  3QIH A;  3U71 A;  5P3H A;  1BWB A;  4Y4Z A;  4HE9 A;  5IS4 A;  5P3T A;  2AOI A;  4AZY A;  2OHT A;  4Y3L A;  3HZC A;  2ZJI A;  1IBQ A;  4FLG A;  3JVW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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