The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
324
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structure length |
324
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Chain Sequence |
RFTQALVIAYVIGYVCVYNKGYQDTDTVLSSVTTKVKGIALTNTSELGERIWDVADYIIPPQEDGSFFVLTNMIITTNQTQSKCAENPTPASTCTSHRDCKRGFNDARGDGVRTGRCVSYSASVKTCEVLSWCPLEKIVDPPNPPLLADAENFTVLIKNNIRYPKFNFNKRNILPNINSSYLTHCVFSRKTDPDCPIFRLGDIVGEAEEDFQIMAVRGGVMGVQIRWDCDLDMPQSWCVPRYTFRRLDNKDPDNNVAPGYNFRFAKYYKNSDGTETRTLIKGYGIRFDVMVFGQAGKFNIIPTLLNIGAGLALLGLVNVICDWI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the ATP-gated P2X(4) ion channel in the closed state.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Danio rerio
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| molecule tags |
Transport protein
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| molecule keywords |
P2X purinoceptor
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| total genus |
60
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| structure length |
324
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| sequence length |
324
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-07-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | atp-gated p2x4 ion channel | ||
| Mainly Beta | Sandwich | atp-gated p2x4 ion channel fold | atp-gated p2x4 ion channel domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DW0 A; 4DW1 A; 3I5D A; 3H9V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AIL C; 1X4T A; 4JTA B; 1L0L H; 1SQQ H; 2PF4 E; 4HBN A; 4Q20 A; 2IU3 A; 1Y76 B; 1QHT A; 4PJ0 Z; 1Z5V A; 2F93 B; 4FM1 A; 2FYU H; 4QGP A; 3HKE B; 4X62 B; 4I4T A; 3IGA C; 1IBL O; 1JA8 A; 1QNM A; 3G4S V; 3ASN C; 4JI5 B; 3G80 A; 4EFE A; 3CCQ V; 5GON B; 4DYL A; 4QIW F; 3J81 N; 3E35 A; 1VIB A; 2YC0 A; 2XHB A; 3ZMZ A; 3GB7 C; 3RFR A; 3OMN B; 3B09 A; 4UB8 Z; 3AEI A; 3VBB A; 4B7K A; 1ROP A; 1FXV A; 1R3L C; 4H37 A; 3D8C A; 4ZHQ A; 5FNV B; 3QO7 A; 2FKX A; 3RN4 A; 2GTS A; 4DV5 B; 3SPG A; 5KHK A; 2P6J A; 3X2Q B; 5LGT A; 4O2A B; 4DR7 B; 4O4L A; 5L3B A; 4MVQ A; 3BA8 A; 3DTU B; 1F4N A; 3OTO B; 1R6N A; 4LF7 B; 4DR1 B; 2CGO A; 4DO2 A; 1XMQ B; 4XBF A; 1K9M W; 1URF A; 4GX0 A; 4BAY A; 5H9C A; 4TUY A; 3CRQ A; 1WNS A; 2ZQM A; 1GH6 A; 4FLZ A; 2RQ6 A; 2ZE8 A; 3H1I H; 2ZXW B; 4ZBM A; 4DV0 O; 3EXA A; 4WFA V; 1Y74 A; 5JQG B; 1VQO V; 1RPO A; 3CYO A; 4UFZ A; 1AP6 A; 3SYO A; 2OCH A; 2UUC B; 4B3S B; 2VS0 A; 3K59 A; 1I5X A; 1NR1 A; 4DV7 B; 1N34 B; 3L9D A; 1WP7 A; 1FXK B; 1NR7 A; 1D2D A; 1QBZ A; 4DRX B; 2O57 A; 4BW9 A; 5EBW C; 2ADP A; 2ARH A; 3LSS A; 2ZM6 O; 4X89 A; 4U3J B; 2JEX A; 3ZMT A; 2BCC H; 5BR8 O; 1EN6 A; 3QVN A; 4WCE V; 3CRA A; 5KA6 A; 1Q90 D; 1T5E A; 3LUT B; 5LA6 B; 2ITC C; 3IC7 A; 1FJG O; 3JAR A; 4IIJ B; 1KP2 A; 2D2C B; 5KX5 A; 3SJC C; 4BR6 A; 1OCZ B; 1G1X B; 5LOV A; 4JGS A; 4TWK A; 4P2Z A; 2HVK C; 5GTI Z; 3LDE A; 1YEW A; 3K06 A; 4I50 A; 5IYZ A; 4MVR A; 1Q86 W; 3JCZ A; 3BHP A; 4X66 B; 2VWK A; 4KHP B; 3ZMU A; 2CH7 A; 3E8F A; 4EFB A; 5B3S B; 2EIK B; 4F4L A; 4DV6 B; 3FB7 C; 5B66 Z; 1AJQ A; 1NU1 H; 2YXH A; 4CC5 A; 5JJN B; 2F4V B; 4B3S O; 3ZCC A; 1BT8 A; 1Q81 W; 3GWK C; 2RMK B; 2UUC O; 2YXY A; 3VQY A; 1I08 A; 4YY3 O; 2G38 A; 4DV0 B; 3BEH A; 1B3Q A; 4UV8 A; 3K5M A; 1OV9 A; 2JDI G; 4LC1 A; 3CRM A; 1AI7 A; 2Q68 A; 1JJ2 U; 2BE3 A; 4Z2W A; 3DC6 A; 4FZ1 A; 3K9A A; 3FB5 C; 3CCV V; 3SPJ A; 3R65 A; 1PP9 H; 3KKY A; 1WA8 A; 1YI2 V; 3X2Q C; 1SS3 A; 1QVF U; 2HHH O; 3RGB A; 3OTO O; 1HWY A; 1CEZ A; 3E89 A; 3ABM B; 4CBC A; 3PJS K; 1YVW A; 4AQY B; 3H1K H; 1TUE B; 3DXR B; 2WA4 A; 4JI0 B; 5KMG B; 1Y6X A; 1YF2 A; 3OEE G; 4JYY A; 3D3I A; 3HKE A; 3HPL C; 2YIA A; 5CA1 A; 1EBO A; 1W0J G; 4DV5 O; 2VRZ A; 3ZED A; 1SQB H; 2ZIO A; 4E4E A; 3ETG A; 5ITZ B; 3KCX A; 4D7T A; 1SET A; 1TAE A; 2Y4T A; 1TUB A; 2WLH A; 1HW7 A; 1V9P A; 1P49 A; 2K9P A; 3SPI A; 4GT1 A; 5IT9 N; 4FLW A; 3RYF B; 4ZI7 B; 5LOV B; 4TOI A; 1M56 C; 1SF9 A; 2WLI A; 5LHG A; 3CWB H; 1AI4 A; 1RPR A; 4JYA O; 4FZ0 A; 5FL7 G; 1SQP H; 2WLJ A; 4LF5 O; 1GO3 F; 5IDJ A; 1Q43 A; 4MTX A; 4JI5 O; 3E8G A; 2YDE A; 5CA3 A; 4DV4 B; 2UXB B; 1M5I A; 3T4D A; 3TXS A; 4TQF A; 3G71 V; 3AG3 C; 2QR4 A; 4ZHQ B; 1P7B A; 2HJF C; 1R3K C; 2XAQ A; 1IXM A; 4I5S A; 3ABK C; 5JH7 B; 3D3Q A; 3BPZ A; 1LUW A; 2A0L A; 1YJ9 V; 5GTH Z; 1L1F A; 4LH6 A; 2XTA A; 4K3A A; 1R6T A; 3FB8 C; 3FX7 A; 5CA0 A; 3ASN B; 4R8C A; 4JPR A; 1N33 O; 2QJ1 A; 4QNH B; 4FLT A; 4JTC B; 2QWR B; 1H2G A; 4WFB V; 1Z2G A; 3BVO A; 1H8E G; 2F1M A; 4PHZ A; 3P32 A; 1Q6I A; 2PI4 A; 2YSU B; 3FB6 C; 1K7D A; 3AG7 A; 2UUB B; 3W7U A; 3J80 N; 3T1Y B; 1RFY A; 4LWS A; 2LGW A; 2UXD O; 1OCR C; 5IWA B; 2C2A A; 1DF4 A; 4UV9 A; 4DV6 O; 3ZMV A; 4MSW C; 3G6B A; 1BSM A; 1M57 C; 1WLE A; 4X66 O; 3WG7 C; 3S3W A; 3T1C A; 2OIE A; 1WJZ A; 2VQF O; 1M9N A; 1XMQ O; 2QEX V; 1S72 V; 2EIL B; 4YJ2 B; 1PPJ H; 2JJ1 G; 1K4D C; 1OCO B; 4LFC B; 4JI8 B; 1Z5W A; 4NB5 A; 3JD3 A; 4I50 B; 5IYZ B; 4YY3 B; 2JS5 A; 5B5E Z; 5JJE B; 2NR5 A; 2IJK A; 4DR2 O; 5EYP B; 4FFB A; 3HB3 B; 1NH2 D; 2E5L B; 1Y66 A; 5J2U B; 5EIB C; 3OMA B; 3WB0 A; 1XL6 A; 3E8B A; 5J2T B; 1ZL8 A; 3E83 A; 2V7Q G; 3RT3 C; 4JI6 O; 3QF7 A; 5E79 Z; 5LGU A; 5KHI A; 4EEQ A; 3OT7 A; 3UO3 A; 2V1D A; 3FFQ A; 2EIJ B; 4JAA A; 5LP6 B; 1FFX B; 1BCC H; 2HR3 A; 3GVM A; 4JI7 B; 3ABM C; 4X1I B; 1VQ8 V; 3TXQ A; 4MW3 A; 4EB6 A; 1RSO B; 1EFR G; 1X59 A; 5B3S C; 2EJR A; 4AI8 A; 1DK1 A; 4NVP A; 1FFT B; 1VF7 A; 3H9V A; 3AK3 A; 3W7X A; 1JOY A; 3SJA C; 2ITD C; 2JEU A; 3C3S A; 4TV9 A; 5GW7 A; 4NR1 A; 3SJB C; 2UXB O; 5JVD B; 4LFB O; 4D7S A; 1TA8 A; 1E1R G; 3TET A; 3JAL B; 3BFR A; 1YZB A; 1HR0 B; 2P67 A; 1MNG A; 5DEC A; 1QLN A; 1XQ8 A; 4JI3 O; 1IX9 A; 5C93 A; 5H2F Z; 1AJN A; 4OXS A; 4GKK O; 2Q0O C; 2QWQ B; 2HLD G; 3SPH A; 2YIB D; 4WFF A; 1XUQ A; 2RJZ A; 4GX1 A; 3A8T A; 4JTD B; 1NI8 A; 2IH3 C; 1D5N A; 1QVG U; 3LDC A; 4H13 B; 3E86 A; 3SR2 C; 2YI9 A; 3ZX6 A; 2HP8 A; 2GSM B; 2WSS G; 1MOF A; 2OT5 A; 1ZL8 B; 2HKO A; 2WLN A; 4I0X A; 4DR3 O; 2LFS A; 1FAF A; 2KB1 A; 4FPP A; 3C90 A; 1GAX A; 3P3N A; 4UCT A; 1BQ0 A; 4RQF A; 4F6E A; 3TK1 A; 1FD9 A; 2P4V A; 5LP6 A; 4X65 B; 1OCR B; 2Q6A A; 2GUZ A; 2ZIM A; 2W0F C; 1WP8 A; 5IYB O; 1WPX A; 3FAV A; 2VQE O; 1Y74 B; 2R9I A; 3H01 A; 2ZKO A; 2DYR C; 3N27 A; 3ZN1 A; 3HKC A; 5JCO C; 1R73 A; 5CB4 A; 1BE3 H; 4HNA B; 4JZ2 A; 4K0K O; 5L3F A; 3H1L H; 4DUZ B; 2Z5U A; 4O4H B; 3OR6 C; 2L6L A; 4DV3 O; 5EZY B; 3RYC B; 3O65 A; 3I5D A; 3OM3 B; 1SA0 B; 4O4J A; 2PI5 A; 1JR9 A; 4MS2 A; 1IZ3 A; 2ATK C; 4AHC A; 3NR7 A; 3RYI A; 3S3X A; 3BCC H; 2A79 B; 2JVD A; 1HNX O; 2B1I A; 4ABM A; 2UXC O; 5C8Y A; 1AJP A; 1SQG A; 3SYC A; 2DOS A; 4JZG A; 2KG7 B; 3CCL V; 1QLE B; 2CUG A; 1PL4 A; 2OYQ A; 3T1H B; 4K0K B; 1HP8 A; 1XNR B; 2UU9 O; 1LNQ A; 3FD9 A; 1NVP D; 2DWD C; 3ETE A; 5IY5 C; 3LNM B; 4MVO A; 2BTO A; 3BRC A; 3SGI A; 4UCS A; 4I9Q A; 3JAW A; 1H2K A; 1OCO C; 2VQF B; 2LGQ A; 1G4Y B; 3LDD A; 1XI1 A; 4J7Z A; 3JD2 A; 4MVZ A; 3OMI B; 4PDL A; 3STZ C; 1GN2 A; 1PL0 A; 1N34 O; 4LF4 O; 2ZT9 B; 3SDL A; 5H5N A; 3JD4 A; 1IVS A; 4GKJ B; 2QWN B; 4P9O A; 1ZLZ A; 5B1N A; 2EIM C; 1FXK C; 2Q73 A; 1THZ A; 3O9O A; 4R7C A; 1HNX B; 1MSW D; 2YEV A; 3H1H H; 5FPO A; 4CS3 A; 1NT2 B; 4NXM B; 2H94 A; 1JFF A; 1AR5 A; 4GKK B; 4N21 A; 4YIP A; 3CRC A; 1N36 B; 4JV5 B; 4WFH A; 2F95 B; 5LMN O; 4F6R A; 2GHY A; 1Y67 A; 2WLL B; 4DUZ O; 4DK0 A; 4GYC B; 1S5L Z; 1ZTE A; 1EM1 A; 5EZY A; 3VQW A; 4JI2 B; 4Z1M G; 2Y0I A; 4IIJ A; 3MHH C; 5JQG A; 2Y4U A; 1VF6 C; 4LFB B; 2CK3 G; 2W0X A; 4X20 A; 4U3J A; 4MTF A; 4QE7 A; 3JAL A; 4L87 A; 3RBZ A; 4DV4 O; 1DTO A; 1IBK B; 3ZHT A; 3K5L A; 1EZJ A; 1FXK A; 2AHY A; 4PI0 A; 4LH7 A; 3ZRS A; 3ZIA G; 1SC5 B; 4B3M O; 4G28 B; 3N2G B; 3P30 A; 2BSK B; 3CCJ V; 2F66 C; 2PTM A; 3OR7 C; 2E74 B; 2Q9L A; 4BIU A; 4JI1 O; 2ODM A; 4FLV A; 4LF6 O; 1ENV A; 2ZDI C; 3AG2 C; 1QR9 A; 2ZXW C; 1UFI A; 2XAJ A; 3ZRX A; 2E75 B; 3OEH G; 4QPJ A; 4J41 A; 1IXB A; 4YHH O; 3RW0 A; 1IDS A; 1ZSP A; 4OPA A; 4LF8 B; 2ZNJ A; 1MZE A; 5KHG A; 5EBM C; 1K97 A; 4U7O A; 4ZOL A; 1M90 W; 2L35 A; 4X8A A; 1VF6 A; 1W2B U; 2UUA O; 1XBL A; 5B1A B; 2DW4 A; 4BIO A; 4DR6 O; 1K33 A; 2YEV B; 1JX9 A; 5KAI Z; 1J5E O; 4B3R B; 4IL6 Z; 2JGD B; 5KHJ A; 2HHH B; 4J9Y B; 2ILM A; 4XDJ A; 1SZX A; 1PKX A; 2EUL A; 4PV1 B; 3DGE A; 1VF5 B; 2IBZ H; 4CS2 A; 1MMM A; 4PA7 A; 2RNB A; 1VQ5 V; 3MHS C; 2PGG A; 3CJH A; 3IFX A; 2FML A; 3CHX A; 5IWA O; 1KYO F; 4OGQ B; 1M1K W; 1GN6 A; 1OCC C; 2XND G; 2LJ2 A; 2EIL C; 4UXN A; 1IBM O; 3HKC B; 3RVY A; 4CH4 A; 2EIN B; 3HKB A; 2Y69 B; 3BAA A; 2RCV A; 3RYI B; 5EK0 A; 4KFM A; 3FKS G; 4U7N A; 3ASO B; 4OX9 O; 3RYC A; 4O2B A; 2DYS C; 2MW2 B; 2R9R B; 2H8P C; 5TIS Z; 4BW5 A; 2KG7 A; 1PNK A; 3L74 H; 4PA6 A; 2EJ7 A; 1YSC A; 2EIK C; 1WAZ A; 4DXW A; 5DM6 V; 2BSK A; 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1AB3 A; 3VOU A; 4JI2 O; 4MTO A; 1Q8I A; 2X6C A; 4JF3 A; 3JAK A; 3WB2 A; 4FLX A; 3D36 C; 3L75 H; 3N2G A; 5KAF Z; 1IBL B; 1DF5 A; 1KUQ A; 4GX2 A; 4DR5 B; 4JV5 O; 3W7T A; 1Q5O A; 1Y4M A; 2P4K A; 2ZNI A; 2LQT A; 5EYP A; 1Q7Y W; 4UVA A; 4B08 A; 3AG4 B; 4OX9 B; 2JGD A; 5LHH A; 3E2E A; 3ZN0 A; 4FK5 C; 3CC4 V; 2OIG A; 1VQ9 V; 2RDC A; 3THO A; 3STL C; 4BIZ A; 2LO1 A; 2Q0A A; 2QM8 A; 3AG1 B; 4JAV A; 1IBM B; 1RSO A; 1N8R W; 2PYL A; 5EBL C; 3CPW U; 1GM7 A; 3CJH B; 3JD1 A; 2X0L A; 3OE7 G; 1XMO O; 4O4J B; 1TVK B; 4X1I A; 4WFG A; 5BY1 A; 4P9P A; 2ZR2 A; 1H2M A; 5H6R A; 4NXM O; 2LFR A; 4ZKI A; 1HNZ O; 2ZD9 A; 1CP9 A; 2JIZ G; 2NN4 A; 3F5T A; 2BTQ A; 4FM2 A; 3ETD A; 3JYC A; 4J10 A; 1SQF A; 5BMV A; 3PN1 A; 2P90 A; 5IE9 A; 1R1B A; 4MVS A; 2WWW A; 5KUM A; 4UCU A; 2UUB O; 2UUA B; 1B06 A; 1GN4 A; 4H44 B; 2F23 A; 5LMU B; 2LW7 A; 3MDS A; 2EBO A; 2DQ3 A; 2XAH A; 3AG4 C; 4U3F H; 3Q4H A; 3LNN A; 2ZIN A; 3SYP A; 3IC9 A; 2YI8 A; 5IY5 B; 2IH1 C; 4IT5 A; 1YCI A; 4FVM A; 4HZ3 A; 4DR1 O; 4X64 O; 2DYS B; 2DE0 X; 1MSD A; 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