3I5OA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellopentaose
Total Genus 211
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
211
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
publication title Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Sugar binding protein
total genus 211
structure length 582
sequence length 582
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3i5oA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i5oA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3i5oA02
3C4MA 1D3KA 2XD2A 3OEMA 1FW0A 3TCFA 3TTNA 5I59A 1DSNA 1XHYA 2Q2CA 4PQJA 1NKXA 1B6HA 3OELA 4U4SA 3B7DA 3KN7A 5CI5A 5L8DA 4I1DA 3VE1B 4JSDA 2KLFA 4GL8A 1FQCA 4RA1A 1LFGA 2OCUA 2RCAA 3FUZA 2H25A 3VDFA 4H5GA 3VVFA 1ZLQA 3PPOA 3USDA 1XS5A 3CHGA 1Y1ZA 1DPEA 3KBRA 2A5TA 1MQDA 4YB6A 4F31B 3L6GA 3C35A 4GFRA 3O9PA 4FIMA 3OD7A 4ELOA 2H98A 3EN3A 2ALUA 4KPTA 4RNSA 1SQYA 3LSWA 1Y3QA 3KOSA 5EHMA 3CFZA 5A5XB 4LZ7A 2Y7WA 1Y3PA 4YZZA 3CFXA 4R2BA 1FQAA 2DE2A 4OEVA 3MPKA 1P1WA 4YKIA 2OWTA 3RY3A 2H9BA 4YB7A 3K1MA 1D9YA 3N6TA 3W9VA 4KHZE 2F6GA 1RYOA 3T93B 5EYFA 1ZJLA 3MJNA 1B0LA 3IK6B 2F8DA 3TEPA 3TPAA 2ONSA 1IEJA 3RUMA 3CI8A 2QMWA 3MC2A 4IGTA 3K01A 1B7UA 3FZVA 3VVDA 2NUVA 2H4IA 2F6PA 3CFLA 3O2AA 4F19A 3U8QA 4KCDA 1H45A 5B7DA 5JTYA 4P11A 3BBRA 2O7UA 3ONMA 1JQFA 1OVBA 3PGFA 1FTMA 3FJ7A 4KI0E 3O66A 1QUKA 3IL1B 1S7YA 4HCYA 3S9EA 3C32A 3U92A 3C9HA 1GGGA 3K4UA 3ILUB 4F3GA 1F9BA 4HW8A 5DEXA 1CB6A 3CG1A 4JBZA 4BDRA 5TU0A 2R71A 1D9VA 2WOLA 3MQ9A 4ISUA 2FNCA 3KN8A 1YTVA 1AOVA 3EHTA 2F97A 1MPBA 1LCTA 3OO6A 1NNFA 4RY1A 3PUZE 1Y3NA 4G4PA 2XX8A 3UORA 2E1SA 4JSOA 3QUFA 4F18A 3IOWA 4K3FA 2Z8EA 4ZE9A 2UVIA 4LONB 1UTHB 4LUBA 2DXYA 2RC8A 1ZU0A 1PDAA 4IO5A 3T9UA 2XXVA 5AA2A 1VSOA 3RN8A 3K1NA 3HN0A 3GXAA 4M4GA 4NE4A 2ZNSA 3LSXA 4RK9A 1MXUA 3OO7A 1EH3A 2QS1A 4OERA 3IORA 4DE8A 3H6VA 3E13X 4YMAA 4BDNA 5HBCA 2ZMBA 2D3IA 2HZLA 4ONYA 1ANFA 1USYH 4NF8A 1ZIUA 1A54A 3PMXA 5F7VA 3K6XA 4QFLA 3BFUA 4EXLA 2ONKE 2PYYA 3IOVA 3O6PA 5FHOA 2HXWA 3OOAA 3I3VA 1QJMA 2Q2AA 4IY6A 5AA3A 4NWCA 5TPAA 3V8XB 3QIMA 1ZTYA 3PMVA 3TCGA 1IZ1A 5KDTA 4N6PA 3O6GA 5IKBA 4U2RA 1B3LA 1HSEA 2DE4A 3HSTA 3QXMA 4XIGQ 3JZJA 5JEIA 3CVGA 2I3VA 3PAMA 1FQEA 1OVTA 2PX1A 5H8QB 1MXYA 3EHUA 2DXRA 4C0RA 3E3KA 4DIGA 4XKRA 3M3KA 3JV9A 4H8JA 4TQUQ 3UK4A 2XXWA 5CBSA 2GRVA 2OBGA 1M5BA 3PPRA 1N84A 4KD5A 4U1OA 2HZKA 4G77A 4TLLB 2PMSA 1SW1A 3ILTB 2IA4A 2AL4A 1NMUA 1LCFA 2I4BA 4YB5A 3H7MA 2DVZA 1UTBB 3O97A 4R74A 1DTGA 5L9OA 1B2HA 1KWHA 2RF1A 4R72A 5B70A 4F29A 1IXGA 2Z8DA 3G3JA 5L9SA 1MY3A 1LAHE 3OMBA 3SEUA 2YJPA 1OQGA 1O63A 4LQ2A 4RYAA 1O7TA 2AYSA 4IB2A 3VLWA 2DP8A 3S4UA 3MBPA 3IOUA 2B3BA 1NNKA 1B58A 4XKNA 1MXXA 3HCQA 1B51A 4BDOA 4ZEIA 1GR2A 2Q88A 3VLVA 1BLFA 4IO7A 2PVUA 1JVXA 3TQWA 1B46A 3TFLA 1VR5A 2WOPA 3V89B 1DOTA 3IR1A 3MVZA 3MW0A 4ESWA 2GHBA 4ZS9A 5DYHA 2DOJA 4R9FA 3MUQA 3PV0E 1HSLA 3FVGA 1LLSA 4UACA 2VHAA 1AH5A 3IOTA 3B6WA 1SVXB 5FTHA 5I56B 1L5TA 4G68A 2Y84A 2V3UA 3PPNA 4C1UA 4WEPA 5H8HA 1BIYA 4GWOA 3HHGA 1B3EA 1IQ7A 2UYFA 1LAFE 4GXSB 2IEEA 2F36A 4H6DA 1Y20A 1IXHA 1ZBMA 2XXQA 3LUYA 2DWJA 1YAEA 4BDMA 1B7HA 1Y4TA 5I2NB 2NWJA 3K0VA 2ESNA 1PBQA 4X48A 1US5A 4FEDA 4WEDA 1SI1A 3ZS6A 2UXAA 5ICTA 5I2KB 3MP6A 4BDLA 1B5JA 2QS4A 2UYEA 1R9LA 1I69A 3RPWA 4OEUA 4IGRA 3OXNA 5TP9A 4G68C 1IUDA 1FQBA 1XVYA 4F2OA 4NF4B 2XX7A 1NNTA 3TTKA 2Q89A 2VP1A 4KR5A 1TWYA 1A99A 4ZZAA 1B3FA 1LAXA 3UIFA 5H8NB 1N7WA 3H3GA 1PB8A 3DRHA 3T9VA 2Y7KA 3MVYA 2V93A 3G3FA 3T66A 3U94A 2DYXA 1LAGE 1BP5A 2D21A 3CSGA 1B9JA 5H8QA 4Q8RA 2XXUA 3Q28A 3PD9A 5AA2D 5AE4A 1Y4CA 2A5SA 4G8HA 5H8FA 4DCYA 2F5XA 4R6YA 1R6ZA 5ELVA 2YLNA 4OZ9A 3TQLA 1MXZA 1R1NA 4F22A 2F7AA 1MDQA 3QSLA 4H1XA 4QSEA 1OMPA 3UN6A 5CRYA 4G2ZA 1H3DA 4E0WA 3VV5A 4E0XA 1A8EA 3E9XA 3SESA 3OO9A 2OWSA 4Q0CA 1MQHA 3FXRA 4BLAA 1IIWA 3CR9A 2DWAA 4R73A 5I58A 1B52A 2ZYNA 3FGSA 4YU0A 1AL3A 3KFMA 2D5WA 4EXKA 5I57B 3S9LC 1A8FA 3KZGA 5AA4A 4U21A 5CBRA 3H06B 4ZEKA 1OLAA 3LSFB 4PFYA 1VE4A 2AL5A 2B4MA 2F78A 3RGYA 4NF5A 2V3TA 2OLBA 3C36A 5CMMA 2REJA 3S9NC 1SYIA 1LBBA 3VFJA 1MM7A 2OK2A 2QJEA 4IO4A 1MY1A 1ATGA 5KCJA 4U4XA 2RC7A 3IO6A 2I0CA 4GVOA 3PMWA 4OQOA 1NH8A 1XC1A 4U23A 3DP4A 1J1NA 3SETA 1Z7NE 1QKBA 4JWOA 2B3FA 1B32A 1NNPA 3G3GA 3VLUA 5IAIA 3P7IA 4GF8A 3KJ7A 4THIA 2GHAA 1M5DA 4DXBA 2V25A 3VXCA 4OXVA 2RKMA 2Z8FA 2XXTA 4OFLA 3T22A 3R26A 4ELQA 5ICQA 4H5FA 2BJJX 1FQFA 2VD3A 2HAVA 5DVIA 2I0BA 3N6UA 2XXYA 4LA9A 2I58A 4QSCA 1HSJA 3HO7A 1FTJA 4ZEFA 1N3XA 4KYSA 3FTOA 3MVWA 4NEDA 1FCKA 1RKMA 2HFBA 3K02A 3TTRA 3M8UA 1N7XA 4QSDA 3RTFB 1URSA 3DRKA 3KEIA 1B5IA 4ECFA 3SEYA 1SI0A 1N3WA 4GRKA 1Q35A 4QFPA 1JW5A 2O51A 4LP2B 4EQ9A 2RC9A 1MDP1 1URDA 4DXCA 2QS2A 1DPPA 1CE2A 1TFDA 4RPOA 5CMCA 3H6WA 4XKPA 1MG1A 1QW0A 1PBPA 2I48A 2ZYKA 3TTLA 3TUSA 3EHSA 5EHSA 1OLCA 3KJTA 2OZZA 1B5HA 5M2VA 4DZ1A 2WKYA 3TELA 4GIZA 3CRBA 5JK4A 4PE5B 4POWA 2ONRA 4FORA 3TTMA 4Q30B 2ZXTA 1B3HA 3IAZA 4POXA 2M8CA 4MFIA 2ANJA 3FD3A 1MM6A 3FV1A 1PB7A 1A7LA 5A5XA 1B4ZA 1POTA 3CSBA 4YMBA 2HCAA 3W15C 1TFAA 1VFEA 1P99A 3RNNA 2XD3A 1LGBC 5FHNA 2H5YA 1LBCA 1PEBA 5I57A 5DVFA 3B6QA 3FXUA 4OFOA 3T9HB 3H03A 1WODA 4YKJA 1SBPA 3U1OA 1M5FA 1A40A 1M5CA 3RYBA 3PPPA 4O3CA 4DCXA 5FTIA 4HS7A 1P1UA 3OSQA 3UP9A 3Q26A 2HAUA 3U72A 2DQVA 3S2VA 1LFHA 1USYE 4O3AA 3IB1A 4ND9A 2B65A 1H44A 1MPCA 3PUWE 1SYHA 5AA1A 3RLFE 3KSXA 3ZKKA 4GXAA 3JYRA 1Z7ME 4N07A 2I49A 4OWDA 4PFTA 1S9TA 2X7PA 2NVUB 4KYDA 3N5LA 2XXIA 2UVHA 3RQTA 3ECRA 1B1XA 2GFEA 4H0WA 1LB9A 3TZAA 4JWYA 4R6KA 2PT1A 2THIA 4QFNA 4FJPA 5JTYB 4OFJA 1O64A 1NL5A 1AIVA 3FIRA 1OQHA 3M3FA 3DP6A 3MZ1A 4KFQA 3LSLA 2CZLA 1B3GA 4JDFA 4OVJA 3PD8A 4MLQA 2XXHA 1MQIA 1VFDA 3WAFA 4FATA 3OEKA 1UTHA 4EUOA 4H67A 3DLNA 5DEXB 5ISUA 3TKDA 2Y7RA 3GBAA 3M3LA 1FTOA 3RYAA 2QSXA 4GQOA 1MY2A 3HV1A 4PETA 3WAEA 1FQDA 5CMBA 3G7WA 3H4ZA 4ZECA 2AIXA 3V83A 5CC2A 2V84A 1WDNA 4Z0IA 4OYVA 1AMFA 3RT6B 4EDPA 1UQWA 5HM4B 3R7XA 5AA2B 5BWJA 2Q8JA 5L9MA 4EF2A 3F11A 4R9GA 3PPQA 3HHFA 3CIJA 1IXCA 2ZYOA 1JETA 2XHDA 4P0IA 1ZKBA 1MH3A 4BDQA 2Q9TA 4HTGA 3MWBA 1DMBA 5I84A 2XXPA 4NF8B 4F39A 2QL3A 1JEVA 1POY1 2VOZA 4M1VA 1IITA 3S9MC 1LSTA 2XXXA 1P1QA 3KGCA 1MPDA 4MBPA 2G29A 3ZSFA 2WOKA 2H99A 3O28A 1D4NA 5TPAB 2Z22A 3IO4A 3QK6A 4YKKA 4LATA 5LOMA 3KG2A 5F1QA 4R75A 5KDTB 1US4A 1LB8A 3RTWB 2OJTA 3D4GA 2DWHA 1I6AA 3FJGA 3FASA 2REGA 2PBWA 2O69A 1UIVA 4P0GA 3MVXA 4ELRA 3C31A 2PT2A 3DELB 1QUIA 1YCJA 1UTBA 3DRFA 4I8CA 5ITPA 2Y7PA 1Y1MA 5CM6A 3FVKA 4YICA 1PB9A 4I9DA 4GLIA 3QUJA 4EQBA 2LAOA 4YAHX 3TCHA 2G93A 3K6UA 4IY5A 3FV2A 4MLVA 4KCCA 3GBBA 4LQ5A 1LFIA 3PUYE 2R9JA 3VXBA 2W7YA 3TDJA 4Q5TA 4Z7EA 3MAMA 1XT8A 2X7QA 3VVEA 1JEUA 3O29A 1EU8A 1XOCA 4AB6A 1UIUA 3TYHA 1P1OA 4X9TA 1BKAA 3QYTA 5DT6A 3O6HA 5ITOA 1B05A 3A3CA 3H6TA 1EZPA 5K2YA 4WKMA 2O1LA 3K00A 3SEXA 2FA7A 3QAXA 1JW4A 4OETA 4WXJA 3UGWA 3Q25A 4JXIA 4F1UA 2O1MA 5KZTA 4TLMB 4F1VA 5I56A 2DS9A 4U1ZA 3OO8A 3TAJA 1SW4A 2F7CA 3A09A 4O3BA 3GLBA 2QS3A 4TOZA 2DWIA 1H43A 3TODA 3IX1A 3N26A 3RT8A 5I2NA 1MXWA 3MPLA 3K6WA 2HEUA 3IB2A 2FYIA 3TMGA 3PU5A 4G68B 1WVJA 2ZYMA 1RYXA 1GTKA 2YPNA 5H8HB 1M5EA 1SDXA 3HPIA 3U93A 5I2KA 2I6EA 3SEWA 3ODBA 5H8SA 4PFUA 3DM0A 3FVOA 4FEBA 1S50A 2XX9A 3DRGA 3MZ9A 1FTKA 4NF4A 4F3SA 4G8MA 3SKPA 3Q29A 2DSFA 4IO6A 4F1YA 5BUUA 1QUJA 5K2XA 4KQPA 4OHNA 5H8NA 4FAJA 1B0HA 3IJOB 4GL0A 4NWDA 3SERA 4XKQA 3IB0A 4H65A 2QMXA 4F3BA 2NXOA 5TP9B 4X1BA 1A55A 1I6QA 3FVNA 1SW2A 3CG3A 4YKPA 2RCBA 1P1NA 3LR1A 2F34A 4NF6B 1B4HA 2R6GE 3A3UA 1EZ9A 4QFOA 4FECA 1PC3A 3PUVE 3GZGA 4QFKA 5I59B 3K1PA 4RK2A 4KYEA 4RJZA 4IO2A 1SD3A 2E0SA 4X1DA 3N94A 1XVXA 2F35A 3T9XB 2CMOA 3ZKLA 1MY0A 3MZBA 1QVSA 4PP0A 1IXIA 1B7ZA 4C1TA 4XTCQ 2VD2A 4EQ7A 4JB7A 1R9QA 3IJXB 2A5TB 4RPNA 5HPQA 3EPEA 1MRPA 5J1DA 1II5A 4ZEDA 3I6VA 3O6IA 2Z23A 1H76A 5H8FB 1I6BA 1GV8A 1QKAA 2HQ0A 2UVJA 1NFTA 3KN3A 1NH7A 5DTBA 1T0KA 1JNFA 1TT1A 2QRYA 4U22A 5DVJA 3K6VA 1YPNA 3K2DA 3G3KA 3THIA 4IO3A 4HCWA 1EZOA 2NOOA 5I58B 4L17A 2DVCA 2V3QA 1SW5A 2UVGA 2GH9A 3FXQA 4QHQA 4ESXA 1ELJA 2P0SA 4ZEBA 1FTLA 1GVCA 3B6TA 3LVUA 2XXRA 2ZNTA 2X26A 3W9WA 5AA4B 2VGQA 4F2QA 4JWXA 3MP8A 1MQJA 3I5OA 1Y9UA 3V5AA 2DE3A 5FHMA 3G3HA 3DRIA 3H6UA 4NF5B 3D4CA 1MQGA 1JVYA 1N0TA 4RXLA 1QULA 3DP8A 1TXFA 1ZMGA 2ABHA 5KCJB 2O68A 4NTLA 1N76A 4EF1A 4G8NA 4H8IA 2B4LA 3LBSA 4GOTA 3AXFA 3Q27A 3KOTA 2O84X 3G3IA 3MP1A 3OENA 2O7IA 1MXVA 3SEVA 4MF3A 1Q1KA 3R6UA 1URGA 5CMKA 2P2AA 3EF7A 3T96B 2QPQA 3DRJA 4QF9A 4N13A 1B1HA 4UA8A 4I62A 2O6AA 3BFTA 2I4CA 2P1SA 4DLDA 4LZ8A 3SDFA 4OESA 3FATA 3C34A 1MY4A 4AB5A 3PUXE 4R6HA 1BTJA 2RINA 4NMYA 3BKIB 3LC8A 4ELPA 3UA8A 3L6HA 3FJMA 2Y7IA 2ZNUA 4LZ5A 4LVQA 1OIBA 4F3PA 4OENA 1B40A 4R2FA 1MS7A 4PFWA 1N04A 1MH4A 1DTZA 2I3WA 4ZE8A 4GD5A 4QRZA 4ZZEA 4OMBA 4ZDMA 4AQ4A 4DDDA 4OTEA 3EQ1A 3C33A 3E4RA 2F7BA 4XXUA 4FE8A 3KSJA 1JW1A 3OSRA 4MH5A 4NF6A 4DXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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