3I5OA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellopentaose
Total Genus 211
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
211
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
total genus 211
structure length 582
sequence length 582
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3i5oA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i5oA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3i5oA02
3MVXA 5H8FB 4U1ZA 1P99A 3PPRA 1JEVA 3OO9A 1DPPA 2IEEA 3CSBA 3OD7A 1USYH 4YZZA 3PMXA 2DXRA 1OMPA 4F3PA 5BWJA 1OQGA 1EZOA 1FQEA 3PAMA 1XS5A 3C35A 2HAVA 1UTBA 3RYAA 2XD2A 2FNCA 2F36A 3OO7A 4QSEA 5CM6A 1N04A 3TYHA 2AYSA 2XXTA 2VHAA 1FQAA 2V3QA 2VGQA 4EF1A 4DCYA 2HFBA 4KQPA 4OESA 3U94A 2DOJA 4EQBA 3QXMA 4R2BA 1EU8A 5FTIA 4IO3A 2XX7A 3TMGA 2HCAA 2GRVA 2XHDA 2PT1A 3ZSFA 1LB8A 3RGYA 1Q35A 4R72A 1MPBA 3Q25A 2Z8DA 1AOVA 3MVYA 1II5A 1SYHA 1QUIA 1JW5A 5CMBA 5B70A 2NWJA 1PBQA 3RT6B 1R9QA 1A8EA 1FTMA 3Q27A 1EH3A 1QULA 4NWDA 5CMCA 4WXJA 3SEUA 1ZLQA 2I58A 1RKMA 5IAIA 4RJZA 4I1DA 3H6UA 4WEPA 2XXIA 3LSXA 4F3SA 3OMBA 4HW8A 1GTKA 4Z0IA 4GIZA 3K6XA 1LCTA 4YU0A 5CI5A 3CFLA 2Y7IA 1O7TA 4E0XA 3MP8A 1IXGA 5H8QA 3T93B 4YB6A 4FJPA 3H03A 4OZ9A 1KWHA 4DZ1A 2V25A 2FYIA 4QFOA 3Q29A 5CMKA 2DXYA 3M3KA 3EHTA 4M4GA 1AH5A 2NUVA 2UYFA 1HSJA 4OQOA 2ZNSA 3SETA 3I3VA 2F7CA 3SEYA 3E4RA 4JB7A 3W15C 3V89B 5H8HB 1LAGE 3KG2A 4BDLA 1B3FA 3KSJA 3S4UA 3RT8A 2X7PA 3ILUB 3RTWB 3RQTA 2V93A 3QIMA 1N7XA 1SW5A 2O84X 5K2XA 5L9SA 4U1OA 2Z8FA 3GBAA 4LONB 1H43A 1FTKA 1RYXA 3A3UA 3ODBA 3EHSA 5AA1A 4OTEA 3HO7A 2XX9A 1FTOA 1P1QA 2WOPA 2AL4A 1US4A 4ZEKA 2DVZA 3PPQA 3K6WA 3DP4A 4JWOA 2Z22A 3DLNA 1Y20A 1PDAA 2GHBA 3OENA 4G8HA 1BIYA 5M2VA 5FTHA 5ICTA 1QUJA 1B7HA 3MJNA 4HCWA 1NKXA 3SDFA 1SW2A 1URSA 3K1MA 3QSLA 4Q0CA 4LQ2A 2F6PA 1A40A 1QVSA 4R6YA 2I49A 5KCJA 1MDP1 1M5DA 1ZU0A 1TXFA 1LB9A 2H98A 1IITA 1MQIA 4R73A 5I56B 4NF6A 5J1DA 5KDTA 4RNSA 1N84A 3MP6A 4BDOA 3TAJA 3MZ9A 3M3LA 3K00A 3Q26A 3RUMA 2Q88A 2RC8A 1FCKA 1GR2A 2QMXA 3SKPA 4GXSB 1IXCA 4WKMA 2Y7RA 3FTOA 2B3BA 4TLMB 1FQBA 1MPDA 1N7WA 2I6EA 4TOZA 4RPNA 1I6BA 2ABHA 1URGA 3KN8A 2ANJA 1MPCA 1B46A 4YKIA 1LFIA 3FD3A 1ANFA 1XC1A 2DE3A 1B3GA 2Z23A 2D21A 1SW1A 5AA4B 4R74A 4H8IA 1UIVA 3C31A 4JSOA 4ZDMA 1M5CA 1Y4CA 5F7VA 3HV1A 3OOAA 1HSEA 3ECRA 3FJMA 4G68B 4ZE8A 3SEVA 3TFLA 1VFEA 1B6HA 3UORA 4DXCA 4KHZE 5TP9B 3IX1A 5A5XB 4PP0A 3PMWA 4PQJA 4HS7A 4IO6A 4NF4B 1LAXA 2XXXA 5I2KB 4LZ5A 3MZBA 2XXRA 2Q2AA 4MLQA 4IO4A 1B3LA 3THIA 2LAOA 2PYYA 4F1UA 1PEBA 5EHSA 4AB5A 3TELA 4I9DA 4C0RA 5LOMA 1RYOA 4H8JA 1H3DA 4G8NA 1ZIUA 1IXIA 1HSLA 1M5FA 3VXBA 5ITPA 2QRYA 4BDMA 4ELQA 4P0IA 3TDJA 3PMVA 3N6TA 4U4XA 1OLAA 2D5WA 1FQFA 3DRFA 1A54A 3PUZE 3OO8A 2VD2A 2A5TA 3OO6A 3DM0A 2RCAA 4OHNA 3TCHA 3T66A 3MPKA 4KPTA 4QFNA 3RLFE 3IR1A 3QUJA 4RXLA 1DOTA 3PUYE 4YB5A 3V83A 3UK4A 5ELVA 1ZMGA 1OIBA 2DWAA 1D4NA 1DPEA 5H8NA 3I6VA 4ZEBA 1LAFE 3IO6A 4POWA 3B6QA 1Y1ZA 2DYXA 3RNNA 3VVFA 3TCGA 3F11A 5I2NA 3O9PA 3PD8A 5EYFA 3MVWA 2GFEA 1LAHE 5DT6A 1EZPA 3VXCA 1WODA 3FJGA 3VDFA 2O69A 4ZZAA 5CBSA 3M8UA 3VE1B 5FHMA 1WDNA 5JK4A 4OETA 3K6VA 5K2YA 2PBWA 4IGRA 2B3FA 3FXUA 3IJXB 5L8DA 1Q1KA 5DVJA 1R1NA 4PFTA 4OENA 3UN6A 3HPIA 4BDQA 1MQDA 3LR1A 4NF8A 4G8MA 1ATGA 1QJMA 2ONRA 1Z7NE 2OWTA 3O6PA 1VSOA 2THIA 2CMOA 4QFKA 4ND9A 1MM6A 5CMMA 1N3XA 2ONKE 3IORA 2B65A 5ICQA 4DCXA 1PB8A 3VFJA 5F1QA 3IOTA 3BBRA 1CB6A 5CBRA 2GHAA 4I8CA 2QJEA 4PFYA 1QW0A 2QPQA 1FTJA 3Q28A 4FEDA 3TPAA 2QMWA 2I4CA 1EZ9A 3TUSA 4IO7A 3CR9A 1PC3A 1UTHB 3QAXA 5DEXA 4ECFA 4YICA 2F7BA 3MUQA 3GZGA 3LBSA 3IOUA 5B7DA 3MZ1A 4C1TA 3UGWA 2QL3A 2X7QA 4F31B 1MRPA 2Q89A 4N13A 3KJTA 3KSXA 1MM7A 1Y3QA 3DRIA 1MQHA 4ELRA 5JTYA 3VLUA 3H3GA 2UVGA 2DSFA 4ZZEA 4GLIA 4IGTA 2O68A 2HEUA 4EQ9A 2WKYA 3IJOB 2R71A 4Q5TA 4O3BA 2O1MA 4YAHX 4LATA 4OEUA 4ZEDA 3O6GA 3FVOA 2F7AA 5HBCA 2G93A 4EXLA 4GRKA 3S9NC 3G3KA 4IO5A 3H6VA 4GVOA 4THIA 1BLFA 4OMBA 3ILTB 3VLVA 4LZ7A 1D9YA 3LSFB 4R6HA 2QS1A 3WAEA 4F2OA 2OBGA 1L5TA 4U2RA 4PETA 4FECA 2M8CA 2HQ0A 3AXFA 1NH8A 3FVKA 4NTLA 3R7XA 1NH7A 3O66A 5I57B 4R2FA 3C36A 3KOSA 2ZYOA 3G3IA 4ZE9A 2NOOA 4GL8A 1P1NA 1H44A 4LA9A 2XXYA 4X1DA 3U8QA 5I59B 5CC2A 1A55A 3MBPA 3G3GA 4F19A 3MVZA 4QF9A 3SEXA 5TPAA 1M5EA 3IB1A 4QSCA 4F39A 1B4ZA 4DXUA 2RKMA 4TQUQ 1LBCA 4HCYA 4F2QA 2OZZA 2ZYNA 5AA2D 5AA2B 5DVFA 1MXXA 4ZEFA 2V3UA 4XKPA 4RPOA 1LFHA 3N26A 5H8FA 3JV9A 4OEVA 4X48A 4H1XA 1LGBC 1P1OA 4OFLA 5L9OA 3HHFA 4OWDA 1PB7A 4LVQA 1QUKA 4FEBA 1XHYA 5FHOA 4DXBA 1MXVA 1ELJA 3TQLA 2Q2CA 3B6WA 1MQGA 3TEPA 4X9TA 4LUBA 2B4LA 2ZMBA 4GXAA 2R6GE 4K3FA 3PPNA 4RA1A 5IKBA 4IO2A 1A99A 2WOLA 3N94A 3T9XB 2YPNA 2H99A 1M5BA 1Z7ME 3C4MA 5I58B 3U93A 3A3CA 3RYBA 1MY0A 3L6GA 1AIVA 2NXOA 1MY1A 4GF8A 2Y7KA 5DYHA 3G3FA 3MPLA 4GL0A 1POY1 1FW0A 1S50A 2E1SA 1ZBMA 4XTCQ 3CI8A 3FGSA 3CFZA 4NMYA 1GVCA 2XX8A 3ZKLA 3OSRA 2RF1A 1OLCA 3OSQA 1B3EA 4F22A 4KR5A 1JEUA 3P7IA 1IUDA 1OVBA 2G29A 4F3BA 3UP9A 4N6PA 1SI1A 4XKQA 3K6UA 1UTBB 3QUFA 2Y84A 3KZGA 5AA3A 2I4BA 1Y9UA 3CG1A 3MC2A 2VD3A 1LBBA 1MS7A 3PPPA 5ITOA 2OJTA 2OLBA 4PFWA 4MBPA 1B32A 3OEMA 1LLSA 3VV5A 3VLWA 3O97A 1JQFA 2P2AA 1LFGA 3UA8A 2Z8EA 3H06B 4L17A 3FATA 3QK6A 3DRKA 1FTLA 4H5GA 3PUVE 5H8HA 1XOCA 5CRYA 1MH3A 3MW0A 3IL1B 4JWXA 2VP1A 3I5OA 1ZKBA 2OCUA 1ZTYA 4RK9A 1I69A 3OELA 1J1NA 1DTZA 3PUXE 3PUWE 1QKAA 1B40A 3MQ9A 3FV2A 3C34A 5H8SA 3H6WA 1A8FA 4Q30B 1D3KA 5TU0A 4M1VA 5I84A 3O28A 4H0WA 3EN3A 3USDA 3V5AA 2I3WA 3M3FA 2PX1A 3FV1A 3O6IA 2NVUB 2IA4A 4GFRA 3R26A 1SBPA 5H8QB 4KFQA 4DDDA 4JXIA 2A5SA 2W7YA 3PU5A 4Z7EA 1I6QA 4XXUA 1O63A 2UYEA 1B5HA 4NEDA 3FZVA 3K0VA 1DTGA 3LSWA 4O3AA 3TODA 2H9BA 4DE8A 4C1UA 2DE4A 1NL5A 4H5FA 2F34A 4KCCA 4P0GA 4F18A 1JW1A 2V3TA 3VVDA 4KYEA 1XT8A 3CG3A 2UVIA 1NMUA 4OVJA 2H5YA 4RK2A 3K02A 2QS3A 1URDA 3BFUA 5I56A 4U23A 3SERA 3IB2A 1B0LA 1VE4A 3DRGA 5DVIA 2Y7PA 3CVGA 4TLLB 3FXQA 3IO4A 3N5LA 2HAUA 4KYDA 2REGA 1MY2A 1DMBA 1MXWA 4U4SA 4RY1A 2PT2A 1B05A 3QYTA 1B1XA 3ZS6A 3A09A 1CE2A 2QSXA 3KN3A 1FQDA 4DIGA 5KCJB 1Y3PA 5AA4A 3EHUA 2BJJX 4R9FA 4Q8RA 3OXNA 3KFMA 5BUUA 4FAJA 1IEJA 4EDPA 2F78A 3EPEA 4HTGA 4G2ZA 5EHMA 1PB9A 1TT1A 1Y3NA 2E0SA 4NF6B 1B0HA 4XKRA 3N6UA 4G68A 1NNPA 1MXUA 3JZJA 5KDTB 3KOTA 1O64A 4RYAA 1TFDA 2DWIA 1Y1MA 4GD5A 5TP9A 4N07A 1JNFA 1OVTA 5A5XA 4ELOA 4WEDA 3KBRA 1B51A 3L6HA 5FHNA 3FASA 2HZKA 4NF4A 1NNKA 2XXVA 4AQ4A 3CSGA 5I2KA 1N76A 4IB2A 3TKDA 1MY3A 1JVXA 4XKNA 4YKPA 2O7IA 4YB7A 3HSTA 3CRBA 3TTMA 1SD3A 4FIMA 3ZKKA 4IY5A 4LZ8A 4F1VA 4POXA 2QS4A 2B4MA 3T96B 4QSDA 3T9HB 3H4ZA 2DE2A 4ONYA 4R75A 3FJ7A 1MG1A 4EQ7A 2Q9TA 3S9MC 2V84A 1SI0A 4KD5A 4ZECA 4JDFA 3TQWA 3KEIA 4X1BA 1XVXA 4R9GA 1BTJA 4BDNA 3CIJA 3B7DA 3MP1A 3SESA 2O51A 2HXWA 5HM4B 2R9JA 1MH4A 5ISUA 4BLAA 4F3GA 2XXQA 4F1YA 2H4IA 4OXVA 1JW4A 3T9UA 3FXRA 2XXHA 3KN7A 3TTKA 4QFLA 4R6KA 1POTA 2ESNA 3GXAA 3UIFA 1S7YA 4QFPA 1GGGA 4ELPA 1AL3A 1IIWA 4ESXA 4EXKA 1LCFA 2DS9A 3DP8A 4UA8A 4OFJA 2F6GA 4H6DA 3RTFB 3K01A 1TWYA 4LP2B 3DRHA 1XVYA 4ZEIA 2I48A 3HN0A 4OERA 3W9WA 2OWSA 2DP8A 4XIGQ 4PFUA 4GQOA 2ZNUA 3O29A 2DWHA 2XXUA 4NF5A 3LSLA 1N3WA 4JBZA 1MQJA 1F9BA 2A5TB 4QHQA 4H65A 3DELB 3GLBA 1YPNA 2O7UA 4YKJA 3IOVA 1B7ZA 1P1WA 3G3HA 3H7MA 4G77A 2X26A 1P1UA 1H45A 3FVNA 3PD9A 3U1OA 3LC8A 1IZ1A 1B52A 1NNFA 4DLDA 2FA7A 3EQ1A 5DTBA 3CHGA 2F5XA 4H67A 1MY4A 3ONMA 5L9MA 1Y4TA 2I0CA 4G68C 1A7LA 5H8NB 1SYIA 2RCBA 3S2VA 3OEKA 3LUYA 3WAFA 1N0TA 2CZLA 1B3HA 1OQHA 1NNTA 2ONSA 5I2NB 3PPOA 4U22A 1R9LA 3K1PA 2DWJA 3TCFA 4YMAA 3T22A 2F8DA 2ZYMA 1MXZA 4ISUA 1B1HA 4IY6A 2XXWA 1VFDA 2Q8JA 3HHGA 2F35A 1D9VA 4O3CA 2O6AA 4UACA 3T9VA 3TTLA 2UVJA 3FIRA 2I3VA 2ZXTA 4I62A 1UTHA 1MDQA 2UXAA 3DP6A 3DRJA 1SW4A 3RY3A 1R6ZA 2DVCA 3D4CA 4BDRA 1T0KA 1JETA 1WVJA 4NF8B 3K4UA 4ZS9A 1UQWA 3FUZA 2H25A 4NE4A 4FORA 5AE4A 2AIXA 1ZJLA 4FATA 4OYVA 1SVXB 3C32A 3IAZA 4PE5B 2REJA 4E0WA 4GOTA 1YAEA 5JEIA 3FVGA 2VOZA 3G7WA 3C9HA 2F97A 1LSTA 4ESWA 4MLVA 2AL5A 1IXHA 2ZYKA 3EF7A 1USYE 5DEXB 3CFXA 1DSNA 3JYRA 2WOKA 2D3IA 3RPWA 2P1SA 4KCDA 2HZLA 1SDXA 3TTNA 3BKIB 2P0SA 3TTRA 2UVHA 4U21A 5JTYB 4EF2A 1UIUA 4KYSA 4JSDA 1S9TA 5I57A 1B5JA 3RN8A 1NFTA 3TZAA 3VVEA 3MWBA 4FE8A 5I59A 5KZTA 2YJPA 4MF3A 3SEWA 3S9LC 4JWYA 2OK2A 2XXPA 4MH5A 4YMBA 4P11A 3IK6B 2RINA 1B58A 3PV0E 3O2AA 4G4PA 2ZNTA 3O6HA 4F29A 1SQYA 4OFOA 3U72A 1B9JA 1I6AA 1US5A 4GWOA 5AA2A 1TFAA 4YKKA 3K2DA 3C33A 5HPQA 2RC7A 3B6TA 3E13X 3PGFA 2Y7WA 1YTVA 4LQ5A 3IB0A 1BP5A 4EUOA 3KJ7A 3V8XB 3R6UA 3S9EA 1B5IA 1BKAA 2QS2A 3D4GA 3GBBA 1IQ7A 1YCJA 2DQVA 3BFTA 1MXYA 1B7UA 3H6TA 2KLFA 2GH9A 1QKBA 4AB6A 2I0BA 3HCQA 3E3KA 1FQCA 4MFIA 4QRZA 2RC9A 3W9VA 3G3JA 1PBPA 3IOWA 4NF5B 2ALUA 3LVUA 1JVYA 3KGCA 1AMFA 2PMSA 5TPAB 3K1NA 1B2HA 5I58A 2YLNA 3MAMA 3E9XA 4NWCA 2XD3A 1H76A 3U92A 1VR5A 2O1LA 1GV8A 4KI0E 1B4HA 2PVUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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