3I5OA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellopentaose
Total Genus 211
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
211
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
total genus 211
structure length 582
sequence length 582
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3i5oA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i5oA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3i5oA02
3K0VA 1NFTA 3Q27A 3TODA 4ELQA 5A5XA 5I56A 4Z7EA 4OEVA 2AL4A 3TCHA 2Y7RA 4NF8B 2XHDA 1NL5A 1B40A 1ATGA 4GFRA 1BTJA 2F8DA 4XKRA 3OXNA 5DT6A 3HSTA 4OZ9A 4DE8A 3H4ZA 2Q89A 2F97A 3MUQA 5CI5A 3RQTA 5JK4A 5DEXA 1TWYA 1H76A 3N26A 1MM7A 3FXRA 3N6UA 3DRGA 2H98A 1LBCA 2RC9A 2UYFA 2P2AA 4JBZA 2DE3A 1H3DA 1PEBA 2QS3A 5H8HB 1ANFA 1P1NA 1ZIUA 1DTZA 2A5SA 1MDP1 2PYYA 1I69A 3IOWA 3Q26A 1MQIA 1LAGE 2Q2CA 4KD5A 3RPWA 3IO6A 3UA8A 2ONSA 4G8HA 1DSNA 1M5EA 2F7BA 4F39A 4FATA 4ELOA 1OLCA 3K4UA 3SEWA 2XX9A 4RK9A 5FHNA 4EF1A 1R6ZA 1FW0A 3DP4A 3PPRA 1LCFA 3MP8A 3MVXA 1JW1A 1MY3A 2V93A 3B6TA 2Q88A 4GF8A 1XS5A 3LSWA 3OEKA 3Q28A 2DVCA 4ZECA 1B05A 4YMAA 3S2VA 2XXIA 3CG1A 1CB6A 3FVGA 3TTKA 4RA1A 1A8FA 2NWJA 4LATA 1B7ZA 3TTNA 4ZEFA 4KR5A 1R9QA 3I5OA 2XXVA 1B0HA 4NF5B 2IEEA 2UVGA 5FTIA 4YB7A 5DVIA 4XKPA 1O7TA 3B7DA 3PMXA 4ISUA 2ZYMA 1XHYA 1ZKBA 4JXIA 1EZ9A 3ZS6A 1FTOA 2I4BA 3CHGA 1N7XA 1SDXA 3ILUB 3KZGA 4YMBA 3HCQA 1MXZA 4WXJA 3CSBA 2OWTA 4BDRA 2REJA 3FVOA 5DVJA 4ZZEA 1B51A 3UK4A 4LUBA 4I1DA 4O3AA 4UA8A 3QUFA 1D9YA 3BBRA 2OZZA 1TFAA 2O51A 2ZMBA 3RT6B 3VVFA 4P0IA 3ZKLA 3CRBA 1Y4CA 3GLBA 1N7WA 3IO4A 1F9BA 4PFWA 2KLFA 5BWJA 1BLFA 2RC8A 5EYFA 2XD3A 1MRPA 1GR2A 3OENA 3LBSA 3RNNA 3KBRA 4R9FA 3WAFA 4NF8A 1EZPA 1ELJA 1ZBMA 2QS2A 3Q29A 5AA2D 4N6PA 1MDQA 3TMGA 1URDA 3DLNA 4BDOA 3FUZA 3O29A 3LUYA 3KOSA 1RKMA 2O7IA 3G3GA 4R75A 3W9WA 2WKYA 4QSEA 2A5TB 1MM6A 2Z22A 4F3PA 3FZVA 3MZ9A 4RXLA 3QAXA 3OO9A 2QMXA 5I84A 1SVXB 1FTKA 3IOVA 5H8FB 5I56B 4DZ1A 1B2HA 4F1VA 1B0LA 3FJ7A 3PUYE 4GD5A 3O97A 1JVXA 2YJPA 5KDTA 2YPNA 4GXSB 5CRYA 1XOCA 3TELA 3PMVA 1UIUA 3N6TA 3FJMA 4G68A 3T9VA 1TFDA 3CVGA 4XKQA 2F5XA 2GH9A 4MLVA 3JV9A 3GZGA 4G77A 4M4GA 4RPNA 4F1YA 4AB5A 4F29A 3LR1A 2OLBA 4POWA 1LAFE 1B4ZA 3FV1A 3W15C 4F22A 1MXYA 5IKBA 1NNKA 4QHQA 1ZTYA 4F2QA 2REGA 5K2YA 3CI8A 4OENA 4ECFA 1AIVA 5BUUA 4FE8A 3TUSA 1BKAA 4DCXA 2H5YA 3C9HA 2I3VA 3U8QA 2X26A 4G4PA 4GL8A 2UVIA 4ND9A 2D5WA 2H9BA 3KFMA 3TQLA 2F7AA 4IO4A 1JNFA 2X7QA 4XTCQ 3KJTA 5CM6A 2QRYA 3E9XA 4I8CA 4FEDA 3H3GA 4IGTA 4L17A 3S9EA 3OD7A 1IEJA 1B5HA 1FTMA 1FQFA 1MY1A 3MW0A 2XXWA 4U22A 4OEUA 4OHNA 4KQPA 1SD3A 3B6QA 3FVNA 3K2DA 1WVJA 2WOLA 2I0CA 1RYXA 4GVOA 3U1OA 1DPPA 4RYAA 4YU0A 1UTHA 4QFLA 1P1QA 3PGFA 3BFTA 1XVYA 2FNCA 2I4CA 1B32A 1YAEA 1DPEA 1NNTA 1URSA 4YB5A 2DXYA 5L9OA 3S9NC 2AYSA 5AE4A 1VSOA 1XC1A 5B7DA 4IO7A 4IGRA 4QSDA 1IXIA 4R2FA 1FQDA 4Q5TA 3V83A 3A3UA 2A5TA 3T66A 3T96B 1IITA 2ANJA 3HV1A 1Z7NE 4R72A 2VGQA 3KJ7A 3IJXB 1LB9A 5ELVA 3K6VA 4E0WA 4X1BA 3EQ1A 4KPTA 3FXQA 3SEVA 3SETA 3U72A 1AH5A 2XXQA 1A8EA 3IOTA 1B1XA 1B3FA 3DM0A 3ZKKA 4OFOA 4EQBA 3FXUA 3LVUA 3MZBA 5AA3A 3MC2A 5TPAA 3R26A 4ZEKA 3C36A 3HHFA 1LB8A 4OFJA 3E3KA 1MPCA 2R6GE 4ZDMA 2QPQA 3UN6A 4U4SA 1A55A 2ABHA 2O7UA 4K3FA 3O6HA 4R9GA 2XXPA 3C35A 3H6WA 3PUVE 2Z8FA 3VDFA 3C34A 1VFDA 2PT2A 3IK6B 5I2NA 3RYAA 1Y4TA 3A3CA 1Q1KA 4JWOA 4BDMA 4H1XA 2DOJA 4EQ7A 5K2XA 2O1MA 3MVWA 1IXGA 4YICA 5KDTB 4MH5A 2ALUA 1SW2A 2Z23A 2F78A 2XX8A 2V3UA 1SYHA 3G7WA 1P1OA 2VHAA 3QUJA 4LP2B 2DWAA 1JEUA 1SBPA 1QW0A 2UXAA 2VD3A 3KEIA 4OVJA 4BLAA 3OOAA 4GQOA 1IUDA 2H99A 4C0RA 1QUKA 1GGGA 1B46A 1MPBA 4KI0E 2Q9TA 4OTEA 3O66A 1MY0A 3DRHA 1SYIA 1LFIA 3CFXA 3R6UA 3U93A 2RF1A 1B4HA 3K1NA 1MY2A 2NOOA 1N0TA 3LC8A 4ZZAA 3UP9A 2I3WA 2YLNA 5F1QA 3TEPA 4QF9A 5L9MA 4LZ7A 4U2RA 1Y3PA 3PPQA 3H03A 4QFOA 4TQUQ 4JWYA 3VLWA 4YAHX 4EDPA 3PAMA 4XKNA 5ITPA 1EH3A 3VXCA 3FV2A 2HAVA 2G93A 4WEPA 4ELPA 1BIYA 2ESNA 3T93B 4DCYA 5KZTA 3N5LA 4WKMA 3MQ9A 4FJPA 4EF2A 3EHTA 3TDJA 3PPOA 5CMMA 4Q30B 4DLDA 1D4NA 3VLUA 4G68C 2O68A 3UORA 5L9SA 3K00A 4LQ5A 1OQGA 4EXLA 1QKAA 2QS4A 2PMSA 5TPAB 1GTKA 4ZEDA 2FA7A 4N13A 1D9VA 3DRJA 1POTA 4HTGA 4EUOA 1AOVA 3H6TA 4OETA 5H8QB 1KWHA 3TTMA 1M5DA 2HFBA 3KG2A 4NMYA 3USDA 1PB8A 3LSLA 3QIMA 4JDFA 1EZOA 1R9LA 3KSJA 4P11A 4DIGA 4EQ9A 4IO2A 1IQ7A 1MPDA 1US4A 3MPKA 2XXUA 3MP6A 4R74A 1XT8A 1XVXA 2PT1A 3CSGA 4ZE9A 3JZJA 4NEDA 5M2VA 3M3FA 3R7XA 4ZEIA 3SEUA 1UQWA 1LAHE 1SW5A 4F3BA 3MP1A 4I9DA 4FEBA 4EXKA 3LSXA 4F18A 4G8MA 3RTWB 2Y7IA 5DYHA 3OO7A 4G68B 3RYBA 2PX1A 4C1TA 1M5FA 4X9TA 1FQBA 1MY4A 1Y1MA 2QL3A 2RCBA 1P1WA 1QVSA 2ZYOA 1CE2A 4OYVA 5FHMA 3UGWA 1HSEA 3KGCA 1YTVA 4JWXA 5ICTA 2RC7A 1R1NA 1QJMA 3HPIA 3K6WA 2HAUA 2OCUA 3K1PA 4O3CA 3DP8A 1T0KA 2XXTA 5IAIA 3TCGA 1I6AA 1B3EA 3D4GA 3T22A 2I48A 3H06B 2D3IA 4R6HA 4H6DA 3VLVA 3PD9A 1MQHA 3FVKA 3VFJA 4G2ZA 4FAJA 1PC3A 2NUVA 1JQFA 2BJJX 4HS7A 4NWCA 2XXYA 2V3TA 4IO6A 2ZNSA 4QSCA 3RTFB 5CMKA 3BKIB 4PFYA 4H5GA 4IO3A 2QMWA 2F6PA 3RUMA 1Y3QA 2FYIA 4FIMA 3OELA 1P99A 3V8XB 3TAJA 4LONB 3RLFE 3RY3A 2O84X 3FD3A 5LOMA 2G29A 2OWSA 5DEXB 3MVZA 4NF4A 2WOKA 1QULA 2V3QA 4YZZA 2R9JA 4DXCA 2WOPA 4OFLA 1II5A 3H6UA 3LSFB 3DRIA 4OERA 5L8DA 3PD8A 1OLAA 3ODBA 4NF6A 2B3BA 3H7MA 5AA2B 3THIA 3TKDA 4F3SA 1B5JA 3QXMA 4LZ8A 5DTBA 3W9VA 4F3GA 1AMFA 5A5XB 4OESA 2DVZA 2PVUA 3MJNA 1NH7A 1SW1A 1UIVA 3IR1A 5TU0A 1M5CA 4ZS9A 5I58B 1LAXA 4PP0A 4GLIA 4R6KA 1NKXA 1POY1 2HZLA 3QYTA 3PUZE 1A54A 4NF6B 5F7VA 5ITOA 5J1DA 5FTHA 3EN3A 4ZE8A 4NTLA 3VVDA 3PUWE 2RKMA 1LSTA 2DWJA 1M5BA 2F7CA 4PFUA 2HZKA 4ESWA 3TPAA 1S50A 3MVYA 1ZU0A 1Q35A 2B3FA 2DE4A 1A99A 2V84A 2XXRA 3DELB 1MQGA 4ONYA 1DOTA 2THIA 2I58A 2Y7KA 3C32A 3QK6A 2ZNTA 2XX7A 1MG1A 4QFPA 1I6QA 3M8UA 1MXVA 3CG3A 3GBBA 3IAZA 2UVHA 1US5A 1JW4A 1B9JA 1P1UA 3CFZA 1MQDA 1B3GA 2VP1A 3ILTB 1HSLA 1B52A 3C4MA 3K02A 1UTBB 3KN3A 4RJZA 2VOZA 1IXHA 5H8SA 4F1UA 3GBAA 4OQOA 4H8IA 5HM4B 3O28A 1DTGA 1JEVA 3IB1A 4MF3A 2H25A 4H65A 2OBGA 4C1UA 4F2OA 2B4LA 4IO5A 2UYEA 4AB6A 4POXA 1LBBA 3OO6A 3FTOA 4KCDA 4QRZA 4TOZA 1JW5A 1N3WA 3RGYA 4KYEA 2DSFA 4GOTA 1FQEA 3KSXA 1LFHA 1UTBA 3O6GA 2DE2A 2UVJA 4RNSA 5EHSA 4IY5A 2DP8A 1FQCA 2F34A 3PU5A 2GHAA 5TP9A 1Y20A 3UIFA 2ONRA 1USYH 4BDLA 2Y7PA 2Y84A 5CMCA 3TTLA 1WODA 4HCYA 1B6HA 1IXCA 1H44A 4X1DA 4R73A 5JTYA 1O63A 1J1NA 1UTHB 4PETA 5H8FA 2XXXA 4M1VA 3TTRA 4N07A 4Q0CA 5HBCA 4JSDA 4DDDA 1O64A 1SI1A 3P7IA 1JVYA 2AL5A 3S9LC 1MH3A 4AQ4A 5ISUA 3IORA 2VD2A 1LLSA 2DS9A 4RY1A 1L5TA 4NF4B 2NVUB 5I58A 4NWDA 3V89B 4KYDA 3KN7A 4IY6A 1EU8A 3OSQA 1FCKA 1H45A 3ECRA 1A40A 4PFTA 5EHMA 1MQJA 5H8QA 1BP5A 4LVQA 1LFGA 1YCJA 3N94A 4ESXA 3G3IA 2CMOA 2XXHA 3VV5A 3CIJA 3MAMA 3PMWA 4H67A 4PQJA 1URGA 2O69A 2R71A 3TQWA 3H6VA 2V25A 4E0XA 3IX1A 3TZAA 2W7YA 3WAEA 1PB7A 1VR5A 4H8JA 3RT8A 1FTJA 5AA4B 4MLQA 3S9MC 1NNPA 4U1OA 1N76A 3TYHA 3CFLA 5HPQA 1B3HA 5I2KA 3E4RA 5KCJB 1QUJA 2XD2A 3IB2A 5I59B 4KYSA 1N3XA 1I6BA 4NF5A 4NE4A 4JB7A 1PB9A 2I6EA 2F6GA 3DP6A 3FATA 3G3JA 1PBPA 3K6XA 3MZ1A 1FQAA 3DRFA 4OXVA 4GXAA 3SERA 1VFEA 2HXWA 5AA1A 1ZJLA 3G3FA 3K6UA 1HSJA 4BDQA 1OVTA 1B5IA 4U4XA 1MXWA 3ONMA 5FHOA 5KCJA 5CMBA 4YKKA 3HO7A 2DXRA 2LAOA 3E13X 3OMBA 3AXFA 4GL0A 1S7YA 1Y9UA 3EF7A 2F36A 4ELRA 2PBWA 3L6GA 2Z8DA 3Q25A 3HHGA 3IL1B 4MBPA 3I3VA 4KHZE 1LGBC 5I57B 2OJTA 5H8NA 2GRVA 2O1LA 1MS7A 3JYRA 2X7PA 2IA4A 4YB6A 4I62A 4JSOA 3TCFA 1B1HA 1DMBA 2Q2AA 3C33A 4KCCA 3F11A 5DVFA 1B7HA 2AIXA 1QUIA 2NXOA 3SEYA 4OWDA 2HEUA 5JEIA 1SQYA 1PBQA 2ONKE 3VVEA 5H8NB 3HN0A 2I49A 3GXAA 4TLMB 1FTLA 3O6PA 2DQVA 2Y7WA 3CR9A 3A09A 3K1MA 1NH8A 1Y3NA 1IIWA 2QS1A 3T9UA 3BFUA 3B6WA 3PUXE 2ZYNA 3IJOB 3OO8A 2DWIA 3C31A 4Q8RA 1GVCA 2RINA 1OMPA 4UACA 5CBRA 1LCTA 2GHBA 4TLLB 4U23A 4XIGQ 2Q8JA 2P0SA 3VE1B 1VE4A 1OVBA 3FASA 2HCAA 3IB0A 3KN8A 3QSLA 1USYE 4H0WA 4OMBA 4X48A 3S4UA 4F19A 3O6IA 4R6YA 3OSRA 5B70A 3U94A 3VXBA 3M3LA 4LZ5A 1GV8A 4WEDA 3MPLA 4GRKA 4YKPA 4DXBA 5CBSA 2CZLA 4HCWA 3O9PA 3L6HA 3OEMA 1Z7ME 3PPNA 3EHUA 4ZEBA 4YKIA 5H8HA 2QJEA 1QKBA 2DWHA 2O6AA 3TFLA 2I0BA 2ZNUA 1OQHA 4FORA 3U92A 2P1SA 1NNFA 2DYXA 2E1SA 5I2NB 1B58A 5AA4A 2Z8EA 4LQ2A 4RPOA 4HW8A 5CC2A 1TT1A 1IZ1A 4PE5B 1N04A 1S9TA 4GIZA 1PDAA 4XXUA 1A7LA 2QSXA 3G3KA 3KOTA 1JETA 1D3KA 1MH4A 1MXXA 1ZMGA 2D21A 3D4CA 3EPEA 3FIRA 3MBPA 3T9XB 5ICQA 2E0SA 4THIA 1SW4A 5I57A 4R2BA 4U21A 1N84A 3DRKA 1SI0A 1YPNA 2F35A 3I6VA 3O2AA 5I2KB 3SESA 3SDFA 3ZSFA 2M8CA 3IOUA 1MXUA 4YKJA 3SKPA 3EHSA 4Z0IA 3SEXA 1ZLQA 2RCAA 3MWBA 4P0GA 1B3LA 2B4MA 4QFNA 1OIBA 2H4IA 3G3HA 4U1ZA 5TP9B 2GFEA 3PV0E 1NMUA 2ZXTA 3PPPA 1RYOA 4GWOA 3FJGA 4QFKA 4G8NA 3RN8A 4BDNA 3V5AA 4MFIA 1AL3A 4IB2A 4DXUA 1TXFA 5JTYB 4RK2A 1B7UA 4FECA 4O3BA 2B65A 1Y1ZA 2OK2A 4F31B 2HQ0A 1H43A 4H5FA 4KFQA 3FGSA 2ZYKA 1WDNA 4LA9A 3T9HB 3M3KA 3K01A 5I59A 5AA2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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