3I5OA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellopentaose
Total Genus 211
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
211
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
publication title Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 211
structure length 582
sequence length 582
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3i5oA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i5oA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3i5oA02
4TLLB 2XXVA 4ZDMA 5H8NB 4U4SA 3MUQA 5J1DA 3UORA 1HSEA 1MDQA 3S4UA 4U2RA 4YAHX 2THIA 2XX9A 1B5JA 3SEYA 3EPEA 1TFDA 1KWHA 2ZNTA 3H6WA 2ZYOA 4G68C 3O6HA 2Y84A 3N5LA 1QULA 1DPPA 4F29A 1UIVA 2HAVA 1EZPA 3OOAA 2I0BA 4GRKA 1Y9UA 1SW1A 4XKNA 1DMBA 3IO6A 3RQTA 4EQ7A 4DCYA 4FAJA 2I49A 2O69A 3K6WA 2ZXTA 3FV2A 1Q35A 1IQ7A 4U1ZA 1LGBC 2HXWA 3SERA 1P1UA 3PUVE 2OJTA 3S9EA 1PB9A 4GL0A 3SEUA 1H3DA 3A09A 5L9SA 3HHFA 4THIA 3IJOB 2P2AA 4JB7A 3IOWA 3ZS6A 3O28A 2RC7A 4DXUA 3G3KA 3KN7A 3CSBA 4P0IA 3QUFA 4G77A 1ZBMA 4R2BA 3K01A 3T9VA 3R6UA 1UTHB 2ONSA 1O7TA 2F97A 3LC8A 5CMMA 4LVQA 4GF8A 2I3VA 4R6HA 1NNFA 1O64A 4IO2A 3RYBA 1ANFA 1LB8A 4O3BA 2FNCA 4I1DA 3HO7A 5ELVA 4OHNA 1AMFA 3DP6A 1H45A 3VXCA 3OD7A 1BLFA 1TXFA 5FHMA 2ABHA 3HSTA 1JW1A 2XD3A 3PU5A 5A5XB 1N3WA 1A54A 4X1DA 2GFEA 5ISUA 4NWDA 3DRJA 1MM6A 2XXYA 5AA1A 1JW4A 5AE4A 4BDNA 1Q1KA 1LAHE 5BWJA 4F3SA 5K2XA 1QW0A 4G8HA 5CBSA 3M3LA 5B70A 3MPKA 1SW5A 5AA2A 4OFJA 2QMWA 4KD5A 5AA3A 1MPBA 4LATA 4ISUA 1LFHA 4KR5A 5I58B 4WEDA 4GOTA 1BKAA 3PD9A 2KLFA 1B51A 4PFYA 1B2HA 1N0TA 4I62A 1F9BA 4N07A 2IEEA 3FJMA 5CRYA 4NEDA 3DP8A 1NL5A 4QHQA 2CMOA 3C9HA 1B58A 4IY5A 5KCJB 3O66A 1FW0A 1DSNA 1NNPA 1ZIUA 4POXA 3T9XB 3CFLA 3K1NA 3VVDA 1D4NA 3SESA 3VDFA 3TTMA 3TKDA 5IAIA 4ZZAA 1GVCA 1QUIA 3EHSA 3FVNA 1AH5A 1B32A 4XIGQ 4KYDA 3TELA 5HPQA 5H8NA 4GLIA 1QVSA 3HN0A 3RYAA 1UQWA 3C34A 1HSLA 1P99A 3LSWA 1FQEA 3PMWA 1XC1A 3MVXA 4YB7A 2ZYKA 3RGYA 3E3KA 4F3GA 1WVJA 2F7AA 4ESWA 4U23A 5AA2D 3LBSA 4IO6A 2F5XA 3A3CA 5TPAB 4BDOA 1US5A 4QF9A 3L6GA 3D4GA 3TAJA 3DM0A 3MVYA 4OTEA 5TP9B 3FXRA 1PBPA 4YB5A 1FTLA 3U93A 1MXWA 2DE4A 2QSXA 4M4GA 3RT6B 2NUVA 1MH4A 2DWJA 1UTHA 4F39A 4IGTA 3IX1A 2ANJA 4QSCA 4H67A 4TOZA 2DSFA 4RJZA 3FJGA 2DWHA 3KBRA 1PB7A 4ZEFA 4O3AA 1JETA 3VVFA 3ILUB 2HZKA 3IK6B 3MVZA 2D21A 1L5TA 2QRYA 1OVBA 1M5FA 3CVGA 3PPOA 3S9LC 4NF6B 5A5XA 1B3GA 4FECA 2PMSA 3H03A 2OCUA 4OZ9A 3IOTA 1SQYA 2I58A 3G3HA 3FVKA 2VD3A 3OO9A 3M3KA 1US4A 3H4ZA 3BFTA 5JEIA 4Q0CA 1Y20A 4F3BA 1Y3NA 4LA9A 1B46A 2QL3A 4DIGA 4LONB 3O97A 1IEJA 5I58A 2H9BA 2AL4A 2PX1A 3OEKA 4TQUQ 4QRZA 4K3FA 1YAEA 2R6GE 4MH5A 2DE3A 2F78A 1OIBA 4H5FA 3OENA 2HCAA 2O84X 5KCJA 2DS9A 3RN8A 3DRHA 1O63A 3G7WA 4LZ5A 4F22A 2UVIA 3VLWA 4RXLA 3UA8A 1R1NA 4Q8RA 2BJJX 2HFBA 1Z7NE 1P1QA 4EXKA 4TLMB 1B3LA 1IXHA 1JVYA 3MBPA 1B6HA 3Q25A 2NOOA 4OENA 3PUZE 2I3WA 2NVUB 1ELJA 1M5CA 3OO6A 3OMBA 2Q2CA 3EQ1A 4ELRA 1GR2A 3TZAA 1ZJLA 1MS7A 4PETA 4QSEA 3CG1A 3ECRA 3U94A 2XXRA 1DTGA 1SI1A 3TMGA 1JVXA 3V8XB 5I2NB 2PT1A 3LUYA 4H6DA 5EHMA 5TPAA 4RY1A 2X26A 3N6TA 3JZJA 3QAXA 3CG3A 4YKJA 2AL5A 3TPAA 1A8EA 4KYEA 4R74A 4Q5TA 5TP9A 4IO3A 3EHTA 5H8SA 3DLNA 4H8JA 4MF3A 2FYIA 2UYFA 4KQPA 2PVUA 5I2KB 4H1XA 3OELA 4P0GA 4YB6A 4IO5A 1IXCA 1LFIA 2RCAA 4KCCA 3FJ7A 3MZ9A 4EXLA 1AL3A 2W7YA 2REJA 2PYYA 4YKPA 1POTA 2RF1A 4R75A 1OMPA 4ZE9A 2O7UA 3Q26A 3BBRA 1SD3A 4LZ7A 1N7XA 4NF6A 3U1OA 3VVEA 1B7HA 2DOJA 2DWIA 3TYHA 2HAUA 3EN3A 4HW8A 1MQIA 2IA4A 1VSOA 1P1OA 1USYE 5L9MA 4AB5A 3K4UA 3MPLA 2ESNA 3H7MA 3B6QA 4F31B 4MFIA 3RNNA 1B5HA 1MY4A 3DRGA 1SVXB 4OMBA 3TFLA 5JK4A 4OETA 5CI5A 5ITPA 5CMCA 2R71A 2H5YA 5DVFA 2H4IA 1B1HA 3TQLA 2O1MA 2H98A 3MJNA 4HCWA 4U21A 1DPEA 3ONMA 5FTHA 1VE4A 4POWA 2ONRA 3QYTA 1FTJA 3T9UA 3KJ7A 3W9WA 1CB6A 4DXBA 3WAFA 5DT6A 4F3PA 3T22A 1H76A 4H65A 1EU8A 4GIZA 5AA4B 1B05A 3MC2A 3FUZA 3ZKLA 2AIXA 3DRIA 2OLBA 2Q2AA 1B3EA 1SYIA 5CBRA 3O29A 3SEXA 3TUSA 3IJXB 4C0RA 2DXRA 3MQ9A 3T9HB 4YKIA 3FASA 4NF8B 5B7DA 2XXQA 4H0WA 3PPRA 1B4ZA 2I4BA 1FQFA 3IOUA 3C32A 4GXSB 3G3GA 1B0LA 3RT8A 5KDTB 2DWAA 1MXZA 1YPNA 5HM4B 5I2NA 4KHZE 1YTVA 2Q89A 2O6AA 3GBAA 3H3GA 4KCDA 1FQDA 3GLBA 3OEMA 1MXYA 2XXIA 4UACA 1TT1A 4JWXA 1MXUA 2RC8A 2UVJA 2ZNUA 3K1PA 2VOZA 1LAXA 5CMKA 3VFJA 4GL8A 4QFPA 3E9XA 2PBWA 3I5OA 2VP1A 3JYRA 2VHAA 1B3FA 4ZEDA 1NNKA 3S2VA 2XXWA 1M5EA 1UIUA 1MQHA 5I2KA 1B9JA 2O7IA 5LOMA 2WOLA 2O68A 2Q8JA 5FTIA 3UN6A 1ZTYA 3C33A 1LCTA 2YPNA 1FQCA 3TCGA 2YJPA 2Z8EA 1ATGA 4GD5A 5CC2A 3KOSA 1MM7A 4FEBA 3USDA 4FE8A 5CMBA 4R9FA 2Z22A 1P1NA 4WEPA 3K1MA 1VR5A 2DXYA 4BDMA 1XS5A 3PPNA 2QPQA 1IUDA 2RINA 3MVWA 4EQ9A 3O6IA 4EF2A 1JEVA 1AOVA 3CIJA 4C1TA 2X7QA 4BLAA 3I6VA 5DVIA 4F19A 4NE4A 4U4XA 5L9OA 4GFRA 1SBPA 3N94A 3B7DA 1XVXA 3HCQA 4GWOA 3FIRA 2Y7IA 4AB6A 3K2DA 4C1UA 3HPIA 3S9NC 3TCHA 4OWDA 2F6GA 5EYFA 2ZYNA 2DVZA 4O3CA 3MW0A 4R73A 2PT2A 3KFMA 3N26A 3Q29A 1B7UA 3TTNA 4JSOA 3CFZA 1MH3A 1OQGA 1Y3QA 3RTFB 2M8CA 4NF5B 1NH7A 1D3KA 3RPWA 1PEBA 1OVTA 2F8DA 4XXUA 1I6AA 1B5IA 3VLVA 2CZLA 1BP5A 3U8QA 3QIMA 1MDP1 5AA4A 3PUWE 3O6GA 4QFKA 3HHGA 4IO4A 4F2QA 1SI0A 3IAZA 2DYXA 4QSDA 1MY1A 3L6HA 3TTKA 3GBBA 4HTGA 4NF8A 1ZU0A 1H43A 3Q28A 2H25A 2WKYA 2V84A 5DVJA 3RTWB 3ODBA 1CE2A 3RY3A 4LP2B 4DE8A 5FHOA 3U92A 5KDTA 1URSA 3HV1A 5HBCA 3DRKA 4IO7A 2DVCA 3FGSA 5FHNA 3V89B 4PQJA 3SDFA 1DOTA 2G29A 1MXXA 2F7CA 3OXNA 1HSJA 3PMXA 2Y7PA 3F11A 2GH9A 1LAGE 3LR1A 3D4CA 4YU0A 1Y4TA 2A5TB 4XKPA 4WXJA 2F36A 1DTZA 1JW5A 2F6PA 3Q27A 1N84A 5H8FB 3PV0E 3SKPA 3K6XA 1LB9A 3I3VA 3ILTB 2P0SA 4KPTA 4OEUA 5DTBA 4RYAA 2XX8A 3MP8A 4KI0E 4YMAA 1IXIA 4Z0IA 1FTOA 4QFLA 2B4MA 4LQ2A 3DELB 3W15C 4QFOA 1Z7ME 3B6TA 1NNTA 1WDNA 3CR9A 4ZEBA 3VV5A 1QJMA 4U1OA 2Z8FA 2FA7A 1SYHA 2ZNSA 4OXVA 1A7LA 1A99A 1Y1MA 1MG1A 1MQDA 3PD8A 1FTKA 3VLUA 2I4CA 2UXAA 3PMVA 1URGA 2O1LA 3IORA 3BFUA 3H06B 4OQOA 4MBPA 4X9TA 2OWTA 5DYHA 3PPPA 2AYSA 1XHYA 1B0HA 3EHUA 3LSFB 3MP1A 1MPCA 2OBGA 1SDXA 3RUMA 4HS7A 3AXFA 3C31A 1BIYA 4EQBA 4G4PA 3W9VA 5I56B 1MY3A 1LAFE 5BUUA 3IO4A 1MPDA 1FQBA 3LSLA 3C4MA 2Z23A 5DEXB 5M2VA 3H6UA 3K6UA 3A3UA 4NF5A 2Q9TA 1USYH 4DLDA 2B3FA 4OVJA 1IIWA 4GQOA 3IOVA 3MZ1A 1MXVA 4ZS9A 2D5WA 2RCBA 5EHSA 1P1WA 3G3JA 3KJTA 3CSGA 3G3FA 1LFGA 2F34A 1J1NA 3ZKKA 3K02A 1S50A 3P7IA 3QUJA 3C35A 2G93A 1PDAA 2REGA 5H8QB 3BKIB 3GXAA 3SETA 4R6KA 3U72A 1B52A 5H8HB 4XKRA 3PPQA 4X48A 4IY6A 3TTRA 1SW2A 1N3XA 3VXBA 3UK4A 3IB2A 5K2YA 4KFQA 2QS3A 4IGRA 2XD2A 2UVHA 3FXUA 3GZGA 1S9TA 4F1YA 4IB2A 2GRVA 3KOTA 4LUBA 4U22A 4Q30B 2NWJA 1MQGA 5I57B 4I9DA 1RYXA 1VFEA 4JBZA 5KZTA 5F1QA 1IITA 1XVYA 4FEDA 1A8FA 1R9LA 5IKBA 4ONYA 1N76A 2P1SA 3FVOA 2I48A 1LBBA 2V3QA 4KYSA 4MLQA 2A5TA 1TFAA 2QS1A 1MQJA 3R7XA 4Z7EA 5H8FA 2XXXA 4YZZA 3MP6A 3N6UA 1UTBB 4ELPA 3IR1A 4OYVA 4WKMA 3LSXA 4JWOA 1JNFA 2B65A 2HZLA 4R9GA 3QXMA 4XTCQ 1LLSA 3OSRA 3T93B 3PUYE 1GTKA 1QKAA 1R6ZA 3VE1B 2H99A 3IL1B 4LQ5A 3KSXA 1ZMGA 4PFWA 5I59B 3KN3A 5L8DA 4HCYA 1EZOA 3E4RA 4ZEIA 1MRPA 2NXOA 4PFTA 2QS4A 1I69A 2VGQA 2Y7KA 1M5BA 4ND9A 1II5A 4ZEKA 1VFDA 4UA8A 3H6VA 4FATA 1POY1 1MY0A 1D9VA 1XT8A 4EDPA 3SEVA 3T66A 5I56A 1RKMA 2XXUA 4G8NA 4MLVA 3ZSFA 3O9PA 1B40A 2XXPA 4YICA 3T96B 4OERA 4BDRA 2Y7WA 5DEXA 3MZBA 2ZYMA 4R2FA 2QJEA 3H6TA 4ZE8A 2X7PA 3C36A 3KG2A 4JXIA 3FD3A 3CFXA 3FVGA 3UIFA 2Z8DA 3OO7A 5JTYB 4R6YA 2OZZA 2XXHA 2WOPA 3FZVA 3V83A 4JWYA 4RK2A 5H8QA 4PE5B 3M3FA 3FTOA 2ALUA 3OSQA 1WODA 2V3UA 2D3IA 3PGFA 3FXQA 4N13A 4H5GA 3UGWA 5H8HA 2F35A 3JV9A 1A55A 1YCJA 1N04A 4FIMA 4F1UA 1ZLQA 4YKKA 1PB8A 2Q88A 2WOKA 3V5AA 3S9MC 4R72A 4NF4B 3TTLA 4LZ8A 3K00A 4F18A 1AIVA 3QK6A 3MAMA 5I57A 1H44A 5ICTA 4G68B 4XKQA 5F7VA 4ECFA 4RPOA 2LAOA 4G8MA 3WAEA 4M1VA 2E0SA 4NMYA 3TODA 4NWCA 5ICQA 3DRFA 3IB1A 1JQFA 1EH3A 3KSJA 4OFLA 3CI8A 4JSDA 1T0KA 4ZZEA 4DXCA 2XXTA 1UTBA 4OESA 3K6VA 2E1SA 2I0CA 1S7YA 3O2AA 1GV8A 4L17A 5TU0A 1PBQA 1URDA 5ITOA 3MWBA 2VD2A 4RPNA 1QKBA 3PUXE 3IB0A 3THIA 3FATA 4G2ZA 1GGGA 2B3BA 2DE2A 2O51A 5I59A 4DCXA 3G3IA 2ONKE 4ELOA 1BTJA 1FQAA 1IXGA 1RYOA 1EZ9A 2A5SA 4BDLA 1B3HA 4YMBA 1LBCA 4OFOA 1SW4A 3TDJA 1OLAA 3DP4A 3B6WA 1NMUA 4F1VA 4JDFA 1I6BA 1ZKBA 1LCFA 3TEPA 4ELQA 3CHGA 3RLFE 4RA1A 3QSLA 1OQHA 3M8UA 2QS2A 3R26A 3FV1A 1XOCA 1TWYA 3KGCA 3SEWA 1PC3A 3UP9A 2GHAA 1NFTA 2DQVA 1M5DA 4PP0A 2V93A 3K0VA 2HEUA 4RK9A 3TCFA 1B4HA 2GHBA 3E13X 3TQWA 2V3TA 2DP8A 2RKMA 4F2OA 3PAMA 4P11A 3KZGA 2V25A 1JEUA 1NH8A 1FCKA 1N7WA 4E0WA 2UYEA 1B1XA 3CRBA 4ESXA 4EUOA 4FORA 5JTYA 4OEVA 4FJPA 3EF7A 2OK2A 2RC9A 1NKXA 5AA2B 1B7ZA 1R9QA 1MY2A 4RNSA 4NTLA 2YLNA 2OWSA 2HQ0A 4GXAA 4I8CA 4DDDA 2XX7A 4AQ4A 1I6QA 1Y3PA 2I6EA 3OO8A 3LVUA 4E0XA 1IZ1A 1LSTA 4H8IA 1FTMA 1Y1ZA 4GVOA 2ZMBA 2QMXA 4QFNA 4DZ1A 3O6PA 1A40A 5I84A 4PFUA 1QUJA 4BDQA 4NF4A 1QUKA 4N6PA 1Y4CA 2B4LA 3KEIA 2F7BA 2UVGA 1OLCA 4G68A 4X1BA 3KN8A 1D9YA 2XHDA 4ZECA 5CM6A 4EF1A 2Y7RA 2R9JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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