3I6OA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease with macrocyclic inhibitor grl-0216a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Design, Synthesis, Protein-Ligand X-ray Structure, and Biological Evaluation of a Series of Novel Macrocyclic Human Immunodeficiency Virus-1 Protease Inhibitors to Combat Drug Resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i6oA00
1BBSA 2J9KA 3VFBA 3IVHA 5ER1E 5P1PA 4FM7A 3TKGA 9HVPA 2IQGA 5I3VA 5P83A 3KYRA 3QRMA 3SA8A 1ME6A 1WBMA 4L6BA 5P8QA 3QVIA 3DJKA 5IVSA 2APRA 3S43B 1F34A 1XL5A 4Y36A 1VIJA 5P7NA 1D4LA 2Q55A 3UFLA 4MC2A 5P0ZA 5P5JA 5P5BA 4X2LA 3RTNA 4RVJA 5EZXA 1GVXA 5P2OA 5P4SA 4I8ZA 1JLDA 5P0IA 5P7IA 4J0TA 3S53A 4J1CA 1EC0A 5IS4A 1HPOA 3D20A 1M4HA 4XXSA 5P5NA 5P1OA 1NH0A 5P02A 2XYEA 5P4FA 1MSNA 5I3XA 5P6JA 2ZHSA 1FMBA 4I12A 1RV7A 2AIDA 5OYSA 5OZ3A 2ASIA 3D1XA 4HZTA 2ZJNA 2AOCA 3IA9A 5P1TA 4NJUA 4OBGA 5P66A 4FLGA 1A94A 3EM6A 4R91A 3TPLA 2G69A 1M43A 4I11A 3HD8A 5OZ0A 2ZJKA 1EPNE 4Z22A 2JJIA 5P24A 3OTSA 1G6LA 3KFNA 2HAHA 4OC6B 3L5DA 2QU2A 3O9BA 5BS4A 3RVIA 5P7FA 3HVPA 5P62A 5P46A 3PSYA 5P4TA 1ODWA 5P2EA 3VSWA 2WL0A 3SPKA 3PCWA 3UTLA 5KR8A 3LZVA 2AOHA 3QRSA 2WEDA 4Q1XA 5P4WA 3O9LA 5KQXA 1XE5A 5P8VA 2QZWA 4D85A 1GVUA 2G1NA 5P3QA 2HPEA 3ZKSA 1PPME 4Y3QA 3ECGA 3OWNA 5P5HA 5OZGA 2ZJMA 1ZJ7A 5HE5A 5F00A 5P2TA 4J5JA 5P0PA 5E5JA 5P2ZA 4DH6A 3LPKA 5HVPA 1HSHA 5COKA 3FNSA 4AUCA 1OEWA 5P64A 1D4YA 5P55A 5P1KA 5P09A 5P3GA 5DGUA 1W5WA 5P13A 1MTRA 4ZSQA 5P82A 3URLA 3AIDA 1SIPA 2VIEA 2AVVA 3VEUA 2FDDA 3UQWA 4Y3LA 5P1JA 3U7SA 3INFA 3QRVA 1D4SA 1RL8A 4NJSA 4Y3GA 3HAUA 5P63A 2G22A 2QI0A 4NPTA 5P7OA 5P44A 2I4UA 3JVYA 6FIVA 4A6BA 2PSVA 5OZDA 4ZSRA 1LYWB 5P7YA 5P7TA 5P5IA 4MC6A 2NR6A 3EXOA 3ZPSA 5P6QA 2PYMA 2ER0E 5P3OA 5OZ4A 5P6KA 5P69A 5P88A 1Z1RA 3FKTA 4AA8A 3H5BA 3OQ7A 5P1ZA 4F73A 2ZGAA 4Y4TA 4RRNA 5OZLA 3VCMA 5P5PA 4EQ0A 3UDYA 4OD9A 5P3TA 3U71A 1LYBA 1AVFA 2BKSA 5P8LA 5COPA 3ER3E 1K1UA 1W6HA 3R1GB 4J17A 1FF0C 4HDBA 4FIVA 3ST5A 1EPPE 4Q1YA 2NMZA 3ZKGA 5SZ9A 4Q1WA 5P2GA 1OD1A 5P4XA 5P4IA 4CPSA 3LIQA 1TCWA 3EL4A 5P4CA 3T7QA 3OQDA 1MSMA 4K4PA 4YOAA 1KJFA 3B80A 5P8EA 4DQBA 5HU0A 3L5EA 2O4SA 2OHMA 4LXKA 1F7AA 4GJAA 4QJ2A 4YD3A 3LIVA 2WF2A 4GJCA 2QU3A 3JVWA 2QI6A 3RU1A 2HB3A 4IVTA 3APRE 5P8MA 3TPPA 5P5QA 1BV9A 3ZPUA 2RENA 5ER2E 3HZCA 3VSXA 5OYRA 4Y4DA 4LAPA 5P5ZA 3NU5A 4YDGA 5P6SA 4I0DA 4U7QA 4CPWA 2F8GA 5OZSA 5P2YA 2WF4A 3CKRA 3D1YA 2CEMA 5T4SA 4A4QA 1EEDP 2G1SA 3OU4A 5OZBA 5P65A 2Q15A 3UQUA 1EBYA 4Y5CA 5P0WA 5IVQA 4OBHA 2ZE1A 2QNNA 3SKGA 3L59A 1LEEA 2F81A 5P1WA 3QP0A 5P7VA 4IVSA 3Q4BA 5OZ6A 4DI2A 3EC0A 3PBZA 1FEJC 5P4MA 2PK5A 5P08A 1HVIA 5P68A 4YBFA 4Z4XA 1PPLE 3UQRA 1ER8E 5IE1A 5P0MA 4EJDA 1ZSFA 3GI6A 5OZKA 5P8HA 1DIFA 4GJ7A 1ZP8A 3OGPA 5P3RA 5DGWA 5OZVA 1DAZC 1RQ9A 4R5NA 1QDMA 5P6ZA 2R5PA 5OYVA 5OYYA 1BIMA 4JOOA 4RCFA 1EC2A 3INHA 5HD0A 3UDMA 2NNPA 4BFDA 5P5MA 4Y3HA 1FQ8A 3NU6A 5P7MA 2OHSA 3LZUA 4B72A 1YM2A 5OZ5A 5P5SA 1QBUA 5P1UA 3OU1B 1QRPE 2F3EA 2G21A 5P6IA 3EL1A 5P04A 3ZKMA 1K6PA 2XYFA 1GKTA 1B6JA 3VUCA 1YG9A 4CPQA 2PYNA 4KE1A 5EZZA 5P5LA 4U7VA 3LZSA 5HDUA 4FRKA 1BXQA 1Z8CA 4CP7A 1FQ6A 5P6CA 2AOEA 4GJBA 1HXBA 1T3RA 4Y35A 2P3BB 3QIHA 5P7LA 4Y54A 2ZHRA 5P8RA 1BV7A 2QCIA 3EKYA 4B78A 1EC3A 5P56A 1MUIA 1KZKA 4Y5MA 5P1HA 5HTZA 5P7ZA 3GGVA 4XKXA 5OZZA 3BC4A 5P16A 4L1AB 5P37A 2RKFA 1SMRA 5OZJA 4Y43A 5P20A 5P1GA 4KE0A 3TPJA 3DCKA 1APTE 3VFAA 4FSEA 2FGVA 4Y4GA 3NR6A 4Y5BA 3S54A 4ER4E 1B6KA 2B42A 4I10A 1CPIA 3VG1A 2O4KA 5P7GA 4Y4UA 5P3CA 1MERA 3BVBA 5P49A 2PK6A 1FFFC 2CENA 2G27A 2BPXA 3WZ8A 4I0EA 1LS5A 5AHBA 2ZHTA 3BGCA 5P57A 2F3FA 5P22A 4I0IA 1BAIA 4B70A 2A4FA 1FQ5A 3O9FA 2J9JB 4J1EA 1LYAA 1XS7D 5P3UA 4WY1A 3VLBA 4LXMA 5APRE 3QROA 5P4AA 5F01A 2BPYA 2OAHA 3FIVA 2UPJA 5OZOA 1FB7A 2EWYA 4Y51A 1ZAPA 4DQEA 5P54A 1HXWA 3O9DA 5OYQA 5P6UA 5P3XA 5ISJA 1NPVA 5P2UA 5P51A 1PFZA 5P30A 1XN3A 2P8HA 3KM4A 3QVCA 4Y50A 3TNEA 5P26A 5P1DA 1NPWA 5P2HA 3UPJA 5DQCA 3PWRA 5P6TA 1NPAA 4S1GA 5P1RA 4I0GA 4FSLA 2I4DA 2JJJA 5HU1A 4RYCA 4DQHA 4AMTA 3OADA 4J1IA 3WZ6A 2QK5A 4Y4JA 1KJGA 1Z1HA 5P23A 3OU3A 1IDBA 3SABA 5P39A 1AZ5A 1C70A 5P7KA 3UDRA 3OUBA 3CKTA 4Y3TA 5P10A 4XX3A 3NDUA 1UH8A 2WF0A 1TSQA 4OBJA 4PHVA 4HVPA 4Y4EA 3NWXA 3NXNA 3C9XA 4ZPFA 5P3VA 4ACXA 1XL2A 3OQFA 5P4NA 2O40A 4XX4A 4Y9WA 2PSUA 5P3AA 5P7PA 2BJUA 4J0YA 1W6IA 3NYGA 1W5XA 5UPJA 4YD6A 5P0NA 5P4QA 4ZPEA 5P5DA 4J1FA 5P6FA 4ZE6A 4RVXA 5P3KA 4D89A 4J0PA 1UH7A 4FRIA 2P3AA 3EKVA 3GW5A 5P1BA 1E5OE 2IGYA 4H1EA 5OZTA 2QI4A 5P2WA 1MPPA 5DQ5A 5P6OA 3SLZA 5OZAA 1YTHA 4EWOA 1BILA 2H6SA 4RVIA 4M8XA 2RKGA 3BXSA 4OBKA 4I0HA 4Y48A 2VA5A 4I8WA 2B7ZA 5P2LA 2AOGA 1GVVA 1SDVA 1ZPKA 3RTMA 5KAOA 4FCOA 5OZWA 2ZHVA 5P5VA 5CLMA 3KDCA 2HPFA 1UH9A 3B7VA 4RYGA 4AA9A 5P01A 3PB5A 3K5DA 4B1EA 3MWSA 3O9LB 3EMYA 3PM4A 2ZJLA 5P00A 2V10C 4N00A 2Q63A 5P87A 3TOFA 1FLHA 3KFRA 3O99A 5P3PA 2QI1A 2RSPA 2V0ZC 5P2KA 4Y38A 1E82E 1MRWA 5P1IA 5P1SA 5P15A 3OK9A 4RROA 3KFSA 3OOTA 5P76A 5P0DA 1AAQA 5P74A 5P4GA 4YD7A 2BQVA 5P35A 4NJVA 3OOZA 2QP8A 2QHCA 3MSJA 3S8IA 5DQ1A 3VYDA 4CPRA 3KDDA 5P8NA 3T7PA 3SA5A 3UQXA 3HLOA 1YT9A 3OQKA 3I2LA 1K2CA 1ZSRA 5P86A 5P2NA 4Q1NA 1QS8A 2QMPA 5P6YA 5P85A 5P71A 4FRJA 1QBRA 4GJ5A 1BVGA 2B60A 3KMXA 2OHQA 1HVRA 5AH9A 1FFIC 5CONA 1HBVA 1KJ7A 3K5GA 1C6XA 5P1LA 5P6GA 2ZJHA 2JE4A 5KOQA 2WHHA 4FAEA 2QHZA 5P07A 1YTGA 5P3FA 3PSGA 5P8GA 2XFIA 5JFPA 5P72A 3CKPA 5P7QA 4K4RA 5P4OA 5OZQA 1D4HA 1HPXA 1T6GA 3T6IA 3MSKA 4OBFA 1W5VA 4I0ZA 4GJ6A 2R5QA 3G70A 5DR8A 4JP9A 1QBTA 2VIYA 1AJXA 5KR1A 5P0JA 2WF3A 4B1CA 1KJHA 1ODXA 4JPCA 4GMIA 3UQPA 4YE3A 3DUYA 1A8KA 4Z2ZA 5P3LA 1HHPA 4HDFA 1HIHA 5P4PA 1IDAA 5P1NA 2V13A 5P3ZA 5OZMA 5E5KA 5SY2A 2IENA 4OD9B 4L7HA 1LYBB 1PSOE 2IGXA 1FQ4A 1EPLE 5P8FA 5P5WA 3CIDA 3L58A 1HEFE 3PRSA 3OXCA 5P5UA 3PWMA 3R0YA 1BDRA 2ZHUA 7HVPA 5P1FA 5OYZA 1CMSA 4DJVA 3BGBA 1D4JA 5P3SA 4Y45A 4R8YA 1IIQA 3GI5A 2VNMA 4PZXA 4PEPA 5C9DA 3MXDA 4DQFA 4Y3YA 3O9AA 2FMBA 2JYSA 5JFUA 1LYWA 3ER5E 2NXDA 5P4EA 4ZPGA 5P60A 5I3WA 4GJ9A 5AH8A 2G20A 1QBSA 4H3GA 5OZUA 4Q5MA 2QI7A 5P0GA 4Y4ZA 2WEAA 7UPJA 2QZXA 3PGIA 5P36A 3QN8A 5P0UA 4H3FA 5P2CA 3Q70A 4GB2A 4Y39A 2QD6A 4FRSA 4DPFA 1FQ7A 5P29A 3M9FA 5P5KA 4QJ7A 1SDTA 2PQZA 3MXEA 4R93A 5P17A 5P7EA 5P8UA 3OGQA 3EKPA 5P0YA 1EBKC 2G26A 1B6MA 4HLAA 1XE6A 3G6ZA 3OU4B 4J54A 5P40A 4AZYA 4LXAA 1FMXA 5P8DA 3TTPA 1ZTZA 1HEGE 2WF1A 4B77A 1EPRE 4Y3AA 3N3IA 4Y3ZA 5P4KA 5P0AA 5P77A 3K4VA 5DQ2A 4DJYA 4CPTA 3OAGA 5P2RA 4YCTA 1VIKA 5P59A 1K6VA 1YM4A 4DJOA 2I4QA 5P2VA 5P8SA 3FX5A 3DOXA 4LP9A 5P84A 3S7LA 4RCDA 2O4PA 1B6PA 1BDQA 3LITA 5COOA 1G35A 4OBZA 3U6AA 3GI4A 4Y44A 4B05A 5IVTA 4YHQA 1BWBA 3EL0A 4YCYA 2IS0A 4DJQA 4EXGA 5P2BA 3PWWA 5P0QA 4FGXA 1SP5A 5P5FA 2R9BA 3KT5A 4Y3NA 2JXRA 3EM4A 4WTUA 4Y53A 3VYEA 2QZKA 3UCBA 2R38A 1SIVA 2XFJA 3PBDA 5OYWA 3IGBA 5P38A 5P2XA 1D4KA 1W51A 2Q3KA 3G72A 3NDXA 3S2OA 2AZ8A 2BPWA 4I0JA 1DP5A 4D88A 5P0FA 5P0TA 2V12C 4GIDA 2B8LA 3PVKA 5P5AA 3UDNA 1AM5A 1SMEA 5SY3A 4WY6A 1IZDA 1LZQA 5P0CA 3IXJA 4BFBA 3CMSA 3UF3A 5P3EA 3KF0A 4OBDA 3PHVA 2VS2A 5OZ7A 8HVPA 4YD5A 1FKNA 5ISKA 4B0QA 5IVRA 3DCRA 3NDTA 4Y4WA 4I1CA 4KB9A 1FGCC 4FS4A 3S45A 5P7BA 1GNOA 3PSUA 5P06A 5P7UA 4ZEAA 1FQXA 3ZMGA 5OZ8A 5FIVA 2R8NA 3BUFA 3TL9A 4ZLSA 5P0BA 3VV6A 5P3NA 2HS2A 4F74A 4B1DA 5P45A 2HS1A 3IVIA 2QD7A 2I0DA 5TOLA 1YTJA 4NPUA 5P8BA 5KQZA 2VNNA 5J25A 4YA8A 4D83A 3FNUA 3O9EA 1BDLA 2B7FA 2PH8A 1NSOA 2VA7A 1ZPAA 2VJ9A 4PPHA 4QGIA 4LC7A 5P6MA 4DJXA 4GJDA 5P0OA 3SA9A 3O9CA 3SQFA 3N4LA 4ZSPA 2I1AA 5P4LA 5P8KA 2V00A 1HRNA 3FNTA 4H3IA 5OZXA 3O9IA 2Z54A 1MVPA 5P3MA 4ER1E 1LF2A 5P2SA 3PCZA 5P7CA 4J1HA 4HA5A 5AH6A 5I3YA 1LYAB 2FDPA 2HIZA 3QS1A 2NXMA 4EJLA 2I4XA 1EPME 5OZ1A 1BWAA 4Y5EA 1OHRA 1RNEA 3IXKA 2P83A 1B5FA 2ZYEA 2PC0A 3OXWA 3SM1A 5BRYA 1BXOA 2HM1A 5P50A 3IAWA 5P14A 3KN0A 2MIPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BBS A;  2J9K A;  3VFB A;  3IVH A;  5ER1 E;  5P1P A;  4FM7 A;  3TKG A;  9HVP A;  2IQG A;  5I3V A;  5P83 A;  3KYR A;  3QRM A;  3SA8 A;  1ME6 A;  1WBM A;  4L6B A;  5P8Q A;  3QVI A;  3DJK A;  5IVS A;  2APR A;  3S43 B;  1F34 A;  1XL5 A;  4Y36 A;  1VIJ A;  5P7N A;  1D4L A;  2Q55 A;  3UFL A;  4MC2 A;  5P0Z A;  5P5J A;  5P5B A;  4X2L A;  3RTN A;  4RVJ A;  5EZX A;  1GVX A;  5P2O A;  5P4S A;  4I8Z A;  1JLD A;  5P0I A;  5P7I A;  4J0T A;  3S53 A;  4J1C A;  1EC0 A;  5IS4 A;  1HPO A;  3D20 A;  1M4H A;  4XXS A;  5P5N A;  5P1O A;  1NH0 A;  5P02 A;  2XYE A;  5P4F A;  1MSN A;  5I3X A;  5P6J A;  2ZHS A;  1FMB A;  4I12 A;  1RV7 A;  2AID A;  5OYS A;  5OZ3 A;  2ASI A;  3D1X A;  4HZT A;  2ZJN A;  2AOC A;  3IA9 A;  5P1T A;  4NJU A;  4OBG A;  5P66 A;  4FLG A;  1A94 A;  3EM6 A;  4R91 A;  3TPL A;  2G69 A;  1M43 A;  4I11 A;  3HD8 A;  5OZ0 A;  2ZJK A;  1EPN E;  4Z22 A;  2JJI A;  5P24 A;  3OTS A;  1G6L A;  3KFN A;  2HAH A;  4OC6 B;  3L5D A;  2QU2 A;  3O9B A;  5BS4 A;  3RVI A;  5P7F A;  3HVP A;  5P62 A;  5P46 A;  3PSY A;  5P4T A;  1ODW A;  5P2E A;  3VSW A;  2WL0 A;  3SPK A;  3PCW A;  3UTL A;  5KR8 A;  3LZV A;  2AOH A;  3QRS A;  2WED A;  4Q1X A;  5P4W A;  3O9L A;  5KQX A;  1XE5 A;  5P8V A;  2QZW A;  4D85 A;  1GVU A;  2G1N A;  5P3Q A;  2HPE A;  3ZKS A;  1PPM E;  4Y3Q A;  3ECG A;  3OWN A;  5P5H A;  5OZG A;  2ZJM A;  1ZJ7 A;  5HE5 A;  5F00 A;  5P2T A;  4J5J A;  5P0P A;  5E5J A;  5P2Z A;  4DH6 A;  3LPK A;  5HVP A;  1HSH A;  5COK A;  3FNS A;  4AUC A;  1OEW A;  5P64 A;  1D4Y A;  5P55 A;  5P1K A;  5P09 A;  5P3G A;  5DGU A;  1W5W A;  5P13 A;  1MTR A;  4ZSQ A;  5P82 A;  3URL A;  3AID A;  1SIP A;  2VIE A;  2AVV A;  3VEU A;  2FDD A;  3UQW A;  4Y3L A;  5P1J A;  3U7S A;  3INF A;  3QRV A;  1D4S A;  1RL8 A;  4NJS A;  4Y3G A;  3HAU A;  5P63 A;  2G22 A;  2QI0 A;  4NPT A;  5P7O A;  5P44 A;  2I4U A;  3JVY A;  6FIV A;  4A6B A;  2PSV A;  5OZD A;  4ZSR A;  1LYW B;  5P7Y A;  5P7T A;  5P5I A;  4MC6 A;  2NR6 A;  3EXO A;  3ZPS A;  5P6Q A;  2PYM A;  2ER0 E;  5P3O A;  5OZ4 A;  5P6K A;  5P69 A;  5P88 A;  1Z1R A;  3FKT A;  4AA8 A;  3H5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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