3I8DA

The pairing geometry of the hydrophobic thymine analog 2,4-difluorotoluene in duplex dna as analyzed by x-ray crystallography
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Pairing geometry of the hydrophobic thymine analogue 2,4-difluorotoluene in duplex DNA as analyzed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 38
structure length 132
sequence length 132
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3i8dA00
3KLFA 3QNOA 3SQ1A 1SUQA 1WAFA 1KCFA 1C6VA 1JKHA 1B9DA 3ZSXA 3QEIA 5HROA 1RBTA 4FJJA 1TL1A 3MEEA 1BI4B 3IS9A 4CHYA 3OYGA 3NF8A 3L2UA 3ZSWA 5T7BA 3AVNA 3LWLA 1U47A 1T05A 4HCCA 4FJLA 4BACA 4E19A 4M3TA 2VG5A 3SNNA 1G15A 3NHGA 4DFPA 1UA0A 4FJGA 4MQ3A 4NCAA 3NE6A 3TI0A 2YV0X 4Q5VA 2YNGA 3DLEA 4CFAA 4B9SA 3PX4A 2ATQA 4M3RA 1A5VA 2HHTA 4CIFA 1X9SA 3OYCA 4ID5A 1NK8A 4JRPA 2D5RA 1N6QA 2OZMA 4BE1A 4IFVA 3RR7A 5HRRA 3NGZA 2VWJA 3ZSZA 4FLUA 1TKDA 3QEXA 3OJUA 1CZ9A 1FK9A 1CXQA 4DSFA 1NKCA 1X1PA 3TWHA 4CHQA 2AJQA 1ASVA 3AVAA 3S3NA 2E6LA 3C6TA 3K5OA 2ZE2A 1DTTA 3KK1A 4XIUA 5C25A 1T8EA 4F2SA 1JXEA 2E4LA 1JLFA 3AVIA 3MEDA 1TGOA 3S3OA 4NYFA 4KI6A 2HVHA 3OJSA 4Y1DA 2D0AA 4BWMA 2HMIA 4N76A 4Z4GA 4KRFA 1U45A 4WE1A 4QCLA 3KD5E 4RW4A 4E3SA 3DI6A 1F21A 1FXXA 2IOCA 5KRSA 3V9XA 2B5JA 4ZTJA 3PO4A 3VQ5A 4AHRA 1RBRA 1TKZA 4IG0A 3M8PA 1XHZA 1XC9A 1TK0A 4CF9A 4FM1A 3QESA 4M3YA 3SZ2A 1BIZA 3KTQA 4HUEA 3MXIA 4CJVA 4B9TA 3S9HA 2OPPA 2A1SA 4CEAA 4DLGA 4KHNA 1ITGA 4CIGA 2ITGA 4FCYA 3PX6A 4KHQA 4OKKA 4CEQA 1VSIA 2YHBA 3OYLA 2KFZA 2KZZA 3TAFA 2OA8A 2ZD1A 2RKIA 3HSTB 3VQ4A 4W5OA 1S6PA 2YNHA 4FM0A 4GVMA 4ICLA 4DTSA 4CJTA 4DQPA 4FJMA 1TKTA 3VA3A 3RMBA 5HLFA 3DRPA 1BCMA 5CZ1A 3NCIA 2DFEA 5HBMA 3LAMA 4DTMA 1NJXA 1T03A 2IAJA 3WNFA 4Z4CA 3ULDA 4E7JA 3F73A 4J2DA 3ZT2A 3L2WA 2FBYA 1JLAA 1NJZA 4KHSA 4KI4A 3ZSVA 2G8IA 3JYTA 3NH2A 3PY8A 2Z1HA 4UQGA 2RF2A 1NK4A 2RPIA 4PY5A 2WONA 2O4GA 1FKOA 1KVAA 3AVGA 3OYMA 4HTUA 4BDZA 4FLTA 1TK5A 2HHXA 3VQEA 2IS3A 3DRRA 4DTPA 4CJKA 3BDPA 2Q3SA 5DMRA 4R5PA 2W42A 1KFSA 3ZT4A 5DK5A 1TK8A 4I9QA 1HNVA 4FK4A 4CEZA 2XY7A 3DMJA 3KIOA 1X9MA 4FZXC 3HP6A 1TVRA 1Y97A 4OJRA 1SKWA 3HK2A 4AHUA 3QIOA 4FLWA 3TAPA 1VSFA 4FXDA 3LALA 2PY5A 1WSHA 1RNHA 2X78A 2XY8A 1LWFA 3WNEA 4AHSA 1WSIA 3TAQA 3LANA 3OYDA 4JS5A 4B3OA 4DQRA 1XWLA 1NK5A 3O4QA 4H4OA 5J2NA 3CM6A 2G8FA 1Q9YA 5CYMA 2P5GA 4NCGA 4CEDA 4ZHRA 3AA5X 3QERA 1A5WA 1QSSA 4HVJA 4FLVA 1VRUA 3HVRA 1GOBA 1J5OA 1VSDA 1B92A 3AO5A 3HPOA 1LV5A 1ASUA 4CK3A 4B9VA 1RT7A 3SYZA 4CK1A 5KI6A 4K8XA 2R7YA 1WLJA 3HXMA 2Y1JA 3ZT3A 2PYJA 1WN7A 4DQQA 4BDPA 1Z26A 1CZBA 3AO3A 2Z1GA 1U4BA 2GV9A 3ZSRA 4DF4A 2HNDA 4DWIA 4CJQA 4J2BA 3M8RA 3KK2A 1Q8IA 5D3GA 4C8MA 3OS1A 4RW7A 4EP5A 4C8LA 1VSKA 1BGXT 3K5LA 3RTVA 4CHOA 1L5UA 3I8DA 4KTQA 4ZTFA 2XRIA 4DLEA 1SKRA 1YTUA 2DTUA 3H08A 3CG7A 4B9UA 2BE2A 4LY7A 1S1XA 4FK2A 5EU7A 4JRQA 1BQMA 1WSJA 1VSLA 3QLHA 1S6QA 3TAMA 2QKKA 3NDKA 3U6FA 1RILA 1SL1A 3LZJA 4KV8A 3AO4A 3SPYA 2XY5A 1TKXA 4HUFA 2HHSA 1QSLA 3ZT0A 4BDYA 4K8ZA 3MEGA 3LAKA 4EP4A 4DFMA 3VQBA 1D8YA 1RTDA 4M3UA 2OYQA 1HQUA 3DYAA 1BQNA 4FZZA 4Z4EA 1RBSA 4QOZB 3TARA 3D45A 3CQ8A 1IH7A 3AVLA 4I7FA 1RTJA 3MXJA 4NYNA 4CJFA 4G1QA 4KHWA 4KTZA 2HB5A 3P83D 4CGIA 2XO7A 4KPYA 4PQUA 4KB1A 4CFDA 1KLNA 1U49A 4PWDA 1VSMA 1C0UA 3IG1A 4HUGA 4H8KA 4W5RA 2F8SA 4DTNA 1GOCA 4JLHA 3SI6A 4Z4IA 3O3GA 3G10A 4CESA 4CHPA 3OS0A 4F3TA 4FJXA 1HYZA 3TANA 3PX0A 3DOLA 1Z25A 3ISNC 4O44A 3V1OA 4M45A 4DTRA 3RRHA 5J2QA 2GBZA 4PA1A 4CEBA 3KJVA 4CJRA 3K5NA 3V81A 2XY6A 4BE0A 2HHVA 4IDKA 3TAGA 4IKFA 4BWJA 4O55A 3SUQA 2BDPA 4DTUA 1SV5A 1UOCA 1JLBA 2P51A 3AVKA 1R0AA 1IKWA 3AV9A 1IG9A 1EP4A 2IC3A 4N56A 4DSJA 4DSIA 3AVCA 4IFYA 4CECA 4H4MA 3QEWA 1RBUA 3HPHA 2I5JA 1JL2A 4W5NA 3A2FA 1S1TA 3DOKA 3TAEA 3UIQA 4MFBA 1YT3A 3QEVA 1JLCA 3SQ0A 3NF9A 4CIEA 1MU2A 2JLEA 4RW9A 3KK3A 1LWCA 3KLGA 3AO2A 4AHTA 1JLEA 1NKBA 3ZCMA 4OPJA 3K57A 2OPQA 2DFHA 1ZBUA 3PO5A 1HNIA 1LAWA 3L3VA 3NF7A 1SL0A 1NOYA 3OYEA 4CERA 2KW4A 3SUOA 4F8RA 4F3OA 1KTQA 3LDSA 4M3XA 3V1QA 3PUFA 3OYBA 3EZ5A 4FZYA 3V1RA 4AHCA 1NJWA 2HNYA 3I0SA 3P5JA 4O4GA 2G8HA 1DLOA 1B9FA 4FYDA 3V9SA 4I9LA 1I3AA 4IG3A 4Q0BA 4OLAA 3SJJA 4HCBA 4DS4A 3MXMA 4CF0A 4O0JA 4ELVA 2NUBA 3ZSQA 3M8SA 3TR8A 3VQQA 5J2MA 4CEEA 3KLHA 3IAYA 3S3MA 4B8CA 2G8WA 4YNQA 1GOAA 2YKMA 3HO1A 1ZBLA 4FJ9A 1IO2A 3V9UA 2EX3A 4CGDA 3RMDA 2O4IA 1JL1A 4GMJB 4OGEA 1QQCA 4GW6A 3KLIA 2HVIA 2KZMA 1S1VA 1DTQA 1RDBA 4LSLA 3AA2A 1X9WA 4ELTA 4AH9A 3CYMA 1XI1A 4N5SA 4O0IA 3ASMA 4OPKA 1NK6A 4ID1A 5J1EA 4B9LA 4FJ5A 3OYKA 4J2EA 3OYNA 5I3UA 1RT2A 1EXQA 4DS5A 3LP2A 3AVBA 4OVLA 3WNGA 1RDAA 1TAQA 4CHNA 2P1JA 1Q9XA 1W9HA 1J9AA 3LWMA 1NKEA 1HJRA 1HPZA 3QETA 4J2AA 4M3ZA 3VQPA 4E0DA 1LWEA 5HP1A 1TL3A 3K2PA 4FLYA 1WSEA 3LP1A 3IRXA 3CFRA 4CJWA 1J53A 1CLQA 4CHZA 1C1BA 2HHQA 3HP9A 3O4NA 3KD1E 4OLBA 1LAVA 3AVMA 4Z4HA 4LH4A 1RDCA 1EX4A 3THVA 1NOZA 2F96A 3LPUA 2QXFA 5KRTA 3BGRA 3U3YA 1UA1A 3VQ7A 3C6UA 3OYIA 4RW6A 3EY1A 4EZ9A 3AVFA 2YNIA 1KRPA 3V9ZA 4E7KA 3DLHA 3I0RA 5FDLA 2PZSA 3DLGA 4OKEA 4CF1A 3OY9A 1QTMA 3SCXA 1O1WA 2LSNA 5HRNA 3KLEA 2G8UA 4CJ5A 2VWKA 3DRSA 1JLQA 3T3FA 3RMCA 4N41A 3SV4A 2KTQA 5JS2A 1BISA 3VA0A 3DM2A 5K14A 3NH0A 3KKSA 4KAZA 1ZBIA 1ZBHA 1S1UA 1HMVA 3HPGA 4JS4A 4M3WA 4YFUA 1VSJA 3RRGA 3JSMA 4CK2A 1RTHA 2IDOA 1L3UA 4FJNA 1KFDA 3OYFA 1NK7A 2BGGA 4E89A 4CF2A 3QO9A 3LP0A 4KO0A 5FROA 2X6NA 2EHGA 1C1AA 1YVUA 4OGCA 3RMAA 5C42A 4LD0A 4PUOA 4FW1A 4FJ7A 3SUPA 4FM2A 5HRPA 3HJFA 3L2RA 4CGGA 4DQIA 1HYVA 3NF6A 4C8KA 5C24A 5KGXA 4M41A 2XHBA 1SL2A 1HQEA 2VG6A 4DSEA 5HRSA 1WAJA 4CJ4A 1ZBFA 3NBPA 2WOMA 4CJPA 3RR8A 3VQ9A 3CM5A 4LSNA 4TSXA 1L3SA 3ALYA 4I2PA 2P5OA 1BHLA 2F8TA 3T1AA 4F4KA 5E41A 1ZYQA 2QKBA 2DY4A 4CE9A 4M42A 1UAXA 4KKOA 3OYAA 3AA3A 3L8BA 1S1WA 2HHWA 3QINA 2VG7A 4AILC 2E6MA 1L3VA 1JXBA 4L8RB 3AO1A 3VQAA 1U48A 4KREA 4OKJA 1KVCA 3B6OA 1BCOA 3VQ8A 4AHVA 4CGJA 3SQ4A 4CEOA 1S9EA 1RCHA 2HW3A 1A5XA 3T19A 3O3FA 5CZ2A 3O3HA 3MECA 4ELUA 4FLXA 4CEFA 1RT5A 3DLKA 3V4IA 3LP3A 3QEPA 5SZTA 3AVHA 2OPRA 4B08A 4C8OA 1BL3A 3SQ2A 4FJKA 4Z4FA 4FK0A 4CGFA 1LW0A 2RN2A 4DFKA 2FBXA 1RT6A 3NAEA 3AVJA 1QS4A 1IKYA 1VSHA 3L2VA 1WSGA 1D9FA 4F2RA 2X74A 3VQDA 1HYSA 4CCHA 2KFNA 3ZSOA 3CFOA 2G8KA 1C1CA 2ZQBA 3OS2A 3L3UA 1U04A 3AA4A 3D0PA 1S5JA 1YTAA 1LW2A 4DFJA 4FJIA 5SWMA 2YNFA 4DSLA 3NFAA 2KQ2A 2Z1JA 1S9GA 4DQSA 3SV3A 1UWBA 2Z1IA 1IKVA 4KB0A 1SKSA 1VRTA 3HT3A 3V6DA 3DLBA 3B6PA 4RW8A 4RG8A 4E7HA 4C8NA 4CJEA 1QE1A 4FLZA 1C0TA 2JGUA 1ASWA 2FBVA 3K58A 4N47A 4HHTA 3TABA 3SPZA 4FJ8A 4DTXA 2FC0A 3EYZA 4QAGA 2A1RA 4DG1A 3V9WA 2X6SA 3K5MA 4E1MA 2IGIA 4DU4A 2YKNA 3VQ6A 4BE2A 1D5AA 2GUIA 4LH5A 4NCBA 4FJHA 1QSYA 1WNSA 4B8AB 4W5QA 4W5TA 3RWUA 4FVMA 3QIPA 4KHYA 3CFPA 1EKEA 3MAQA 2G8VA 5I42A 3F9KA 4IBNA 5KGWA 1NK0A 5KTQA 3LZIA 1VSEA 2OPSA 1RBVA 1W0HA 1EETA 1HRHA 4CJLA 4KHUA 1RT3A 3P1GA 4DU3A 1NK9A 3M8QA 5CYQA 3ZSYA 1TAUA 4KTWA 3HVTA 1I39A 5CY4A 2B4JA 4KFBA 4CF8A 2FBTA 4FW2A 2HHUA 3E01A 1BIUA 1IKXA 1J54A 1WSFA 3WNHA 3HL8A 3FFIA 3C94A 4B9NA 4I2QA 4CFBA 4Y1CA 2B6AA 1VK0A 3QNNA 3G0ZA 3HYFA 5J2PA 1RT1A 3U3GA 3SUNA 2HNZA 1QHTA 4CGHA 3OYHA 4Z0UA 2YHAA 1T7PA 5JS1A 1D9DA 1BI4A 1C0MA 3ZT1A 3NH1A 2DFFA 1K6YA 3DLRA 4E7IA 4DF8A 3OYJA 3ITHA 3VN5A 3K59A 4B9MA 3C95A 1NJYA 2D0CA 2OZSA 1N5YA 1XHXA 4DTJA 3KKRA 1RTIA 2BANA 4E1NA 1FKPA 4DTOA 5FRMA 4EZ6A 2QK9A 4E7LA 4O5BA 4CJUA 1REVA 3HM9A 1RT4A 1TV6A 2D0BA 3NGYA 1KVBA 4CJSA 3L2QA 3PV8A 1KSPA 1L3TA 2Y1IA 1CXUA 3NGIA 2PYLA 3OVNA 3VQCA 4DSKA 1RDDA 1KLMA 1JLGA 5FRNA 4CJ3A 4DU1A 4DMNA 4CFCA 2ETJA 3LPTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QNOA 3P39A 5HROA 1RBTA 4H5RA 4AF1A 3MEEA 3NF8A 3L2UA 3ZSWA 3LWLA 4E19A 3GDQA 2VG5A 4FWLA 1KC8O 3BY5A 4ILGB 5AQZA 1QZ5A 3NE6A 3TI0A 2YV0X 4Q5VA 1GLCG 3W0LA 2WBNA 4PKGA 5ADXA 4B9SA 4M3RA 3E9LA 1X9SA 3E1YA 4CJ7A 4BG8A 5AQJA 3RR7A 3NGZA 1VAZA 3MX5A 2WC9A 3CCRN 1NKCA 3VEYA 3S3NA 4DV6K 1WB9A 2E6LA 1DTTA 2WFBA 2V52B 5C25A 4EFHA 1JXEA 2E4LA 2PBDA 3OJSA 1XNRK 4B9QA 4DQ8A 1SQKA 3D2EB 4WE1A 4RW4A 3PO4A 1FXXA 5LMNK 1RBRA 1TK0A 3HSCA 4CF9A 1QQNA 3SZ2A 1BIZA 5M1PA 3KTQA 3F9MA 4CJVA 5BPNA 2OPPA 1X3MA 3CF5L 2DPNA 4FO0A 5JVGL 4H0VB 3QICA 4OKKA 1VSIA 2YHBA 2ZD1A 3VQ4A 3UE5A 3NVMA 4CJTA 4DQPA 1JCEA 3DRPA 1BCMA 1ZXOA 3NCIA 2DFEA 3J8AA 1NJXA 3WNFA 4Z4CA 1KQSM 3F73A 3ZT2A 1JLAA 1YVNA 4CD3A 4JI0K 2RPIA 5KQDA 4LF5K 3AVGA 2VQEK 1SAZA 4FLTA 2WTUA 2Q3SA 3L4IA 5DMRA 1KFSA 5DK5A 1QVGM 1FJGK 4CEZA 4FZXC 2ZWHA 4OJRA 4OO1J 4WYBA 4PL8A 4FLWA 5AQYA 2ASMA 3VEZA 4YHHK 4DQRA 4QS8A 3GOIA 3O4QA 4H4OA 3THXA 3G4SN 5LL6Z 2P5GA 2NRWA 3ID8A 4NCGA 4CEDA 3N4PA 3VEOA 2CGJA 3HVRA 1GOBA 2IVPA 1J5OA 1Z6RA 5EX5A 1RT7A 4CK1A 3CJBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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