3I8DA

The pairing geometry of the hydrophobic thymine analog 2,4-difluorotoluene in duplex dna as analyzed by x-ray crystallography
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
b'EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Pairing geometry of the hydrophobic thymine analogue 2,4-difluorotoluene in duplex DNA as analyzed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 38
structure length 132
sequence length 132
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3i8dA00
4CJWA 3VQ9A 2RN2A 5EU7A 3L2RA 1BQMA 4B9LA 2HHUA 1IO2A 3QEVA 1NJYA 4DSEA 1NK9A 5C42A 3NHGA 4FJNA 3AVCA 1XHXA 4O55A 2G8KA 1TKZA 1UAXA 4GVMA 5CYQA 5KTQA 1KRPA 3OJUA 2G8UA 2A1SA 3KLIA 4DLEA 3AO2A 1HQEA 3K59A 5FRNA 4KB1A 3NFAA 1Y97A 2E6MA 3AVNA 5CY4A 4CEOA 3OS2A 1NK5A 3HPGA 3QESA 4HTUA 1RDCA 4Z4FA 5FRMA 3K58A 4W5TA 1R0AA 3AO1A 3QETA 1LWFA 3NH1A 3EYZA 3PX4A 1N5YA 3NF7A 2JLEA 4CFDA 3ITHA 4OVLA 4HHTA 4EZ6A 3DM2A 1D5AA 1WN7A 3L3VA 4KB0A 3AO5A 3AVJA 3M8QA 3CM5A 2XO7A 2O4IA 1U47A 3ZSVA 3OYLA 4KAZA 1UWBA 3LWLA 4DSKA 1S6QA 5HRRA 3QNNA 3MEDA 1W0HA 3M8PA 3QEIA 3U3YA 1ZYQA 3HXMA 2RF2A 3DYAA 3K5LA 4FZZA 4M3WA 3V9WA 3DLEA 2FBYA 2Z1JA 4IKFA 2PYJA 1BHLA 1TKDA 4E1NA 1BIUA 3KKRA 3F9KA 4HCCA 1QSLA 4Z4GA 4DQPA 4CJEA 3V1OA 1Q9YA 1RBVA 4L8RB 3MXIA 4FW1A 4Z0UA 4E3SA 3MAQA 3SUQA 4CGFA 3OYCA 3SQ4A 1HNVA 3QO9A 4IG3A 3S3MA 1XI1A 2DFEA 1NJZA 1UA0A 1LW2A 2I5JA 3C95A 4TSXA 4CHQA 4DFMA 4KREA 1IKWA 3HM9A 3RWUA 3BDPA 4KHNA 1WSEA 3SPYA 3T1AA 4O44A 1S6PA 4OKKA 2HNZA 4CK1A 1TK0A 1VSLA 3AA5X 3QIOA 4LD0A 1SKSA 3RR8A 3S3OA 2RKIA 3QERA 4K8XA 3DLGA 5J2MA 2FC0A 3VQ5A 1TK8A 1VSJA 3O4QA 3P83D 1B9FA 4B08A 1XC9A 1SL0A 4FYDA 1RT3A 1ITGA 1X1PA 1C0TA 1JXEA 4C8MA 2W42A 3AO3A 1WLJA 4E7HA 3O3HA 3ZSWA 3LP1A 2XY7A 4PY5A 1JXBA 1RT1A 3QEPA 3CFOA 4E7IA 2F8SA 3VQ7A 3T19A 4O0JA 2XY8A 2BGGA 1VRTA 4CEZA 4Z4HA 3OYGA 3LP0A 3F73A 1CLQA 4DTSA 4M3UA 2P5GA 3AA4A 4FXDA 3NCIA 4ZTJA 5DMRA 3RTVA 4FM2A 4F3TA 4DU1A 3OYFA 4DQQA 3CQ8A 4DTXA 3TAMA 4CE9A 4E89A 1QSYA 1QTMA 3K5NA 4M3YA 4QOZB 5JS1A 3WNFA 1FKPA 3OYJA 4KHUA 1S9EA 1VSDA 3KD1E 1I3AA 4M45A 1QQCA 3TWHA 3K2PA 1WAFA 3ZT3A 3M8RA 3SUPA 4F4KA 4FJ9A 1X9SA 1VRUA 4CHPA 3CYMA 4BACA 1NKBA 4B9MA 3DI6A 2Z1GA 1VSHA 1J54A 1TKXA 4CF8A 3SJJA 2PYLA 1FKOA 4E19A 1RT7A 4E7LA 4ELVA 4PWDA 2OPSA 2P51A 4FM0A 4DTMA 4I9QA 2ETJA 1RBRA 3NDKA 4JLHA 4I2QA 2YV0X 3AVLA 1N6QA 5C24A 4ICLA 3HL8A 1Q9XA 2HNDA 4PQUA 1TV6A 4DG1A 3ZT2A 2KZZA 4F8RA 1RBTA 3L2UA 4DFPA 1KFSA 2XY6A 4NCBA 4AHTA 1IKVA 2Q3SA 2D0BA 4KHYA 4CHYA 4WE1A 4W5RA 4KPYA 2VG5A 4GW6A 1A5WA 4Y1DA 1U4BA 4CEAA 2G8HA 4FJ8A 3KD5E 2G8VA 1VSKA 4KHWA 1S1TA 4JRQA 5T7BA 5I42A 1L3VA 4OGCA 1WNSA 5CYMA 4CJQA 3QEXA 4KI6A 1CZ9A 4M42A 3LALA 4LH4A 3AVIA 4FLZA 4FJ5A 1GOCA 3P1GA 5JS2A 4CJUA 2D5RA 3OYEA 1X9WA 1RTDA 1FK9A 1JLAA 3OVNA 4CF1A 4B9VA 3RMDA 1HQUA 3M8SA 1WSFA 1I39A 1VK0A 2F96A 3OYDA 3TI0A 4Z4CA 4CFBA 3SCXA 3MEGA 4DLGA 1KVCA 3SUNA 4H4MA 4NCGA 5KGWA 1LW0A 3PX0A 3TABA 1T7PA 1JL2A 1HJRA 4CJVA 3MXMA 3LAKA 2D0AA 3OS1A 1GOAA 5K14A 4J2DA 3L2WA 1QSSA 2ZQBA 1RDBA 1SV5A 4CJKA 3SYZA 3SI6A 1D9DA 4N47A 4OKJA 3V9ZA 5J2QA 4FLWA 4MQ3A 4DSFA 1NJWA 1WSJA 3NGYA 3H08A 4OJRA 4J2AA 2P1JA 4CGDA 2DFFA 1RT5A 4FK4A 2KQ2A 2X74A 5DK5A 4QAGA 3VQ6A 4B3OA 3DLRA 1W9HA 4R5PA 2HHVA 3TAPA 1KVBA 2OPQA 4FLYA 5J1EA 1RT4A 3EZ5A 1HYSA 4CESA 2KFZA 1J5OA 5C25A 3THVA 2BDPA 4KTQA 2B4JA 3EY1A 2YNIA 5HRSA 4BE0A 4E1MA 4B9UA 4QCLA 4EP4A 3HO1A 4DTUA 3HPOA 2HHTA 3TANA 2G8FA 3K57A 1BI4A 2YKMA 2ZE2A 3AVHA 3ZCMA 1U45A 2HHXA 3BGRA 4NCAA 3L2QA 3V1RA 3TARA 2XHBA 4M3XA 1MU2A 2QK9A 4KRFA 3RMAA 3RR7A 4AH9A 1JL1A 4RW9A 3KK3A 1RDDA 2Y1IA 1BIZA 4RW8A 4K8ZA 4JRPA 3CG7A 4CJLA 4OPJA 4DF4A 2HHSA 1B92A 1RTIA 2HHQA 1JLEA 1VSEA 1YT3A 1J9AA 2OZMA 3VN5A 1S1XA 1A5VA 2YHBA 4LH5A 3VQAA 5I3UA 3OY9A 2IC3A 5SZTA 2PZSA 4B9NA 4J2EA 4M41A 2HW3A 2GV9A 1ZBIA 4RW6A 1S1UA 4DTNA 4CJTA 3VQBA 3KLGA 3ULDA 3S9HA 2BANA 2IGIA 3DOLA 3C94A 2Z1IA 3KK2A 1NK0A 5D3GA 3LP2A 1T03A 3D45A 1KLMA 2QXFA 4DMNA 4BWMA 3C6UA 2KW4A 4CEBA 4BDZA 2IDOA 3I0SA 2EX3A 3ZSRA 3OS0A 3OYIA 3QLHA 3O3GA 4O5BA 1NK4A 4FJ7A 1HRHA 2HVIA 3HVRA 3HT3A 3S3NA 2OYQA 1HPZA 3SV3A 1BCOA 3KIOA 4KKOA 4BDPA 4I2PA 4LSNA 4KHSA 4CF2A 2KTQA 3D0PA 2OA8A 1UA1A 1LWEA 1RT6A 5J2PA 3VQEA 1D8YA 1C1CA 3LPUA 5CZ1A 4EP5A 1L3UA 1DTTA 1GOBA 2VG6A 4PUOA 1L3TA 3HVTA 2ITGA 1HMVA 3MECA 4FZXC 2YHAA 1RTHA 4N41A 4CIGA 3PO4A 3B6PA 4IDKA 1HYZA 4AILC 3B6OA 3VQPA 3DRRA 4CJ3A 3V4IA 4N76A 2YNFA 3ZT4A 4C8NA 3TAEA 3CFPA 2OZSA 5KRTA 4CEQA 5HRPA 3OYKA 1YVUA 1BL3A 1U49A 4HCBA 3AA2A 1SL2A 3NH2A 3SQ2A 1BGXT 3V6DA 4CCHA 4B8CA 3VQ8A 4ELTA 1RBSA 2BE2A 1XHZA 1NK8A 1FXXA 1O1WA 3OYAA 4M3ZA 3DLBA 1KCFA 3VQ4A 2GBZA 3L3UA 3L8BA 3KKSA 2XY5A 3NBPA 4F3OA 4DTRA 1WSIA 4W5OA 1BQNA 3PUFA 4H8KA 4W5NA 1F21A 1Z25A 3HP6A 4OPKA 3IAYA 3LPTA 3LDSA 5HP1A 4B9TA 4FJMA 4FW2A 4CIFA 1KVAA 1NKCA 2IAJA 4DS5A 4ID1A 1LV5A 3ZSZA 2A1RA 1VSFA 1SL1A 1TK5A 2KFNA 3HP9A 4FJIA 4J2BA 4IFYA 1DLOA 4CF0A 1S1WA 2X6SA 1JLFA 1BCMA 2PY5A 2F8TA 4BE2A 1RDAA 3SQ1A 3ZSQA 3TAQA 4FM1A 3IRXA 4GMJB 3LZJA 5HRNA 4DTJA 3CFRA 1NOZA 4N56A 4N5SA 4B8AB 4FK2A 2Z1HA 1C0MA 4CJPA 4ID5A 3PO5A 4RG8A 1QHTA 5FDLA 3NGZA 1CXQA 1IKYA 1EXQA 4CK3A 3SPZA 2FBXA 2RPIA 1T05A 3HSTB 3NF6A 1VSIA 2HB5A 3HPHA 3IG1A 4BWJA 1WSGA 1G15A 4I7FA 4O4GA 4CIEA 3KLHA 1TL3A 4CJRA 3UIQA 5E41A 4MFBA 3V9UA 2DY4A 1J53A 3KLFA 1LWCA 1D9FA 4F2RA 1ASVA 4KTWA 4Q5VA 1LAVA 2HMIA 4C8OA 1B9DA 2GUIA 3FFIA 3ASMA 5FROA 3VQQA 4AHRA 4DFJA 4Y1CA 3ZSYA 2JGUA 1XWLA 1YTAA 4CF9A 1X9MA 1C1BA 1IKXA 3LANA 4CJFA 4M3TA 1SUQA 3TR8A 4KHQA 1BI4B 3O3FA 1NKEA 1QS4A 1ZBFA 4I9LA 4OKEA 5CZ2A 2P5OA 4G1QA 4FJHA 1RBUA 2HVHA 3NF9A 3NE6A 4CJSA 5HROA 3VA0A 2WOMA 4AHCA 1EX4A 3AVGA 4CEFA 4CFAA 1U04A 3I0RA 4KTZA 1C0UA 4DTOA 3I8DA 2X78A 2D0CA 3PY8A 1TVRA 2KZMA 3E01A 3A2FA 4CHZA 1QE1A 3VA3A 1WAJA 3NF8A 3SZ2A 2O4GA 3DOKA 5HBMA 4OLAA 4JS5A 3VQCA 1RILA 3NH0A 2Y1JA 2ZD1A 4E7KA 4C8LA 5HLFA 1TGOA 2VWJA 4H4OA 4E7JA 3AVBA 2HNYA 4AHUA 4HUEA 4NYFA 4JS4A 1C6VA 3V81A 2XRIA 3AO4A 4FJJA 4IFVA 4DQSA 3WNEA 3DRPA 3V9XA 1SKWA 4Z4EA 1HYVA 3AV9A 3T3FA 3MEEA 1SKRA 1ASUA 5KI6A 3JYTA 3ZT0A 1DTQA 1JLCA 4KFBA 1L5UA 1KLNA 4FK0A 3TAGA 4CHOA 4B9SA 1Q8IA 1EKEA 3OYMA 1K6YA 1NK7A 4CEDA 2NUBA 2ATQA 5J2NA 3RMBA 3WNHA 1ZBLA 1TL1A 4UQGA 3PV8A 1RTJA 3O4NA 4HVJA 4DQRA 3TAFA 4OGEA 3U3GA 4CGIA 4BE1A 4OLBA 1IG9A 4ELUA 3KTQA 4KI4A 1JLQA 2QKKA 4DQIA 2WONA 3U6FA 4CGGA 2FBTA 3AVFA 4XIUA 2HHWA 4CFCA 3OYBA 3JSMA 4FLVA 3IS9A 4O0IA 4CJ5A 3NGIA 4E0DA 3AA3A 2DTUA 1IH7A 1REVA 4ZHRA 4YFUA 4CK2A 4FLTA 4ZTFA 1LAWA 1L3SA 4RW7A 2E4LA 3ISNC 4YNQA 3OJSA 3ZSOA 1BISA 3NAEA 4HUGA 4DU3A 1VSMA 3AVAA 4CECA 4FJGA 1HNIA 4FLXA 4PA1A 1EETA 3C6TA 3RRGA 1RT2A 3HYFA 1Z26A 3ZSXA 5SWMA 4FJKA 2R7YA 1A5XA 1YTUA 3WNGA 4KO0A 4LSLA 1KSPA 4HUFA 1T8EA 1C1AA 1CXUA 1NK6A 3ZT1A 1ASWA 3SNNA 4FCYA 4C8KA 3AVKA 3P5JA 4W5QA 2B5JA 4RW4A 2X6NA 4AHSA 3LWMA 1EP4A 1S9GA 4CGJA 4Z4IA 3OYHA 4FVMA 4DFKA 3SQ0A 2LSNA 2QKBA 2G8WA 3HK2A 2IS3A 2VWKA 4LY7A 2VG7A 2FBVA 4FZYA 4FLUA 4EZ9A 1WSHA 1ZBUA 4DS4A 4DF8A 3SV4A 3DLHA 3PX6A 4DSJA 1ZBHA 4M3RA 3RMCA 3SUOA 2YNHA 1KFDA 1TAQA 4DTPA 2YNGA 1JLGA 3RRHA 3QNOA 1NJXA 4CGHA 1S1VA 2E6LA 4BDYA 4CEEA 3QEWA 1RNHA 3LAMA 5KRSA 1JKHA 3KK1A 3HJFA 4CERA 5KGXA 3V9SA 3DLKA 4IBNA 4NYNA 4DWIA 1S5JA 1KTQA 4CJ4A 3AVMA 3KJVA 1NOYA 3G10A 4KV8A 1UOCA 3VQDA 1TAUA 4AHVA 2B6AA 3CM6A 2IOCA 1JLBA 4CHNA 3ALYA 3OYNA 3L2VA 3LP3A 2AJQA 1CZBA 3DRSA 3V1QA 3K5MA 3K5OA 3KLEA 3MXJA 4FJXA 3QINA 3G0ZA 4DSLA 2DFHA 4DU4A 1TKTA 2OPPA 1U48A 3QIPA 4DSIA 2YKNA 4IG0A 2OPRA 3LZIA 4F2SA 4FJLA 1RCHA 3DMJA 2EHGA 4Q0BA 2G8IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L3QA 3QEVA 2YJFA 5C42A 4O55A 5TKWA 3OJUA 1HKBA 2W6KA 1Y97A 5CY4A 3AVNA 3OS2A 4CEOA 1NK5A 3QESA 3H3NO 3D2EA 1HPMA 1YHQN 3SBGA 4HHTA 4CFDA 1WN7A 4F9OA 2VWBA 4KB0A 3A0IX 5E26A 3I8BA 4DR7K 4U7BA 3OYLA 1VQNN 4M7YA 4GKJK 4RWTA 3QNNA 1W0HA 1TYQA 1ZYQA 3HXMA 4M3WA 2FBYA 3VOVA 1BHLA 2NRHA 4E1NA 3F9KA 4CW7B 3CCVN 2IIRA 4CJEA 4DQPA 4CZGA 1RBVA 4FW1A 3KWIA 3TTFA 3QO9A 2VQFK 1XI1A 4XH5A 4KREA 4I6MA 1IKWA 3HM9A 4BQZA 1TK0A 3WXMB 1SKSA 2FSNA 3S3OA 3EO3A 4K8XA 1U2VB 3ATVA 4FWSA 4E7HA 2P9SB 1JXEA 2W42A 2ASMA 3QEPA 3VQ7A 2W40A 4O0JA 3T19A 2BGGA 3OBWA 4BR0A 4EIAA 4Z4HA 3QFPA 2PBDA 1OKJA 2P5GA 4FXDA 2Q97A 2FLOA 4YOWA 3F5TA 4DTXA 4E89A 1GLBG 4M3YA 3MDQA 2O8EB 5ADXH 4F4KA 3N4PA 3CJCA 4BACA 1NKBA 1U6ZA 3O8MA 1BDGA 2P51A 4FM0A 4I9QA 1RBRA 1XC3A 2RHKA 4DR4K 4I2QA 4BG9A 5C24A 3ENOA 4JKDA 4GY2B 1NGBA 5GAHP 3R8EA 4DV0K 1RBTA 1QZ6A 3T69A 4NCBA 4WE1A 4W5RA 4DKWA 1YJ9N 1U4BA 1JCGA 5GINA 3AGKA 1V4SA 3FR0A 3A5NC 4KI6A 3LALA 4C1NI 4FJ5A 3OYEA 4BVPA 1X9WA 3KZBA 4CF1A 1W97L 4B9VA 2Q36A 3RMDA 3CQXA 4RTFD 4DR5K 1VK0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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