The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
KELVLALYDYQEKGDSEVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The effect of a proline residue on the rate of growth and the space group of alpha-spectrin SH3-domain crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule keywords |
Spectrin alpha chain
|
| total genus |
14
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-07-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DF6 A; 1VA7 A; 1NYF A; 1KJW A; 2PZ1 A; 4J9D A; 1AWO A; 2HDA A; 1J3T A; 2FPD A; 2GTO A; 3VS0 A; 3RNJ A; 1AEY A; 1G83 A; 1GFC A; 5ECA A; 4E6R A; 4GLM A; 2VKN A; 2CSQ A; 1MUZ A; 4K11 A; 1W70 A; 2DRM A; 4JJD A; 2FO0 A; 2X3X D; 3VS3 A; 1WA7 A; 2DBK A; 2KRM A; 2KT1 A; 1WDX A; 4OMP A; 4A63 B; 2P4R A; 1YP5 A; 4AFS C; 2EW3 A; 4F17 A; 1YN8 A; 1JXM A; 2AK5 A; 1VYV A; 1ARK A; 4LUD A; 2L3P A; 2GQI A; 2KYB A; 4AG1 C; 2GNC A; 3I5S A; 2L0A A; 3H0H A; 4J9H A; 2J06 A; 2YUN A; 1B3Q A; 2K6D A; 1M8M A; 1CSK A; 2G6F X; 1RUW A; 2KRN A; 4OMQ A; 2ED0 A; 3UAT A; 1SRM A; 2RN8 A; 4HVU A; 4JZ4 A; 1IO6 A; 1NLP C; 2LQN A; 3M0S A; 1NYG A; 1UE9 A; 3EG2 A; 1PKS A; 4OMO A; 2JT4 A; 2LZ6 B; 3O5Z A; 4KRT A; 1AD5 A; 3NPF A; 3VS2 A; 2RPN A; 1RLQ C; 3EG0 A; 4RTT A; 2DMO A; 1GL5 A; 2ECZ A; 2ROL A; 2CDT A; 1PKT A; 1SEM A; 1S1N A; 4FSS A; 2AZV A; 1UG1 A; 1KSW A; 2LQW A; 1JQQ A; 3R6N A; 1MV0 B; 5I11 A; 2D0N A; 1I0C A; 1U06 A; 2FRW A; 4RTX A; 2KEA A; 5I22 A; 3EGU A; 2J6F A; 2EGA A; 1W1F A; 3NGP A; 2CUD A; 2GBQ A; 2FPF A; 2KRO A; 1NM7 A; 5EC7 A; 3TSW A; 2RQR A; 2KRS A; 1NG2 A; 2YDL A; 2CT3 A; 1QKX A; 3CQT A; 2K9G A; 2AZS A; 4IIO A; 3SHW A; 2D1X A; 1OPL A; 2EQI A; 2L2P A; 4OMM A; 2RQT A; 1AWJ A; 1GCQ A; 2CRE A; 2HCK A; 1ZBJ A; 1Y0M A; 4R0K A; 4X1V A; 4F14 A; 1WYX A; 4RTZ A; 3M0U A; 4J9E A; 4J9I A; 2DRK A; 1M30 A; 1K76 A; 1WLP B; 1AWW A; 1TG0 A; 2A36 A; 3LH5 A; 5HCK A; 3NMZ C; 2DNU A; 4GBQ A; 2B86 A; 1WXU A; 1WFW A; 3RBB B; 2GTJ A; 2J6K A; 2LJ0 A; 1AZE A; 1ZUY A; 1U3O A; 1K4U S; 1SRL A; 5FW9 A; 5IHN A; 4AFZ C; 3EHQ A; 4F16 A; 1B07 A; 2LCS A; 2DA9 A; 3REB B; 2KYM A; 2LNH B; 2ABL A; 1X2K A; 5FWB A; 1X43 A; 2EGE A; 1HD3 A; 1GBR A; 1LCK A; 1ZLM A; 2CH4 A; 2OJ2 A; 2QDL A; 3REA B; 2C0T A; 1E6G A; 4JPB W; 4ORZ A; 1WXB A; 2KXC A; 4CC7 A; 2AKK A; 2E5K A; 2K79 A; 5IH2 A; 3KFV A; 4WCI A; 2D8J A; 2LP5 A; 1MV3 A; 1K0X A; 4Z89 A; 3TVT A; 2K7A A; 3I5R A; 2H8H A; 1BB9 A; 2DX1 A; 4LN2 A; 1NEG A; 1BU1 A; 2BZ8 A; 1ZUU A; 4JZ3 A; 2CH4 W; 2AKL A; 2EPD A; 4AFQ C; 3H0I A; 3VS6 A; 1GCQ C; 1QKW A; 2C0O A; 2JMA A; 1UGV A; 1ZX6 A; 2O2O A; 2DVJ A; 3IQL A; 4HCK A; 1QCF A; 1V1C A; 2NWM A; 1H3H A; 2LMJ A; 1WI7 A; 2F2X A; 1PHT A; 4ESR A; 1X6G A; 1RI9 A; 4AG2 C; 5IHK A; 2SEM A; 2A37 A; 3UF4 A; 2IIM A; 3I9Q A; 1QLY A; 2KBT A; 2RQV A; 2JTE A; 1YWP A; 2M51 A; 2K2M A; 4Z88 A; 5IXB A; 2ED1 A; 2F2V A; 1JXO A; 1Z9Q A; 1T0H A; 4JJB A; 3QWX X; 1OOT A; 1AVZ C; 2DBM A; 5FWC A; 2MCN A; 3UA7 A; 1YNZ A; 1NEB A; 1ABO A; 1K0S A; 2KT8 A; 3VS1 A; 1FYN A; 2EKH A; 4QT7 A; 2DL3 A; 1G2B A; 4D8K A; 3M0R A; 3TSZ A; 1XOV A; 1OPK A; 2SRC A; 1H92 A; 4EIK A; 4CC2 A; 4RTV A; 1E7O A; 2HBW A; 4DEX A; 1SHF A; 2RNA A; 1X2Q A; 4RTW A; 1PRM C; 1FMK A; 1TUD A; 1WXT A; 1NLO C; 2CUB A; 1BBZ A; 2XMF A; 3JV3 A; 1E6H A; 4Z8A A; 1JO8 A; 1GFD A; 2JMC A; 1UJ0 A; 1AOJ A; 1I07 A; 3A98 A; 1GBQ A; 2JW4 A; 2EYY A; 1N5Z A; 2PTK A; 1T3L A; 4HVW A; 3U23 A; 2O88 A; 2DLP A; 3THK A; 4CC4 B; 2O31 A; 1SHG A; 1X69 A; 1KIK A; 3H41 A; 2W0Z A; 1U5S A; 1Z9Z A; 2LJ3 A; 4Y92 A; 3I35 A; 1UJY A; 4J9F A; 2A08 A; 2J05 A; 3M0P A; 2I0N A; 1WX6 A; 3ZL7 C; 3VS7 A; 1UEC A; 2O9V A; 2PNI A; 2EBP A; 1QWF A; 4CC3 A; 1UHF A; 1T3S A; 2RF0 A; 2YUP A; 1JEG A; 2DL7 A; 2LX7 A; 1ABQ A; 1Y57 A; 2YSQ A; 1UHC A; 3EHR A; 1M27 C; 2ROT A; 1HSQ A; 1AWX A; 1K9A A; 1I1J A; 2X3W D; 2EYX A; 4OMN A; 2JXB A; 2BTT A; 3M0T A; 2RQW A; 3ULR B; 4J9G A; 1BK2 A; 2HSP A; 1M3C A; 1YWO A; 2MIO A; 2D8H A; 2DJQ A; 2NUZ A; 1YCS B; 5L23 A; 4ZNX A; 1UTI A; 3VRY A; 1GRI A; 1QWE A; 2A28 A; 4LUE A; 2DL8 A; 1H8K A; 1X6B A; 1CKB A; 3UA6 A; 2JM9 A; 1UUE A; 2FRY A; 4LE9 A; 4DEY A; 2DL4 A; 1OEB A; 2RMO A; 2KGT A; 2JS0 A; 4RTU A; 1VYU A; 2DL5 A; 2YUQ A; 5IXF A; 1SPK A; 1M3B A; 1AZG B; 4LNP A; 4OML A; 1CKA A; 4D8D A; 1VYT A; 2W10 A; 1JU5 C; 1UFF A; 2FPE A; 2FEI A; 2OI3 A; 1ZUK A; 1RLP C; 1W6X A; 2OAW A; 3QWY A; 1OV3 A; 2KE9 A; 1KFZ A; 3SEM A; 4J9C A; 2VWF A; 2LJ1 A; 3EG1 A; 3PVL A; 2J6O A; 2CSI A; 2O9S A; 2RQU A; 1T0J A; 4HXJ A; 2F2W A; 2BZY A; 2DIL A; 3FJ5 A; 2CT4 A; 3NHN A; 4IIM A; 4M4Z A; 2YUO A; 3PE0 A; 4RTY A; 5GJV B; 4HVV A; 5GJW B; 3VRZ A; 2HEQ A; 3PVQ A; 3H0F A; 1PRL C; 2GGR A; 4JJC A; 1ZSG A; 1EFN A; 2K3B A; 2YT6 A; 1A0N B; 2DE0 X; 1X27 A; 2C0I A; 2FG0 A; 2KNB B; 3EG3 A; 2ESW A; 3VS5 A; 5IHI A; 2V1Q A; 2L3Q A; 1UDL A; 4RUG A; 3M0Q A; 3GBQ A; 2M0Y A; 2DYB A; 2EVR A; 1TUC A; 4AFU C; 2EYZ A; 1GCP A; 1PNJ A; 1PWT A; 2VVK A; 3VS4 A; 2KR3 A; 2V1R A; 2EYW A; 2J7I A; 2JS2 A; 2BZX A; 1HJD A; 1WIE A; 1SSH A; 3C0C A; 2EGC A; 2KXD A; 2JM8 A; 1K1Z A; 2MOX A; 1M3A A; 2L3S A; 2ENM A; 2DM1 A; 4J9B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q82 U; 1YJW A; 3JB9 I; 1KJW A; 5GMK j; 2FL7 A; 2DTH A; 3R6O A; 1TSF A; 1AWO A; 2GTO A; 3TRE A; 4FM4 B; 3VS0 A; 3X24 B; 2VB6 A; 2QDY B; 4HCB A; 3OYD A; 1NBE B; 3JCM J; 1DJ7 B; 3A8L B; 3CCE Q; 5KYY A; 1QCO A; 1W70 A; 2DRM A; 5A0D A; 3VS3 A; 2KT1 A; 4BI3 A; 4UC4 A; 4OMP A; 4M77 A; 4A63 B; 1BI2 A; 1WHJ A; 2CP7 A; 2CZ1 B; 2DKG A; 2EW3 A; 2JZ2 A; 1QCN A; 4F17 A; 2EQU A; 4GLK A; 5KCH A; 3OA6 A; 3CCS A; 4RCC A; 4EDU A; 2LT1 A; 2E12 A; 3BE3 A; 1R77 A; 2GNC A; 4KH1 B; 3OYG A; 2L0A A; 3CC7 T; 1D3B A; 2J06 A; 2YUN A; 2E70 A; 2HKN A; 2K6D A; 1CSK A; 2G6F X; 2DJZ A; 2K3X A; 2X4Y A; 2KRN A; 5DY9 A; 2KY9 A; 2ED0 A; 3Q1J A; 4OMQ A; 1Q95 G; 4C0D B; 3CXC A; 1XJW B; 4IKF A; 4HVU A; 2ZPG B; 2LQN A; 1VQ8 T; 3JCM g; 2C06 A; 2OTJ A; 3EG2 A; 4PFP A; 3WVE B; 4BE2 A; 4OMO A; 2JT4 A; 1AHJ B; 3NTI A; 2M02 A; 1IRX A; 3NPF A; 3I56 Q; 5CQX A; 1RLQ C; 1GL5 A; 2ECZ A; 1XTD A; 4M7A D; 1PKT A; 2BE9 B; 1AT1 B; 2E41 A; 4C8Q B; 5IN1 A; 1IB8 A; 5I11 A; 1U06 A; 4RTX A; 5CKD A; 1VQP Q; 1W1F A; 1MMD A; 3NGP A; 1X6O A; 1WHG A; 4PLI A; 1KQ1 A; 3M4G A; 3KBG A; 4M77 C; 4BDZ A; 1VQO T; 1NG2 A; 2KSS A; 2YDL A; 5FLX E; 1KHI A; 2AIR B; 2RI3 A; 1VQ9 T; 4C5I A; 1R0C B; 1OPL A; 3CPF A; 3CCV A; 4EMK B; 2CRE A; 2QEX A; 3GNG A; 4X1V A; 4F14 A; 1WYX A; 4RTZ A; 4PJO A; 4J83 A; 3JB9 H; 3M0U A; 1PG5 B; 2Y90 A; 4HKE A; 4C92 G; 4KGZ B; 4IUQ A; 3LH5 A; 4O5V A; 5HCK A; 1WFW A; 2EFI A; 3RBB B; 2R57 A; 4A4K A; 3E9G A; 3DB4 A; 1SRL A; 5IHN A; 2P0Q A; 1O75 A; 3EHQ A; 4F16 A; 2VGM A; 2RJE A; 3REB B; 4ZGD B; 2LNH B; 2ABL A; 1X43 A; 3MPU B; 3JSC A; 1GBR A; 4C0G A; 1TU0 B; 9ATC B; 1G3W A; 2L3R A; 2NUP A; 5GAN h; 1Y07 A; 1P92 A; 1N6A A; 4JPB W; 2MMP A; 3S3O A; 4CC7 A; 3C95 A; 2JUF A; 3EAE A; 4E7J A; 3KFV A; 1KQ2 A; 2D8J A; 3A8O B; 4QVZ A; 1K0X A; 2K5F A; 4Z89 A; 4M75 G; 3TVT A; 2HQX A; 4JRQ A; 3I5R A; 3GNF B; 3WXM B; 2BZ8 A; 5KYX A; 4DOW A; 5KYW B; 4DQ2 A; 3H0I A; 4M7D E; 2C0O A; 1EX4 A; 1M9S A; 3CD6 T; 1YJ9 Q; 4PJO C; 3PFS A; 2JN0 A; 2QQB A; 1X6G A; 2SEM A; 2A37 A; 3CME T; 1QLY A; 2RQV A; 1YWP A; 5FU6 B; 1K73 R; 4Z88 A; 2ED1 A; 2F2V A; 1JXO A; 2MF2 A; 3OS5 A; 3PIO A; 3CCL Q; 1WJQ A; 4JJN K; 1W2B S; 1ABO A; 3VS1 A; 2XDP A; 2M1H A; 2DL3 A; 4BY6 B; 3G6E A; 5GAN f; 3NTK A; 5D7U A; 3TSZ A; 2O01 E; 5DLO A; 4EMH A; 3JCM V; 5I21 A; 1QVG S; 5CKB A; 3H8Z A; 2RNA A; 3CCM A; 5D6Y A; 4RTW A; 5HK0 A; 3HFN A; 4N0A A; 1FMK A; 1TUD A; 3G4S A; 4KH0 B; 2QA4 Q; 3LW5 E; 2QI2 A; 3ASK A; 4LD6 A; 4Y91 A; 4M77 D; 2YRD A; 1NE8 A; 2EYY A; 3U23 A; 1EIF A; 3L2R A; 3OS2 A; 4CC4 B; 1SHG A; 3OS1 A; 3H41 A; 5FRM A; 1KC8 R; 1I5L A; 2W0Z A; 2BE7 D; 2V26 A; 4DOV A; 3G7Z A; 2VC8 A; 4IUT A; 3CCJ T; 4DA4 A; 5LJ5 h; 3CCU Q; 2COY A; 2I0N A; 1WX6 A; 2JTF A; 2MI6 A; 3ZL7 C; 3VS7 A; 2MK5 A; 1KQS A; 1UEC A; 2O9V A; 1QWF A; 4EMG A; 4BI8 B; 2GFU A; 2LCL A; 2YRC A; 2ZPF B; 1UGP B; 2DL7 A; 1ABQ A; 3OYY A; 3OBY A; 5HKC A; 3UDC A; 4DBR A; 3H6Z A; 2LTO A; 4C92 C; 1HSQ A; 1AWX A; 2EKO A; 2E6Z A; 4A54 A; 1KD1 R; 2BTT A; 3M0T A; 5M9O A; 3G71 T; 4J9G A; 1BK2 A; 4AMC A; 2O4X A; 3M58 A; 2EWN A; 2DJQ A; 4A4G A; 1MMG A; 2NUZ A; 3AT1 B; 4N0A C; 4C92 F; 4ZNX A; 4J6X A; 5C6S A; 1K8A C; 3VRY A; 2A28 A; 2DL8 A; 4PKC C; 4C8Q G; 3LH0 A; 2CZ0 B; 1M4Z A; 1UUE A; 1OEB A; 1OU9 A; 1D0Y A; 5FU7 C; 1X01 A; 2RH2 A; 4Z02 A; 1K8A U; 2YUQ A; 4MZT A; 4PL6 A; 4HCZ A; 2H3J A; 2Z0W A; 4LNP A; 5LJ5 f; 1JU5 C; 3CPW S; 1YIJ T; 3JCM P; 5LL6 S; 2WSF E; 3SB2 A; 4DBF A; 2OI3 A; 1OUL A; 1RLP C; 4M75 C; 4FIB A; 1JBM A; 1TS9 A; 3V7R A; 2YWW A; 4J9C A; 4OB3 B; 3PVL A; 4FYW B; 4E47 A; 1ZSZ C; 3RER A; 4M75 F; 1YJW Q; 5GAO m; 3L2Z A; 3OYF A; 3V8K A; 2BZY A; 2VUB A; 3RKX A; 2ZAE A; 3OY9 A; 2ZCF B; 5GJW B; 5GMK h; 4N4H A; 1PRL C; 1ZSG A; 2K3B A; 2YT6 A; 1A0N B; 5GAN d; 1G3Y A; 3EG3 A; 2ESW A; 3VS5 A; 2V1Q A; 2RI2 A; 5D6W A; 3JCM h; 1D1B A; 2K5L A; 1VQ4 T; 2M9U A; 3CCS Q; 2M0Y A; 3EH2 A; 2DYB A; 5A0L A; 5D6X A; 2OX7 A; 1BCO A; 4XAX B; 4M7A A; 3I55 T; 4M7D B; 1GCP A; 1PNJ A; 3FRN A; 2K4Y A; 2JS2 A; 2CP5 A; 1Q86 C; 1FXX A; 1HJD A; 1WIE A; 1SSH A; 3MCA B; 4C5G A; 2X4W A; 2DIQ A; 3A8M B; 4BE1 A; 2MOX A; 2QQ9 A; 4F04 B; 2OTJ Q; 4J9B A; 1Q86 U; 1VA7 A; 2F69 A; 5GAN 7; 4J9D A; 1Y96 A; 1YFN A; 2CZ6 B; 1AEY A; 2RHZ A; 1PCX A; 4JUV A; 2CSQ A; 1VQ6 T; 2QA4 A; 1WA7 A; 2K3Y A; 3H9N A; 1VQ5 T; 1W2B P; 2P4R A; 4AFS C; 2NYS A; 1ZA1 B; 4C92 D; 4FYY B; 3OW2 A; 1YBY A; 1YCY A; 4PFO A; 3EGX A; 1JXM A; 3JCM f; 3HRS A; 1VYV A; 1MMA A; 4EMK A; 4AG1 C; 3RIR A; 2DXB A; 1D0Z A; 1WHH A; 3EG9 B; 1QVG P; 4J9H A; 2JTM A; 2V8K A; 4MDW A; 1RUW A; 3CCV Q; 4XTX A; 5CAI A; 4M78 E; 2QEX Q; 4C0D C; 3X28 B; 4M7A C; 1M8V A; 1IO6 A; 3CCR A; 1UE9 A; 2VXF A; 2QQR A; 1PKS A; 2P0P A; 1WHL A; 4KRT A; 2X4X A; 4LDX A; 5CIU A; 3M59 A; 3VS2 A; 3FC3 A; 4JLG A; 4E7K A; 2DMO A; 3OMC A; 5GAO p; 1TWB A; 1PSE A; 4FSS A; 5LJ5 d; 2AZV A; 1KSW A; 3A5Z B; 2LQW A; 3LX7 A; 4M75 D; 2KAF A; 1JQQ A; 1B34 A; 1I0C A; 3L2W A; 5I22 A; 1RL2 A; 1YI2 T; 3MJX A; 4XQ3 A; 2X35 A; 1QQJ A; 3RES A; 2DXU A; 2FPF A; 4C8Q F; 5I2M A; 2A3L A; 4QQ6 A; 2DK3 A; 2AZS A; 1BI0 A; 3SHW A; 3PGG A; 2QAS A; 5KYW A; 2L2P A; 4OMM A; 1VQK A; 4X9D A; 4EMK C; 1HYO A; 4R0K A; 2XI9 A; 1PD0 A; 1SKU B; 3CBM A; 4J9E A; 4J7I A; 2X9H A; 2E65 A; 2VXE A; 3NMZ C; 4GBQ A; 2EJG A; 4F7U E; 1VQM T; 3FIF A; 4L59 A; 1VQ7 A; 1UEB A; 4E7S A; 2J6K A; 2LJ0 A; 2E1H A; 3M5A A; 3CCQ T; 5FW9 A; 3VYH B; 4EPC A; 3HHT B; 3MP6 A; 3CBP A; 4VUB A; 2KQW A; 3CCE T; 1D0X A; 3QJY A; 5FWB A; 3VKI A; 1U1S A; 5GMK i; 1VQL A; 3BFM A; 1LPL A; 3REA B; 1E6G A; 4ZN3 A; 4ORZ A; 1GXI E; 3A8G B; 2CGH A; 3G6E Q; 2AKK A; 2NLU A; 2PUK B; 1RAH B; 2E5K A; 4WCI A; 5I2S A; 4M77 E; 1JJ2 A; 1M1K C; 2QTV A; 2XDD A; 4E7I A; 3CCM Q; 3M57 A; 2DET A; 1BIB A; 2DX1 A; 1BCM A; 3JCM c; 4FL6 A; 1ZUU A; 5J39 A; 2CH4 W; 4TVR A; 3G4S Q; 4KUD K; 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