3IAS2

Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 4 mol/asu, re-refined to 3.15 angstrom resolution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
FFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
publication title Structural basis for the mechanism of respiratory complex I
pubmed doi rcsb
molecule keywords NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
total genus 50
structure length 178
sequence length 178
chains with identical sequence B, K, T
ec nomenclature ec 1.6.99.5: Transferred entry: 1.6.5.11.
pdb deposition date 2009-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1590 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3ias201
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3ias202
1B9YC 4K9ZA 3D5JA 3GL5A 1V40A 4DSRA 3UIWA 1R5PA 1O8XA 1JFUA 3PINA 3VURA 1SJ6A 1FOVA 1ON4A 2V1MA 4I97A 5F0GA 1ZL9A 1J9BA 2L5LA 4K7NA 4KGIA 20GSA 2P5RA 2WZ9A 2GZYA 1XPVA 5J9BA 6GSVA 4L8EA 2MMNA 5ECLB 2O85A 3KH9A 1OC3A 2TRXA 5ID2B 1WMJA 3FR9A 3HJMA 1F3AA 1M2DA 3J7Yb 2AYTA 2HNLA 3LJRA 2GDRA 4Q5QA 1TDIA 1EZKA 4POLA 3BCIA 3OR5A 4YH2A 3GA4A 2E7PA 4XS6A 1GSEA 3V1WA 2C0DA 4I5QA 4TR3A 4TRXA 3KH7A 4HI7A 1AC1A 4V1Ag 2LS5A 2R4VA 3O6TA 4J2FA 1YY7A 2PUKC 4KUNA 2YNXA 3FRCA 2H66A 1GTBA 3QR6A 4FO5A 3KJYA 3AY8A 3D0ZA 3US3A 5CAXA 2JACA 1SD9A 3F3QA 1U87A 3FEUA 1FVKA 4RQXA 4TW5A 4X1UA 2X64A 2YPMA 1SJZA 4ZBBA 3VFIA 1N8JA 1OE7A 3GSSA 5LD0A 2C0EA 4L5OA 3VI7A 3UBLA 4HQZA 3ERFA 1U3AA 1U6TA 1Y6EA 5DQYA 4EKZA 1LU4A 5HR2A 16GSA 1RK4A 3CRUA 4OFNA 4GLTA 1SKSB 2IMIA 8GSSA 2NTOA 3KMOA 4IELA 3TJGA 1B4PA 2GGTA 2XHFA 1H75A 3A2WA 4AJ7A 3FYGA 2VL9A 2DJKA 1XXUA 2H0GA 2JSZA 4J56E 4BVXA 1YEXA 1X0RA 3F0IA 3WD6A 3APOA 3GKXA 5KN3A 5J9CA 5ECPB 5DAKB 5IMCA 2LQOA 3FZ4A 1GNWA 2JZRA 5E59A 1O6JA 1W4VA 2CVBA 1QXHA 2J9HA 2OA7A 3KM6A 4PQ1A 2PBJA 3FZAA 3TCOA 22GSA 3N9JA 2K8SA 4NXIA 2DJJA 1HYUA 5HR3A 1TTZA 3TDGA 1FB0A 1SK2A 1NM3A 4ZB6A 2H76A 2C3NA 2GTUA 4MJEA 1F2EA 3HZ8A 2GT5A 3I9V2 1SKRB 2XPDA 1BQ7A 2CZ2A 2YV9A 2KOKA 5C00A 5DQSA 1VF3A 2F8FA 4EDYA 1VF4A 3TKSC 4DVCA 1B48A 1SYXA 3M9JA 2OJLA 2AV4A 2LNSA 4TR0A 2H1GA 3ERGA 4V2NA 2C0GA 5IOXA 1GUKA 5A4UA 1M7TA 2FNOA 3A2VA 1Z9HA 2HYXA 4YAVA 4NPBA 2O87A 1ABAA 4ZBAA 3UMAA 1O7UA 2FUG2 2CX3A 4BL7A 3RBTA 4OD7A 2H1BA 3QPMA 3M1GA 2A2SA 2DIZA 5GSSA 2HSYA 11GSA 4KH7A 2IWTA 1Q98A 4WF5A 2L4CA 3VI5A 2L5OA 5F8BA 3QAVA 2KHPA 3HDCA 3C8EA 4IBPA 2R5GA 3FKFA 4XS4A 1SKWB 3UBKA 4O7HA 1B8XA 3IOSA 3RHCA 1PKWA 1R4WA 2GVPA 5F06A 2YP6A 3QDNA 2V32A 1MD3A 1XOAA 1B9XC 1T7PB 4MDCA 1K0OA 1T1VA 2FGXA 3ZYWA 2K6VA 1XFLA 1QUWA 2VIMA 1GTAA 1QK8A 2CT6A 3GTUB 3D21A 1TOFA 4DSSA 4LL4B 2A4VA 3CSHA 1PL1A 5AGYA 2H6XA 2FHEA 2MBTA 3ED3A 1X5EA 4OFMA 3DVWA 3IDVA 3KMNA 3BCKA 5CYYA 4E8EA 5CRWA 4GQFA 2H01A 12GSA 5D9XA 2O89A 1K3OA 2IMFA 3QOUA 3NOFA 3ZFLA 2VAFA 4JZQA 2GZZA 5GZZB 4WR5A 1XOBA 2GSTA 2X99A 3L9VA 3DD3A 2L4QA 1FW1A 1THOA 5D73A 2O8VB 2BMXA 4TKYA 3P2AA 3UJ1A 1DBYA 3CYNA 1FVJA 2CV4A 4MZWA 1UVZA 1TK5B 1BG5A 3F3RA 2LJRA 1A2JA 5CRHA 4EUYA 17GSA 3GKKA 1GSUA 4OMVA 3KP8A 2C0FA 4N0VA 1K3YA 4GTUA 4E8HA 4MP4A 1ST9A 1ZZYA 4N30A 4L5LA 2P0GA 2VCZA 2IMEA 3BOAA 3FHKA 4CDOA 2CQ9A 1XWAA 1AW9A 2CA8A 3TRXA 2NDOA 3KCMA 1GSFA 3IAM2 1U88A 3HCZA 2H71A 1KBNA 4LA1A 3EMPA 3G7YA 4ZB9A 1MDIA 1YZXA 1GTIA 3ZITA 3H8QA 1ZGNA 5ECOB 4OFTA 1T4ZA 5CP1A 2H8LA 4WETA 3DRNA 4BWQA 3WGDA 4QQ7A 3GNJA 3APQA 4KE3A 2AHEA 2H1DA 2PMTA 1S3AA 4F0CA 1M9BA 1O8WA 3HA9A 1GNEA 3QFAC 3GMFA 4TXOB 5ECRB 3FW2A 1WIKA 4EVMA 5KEJA 3F6DA 1GSSA 1K0MA 2YV7A 5JCUA 3EU3A 2LV3A 3RDWA 1WWJA 7GSSA 1T3BA 3EMXA 3F9UA 3EYTA 2C8UA 1WP0A 1TU7A 4BWSA 3SWLA 1PD21 2IFQA 6GSTA 3ZMKA 1XWBA 2GQMA 3KXOA 3D22A 4KSMA 1EWXA 4BA7A 1SK0A 2YJ7A 3IR4A 1HNAA 2K9FA 3KD0A 4ULXA 1AQXA 1EP8A 3E0UA 3IPZA 4ZXGA 5JWQB 3LEFA 1PGTA 4RI6A 3D6IA 5G5EA 3SBCA 1Q4JA 3DVXA 3WT2A 2I81A 4GQCA 2H73A 4TR1A 2EIQA 1V98A 4ECBA 4PNGA 2CVKA 2H30A 2JADA 4MF7A 4TVEA 2F8AA 4TOPA 4JR6A 3NZNA 5G1KA 3IK7A 2CAQA 5ECSA 1NHYA 4MA9A 2Z9SA 2G2QA 1G7EA 3WT1A 1YF0A 1N2AA 2EIRA 2HZEA 4X43A 3GH6A 5CRDA 1CQHA 1TK0B 2H0IA 3DYRA 1ERTA 2LRNA 2AB6A 4GCIA 3DMLA 4RI7A 10GSA 2IL3A 2OKAA 3TKQA 4NV2A 1SL2B 2KUCA 4GRFA 3HY2A 4V1Ap 4YQMA 2JSYA 1O73A 2HLSA 2E2GA 3KEBA 4GSSA 4X0XA 2VUPA 2IN3A 4IQAA 1KTEA 5H5RA 1AXDA 2DJ3A 3WGEA 4PQHA 2FWEA 4HZ4A 3TKSA 4WF4A 1EEMA 2C3TA 4LL1B 3C73A 1TJDA 1FG4A 2LQQA 3KZQA 4TXVA 1GTUA 1X5CA 4K0GA 2N5FA 2DJ2A 5ELGA 1SU9A 2VLTA 3GIXA 3IBHA 3TB2A 4WEYA 2YZUA 1JZDA 1ML6A 4HU9A 1MEKA 5IIZA 1KEBA 4DSSB 3UOMA 1F6MC 1K0AA 1YF1A 3IA1A 4AF2A 4GWRA 3ZRDA 2DJ0A 3MWHA 3KTLA 4NHWA 6GSXA 5ECQB 4I8BA 4JU5A 2H6ZA 3WGXA 4ZBDA 2OE0A 1TP9A 1AQWA 3W8SA 4EC0A 1F9MA 2PGTA 3H79A 6GSYA 5DALA 3K8NA 5IPGA 5J4UA 2ZCTA 1VGLA 5IMDA 5ECKB 2IMDA 3MAKA 1FO5A 2IIYA 3M8NA 1T8EB 5G5FA 3GKMA 2N5BA 4GSTA 4D73B 4LMWA 5IMFA 4MJCA 4POMA 4KW6A 4IGJA 4AJ6A 2C3QA 5EL8A 4WR4A 1M2BA 2F51A 3ME7A 2A2RA 3TKRA 3JCML 5HFGA 1IYIA 3BBYA 3GL3A 3ZIVA 5IO2A 4DSQA 4WXTA 4MZCA 4YAPA 4EL1A 1R7HA 2DJ1A 3IC4A 4XRAA 4CHSA 3CSIA 2F9SA 3ZTLA 1XWGA 1OC9B 4IN0A 1U3IA 1MTCA 2B5XA 3G7JA 3U6VA 5A4VA 5B6MA 3FR3A 4BVYA 5J41A 1Z7RA 3GH9A 4OO4A 5B7CA 3GV1A 1PX7A 1OKDA 3F8UA 5ID2A 1WOUA 3H1NA 3L78A 1XBSA 4JBBA 4KA0A 3RPNA 1A2MA 3GHAA 4RUVA 2VCXA 1HNBA 1GLPA 1I9DA 4MH2A 2KLXA 4MCUA 3VLNA 1TI1A 3O76A 2M72A 3TRQA 3C71A 3DKSA 4F2IA 1X5DA 1EGOA 1BEDA 5ECMB 3GX8A 4PX1A 4GSNA 2LEGA 1PRXA 2CZ3A 4O92A 3CRTA 4O32A 2B5EA 3TOUA 2MZCA 3CBUA 2JZTA 1OYJA 2HI7A 2WFCA 1JZWA 3RHBA 4N11A 3UARA 4PNFA 1V57A 2JL4A 2I4AA 3PH9A 2VM2A 1XWCA 2FCHA 5ELAA 1T00A 3BJ5A 3TKPA 3DGQA 4PUFC 1BAYA 3L9SA 4LLRA 4MZBA 2ON7A 2C4JA 3LQ7A 4F03A 1TRUA 4PQIA 2C1YA 2GSSA 2WCIA 2K8VA 3LGCA 5C04A 2RM6A 3ZIJA 1F37A 4F0BA 3QAGA 1VRSD 3LFLA 3HVXA 2CVDA 5JWRB 3W8JA 3DWVA 3W6GA 4XIHA 1USBA 5D9TA 1TXXA 3CTGA 2IJYA 3D4TA 4KCEA 2X8CA 3KTBA 4IP1A 3LG6A 1QQ2A 1ERUA 4F9ZA 1GUMA 4IJIA 3HJPA 2VL3A 2KP2A 4KDYA 2TIRA 2LSTA 1EV4A 5DAKA 5IMZA 3VWUA 3VWWA 3DEXA 3APSA 4WKWA 3C7MA 1LJRA 3Q74A 3H93A 2HFDA 5COHA 5GSTA 3F4TA 1JHBA 1XIYA 4HUAA 1A23A 2AUVA 3VWVA 2YCDA 1ERWA 1T4YA 1G7OA 4HDEA 4P3YB 1GUHA 3QMXA 2ON5A 1BJXA 1ZOFA 2VOCA 3HHVA 4I6XA 3HJOA 2LRCA 1OC8A 5ECIB 4ILFA 1W89A 3CMIA 1E6BA 3LXTA 3Q18A 2ZNMA 1X9SB 2HE3A 4K7IA 2C80A 5J3RA 2WULA 2VL2A 2HSHA 1WE0A 2JZSA 5EY6A 1X9WB 1EP7A 2X8HA 4XHMA 4K0NA 3UVHA 1GULA 2OADA 2NBSA 1FAAA 1EOGA 1ZMAA 1ACVA 2LUSA 3L9UA 2OBKA 4TR4A 3MDKA 4MLYA 2V6OA 1GLQA 4FIWA 4KAEA 1JZOA 2H6YA 2FY6A 2OBIA 2YWMA 1THXA 1UA5A 5D8IA 1V58A 3P7XA 5INYA 5DJMA 4I2TA 5A5KA 3RPPA 2RLIA 2VD0A 2VM1A 4ML1A 1AAZA 2OACA 4NHZA 4NMUA 2EIOA 1C72A 2QSIA 2CX4A 2PU9C 1URMA 3CTFA 2GS3A 4ECIA 4JEDA 2DMMA 1SD8A 1FB6A 3WYWA 2ES7A 4MH3A 5KN1A 2I1UA 4YQUA 4POKA 4EO3A 1QGVA 5KN2A 3UAPA 1CQGA 4N0ZA 1TRSA 5IMAA 3GFKA 2YWOA 1NSWA 4IHUA 2YJHA 3ZVJD 4GF0A 4KCAA 3GTUA 1A24A 1RQMA 2XBQA 3LWAA 5EVOA 4HJ2A 5DBQA 3D4MA 2GT6A 4IW9A 4ZILA 4IS0A 4PXOA 3TOTA 3P90A 3NIVA 1R26A 1PA3A 2H1AA 5J5NA 2HT9A 1WJKA 3ERWA 3TJJA 5IQYA 3ZLPA 4V2LA 4KB3A 2JU5A 1S3DA 2LKUA 4ACSA 2K18A 3E9JB 4IKHA 1A2LA 5HR1A 2GQLA 3ZZXA 3KGKA 5GAND 3CSJA 2FA8A 1BX9A 1TRWA 3L0HA 4K2DA 3F4RA 3KP9A 4H86A 3U5RE 3ZMLA 1R5AA 3HVSA 1XVQA 3IAS2 2KP1A 2VL2C 2MBSA 5JCWA 5ECHB 4HJMA 1K0NA 2IPAA 1K3LA 4HU7A 4K8MA 4POBA 4IJ3A 5HR0A 2J23A 3TUEA 2N5AA 3IV4A 4QL7A 5GAPD 1O85A 3LXZA 3TRPA 1AUCA 5JWOB 1HQOA 3BD2A 1A8LA 5AN1A 3O3TA 1J0FA 2P31A 1PL2A 1KNGA 1OE8A 4ZL8A 2CAIA 4XS4B 4EXJA 4NV5A 2GSRA 1TRVA 2M80A 3E3EA 3ME8A 1GSYA 1MDJA 2X8GA 2VO4A 2M46A 4GXZA 5G30A 4FYBA 1WRYA 1XVWA 2B1KA 2R2JA 1VF2A 1K0DA 4WBJA 3F6FA 1PN9A 1AIUA 2DBCA 2MMZA 2PWJA 1B4QA 1PKZA 4MPFA 3N5OA 1ZYEA 3MNGA 4XS1A 5DJLA 3G7IA 4HQSA 4OCFA 1YKCA 1G0TA 1S3CA 3IK9A 2GSQA 2PERA 1EOHA 1WPIA 2V41A 3KIJA 2G0FA 1Z7PA 1PMTA 2P5QA 1MDKA 4K7OA 1SL1B 5EPFA 2WB9A 3QFBC 4MK3A 1ZCPA 3DIEA 2L6DA 2B7KA 4EE0A 1ILOA 2AAWA 4PGTA 4TXOA 5G1LA 1LBKA 2QGVA 5CO3A 4IP6A 4PUAA 3EINA 4DEJA 1I5GA 5CNWA 2LTKA 1IYHA 2GZPA 2BTOT 3A5WA 1Z6NA 1M2AA 5LCZA 2FLSA 2HZFA 4TN8A 1SENA 1M9AA 2H19A 3UL3A 3HKRA 2GQKA 2H74A 2HXKA 6GSSA 1K0CA 1QMVA 1GRXA 1OVNA 1XCCA 4EDZA 4IQ1A 1TK8B 2WRTA 4RQRA 3C1SA 5B6NA 3A3TA 1O81A 3IHQA 2HRFA 4MF6A 3EC3A 5DDLA 2H0HA 5H5SA 4JRRA 2H75A 3P8WA 4HS1A 1OAZA 5IO0A 19GSA 1JLVA 3TKSE 2DC5A 2HRNA 3FK8A 5DVBA 2YWNA 3F4SA 3UEMA 4YQVA 3PR8A 2I3YA 1QFNA 4CW9A 4EF0A 2R6KA 4V2MA 3VK9A 3F63A 4ZL9A 1NHOA 1XW5A 4XRDA 3CXGA 5L71A 1Z5YE 5D96A 3ISOA 4ZL7A 4ISDA 5HFIA 1JZRA 4KDUA 2GLRA 3EE2A 4I2UA 4LMVA 1SJIA 1XWKA 4NWYA 3GN3A 4JE1A 3GKNA 2RUFA 3M9KA 3A2XA 5AIVA 2F3MA 2RM5A 3R2QA 1YEPA 3GRXA 3TJBA 1Z6MA 4XCSA 5A4WA 14GSA 3VWXA 2YN1A 4IVFA 3I69A 2FWFA 1ERVA 2VD1A 3EVIA 4HOJA 3J7Yk 2OE3A 2XBIA 4NAXA 1HD2A 1TU8A 5IPHA 1DUGA 2MMOA 1GSQA 18GSA 4MABA 2V6KA 5ENUA 5FHIA 6GSUA 4KNDA 2OE1A 5F05A 1XW6A 3TGZA 3IE3A 4J57E 3HYPA 4F82A 4BPYA 1YQ1A 2WS2A 2PPTA 2IFQB 4XTSA 3EURA 2DSAA 5IM9A 3FZ9A 2WDUA 4MF5A 1BYEA 2MYGA 3LYPA 4ECCA 2ALBA 3LSZA 2PVOC 4N10A 1M99A 5HFKA 3ZVJA 3QAWA 3RAZA 1TKDB 1EGRA 1SK1A 3TJFA 4MMMA 4OO5A 3L4NA 1V2AA 1ZYQB 2VLVA 4TR1B 2WJUA 3ZFBA 3PGTA 5IMVA 2VLUA 3HVVA 3ZL5A 5DCGA 4ID0A 5D9VA 4HZ2A 1HNCA 1DE2A 2NPBA 3C1RA 3GURA 2H72A 4K6XA 4G19A 2YOIA 1A8YA 2EC4A 3ZREA 3IRAA 4L0WA 1G6YA 2LJAA 3EWLA 5CREA 3UVTA 1UC7A 2B6MA 2HZEB 2DMLA 3HXSA 6GSWA 1Z3EA 5H5QA 2E0QA 5HQPA 1YDKA 4K1FA 1E2YA 2O7KA 5ABRA 3IXRA 5ECNB 1DE1A 4OCEA 3GX0A 2NVLA 4D73A 1AQVA 2E2MA 2RIIA 4G2EA 4G10A 5AISA 2DLXA 2LNTA 1X9MB 1A0FA 2QKEA 4MPGA 3M0FA 1XW9A 4QL9A 2V2GA 1Y25A 2D2ZA 4PURA 3H4KA 3MSZA 2RUEA 5D93A 2XPEA 1GL8A 2YZHA 4FYCA 1GP1A 1MD4A 13GSA 2H70A 5FT3A 2LJKA 3QCPA 1NW2A 5B8BA 5JCGA 3GSTA 4KX4A 5DCHA 1TI3A 1M0UA 4AGSA 3Q6OA 3I43A 3I6AA 4Q5NA 2R3XA 2BJXA 1J08A 1V9WA 5FWGA 2FWHA 2VCQA 4ZB8A 3GUSA 4MJBA 1OC9A 1UN2A 4ECJA 2TRCP 1GSDA 2PVQA 1YKAA 2VCWA 2L57A 4AJ8A 4ML6A 4OWYA 5KN0A 2LRTA 1PSQA 3EU4A 4G9HA 1SL0B 3HD5A 1RW1A 5AIXA 5D9WA 5B8AA 5LNKe 1JLWA 3VPQA 2IMKA 3S9FA 2B7JA 2YANA 2REMA 4KDXA 1XZOA 1VF1A 2B1LA 2MMAA 1SYRA 2FD3A 3G9BA 1EEJA 1H4OA 1EV9A 4Z7XA 5G2ZA 2B3SA 2FWGA 2DIYA 9GSSA 2L6CA 2R37A 4KSOA 3M3MA 5G31A 2ZUPA 4FYUA 4MJAA 5DALB 4HEA2 1F3BA 1G6WA 5E4WA 1OKTA 2PN8A 2VCTA 2AJQB 2I9HA 3Q19A 2B5YA 3VPTA 3FZ5A 1A0RP 3LORA 4Q5RA 2XC2A 1GH2A 3QD9A 1FHEA 1DSBA 2WGRA 3LYKA 2QC7A 3FY7A 1K0BA 3DXBA 5F07A 4Q5FA 1PX6A 2VCVA 1PQNA 3GYKA 2FA4A 5IOWA 3HZ4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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