The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
|
sequence length |
212
|
structure length |
205
|
Chain Sequence |
NADRRYKWQTVVSEQLVGAGFNEILNNSLTAGSYYEGLKSHPREMAVELMNPLSQELNCMRQTLLFGGLETLSHNLRRKHLSLYLFEWGKCYRFHAAKRETPLAAYAEDDRLGIWICGQRVHPEEPTSVFELKAVVEQVLCRVGIETGAYTLKTADNDLYASAMEVKTRSGKLLGTFGTVSTELIKRFEIEQPVYFAELLWDALM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the beta subunit of a phenylalanyl-tRNA synthetase from Porphyromonas gingivalis W83
rcsb |
| molecule keywords |
Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
|
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Porphyromonas gingivalis
|
| total genus |
55
|
| structure length |
205
|
| sequence length |
212
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
6.1.1.20: Phenylalanine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2009-07-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4P3P A; 2DU7 A; 4NCX A; 5ELO A; 3RKW A; 4YRN A; 1B70 A; 1SER A; 4P72 C; 5C52 B; 4H2V A; 3VQX A; 4H02 A; 4P71 C; 2E1H A; 3A32 A; 2ODR C; 3M4P A; 2AMC B; 2CGH A; 3RIR A; 3VQY A; 4DQ2 A; 3A5Z A; 2AKW A; 2E10 A; 4K86 A; 2ZZG A; 4H2Y A; 1EOV A; 3A7U A; 1WU7 A; 3QO5 A; 3NEL A; 4YDQ A; 3EFS A; 4RDX A; 4YRT A; 1G51 A; 1BIA A; 1H4V B; 2DKG A; 2EL9 A; 4H2W A; 5K1P A; 2RHS A; 2PMF A; 1G5H A; 4P3N A; 4G85 A; 4P73 C; 1NJ2 A; 4EO4 A; 4EX5 A; 4BW9 A; 4K87 A; 1ATI A; 4BWA A; 1X56 A; 4YRC A; 1HC7 A; 3L4G A; 2J3L A; 3TUP A; 1L0W A; 4XU2 A; 4TWA A; 2E65 A; 3DSQ A; 2ZT7 A; 3VQW A; 2Q7G A; 4HWO A; 4KR3 A; 4XTZ A; 3A7A A; 4O2D A; 2RHQ B; 3HXZ A; 2CIM A; 2AMC A; 1EQR A; 2P0L A; 3A31 A; 3HFZ A; 2DQ0 A; 2ZR3 A; 2E3C A; 4Q6G A; 4TTV A; 2DEQ A; 3VBB A; 4P73 A; 4UP8 A; 4H2U A; 1BBU A; 1X01 A; 3UGT A; 3L2Z A; 4WJ4 A; 4H2X B; 1YFT A; 3PCO A; 3E9I A; 3RKY A; 3TEH B; 3PZC A; 2ZIM A; 4K88 A; 2DZC A; 3HFV A; 3HTZ A; 3OD1 A; 3V7R A; 5HGQ A; 4G84 A; 2ZT5 A; 4H2T A; 2ZZE A; 1VQZ A; 1B76 A; 4J15 A; 4YRJ A; 3A5Y A; 2FYK A; 3UGQ A; 1NYQ A; 1GGM A; 3QTC A; 4YRQ A; 5F5W A; 3QO7 A; 3BFM A; 4P74 A; 1HXD A; 4YPF A; 4YRI A; 3HXU A; 1EIY B; 4XU1 A; 3WQZ A; 4YRR A; 1E1O A; 4H2X A; 4RMF A; 2Q7E A; 4ZTZ B; 11AS A; 1YFS A; 4HWR A; 3HXW A; 2ZNI A; 2IY5 B; 5K1X A; 1USY A; 1X54 A; 4YRO A; 2DXU A; 3RUX A; 5C51 B; 1HTT A; 1X55 A; 3P8Y A; 2I4N A; 2DJZ A; 1WYD A; 3MF2 A; 2CJB A; 4P75 A; 3IKM B; 1NNH A; 3RL6 A; 3HXY A; 4YRP A; 4TVY A; 2DU5 A; 4XU3 A; 3MF1 A; 4UP9 A; 2ZIN A; 4P72 A; 5ELN A; 4HWS A; 3RF1 A; 4P71 A; 4E51 A; 3RGL A; 2DVE A; 1NYR A; 3RKX A; 3P8T A; 1EIY A; 4UP7 A; 2I4M A; 1WQ7 A; 4ZIB A; 4YRG A; 2HNI A; 3M4Q A; 2QHT A; 4L87 A; 4UPA A; 2ZXF A; 4YRL A; 2EJG A; 1Z7N A; 1SRY A; 2QHV A; 1PYS B; 4CS3 A; 2C8M A; 1N9W A; 2ZCE A; 3EFR A; 5E3I A; 3ICA A; 3NEN A; 1J5W A; 1WNL A; 3IKL A; 2ALY B; 2EJF A; 3RAC A; 4YRK A; 1IL2 A; 1B8A A; 2ZT6 A; 3A74 A; 1KMM A; 4XTV A; 1WLE A; 1YFR A; 2QHS A; 3MEY A; 2ARU A; 1KOG A; 1E22 A; 1B7Y B; 3LSQ A; 2I4L A; 4YRS A; 3W3S A; 2CJA A; 3HXV A; 3LSS A; 4HA8 A; 2EAY A; 1E1T A; 2DDZ A; 2RHQ A; 1KMN A; 2I4O A; 4XEM A; 4H2S A; 1X2G A; 12AS A; 4TQF A; 2DQ3 A; 1H4T A; 4YYE A; 2ZGW A; 4YP0 A; 2RHS B; 2P5I A; 1Z7M A; 3KFU A; 2PME A; 2EJ9 A; 1NJ8 A; 2J3M A; 4WJ3 M; 3CMQ A; 3HRI A; 4AH6 A; 3A7R A; 3L4G B; 3HY1 A; 3BJU A; 3V8L A; 1EVL A; 4RQF A; 3IAL A; 3R07 A; 2QHU A; 3TEH A; 2Q5H A; 1EFW A; 4OP0 A; 3QO8 A; 4YRF A; 1B7Y A; 4XU0 A; 4TVA B; 4YRE A; 2ZIO A; 2XGT A; 5KNN A; 2Q5I A; 4CH4 A; 3V8K A; 4CH3 A; 3VQV A; 1NJ1 A; 3HFZ B; 4XEO A; 4ZTU B; 4LNS A; 1LYL A; 4CH5 A; 4YCU A; 1SES A; 4XTU A; 3HY0 A; 2XTI A; 1WQW A; 1NJ6 A; 4CS2 A; 3UFG A; 4DPG A; 4CH6 A; 4HWT A; 1E24 A; 3V8J A; 3E9H A; 1JJC B; 4PG3 A; 1X2H A; 4X5O A; 1H4Q A; 1BBW A; 1FYF A; 1QE0 A; 3P8V A; 3PCO B; 4P3O A; 1RIQ A; 2Q7H A; 2C7I A; 4Q15 A; 3HRK A; 4TQD A; 2IY5 A; 4TVW A; 4KR2 A; 1ADY A; 1G5I A; 2E5A A; 3HXX A; 2EWN A; 3I7F A; 4YRM A; 4TVA A; 3QNE A; 2ZZF A; 3L1A A; 2DTO A; 5C53 B; 1ASZ A; 2DXT A; 3FJP A; 4PHC A; 4XTY A; 4XTW A; 1ASY A; 3NET A; 1ADJ A; 2DTH A; 2CJ9 A; 4HWP A; 1SET A; 2G4C A; 3G1Z A; 2ZT8 A; 3IG2 A; 3ERR A; 1B70 B; 1EVK A; 3UH0 A; 2DTI A; 4P74 C; 3NEM A; 1JJC A; 2AKW B; 2ODR D; 4CS4 A; 2E64 A; 4YCW A; 3TEG A; 1W66 A; 2ZNJ A; 2ZR2 A; 4WI1 A; 1YGB A; 1USY C; 2E41 A; 2DZ9 A; 1H4S A; 4WF2 A; 2ARS A; 3REU A; 1WPY A; 1PYS A; 1NJ5 A; 1BIB A; 4OLF A; 4HVC A; 2ZTG A; 3REX A; 1YB3 A; 1QF6 A; 2ART A; 4P75 C; 3V7C A; 2ALY A; 3LC0 A; 3V7S A; 4KQE A; 4YCV A; 4RQE A; 4XTX A; 1C0A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4P3P A; 2DU7 A; 4NCX A; 5ELO A; 3RKW A; 4LVL A; 4YRN A; 1B70 A; 1SER A; 4P72 C; 5C52 B; 4H2V A; 3VQX A; 4H02 A; 4P71 C; 2E1H A; 3A32 A; 2ODR C; 3M4P A; 2AMC B; 2CGH A; 3RIR A; 3VQY A; 4DQ2 A; 3A5Z A; 2AKW A; 2E10 A; 4K86 A; 2ZZG A; 4H2Y A; 1EOV A; 3A7U A; 1WU7 A; 4LVK A; 3QO5 A; 3NEL A; 4YDQ A; 3EFS A; 4RDX A; 4YRT A; 1G51 A; 1BIA A; 1H4V B; 2DKG A; 2EL9 A; 4H2W A; 5K1P A; 2RHS A; 2PMF A; 1G5H A; 4P3N A; 4G85 A; 4P73 C; 1NJ2 A; 4EO4 A; 4EX5 A; 4BW9 A; 4K87 A; 1ATI A; 4BWA A; 1X56 A; 4YRC A; 1HC7 A; 3L4G A; 2J3L A; 3TUP A; 1L0W A; 4XU2 A; 4TWA A; 2E65 A; 3DSQ A; 2ZT7 A; 3VQW A; 2Q7G A; 4HWO A; 4KR3 A; 4XTZ A; 3A7A A; 4O2D A; 2RHQ B; 3HXZ A; 2CIM A; 2AMC A; 1EQR A; 2P0L A; 3A31 A; 3HFZ A; 2DQ0 A; 2ZR3 A; 2E3C A; 4Q6G A; 4TTV A; 2DEQ A; 3VBB A; 4P73 A; 4UP8 A; 4H2U A; 1BBU A; 1X01 A; 3UGT A; 3L2Z A; 4WJ4 A; 4H2X B; 1YFT A; 3PCO A; 3E9I A; 3RKY A; 3TEH B; 3PZC A; 2ZIM A; 4K88 A; 4LVM A; 2DZC A; 3HFV A; 3HTZ A; 3OD1 A; 3V7R A; 5HGQ A; 4G84 A; 2ZT5 A; 4H2T A; 2ZZE A; 1VQZ A; 1B76 A; 4J15 A; 4YRJ A; 3A5Y A; 2FYK A; 3UGQ A; 1NYQ A; 1GGM A; 3QTC A; 4YRQ A; 5F5W A; 3QO7 A; 3BFM A; 4P74 A; 1HXD A; 4YPF A; 4YRI A; 3HXU A; 1EIY B; 4XU1 A; 3WQZ A; 4YRR A; 1E1O A; 4H2X A; 4RMF A; 2Q7E A; 4ZTZ B; 11AS A; 1YFS A; 4HWR A; 3HXW A; 2ZNI A; 2IY5 B; 5K1X A; 1USY A; 1X54 A; 4YRO A; 2DXU A; 3RUX A; 5C51 B; 1HTT A; 1X55 A; 3P8Y A; 2I4N A; 2DJZ A; 1WYD A; 3MF2 A; 2CJB A; 4P75 A; 3IKM B; 1NNH A; 3RL6 A; 3HXY A; 4YRP A; 4TVY A; 2DU5 A; 4XU3 A; 3MF1 A; 4UP9 A; 2ZIN A; 4P72 A; 5ELN A; 4HWS A; 3RF1 A; 4P71 A; 4E51 A; 3RGL A; 2DVE A; 4LVJ A; 1NYR A; 3RKX A; 3P8T A; 1EIY A; 4UP7 A; 2I4M A; 1WQ7 A; 4ZIB A; 4YRG A; 2HNI A; 3M4Q A; 2QHT A; 4L87 A; 4UPA A; 2ZXF A; 4YRL A; 2EJG A; 1Z7N A; 1SRY A; 2QHV A; 1PYS B; 4CS3 A; 2C8M A; 1N9W A; 2ZCE A; 3EFR A; 5E3I A; 3ICA A; 3NEN A; 1J5W A; 1WNL A; 3IKL A; 2ALY B; 2EJF A; 3RAC A; 4YRK A; 1IL2 A; 1B8A A; 2ZT6 A; 3A74 A; 1KMM A; 4XTV A; 1WLE A; 1YFR A; 2QHS A; 3MEY A; 2ARU A; 1KOG A; 1E22 A; 1B7Y B; 3LSQ A; 2I4L A; 4YRS A; 3W3S A; 2CJA A; 3HXV A; 3LSS A; 4HA8 A; 4HT4 A; 2EAY A; 3MQZ A; 1E1T A; 2NS6 A; 2DDZ A; 2RHQ A; 1KMN A; 2I4O A; 4XEM A; 4H2S A; 1X2G A; 12AS A; 4TQF A; 2DQ3 A; 1H4T A; 4YYE A; 2ZGW A; 4YP0 A; 2RHS B; 2P5I A; 1Z7M A; 3KFU A; 2PME A; 2EJ9 A; 1NJ8 A; 2J3M A; 4WJ3 M; 3CMQ A; 3HRI A; 4AH6 A; 3A7R A; 3L4G B; 3HY1 A; 3BJU A; 3V8L A; 1EVL A; 4RQF A; 3IAL A; 3R07 A; 2QHU A; 3TEH A; 2Q5H A; 1EFW A; 4OP0 A; 4LVI A; 3QO8 A; 4YRF A; 1B7Y A; 4XU0 A; 4TVA B; 4YRE A; 2ZIO A; 2XGT A; 5KNN A; 2Q5I A; 4CH4 A; 3V8K A; 4CH3 A; 3VQV A; 1NJ1 A; 3HFZ B; 4XEO A; 4ZTU B; 4LNS A; 1LYL A; 4CH5 A; 4YCU A; 1SES A; 4XTU A; 3HY0 A; 2XTI A; 1WQW A; 1NJ6 A; 4CS2 A; 3UFG A; 4DPG A; 4CH6 A; 4HWT A; 1E24 A; 3V8J A; 3E9H A; 1JJC B; 4PG3 A; 1X2H A; 4X5O A; 1H4Q A; 1BBW A; 1FYF A; 1QE0 A; 3P8V A; 3PCO B; 4P3O A; 1RIQ A; 2Q7H A; 2C7I A; 4Q15 A; 3HRK A; 4TQD A; 2IY5 A; 4TVW A; 4KR2 A; 1ADY A; 1G5I A; 2E5A A; 3HXX A; 2EWN A; 3I7F A; 4YRM A; 4TVA A; 3QNE A; 2ZZF A; 3L1A A; 2DTO A; 5C53 B; 1ASZ A; 2DXT A; 3FJP A; 4PHC A; 4XTY A; 4XTW A; 1ASY A; 3NET A; 1ADJ A; 2DTH A; 2CJ9 A; 4HWP A; 1SET A; 2G4C A; 3G1Z A; 2ZT8 A; 3IG2 A; 3ERR A; 2A8E A; 1B70 B; 1EVK A; 3UH0 A; 2DTI A; 4P74 C; 3NEM A; 1JJC A; 2AKW B; 2ODR D; 4CS4 A; 2E64 A; 4YCW A; 3TEG A; 1W66 A; 2ZNJ A; 2ZR2 A; 4WI1 A; 1YGB A; 1USY C; 2E41 A; 2DZ9 A; 1H4S A; 4WF2 A; 2ARS A; 3REU A; 1WPY A; 1PYS A; 1NJ5 A; 1BIB A; 4OLF A; 4HVC A; 2ZTG A; 3REX A; 1YB3 A; 1QF6 A; 2ART A; 4P75 C; 3V7C A; 2ALY A; 3LC0 A; 3V7S A; 4KQE A; 4YCV A; 4RQE A; 4XTX A; 1C0A A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4P3P A; 2DU7 A; 4NCX A; 5ELO A; 3RKW A; 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