3IHQA

Crystal structure of reduced c10s spx in complex with the alpha c-terminal domain of rna polymeras
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
MVTLYTSPSSTSCRKARAWLEEHEIPFVERNIFSEPLSIDEIKQILRMTEDGTDEIISTRSKVFQKLNVNVESMPLQDLYRLINEHPGLLRRPIIIDEKRLQVGYNEDEIRRFLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Regulatory protein spx
publication title Promoter recognition by a complex of Spx and the C-terminal domain of the RNA polymerase alpha subunit.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Transcription/transferase
total genus 33
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03960 ArsC ArsC family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3ihqA00
2YJHA 1SJZA 3GFKA 2HT9A 4HJ2A 2I1UA 4KCAA 3VFIA 1MTCA 4ZBBA 1A23A 4IELA 2JSYA 3F4RA 2BMXA 4ZIJA 3KCMA 3IA1A 3F3RA 2LEGA 2H73A 4KH7A 1T3BA 4MJBA 2AHEA 1THOA 2BTOT 3BCKA 2P5RA 3V1WA 1FVKA 1A24A 1XWGA 3CSJA 4EUYA 4JR6A 1TDIA 4WR5A 5L71A 4WKWA 1F2EA 1I5GA 3TJKA 1OE8A 3HVXA 3I69A 1YKCA 2WB9A 2RM5A 2YANA 1YF0A 2I4AA 2AJQB 3ZMKA 5GAND 5ENUA 3UARA 3F4SA 3APSA 1OC9B 3TKSE 1A2MA 1BEDA 4PQ1A 1TKDB 5J9CA 1J08A 10GSA 4GQCA 4HU9A 1SL1B 3MWHA 5HR3A 3L78A 4GQFA 4N11A 1SJIA 2YP6A 3D4TA 1TTZA 2CV4A 2GSSA 2WJUA 2RLIA 1LBKA 1R26A 3TUEA 2GLRA 4JRRA 1X9SB 1Z6MA 3D22A 4XRAA 4MH2A 4EE0A 2KP2A 2ON7A 1TRSA 1GSUA 5G5EA 2VM1A 3GTUA 2R37A 2HRFA 2VOCA 4EL1A 4MF7A 4ML1A 4MPFA 1F6MC 1S3DA 2PUKC 1HD2A 4L5LA 4PNGA 1USBA 4EVMA 3U5RE 2GZYA 3ED3A 3CRUA 1MD3A 3IK7A 3UVHA 2IJYA 1KEBA 4POMA 2FD3A 1JHBA 3VWVA 1AQWA 2YJ7A 2RUEA 3CTGA 4MZCA 1UVZA 1ZYQB 4GCIA 3ZVJD 1PKZA 2KHPA 2H74A 6GSVA 3TKQA 4GSSA 3Q6OA 1TK0B 1EGOA 1THXA 5IOWA 4MJEA 5B7CA 3PH9A 4KDXA 2HSYA 4BL7A 5GZZB 5C04A 4DSRA 2GSTA 1J0FA 2XBIA 3EYTA 1ST9A 11GSA 3LG6A 3BCIA 2FCHA 4RQXA 3TOTA 3A2VA 5ELAA 18GSA 2FA8A 1AXDA 4MJCA 4ZILA 1S3AA 2H0IA 1R5AA 5HR1A 3UAPA 5KN0A 1VGLA 4Q5QA 1HQOA 1GSFA 1K3YA 1Z5YE 1PX6A 1XWAA 4KDYA 2H1BA 1GUMA 3WGXA 4LLRA 4PXOA 4XS4B 4NAXA 1RQMA 2DBCA 3UOMA 5ELGA 3U6VA 4I97A 1GL8A 4I6XA 3SBCA 2J9HA 3MNGA 1PN9A 3QAWA 4KNDA 4FO5A 4F2IA 4ECBA 2VL9A 1SU9A 2OE1A 5G1KA 3RAZA 1K0OA 3ZL5A 5ID2B 1XZOA 4KB3A 4GSTA 5IMCA 2GSQA 3GSTA 2VLUA 1UA5A 4CW9A 1GP1A 2IMKA 5D9VA 2V6KA 3KD0A 4TN8A 3UIWA 2LQQA 4KDUA 3FZ9A 2H75A 3P8WA 3VWUA 4IJ3A 5CO3A 4OCFA 4V2LA 4YQUA 1TI1A 1GTUA 1WIKA 4GLTA 3TKPA 2VD1A 5IO0A 4HZ4A 1X5DA 1M9AA 1MEKA 2B6MA 3QMXA 3ZRDA 3FW2A 1VF2A 2DMLA 1PRXA 4KX4A 1OKTA 1FAAA 4IJIA 1SKRB 3APOA 1PA3A 4G2EA 3BBYA 1XBSA 2X8CA 5COHA 1M0UA 1QMVA 2REMA 4ZB6A 3FY7A 3ERWA 2L59A 3KGKA 1ILOA 2EC4A 4IHUA 2PPTA 5KEJA 3HD5A 5ECRB 1B48A 5DQSA 3QFBC 3J7Yb 3F0IA 5HR0A 1TK8B 4OMVA 3WT2A 2X8HA 3L0HA 5DDLA 1Z7RA 1EWXA 5IMAA 1U3AA 3UVTA 1SD9A 1XOAA 2H1DA 5DQYA 3DXBA 3LSZA 2QSIA 3QFAC 4ULXA 1XXUA 4OO4A 2H8LA 2LV3A 3IXRA 5LNKe 4GSNA 5HFGA 2LJKA 4IQAA 4K7OA 4WEYA 3BJ5A 5G1LA 3FR6A 2DJJA 4O5RA 4FYUA 1ZGNA 2OKAA 4NXIA 1M2AA 3NOFA 2DJ0A 1YEXA 3EINA 4EKZA 2XC2A 5EPFA 2VCXA 3KMNA 3GHAA 1BYEA 2L5LA 2VCTA 3Q74A 12GSA 4MZWA 4TOPA 3DD3A 5DCHA 3QAGA 5GAPD 4F0CA 4TR1B 4OFTA 4IP6A 2DC5A 4PUFC 2N5AA 3TDGA 3P2AA 2EIRA 6GSUA 1Y6EA 2GGTA 1I9DA 1ZOFA 1WP0A 2FWHA 3LEFA 1F3AA 5G30A 2GVPA 4PNFA 4PURA 4AGSA 3M8NA 2PU9C 1PL2A 4NV2A 2GT5A 4EC0A 6GSXA 5DAKB 2P5QA 2LTKA 1NM3A 1R5PA 2HI7A 2N5FA 1AUCA 3TRXA 2L57A 3L9UA 3W6GA 2L4QA 5D93A 4N0ZA 1GNEA 8GSSA 1EGRA 4ML6A 2A4VA 4I5QA 3FZ5A 3HHVA 2C3NA 3NIVA 2B3SA 4LMVA 4HUAA 3HJMA 1X9WB 2C0DA 2C80A 5D9WA 4AF2A 2B7JA 4XS1A 3ZITA 1X5EA 2VAFA 3LJRA 3KM6A 3M3MA 5A4UA 3FEUA 1N2AA 3F9UA 1EZKA 3IR4A 3F3QA 2E2GA 5B8BA 5AN1A 2YWNA 3HZ4A 3GMFA 2MBSA 1KBNA 4WETA 3GURA 2O87A 1A0FA 3BD2A 2KOKA 2V32A 1WE0A 2PVOC 3GYKA 1TRVA 3RHBA 1PGTA 2CQ9A 4NWYA 1BJXA 2FWGA 2H6ZA 3GIXA 3RPPA 3DMLA 1YJ6A 3TB2A 5EL8A 4AJ6A 2GQKA 4MJAA 3US3A 2IFQA 1YQ1A 1EOHA 3VI5A 1H75A 3MSZA 3D21A 5KN1A 1PSQA 3ZIVA 2TIRA 2DJ1A 1AW9A 2K6VA 3ERGA 5KN2A 2V2GA 4F9ZA 4OD7A 1GH2A 2G2QA 4LL1B 1XVWA 2GZZA 3PGTA 4I2UA 3Q18A 5F06A 4IGJA 5LCZA 5GSSA 3Q19A 9GSSA 5D9TA 1TU8A 4KSMA 3IK9A 5J5NA 3F4TA 1Y25A 4E8EA 4PUAA 1A8LA 3QOUA 3GA4A 3IBHA 1GULA 2YWMA 4LL4B 3GKMA 4G9HA 2XBQA 2AB6A 2LJRA 3IHQA 1PQNA 4D73B 4J2FA 13GSA 4MPGA 4N10A 2PBJA 3FR9A 4JU5A 3TJBA 1GWCA 4K7NA 3GSSA 1PL1A 4GRFA 5ABRA 1HYUA 4WR4A 5FHIA 4EXJA 2CX3A 2OE3A 3WGDA 1ON4A 2B5YA 2J23A 2H19A 2RM6A 3C8EA 5G5FA 3HCZA 3RHCA 3CMIA 3LGCA 2FWEA 4V1Ap 4DSSA 2WZ9A 2R2JA 3ZVJA 4AJ7A 2L5OA 2D2ZA 4BPYA 2B7KA 2HRNA 1OC8A 4EDYA 1K0MA 4TR1A 2IN3A 2XHFA 2LKUA 2C3TA 1S3CA 3I43A 1OKDA 1ZMAA 5J41A 3EURA 3CTFA 4NMUA 4MLYA 3FRCA 5DALB 3DEXA 1SENA 3M1GA 5DAKA 2LNTA 3KJYA 3EMPA 1WPIA 1EP8A 2CA8A 2MYGA 1PMTA 1CQHA 1WRYA 2TRCP 1Z7PA 3ZMLA 3LWAA 1F9MA 2YWOA 5ECNB 1DSBA 2DJ2A 1TXXA 1GSQA 4IN0A 2IL3A 1JLVA 5DBQA 1NSWA 2VCVA 4NPBA 5B6MA 2B5EA 1AIUA 1G7EA 1JZOA 3MAKA 3HY2A 5G2ZA 3EU3A 4J57E 3TJGA 2JU5A 4FYCA 1FO5A 2MMOA 1QFNA 1K3LA 1N8JA 3GV1A 2O7KA 1FVJA 2GDRA 1QK8A 5JCGA 2WULA 2TRXA 5JWRB 3UEMA 3P90A 1BX9A 2R4VA 1V58A 2OJLA 2K9FA 1ZCPA 1GLPA 2FY6A 5HR2A 3LXTA 4MZBA 2OE0A 3W8SA 5D96A 4HU7A 3DGQA 3RBTA 3KP9A 1EV4A 1RK4A 1SKSB 5J4UA 4QQ7A 4X43A 2CZ2A 3HJPA 3CRTA 2M72A 3KZQA 4FH8A 3ERFA 2EIOA 4JZQA 3K8NA 3VLNA 19GSA 1YDKA 4FYBA 6GSSA 1LJRA 2LUSA 3A5WA 1ABAA 2YCDA 3H8QA 1ERTA 2NTOA 1TP9A 2X8GA 4ECCA 1IYHA 4K0NA 3W8JA 14GSA 2CVBA 2HLSA 3VPTA 4XHMA 1GUKA 2H76A 2MMAA 2YV9A 1XW9A 3KMOA 2O85A 1BG5A 3ZLPA 1MDKA 1T4ZA 1JLWA 2YZHA 4O92A 2ZCTA 3LORA 3VI7A 3M9KA 3MDKA 1J9BA 1XW5A 4WF5A 4FIWA 2X99A 5AISA 1UC7A 4L0UA 4I2TA 1AQXA 5G31A 3G7YA 1V98A 1EOGA 2E0QA 1XVQA 5IMZA 4HEA2 2KLXA 1BQ7A 3GRXA 4EF0A 1T1VA 4KSOA 1TW9A 2ALBA 3GUSA 3KEBA 1KTEA 3QPMA 3H4KA 2K8VA 2FLSA 4CHSA 5D73A 5HFKA 1OE7A 2MMZA 2VLVA 4WBRD 4JR4A 1GSYA 3DVWA 1Z3EA 2H6XA 4GWRA 4TR4A 1XWCA 3TCOA 4POKA 3QD9A 4PX1A 4V1Ag 3ZYWA 1OC9A 3D0ZA 1K3OA 4QL9A 1Q98A 3E9JB 1B9XC 4L8EA 3C7MA 2B1KA 1E6BA 2VO4A 3TGZA 2C3QA 3KP8A 5IMFA 1QQ2A 2R6KA 5EY6A 3WYWA 2VIMA 2L4CA 4OFMA 3H1NA 2P31A 2HYXA 2ES7A 2LNSA 2IMEA 2AAWA 4JEDA 1GRXA 3FZ4A 3EWLA 1VRSD 6GSTA 2H0HA 3HXSA 2OA7A 1ZZYA 5F05A 3IPZA 2QC7A 1G0TA 2AV4A 1TU7A 2L6DA 4ZBAA 3KIJA 3TKSA 3L9VA 4GF0A 1XW6A 5J9BA 3BOAA 2F8FA 4LA1A 3F8UA 5B6NA 17GSA 2JZSA 1MD4A 2G0FA 1QXHA 4H86A 3SWLA 4DSQA 1TRWA 1B4QA 2GS3A 1O7UA 4HQSA 1FHEA 3P7XA 1YZXA 5JWQB 5JWOB 3KTLA 3F63A 3HVVA 3GN3A 3O3TA 2VUPA 3C73A 1DE1A 3LXZA 1MDIA 2A2RA 2PVQA 20GSA 1U88A 3TKRA 3CXGA 1TJDA 2WGRA 3C71A 2HFDA 2HE3A 3GX8A 1F3BA 4KCEA 3TJJA 3EC3A 1M9BA 1U6TA 4BWQA 2VL2A 3GTUB 3ME7A 2VLTA 5IMVA 1O8XA 2OBIA 4KAEA 2IMFA 2WFCA 4K9ZA 3A2WA 1F37A 3KH7A 2JZTA 5ECPB 1SK2A 1SYRA 3G7JA 3DVXA 2QGVA 5ECIB 1V40A 1QUWA 4XTSA 1T4YA 2YV7A 4XS4A 1AAZA 4ID0A 5J3RA 2K8SA 1YEPA 2PMTA 4QL7A 4LMWA 2C8UA 3CSIA 4O32A 4X0XA 3VPQA 2DJKA 4TVEA 3WT1A 2IWTA 2O8VB 1A0RP 2VL3A 2WS2A 5E4WA 5ID2A 3TRPA 4ZBDA 3GH6A 3D5JA 3ISOA 4RUVA 1XPVA 1FOVA 3FZAA 2YPMA 1GSSA 4BWSA 5AIVA 4ZL7A 2H71A 4TXVA 3F6FA 2DIYA 2FWFA 2C4JA 1GNWA 4MABA 1ML6A 3GKNA 4RI6A 3HKRA 2E7PA 3EU4A 2XPDA 4JBBA 3VWWA 3DRNA 1IYIA 2ZNMA 1NHYA 4BVYA 5HFIA 1B4PA 4XIHA 4KE3A 2H30A 4CDOA 2H1GA 3DYRA 1VF4A 5FWGA 5GSTA 2IPAA 3S9FA 5CP1A 3RPNA 4RI7A 2NBSA 3IAM2 4K1FA 2DLXA 1QGVA 22GSA 1O73A 2VM2A 5H5RA 2NDOA 2CX4A 1G6WA 4N30A 2P0GA 2HSHA 1T8EB 3CYNA 3IV4A 4X1UA 5JCUA 1WWJA 1ERWA 3N9JA 1SD8A 5IQYA 4IP1A 1XCCA 1JZDA 5EVOA 4YAPA 2ZUPA 2RUFA 4G19A 2IMDA 1K0NA 3IAS2 1XIYA 2VCZA 1M2DA 1Z6NA 4N0VA 1JFUA 1XFLA 1C72A 4OCEA 1DE2A 4TR3A 3KH9A 4K6XA 2KP1A 4K0GA 2PWJA 5AGYA 1KNGA 2L6CA 3C1RA 2ON5A 1U3IA 4HZ2A 16GSA 5CREA 4YQVA 4ZL9A 3I9V2 3C1SA 3QDNA 4MF5A 2HNLA 2B1LA 3TKSC 4F03A 3G9BA 3DKSA 1FG4A 3VK9A 3AY8A 4Q5NA 3UBKA 1E2YA 2YNXA 4I8BA 2JL4A 2LRNA 2GQMA 5IIZA 1WJKA 2VD0A 1V2AA 4ILFA 2CVKA 4MF6A 1GUHA 2B5XA 4IVFA 2Z9SA 3IE3A 3UJ1A 2H1AA 4TW5A 1X0RA 1K0AA 3ME8A 2WDUA 3GX0A 3GKXA 1OAZA 2V1MA 5CNWA 1HNBA 1H4OA 5F0GA 1GLQA 3ZIJA 1A2JA 4NHWA 1TI3A 2LRCA 1MDJA 4K8MA 4HDEA 4GXZA 4WBJA 2OADA 2EIQA 2M46A 4G10A 4TRXA 2H6YA 3L9SA 4POLA 3GL5A 2VL2C 5CRGA 3GNJA 1YKAA 2FHEA 3J7Yk 3WGEA 3CBUA 1A2LA 4K2DA 4IW9A 3HZ8A 2F9SA 4MDCA 4ZL8A 4MP4A 3ZFLA 4OFNA 1M7TA 2X64A 3HYPA 2R3XA 2YZUA 6GSYA 1XOBA 4HJMA 5ECQB 1ERUA 4WF4A 2C0GA 1XWBA 3EVIA 1GSDA 3LQ7A 5DJLA 1ZYEA 4EO3A 2C0FA 4TKYA 1ERVA 1PKWA 3PINA 4P3YB 2HZEB 3M9JA 1AQVA 2NVLA 2H0GA 4TXOB 2CT6A 4BVXA 4BA7A 4DEJA 5B8AA 3TJFA 4KW6A 5CRWA 2H70A 4Q5RA 3FKFA 3HJOA 2H66A 2JACA 4O7HA 5JCWA 3FHKA 1YY7A 2JADA 3D4MA 5IPHA 3JCML 2FUG2 4J56E 4L0WA 1EEMA 1WOUA 3I6AA 5F07A 2KUCA 3LYPA 1X5CA 3HDCA 3ZTLA 3UL3A 4HS1A 1G7OA 1B9YC 1EEJA 4ZB9A 2WRTA 1M99A 4ECJA 1T00A 1T7PB 3CSHA 2I81A 1FW1A 3M0FA 5D9XA 3IRAA 4ISDA 4OWYA 2RIIA 4JE1A 3TOUA 1Q4JA 3DWVA 2QKEA 2JSZA 1FB0A 1SK0A 5E59A 2I9HA 2XPEA 1WMJA 1M2BA 2YN1A 2YOIA 2BJXA 3UBLA 3QR6A 4Q5FA 1O81A 2LRTA 2PERA 2PN8A 4MH3A 2CAIA 2O89A 2E2MA 4WXTA 2JZRA 2OBKA 3UMAA 5IM9A 5C00A 5IMDA 2IFQB 3KXOA 1JZRA 1YF1A 3O6TA 4IQ1A 4D73A 2CAQA 1URMA 4NHZA 4ZB8A 2DSAA 1G6YA 4K7IA 1OVNA 1V57A 4OO5A 4F82A 2LS5A 3GL3A 4KUNA 5H5QA 4V2NA 3APQA 1O6JA 1HNCA 3E3EA 1W89A 3F6DA 4PQHA 4MMMA 3PR8A 2VCQA 1B8XA 3IOSA 2VCWA 1A8YA 3FK8A 1SL2B 1OC3A 3EE2A 1U87A 4XRDA 4ACSA 2GQLA 1HNAA 2V6OA 5F8BA 5CRHA 3ZFBA 2FNOA 5DJMA 2A2SA 1DBYA 1O8WA 1O85A 1W4VA 2MMNA 2OACA 4YAVA 3H93A 2AYTA 4KA0A 1SYXA 2DMMA 5ECOB 5DALA 5HQPA 5KN3A 3VURA 1SK1A 1PX7A 3EMXA 1X9MB 2YWIA 4YQMA 2LJAA 5CAXA 3KTBA 4MK3A 1R4WA 2H72A 4EDZA 4RQRA 4DVCA 1VF3A 1K0DA 2F3MA 3HA9A 5IPGA 5ECHB 3QCPA 3G7IA 2I3YA 1VF1A 2DJ3A 5D8IA 1SKWB 5A4VA 2C1YA 5A5KA 4V2MA 4DSSB 1CQGA 1ACVA 4POBA 2DIZA 3WD6A 5LD0A 3IDVA 1V9WA 2NPBA 4IS0A 1BAYA 1SL0B 1XWKA 5CRDA 5H5SA 2MZCA 4ECIA 2LQOA 2HXKA 5IO2A 3QAVA 5AIXA 5CYYA 1TRUA 3N5OA 4GTUA 3TRQA 2HZEA 3D6IA 4HQZA 3ZREA 3VWXA 4TXOA 3L4NA 1JZWA 1NHOA 4HI7A 1FB6A 3A2XA 2H01A 3DIEA 4TR0A 5IOXA 1OYJA 3A3TA 4IBPA 4L5OA 1NW2A 3NZNA 4YH2A 5DCGA 2HZFA 2R5GA 4F0BA 2CZ3A 2LSTA 4AJ8A 3E0UA 3H79A 4XS6A 4XCSA 3O76A 4HOJA 5DVBA 1GTBA 2C0EA 2CVDA 4MCUA 1AC1A 4PQIA 3R2QA 2V41A 5ECLB 3GKKA 3LFLA 1R7HA 1LU4A 1EP7A 1TOFA 1GSEA 2F51A 3OR5A 1GTAA 4ZXGA 1K0CA 5ECKB 1EV9A 1RW1A 3ZZXA 5INYA 5ECSA 4MA9A 5FT3A 4Z7XA 1DUGA 2F8AA 3FR3A 1GTIA 3GH9A 1PD21 2IMIA 3HVSA 4IKHA 2GZPA 4E8HA 2MBTA 3LYKA 2FA4A 2PGTA 5A4WA 2FGXA 2GSRA 2GT6A 1SJ6A 6GSWA 3RDWA 1K0BA 2K18A 7GSSA 2N5BA 1Z9HA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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