3INEA

Bace1 with the aminohydantoin compound s-34
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
388
structure length
367
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 367
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ineA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ineA02
5P1CA 5P2LA 2WJOA 5P5YA 3PBDA 3PHVA 5P76A 3UDJA 1K1UA 5P2JA 4Y5KA 4YDGA 5P46A 1LYBA 3NR6A 1DW6C 3QP0A 3PCWA 3OU4B 5P4MA 1LF3A 5P6HA 3INFA 5OZ0A 5P5GA 5P4PA 5P0UA 2FS4A 2AOGA 2QI4A 5SXNA 3OOZA 5P3FA 3TKWA 1G6LA 1G2KA 5P6IA 4I0EA 4B1DA 2I0AA 1LEEA 5P54A 2P3CA 5P1OA 4NJUA 3UDNA 3L5CA 5P3UA 2QNPA 1W5VA 5P60A 1D4HA 5OZ7A 1FQ5A 5ISKA 1XN2A 2QI3A 2RMPA 2UXZA 1ENTE 5P0HA 3KFSA 4GZFA 3HD8A 1ZPKA 3IAWA 3LZVA 5EZZA 3RVIA 3EC0A 4I0ZA 5P4NA 5P6KA 2ZHVA 5DGWA 2OHLA 4Q1WA 5P3OA 2OHMA 4Y50A 3TOFA 1CZIE 5P8SA 1EC0A 2Z54A 5P15A 3VYDA 4YHQA 3FNSA 5P2BA 1AIDA 5KR8A 5OYVA 3RU1A 4B05A 4DJYA 4RVXA 3OXXA 2RENA 4Y3PA 4WY6A 2QI0A 5P31A 1B6PA 5P7SA 2G69A 1BAIA 3TKGA 5KR2A 5P30A 5P6PA 4Y3YA 4DJPA 3T6IA 1EBZA 4EP2A 1SDTA 2AVSA 2BJUA 3TOHA 4U8WA 1TSQA 1YTHA 2V13A 4FAEA 1K6VA 4FM8A 1AVFA 4AZYA 4J55A 3FNTA 5P67A 4CMSA 5OYXA 4D85A 5P40A 5P1PA 2IKUA 2P3DA 1ZAPA 1PSOE 5P5RA 1A8KA 5IVSA 3OTYA 4MC1A 4J0ZA 2CENA 3SA4A 1BBSA 3NXNA 5P8PA 1PPME 3S56A 1MVPA 4L7HA 4KE1A 3MSKA 4QJAA 2APRA 4B1CA 2PSUA 2OHSA 1D4KA 5EZXA 5P6FA 5P8EA 5KQZA 5P5CA 1D4SA 5DQ4A 5T4SA 4OD9B 4FIVA 3PMUA 3ZPUA 2BPWA 4Y5EA 4YCYA 1HVCA 5P7JA 5HDZA 5P4OA 4EJLA 4I1CA 2G1RA 1FEJC 2PQZA 4ER2E 5P6RA 3HZCA 3AUPA 3SA8A 1SH9A 1FFFC 1PPKE 4K9HA 1MIQA 2H6SA 5OZFA 5P48A 5IS4A 2IGXA 5IVRA 3VUCA 3H5BA 2G1SA 3QI1A 4YOBA 2IDWA 3EL9A 3OHFA 4PYVA 1BDRA 4QGIA 4EYRA 5P5QA 5OZRA 5KQXA 3D1ZA 5P0DA 2OHUA 1GVWA 2XYEA 5OZ1A 3MXEA 4DQFA 2B42A 5P32A 2ZJKA 2OHQA 5P1XA 3UHLA 5P07A 4HDFA 1BV7A 5P1BA 4QLHA 2WEZA 3MWSA 5DR0A 5DQ5A 2FGVA 3QS1A 1EBYA 3VCMA 3S43A 4K8SA 3ECGA 5HD0A 3DK1A 5P0CA 4CPRA 5P8CA 2PC0A 1KZKA 3KDCA 9HVPA 4GJ6A 1T7IA 4ZPEA 3Q4BA 1PFZA 4ER1E 4TRZA 3LIYA 3ZKMA 3SA9A 1DMPA 5AH6A 3VYFA 3MSLA 4QJ8A 3KDDA 5IE1A 1BXQA 5P1YA 4OBDA 5P0ZA 1UH7A 3NU3A 4Y3DA 2QCIA 3BGCA 4J0TA 5P8HA 5P5LA 3PWMA 5P6CA 4IVSA 4Y5AA 1E5OE 2R5PA 3UDKA 3RTHA 3KMXA 1M0BA 2OHPA 3NU9A 2ZHTA 4APEA 3WZ6A 1MERA 1TCXA 3GI4A 3O9DA 4L6BA 3SM2A 5P4FA 2VA6A 1FQXA 1A94A 1W50A 3UQUA 1NPVA 1YG9A 3NWQA 1APUE 1N49A 1APTE 4Y3WA 2PWRA 3U71A 3EKQA 4FSLA 1FQ8A 3OAGB 3CKPA 3PSUA 4NJVA 1TQFA 2HB3A 3SQFA 4JP9A 3O9IA 3WZ7A 1B11A 5CLMA 3QBHA 2HB2A 1HVLA 3IA9A 5HCTA 4D83A 1HRNA 4WTUA 4Y5NA 3PI0A 5P70A 1BXOA 5DR7A 1SP5A 3PVKA 4K4QA 3WB4A 3NDUA 2ZDZA 4JPEA 3QRVA 5P20A 2B7ZA 4DJQA 2VIYA 5HE7A 3S2OA 4FRIA 1HIHA 5P4XA 3INHA 3EXOA 2NMZA 1HPSA 5I70A 5P3MA 1TCWA 3FKTA 2HPFA 3URLA 2BB9A 5P2NA 3DCRA 1APWE 5P3CA 1J71A 3SLZA 5P6JA 2Q15A 4EPJA 2FDEA 3LIVA 4Y4EA 3S43B 5OYUA 3PRSA 5P03A 1CPIA 3EKPA 5P7ZA 1ZP8A 5OZAA 5P3YA 1BILA 1NSOA 3K5DA 4RRNA 3NYGA 2HB4A 3D3TA 4YD5A 3IN3A 1CMSA 4I10A 2ZJJA 5JODA 4OBHA 3S8IA 1XN3A 1SMRA 4RCEA 1DAZC 4PEPA 3OQFA 3QIHA 1TZSA 2Q54A 1AM5A 2WF4A 4K4RA 2VJ9A 5OZMA 6FIVA 3OU3A 3KMYA 1W5XA 5P1JA 5P3GA 3L5DA 3DV1A 5P19A 2AVOA 5TOLA 4FAFA 2VNNA 1K6CA 4JPCA 3OADA 5P8IA 4Q1NA 4MC9A 4Y3LA 2QNNA 5P22A 2F80A 4Y9WA 3VF3A 1FMBA 4GJDA 4QJ7A 5P77A 1LYAB 2QI6A 1HSGA 2Q11A 4RYCA 4MC6A 3TLHA 3EL5A 1MT9A 3O9EA 2G1OA 3NDTA 5PEPA 5ISJA 3NUJA 1ZTZA 4Y51A 5I3XA 1GNOA 4DI2A 4GYEA 5OZGA 1HSIA 2ZJNA 4Y4BA 5P41A 4PZXA 5P73A 5OZOA 2RKGA 1C6XA 3B7VA 2P3BA 3IVIA 4HLAA 5P66A 5P25A 5AH9A 3LPJA 3ZLQA 5P7OA 2ZYEA 4J54A 1D4IA 4DH6A 5P5SA 1KJ4A 2IQGA 2HPEA 4FM6A 5P3IA 3PM4A 5DR8A 1Q9PA 2HIZA 5DQ1A 1MSNA 1OD1A 4YA8A 3AIDA 4DJVA 3TNEA 3T11A 2AZBA 1F7AA 1C6YA 4CPSA 5P3TA 5FIVA 1PROA 5P53A 5P57A 1FG8C 1MTBA 4E43A 4Y3XA 5KQFA 1MT7A 4EJDA 3PSGA 4L1AB 4J1FA 1A30A 1YTJA 4Y6MA 5P1HA 3GGXA 3HLOA 4DJWA 1FFIC 5P6EA 4Y36A 3NU6A 1IDBA 3JVWA 4RCDA 5B18A 1B5FA 1FKNA 5KR0A 5P1GA 3VG1A 4DUSA 1RPIA 3N4LA 5P29A 5P59A 5P6UA 3CYXA 4LAPA 5OZ9A 5DPZA 5P2KA 3OQDA 5P34A 4F74A 1HOSA 2QU2A 2MIPA 5P71A 1SMEA 2ANLA 5P8UA 4B72A 5P1AA 4YCTA 5OZUA 5OZ2A 4TRYA 5P0JA 4Y3SA 3HDKA 4R8YA 5P51A 1D4JA 2G20A 2ER7E 5UPJA 4JECA 1IIQA 4B1EA 1FGCC 5P05A 4RVIA 5OZKA 5P8RA 4QJ6A 5P0RA 5P16A 2FMBA 5P04A 1BVEA 2QP8A 1ODYA 3OXVA 5P5JA 3EBZA 2V12C 5OZPA 2VIEA 4Y3ZA 3VV8A 2ER6E 4Y5LA 5P3EA 3QBFA 5OYWA 4FRJA 6APRE 1IVPA 5P4BA 1K2CA 1HVRA 5P8OA 5P06A 5P2CA 5P6AA 5P7WA 1K6PA 5P0OA 4ACXA 4FLGA 5P7EA 5OZBA 4FL8A 2FXDA 5P0NA 4DPFA 3PBZA 1T6GA 1MTRA 1MRXA 4JOOA 2VA5A 5P7IA 5DGUA 1ZJ7A 2Q55A 3LINA 3LITA 3U6AA 3PJ6A 5P0XA 3NDXA 1LYWA 4J1IA 5P6DA 5P2RA 2BQVA 2WECA 4YE3A 5P2UA 3HAUA 5OZQA 5P02A 5P72A 5AH8A 1ZLFA 3FX5A 3O9CA 4ZSQA 3IXJA 1VIJA 2OF0A 2IGYA 5P0LA 1XE5A 4DQBA 4OC6A 2QZKA 3GI0A 1SDUA 5P44A 4GJ5A 5P3AA 5OZ5A 4ACUA 3OWNA 5P0VA 1QBTA 3OGQA 1VIKA 1AZ5A 3CKRA 5P33A 4ZLSA 3PWWA 5P55A 4Q1YA 4Y3NA 1LF2A 2PSGA 1T3RA 1T7KA 4J5JA 2WF1A 1ODWA 4Y5BA 5P5FA 3SFCA 1MEUA 2AVVA 4LXMA 1HPXA 2B7FA 4Y4UA 4OBGA 1QS8A 3PMYA 5P8VA 3UDHA 4WY1A 3UDPA 1ME6A 4FCOA 1LZQA 4CPTA 4GB2A 1FMUA 5P6YA 2IENA 3G72A 3ZKGA 2QZLA 4PZWA 3EMYA 2J9KA 1A8GA 3ZPSA 5P1VA 3TL9A 4N00A 5P8LA 1IZDA 4XXSA 1W51A 3NUOA 1EC3A 2J9JB 4LP9A 2ZJIA 3C9XA 1EPLE 1IZHA 4GJCA 4IVTA 5P4QA 1B6JA 3EM6A 3OUDA 3T3CA 3Q3TA 5P37A 5P86A 3QPJA 1C70A 3OUBA 4Y48A 5P7VA 2V11C 3DOXA 3ZKXA 5BWYA 2HAHA 3OHHA 2ASIA 5P3BA 4Y3TA 3I8WA 5P4GA 1UH8A 4FRKA 3KM4A 3A2OA 1EC1A 5JFPA 3D1YA 5P2WA 5OYYA 5OZWA 5P6TA 3R2FA 4GJBA 4OBKA 3URJA 3K5GA 4QJ2A 1LYBB 5P6QA 4RRSA 4RVJA 3OXCA 3S7LA 5OZNA 5P4EA 4Y3QA 5P1UA 4I8ZA 5P4AA 3F9QA 5P3JA 2QI5A 5P8FA 1BWAA 5I3WA 3IN4A 5ER1E 4J0PA 4R93A 5P39A 4CPUA 3L5EA 4YBFA 2I4DA 1YTGA 5AHCA 4LXAA 5SY3A 3RTMA 2NXMA 5P17A 5P8QA 4EQJA 2JJIA 1KJ7A 1ZPAA 5KOSA 5P0SA 4KUPA 3EKTA 4YD4A 3VLAA 3DUYA 5P75A 4EWOA 4U7VA 2BBBA 5P4YA 5E5JA 2O4SA 1HVJA 5OZEA 5AGZA 2I1AA 5P5IA 5P7NA 2F81A 4LL3A 1HIVA 4Y3GA 1SGUA 2B60A 4HE9A 3PLDA 3L38A 1HEGE 5I3YA 4RROA 2NXDA 5P2QA 2ZHUA 5P00A 5HU0A 4DJOA 1KJGA 5I3VA 1HTGA 1HWRA 5P6XA 2QMPA 3L58A 1D4LA 5OZ3A 5P3SA 3NDWA 2O4NA 2OAHA 5P2YA 5COPA 4A6BA 1XE6A 3CYWA 1QBUA 5P52A 3LZYA 1RV7A 5P6MA 1MESA 1SBGA 4H3IA 4XX4A 5P5BA 2BPVA 4AA8A 4Q5MA 3UQPA 4Y41A 5P14A 4NJTA 4EXGA 1DP5A 3HBOA 3VFBA 4I0DA 3IVHA 3O99A 3S54A 1RNEA 4YCKA 5P6LA 2I4QA 2AOHA 3T7XA 2QHYA 2Z4OA 1SDVA 5P5TA 4RZ1A 5DR1A 5P45A 1HBVA 4CPWA 1NH0A 3G6ZA 2AOJA 2QMFA 3UTLA 4DPIA 5P23A 5P2VA 2ZJLA 5P7QA 1RL8A 2G94A 3ZKSA 5P3XA 5P1MA 4GJ7A 5P3VA 2NNPA 4YOAA 4FGXA 3APRE 1K2BA 2G26A 4TVHA 1GKTA 5JG1A 3UFLA 3INEA 4Y5PA 3GI6A 3Q70A 3EL1A 2ZHRA 1YT9A 5P0AA 5P3PA 5P4TA 5P28A 4DJUA 2HS2A 2V00A 2QU3A 2HM1A 1EAGA 4FS4A 2XYFA 4CPXA 4Y3MA 2ZE1A 5ER2E 1UPJA 3OQ7A 5P7AA 1U8GA 4I0GA 5P6BA 5HE5A 3K1WA 4H3FA 5HTZA 2AVMA 2AOEA 5P4CA 4U7QA 3OK9A 3URIA 5P8BA 2I4WA 2HC0A 1BDLA 3Q5HA 2CEMA 2IS0A 5P5AA 5P5PA 3OTSA 6UPJA 5P01A 3WSJA 4Y3JA 1EEDP 4DVFA 2Q63A 2A4FA 4Y39A 2WL0A 1HTEA 1DIFA 1DPJA 1ODXA 2BKSA 1EPPE 1AXAA 4OBZA 3O9LA 3QROA 5F01A 3IGBA 1T6EX 4F75A 3SACA 1A9MA 2AZ9A 2WEDA 3EM3A 4HVPA 1BV9A 4DQHA 3CICA 3GGUA 1HSHA 5P81A 3ZOVA 3L5FA 5P82A 4EXHA 3I6OA 3NXEA 1ER8E 4R95A 1MPPA 3PLLA 2AOFA 5P7KA 4Y4JA 5SY2A 1XDHA 1XL2A 5P61A 4B0QA 5P4SA 3S45A 1K6TA 2XFIA 2VJ6A 3VV7A 3K4VC 5P13A 2G22A 4CPQA 2I4XA 2XFKA 5P62A 1FQ4A 5P6OA 1QBSA 2VJ7A 5P0PA 3QN8A 2WHHA 5P63A 1K1TA 1LS5A 3BC4A 5DQCA 2O4PA 1QRPE 1GVUA 3ZKQA 3SA5A 3UDQA 4Y5CA 3OU1A 1YM2A 2G1NA 1HVKA 3SO9A 4Y3FA 5KOQA 5OZXA 5P6VA 2R3WA 5P18A 4GJ8A 3ZL7A 4Y38A 4Y5GA 2VIJA 5P1FA 3I7EA 2V0ZC 3VFAA 5P0EA 1EPME 4PPHA 4RLDA 3OU4A 3EL4A 4EJKA 3O9AA 5P2TA 3G70A 3UF3A 5P43A 3LIZA 3MXDA 2R8NA 5OZVA 5P8GA 3SA7A 3OUAA 1EBWA 4LBTA 5J25A 3GGAA 1BWBA 4RCFA 4Y3AA 4LC7A 2SAMA 3VLBA 5P1ZA 3BVAA 4L7JA 5P5VA 3UCBA 3EKVA 1EPOE 3O9BA 4KB9A 1FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1C A;  5P2L A;  2WJO A;  5P5Y A;  3PBD A;  3PHV A;  5P76 A;  3UDJ A;  1K1U A;  5P2J A;  4Y5K A;  4YDG A;  5P46 A;  1LYB A;  3NR6 A;  1DW6 C;  3QP0 A;  3PCW A;  3OU4 B;  5P4M A;  1LF3 A;  5P6H A;  3INF A;  5OZ0 A;  5P5G A;  5P4P A;  5P0U A;  2FS4 A;  2AOG A;  2QI4 A;  5SXN A;  3OOZ A;  5P3F A;  3TKW A;  1G6L A;  1G2K A;  5P6I A;  4I0E A;  4B1D A;  2I0A A;  1LEE A;  5P54 A;  2P3C A;  5P1O A;  4NJU A;  3UDN A;  3L5C A;  5P3U A;  2QNP A;  1W5V A;  5P60 A;  1D4H A;  5OZ7 A;  1FQ5 A;  5ISK A;  1XN2 A;  2QI3 A;  2RMP A;  2UXZ A;  1ENT E;  5P0H A;  3KFS A;  4GZF A;  3HD8 A;  1ZPK A;  3IAW A;  3LZV A;  5EZZ A;  3RVI A;  3EC0 A;  4I0Z A;  5P4N A;  5P6K A;  2ZHV A;  5DGW A;  2OHL A;  4Q1W A;  5P3O A;  2OHM A;  4Y50 A;  3TOF A;  1CZI E;  5P8S A;  1EC0 A;  2Z54 A;  5P15 A;  3VYD A;  4YHQ A;  3FNS A;  5P2B A;  1AID A;  5KR8 A;  5OYV A;  3RU1 A;  4B05 A;  4DJY A;  4RVX A;  3OXX A;  2REN A;  4Y3P A;  4WY6 A;  2QI0 A;  5P31 A;  1B6P A;  5P7S A;  2G69 A;  1BAI A;  3TKG A;  5KR2 A;  5P30 A;  5P6P A;  4Y3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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