3INFA

Bace1 with the aminohydantoin compound 37
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
389
structure length
367
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACDEFRTAAVEGPFVTEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 367
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3infA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3infA02
4Y5AA 3CIBA 5P1JA 5P6NA 2BJUA 4Y43A 4R91A 4Y53A 1KJFA 2HPFA 3EM3A 5P7YA 1BXQA 2G1OA 4AUCA 5P04A 5OZZA 5OYUA 1PSOE 3LPKA 3UQUA 1XN2A 2AVQA 4Y9WA 4Y3NA 3QBHA 1FF0C 1EC0A 3EM6A 3LPIA 4GYEA 4DQBA 4FIVA 5P2XA 3T6IA 4XKXA 5P7EA 5HVPA 2ZJKA 4JECA 1W5VA 3VSXA 3ZPUA 2R38A 1FQ7A 2RKGA 3EKTA 2A4FA 5P88A 4I1CA 4RCDA 4RCEA 3KYRA 5P59A 3TPPA 1K1TA 3CKTA 1IZHA 2V16C 4Y35A 5P42A 3SAAA 4NKKA 3SM1A 4DJYA 2PYNA 3UQRA 1LEEA 1XS7D 2AODA 5P1DA 5P5JA 3R4BA 4Y3MA 3NLSA 1AJXA 5P25A 3F9QA 1HIVA 3NDUA 4F73A 3QRSA 5P4WA 1VIKA 2IEOA 5P6AA 3GI5A 5P3LA 3IXKA 4B78A 3H0BA 1W51A 1Z8CA 2B7FA 4RROA 9HVPA 2FIVA 5P5SA 1HSIA 5P29A 5P5BA 1HXBA 1APTE 5IS4A 4CMSA 5P08A 1K2CA 4HDPA 3TL9A 3KF0A 2R3WA 5P8AA 3UDMA 1LYWB 3B80A 4CKUA 2FXDA 1LZQA 2ER9E 1FKNA 5P6KA 3OHFA 2OHSA 3QRMA 3VSWA 5HDZA 4RGHA 2AQUA 3O9DA 4EJDA 5SXNA 3JVYA 5P5UA 5P8SA 3UFLA 5P54A 1GVVA 2WF0A 5IVRA 3FSMA 5OYTA 1FG8C 4I0DA 5P8UA 5OZ2A 4ZIPA 3AUPA 2NXDA 4HDFA 4OC6A 5P8JA 1ZPKA 4LBTA 1BDLA 2IDWA 4Y39A 4Y4JA 2AOCA 5P5CA 5JFUA 3APRE 3SA8A 3DCKA 2ER0E 2FDPA 3NU5A 3TOFA 5P72A 4RRSA 5P8MA 2WEAA 1M0BA 3SA6A 2XFJA 2RKFA 4Q1XA 1EBKC 5P4VA 3NU4A 5P03A 4RVXA 5KOSA 2QZKA 2ZJMA 4Q1WA 3SACA 3OU4A 1E5OE 3VFAA 1HTRB 2ZHVA 1MIQA 3KDDA 1IVQA 4F76A 1SDTA 1LYAA 2OHLA 2AZ8A 5P6DA 2FDDA 3OHHA 3RVIA 5P1IA 2J9JA 4QJAA 4AA8A 3IGBA 3EKVA 4CPSA 1M4HA 3HLOA 3RU1A 1SMRA 5P56A 2BPWA 4JP9A 5P1VA 1LS5A 2O40A 2H6SA 3EL1A 5P18A 1JLDA 5P4RA 4Y3HA 2Q55A 3D91A 3O9IA 5P0FA 4K8SA 3EKQA 3BGCA 4CPWA 5OYYA 1MRXA 5HU1A 2P3BA 5P3MA 5OYRA 3ZLQA 3CKPA 4OBHA 5P85A 5P4EA 1PFZA 2AOEA 2QK5A 5HD0A 2QMFA 4Y3AA 1HPXA 1ZPAA 5DQ2A 3T7XA 5P6LA 1HIHA 1N49A 3OQDA 3ST5A 1SH9A 1XN3A 3LZUA 5ISKA 2AVSA 5P7CA 5P4FA 1D4IA 4AZYA 4R92A 5P3NA 5P6MA 3QN8A 1T7IA 4ZLSA 3EM4A 4YD5A 4YD6A 5OZUA 5DQ4A 3UCBA 3RTMA 5P7JA 5B18A 1HVKA 3GI6A 2VIYA 4OC6B 2G1RA 4NJTA 1SDUA 3K5GA 4Y3SA 5P52A 2ZJIA 1BVEA 3K4VA 5P2MA 3OAGA 5P7FA 4MC6A 1UH7A 4JPCA 4TRWA 4ZSQA 1MPPA 3PWWA 5P2AA 1HHPA 3LITA 3PI0A 4BEKA 5P43A 3PSGA 5P2UA 5P2BA 4I0EA 2QHZA 4XX3A 3OU4B 2WEDA 4OBGA 5P8TA 1B6JA 3GGVA 5P8QA 4DJXA 2G27A 2V0ZC 1LYAB 2JE4A 1IZDA 3T11A 4YD3A 2J9JB 2R8NA 4DQHA 3M9FA 3INHA 2XYFA 3UTLA 2I4XA 1HSHA 5OZRA 1B6LA 3QBFA 3APPA 3HZCA 2NNPA 5DPZA 4APRE 5P3PA 4U7QA 3RSVA 3GI0A 4MC9A 2ER7E 5P8GA 3UDQA 5OZ5A 5P73A 4TVHA 2AZ9A 4D89A 3ER3E 2IRZA 3WSJA 3D1XA 2P3BB 4MC2A 3KMXA 3TLHA 5ISJA 3DUYA 1KJGA 4ACXA 3BVAA 2OHNA 4HVPA 4FGXA 5P4BA 5F00A 5DR7A 5P6QA 1APUE 2QHYA 3BUHA 3PGIA 1A94A 5P7VA 2P3CA 2VJ6A 4B1EA 3GGUA 1TCWA 5P5EA 1HTGA 3L3AA 1B5FB 3MXEA 5TOLA 3UHLA 4EJLA 5P63A 5P5KA 5P4HA 2CEJA 1IDBA 4I0IA 2F81A 5P1XA 1HEGE 5P3HA 3RTNA 2QMGA 5P69A 4AA9A 1FQXA 5P2NA 4H3IA 2QNQA 4QJ8A 2ZGAA 4I12A 5OZOA 3BUGA 5P8HA 4Y37A 5P6GA 5I3WA 5P11A 4QJ2A 5P3RA 3ZKGA 1BWAA 3HVPA 1BVGA 5P75A 3CYXA 2F3FA 4YOAA 1LYBA 1FQ4A 5JG1A 4J0VA 4QJ9A 5P48A 2FMBA 3OAGB 4Y3JA 2G21A 3HAWA 4I0JA 2AZBA 3SA5A 5P10A 3JW2A 2VKMA 5P2QA 3L5EA 2QAKA 1FG6C 3SKFA 3ZMGA 5OZ4A 4FSEA 3LZVA 4PZWA 5P7NA 4K4PA 5P7TA 4KUPA 3OUCA 5P8DA 5P4KA 2BPZA 3S45A 5OZGA 4QLHA 5P32A 4R8YA 5P5GA 3O9BA 4LP9A 1NPWA 3VG1A 5F01A 1DW6C 1Q9PA 1BXOA 5P3BA 2Q5KA 5DQ1A 1A30A 2QI7A 3UFNA 5P0UA 2F3KA 1IZEA 1EEDP 1LF4A 2FS4A 1WBMA 3I6OA 4LAPA 3RSXA 1FEJC 3C9XA 1AJVA 2F3EA 2NMZA 3L58A 2IGXA 4Y3DA 4B70A 5P1PA 1QBTA 1B6PA 2BB9A 4Y5CA 3T3CA 1HVIA 1BWBA 4J54A 2QZWA 5KR1A 4H3GA 2P8HA 4RCFA 5P3AA 5P3SA 1FIVA 5JFPA 3SA9A 5P02A 2IQGA 2WF1A 3HBOA 1OHRA 4Y5GA 3ZPSA 1LV1A 2JXRA 3N4LA 5OZMA 5HU0A 5P49A 5DGWA 1EPME 1TZSA 5OZIA 4HA5A 2RSPA 1RQ9A 4FE6A 4L6BA 3ECGA 1LYBB 2UPJA 4COEA 1D4KA 4Y3XA 3SPKA 3OADA 5P8EA 3KDBA 1E81E 1FMUA 2ZE1A 3QIHA 5AHCA 4Z22A 5BS4A 1CMSA 1IDAA 1NSOA 5P4MA 2WECA 5OZNA 3OOTA 4B00A 3EBZA 4N00A 4Y50A 5P0TA 4DQCA 5P7PA 3T7PA 6APRE 5P5QA 5P70A 5P39A 2UY0A 5COKA 1GNOA 5OYXA 3QAAA 1YX9A 4FL8A 5OZXA 4DQEA 3A2OA 3U6AA 1D4LA 1K1UA 4L7HA 5P05A 5P5WA 2QD7A 4J0PA 4LXKA 4Y4XA 5P3FA 2JJIA 3O9CA 1G0VA 5P14A 1HPOA 2WF2A 5P6XA 3PI5A 3PVKA 1UH9A 5P4XA 3O9LA 4TVGA 5P4OA 1AIDA 1BDRA 2I4DA 5P1AA 5C9FA 3SQFA 5EZXA 1BAIA 2V00A 5P5PA 2RENA 5P6CA 1XE6A 2PWCA 2QHCA 4DPFA 1XL5A 2SAMA 2VJ7A 4CPTA 3OXWA 5P7WA 3S2OA 3O9FA 2AIDA 4Y44A 5P1SA 2I1AA 4YBIA 3S54A 5P57A 4DPIA 3QI1A 5P8BA 4QJ7A 2B60A 2G22A 4Y47A 2F8GA 3INDA 4NJVA 4Y54A 3NUJA 5P84A 1B6MA 5P3EA 4JOOA 5FIVA 5P0ZA 3FNSA 4I0FA 5P1MA 1EPRE 1OEWA 4L7JA 5P53A 3I8WA 4Y3YA 1TQFA 5P5FA 3OADB 5P2JA 4UPJA 2HB2A 4DJPA 1ENTE 3ZOVA 4K4RA 3I7EA 5P0OA 1F34A 2G1NA 3JVWA 3EL9A 3G6ZA 3ZKSA 5P36A 1K6VA 3NWQA 3OTYA 2VJ9A 5P8CA 2QD8A 5P1KA 1HTFA 3PSYA 3OQAA 2BQVA 4RZ1A 5AHAA 3FNUA 4KE1A 5P7UA 1AZ5A 5P44A 2G69A 5P66A 1XDHA 1J71A 4Y51A 5ENMA 4XXSA 4WY6A 4Y5EA 5P3OA 2QZLA 4HE9A 4HDBA 3O9LB 4EXHA 5P5VA 3BHEA 1APVE 1BILA 3PBZA 5HCOA 2HAHA 3K5FA 1BDQA 5HDVA 3SFCA 2G24A 3INEA 3UDNA 1T7KA 3NDTA 2AOGA 2FGUA 4DV9A 2VA5A 4B0QA 5OZFA 5P13A 5P0QA 5P01A 2QI4A 4DJQA 5OZTA 5P6WA 3G70A 5P7IA 2FGVA 2I0AA 4Y6MA 1D4HA 4IVSA 5OYWA 4EP2A 2IL2A 5HE5A 1W5XA 4DVFA 5OYVA 3S53A 1FB7A 5P6ZA 1ZAPA 3TPLA 3IVHA 4GJ7A 2BBBA 3SM2A 5P12A 3O9AA 4GJCA 5C9DA 5P3YA 2FLEA 1QDMA 5P3UA 4Q1YA 1ER8E 4Y3RA 3NU9A 1W5WA 2NNKA 5P6TA 1K6PA 4DJOA 1YT9A 2ZHRA 3VF5A 5P07A 1UH8A 5P2LA 3OQKA 3O99A 2QMDA 2CENA 1MSNA 3T7QA 5T4SA 4R93A 3UQXA 1MESA 5P5OA 5P19A 1CZIE 3KFPA 1FMXA 2WEZA 3FV3A 4OBFA 3LIVA 4FM7A 1NPVA 3CMSA 1IVPA 4YDGA 1G35A 5P0HA 2WKZA 2B8LA 2I0DA 5P1WA 3VCMA 4KE0A 5P6OA 3TKGA 3INFA 1LF2A 5AH6A 5P1QA 1B5FA 1YTGA 5P0MA 2P3DA 3UDYA 5I3VA 4Y58A 5IVQA 5P46A 1SP5A 1EC3A 2O4KA 5P4JA 3L5BA 3DJKA 5P60A 5P3CA 5P7DA 1HVSA 2PSGA 3PHVA 1PSAA 2AOFA 5P3JA 3L59A 4HZTA 3UQWA 1RL8A 1U8GA 4K9HA 1T3RA 2VIZA 3EL4A 2VS2A 2WEBA 3PSUA 5P5AA 1PPME 4Y4DA 5P45A 2WL0A 1G2KA 2BPYA 4R95A 5OZ3A 5P58A 4M8YA 5P3DA 5P0IA 4ZPFA 2CEMA 3QPJA 4Y4UA 1RPIA 5P80A 4TRZA 2UXZA 2HS2A 5P0RA 3BXRA 2V10C 1C6ZA 4J1KA 3O9HA 1D4SA 1MRWA 5KR8A 4FAFA 5P0KA 4DQFA 4FSLA 5OZDA 4HEGA 5OYQA 2R5QA 2OHUA 3OGQA 5OYSA 4CPUA 1FGCC 1KZKA 5P3TA 4Q1NA 2V12C 3TKWA 1MT7A 1G6LA 5KQFA 3WZ8A 3OU1B 2WF3A 3QP0A 4I0GA 3VFBA 1K2BA 3PWRA 5P4DA 5P23A 2PQZA 4GJ8A 2P4JA 1IBQA 5SY2A 2V11C 2IGYA 1HSGA 5P0CA 3IN3A 5P16A 5P62A 4ZE6A 4Y57A 3UDJA 4X7IA 4ZPGA 1XE5A 3OUAA 2NMYA 4YCYA 1OEXA 3U71A 5HDUA 5I3YA 4I0ZA 5KAOA 2QZXA 5P0SA 3VEUA 3DM6A 5P4NA 5P5DA 3Q5HA 5P5XA 3CIDA 4ZSMA 5P0DA 5P77A 3TTPA 1DP5A 1HXWA 1ZTZA 2Z4OA 1C6YA 5COPA 2BPVA 3PEPA 3EL0A 4CPQA 1B6KA 1GNNA 4OBJA 3KFRA 2IKOA 1D4YA 3ZKQA 3GI4A 3LZYA 3S43B 1A8GA 1FQ8A 3ZKIA 5P1OA 4EJKA 5C9BA 1FQ6A 5P55A 2I4VA 5P31A 1MT8A 4H3FA 2PMAA 5P35A 5P1CA 2V13A 4J1FA 3URIA 2ZJJA 3PBDA 4PZXA 3D20A 2RMPA 3LIZA 3KT2A 2QI5A 2R9BA 1K6CA 4LHHA 2FDEA 3PLLA 5P0PA 4Y3QA 5P5ZA 5P4UA 3FIVA 4F75A 3QRVA 2OHKA 3L5DA 3ZKNA 3H5BA 5KR2A 4QGIA 5P0GA 1EC1A 3OXXA 1ZSRA 5P86A 3BRAA 5UPJA 3D3TA 5P4TA 1ODWA 5P5LA 3IN4A 3HAUA 1AXAA 2FXEA 4CPRA 4DJVA 1EAGA 1F7AA 4F74A 4WY1A 1OD1A 4EHCA 4GJ6A 3IA9A 2VA6A 4FS4A 1HVJA 3OXCA 1YG9A 5P5HA 1UPJA 4WTUA 4R5NA 4H1EA 4FM6A 4A6BA 3KFNA 3NXNA 2I4QA 5P47A 4J1EA 1FMBA 4Y4BA 3QVIA 3I25A 4J0TA 3TOHA 2ZHUA 3KT5A 4Y4TA 5P27A 3OOZA 3WB4A 1MEUA 3UF3A 3OK9A 4Y48A 5AH7A 4DUSA 3LINA 4Y3EA 5P4IA 2AOJA 3PJ6A 1D4JA 3GW5A 1QBUA 5P0VA 3FKTA 4D83A 3Q6YA 3EKPA 4FRSA 3D1ZA 5P4SA 5P0BA 3OU3A 4KB9A 1MUIA 4Y3PA 4FAEA 5OZCA 1DAZC 3OTSA 4Y5PA 5OZAA 5OZ1A 4YBFA 5OZBA 3KFSA 5DR0A 5P8VA 1BIMA 5E5JA 2EWYA 2ANLA 2XYEA 1SMEA 4A4QA 2Q15A 5P6FA 5KQZA 3Q4BA 3PM4A 3QROA 5P7LA 1TW7A 1ODXA 4PPHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5A A;  3CIB A;  5P1J A;  5P6N A;  2BJU A;  4Y43 A;  4R91 A;  4Y53 A;  1KJF A;  2HPF A;  3EM3 A;  5P7Y A;  1BXQ A;  2G1O A;  4AUC A;  5P04 A;  5OZZ A;  5OYU A;  1PSO E;  3LPK A;  3UQU A;  1XN2 A;  2AVQ A;  4Y9W A;  4Y3N A;  3QBH A;  1FF0 C;  1EC0 A;  3EM6 A;  3LPI A;  4GYE A;  4DQB A;  4FIV A;  5P2X A;  3T6I A;  4XKX A;  5P7E A;  5HVP A;  2ZJK A;  4JEC A;  1W5V A;  3VSX A;  3ZPU A;  2R38 A;  1FQ7 A;  2RKG A;  3EKT A;  2A4F A;  5P88 A;  4I1C A;  4RCD A;  4RCE A;  3KYR A;  5P59 A;  3TPP A;  1K1T A;  3CKT A;  1IZH A;  2V16 C;  4Y35 A;  5P42 A;  3SAA A;  4NKK A;  3SM1 A;  4DJY A;  2PYN A;  3UQR A;  1LEE A;  1XS7 D;  2AOD A;  5P1D A;  5P5J A;  3R4B A;  4Y3M A;  3NLS A;  1AJX A;  5P25 A;  3F9Q A;  1HIV A;  3NDU A;  4F73 A;  3QRS A;  5P4W A;  1VIK A;  2IEO A;  5P6A A;  3GI5 A;  5P3L A;  3IXK A;  4B78 A;  3H0B A;  1W51 A;  1Z8C A;  2B7F A;  4RRO A;  9HVP A;  2FIV A;  5P5S A;  1HSI A;  5P29 A;  5P5B A;  1HXB A;  1APT E;  5IS4 A;  4CMS A;  5P08 A;  1K2C A;  4HDP A;  3TL9 A;  3KF0 A;  2R3W A;  5P8A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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