3IO4A

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c90
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
419
structure length
417
Chain Sequence
b'KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQQQQQQQQQQPPPPPPPPPPPQLPQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin fusion protei
source organism Escherichia coli o157:h7
molecule tags Signaling protein
total genus 112
structure length 417
sequence length 419
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3io4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3io4A02
1MQDA 2ZNTA 3G3FA 2DE3A 1ZTYA 2UVGA 2XXRA 2ZYKA 1JEUA 1EZOA 1MQGA 4XKPA 1URGA 4G8NA 3OMBA 4ZEIA 2ONKE 3CG3A 3RNNA 4YZZA 3KSJA 3IO6A 5H8HA 1ZU0A 3QSLA 4NF6B 4C1TA 5I59B 3H6VA 4POWA 3M3FA 1NH8A 2UVHA 4X48A 3THIA 2NXOA 2QMXA 2Q89A 1SW4A 1DTZA 3FATA 4JSDA 1B7UA 1BKAA 3PUYE 4NEDA 3VVEA 2A5TA 1EZPA 5CMCA 2O51A 3T96B 1US4A 2DWIA 4F2OA 3RT8A 3G3GA 5FTIA 3MUQA 1I6QA 2XX9A 3K0VA 4YB6A 1UIVA 4DXBA 4JBZA 2AIXA 1ZKBA 3TKDA 5DEXB 1PBPA 1POTA 5TP9B 1OVBA 5KDTA 4U21A 4OWDA 1SI0A 3TTNA 1MQIA 5AA2D 4H8JA 2P2AA 3BKIB 4ELQA 4YU0A 3PPRA 1FW0A 4KPTA 1MXWA 4AQ4A 3TQWA 2B3BA 4GWOA 5H8QB 1MXYA 2I48A 2RKMA 2XD3A 1BTJA 4LQ2A 4GRKA 3KZGA 2HFBA 2E0SA 1B0LA 1JNFA 3IAZA 1BP5A 4NF5A 4QF9A 1MM7A 3DP4A 4N13A 1MS7A 4YKJA 4EDPA 4QFNA 1ANFA 3HV1A 1GVCA 4IB2A 1NFTA 3PPNA 4MBPA 4EF1A 4OVJA 1B58A 2O1LA 2XXHA 2X7PA 4GL8A 2HZKA 4ZEFA 1M5CA 4U4SA 1S7YA 4H5GA 3MPKA 3K2DA 1JW4A 4HS7A 4NF8A 1B9JA 1MH4A 3VXCA 5L9OA 1J1NA 2O84X 4BDMA 3FJ7A 2RF1A 3K01A 3VDFA 4IO4A 3TTMA 2ZNSA 4ND9A 3I5OA 5AA2B 1TWYA 3PD9A 3KN7A 4O3AA 1OVTA 1SVXB 4UACA 1B0HA 4YICA 4LUBA 3OEKA 5L9MA 1B5IA 1WVJA 4BDQA 1MXUA 4U23A 3KGCA 3BFUA 2O7UA 1SQYA 5FHMA 4QFLA 4TOZA 2V3TA 3PUZE 4YMBA 3QUFA 1H45A 3UIFA 1NNTA 1XS5A 1H3DA 4QHQA 2M8CA 4OYVA 1PBQA 2Q9TA 2PVUA 4G68A 2X26A 2RC7A 4LONB 2XXQA 4IO5A 3U1OA 3GXAA 3FUZA 3K6XA 2F7CA 3TODA 3S2VA 4GIZA 4H5FA 2PT1A 4EXKA 1N84A 1B46A 3M8UA 2QS1A 4JB7A 1PB8A 3EHTA 4NWCA 4FE8A 1SYHA 2R71A 5I56A 3TCGA 1GR2A 2PX1A 3U92A 3HSTA 3ILUB 1A8FA 3HHGA 3PMVA 1MY1A 3MP8A 2F6GA 3O6HA 2Q2CA 3JYRA 1XHYA 4GD5A 3W9VA 1UTBB 3G3HA 5JTYB 3C31A 2DWHA 3TEPA 1A54A 2Q88A 1IEJA 3HN0A 2F8DA 4DLDA 1Z7NE 4U1OA 3UA8A 2QMWA 5KCJB 2B3FA 5DEXA 3N5LA 2P0SA 2D3IA 3WAFA 4POXA 1SI1A 2ZNUA 4QFPA 4F3GA 1OLAA 5TU0A 1MH3A 3GLBA 1ELJA 3QUJA 2Y84A 3PMWA 3FJMA 4EQBA 4ELPA 3K6VA 2ZYNA 3RLFE 4ZEBA 4E0WA 4IO3A 1D4NA 3OXNA 1N3WA 2O6AA 1GTKA 3SETA 1II5A 2XXWA 3TELA 4H67A 3H4ZA 3HPIA 2I4BA 5DYHA 3IOTA 3G3IA 4DDDA 3JV9A 4NWDA 1QW0A 2F78A 5FHOA 4IGTA 3C9HA 4R6YA 1A7LA 1FQDA 1Y3NA 4RJZA 4ZEKA 4LZ5A 4F3PA 3VVDA 2GHAA 4XXUA 2YLNA 4JSOA 1DMBA 4RPOA 1YPNA 3FV1A 5KZTA 3LSLA 3MPLA 3S9MC 3W15C 3T9HB 2LAOA 3MVXA 3FXUA 5I2KA 2XD2A 4YKIA 1Y1MA 2NUVA 1EU8A 4AB5A 2GHBA 2ANJA 5ELVA 3VLVA 2VD2A 2REGA 5CMBA 3HCQA 2F5XA 5EYFA 3DP6A 5M2VA 5H8FB 5L8DA 3CFZA 2Z8EA 3PUVE 4YKPA 4DXUA 2YJPA 3DELB 4M4GA 2XXVA 3O2AA 3ONMA 1B2HA 3T9XB 1UTHB 1D3KA 1HSJA 5FTHA 4N07A 5DTBA 1RKMA 3K00A 4YMAA 3LSXA 3E13X 1MDQA 1LBBA 2UVJA 3MQ9A 3Q28A 2VP1A 2DE4A 1FQBA 3E4RA 1B1HA 2HEUA 2AL4A 4PE5B 4PP0A 4F39A 3TTLA 3OO6A 4NMYA 4ESXA 4IO7A 4OXVA 3O9PA 4C0RA 4FAJA 3VV5A 2XXXA 3SEUA 1ZBMA 4LZ8A 4R74A 3USDA 3IB0A 2ZYOA 1LFIA 3EHSA 5I57A 4MH5A 4R2BA 4HCYA 1P1UA 3VVFA 3S9LC 4RK2A 4G77A 4LATA 1VSOA 4GLIA 1A40A 3FIRA 1YCJA 1ZLQA 4XIGQ 1FTOA 3TCHA 3K02A 2V3UA 4H6DA 4JDFA 4NF4B 1LBCA 3VFJA 3O29A 4X9TA 1QVSA 4MFIA 3RTWB 2NOOA 2CZLA 3IL1B 4KCCA 4LA9A 1PB7A 4ELRA 3FJGA 4KYDA 3FGSA 5CBRA 1DPPA 2UXAA 2XHDA 1KWHA 1XC1A 5I58A 1NMUA 3CSGA 4U22A 4KYSA 1LB9A 3OD7A 3RQTA 1R9LA 3FXRA 3S9NC 1Y3QA 4WXJA 1M5EA 1FCKA 1P1QA 2OCUA 4MLVA 5DT6A 2Z22A 3IOUA 3RN8A 3IJXB 1LSTA 3OSRA 1A8EA 3IJOB 2CMOA 1IUDA 4WKMA 4Z7EA 3OO7A 1QKAA 3LSWA 1NKXA 2OZZA 2QS2A 4HW8A 3M3KA 2G93A 1LB8A 2V25A 4GOTA 5A5XB 3AXFA 5AA4A 4OMBA 2AYSA 1Y1ZA 3MWBA 3EHUA 4YAHX 4DIGA 3FVNA 4R75A 2E1SA 5DVJA 1MY3A 2YPNA 1D9VA 4DCXA 4TLMB 3IORA 3A3UA 1AL3A 5F7VA 1A55A 1NNPA 5BWJA 3O66A 4LQ5A 4KHZE 4KCDA 5I2NB 2O7IA 5IAIA 4RPNA 3H6WA 3QXMA 3EQ1A 4GXSB 5H8NB 3TDJA 1PC3A 4OTEA 3KN8A 3LUYA 3CI8A 3VXBA 3EPEA 2DXYA 3QIMA 3I6VA 3PUXE 1TFAA 4MF3A 5EHSA 1L5TA 3HHFA 3Q25A 4ZS9A 3PPQA 5IKBA 5CMKA 2F6PA 4YKKA 1SBPA 4F3SA 3OENA 3QK6A 5DVFA 2A5SA 1D9YA 1NNFA 2W7YA 2Z8FA 3U72A 3IK6B 1M5BA 4OETA 2ONRA 3MZ9A 2HCAA 1FTKA 2QPQA 4NF6A 4I62A 5I59A 2Y7KA 3N6TA 3B6QA 4F1VA 4UA8A 4QRZA 4EXLA 4JXIA 2Q2AA 3D4CA 2DVCA 3PPOA 2FYIA 3PD8A 1H43A 3S4UA 5JEIA 3ZKLA 1B3FA 3TTKA 2IA4A 1Y9UA 4R72A 4L17A 5LOMA 4QSCA 3IR1A 3DM0A 1IITA 2ALUA 2UVIA 3FV2A 3Q26A 1B6HA 4JWOA 1QULA 4QFOA 4F1UA 2HZLA 1B7ZA 3O28A 1Y4TA 5B7DA 1GGGA 1A99A 1TT1A 1LLSA 2RCBA 1N3XA 3SKPA 2B65A 2OWTA 4BLAA 3LSFB 5J1DA 3KJ7A 1WDNA 2DWJA 2OLBA 2DOJA 2PMSA 2Y7PA 3CIJA 4OEVA 4OQOA 4DCYA 2VGQA 3IO4A 1XVYA 4E0XA 5TP9A 2Y7RA 2H25A 4QFKA 5H8HB 2H4IA 2REJA 1I6BA 4ISUA 2F7BA 3SEYA 1MXZA 2O68A 4ZZAA 4R9FA 4LVQA 1H44A 4F22A 1Y4CA 4IO2A 4JWYA 1R9QA 2P1SA 5H8QA 3CRBA 3HO7A 4N6PA 2UYEA 3OOAA 4YB5A 1O63A 3O6IA 2DVZA 3M3LA 2A5TB 4ZZEA 2BJJX 3MJNA 4ONYA 4O3CA 4U1ZA 1VFDA 2DQVA 2V3QA 3MVWA 1SW5A 1FQAA 2HAVA 1N04A 4BDRA 3H7MA 3GZGA 3KN3A 2HAUA 2R9JA 2I58A 3Q27A 4G8MA 5KDTB 3K1MA 4RYAA 3T66A 3ODBA 3VE1B 1N0TA 1R6ZA 5HBCA 1ATGA 3CG1A 4IY5A 1QUJA 4QSEA 2ESNA 1QJMA 5AA2A 5DVIA 2QJEA 1WODA 4DE8A 4FJPA 3SESA 2G29A 2D21A 2XXYA 1CE2A 2I0CA 4P0IA 4XTCQ 4OZ9A 3SDFA 1B40A 1B51A 5I2NA 4BDOA 4ZECA 4GVOA 3C35A 4NF5B 3OO8A 1PDAA 1XT8A 3EF7A 3MP1A 1I69A 1POY1 4F19A 3OELA 3BFTA 2VD3A 3V8XB 1QUIA 2DWAA 3OSQA 3MVYA 3LBSA 1JW1A 4PFWA 3UN6A 4RY1A 4NF8B 1B1XA 2H99A 4OEUA 3W9WA 3SERA 2F35A 3H06B 5ICTA 1UQWA 4WEPA 4TLLB 3ZSFA 1MPCA 3KFMA 2ZXTA 3GBAA 1MM6A 1Y20A 3FVGA 1N76A 3R7XA 5L9SA 1FQFA 1RYXA 2VHAA 4I9DA 2X7QA 2XXTA 2QS3A 3C32A 3UP9A 3E3KA 4ESWA 1MQHA 2OBGA 4BDNA 5JK4A 1LAFE 1FQEA 3KJTA 1UTBA 4DZ1A 4KD5A 5JTYA 2RINA 4G8HA 4RA1A 5B70A 1EH3A 1SD3A 2PT2A 3FZVA 1O64A 3C4MA 4KYEA 4G68B 1OLCA 2DSFA 5I84A 3D4GA 3H03A 3G7WA 5KCJA 5AA1A 2IEEA 3DP8A 3JZJA 5TPAB 1LFHA 5CMMA 4Q30B 1B7HA 3RT6B 3PU5A 1JW5A 1T0KA 2Z23A 5ICQA 3F11A 1B05A 4H8IA 5K2YA 4PETA 3MVZA 3R26A 4FIMA 5I56B 5F1QA 3G3JA 4FECA 4I8CA 3U93A 3CR9A 5FHNA 3O6GA 3PUWE 1MG1A 3MBPA 4Q5TA 2Y7IA 3K6UA 4ZE8A 5HPQA 1OQGA 5ITPA 1OIBA 1B5HA 1XVXA 2HXWA 2QL3A 3FASA 2I0BA 2NVUB 5AE4A 3U8QA 2O69A 5BUUA 2O1MA 4KR5A 1JEVA 1CB6A 2AL5A 1URDA 3ZS6A 4F18A 3TTRA 1IXCA 3A09A 1BIYA 1B3LA 1B4ZA 1URSA 3LR1A 1AH5A 4Q0CA 3PV0E 2THIA 2Y7WA 4OHNA 1JVYA 3GBBA 4FORA 1R1NA 4RK9A 1ZIUA 3CSBA 1PEBA 5HM4B 4R2FA 3IX1A 2H5YA 2F34A 2ZMBA 3I3VA 4HTGA 3CFXA 3P7IA 3G3KA 4I1DA 2D5WA 5ITOA 3H6TA 4OFLA 3WAEA 2DYXA 3N26A 3TPAA 1JVXA 4F1YA 3N6UA 1MPBA 3C33A 3K6WA 1VE4A 2RC9A 3H6UA 3PGFA 3MZBA 5CM6A 4GXAA 1MRPA 3QYTA 3T9VA 2GFEA 3RY3A 5CC2A 2DP8A 1IXGA 1LAGE 1LCFA 1SW2A 4XKQA 1VFEA 1P99A 2FA7A 5H8FA 1Q35A 1MY4A 3IOVA 3IB1A 3UORA 2QS4A 2ZYMA 4OFJA 1EZ9A 2HQ0A 4OENA 1MY0A 2I3WA 3KOSA 3MAMA 1OQHA 1UTHA 2I4CA 4NE4A 4AB6A 2Z8DA 1HSLA 1TFDA 4RXLA 4H0WA 2F7AA 1LGBC 4R6HA 5CRYA 3B7DA 2ABHA 3R6UA 3SEVA 2F97A 1M5DA 4IY6A 1DPEA 2XXPA 1YTVA 4EF2A 5I2KB 4PQJA 4ZE9A 3MP6A 4F3BA 1USYH 4PFTA 2XXUA 2DXRA 4F31B 3H3GA 1DSNA 3OEMA 3CFLA 1LFGA 4IO6A 2XXIA 4ECFA 1S50A 1LCTA 4QSDA 1QKBA 3SEWA 3RTFB 1MQJA 1P1OA 3S9EA 5TPAA 3KSXA 4ZEDA 3C36A 3TZAA 5EHMA 1MPDA 4Q8RA 3V83A 2V93A 1IXHA 4R9GA 1FQCA 3CVGA 3PPPA 1YAEA 3BBRA 3L6GA 1MXVA 3T9UA 3OO9A 1NH7A 5H8SA 3MW0A 1N7XA 2V84A 1M5FA 4KI0E 3RGYA 4NF4A 4P0GA 2NWJA 3RPWA 4H65A 1O7TA 1MXXA 2VOZA 4G2ZA 1B32A 1B52A 2I3VA 3U94A 4U2RA 2OWSA 2OK2A 4GL0A 3VLWA 1Y3PA 4C1UA 4M1VA 1NNKA 4JWXA 4F2QA 3TQLA 3TCFA 4O3BA 1N7WA 1VR5A 1ZMGA 4DXCA 2R6GE 4R6KA 4F29A 1ZJLA 5CI5A 2RCAA 1H76A 4MLQA 3L6HA 3FXQA 3KG2A 3FVKA 1QUKA 1SW1A 2H98A 3MZ1A 5I57B 1SYIA 3Q29A 1AMFA 1MY2A 4XKRA 4FEDA 5CBSA 3V89B 4U4XA 3ZKKA 2QRYA 1IZ1A 3UK4A 4GF8A 4P11A 3TUSA 4FATA 3B6WA 4IGRA 4KFQA 1US5A 4TQUQ 1OMPA 3K1NA 3E9XA 1HSEA 1Q1KA 1RYOA 2DE2A 1FTLA 3K4UA 4GQOA 3KEIA 2ONSA 4X1DA 1SDXA 2RC8A 3K1PA 1B3HA 2KLFA 1MDP1 3UGWA 5A5XA 4BDLA 2GH9A 3KBRA 4EUOA 4R73A 1TXFA 3FD3A 3PMXA 1FTMA 4THIA 5I58B 4K3FA 1IQ7A 2H9BA 4GFRA 2OJTA 4EQ9A 3C34A 3MC2A 1GV8A 1AOVA 3VLUA 3N94A 4XKNA 4LP2B 4EQ7A 3IOWA 4LZ7A 2Q8JA 2I6EA 3RUMA 4OFOA 2XX7A 2UYFA 1JETA 5H8NA 1B3GA 3A3CA 1IIWA 3FVOA 1B5JA 3TMGA 2QSXA 3T22A 1DTGA 1IXIA 4ZDMA 1LAHE 2I49A 1I6AA 1S9TA 3O97A 4PFUA 1P1WA 4HCWA 1XOCA 4FEBA 5AA4B 3TYHA 1DOTA 3B6TA 3TFLA 4KQPA 5K2XA 3LC8A 2PYYA 1NL5A 2WKYA 3ECRA 4H1XA 5ISUA 4ELOA 4OERA 1B3EA 1P1NA 2FNCA 3T93B 3TAJA 1PB9A 4G4PA 1LAXA 1UIUA 4WEDA 3V5AA 3ILTB 5AA3A 3IB2A 2XX8A 1F9BA 3KOTA 1AIVA 4G68C 4RNSA 3DLNA 4NTLA 1Z7ME 1JQFA 3SEXA 1BLFA 1USYE 3EN3A 2GRVA 4X1BA 1FTJA 4YB7A 4Z0IA 2PBWA 4OESA 1B4HA 2DS9A 2F36A 3QAXA 4PFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MQDA 2ZNTA 3G3FA 2DE3A 1ZTYA 2UVGA 2XXRA 2ZYKA 1JEUA 1EZOA 1MQGA 4XKPA 1URGA 4G8NA 3OMBA 3ISPA 4ZEIA 4O8MA 2ONKE 1IMBA 3CG3A 3RNNA 4YZZA 3KSJA 3IO6A 5H8HA 1ZU0A 3QSLA 4NF6B 3B8BA 4C1TA 5I59B 3H6VA 4POWA 3M3FA 1NH8A 2UVHA 3FBPA 4X48A 3THIA 2NXOA 2QMXA 2Q89A 1SW4A 1LBWA 3CHGA 1DTZA 3FATA 4NN3A 1FBHA 1NV2A 5ESYA 4JSDA 1B7UA 1BKAA 3PUYE 4NEDA 2WYKA 4PFRA 3VVEA 2A5TA 1EZPA 5CMCA 2O51A 3T96B 1US4A 2DWIA 4F2OA 2XWVA 3RT8A 3G3GA 5FTIA 3MUQA 1I6QA 2XX9A 3K0VA 4YB6A 1UIVA 4DXBA 4JBZA 2AIXA 1ZKBA 3TKDA 5DEXB 1PBPA 1POTA 5TP9B 1OVBA 5KDTA 3NOHA 4U21A 4OWDA 1SI0A 3TTNA 1MQIA 5AA2D 4H8JA 2P2AA 3BKIB 4ELQA 4YU0A 3PPRA 1FW0A 4KPTA 1MXWA 4AQ4A 3EKIA 3TQWA 2B3BA 2L5VA 4GWOA 5H8QB 1MXYA 2I48A 2RKMA 2XD3A 4H46A 1BTJA 4LQ2A 4GRKA 2VPNA 3KZGA 2PFZA 2HFBA 2E0SA 1B0LA 1JNFA 4XEQA 3A29A 3IAZA 1BP5A 4NF5A 4QF9A 1MM7A 3DP4A 4N13A 1MS7A 4YKJA 4EDPA 4QFNA 1ANFA 4N17A 3HV1A 1GVCA 4IB2A 1NFTA 3PPNA 4MBPA 4EF1A 4OVJA 1B58A 2O1LA 2XXHA 2X7PA 4GL8A 2HZKA 4ZEFA 1M5CA 4U4SA 1QGXA 1S7YA 4H5GA 4N81A 3RPLB 3MPKA 3K2DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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