3IO4A

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c90
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
419
structure length
417
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQQQQQQQQQQPPPPPPPPPPPQLPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin fusion protei
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli o157:h7
total genus 112
structure length 417
sequence length 419
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3io4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3io4A02
2G93A 3UN6A 3RT6B 3R26A 3E9XA 2P1SA 3UP9A 1Y9UA 1A7LA 4N6PA 3CFLA 3K00A 2NWJA 2AIXA 2O6AA 3ILTB 3V5AA 4PQJA 3PUXE 3SEUA 4EUOA 3TMGA 3UORA 3T66A 3KEIA 4WKMA 5L8DA 3HHFA 4NF5B 1B58A 2Q9TA 4QSCA 3GBAA 4OXVA 5TPAA 4X9TA 3SEXA 4XKQA 3L6GA 4LQ2A 1A55A 3EHSA 3K6VA 3E4RA 2RC8A 1B4ZA 3O9PA 2F6GA 4R9GA 4ZECA 1MQGA 2V3TA 3TODA 5H8HB 1LCTA 4LZ7A 5IKBA 2XXPA 1LLSA 5AA4A 2HFBA 3G3FA 4FEBA 2Z23A 3PPPA 4ONYA 2HAVA 1XVXA 3MP1A 3TCFA 1J1NA 1BP5A 4PP0A 3GZGA 1M5FA 3IB2A 5TPAB 3KN7A 4F39A 2ONKE 2XXUA 2Q2CA 2I3VA 1ZMGA 2NUVA 4KR5A 1SYHA 1B7UA 2ALUA 1ZJLA 3FZVA 1IIWA 2Q8JA 3LSXA 3Q27A 2XXWA 5TP9A 5I57A 1XS5A 4XXUA 1D9YA 3SEYA 3S9EA 1VFEA 4F18A 4YZZA 3H03A 1EZOA 1NKXA 3PGFA 2F36A 3H06B 3TYHA 3QAXA 1ANFA 1NNTA 4OESA 4TQUQ 4R2FA 3LSFB 1TFAA 2OLBA 2I49A 3LC8A 3VFJA 4KQPA 2AYSA 2V25A 3DP8A 2O51A 3GLBA 3RPWA 1VFDA 2NOOA 3DLNA 2OK2A 5EHSA 1M5BA 2XX8A 2F97A 4R75A 5I57B 1B0HA 3RT8A 2DE4A 3LSLA 4DZ1A 1BKAA 3ONMA 5ITOA 3VDFA 5BUUA 3GBBA 4OTEA 2YLNA 1OIBA 1S50A 4NTLA 1JW1A 3PMXA 3CG1A 5H8SA 2UVHA 4OERA 4RPOA 1B9JA 3QUJA 3MP6A 3VLVA 2ABHA 3K02A 2UVIA 1KWHA 4GQOA 1ZTYA 1JEVA 3IORA 3THIA 1R9LA 2GH9A 4U4XA 2LAOA 1L5TA 4OETA 3U1OA 4LUBA 2RC9A 4F29A 3O2AA 3HN0A 3A3UA 3MW0A 1NH8A 3EQ1A 3T96B 4OYVA 1MPCA 1Q35A 1N0TA 3CI8A 4KFQA 2DSFA 5JK4A 3O28A 1PDAA 4X48A 3C31A 4GF8A 4QRZA 4IGTA 2RINA 5TU0A 3PD9A 5FHOA 4POXA 3EPEA 1IXCA 4LVQA 3U93A 4NWDA 5CC2A 1S9TA 3H3GA 4U2RA 4ZEDA 4JBZA 4E0XA 3SETA 3U8QA 2F6PA 1RYXA 1P99A 2D21A 3H6UA 4NEDA 3G3JA 3SEVA 3H6WA 2Y84A 1UQWA 1UIUA 3RLFE 4NF4A 1WODA 2F34A 5CMKA 3JZJA 2V3QA 3IX1A 1B4HA 2F8DA 3IO4A 3RY3A 4GL8A 4OEUA 3MZBA 4P11A 1QUIA 3PUWE 4IO4A 3FJ7A 3OEMA 4ZEIA 5JTYB 4C1TA 3USDA 1NH7A 1NNKA 1PBQA 2DWHA 1YAEA 1UTBA 3VLUA 4WXJA 1O64A 5CMBA 1SYIA 3OO7A 4F22A 4TLMB 5M2VA 4KI0E 2XX7A 3SEWA 1YPNA 2HEUA 3IAZA 4RPNA 4YKIA 1JVYA 3K01A 3N6TA 4DCXA 4NE4A 1H3DA 2I48A 2P0SA 1SW4A 1TT1A 3Q29A 3C9HA 2H98A 2I4BA 1T0KA 3PMVA 4XKPA 2RF1A 3IJOB 1LB8A 4ZDMA 3PUZE 3FV2A 2XXHA 4GOTA 4MFIA 2H9BA 5DEXA 3KGCA 3CG3A 1UTBB 3IOWA 3C4MA 5CRYA 1Y1MA 2KLFA 1MQDA 2Y7PA 1MDP1 3D4CA 4IGRA 2H25A 3IK6B 3MVZA 1H44A 4NMYA 3EHTA 3TEPA 3KSXA 2QPQA 1XT8A 4U21A 4TOZA 2GHBA 2I0BA 1MH3A 2DXYA 4F2OA 4R2BA 3KJTA 1FTJA 2XD3A 1MY1A 3OO8A 4Q0CA 2I6EA 3L6HA 1LSTA 3CSGA 4BDNA 1FQEA 1MH4A 2DS9A 3T93B 1OQHA 1B3FA 3HV1A 3KOTA 5FTIA 3QYTA 3IOUA 1MXWA 1AH5A 5CBSA 4RY1A 5KCJA 1I6AA 3MVYA 1Y20A 3MPLA 3B6QA 2Y7IA 4GD5A 1USYE 1TXFA 5FHMA 3BBRA 4KCCA 4F3PA 4YB7A 5AA1A 1B3LA 3FATA 1P1OA 3FXQA 2QS4A 4GXSB 3UA8A 3CSBA 4F31B 3HCQA 4AQ4A 2X7PA 2RKMA 3CRBA 2E0SA 1QVSA 4EF2A 1Q1KA 1MXYA 1POY1 4LP2B 4G68A 1N84A 3FVNA 1ZU0A 4WEDA 3N5LA 3KOSA 2WKYA 3MZ9A 1P1UA 4I8CA 4KHZE 4H5FA 4NF6A 3PUYE 1JVXA 4H8IA 3PPQA 4ZEBA 2VD2A 1BIYA 3EHUA 4LZ5A 3H7MA 3ZSFA 1M5CA 3TCGA 2OZZA 1SI0A 3TTLA 1SDXA 5F7VA 1N3XA 5DYHA 4THIA 2H5YA 5EHMA 4H1XA 1Y4TA 4IB2A 4ESWA 3Q25A 4G68B 3N26A 5BWJA 3K2DA 2XXRA 3K6XA 3MBPA 2Z8EA 2XD2A 1LAFE 3O97A 2O1MA 3HO7A 4GWOA 5ISUA 4BLAA 3S9NC 5AA3A 2B65A 4YKKA 3P7IA 1QUKA 2ANJA 1MQIA 3QXMA 3JV9A 1DPEA 1XVYA 3O66A 5DVJA 5FTHA 4IO2A 1O63A 1B52A 5I2KA 2ZNUA 4FECA 3GXAA 3WAEA 1B46A 1MY0A 3W9WA 4BDQA 1GV8A 1A40A 1B7HA 2GRVA 3OO9A 4P0GA 2CZLA 5FHNA 1IZ1A 1WVJA 4K3FA 2QSXA 3SERA 3EF7A 3PMWA 4EXLA 1GGGA 2F7AA 2HXWA 1D9VA 1QJMA 4FEDA 4YMBA 4RNSA 4QSDA 4KPTA 3RTWB 1JETA 4XKRA 4Q30B 1MXZA 4GLIA 3OXNA 3IR1A 3C35A 1OVTA 3PUVE 4BDRA 2I0CA 1EZ9A 4JWOA 4O3CA 2DVCA 4OVJA 1POTA 2HZKA 5I2KB 2HZLA 3E3KA 3DP6A 1URSA 5AA4B 4OHNA 1PC3A 3B6WA 3CIJA 1FW0A 4PFUA 1PBPA 5KDTA 4H8JA 3OSQA 2QMWA 3A09A 1B5JA 2A5SA 4HCYA 2ZNTA 2O69A 2DVZA 1F9BA 4EDPA 2I58A 1D4NA 4L17A 1VSOA 2PT2A 4ZZEA 2OWSA 3WAFA 3FASA 3PU5A 1BTJA 3G7WA 4Q5TA 1MPBA 1AMFA 5LOMA 2OBGA 3U94A 5CI5A 3HPIA 4OQOA 4ZE9A 1R9QA 5TP9B 4YKJA 3QUFA 4X1BA 4YB6A 4LATA 4POWA 1IUDA 4FAJA 2X7QA 4DE8A 1R6ZA 1JW5A 1AIVA 3PPNA 1BLFA 1A8FA 1SQYA 1Z7ME 1MY4A 2ESNA 4HCWA 2PX1A 5H8FA 2O7IA 1LFGA 3BFUA 4QFPA 4DIGA 4KD5A 4JDFA 2XXVA 3H6TA 1SW2A 3S4UA 1MG1A 1ELJA 3BFTA 5CMMA 4ZEKA 3RNNA 4U22A 2YPNA 2VOZA 3HHGA 3V83A 2Z22A 3QSLA 4I62A 3IB1A 2DWIA 3EN3A 4ZZAA 4M4GA 3C34A 2FYIA 4KCDA 4QFOA 3K0VA 3OO6A 5I59A 2NVUB 5DTBA 5H8FB 2DYXA 4JWXA 4MBPA 3MVXA 3O29A 2XXXA 4Z0IA 1B5HA 1JEUA 4H67A 5L9OA 1MQHA 4ELPA 3ZS6A 4IO3A 3FVOA 4O3AA 3RQTA 2DE3A 4ZE8A 5J1DA 3ODBA 3KJ7A 4RK2A 4I9DA 4MF3A 3KN3A 4DXBA 3R6UA 1NL5A 1I6BA 2IA4A 4GRKA 3TQLA 3PPRA 2I3WA 3UK4A 3S9MC 4KYSA 3T9VA 1UTHA 4NWCA 5DT6A 1Y3QA 4F3GA 4YB5A 1LCFA 4U1OA 1VR5A 1B3GA 3TTKA 3LBSA 3O6IA 1A54A 4EXKA 4ZEFA 2H99A 2FA7A 2BJJX 1B3HA 2R71A 2ZYMA 1AOVA 5AA2D 2F35A 4UACA 4IY5A 3TELA 2VP1A 3MWBA 2DXRA 1LAGE 1RKMA 1QKAA 4H6DA 1OQGA 4NF4B 1UTHB 4OENA 1IEJA 3G3KA 1FQFA 1HSJA 1XOCA 1D3KA 3Q28A 1SBPA 3MQ9A 5I56A 5HM4B 5I84A 3RUMA 3TCHA 1FTLA 1SI1A 3VV5A 1PB9A 1QKBA 1A8EA 1B51A 1QW0A 4TLLB 3TQWA 4F1VA 5F1QA 2RC7A 1OLCA 3FJGA 3LR1A 2NXOA 5ICTA 3S9LC 1GR2A 2XXIA 1H76A 1B1XA 1US5A 3H6VA 3OEKA 1M5EA 1MXUA 3MAMA 5A5XA 3B7DA 1FQBA 1LAXA 4G8MA 4RJZA 3T9XB 1II5A 5ICQA 2D3IA 5DEXB 2ONSA 3MC2A 2DWJA 3K1PA 3K6UA 3E13X 4YICA 1Y3PA 4F3SA 4NF8A 3LUYA 4RXLA 5IAIA 4H0WA 4EQ9A 3QK6A 4GIZA 4QF9A 1DSNA 3KG2A 4QHQA 2G29A 3F11A 4OFOA 3TZAA 4EQBA 3DELB 4LA9A 1LFIA 2H4IA 3FXUA 2GHAA 4C1UA 4G68C 3C32A 3FVKA 5KCJB 3V8XB 2R9JA 4PETA 1OLAA 4G8NA 4PFWA 2A5TA 3SESA 4HS7A 5I2NA 3UIFA 3H4ZA 1N04A 2GFEA 2ZXTA 1QULA 3OELA 2RCAA 4PE5B 3MZ1A 4N13A 3UGWA 1NNFA 4RYAA 3SDFA 3PV0E 4JB7A 3Q26A 4ELRA 2P2AA 3CR9A 4HTGA 4LONB 3R7XA 3N94A 2V84A 2FNCA 2VHAA 2Y7KA 3CVGA 3M3KA 4ESXA 1EZPA 3TPAA 1QUJA 5H8HA 1JNFA 4DDDA 4BDOA 5B70A 4R6KA 3JYRA 4OZ9A 2A5TB 5CM6A 3B6TA 2HQ0A 5I2NB 1MDQA 2CMOA 4NF6B 1N76A 2I4CA 3MJNA 1B5IA 2PYYA 2VGQA 2DP8A 2O1LA 3M8UA 3KFMA 1Y1ZA 2UXAA 1B05A 1DTGA 2DQVA 1URGA 2F7BA 3TAJA 3G3GA 1IXGA 1CE2A 4JSOA 3VXBA 4QFKA 3K6WA 1FTKA 3KSJA 3U72A 1N7XA 3MUQA 2XHDA 1PB8A 2ONRA 1N3WA 4R6HA 3MVWA 3OENA 2XXQA 4IO5A 4HW8A 4DXUA 3OMBA 1ZBMA 4R73A 4GXAA 4M1VA 1MXVA 5H8QA 2HAUA 1HSEA 3VLWA 4FJPA 2AL5A 1ZIUA 1DOTA 4QFLA 5JEIA 2OCUA 1B40A 4U1ZA 2ZYKA 3HSTA 4G8HA 3T9UA 4EF1A 3G3IA 4AB6A 2QL3A 1EU8A 1WDNA 4GFRA 1MQJA 1XHYA 5B7DA 1LBCA 4G77A 4YAHX 1LAHE 3AXFA 5CBRA 3VXCA 3U92A 3W15C 2V3UA 2M8CA 1US4A 3VVEA 2ZYNA 5DVIA 1IQ7A 1GVCA 2ZNSA 1OVBA 2X26A 3KBRA 1MS7A 4F1UA 4BDLA 4G2ZA 4RK9A 5H8QB 3BKIB 2Y7RA 3RGYA 1NNPA 3S2VA 3VE1B 4FIMA 1MPDA 5EYFA 3PPOA 1FTMA 3IOVA 3FGSA 3OD7A 4WEPA 4JWYA 2THIA 1DPPA 1CB6A 2PVUA 1B6HA 1FQAA 2AL4A 4E0WA 3T22A 1SW1A 3O6HA 4ND9A 3DM0A 3LSWA 4ECFA 1AL3A 1I69A 1YCJA 2F5XA 4I1DA 5KDTB 3PD8A 4JSDA 3ZKLA 1URDA 1B7ZA 2Q88A 1LB9A 1P1WA 3VVDA 4YMAA 5ITPA 2XX9A 3QIMA 2PBWA 2E1SA 1M5DA 1IITA 4FATA 1SVXB 1B3EA 3T9HB 4R9FA 4OFLA 1PEBA 1NMUA 2DOJA 2OWTA 2OJTA 4BDMA 4KYEA 4ISUA 2D5WA 5L9SA 4IO7A 3ZKKA 1FTOA 3I3VA 2RCBA 3OOAA 2PMSA 4U23A 1EH3A 1JW4A 3CFXA 1LFHA 1TWYA 4Z7EA 1N7WA 1P1QA 2UYEA 4U4SA 1Z7NE 3TTMA 2QJEA 4YKPA 4UA8A 4R6YA 4DXCA 3FJMA 1MM6A 4GVOA 2UVGA 3VVFA 2O84X 1P1NA 1HSLA 1OMPA 4XKNA 1ATGA 2XXYA 3SKPA 1S7YA 1B32A 4LQ5A 2VD3A 4LZ8A 3RN8A 4N07A 3KZGA 2QS3A 3TKDA 3MP8A 1FCKA 1DMBA 5JTYA 5I59B 2QS1A 3D4GA 2HCAA 1MY2A 1Y3NA 3TUSA 3M3FA 3FXRA 5CMCA 4XTCQ 4R72A 1B2HA 4XIGQ 1MRPA 3M3LA 1LGBC 5DVFA 1SD3A 3TFLA 4ZS9A 1B0LA 2F78A 4MH5A 3A3CA 3RTFB 4QSEA 1RYOA 2O7UA 4F3BA 1MM7A 2REJA 3IJXB 5H8NA 3FIRA 4P0IA 4PFYA 2F7CA 3V89B 1H43A 1UIVA 3FD3A 5HBCA 2REGA 4KYDA 4RA1A 3N6UA 4Q8RA 3C36A 5AA2A 4ELOA 1FQDA 4DCYA 4IO6A 2V93A 5ELVA 1DTZA 1TFDA 4FORA 1Y4CA 2QMXA 2ZMBA 3O6GA 3FVGA 4O3BA 5L9MA 4R74A 4AB5A 2B3FA 4JXIA 2QS2A 1NFTA 1JQFA 2ZYOA 4QFNA 5H8NB 1H45A 1I6QA 4OMBA 3FUZA 4F1YA 3K4UA 1USYH 4OWDA 4PFTA 3DP4A 4FE8A 5I56B 3IOTA 1SW5A 2QRYA 5AA2B 1IXHA 1ZLQA 4H65A 4X1DA 1VE4A 4OEVA 5K2YA 4F19A 2Q2AA 1R1NA 5I58A 5K2XA 3KN8A 1A99A 3I6VA 1O7TA 3I5OA 2B3BA 2Y7WA 2XXTA 1MXXA 2Z8FA 1FQCA 2W7YA 1PB7A 4GL0A 4OFJA 2DE2A 3MPKA 3TDJA 1YTVA 2YJPA 3TTNA 3C33A 3TTRA 2O68A 3CFZA 2R6GE 5HPQA 2Q89A 4IY6A 5A5XB 4DLDA 1B1HA 3IL1B 5AE4A 3IO6A 4MLQA 4ELQA 2UVJA 3ECRA 4C0RA 1LBBA 4H5GA 4MLVA 5I58B 5KZTA 1ZKBA 4YU0A 3FV1A 1IXIA 4F2QA 3IB0A 3K1NA 2DWAA 1MY3A 3ILUB 4NF8B 1XC1A 2UYFA 4NF5A 3G3HA 1GTKA 3OSRA 2PT1A 2IEEA 4EQ7A 4G4PA 3K1MA 2Z8DA 3W9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G93A 3UN6A 3RT6B 2CZIA 3R26A 3E9XA 1INPA 2P1SA 3UP9A 1Y9UA 1A7LA 4N6PA 3CFLA 3K00A 2NWJA 2AIXA 2O6AA 3ILTB 3V5AA 4PQJA 3PUXE 3SEUA 4EUOA 3TMGA 3UORA 4O8MA 3T66A 4MMPA 3KEIA 4WKMA 5L8DA 3HHFA 4NF5B 3NOHA 1B58A 2Q9TA 4QSCA 3GBAA 4OXVA 5TPAA 4X9TA 3SEXA 1LBYA 4XKQA 4P56A 3L6GA 4LQ2A 1A55A 3EHSA 3K6VA 3E4RA 2RC8A 1B4ZA 3O9PA 2F6GA 4R9GA 4ZECA 5ET7A 1MQGA 2V3TA 3TODA 1EYIA 2F3BA 4GX4A 4N8YA 5H8HB 4I3EA 1LCTA 4LZ7A 5IKBA 2XXPA 1DCUA 1LBWA 1LLSA 2HFBA 3G3FA 4GWXA 4I3YA 5AA4A 4DI4B 4FEBA 2Z23A 3PPPA 4ONYA 2HAVA 1XVXA 3MP1A 4N81A 3TCFA 2PCRA 4GWYA 1J1NA 1BP5A 4XF5A 4N8GA 3GZGA 4PP0A 1M5FA 3IB2A 5TPAB 3KN7A 4F39A 2ONKE 3RYDA 2XXUA 2Q2CA 2I3VA 4PBHA 1ZMGA 2NUVA 4KXPA 4KR5A 1SYHA 1B7UA 4PF6A 2ALUA 2CEYA 4N6DA 1ZJLA 3FZVA 1IIWA 4P3LA 4H45A 2Q8JA 3LSXA 4FBPA 3Q27A 2XXWA 5TP9A 5I57A 1XS5A 4XXUA 1D9YA 3SEYA 3S9EA 1VFEA 4F18A 4YZZA 3H03A 1EZOA 1NKXA 3PGFA 4I40A 2F36A 3H06B 3TYHA 3QAXA 1ANFA 1NNTA 4OESA 4TQUQ 4R2FA 5EQ9A 3LSFB 1TFAA 2XWVA 2OLBA 2I49A 3LC8A 3VFJA 4O94A 2GQ1A 4MCOA 4KQPA 2AYSA 2V25A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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