3IOTA

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c92-b
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
b'KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule tags Signaling protein
total genus 116
structure length 388
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iotA02
1DMBA 2YLNA 3V5AA 1YCJA 4U1ZA 5HBCA 1H44A 3CG3A 4I9DA 1MQHA 2UYEA 1F9BA 2D5WA 3UIFA 2X7PA 1OMPA 4DZ1A 3FZVA 3KZGA 3OD7A 5HM4B 3EQ1A 5TU0A 5KDTB 5I59B 1FCKA 5FTHA 5H8NA 4DLDA 4XXUA 1LFIA 1XT8A 1R1NA 1Y9UA 3TDJA 5DYHA 3TQLA 5DVFA 1MG1A 1M5EA 1LAHE 3S9LC 1XVYA 3UP9A 2DSFA 3ZSFA 3TEPA 4GFRA 2YJPA 1P1UA 5AA4A 3GXAA 1MPDA 4OENA 1FTLA 1B52A 4F39A 1SI1A 3A09A 4NE4A 3MVWA 2V84A 2GH9A 5H8NB 4IY6A 2DQVA 1ELJA 1IZ1A 4OEUA 4YAHX 3DLNA 3SEXA 2O69A 3FASA 2Q8JA 1N84A 1LBCA 1MQDA 5H8QA 5AA4B 4WXJA 5F7VA 3CRBA 3VVDA 1SW5A 1Y3NA 3HSTA 1POTA 1ZU0A 3S9NC 1IIWA 2O6AA 3G3HA 4XTCQ 1SQYA 1O64A 4YKIA 3I3VA 1B32A 1ZLQA 1B5JA 1POY1 2Z23A 4OVJA 1MS7A 1MPBA 3OO8A 3OO9A 3IB1A 3H6UA 5KZTA 2DP8A 2HEUA 1LGBC 3BBRA 5H8QB 4GL0A 2XXTA 4XKNA 1S7YA 2THIA 3A3CA 4L17A 4YMAA 5B7DA 4Q0CA 2H4IA 3RN8A 2H98A 3O6HA 4IO2A 2NUVA 2O51A 5TP9A 3N6TA 2HZLA 3K6WA 3KGCA 4JXIA 3MC2A 3KBRA 3SEWA 3S9EA 4H8JA 3OEKA 3LSFB 1XHYA 1N7WA 2G93A 2B65A 1I6BA 3Q26A 3K2DA 3SEUA 3UGWA 4HCWA 5TP9B 3RUMA 4KFQA 4OXVA 3EHUA 4ZS9A 4PFTA 1XOCA 3RGYA 2O1MA 2GHBA 2O7IA 1QKBA 1Z7ME 4IO5A 1B1XA 2F7BA 3FV2A 1UTBA 5DEXA 4R73A 4QHQA 3JYRA 3PGFA 1B3EA 4ZEKA 1JEUA 1I6AA 4Z7EA 3FJMA 3QSLA 4HTGA 4YKKA 2OK2A 4HCYA 4JB7A 4OHNA 4QFOA 2XXIA 5ISUA 4H8IA 4RY1A 2NXOA 4XKQA 3S2VA 1H3DA 3TZAA 1BLFA 3O6IA 5DEXB 1BTJA 4ZZEA 2PX1A 4YMBA 1QULA 3QXMA 3T9UA 1A99A 3F11A 3T9XB 1Y1MA 2AIXA 3KEIA 1UQWA 4GD5A 5AA2A 3RTFB 2NWJA 1SBPA 1M5BA 1USYE 3HCQA 1URGA 4F22A 3W15C 5H8SA 1P1NA 3LSLA 3U93A 3IOTA 1R9QA 3Q28A 1B7HA 3FD3A 4KYDA 2RKMA 1RYXA 4RPOA 3V8XB 1B6HA 3S4UA 1UTHA 3R6UA 5AA2B 3TMGA 4DXCA 3VFJA 4DXBA 2Z8DA 3PMVA 4X48A 3EHSA 1LCFA 3U94A 2OZZA 1A8EA 2UVHA 3UORA 5DVJA 3K6VA 2ESNA 5CC2A 1S50A 3KOSA 1IQ7A 4JBZA 2XX9A 1VR5A 2RCAA 1EZOA 4H5FA 1UTHB 3O28A 2A5SA 4KYSA 3KN3A 1B4HA 3KSXA 3IORA 1SYIA 2XXQA 1FQCA 1TT1A 4OESA 4WEPA 3E13X 4ZEIA 1EU8A 2PYYA 3RLFE 3WAEA 5JK4A 4MBPA 4DDDA 3TQWA 4ZZAA 1N3WA 1OLCA 2F7AA 3SKPA 1FTKA 4ESWA 5ITOA 3O9PA 4EXKA 4E0WA 2UVGA 3O66A 4KR5A 4KCDA 1NNTA 2M8CA 2I4BA 3K1NA 3PUXE 1MRPA 2WKYA 4GLIA 4DCXA 1B3HA 4NF8A 3QIMA 2ZMBA 2OCUA 4G8HA 2XXUA 2DE3A 3SERA 1P1OA 2YPNA 3CFZA 1TFAA 4U1OA 1B0HA 4NF5B 2V3UA 2O68A 1VSOA 1B1HA 1USYH 4U2RA 1XVXA 4KHZE 1YTVA 3FXUA 4H5GA 4MFIA 4NF8B 3FGSA 3MWBA 1WDNA 2ANJA 1OIBA 1GR2A 2HAVA 1A40A 2DYXA 3CSGA 3RNNA 1Y20A 4GXAA 2X7QA 4N07A 3MZBA 1IEJA 2O7UA 2G29A 3TCFA 5ICQA 3KSJA 3LUYA 3P7IA 3RPWA 2QL3A 1MXZA 2V25A 1QUJA 4F1YA 1JW1A 4OYVA 4PFWA 1N3XA 1MXYA 4G2ZA 2DE4A 1LB8A 3IK6B 4OMBA 2UVJA 4RK9A 3W9WA 4OEVA 1B46A 1NNPA 3C32A 3K00A 3TELA 1LFGA 3FV1A 2ZYOA 1H43A 1JETA 3C9HA 1B3LA 3I5OA 1N7XA 4LQ5A 2F8DA 3ILTB 4NF4A 3KN8A 3G3FA 4C1TA 1N04A 4RK2A 3RT8A 3CG1A 1DPPA 1JVYA 1MY2A 1UIVA 4MLVA 1BIYA 3PD9A 2QJEA 1B7ZA 4ESXA 2OWSA 1P1WA 1NNKA 3PUWE 3MW0A 2AL5A 3VDFA 4ECFA 1JNFA 4NF4B 1QW0A 1EH3A 4U4SA 3H6TA 1JW4A 1TFDA 3UN6A 2XXHA 4KQPA 4QFNA 1Q35A 4IGRA 5IKBA 2AYSA 1US5A 2XXYA 4JWOA 2XX8A 3FVNA 3JZJA 4QF9A 3BFUA 3DP8A 4U22A 3UA8A 2DWAA 2F36A 1SW4A 3G3GA 3SEVA 3T96B 3CFXA 4NWDA 4EUOA 2ZNUA 3RQTA 1AIVA 1B51A 5CMMA 3G3JA 2QRYA 4RYAA 3BKIB 3O2AA 1NH8A 3HPIA 1B0LA 2GHAA 3OO7A 1QVSA 3OEMA 3H6VA 3E3KA 4POWA 1OLAA 3OELA 4AQ4A 3MZ9A 4ZEFA 3G3IA 2HQ0A 4YKJA 3K0VA 1EZ9A 3N94A 4M1VA 4H0WA 3RY3A 4YB5A 2XD3A 3OSQA 5CMCA 5I57A 1ANFA 3G7WA 3K02A 3ECRA 2ZNSA 4QSEA 1PB8A 1TWYA 3VLVA 4BDOA 3N26A 3MJNA 4RXLA 1SD3A 3V89B 3VVFA 1VE4A 1II5A 4LZ7A 1ZBMA 5AA2D 5FHNA 4Z0IA 3C34A 3R7XA 2OLBA 4RA1A 5BWJA 5I57B 4H67A 4PFUA 2IA4A 3O6GA 5L9OA 1DOTA 4EDPA 3G3KA 1SI0A 4O3CA 1YAEA 2VP1A 1O63A 5F1QA 5L9MA 5HPQA 1MXWA 4QFPA 2QS4A 3VV5A 4G8NA 4E0XA 4IB2A 2F78A 3CVGA 3EF7A 4OTEA 3MQ9A 4TLMB 1JVXA 2CZLA 4R2BA 5EHMA 4QSCA 1WODA 3L6HA 5CBSA 3MZ1A 2UYFA 2DOJA 2HZKA 1BP5A 2H5YA 3PUYE 4JSOA 1A8FA 4OFLA 1T0KA 1JEVA 3T9HB 4FEBA 5DVIA 4FJPA 1FQFA 5K2YA 1UIUA 3GBBA 2Q88A 4C0RA 1EZPA 2R6GE 5L8DA 1UTBB 2I4CA 1IUDA 3M8UA 3H6WA 4QFLA 2HAUA 2XHDA 3M3KA 3QAXA 1DTZA 4PQJA 2OJTA 2QSXA 2GFEA 4ISUA 5FTIA 3TPAA 1MQGA 2QMXA 3GZGA 4QRZA 1IXGA 1LAFE 4XIGQ 1AOVA 1SVXB 3MVZA 3Q27A 1Y4TA 3L6GA 4DE8A 3ILUB 4YKPA 1MM6A 2VD3A 2AL4A 3GBAA 1PEBA 4ELQA 5LOMA 3SEYA 3SESA 5ICTA 1MDQA 1MY4A 3D4GA 4FE8A 1FTOA 1OVTA 3PPNA 4N6PA 3JV9A 3MVXA 1JQFA 3PPQA 2XXXA 4H65A 2DVCA 5CMBA 4U21A 4POXA 1B2HA 3IO6A 3LC8A 4KI0E 2HCAA 1PB9A 3TAJA 4U23A 1MPCA 1A55A 1XS5A 2Y7KA 3BFTA 3TTMA 5I2NA 1MXUA 3O29A 1IITA 2F5XA 1SW2A 3FJGA 2O1LA 2F6PA 4QSDA 3ONMA 3FXRA 3U92A 2DS9A 3R26A 2F7CA 2O84X 2DWIA 5TPAA 3Q25A 3VXBA 3ZKLA 3ZKKA 1FQBA 5J1DA 1Y3PA 5H8FA 2QPQA 3B6WA 4IO4A 3VE1B 3TCHA 1MY3A 2H99A 4F19A 2DVZA 3VXCA 1LLSA 3C4MA 4RJZA 4MH5A 4F3SA 5I2NB 1A7LA 1QUKA 4GL8A 1MM7A 2VOZA 3ODBA 1PBQA 4IY5A 1I69A 1MY0A 4O3BA 4THIA 1B58A 4OZ9A 5TPAB 4NF6A 2Q89A 3H06B 2X26A 5JEIA 1Y1ZA 4X1DA 1FTMA 1MQJA 1LCTA 2VGQA 4YZZA 1SDXA 1SW1A 4F2QA 3IJXB 2Q2CA 2Y7PA 4JWYA 4KCCA 3IR1A 1HSEA 2QMWA 5CRYA 3PPRA 4GF8A 3MPLA 2REGA 3MUQA 4LP2B 1QUIA 4NF6B 3Q29A 1B40A 5BUUA 3PPPA 4YB6A 4H1XA 2HXWA 1CE2A 3DP4A 4TQUQ 2XX7A 1AL3A 4LVQA 4WKMA 2A5TA 5DTBA 3HN0A 1LBBA 4FAJA 2FNCA 1LAXA 4R72A 3LSWA 3E4RA 5EYFA 3MPKA 1AMFA 3IB2A 1AH5A 2D21A 2NVUB 2RINA 4Q8RA 1OQGA 5AA1A 4RPNA 4YU0A 1P99A 1H45A 4ND9A 1B3FA 2A5TB 2I48A 1RYOA 3N6UA 3OMBA 1D9YA 3U1OA 5B70A 1S9TA 3C36A 3VLWA 4UA8A 3CFLA 3K1PA 5DT6A 3K1MA 2I49A 4BDLA 1HSLA 2ZYMA 4LA9A 3MP6A 1N0TA 5FHMA 4JWXA 2GRVA 3QUFA 4KD5A 3PUZE 2RCBA 4GWOA 4Q5TA 3MP8A 5I59A 3AXFA 4HS7A 1NH7A 3S9MC 1GTKA 4QFKA 1DTGA 2B3BA 4HW8A 3O97A 3MAMA 2F34A 3T9VA 1ZTYA 3PPOA 1VFDA 3FATA 4X1BA 5I84A 1BKAA 3FXQA 4F18A 4ONYA 1MH4A 1FW0A 1QJMA 4MF3A 4GXSB 4ZE8A 4ELRA 1IXHA 1MH3A 5M2VA 3T93B 2PVUA 4MLQA 2ZYKA 3LR1A 3W9VA 2ONRA 2Z8FA 4G68C 3PMWA 4ZDMA 3B7DA 4M4GA 3U8QA 1B5IA 5FHOA 3RTWB 3TFLA 4IO3A 2PT2A 5ITPA 3KFMA 4G77A 1ATGA 2P1SA 3HV1A 1B5HA 4OQOA 3T66A 2ONSA 3CR9A 3K6UA 3U72A 4LUBA 2H9BA 4FIMA 3FIRA 1RKMA 2NOOA 5I58A 2IEEA 1M5DA 3FJ7A 4BDMA 4FECA 1FTJA 3DM0A 3USDA 3FVGA 4EQ9A 2Y7WA 2FYIA 1GGGA 3D4CA 4R9GA 2ZNTA 3C31A 4PFYA 2CMOA 2F35A 3H4ZA 3IJOB 3UK4A 5EHSA 2XXPA 1J1NA 5I58B 2I0BA 1O7TA 1OQHA 1YPNA 2I0CA 4JSDA 1LFHA 1LB9A 2DWJA 2VD2A 1JW5A 4P11A 2XXRA 3IL1B 3QK6A 3EN3A 1P1QA 1LAGE 2RF1A 2XXVA 2LAOA 4OWDA 1FQAA 3MBPA 3IOWA 2BJJX 4IGTA 3SDFA 4DXUA 1MXVA 2Y7RA 2UVIA 4GQOA 4AB5A 5JTYA 4BLAA 1HSJA 3FVKA 3K4UA 4I8CA 2QS1A 2ABHA 4EQ7A 1D4NA 1QKAA 2ZYNA 4OETA 1PBPA 2DXYA 2Y84A 4F3BA 4P0GA 4AB6A 1Z7NE 4I62A 4O3AA 3GLBA 3KJ7A 4ELPA 3CI8A 2Y7IA 3CIJA 2I3VA 5JTYB 3QYTA 4OFOA 3OO6A 4EF2A 3I6VA 2B3FA 3IB0A 1PC3A 2OWTA 4FORA 4X9TA 1PDAA 2PMSA 1SYHA 3VLUA 2H25A 2I3WA 3H3GA 2F6GA 2V3TA 4EXLA 3N5LA 2F97A 1KWHA 5IAIA 4F1VA 3PV0E 3B6TA 3HO7A 3KG2A 3DELB 4R6YA 1FQDA 4LQ2A 3TTNA 1IXIA 3T22A 1H76A 3TTRA 3KJTA 4R2FA 3IOVA 3OENA 4R74A 2VHAA 1M5FA 3FUZA 4IO7A 4WEDA 4TOZA 4YB7A 3TTKA 3IO4A 4F31B 1NKXA 1ZIUA 2Q9TA 3SETA 4LATA 2FA7A 1XC1A 3K01A 3LBSA 3K6XA 4PETA 1D3KA 1B3GA 1B7UA 4ELOA 3DP6A 4LZ5A 4G8MA 3C33A 3PUVE 3RT6B 5KCJA 3QUJA 4G4PA 4NWCA 4ZECA 2DXRA 4K3FA 3TCGA 1VFEA 3M3LA 1LSTA 2QS3A 2R71A 4F1UA 5CI5A 2R9JA 2E0SA 3TKDA 2REJA 3OSRA 3THIA 1ZMGA 4FEDA 3MVYA 5KCJB 5CM6A 5I2KA 4R6HA 4EF1A 2HFBA 4DIGA 1CB6A 1DPEA 1PB7A 3EHTA 3TUSA 4ZEDA 3FVOA 1A54A 1IXCA 4GVOA 3TYHA 3M3FA 5ELVA 3C35A 1NNFA 3KN7A 4F3PA 1URSA 1GVCA 4LZ8A 2ZXTA 3OXNA 4Q30B 2QS2A 5I2KB 1N76A 5CMKA 4LONB 4F29A 1WVJA 3IAZA 2DWHA 5A5XA 2V3QA 5K2XA 4R9FA 1B9JA 2I58A 3A3UA 1R6ZA 4ZEBA 1ZKBA 3CSBA 4GOTA 5L9SA 4IO6A 4F2OA 1NFTA 1I6QA 5H8HA 3IOUA 2Z8EA 3MP1A 2I6EA 3TTLA 4DCYA 4JDFA 4G68A 3HHFA 5H8FB 1URDA 4F3GA 2PT1A 1B4ZA 2P2AA 1B05A 5A5XB 4R75A 1Q1KA 4NF5A 4XKRA 4N13A 4NMYA 4UACA 1US4A 4GIZA 1MQIA 3HHGA 1GV8A 4GRKA 3V83A 4U4XA 5H8HB 4OERA 1TXFA 3B6QA 2RC7A 4H6DA 3WAFA 1MDP1 4G68B 1NL5A 4OFJA 1MXXA 1ZJLA 4TLLB 2V93A 5I56A 4P0IA 3H03A 2Z22A 4PP0A 2W7YA 2OBGA 1Y3QA 2XD2A 4I1DA 2RC8A 3TODA 2ONKE 3IX1A 2PBWA 3E9XA 1OVBA 5AE4A 2P0SA 2UXAA 4BDNA 4NEDA 4ZE9A 4KYEA 4XKPA 4NTLA 5I56B 3VVEA 3KOTA 4KPTA 1M5CA 2RC9A 5AA3A 3LSXA 3OOAA 2DE2A 1R9LA 3EPEA 1Y4CA 3ZS6A 2KLFA 4BDQA 5CBRA 3PD8A 3H7MA 2D3IA 2ALUA 4PE5B 3PMXA 1D9VA 1NMUA 1DSNA 1MY1A 4C1UA 4EQBA 4BDRA 2Q2AA 3PU5A 4RNSA 2E1SA 4FATA 1L5TA 4R6KA 2XXWA 1FQEA 5KDTA 4YICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DMBA 2Y5KA 2YLNA 3V5AA 1YCJA 4U1ZA 5HBCA 1H44A 3CG3A 5I3SA 4I9DA 1MQHA 5LDZA 2UYEA 1F9BA 2CZKA 2D5WA 3UIFA 2WEFA 2X7PA 1OMPA 4DZ1A 3FZVA 3KZGA 1FRPA 5IZZA 3OD7A 5HM4B 3EQ1A 1FSAA 5TU0A 5KDTB 5I59B 1K9YA 3HFUA 1FCKA 5FTHA 3CHGA 5H8NA 4DLDA 4XXUA 1LFIA 1XT8A 1R1NA 1Y9UA 3TDJA 5DYHA 3TQLA 5DVFA 1MG1A 1M5EA 1LAHE 3S9LC 1XVYA 2Q74A 3UP9A 2OWZA 2PCRA 2DSFA 3ZSFA 3TEPA 4GFRA 2YJPA 1P1UA 1YYZA 3GXAA 5AA4A 1MPDA 4OENA 1FTLA 1B52A 4F39A 4GX4A 1SI1A 3A09A 4X04A 4NE4A 3MVWA 2V84A 2GH9A 4IR8A 5H8NB 1LBWA 4IY6A 2DQVA 5FBPA 1ELJA 1IZ1A 4OEUA 4YAHX 3DLNA 2ZZXA 3SEXA 3RPLA 2O69A 3FASA 2Q8JA 1N84A 1LBCA 1MQDA 5H8QA 5AA4B 4PF8A 2P3VA 4WXJA 5F7VA 3CRBA 3VVDA 1SW5A 1Y3NA 3HSTA 1POTA 1ZU0A 3MSTA 3S9NC 1IIWA 2O6AA 3G3HA 3EKIA 4XTCQ 1SQYA 1O64A 4YKIA 4XFEA 3I3VA 1B32A 2B4LA 1ZLQA 1RDXA 1B5JA 1POY1 2Z23A 4OVJA 1MS7A 1MPBA 3OO8A 3OO9A 3IB1A 3H6UA 5KZTA 1BK4A 4MNPA 5IZ3A 2DP8A 2HEUA 3LUZA 1LGBC 3BBRA 1EYIA 4NQ8A 5H8QB 4GL0A 2XXTA 4XKNA 2FHYA 2CZIA 1IMFA 1S7YA 2THIA 3A3CA 4L17A 3GYYA 4YMAA 5B7DA 4Q0CA 2H4IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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