3IOTA

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c92-b
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
total genus 116
structure length 388
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iotA02
1EH3A 3QUFA 4JXIA 1OVBA 1VE4A 1N84A 1JW5A 1OVTA 2O1MA 1BLFA 4R6KA 1MM7A 4MF3A 4DXBA 3KOTA 1B40A 5CMKA 2OJTA 5EHSA 4QSEA 4DXUA 1URSA 1TWYA 3PU5A 1IXHA 1I69A 2XD2A 1I6BA 5A5XB 3FD3A 3BFTA 4X48A 1H44A 2UXAA 3HHFA 3RPWA 3QIMA 2R9JA 3WAFA 1PB9A 2QMWA 1IXGA 3IOUA 3T96B 2I48A 1BTJA 3K02A 1HSJA 4U1OA 3FV2A 4H5FA 2PYYA 1DTZA 3IORA 1MPBA 4F3BA 3MVYA 3K6UA 5CBRA 5BUUA 1J1NA 2XD3A 2GFEA 3GZGA 2NWJA 4IO2A 5AA2A 2ZYMA 2RF1A 3U8QA 1BKAA 3C32A 4OEUA 1OQHA 4QF9A 4GRKA 3TDJA 3IL1B 4ISUA 3HV1A 1H3DA 1OIBA 5ITPA 1FTKA 1ZIUA 2UVGA 3TQLA 2DOJA 4OTEA 4ZECA 4ESWA 3TKDA 3H03A 3FVGA 4GIZA 1D9YA 1MM6A 4G68A 3DM0A 1B7ZA 2DWIA 1FQDA 5JTYB 2I3VA 1Y1MA 1FTLA 3MUQA 1B3EA 3KJTA 2O84X 4I9DA 2I0BA 5L9SA 1RYXA 2ZNTA 4ZEFA 3H7MA 2H5YA 1PEBA 3B6WA 4UACA 3PMWA 5AE4A 4YZZA 4YMBA 1IEJA 3V5AA 2O7IA 2Y7KA 3O6GA 2F35A 4Q5TA 4AB5A 2Q89A 4GQOA 4BDRA 4XXUA 3VVFA 2XXUA 2V3TA 1B7HA 3C4MA 4QSCA 3B7DA 5I57A 2ZYNA 4NF8B 3MVZA 1QULA 3QSLA 2OWTA 3Q25A 5H8FB 1B3LA 1N0TA 3JZJA 5K2YA 1AL3A 2I4BA 3PUZE 5EYFA 4R75A 4OENA 1F9BA 5A5XA 2IA4A 2NOOA 5I59B 4RJZA 1P1QA 3B6QA 2P0SA 1D4NA 4G8HA 4TLLB 3BBRA 4C1TA 1LAFE 3U1OA 5CBSA 2GHBA 3OMBA 3OO8A 2PT1A 3SKPA 1UTHB 2B3BA 2RCAA 3KOSA 5IKBA 2OWSA 3FASA 3RN8A 5KCJB 4Q0CA 3VDFA 3L6GA 3K00A 3IB2A 4L17A 4ZZEA 1YAEA 2AL4A 3PD9A 1JW1A 2QPQA 1XHYA 2AYSA 4R74A 3GLBA 5CMBA 2I3WA 3O6HA 3PV0E 4KYDA 2F7CA 1GR2A 3D4CA 1USYH 1AMFA 2FA7A 3RTWB 3T66A 1IITA 4N13A 4YU0A 4N07A 3FXUA 2F7AA 1ZMGA 3PUYE 3S9MC 1Y1ZA 1B1HA 3V89B 4PQJA 1MQHA 4H0WA 3EHUA 3OD7A 3E4RA 2F6GA 5DVFA 3T22A 3ZS6A 1POTA 3MVWA 5CRYA 1IIWA 2A5SA 4GFRA 4F2QA 1SW1A 4ZE9A 1GTKA 4WEDA 5JTYA 1JEVA 4NF6B 5BWJA 2W7YA 3O6IA 4DIGA 1QUKA 4X1BA 1B32A 1CE2A 2GRVA 4H1XA 3EHTA 1B0LA 4OHNA 1MPDA 1MXVA 2H98A 1GVCA 3A09A 2F6PA 1DSNA 3SEWA 5AA4B 4NWDA 4DLDA 4WXJA 3RNNA 1YTVA 4JBZA 2PVUA 4ZEBA 4Q30B 1B2HA 2F5XA 5DTBA 4OFOA 2Q8JA 1M5BA 3CR9A 1B4ZA 3ILTB 4OMBA 3T9VA 3IOTA 4G4PA 5H8FA 4F22A 2V25A 5TPAB 3VV5A 2UVIA 3L6HA 5KDTB 4EQ7A 1XT8A 1N7WA 1RKMA 2HAVA 3M3LA 1LFHA 1LAXA 2OK2A 1B5JA 1R6ZA 3TTLA 5DYHA 3R7XA 1ZJLA 5I59A 1XS5A 2F7BA 3MZBA 3MJNA 2PX1A 3T9HB 2XXXA 3H4ZA 3RQTA 1ZU0A 1MXUA 1LGBC 3IK6B 2FYIA 2DSFA 2THIA 1A99A 1MXWA 2DWHA 4LONB 3IX1A 1UTHA 1SDXA 4IO6A 4FATA 4ELPA 3DP8A 4KI0E 4THIA 4YKJA 3K1PA 3MVXA 2O7UA 4PFTA 4H8JA 4KFQA 3TQWA 1MDP1 5ISUA 4TOZA 4IB2A 1B5IA 3VVDA 2I58A 2AIXA 2Z8FA 3OELA 3MQ9A 3MW0A 4YMAA 3QK6A 1QVSA 5CMMA 3O9PA 5H8HB 3FJ7A 2YJPA 5B70A 3SDFA 4GLIA 4PFWA 3K4UA 2I4CA 4KPTA 2D3IA 4U2RA 4MLVA 4KYEA 3T93B 4ELRA 2WKYA 2HQ0A 3RUMA 1VFDA 3KG2A 2DS9A 1NMUA 2H25A 2M8CA 2X7QA 4DDDA 1MDQA 1Y3QA 1UQWA 3G3FA 1P1WA 4OERA 4NF6A 5K2XA 1ANFA 2HCAA 4ZE8A 2QS2A 3HN0A 1ZTYA 2GHAA 3FVKA 4EXLA 3EF7A 4C0RA 5B7DA 1TFDA 3SEXA 3CRBA 2NUVA 1Y4CA 5AA4A 2XXWA 4XKQA 4KR5A 1CB6A 4LZ5A 2XHDA 1SW2A 4LZ7A 3TUSA 3K1NA 2E1SA 3K01A 3LSXA 1USYE 1BP5A 4ESXA 1D9VA 3UA8A 3SEUA 2DXRA 3IJXB 5TPAA 5DT6A 4RPOA 1Q35A 3I5OA 5KDTA 1ZBMA 3DP4A 3G3GA 3DP6A 3TFLA 1JVYA 2Z8EA 1MXXA 3K0VA 4F19A 4Q8RA 4RY1A 1SD3A 2ZXTA 1QUJA 4OZ9A 1B6HA 3A3UA 3HSTA 1IQ7A 2QMXA 4C1UA 1P1OA 4FECA 3DELB 3RTFB 5JK4A 1JQFA 3TPAA 1PB7A 3PUVE 4O3CA 3N5LA 2ZYOA 3PMXA 4GXAA 3FJMA 4QFOA 1MS7A 3OEMA 2REGA 2DE3A 1UIVA 1VSOA 2F97A 4FIMA 4OWDA 4KCDA 3C31A 4FEBA 4R6HA 5CM6A 3VE1B 1LBBA 4DE8A 4XIGQ 3P7IA 3U93A 1OLCA 2ESNA 1TT1A 1Y20A 4HCWA 1XVYA 2HFBA 1GV8A 3PPOA 4OESA 3PUWE 2A5TB 4ONYA 2HZLA 1S9TA 2NVUB 1R1NA 2VGQA 4EXKA 4KD5A 4LP2B 1N3WA 5F7VA 1MRPA 4YKPA 2IEEA 1FTMA 3VLVA 4BDMA 5L9MA 5H8NB 2Q2CA 4XKRA 2QL3A 3H6UA 1URDA 4GVOA 1B9JA 1JNFA 3M3FA 3W9VA 4H65A 3PPQA 4BLAA 3HPIA 4O3AA 3EN3A 2Q2AA 4NWCA 2ZNSA 4U23A 3H6TA 2OLBA 4OXVA 1MY4A 2QSXA 3TCHA 2V3UA 1SYIA 1AH5A 2DQVA 3EPEA 1LB8A 2P1SA 1EU8A 3TYHA 1NH8A 1R9QA 2Q9TA 1P1UA 2REJA 4FAJA 4EQ9A 1Y3PA 1EZPA 5DVJA 3ZKLA 4BDOA 2F8DA 2XXPA 3A3CA 4JWOA 2I49A 4P0IA 1VR5A 1PC3A 2OBGA 4BDLA 4X9TA 1Y9UA 2O69A 4MLQA 1O63A 4U22A 2LAOA 3CG1A 4I1DA 3MPLA 4RK9A 4G8NA 2RCBA 2R6GE 3C36A 4IO5A 2RC7A 4XTCQ 1A54A 2I6EA 2O51A 1P99A 1PB8A 3MP1A 3TTNA 1ZKBA 3LSFB 1DPEA 4JSDA 4DCYA 1WODA 1YCJA 1FTJA 4G68C 3R26A 2UYEA 1II5A 1US4A 1SYHA 1US5A 3H6WA 1M5EA 3KGCA 2NXOA 3FV1A 3FUZA 2XX9A 3I3VA 4FJPA 3QUJA 4G2ZA 1SI1A 3S4UA 3TCFA 4POWA 5F1QA 4ZS9A 4QFPA 3K6VA 1FQCA 2BJJX 3HCQA 3SERA 4PFYA 3Q29A 3CFLA 4R73A 3VLUA 5TP9B 5H8QB 1LFGA 1A7LA 3FXQA 1MY0A 5L8DA 3G3JA 3CIJA 2UVJA 4KHZE 3C35A 5CI5A 4HW8A 1TFAA 1XVXA 1PBQA 3LBSA 3OO9A 4ZEIA 4F31B 4E0WA 2X26A 2I0CA 5H8NA 3KZGA 2ONKE 1SW5A 3TTRA 1AIVA 4YICA 1Z7ME 3DLNA 2Y7WA 3MP8A 4GXSB 2DVZA 1DTGA 3Q26A 3OXNA 3C9HA 3K6WA 5AA3A 1O64A 5DVIA 2Y7RA 4ELQA 4NF8A 2H4IA 2V3QA 2Y84A 2PT2A 2DWJA 3K6XA 2VD2A 3SEVA 1JETA 1HSLA 1N3XA 1MPCA 3D4GA 2QJEA 4F2OA 3SETA 3PUXE 4F1UA 2ZNUA 2V84A 2D21A 3N94A 3WAEA 5KZTA 2Q88A 4F1VA 1MH3A 2Y7PA 3VXCA 4U4XA 4FEDA 3KN3A 4R6YA 4E0XA 1M5FA 4G77A 4EUOA 3O66A 3GBBA 1B3FA 2RINA 4OFLA 3CSBA 1BIYA 1H76A 3JYRA 3KJ7A 3BKIB 2B3FA 5KCJA 1N04A 3HHGA 4NE4A 1LBCA 1PDAA 4RK2A 3FVNA 1FQFA 5HM4B 3CSGA 5L9OA 2HZKA 2FNCA 4X1DA 5H8SA 2D5WA 3K2DA 4R2FA 4F3PA 4JWYA 2B65A 4RPNA 3PPNA 4ECFA 4R72A 3ILUB 2XX7A 1A55A 4F18A 3RGYA 3G3HA 3ZKKA 4F3GA 1NL5A 1PBPA 3RY3A 1MQGA 3USDA 1VFEA 4DXCA 5HBCA 4R9FA 4PP0A 4BDNA 3IOVA 1MH4A 1M5CA 3CVGA 1UTBB 2CMOA 1OMPA 1KWHA 4ELOA 3S2VA 1RYOA 3T9UA 2XXQA 4DCXA 1S50A 3M3KA 3W9WA 1B58A 4FE8A 4Z0IA 2F78A 2PBWA 2G29A 4PETA 2Z8DA 4H5GA 2ABHA 2QS4A 4MBPA 5I58B 4YB6A 4KCCA 1DPPA 5ELVA 1MY2A 3F11A 1SVXB 3N6TA 3O28A 5ICQA 2XXYA 1Y4TA 4N6PA 1B3HA 3IB1A 2ZMBA 3JV9A 3O97A 2P2AA 2Y7IA 1FQEA 2DXYA 3MWBA 5IAIA 1B51A 5EHMA 3KFMA 2H99A 5I2KB 1QJMA 3I6VA 2XXVA 4F39A 1R9LA 1EZ9A 1B46A 1M5DA 2DE4A 3O29A 5FHMA 1H43A 1SW4A 4RXLA 3T9XB 4F3SA 4UA8A 1DOTA 4P0GA 1B7UA 1DMBA 1S7YA 4IGTA 1QKBA 2DVCA 2XXIA 4NMYA 4HTGA 3HO7A 4ZEKA 3FJGA 3G7WA 3GBAA 3TTMA 4M4GA 4QFNA 2VHAA 3MBPA 3G3KA 3B6TA 4H8IA 4F29A 3E3KA 2VD3A 2XX8A 2YLNA 4IY6A 2DWAA 1B05A 1NNKA 1H45A 5FTHA 5DEXB 2YPNA 1A40A 1D3KA 4NEDA 3LSLA 1WVJA 3KSXA 4O3BA 4GWOA 2UYFA 4YKKA 2F36A 1B0HA 1NFTA 3Q27A 4NTLA 2V93A 3UGWA 4ZZAA 1P1NA 3OENA 2OCUA 1HSEA 4M1VA 3U72A 1FQBA 3CFXA 2ONSA 4EF1A 1A8EA 5H8HA 1QUIA 1N7XA 5I56B 3UK4A 4NF4B 3QAXA 4XKNA 1UTBA 2KLFA 3GXAA 3THIA 5I84A 5M2VA 1MXZA 2E0SA 5CMCA 1JVXA 1Z7NE 3TAJA 1FQAA 3N6UA 1LB9A 5ICTA 5HPQA 2HXWA 3OEKA 1POY1 4IO7A 4OYVA 4AB6A 1O7TA 1TXFA 5I58A 3LC8A 5I2NB 2GH9A 4QRZA 1LCTA 1NH7A 3SESA 4IGRA 3E13X 1FW0A 4U21A 4GOTA 4IO4A 1L5TA 3M8UA 2ALUA 2RC8A 1I6AA 3O2AA 3E9XA 1I6QA 4IO3A 1MXYA 1ZLQA 3PD8A 4FORA 5I2KA 4PFUA 5FHOA 3UN6A 3UORA 3KSJA 4NF5B 4LA9A 4LQ2A 3MZ9A 2XXTA 3S9LC 3ECRA 4R2BA 1YPNA 3V83A 4RA1A 3IR1A 3OSQA 1LCFA 1JEUA 3AXFA 1LLSA 1LSTA 1IZ1A 3LSWA 1MQIA 5JEIA 2QRYA 4EQBA 2RC9A 4I8CA 3OO7A 1XOCA 4XKPA 2DE2A 3CG3A 4H67A 2F34A 3VXBA 3SEYA 3S9EA 3R6UA 2ONRA 4YAHX 3H6VA 3TEPA 1N76A 2G93A 4JSOA 1XC1A 4F1YA 5DEXA 2H9BA 1SQYA 2PMSA 3C34A 4RYAA 3EQ1A 2HAUA 3IOWA 4GF8A 4QHQA 1T0KA 4I62A 4QSDA 4U4SA 4GD5A 3QYTA 4JDFA 1LFIA 4P11A 3S9NC 1JW4A 2AL5A 5AA2D 2A5TA 3FATA 4HCYA 3RT6B 5I56A 3FGSA 4G8MA 3RT8A 1A8FA 1Y3NA 4NF4A 3KN8A 4LATA 3QXMA 5ITOA 3PPPA 3EHSA 1IUDA 5AA1A 5FTIA 2Z23A 4KYSA 2QS3A 1SI0A 3IO6A 3Q28A 3PPRA 3V8XB 1GGGA 1B5HA 5FHNA 3ZSFA 4MFIA 3W15C 1B3GA 4QFLA 3N26A 4WKMA 4AQ4A 1NNFA 3TTKA 2R71A 3VFJA 3IJOB 4TLMB 2OZZA 1QKAA 1ELJA 5I2NA 4KQPA 3MAMA 3ODBA 3BFUA 3K1MA 2Z22A 1B4HA 3RLFE 4QFKA 1NKXA 3H3GA 4TQUQ 3UIFA 3FZVA 2UVHA 1B1XA 1IXCA 1OQGA 1MG1A 2XXHA 4YKIA 3G3IA 2O1LA 3VVEA 3C33A 1AOVA 3MC2A 4NF5A 3TELA 1QW0A 2ZYKA 3KN7A 4ZEDA 1EZOA 1UIUA 1WDNA 4JB7A 1SBPA 4LZ8A 1LAHE 3CFZA 4OEVA 1URGA 3H06B 4GL0A 2DP8A 4PE5B 4OFJA 4EF2A 5LOMA 1ATGA 4BDQA 1MY3A 3VLWA 5CC2A 2CZLA 4U1ZA 3U92A 4IY5A 3OSRA 4JWXA 5AA2B 4GL8A 2HEUA 3U94A 5TU0A 4OQOA 3TODA 3PMVA 4H6DA 4LQ5A 4YB5A 3KEIA 3FVOA 4MH5A 4LVQA 5J1DA 2RKMA 4ZDMA 4R9GA 4ND9A 1B52A 1NNTA 3TZAA 4OVJA 3IB0A 1NNPA 2QS1A 3MPKA 4OETA 2O6AA 3CI8A 2X7PA 4G68B 3MZ1A 3LR1A 3IO4A 3IAZA 1FTOA 2VOZA 2XXRA 1OLAA 3UP9A 1IXIA 4LUBA 4YB7A 3KBRA 4WEPA 1Q1KA 1LAGE 4K3FA 3PGFA 3OO6A 3TCGA 2ANJA 5TP9A 2O68A 3FIRA 5H8QA 3MP6A 1MY1A 3FXRA 4POXA 4HS7A 3OOAA 1MQDA 2DYXA 3ONMA 2VP1A 4DZ1A 1FCKA 4Z7EA 3TMGA 1MQJA 3LUYA 4RNSA 4EDPA 5I57B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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