3IOVA

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c99
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
416
structure length
405
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQPPPPPPPPPPPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
total genus 113
structure length 405
sequence length 416
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iovA02
2F7AA 2ONSA 4JWYA 5B70A 1IXHA 3QSLA 4NF6A 4XXUA 4YICA 3T96B 2F35A 4YZZA 4F2QA 3QK6A 1D9YA 1FTJA 2CZLA 2H99A 2I4CA 1TWYA 2O7IA 1N04A 2ONRA 2P1SA 4LP2B 4XKRA 2V25A 3TAJA 2PVUA 2I49A 2IEEA 1N76A 1MXYA 1SD3A 3IO4A 4NF5B 1GV8A 3SEVA 1N7XA 2QMXA 1B3GA 1D9VA 3K02A 4GXSB 4MBPA 1S7YA 3G3GA 4PFWA 5JK4A 2D3IA 3B6TA 5KDTA 3OSQA 1FQBA 2Y84A 3ECRA 2H5YA 4ZE9A 4THIA 4XIGQ 5BUUA 3BBRA 5I58B 1UTHB 1NKXA 4P11A 1MXWA 1B3FA 1Y20A 3K6UA 2HZKA 3C4MA 3GBAA 3GXAA 3LUYA 2UYEA 2DWAA 3FASA 3OEKA 4OESA 3OO8A 1AMFA 2GFEA 3SESA 2OJTA 3TCHA 1FCKA 1MQDA 3MBPA 3WAFA 4F18A 4EQ7A 3HN0A 2DXRA 1OMPA 4P0IA 4DDDA 5TP9A 4FE8A 2DYXA 3TEPA 1USYE 1Y1MA 1Y4CA 4ESXA 2ZMBA 2QS1A 3JYRA 2Z8DA 4NTLA 5KCJB 4OERA 2DWHA 3MPKA 3V83A 3QUJA 2XXHA 5KCJA 3E9XA 2F5XA 4OMBA 4H65A 1MH3A 1LB8A 2V3QA 4U21A 1FQCA 1A54A 1QULA 1VSOA 5DEXA 4QFKA 1H3DA 1BKAA 4LZ8A 3R26A 1MS7A 3ONMA 1D4NA 1JW1A 5H8QA 3TZAA 5TPAA 3LSWA 1SYHA 1YTVA 4C1TA 1LAHE 3QXMA 1B4HA 1GTKA 3RNNA 1SW5A 3C9HA 5H8HB 4OXVA 1ZBMA 1M5EA 4H0WA 4U23A 3MP8A 1OVBA 3C33A 3KJTA 4EQ9A 1MM7A 1I6AA 3DP4A 5EYFA 4U1ZA 3SEXA 2P0SA 1SW4A 2XX8A 1R9QA 5ITPA 4KYSA 3V8XB 5I84A 1MQIA 2F7CA 3PMVA 5EHMA 3EN3A 2ZYNA 4E0XA 1IIWA 3GBBA 4LZ7A 1DSNA 1A40A 2HAUA 2I58A 3LSLA 3PPNA 1WVJA 4ELPA 2X7PA 1SW1A 2I3WA 3UN6A 4AB5A 4QFOA 4NF6B 3IX1A 3L6GA 4N13A 1XT8A 2D5WA 2XD2A 1MY2A 3PPQA 3RTWB 3RN8A 1FW0A 2ZNTA 1IQ7A 2DS9A 3K2DA 3K6VA 3OELA 5I2KB 4F29A 1B5IA 3PUXE 4QF9A 1CB6A 5ICQA 1JVXA 4G8NA 3HO7A 2H4IA 1UTBB 4H5GA 1N7WA 4OVJA 4U2RA 2QL3A 4GLIA 4ZECA 5I2NA 1P1QA 4JSDA 4P0GA 4FORA 2ONKE 1BLFA 1XHYA 1PBQA 2QMWA 5CC2A 1PDAA 1LAXA 2REJA 1D3KA 1VR5A 3IB0A 3OO7A 5FTHA 1L5TA 3TTLA 2XXQA 1KWHA 2DXYA 2ZYKA 1DOTA 1RYXA 2PT2A 3M3KA 4OEUA 5DT6A 3ZKKA 2XXVA 1A55A 3O6GA 4G68C 5IAIA 3B6WA 4X9TA 4KD5A 1BIYA 4OEVA 4PFTA 1SW2A 2GHAA 2R6GE 2D21A 1SI1A 4X48A 5AA2A 3RTFB 2ZYOA 4NMYA 5K2XA 1URSA 3O2AA 3UGWA 4F22A 4HW8A 4LONB 2REGA 3CRBA 3G3FA 4Q5TA 4R6KA 5EHSA 3T66A 3ZSFA 3I3VA 1BP5A 3KN8A 1P1NA 2FYIA 2RCBA 4IB2A 3S9EA 3CFXA 3H06B 1LCFA 1MY1A 4FEDA 4RK2A 3WAEA 5CM6A 1NNFA 1H43A 2O1LA 3Q25A 4FJPA 3N26A 1QUKA 3OENA 3IOWA 4LA9A 3H6TA 3KN7A 3N5LA 2HFBA 2XXPA 3R7XA 2I3VA 4F3PA 2H9BA 3OSRA 5I59B 3IJXB 5AA3A 2KLFA 5I57A 5DVFA 1MG1A 4GF8A 1GVCA 1QUJA 4OFJA 3TPAA 3QIMA 2UXAA 1SDXA 4LZ5A 2DQVA 5AE4A 1R9LA 4ELOA 5JTYA 2QS4A 1MDQA 5B7DA 3JV9A 3RT6B 4XKQA 2F8DA 1LCTA 3TTMA 2Z23A 4G8HA 2XXRA 1BTJA 4G2ZA 4EF2A 3FVGA 4KYEA 2HQ0A 5JTYB 1LAFE 4EXKA 1LGBC 1OQHA 4ISUA 2VOZA 1PC3A 2V93A 3CG3A 3FATA 4F19A 4F3SA 3CFLA 3A3UA 3H4ZA 3I6VA 3KFMA 1VFEA 3E3KA 4DXCA 2O6AA 4QFNA 5TP9B 1FQEA 2DWJA 1Y3QA 1PEBA 2Z8EA 1AIVA 2DOJA 1JW5A 3G3KA 3VLWA 1XS5A 3GZGA 4OENA 5J1DA 4KI0E 3G7WA 3O9PA 2XXTA 4N6PA 1ATGA 2W7YA 3I5OA 2LAOA 3KN3A 3VXBA 4C1UA 4ZEDA 3KSXA 2Y7WA 4GL0A 4DIGA 4ZEFA 3ZS6A 1F9BA 1SYIA 3E13X 1FQAA 1A8EA 1B1XA 3OOAA 3SKPA 3U94A 3MZBA 2F6PA 2RCAA 2UVIA 3E4RA 3M3FA 3S9NC 1FTKA 1OQGA 3IAZA 3TUSA 5CMBA 4RY1A 1EZOA 3B7DA 4ZEBA 1URDA 4QFPA 3HPIA 4R72A 3C32A 1GGGA 1B0LA 3MZ1A 5A5XB 4OTEA 1Q35A 2ZXTA 2NUVA 4JXIA 1H76A 3P7IA 3HHFA 4O3CA 4PE5B 2ALUA 2O7UA 1SI0A 3SERA 5AA4A 5TPAB 3C36A 5HM4B 1RKMA 2DWIA 4G4PA 4QSDA 4POWA 3TCGA 5H8NA 4BDQA 1ZMGA 4OWDA 4UACA 3RUMA 4E0WA 1B1HA 4HCYA 4ESWA 1JW4A 4H5FA 1M5FA 3BFTA 3CR9A 3O6HA 4PFUA 4WKMA 4FATA 3G3HA 4G8MA 4IGTA 1US4A 3DM0A 3USDA 3MP1A 2DE3A 3PD9A 4ZS9A 3K4UA 3HSTA 3KBRA 1P99A 1M5CA 1Q1KA 1Z7ME 2ABHA 3MQ9A 3RY3A 1MXZA 2VGQA 4F3GA 2FNCA 1QVSA 3FXRA 2E0SA 4KCDA 3OO6A 5DVJA 2Q88A 3FZVA 4F1YA 4X1DA 2I4BA 3HCQA 2OBGA 2OWTA 2HXWA 4NF4A 4RA1A 2ANJA 3W15C 5BWJA 5FHMA 4F1UA 1LAGE 3MAMA 1UTHA 3GLBA 1NNTA 1OLCA 4N07A 4YKIA 4OZ9A 4DCYA 3S9MC 1MRPA 2RINA 3IO6A 3QUFA 3Q29A 3CSGA 1Y4TA 4MF3A 2UVJA 4DLDA 3IOVA 3MJNA 4LVQA 1Y3NA 3QYTA 4GL8A 3FXUA 5A5XA 3DLNA 4HS7A 2CMOA 2V3UA 4FIMA 1NNPA 2VD2A 1B40A 5L9SA 1DPEA 3T9XB 3VV5A 1IZ1A 2A5SA 1B5JA 1UIVA 3UA8A 4YB5A 2QPQA 4OYVA 4K3FA 3C31A 4IO6A 4YB6A 1WODA 2NOOA 4RXLA 4G68B 3FIRA 1R6ZA 3H3GA 4ZEIA 2YJPA 3M8UA 3O6IA 3LBSA 4TLLB 3TTNA 2O69A 2THIA 4HCWA 5AA2D 4H1XA 3CIJA 4IO3A 3TQLA 5ICTA 3DELB 4I9DA 3V5AA 3FV2A 1HSLA 5ITOA 4DXBA 4DE8A 1A99A 1J1NA 1O63A 3U93A 3KOSA 3A3CA 4MFIA 4BDNA 1NFTA 1DMBA 3IR1A 1LB9A 3M3LA 3U8QA 3H6UA 4U4SA 1A7LA 1MXXA 2PX1A 1XVXA 4R6YA 4GOTA 3K1MA 2M8CA 2X26A 2RC7A 4RPOA 3SETA 3U1OA 4BDRA 4DZ1A 5IKBA 3UK4A 2OZZA 3IB1A 5CMKA 3PU5A 1EZPA 2DVZA 2OLBA 1DPPA 1RYOA 3SDFA 4NEDA 1B32A 2RC9A 5I58A 4GIZA 2PYYA 2Y7KA 1UQWA 2I0BA 4I8CA 1LFHA 1JNFA 3L6HA 3MWBA 3S4UA 3C35A 1B2HA 2F36A 1N84A 2RF1A 2V84A 3DP8A 3MVWA 2R71A 3MVXA 4ZE8A 1ZLQA 4U22A 3CVGA 2IA4A 1SQYA 4YAHX 5I56A 3AXFA 2VP1A 1N3WA 3PPRA 4U4XA 1FQFA 2UVHA 3C34A 2ESNA 1LFIA 5DVIA 1I6QA 4RK9A 1LBBA 5I56B 1S50A 4QFLA 1IUDA 2UVGA 5FTIA 3W9VA 2UYFA 3EQ1A 4H8IA 4F3BA 2R9JA 3HHGA 1QJMA 2O84X 3ZKLA 1IXIA 1S9TA 3UP9A 5KZTA 5DTBA 2B3FA 4FECA 4TLMB 3VE1B 3SEWA 3G3IA 2XX7A 1M5DA 4I62A 3ILTB 1MPBA 2Q2AA 4LQ5A 5HPQA 1FTMA 4NF8A 4DCXA 1POY1 3FXQA 4R9FA 4ND9A 3FVNA 4C0RA 3IK6B 4G77A 4M4GA 1AL3A 5H8NB 3MW0A 3DP6A 3PUWE 3PV0E 5L8DA 1VFDA 4TQUQ 4ZZEA 5DYHA 3OMBA 1UIUA 5H8SA 1B46A 2DE2A 3HV1A 4OQOA 1JQFA 3RT8A 4KCCA 4F31B 1PB7A 1LBCA 1LLSA 4F1VA 2DSFA 1NH8A 2AIXA 2Q9TA 3PD8A 2HZLA 3PUVE 4GD5A 1PB8A 4H6DA 3TTRA 3IORA 3UIFA 3H6VA 1MDP1 4HTGA 3FUZA 1FTOA 2G93A 4R73A 1IXCA 3VDFA 4IO7A 3LR1A 4IO2A 1TFDA 3FVKA 1DTGA 4R74A 4EQBA 2RKMA 2WKYA 3H6WA 2I48A 1MQHA 2O51A 4NF8B 4R9GA 4YU0A 3OXNA 3THIA 1IEJA 2YPNA 2H25A 2B3BA 2BJJX 1QW0A 2HCAA 3EPEA 4POXA 1WDNA 2Y7IA 4Q8RA 3T9UA 1I69A 3CG1A 2XXWA 3MUQA 3O29A 3PUZE 4R2BA 3T9VA 4NWDA 4EUOA 5CBSA 2DE4A 4R75A 4FEBA 5H8FB 3S2VA 4KFQA 4NE4A 1LSTA 5K2YA 2F97A 1Z7NE 2E1SA 1SBPA 1II5A 3MP6A 3FGSA 5H8QB 3T22A 4RPNA 5AA1A 3KG2A 3MPLA 1EU8A 3KSJA 1B3LA 1B3EA 2VHAA 3H7MA 3LC8A 2F6GA 1B7HA 3FVOA 4OHNA 5DEXB 3FD3A 3VXCA 1M5BA 1ANFA 2PMSA 2XXYA 3MZ9A 3U72A 1B7ZA 4JDFA 4KR5A 4YMAA 1Y9UA 1UTBA 4O3BA 2X7QA 3D4GA 2A5TB 5JEIA 1MY4A 1IITA 3MVZA 1P1WA 4MH5A 3TCFA 4EDPA 5ISUA 3MC2A 2Q8JA 3EHSA 4Q30B 1EH3A 3Q26A 4QSCA 3CFZA 3RPWA 2XXIA 1NL5A 3PMXA 1MPDA 4IY6A 4TOZA 1USYH 3K1PA 3Q28A 2VD3A 1MH4A 1ZJLA 3BKIB 3FJMA 2F7BA 3VFJA 5AA4B 3IOUA 1YCJA 4KQPA 3OO9A 4H8JA 2RC8A 1ZU0A 4NF4B 3PPPA 1O7TA 3H03A 1YAEA 1MPCA 2DP8A 4ZDMA 2QRYA 3O66A 5HBCA 4EF1A 1R1NA 3EHTA 1QKBA 2QS3A 4NF5A 1LFGA 1FQDA 1N0TA 1SVXB 1US5A 1MY0A 3ILUB 3K6XA 2DVCA 3FJ7A 3OD7A 4GXAA 4PP0A 3VLUA 1AH5A 2GH9A 3RQTA 2NWJA 1B5HA 2F78A 5AA2B 3KOTA 2PBWA 3BFUA 4IO5A 4YMBA 1XOCA 1CE2A 1A8FA 2Q2CA 2Z8FA 1NH7A 1YPNA 3CI8A 4MLQA 1QKAA 4YKKA 4ZZAA 3RLFE 1ZIUA 3V89B 2XXUA 1DTZA 4RYAA 1B0HA 2F34A 2I0CA 2ZYMA 1ELJA 5CI5A 4BDOA 5CBRA 1MM6A 1TT1A 1MQJA 4G68A 1TFAA 1XVYA 4KHZE 4ONYA 3TELA 1JEVA 1P1UA 2AL4A 4O3AA 4BDMA 1QUIA 4BDLA 3UORA 5I59A 1B6HA 2G29A 2YLNA 1GR2A 4IGRA 5CMMA 4R6HA 1HSEA 2OWSA 3R6UA 4R2FA 1HSJA 3VLVA 2XX9A 2I6EA 3FJGA 3B6QA 3F11A 3K00A 4XTCQ 4YB7A 3U92A 4Z7EA 1Y1ZA 2H98A 4LATA 3MVYA 3TQWA 4LQ2A 3TYHA 3VVDA 4KYDA 4QSEA 1NMUA 4OETA 4OFLA 1B9JA 1IXGA 3KEIA 3SEYA 5LOMA 4L17A 4JWOA 3KZGA 4JWXA 3IL1B 3PUYE 2GRVA 3A09A 2HEUA 2ZNSA 1T0KA 1OIBA 3TODA 4RNSA 4QHQA 3O97A 5CRYA 1H45A 3K01A 4MLVA 1B52A 4ECFA 3PMWA 2OCUA 2PT1A 4DXUA 4IY5A 1I6BA 4NWCA 4X1BA 4ZEKA 5KDTB 4U1OA 3RGYA 5FHNA 1MQGA 1H44A 4H67A 4QRZA 2Z22A 1B4ZA 4JB7A 3O28A 2HAVA 2AYSA 3TDJA 3VVFA 2XD3A 1P1OA 4EXLA 5L9OA 5CMCA 2QJEA 4AQ4A 2ZNUA 3EF7A 3LSFB 3TMGA 4ELQA 1JVYA 2Y7RA 4PQJA 1N3XA 4OFOA 3TFLA 2GHBA 1POTA 3N94A 4GWOA 2OK2A 5M2VA 2QS2A 5F7VA 5I2NB 4WEPA 3KJ7A 3SEUA 4YKJA 4FAJA 4IO4A 1URGA 1ZKBA 4UA8A 4GFRA 4JBZA 2QSXA 3G3JA 3W9WA 4Z0IA 4I1DA 2P2AA 2Y7PA 1PBPA 1TXFA 3D4CA 4JSOA 5ELVA 4PFYA 3T9HB 3EHUA 4GRKA 1MY3A 1NNKA 3FV1A 1B58A 2NVUB 3N6UA 5FHOA 4BLAA 2B65A 2A5TA 1EZ9A 2O68A 1VE4A 1MXVA 5H8HA 3OEMA 3QAXA 1JEUA 3IOTA 4GVOA 3PGFA 1ZTYA 3N6TA 5L9MA 4Q0CA 4F39A 3K6WA 3TTKA 2AL5A 3IJOB 3ODBA 2XXXA 3K0VA 1MXUA 2V3TA 3K1NA 4M1VA 5F1QA 1O64A 4XKPA 4PETA 1XC1A 1JETA 1B3HA 1OLAA 3LSXA 3KGCA 4RJZA 1OVTA 4XKNA 3T93B 4WXJA 1AOVA 2NXOA 1B7UA 3Q27A 2Q89A 3IB2A 5H8FA 4KPTA 4AB6A 2FA7A 3VVEA 1PB9A 4LUBA 1Y3PA 3JZJA 4GQOA 4ELRA 4WEDA 2O1MA 3CSBA 1FTLA 5TU0A 1B05A 3S9LC 4F2OA 4YKPA 5I2KA 5I57B 1B51A 2XHDA 3TKDA 3PPOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JWYA 4F2QA 3T96B 2I4CA 2ONRA 3TAJA 2I49A 1MXYA 1D9VA 4PFWA 5KDTA 1FQBA 4QXDA 3GXAA 2DWAA 3OEKA 3TCHA 1MQDA 3MBPA 4NG7A 4F18A 3HN0A 1Y1MA 2Z8DA 5ET7A 2DWHA 2XXHA 5KCJA 3E9XA 4OMBA 4H65A 5DEXA 1QULA 1A54A 1MS7A 4N17A 1JW1A 5TPAA 1YTVA 4C1TA 1LAHE 3C9HA 4U23A 4PC9A 1KA0A 4PTKA 1SW4A 4MCOA 2HAUA 3LSLA 4AB5A 3IX1A 4N13A 2ZNTA 3K2DA 2DS9A 4F29A 4G8NA 2CEXA 1BLFA 1PBQA 3TTLA 2REJA 2XXQA 1KWHA 2DXYA 2ZYKA 2XXVA 4PAFA 4G68C 4KD5A 4PFTA 2R6GE 4X48A 5AA2A 5K2XA 5EHSA 2REGA 3G3FA 4Q5TA 3T66A 1P1NA 4GX3A 3S9EA 5CM6A 1MY1A 1NNFA 2O1LA 4FJPA 1JP4A 4RNSA 4F3PA 3RYDA 3OSRA 4NF0A 5I59B 5I57A 5AA3A 2KLFA 2ZZXA 3QIMA 1NUYA 2BJIA 4N8YA 1MDQA 5B7DA 2F8DA 3TTMA 4G8HA 2XXRA 2L5VA 2V93A 4F3SA 3CFLA 1FPBA 3E3KA 4DXCA 2O6AA 1LBVA 2Z8EA 4N15A 1JW5A 3VLWA 4OENA 1FPFA 1FPDA 2W7YA 4C1UA 2Y7WA 4DIGA 3ZS6A 3E13X 3OOAA 3MZBA 3M3FA 1FTKA 4GWZA 5CMBA 3B8BA 4ZEBA 4QFPA 4R72A 1GGGA 1B0LA 3MZ1A 5A5XB 4JXIA 4O3CA 3HHFA 2ALUA 2O7UA 3IFCA 1NV2A 5H8NA 4UACA 1B1HA 4ESWA 4PFUA 3CR9A 3O6HA 3DM0A 3KBRA 3HSTA 3VXBA 1P99A 1MXZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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