3IOVA

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c99
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
416
structure length
405
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQPPPPPPPPPPPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
total genus 113
structure length 405
sequence length 416
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iovA02
1IXGA 3MP6A 4EF2A 1NNKA 3FXUA 3KEIA 2QMXA 2YJPA 1LB9A 4Q30B 4EUOA 1II5A 3KOTA 3QUJA 3EPEA 3MZ1A 3W15C 1ZTYA 4GD5A 3KN7A 3HSTA 2OCUA 3O97A 1OVTA 3G3GA 4KCCA 3Q28A 4ELPA 5HPQA 1USYH 3UGWA 4R9FA 3EHUA 2Y7WA 3OXNA 3S2VA 3TTNA 3WAEA 3LSXA 3R6UA 1MQJA 3TQLA 4YKJA 1MXYA 1TFAA 5ITPA 4ELQA 5HM4B 5ISUA 1AH5A 1GGGA 3K6XA 1GTKA 1URDA 4O3AA 4ZEIA 4DE8A 3LSFB 4NF5B 2A5TA 1MXVA 2IA4A 2I3WA 3O9PA 4RA1A 4F2OA 1Q1KA 4IY6A 5AA4B 4IO2A 4QFLA 1D4NA 1Q35A 4LQ2A 2ONKE 1LAGE 2ZYNA 3EHTA 1N7WA 3RUMA 1FQCA 1QUJA 2FYIA 2XXTA 4RK9A 4RPOA 2HQ0A 1QUKA 2RC8A 3MUQA 1MQDA 5H8SA 4PFUA 4F1VA 1Y3QA 3QIMA 2P1SA 5CMKA 4QFOA 3PV0E 2PVUA 4N6PA 1DOTA 3I5OA 4OZ9A 3Q29A 4IGRA 1WVJA 2Z23A 2UVGA 2ZMBA 3FJGA 1MQGA 5DEXA 3SKPA 4ZE8A 3HHFA 1B4ZA 1PBPA 1SQYA 1NMUA 3IAZA 1OLCA 2NXOA 4FAJA 4LUBA 4OHNA 1A55A 3IB2A 5AA3A 3H7MA 1IXCA 2QS4A 4MFIA 3SERA 3RGYA 1JW5A 2YPNA 2XXVA 3ODBA 4R9GA 1CB6A 3M3KA 3PMVA 5H8QA 1D9YA 3C33A 1IZ1A 1ZKBA 3U1OA 2O1LA 5I57A 3PUYE 5AA2A 4KR5A 2GHAA 3CG3A 3K6VA 1B0LA 3FVKA 3S9LC 3CFLA 3M3LA 2ZNUA 3K1MA 3MVYA 4OFJA 2VGQA 1H45A 3EN3A 2KLFA 2VP1A 3U92A 1R1NA 4I62A 4KHZE 5H8FA 1NH8A 4GRKA 3OOAA 2ONSA 2DE3A 3KN3A 3U8QA 2P0SA 2HAVA 3FD3A 3HPIA 3T9XB 3S9NC 1N84A 3JYRA 2X7QA 4LATA 2PT2A 5H8NA 4FECA 3MP1A 1MQHA 2HAUA 2HXWA 3FXRA 1PB9A 2YLNA 3RPWA 4ZDMA 5I2KB 1OLAA 4GL8A 1JEVA 1JVXA 4NF6B 2RKMA 3HHGA 1O63A 2ZYKA 3BKIB 5EHSA 2Q2CA 1UQWA 1PEBA 2V25A 2ZYMA 3OSQA 4XTCQ 1SW1A 2XXPA 5CRYA 1LFHA 5L9OA 1B5JA 2AL4A 2DVZA 3PUWE 4M4GA 4PFYA 2HFBA 2OBGA 2D5WA 2H99A 3MP8A 3FJ7A 3QXMA 1DPPA 4Q0CA 3T9UA 1J1NA 4QSCA 3TTRA 2ZYOA 2OJTA 4XXUA 2XD3A 1B3EA 4XKQA 2RC7A 4RJZA 3ILTB 5AE4A 3QK6A 1TFDA 3C36A 1UTBA 3VLUA 2PX1A 5JTYA 1EZPA 3H6TA 3Q27A 1ANFA 4KD5A 4FE8A 2AYSA 3D4CA 4BDOA 4F18A 2Y7PA 4HS7A 3IK6B 4R74A 4EQ7A 2O51A 3B6QA 5FTHA 4BDRA 4KCDA 4U4XA 4OTEA 4WEDA 2B65A 1BP5A 2I49A 4PQJA 3RTFB 1JETA 1FQAA 3HN0A 3SESA 4ELOA 1MM7A 4NMYA 1MG1A 3CIJA 2DOJA 1N3XA 2D3IA 3VVEA 3T9HB 2I6EA 3G3KA 3PUVE 1MM6A 3OMBA 3FVOA 3U93A 1SW2A 2R71A 4NF8B 3O66A 4GLIA 2XXIA 3CSBA 3SEVA 3ZSFA 2B3BA 1RYOA 1MXZA 3Q25A 2ZNTA 4JXIA 5EYFA 5CC2A 5CM6A 4IO3A 1XVXA 5I2NA 4OXVA 1T0KA 3IOTA 2CMOA 1MDP1 3KOSA 2Z22A 3LSLA 3OO8A 5TP9B 4F31B 1B1HA 2G29A 4GIZA 4EDPA 1IITA 3MW0A 3RLFE 2P2AA 3TKDA 3VE1B 4PFWA 3RT8A 4RYAA 4KQPA 1N76A 4JSDA 1A8EA 1PBQA 2VD2A 3C34A 5DYHA 3ZKLA 3TUSA 1JW4A 5IAIA 1FTKA 1XHYA 3T66A 5L9SA 1IIWA 1ZJLA 3F11A 4O3BA 4IO4A 3U94A 5KDTB 1M5EA 2O7UA 3FGSA 5I56A 5JEIA 5L9MA 1MY3A 3PPRA 3MBPA 1Y1MA 1B5IA 5FTIA 1SDXA 2QPQA 3QYTA 1P1NA 2V3UA 4G8HA 4L17A 3TYHA 2XX8A 2DYXA 1HSLA 2I0CA 3K1NA 2XHDA 2F7AA 1POY1 1B7HA 1LFGA 3CR9A 3KZGA 4EQBA 3H03A 1YCJA 4BDMA 1B52A 2AL5A 3KG2A 4BDQA 4F19A 3OO9A 5JK4A 4KPTA 2DQVA 2Y7RA 1VSOA 2F8DA 1QW0A 3K1PA 1NKXA 2ESNA 5I59A 2OLBA 3VLWA 4TLLB 2F7BA 4UACA 2OWTA 3GBBA 1M5DA 3K6UA 4OVJA 2DWIA 3HV1A 4LONB 4RY1A 4PP0A 3IO4A 3K01A 3PPNA 4R6YA 2HCAA 3MPLA 3PU5A 4GXAA 4MLQA 4KYDA 5HBCA 4YMAA 3EQ1A 4AB5A 4R72A 1VFEA 2O68A 4R6HA 3RN8A 1Y4CA 5J1DA 4P0GA 2Z8EA 3PMWA 1QJMA 3H3GA 3TCHA 4P0IA 4U22A 3G3FA 3VVDA 1VR5A 1B05A 2XXHA 3U72A 2RC9A 1RYXA 2XX9A 3UA8A 5LOMA 3E9XA 4NE4A 2ONRA 2RCAA 2NWJA 1EH3A 5H8QB 1UIUA 2UVJA 3CI8A 1DTZA 1PDAA 1I6QA 4XKNA 3MWBA 4FEBA 1WODA 4OFOA 1QVSA 4MH5A 3KFMA 1UTHB 5AA2B 1B9JA 1MH3A 2HEUA 3FASA 4G2ZA 2DWJA 3IB0A 4H5FA 3N6TA 4HCYA 4LA9A 4U23A 2F6GA 4X9TA 3O2AA 3LUYA 1OIBA 3KSXA 1XT8A 5F1QA 4EF1A 2O7IA 1A40A 4LZ5A 1GV8A 1OMPA 5H8FB 1S50A 1MPBA 3FXQA 4R2BA 3K02A 2Q88A 4OEUA 4DLDA 2I3VA 2PMSA 4KYSA 5M2VA 5IKBA 3V83A 4U1ZA 3O6HA 4Z0IA 3C32A 1M5FA 5DVIA 4DXUA 2Y84A 3MZ9A 1N3WA 5CMMA 2QSXA 2Y7IA 4DXBA 1H43A 1Y1ZA 3H6UA 4GQOA 5H8HB 3O29A 1MS7A 4QHQA 3M8UA 1IXHA 4OFLA 3QUFA 5EHMA 3UORA 1VE4A 4YAHX 4E0WA 1OQHA 3ILUB 3TZAA 4IB2A 1LAXA 2REJA 3IORA 3JV9A 5I84A 1B7ZA 2F35A 3OEKA 4JWYA 2NUVA 1Y9UA 1B6HA 3MAMA 4JB7A 5L8DA 1SW5A 4FIMA 3CVGA 3DM0A 3N26A 1MY2A 4RK2A 1P99A 1XC1A 1FQFA 1YTVA 2DWHA 2GH9A 4Q5TA 5KCJB 2A5TB 4R75A 4DCXA 1YAEA 3ZS6A 5AA4A 4ONYA 2Z8FA 3P7IA 3N5LA 1B7UA 1B5HA 1LGBC 1UTBB 4GOTA 4R73A 5DT6A 1L5TA 1SI0A 2D21A 4JWOA 2XXUA 5TPAA 3WAFA 4F3BA 5A5XA 5AA2D 5CBRA 4F3GA 1Y3NA 3KBRA 2QL3A 2UVHA 3T96B 1DPEA 2I0BA 1MRPA 1B2HA 2ZXTA 3H06B 5ICTA 4I8CA 2V3TA 5I58A 1MDQA 1MXXA 2PYYA 3K2DA 4OMBA 2PBWA 3DP8A 2QS3A 4IO6A 4G68B 1ZBMA 5CBSA 1VFDA 3S9EA 2DE2A 4RPNA 1D3KA 3DELB 2Q9TA 4XKRA 1FW0A 3VXBA 4ZEKA 4JSOA 1ZMGA 1NNPA 3OO7A 4JBZA 4OERA 3TTKA 4C1UA 1A7LA 3G3IA 2Y7KA 3L6HA 4MF3A 1SYIA 4MLVA 4NF8A 5FHOA 3A3UA 1M5CA 4H67A 2REGA 1B46A 1LBCA 4H1XA 3VV5A 5B70A 1I6AA 3TQWA 1B58A 1QKBA 4QF9A 1SD3A 4PETA 4WXJA 3TMGA 1SI1A 2H25A 3C9HA 3IOVA 1NL5A 4O3CA 3RQTA 1B32A 4LVQA 3MZBA 2V84A 1LFIA 1EU8A 3G3HA 3O6IA 1R9QA 1MY0A 1XOCA 3FUZA 3R7XA 2NOOA 4ZZEA 4H0WA 3HCQA 1B1XA 1I69A 3IO6A 4F2QA 4H65A 1GR2A 2ABHA 2XXQA 3C4MA 4HCWA 3RTWB 4OESA 1PB7A 2H9BA 4R6KA 4G77A 1A99A 2QS2A 5KDTA 1LAFE 4M1VA 1JNFA 4F1UA 4LP2B 1H76A 3MJNA 4NF6A 1HSEA 4X48A 3SEXA 2OWSA 5TP9A 3UK4A 4H8JA 3D4GA 3FVGA 5ITOA 5BUUA 1FTJA 5FHMA 1LCTA 4KYEA 4U1OA 1N0TA 1B0HA 2H4IA 3DP4A 3FJMA 4WKMA 1B51A 3OO6A 5DEXB 2I4CA 2R9JA 1IXIA 4EQ9A 1POTA 2A5SA 2B3FA 4DIGA 1A54A 1URSA 2UXAA 1RKMA 1B4HA 1P1QA 3IJXB 1JVYA 4QFKA 4EXLA 2GRVA 3MVXA 1OVBA 1ZIUA 1S9TA 1MH4A 4ISUA 1TXFA 4GL0A 4AQ4A 1H3DA 2E1SA 1FCKA 3PPQA 4GWOA 1Y4TA 4I1DA 4C1TA 3JZJA 1QKAA 2GFEA 4NTLA 2BJJX 4U21A 4QSEA 3UP9A 2O6AA 3IB1A 4QRZA 3CSGA 4PE5B 4QSDA 3S4UA 4C0RA 1I6BA 4XIGQ 3OEMA 4OEVA 1BKAA 4DXCA 4IGTA 3THIA 3EF7A 3TPAA 3ZKKA 4NF4B 1MQIA 2GHBA 4YKIA 3BBRA 4ZECA 1LAHE 3E13X 4LZ7A 1P1OA 4NWDA 5CI5A 5DVFA 5F7VA 3V89B 2VHAA 4DCYA 4F22A 2HZKA 2QRYA 1LB8A 3C31A 1USYE 2ALUA 3LBSA 2F78A 3V5AA 4OQOA 3TELA 1IEJA 3I6VA 1XVYA 3G7WA 3UN6A 1BTJA 1O7TA 1DMBA 3AXFA 4WEPA 3KJTA 5K2XA 3SEWA 5I2KA 3OELA 2F6PA 2X26A 1TT1A 3FATA 4OWDA 1IUDA 2NVUB 2V93A 3TODA 3TFLA 4ESXA 1NNTA 3V8XB 1P1UA 1R6ZA 2XD2A 1N7XA 5I2NB 1P1WA 1FQBA 3S9MC 4GF8A 1H44A 1NH7A 2F97A 3IOWA 1B3LA 3PD8A 4U2RA 4F3SA 3IJOB 2F7CA 1MPDA 1FQDA 2RCBA 2IEEA 3ONMA 3MVWA 1N04A 2O1MA 4LQ5A 4NF5A 4NEDA 4BDLA 4ZEBA 2I4BA 3CG1A 3PPPA 3LSWA 1CE2A 4YB7A 4OETA 4YKPA 1D9VA 5JTYB 4N07A 3DLNA 3PUXE 1SW4A 3T22A 2DWAA 3GLBA 4QFPA 5H8HA 4FJPA 3VXCA 1LBBA 4I9DA 5I56B 1MXWA 2DE4A 2XXWA 2PT1A 3CFXA 4RXLA 1PC3A 2Q8JA 3E3KA 2F34A 3HO7A 3OD7A 4KI0E 1AOVA 5DVJA 2R6GE 2RINA 1PB8A 2FA7A 3C35A 2XXYA 2Q89A 1NFTA 1BIYA 1KWHA 1QULA 4YZZA 2DP8A 3SEUA 3TCFA 1SYHA 3O28A 3KSJA 1B3GA 1R9LA 4KFQA 5CMCA 1US5A 1US4A 2QJEA 3BFUA 1DSNA 3FVNA 2I58A 1Y3PA 3GBAA 1B3FA 3LR1A 3K00A 3VDFA 5I59B 5I57B 5ICQA 1HSJA 3VLVA 3B6TA 3B7DA 4IO5A 1MY4A 1B3HA 4ZEFA 3VFJA 2UYEA 3G3JA 3QSLA 1TWYA 5CMBA 3VVFA 3W9WA 1FTMA 2O84X 3BFTA 4YB5A 3QAXA 2DVCA 2DS9A 5I58B 3H4ZA 2O69A 2UVIA 3FV2A 4G68A 3GZGA 4ZZAA 5ELVA 3N6UA 1IQ7A 2Z8DA 4F3PA 3KGCA 2QMWA 3N94A 4MBPA 3E4RA 3IR1A 4R2FA 1O64A 2AIXA 3SETA 4YKKA 3SDFA 5H8NB 1BLFA 4QFNA 4DDDA 1YPNA 1M5BA 2RF1A 3IOUA 4AB6A 2UYFA 3IL1B 3RT6B 1SVXB 1UTHA 2H5YA 4G8MA 1AL3A 2V3QA 4IY5A 4UA8A 4ESWA 4YMBA 4ND9A 1GVCA 2F5XA 2XX7A 3FV1A 2XXRA 1UIVA 1JQFA 1ZU0A 2THIA 3B6WA 1LSTA 3MC2A 3PGFA 4G4PA 3MVZA 4ZE9A 4F39A 4HW8A 1S7YA 1LLSA 4F29A 3SEYA 2ANJA 3CRBA 3A09A 4G8NA 3RNNA 2FNCA 4N13A 3KN8A 3CFZA 3K0VA 4BLAA 4ECFA 5K2YA 1FTOA 1OQGA 3A3CA 1MXUA 3Q26A 1EZ9A 4XKPA 3TAJA 1FQEA 2VD3A 1Z7NE 2LAOA 2E0SA 3K6WA 4LZ8A 4U4SA 4E0XA 1AMFA 4GVOA 2F36A 4THIA 4YICA 1URGA 3O6GA 1A8FA 4H8IA 4POWA 1F9BA 1ATGA 4YB6A 1JW1A 3RY3A 3TTMA 4BDNA 4Z7EA 4POXA 4ELRA 4GXSB 4ZS9A 3IX1A 1Z7ME 1FTLA 1NNFA 2X7PA 1XS5A 3GXAA 3M3FA 1DTGA 3OSRA 2I48A 4FEDA 5DTBA 4H5GA 4OENA 3L6GA 4NWCA 4RNSA 4TOZA 3TTLA 4DZ1A 2G93A 3PPOA 4IO7A 1WDNA 5B7DA 4EXKA 1ZLQA 3LC8A 4PFTA 4YU0A 3TDJA 2WKYA 3EHSA 1LCFA 4JDFA 4K3FA 1MPCA 1B40A 5FHNA 4P11A 2HZLA 2M8CA 3I3VA 5KCJA 1MY1A 3H6WA 2CZLA 4FORA 4JWXA 4X1DA 3T93B 2DXYA 3W9VA 3K4UA 2DSFA 2DXRA 3R26A 5AA1A 3T9VA 4F1YA 3KJ7A 3UIFA 3FIRA 2ZNSA 4HTGA 5TPAB 5A5XB 5BWJA 4X1BA 2OZZA 4TQUQ 1SBPA 1EZOA 3MQ9A 4NF4A 4Q8RA 2VOZA 4GFRA 1JEUA 5KZTA 3TEPA 4OYVA 4H6DA 4FATA 2H98A 2OK2A 2Q2AA 1ELJA 3DP6A 3FZVA 3H6VA 3OENA 3PD9A 1QUIA 1Y20A 3PMXA 3TCGA 2W7YA 3MPKA 3USDA 2XXXA 3ECRA 1AIVA 4ZEDA 4TLMB 4G68C 3PUZE 5TU0A 2QS1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QMXA 2YJPA 2Q74A 5T3JA 4GD5A 4MJOA 3HSTA 2OCUA 4ELPA 5HPQA 3ISPA 3TQLA 4ELQA 5ISUA 1URDA 4GWYA 5AA4B 4IY6A 4MNPA 4QFLA 1D4NA 1Q35A 3B50A 4LQ2A 2FYIA 1QUJA 4RK9A 2RC8A 1MQDA 4F1VA 1Y3QA 3QIMA 5EYGA 1DOTA 4OZ9A 4IGRA 2Z23A 3FJGA 1FPIA 1PBPA 1NMUA 3IAZA 3EKIA 1FPLA 4LUBA 3FXBA 5F24A 3H7MA 1RDXA 2KR0A 3SERA 3RGYA 2YPNA 2XXVA 4R9GA 3U1OA 1CNQA 1Q9DA 4KR5A 3CG3A 3M3LA 3MVYA 2KLFA 3E78A 1R1NA 4I62A 5H8FA 2ONSA 3FD3A 3HPIA 4PAKA 3LV0A 3JYRA 4LATA 1MQHA 1VDWA 2YLNA 3BKIB 2Q2CA 1UQWA 5CRYA 4XTCQ 1SW1A 4JVCA 4PFYA 5IGAA 2H99A 1DPPA 4Q0CA 2V4CA 1J1NA 4PBQA 2ZYOA 2OJTA 4XKQA 2RC7A 4PAIA 2XXKA 3VLUA 3Q27A 2AYSA 1FJ9A 1QGXA 2Y7PA 4HS7A 3IK6B 4KCDA 3IFCA 4U4XA 1BP5A 3T9HB 5FBPA 3U93A 2R71A 2WEFA 1XVXA 1T0KA 1B1HA 2G29A 4EDPA 3MW0A 3RLFE 2XWOA 1N76A 4JSDA 3C34A 5DYHA 3ZKLA 5I56A 1MY3A 1B5IA 5A5LA 2Y5KA 4G8HA 3TYHA 2XX8A 1HSLA 2I0CA 3K1NA 2F7AA 1POY1 3KZGA 3H03A 1YCJA 2XWVA 4BDQA 4UABA 5JK4A 2Y7RA 1QW0A 4X04A 2OLBA 3GBBA 1FSAA 1M5DA 4OVJA 4RY1A 3K01A 4R6YA 2HCAA 3PU5A 5HBCA 4KYDA 4AB5A 3RN8A 1Y4CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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