3IOVA

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c99
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
416
structure length
405
Chain Sequence
b'KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQPPPPPPPPPPPQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule tags Signaling protein
total genus 113
structure length 405
sequence length 416
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iovA02
3S2VA 3N6TA 3UGWA 3K6VA 5KDTB 2GH9A 1OMPA 4TQUQ 4OQOA 3H03A 4X1DA 2Z23A 4ELRA 1JQFA 3SKPA 3MP6A 3RNNA 4NF4B 1ZIUA 3G3GA 4G4PA 2XXUA 4L17A 1DPEA 1EZPA 3K6UA 1MXWA 1S7YA 3C9HA 1R9QA 2QPQA 3MC2A 2VP1A 1RYXA 3E13X 2O7IA 2D21A 2XXRA 3U92A 2PT1A 1PBPA 2I49A 4GD5A 1IXIA 4QFOA 3MPLA 1JEUA 3LR1A 1MPCA 3PUVE 4F3GA 1B1HA 3H4ZA 1B2HA 3O6HA 2F6PA 2XXIA 2P2AA 3KN3A 3K02A 3TTNA 2PT2A 4ECFA 3F11A 3GBAA 1I6QA 4N13A 3K01A 5HBCA 5FHMA 3C32A 4OHNA 4ZDMA 1M5CA 4R6HA 3TEPA 1M5BA 2AIXA 4PETA 4RPNA 3FJ7A 3AXFA 1TFAA 1XS5A 1MY1A 1QVSA 1MQGA 3U1OA 3IB1A 1GTKA 2QS4A 2HZKA 4LZ7A 1JW4A 2B65A 3ZKKA 4EQBA 1XOCA 2RINA 1B32A 1S50A 1VFDA 3M3KA 3M3LA 4QSEA 3PD8A 3KOSA 2HAVA 3RTWB 4FEDA 3G3JA 3TCGA 3LC8A 2DWAA 4DE8A 3QUFA 5A5XB 3EF7A 4G8HA 1UQWA 3U94A 4PFUA 4XKQA 1H43A 4NMYA 2HXWA 4IO6A 3IOUA 3KN8A 5H8QB 3OOAA 2Q89A 4TLMB 1AIVA 2KLFA 2ZYOA 3VXBA 3FVNA 4H0WA 3RLFE 5ICQA 3FXUA 4KCCA 2XXPA 5K2YA 4OTEA 3LUYA 3QXMA 1P99A 3GLBA 1LB9A 2DVZA 2QSXA 1LLSA 3W9WA 5EHMA 1LFHA 3HHGA 3T66A 3IJXB 2XHDA 4ELPA 1D9VA 1MDP1 3PPRA 3TKDA 4BDOA 5KDTA 3SEWA 5I56B 1N3WA 4G68C 4KCDA 3IX1A 2H9BA 2GHBA 3KOTA 4UACA 3N5LA 3OELA 1FQFA 1AOVA 3V5AA 4ZS9A 4E0XA 4NF4A 4MBPA 3C36A 5CBSA 3U8QA 1USYE 2XXWA 3MW0A 2OZZA 3TTKA 4KD5A 4FIMA 5I84A 5AA2B 1A54A 4F1VA 4P11A 3HN0A 5TU0A 2DE2A 2B3FA 3T93B 4ZEIA 3UORA 3O66A 1M5DA 3S9EA 1BLFA 4R73A 2R71A 3TTRA 2QJEA 1AL3A 2DE4A 3W15C 4I9DA 4X1BA 2UYEA 2ABHA 3A09A 4ELQA 4PQJA 5B70A 4QSCA 3OO8A 4R2FA 3O6IA 5L9MA 3V83A 1LBBA 4PE5B 5FTHA 3N94A 4ELOA 3G3FA 2ONSA 3BFUA 3BFTA 4WXJA 5FHNA 1OLCA 1B3HA 5ISUA 4G77A 4NF8B 3TDJA 5BWJA 3OO7A 3VFJA 3IJOB 3N26A 1MH3A 4H67A 1B4ZA 3KSXA 1QKBA 3TCFA 2O1LA 3OXNA 4QSDA 4DCXA 1FTLA 4GXAA 5A5XA 1LAFE 4F22A 4ZEDA 3M8UA 4JXIA 5DEXB 3IK6B 2D5WA 3LSFB 3Q26A 4NE4A 3KJTA 3CVGA 4HCWA 4YICA 4QFKA 4YKKA 5H8QA 5H8FB 4YKPA 4GL8A 1SD3A 1SW1A 4OZ9A 3UN6A 2W7YA 3FZVA 3GXAA 2O69A 2DP8A 5AA2D 4MLVA 2PBWA 1QUKA 3T9UA 1B46A 4QRZA 2F7CA 1OQHA 3KGCA 1MQIA 1LCTA 3T96B 4JWYA 4IO2A 4U21A 2RC9A 4U4SA 3HO7A 3MZBA 5AA4A 1NL5A 4R6YA 3MVYA 4BDRA 2UYFA 3U72A 3PMWA 5H8SA 4G68B 1KWHA 4M4GA 1DOTA 2RC7A 3EPEA 3O2AA 5I56A 3TAJA 1MY4A 5EYFA 2AYSA 1MM7A 1VR5A 1POY1 4GVOA 1IIWA 1PBQA 3TODA 4OFOA 3MWBA 2OK2A 3SESA 4GIZA 3G3KA 4PFYA 1YCJA 4F31B 2VD2A 1B0HA 4OWDA 4FEBA 1NH7A 2XXXA 2DYXA 5IKBA 1Y4TA 4LZ5A 3DP4A 5AA2A 4ESWA 1JW5A 5AA3A 4OESA 3MBPA 4IO3A 2OCUA 3QUJA 3ILUB 1FQAA 3IO4A 3T9XB 2UVJA 3VXCA 4JWOA 2RKMA 2DSFA 4YKJA 3C35A 3S9MC 2WKYA 3N6UA 2F36A 1P1NA 4O3BA 4PP0A 5I2KA 2V3UA 3KG2A 4LP2B 1US4A 3PPQA 2PYYA 4RPOA 4BDQA 3FGSA 2XXHA 4DCYA 3H6UA 1OVTA 3G3IA 5EHSA 3L6GA 1MXUA 3EHSA 1B4HA 3SDFA 3EHUA 1XVXA 3DP8A 1B3LA 1MPBA 3IB0A 4AB5A 2XXYA 5ITPA 5FHOA 4F19A 3VLUA 1OVBA 4KR5A 4NWDA 1Y3PA 4FECA 3B6QA 2OLBA 2F8DA 1NNPA 4PFWA 1MQDA 1H44A 1NNKA 4XKPA 3SERA 1EZ9A 4G8MA 3V89B 3CSGA 1FTOA 3FV1A 4NF8A 3KEIA 2AL5A 2FNCA 4R9GA 2DWIA 1LGBC 4F1UA 1B3EA 3BKIB 3KBRA 1MM6A 3P7IA 1A8FA 4KYSA 4QF9A 4JSOA 5DEXA 3O97A 3TQLA 2A5TB 2QL3A 1R1NA 1UIVA 5DVIA 3MQ9A 5AA1A 2ANJA 4G8NA 2R6GE 5BUUA 5H8FA 5LOMA 3IOVA 4GRKA 4NTLA 3VE1B 3FD3A 5CMKA 1I6AA 3IB2A 3TELA 3HV1A 3MVZA 4H6DA 4DXUA 3TTLA 3A3UA 3PMXA 4QFLA 5CBRA 2XX9A 1Y1MA 2XXTA 3Q29A 3TYHA 5DYHA 4THIA 2RC8A 4JBZA 1QUJA 1MS7A 3RUMA 1B7HA 2UVGA 2NUVA 4P0IA 3VDFA 1URDA 4BDLA 2Z8FA 2I3WA 2I4CA 3C4MA 4I62A 4EQ7A 4G68A 2HZLA 5I59A 3UIFA 4NF6B 4YU0A 1DMBA 1OLAA 3D4CA 3FXRA 4X48A 3TCHA 1Y3QA 3RQTA 1IITA 4HCYA 3MP8A 3K6XA 1B9JA 4MFIA 1SI0A 3QIMA 3OEKA 3FXQA 2I48A 3MZ9A 5K2XA 1B5JA 1FTMA 3VV5A 1H45A 4JWXA 4YMBA 1FQCA 3CR9A 3TPAA 4IY5A 5KCJA 3PPNA 3HSTA 4H5FA 4LONB 2GFEA 3DLNA 4TOZA 4N6PA 4ZEBA 1MXYA 4ZEKA 2V25A 2DWHA 4Z7EA 3KSJA 4XKNA 1SBPA 3Q27A 1NFTA 3SEVA 1Y9UA 1ZU0A 3FVOA 2F7AA 4XXUA 2H25A 3O29A 2PMSA 2Y7WA 2ZNTA 1O63A 4XKRA 1DPPA 3GZGA 4HW8A 1PC3A 4UA8A 2V3TA 5CMCA 3DELB 3CG1A 2O6AA 5CM6A 2F6GA 4FATA 3R26A 4KI0E 1BIYA 4DIGA 2DXRA 3PV0E 4F18A 1UTBB 1B0LA 2Y84A 1UIUA 1B3FA 1MXXA 5CRYA 2Z8DA 2OWTA 1J1NA 4OEVA 2LAOA 1NNTA 1WVJA 2ZMBA 1N3XA 4P0GA 4HTGA 2Q2AA 1ELJA 3PPPA 4C0RA 4G2ZA 3VVFA 2XD3A 4EXKA 1B52A 4RK9A 3K1PA 4ZE9A 2PX1A 1A55A 4U4XA 1N0TA 3BBRA 1MQHA 3MJNA 3IO6A 3OMBA 1Z7ME 1B1XA 5TPAB 4YZZA 3OEMA 4GQOA 2RCBA 4WEDA 1TFDA 2HCAA 4MH5A 5H8NB 1Q35A 3PUYE 1TXFA 4E0WA 1D3KA 2VHAA 3O9PA 2RF1A 4R72A 3JYRA 1QKAA 3ZSFA 5L9SA 1FCKA 4H5GA 3R6UA 4GXSB 4IGTA 3TQWA 1VFEA 2H4IA 3H7MA 4Q5TA 2M8CA 2VOZA 1B51A 1FQDA 2XXVA 5IAIA 4MF3A 2G93A 1B7ZA 4JSDA 1OIBA 2H99A 3TUSA 3UP9A 3PUZE 1AMFA 3T9VA 3S9NC 3WAFA 3K1MA 1HSJA 3EQ1A 1B7UA 4ESXA 2DXYA 4NF6A 5I2NB 1SW2A 1M5EA 1N7XA 3FJGA 1URGA 3LSWA 1QUIA 4H8JA 3RT8A 2H98A 3QYTA 4YB5A 1PB8A 2OBGA 4QFPA 4U1ZA 2Y7KA 4R75A 3CI8A 4GOTA 3IAZA 5ELVA 1L5TA 1RKMA 4YB6A 1TT1A 4F3SA 2NOOA 2X7PA 4O3CA 2HAUA 2YJPA 1O7TA 1GR2A 2ZYMA 4YKIA 4MLQA 5KZTA 4IO4A 4C1TA 5I58B 1XVYA 4LQ5A 1YTVA 4N07A 4Z0IA 2REJA 1UTHB 3TTMA 3QAXA 3TZAA 4IGRA 4NWCA 4OYVA 2D3IA 3S9LC 2HFBA 1YAEA 3O28A 3CRBA 1DTZA 3RN8A 3C31A 3V8XB 3K2DA 4KQPA 1XT8A 2O51A 3IOWA 2ZNUA 2QS2A 1SVXB 1SYIA 1EU8A 2O84X 4F2OA 4KHZE 1N7WA 4FORA 3FIRA 1P1QA 2E0SA 4O3AA 2Y7RA 2VGQA 1JVXA 1PB7A 2F5XA 2Z8EA 3CG3A 1QULA 1A8EA 4XIGQ 4KPTA 1D4NA 4IB2A 3B6WA 1UTBA 4RYAA 2Q88A 3HCQA 4DZ1A 1P1WA 2V3QA 3FJMA 3LSLA 3VVEA 3MUQA 4R6KA 3UA8A 2X26A 2XX8A 1GGGA 5HM4B 3QK6A 4ZZAA 1OQGA 3E9XA 3MP1A 1LSTA 1BP5A 2DVCA 2R9JA 3OSRA 4PFTA 5DTBA 1N04A 4BDMA 2Q9TA 3CSBA 5TPAA 1FQBA 1YPNA 4AQ4A 4QHQA 5H8NA 1A40A 2P0SA 1ZJLA 5I57B 3HHFA 1AH5A 4X9TA 2XD2A 3EHTA 1Y20A 1NH8A 1IEJA 4GL0A 3MAMA 2YLNA 3VVDA 4EF2A 2XXQA 1SYHA 4XTCQ 2ZNSA 1S9TA 4GF8A 3W9VA 2Y7PA 1R6ZA 4POWA 4DXBA 1CB6A 2ZYNA 4ND9A 3H3GA 1JVYA 3C33A 3RPWA 3PGFA 1RYOA 5DT6A 4M1VA 2V84A 2OWSA 1LCFA 2F34A 4U23A 3PU5A 3TMGA 4YAHX 3CFLA 2NVUB 4FJPA 4WEPA 4Q30B 1MXVA 2GHAA 1ZLQA 4F3BA 5I2NA 2I4BA 1LAXA 3OD7A 1JW1A 1R9LA 1HSLA 1LAGE 4EUOA 4DXCA 3Q28A 3KFMA 2NXOA 1I6BA 1B5HA 4KYDA 5F1QA 3RY3A 4IY6A 1MY3A 4U22A 1A7LA 4LATA 5CI5A 1FW0A 2XX7A 5TP9B 3FUZA 4C1UA 1M5FA 3D4GA 5I58A 2FA7A 3PMVA 1UTHA 3OO9A 5JK4A 1VSOA 2YPNA 4RY1A 1SDXA 3THIA 1JEVA 2I6EA 2Y7IA 1PB9A 4K3FA 4BDNA 4ZECA 2H5YA 4OFLA 1NMUA 2E1SA 3K00A 4NF5B 3Q25A 3I5OA 3ONMA 4Q8RA 1D9YA 5F7VA 1WDNA 3B6TA 3SEUA 3R7XA 3H6TA 2DS9A 5B7DA 3CFXA 5HPQA 3T9HB 2I0BA 3PUXE 2QMWA 2UVIA 2IA4A 1H3DA 3MVWA 4YB7A 3FATA 2AL4A 3O6GA 5FTIA 1A99A 1DTGA 4JB7A 3JZJA 1IXGA 4RNSA 3S4UA 1MY0A 3E3KA 2X7QA 3IL1B 4F2QA 4H8IA 1BKAA 4ZZEA 2B3BA 3UK4A 3K1NA 1P1UA 4H65A 4FAJA 3RGYA 3FASA 4BLAA 4KFQA 2QMXA 2P1SA 2OJTA 3OO6A 1FQEA 4U1OA 5AA4B 2GRVA 1B5IA 4LVQA 2Q8JA 3KZGA 1HSEA 1USYH 4RA1A 1N76A 1SI1A 3KJ7A 1MRPA 3FVGA 5I57A 4ZEFA 1N84A 1NKXA 4LUBA 3MVXA 1Z7NE 2ALUA 1B05A 2F78A 1LFIA 2REGA 3OENA 4HS7A 1P1OA 4OXVA 1ANFA 1XC1A 1MXZA 2Q2CA 3CFZA 5DVJA 3E4RA 4F39A 4JDFA 3K0VA 5ITOA 4QFNA 4RK2A 1MH4A 1GVCA 1US5A 1MQJA 4KYEA 2ZYKA 3MZ1A 3RTFB 5CC2A 2RCAA 2ZXTA 4POXA 1ZBMA 2HEUA 2O1MA 4OENA 5H8HB 1QJMA 4F29A 5M2VA 2A5TA 1NNFA 3ILTB 1ZMGA 1PDAA 3G7WA 3I6VA 5JTYB 5I2KB 2HQ0A 1PEBA 1Q1KA 3ECRA 2NWJA 1ATGA 1QW0A 3T22A 4GWOA 1LAHE 1EZOA 3WAEA 1VE4A 5L9OA 2O7UA 2Z22A 5DVFA 1POTA 2DWJA 4H1XA 3IR1A 1Y3NA 4GLIA 3B7DA 3OSQA 2V93A 3K4UA 3VLVA 4ONYA 5L8DA 4IO7A 1URSA 1O64A 2O68A 5TP9A 3G3HA 4ZE8A 3FV2A 3PUWE 3HPIA 5CMMA 4Q0CA 4I8CA 4EXLA 2THIA 3ZS6A 3KN7A 1SW5A 3DM0A 3TFLA 4OEUA 2F7BA 3C34A 4FE8A 4GFRA 1T0KA 2ONRA 3QSLA 3JV9A 3ZKLA 1ZKBA 1MG1A 4NF5A 2I58A 3SETA 4IO5A 2QS3A 1IXHA 2DOJA 5JEIA 3L6HA 2PVUA 2A5SA 4U2RA 1H76A 4NEDA 3H06B 1JNFA 2F35A 4RJZA 4I1DA 3U93A 5AE4A 3DP6A 3EN3A 1FTKA 3SEYA 3H6VA 4EQ9A 1IXCA 2DE3A 1LFGA 1DSNA 1Y1ZA 4TLLB 2G29A 2DQVA 3MPKA 3I3VA 1LBCA 4OMBA 3CIJA 3IORA 2ESNA 4WKMA 3SEXA 4F1YA 1LB8A 4DLDA 4R74A 4RXLA 4F3PA 1MPDA 1IQ7A 4LA9A 2IEEA 3A3CA 4LZ8A 1BTJA 4YMAA 4DDDA 2I0CA 2I3VA 1B3GA 2CMOA 1MDQA 1JETA 4EF1A 5I59B 3RT6B 1IUDA 1IZ1A 5CMBA 5J1DA 2QRYA 1SQYA 1TWYA 3VLWA 3LBSA 3GBBA 1B6HA 1SW4A 1B40A 1EH3A 4ISUA 4LQ2A 3PD9A 2QS1A 2UXAA 3IOTA 3PPOA 2FYIA 3ODBA 1Y4CA 4OFJA 3M3FA 1WODA 4OETA 4AB6A 1FTJA 4R2BA 4OERA 3USDA 4R9FA 4EDPA 1MY2A 5KCJB 1ZTYA 3K6WA 1B58A 5H8HA 1GV8A 5ICTA 1II5A 2F97A 2VD3A 1CE2A 1F9BA 2UVHA 3FVKA 2ONKE 5JTYA 3H6WA 3LSXA 1I69A 4OVJA 2BJJX 1XHYA 2CZLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S2VA 5ET8A 3N6TA 3UGWA 1NV2A 1FJ6A 5ESYA 5IZ3A 3K6VA 4N17A 5KDTB 2GH9A 1OMPA 4TQUQ 4OQOA 3H03A 4X1DA 2Z23A 4ELRA 1JQFA 3MSTA 3SKPA 3MP6A 3RNNA 4NF4B 4O7MA 1ZIUA 3G3GA 4G4PA 2XXUA 2ZZVA 4L17A 1DPEA 1EZPA 1IMCA 2PFZA 3K6UA 1MXWA 1S7YA 1YYZA 3C9HA 1R9QA 2QPQA 3B8BA 3MC2A 2VP1A 1RYXA 3E13X 2O7IA 1FPLA 2D21A 2XXRA 3U92A 2PT1A 4I3YA 1PBPA 2I49A 3KC1A 4GD5A 1IXIA 4QFOA 3MPLA 1JEUA 3LR1A 1MPCA 3PUVE 4F3GA 1B1HA 3H4ZA 1B2HA 3O6HA 2F6PA 2XXIA 2P2AA 3KN3A 3K02A 3TTNA 2PT2A 1EYJA 4ECFA 3F11A 3GBAA 1I6QA 4N13A 3K01A 5HBCA 5FHMA 3C32A 4OHNA 4ZDMA 1M5CA 4R6HA 3TEPA 1M5BA 2AIXA 4PETA 4RPNA 1FPIA 3FJ7A 3AXFA 1TFAA 1XS5A 1MY1A 1QVSA 1MQGA 3U1OA 3IB1A 1GTKA 2QS4A 2HZKA 2XWVA 1JW4A 2FIXA 4LZ7A 1FPEA 2B65A 3ZKKA 4EQBA 1XOCA 2RINA 1B32A 1S50A 1VFDA 3M3KA 3M3LA 4QSEA 3PD8A 3KOSA 2HAVA 3RTWB 4FEDA 2Q8MA 3G3JA 3TCGA 3LC8A 2DWAA 4DE8A 2XWOA 4JVIA 3QUFA 3E79A 5A5XB 3EF7A 4G8HA 2QVUA 1UQWA 3U94A 4PFUA 4XKQA 1H43A 4NMYA 2HXWA 3SZPA 4IO6A 2CEYA 2VT5A 3IOUA 3LV0A 3KN8A 5H8QB 2QVRA 3OOAA 5DW8A 3U65A 2Q89A 4TLMB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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