3IR1A

Crystal structure of lipoprotein gna1946 from neisseria meningitidis
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
KEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQPELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASKADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWSAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Neisseria meningitidis
molecule keywords Outer membrane lipoprotein GNA1946
total genus 73
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ir1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ir1A01
3N6TA 4DCXA 5DT6A 2QJEA 1LBCA 2REJA 1UQWA 5DYHA 5HM4B 2XXUA 4GOTA 4FAJA 2Q8JA 2HZKA 3T93B 4F19A 4ISUA 3MVYA 3TYHA 1FQDA 3O66A 3TAJA 1POTA 3EPEA 5AA4A 3FJ7A 5L9MA 1Y3QA 3B7DA 2H4IA 3HN0A 2F6PA 4ZEDA 3T22A 4BDRA 2XX9A 2RINA 2NVUB 3TUSA 3W9VA 2NOOA 4KYDA 4KCDA 3T9UA 2HXWA 2H98A 1B4ZA 3ODBA 2AL4A 2OWTA 4BDQA 2F78A 3QIMA 1EZOA 1S50A 2O51A 1FQAA 2O6AA 2Z8DA 3RTFB 5KDTB 3RQTA 2XHDA 3O2AA 5J1DA 4HW8A 5CMCA 3MP6A 4GIZA 3L6HA 1FCKA 1Y1ZA 2RKMA 3OENA 5BUUA 5ITPA 1LCTA 1N84A 2X7QA 5TP9A 2WKYA 5CC2A 1TT1A 1MY1A 1OLAA 3O9PA 1Y3NA 4F2OA 3TPAA 1MXWA 2Q88A 4P0IA 3DP6A 3SESA 4OFJA 3SDFA 3UK4A 2DOJA 4ZECA 2ANJA 5LOMA 3TCHA 2G93A 3CG3A 4R2FA 4H5GA 3UIFA 4AB6A 4M1VA 2GHAA 2QL3A 1OVTA 2THIA 5IAIA 5I58A 2ZYMA 5AA3A 4GWOA 3VLVA 2X26A 1P1OA 4E0XA 3SEWA 1FTOA 5DVFA 5K2YA 2Q2AA 3MWBA 4QFPA 2RC7A 2REGA 3I3VA 4KR5A 2PX1A 1Y9UA 1B3LA 1B7ZA 3PPPA 3P7IA 3KG2A 4F18A 4U23A 3CG1A 4GRKA 2VD2A 3O6IA 1XS5A 3C35A 1B32A 5FHOA 3BFTA 1M5FA 3CRBA 3N26A 3OO9A 3CR9A 1MQDA 2Y7RA 3BFUA 3CIJA 4G2ZA 4NF8B 2IA4A 1Y4TA 1QUKA 1QKAA 4R72A 4GLIA 4R75A 3K6XA 1IXGA 1MPCA 3PUWE 3THIA 4G68B 3FVKA 4H65A 3PPOA 3RTWB 2AL5A 3Q27A 1MQGA 3KFMA 4YKJA 4FJPA 1MM7A 2XXRA 2I0CA 3GBBA 3IB0A 3KOTA 4HS7A 2OK2A 1D9VA 3CSGA 4IO4A 3M3KA 3C32A 4H1XA 3IB2A 5CI5A 1N7XA 1RYOA 1ZKBA 3RUMA 3HPIA 4QSDA 3ZSFA 1POY1 3ILUB 4OYVA 1XVYA 2DWHA 2I3VA 3C9HA 3IO6A 4PFTA 3FUZA 3MC2A 2PYYA 4XKQA 1O63A 1PDAA 4R2BA 4IO3A 4KYEA 3BKIB 3VVDA 4JSOA 5A5XB 1MQJA 3WAEA 3O97A 4GL8A 2DSFA 3U72A 1M5BA 2PVUA 3MVWA 1MS7A 3O6HA 4YMBA 1QULA 4C1UA 4F31B 1B9JA 4G68C 3E13X 1LBBA 1N3WA 1MG1A 1AMFA 3RT6B 2DWJA 3Q28A 3MUQA 3N6UA 3IOTA 1US4A 1URSA 5ICTA 1AOVA 3T9XB 1I69A 1AIVA 4KD5A 3H03A 4ZZEA 1F9BA 4OEVA 1N7WA 1VFDA 4H8IA 3K1MA 1L5TA 1DSNA 3C33A 2QRYA 3GXAA 4U2RA 1B1XA 3FVOA 4YKIA 3O28A 2UYFA 4R9FA 4FORA 3OEKA 4GXAA 2ONRA 3SEXA 1FTJA 5F1QA 2O68A 4RXLA 4NF8A 1LAGE 1SDXA 4NTLA 1WODA 3EN3A 5EHMA 4IGTA 4X1BA 1TFAA 4Q5TA 4YAHX 4C1TA 3TEPA 2HZLA 1CB6A 1DTZA 5L9OA 3T96B 4G68A 1B58A 3MP1A 3ONMA 4NF4B 3PV0E 5K2XA 2H25A 3I5OA 3MVXA 1DPEA 4U4SA 3FJMA 3FV2A 4TOZA 3BBRA 4BDLA 3TCFA 1IITA 4Q8RA 2V3TA 2OBGA 3DM0A 4NWDA 4I9DA 3OOAA 1MH4A 4F1YA 4R6KA 3PMWA 5I57B 2XXHA 3QUFA 3C36A 3TMGA 4RA1A 5CM6A 1B3GA 4ZS9A 4GL0A 3JZJA 3OXNA 4OFLA 4AQ4A 3KN7A 3K1PA 2XXWA 5ITOA 3RGYA 4FE8A 4NE4A 2R9JA 1LLSA 4F3BA 2OLBA 2OJTA 3DP4A 1FTMA 3LR1A 2NUVA 3TCGA 4XXUA 3IAZA 1D3KA 2HQ0A 1OQHA 3U92A 4G8NA 4OETA 4EDPA 5A5XA 5ICQA 5H8HB 3SEUA 3IOVA 4U21A 2AIXA 3V5AA 4R74A 1PBPA 4QF9A 5TU0A 4Q30B 3F11A 3IJXB 2HAUA 1QJMA 2AYSA 1H43A 1QKBA 1NNPA 4RK9A 4QFKA 4G8HA 1IZ1A 2XD2A 4MFIA 2I58A 2E1SA 3EHTA 1ANFA 3B6TA 1USYE 1LCFA 4LONB 2D5WA 4ONYA 1LFHA 5EHSA 4YZZA 4LQ2A 1SVXB 1Z7NE 3PGFA 1P1UA 2GH9A 4C0RA 1IQ7A 3N94A 1US5A 2XXTA 4ELPA 1B0HA 1BP5A 4OHNA 3V89B 1MQIA 1MXUA 3IORA 1O7TA 1WDNA 1SW5A 3MZ1A 4YMAA 1ELJA 3FIRA 4F22A 1IIWA 1B3EA 3S2VA 4U22A 1VSOA 1B4HA 2F7AA 3MZ9A 2Z8FA 2GRVA 2UVJA 4ESXA 4ZEBA 4RY1A 5L9SA 2BJJX 5IKBA 1MRPA 4EQ9A 5I59B 4ND9A 2YPNA 1MM6A 3PUVE 4EQBA 4YB6A 1A40A 3G3GA 4NF4A 3TTRA 1QUJA 4ECFA 5JK4A 3PPRA 4QSCA 4PQJA 5ELVA 3EQ1A 4GF8A 1Z7ME 4OESA 5FHMA 5I57A 1TWYA 4KYSA 1OQGA 3TQLA 3PU5A 2ZYNA 1SYHA 3A3CA 2A5SA 3VFJA 4Q0CA 2QMWA 3KN3A 1TXFA 3SEYA 3DP8A 1MDP1 4N6PA 4U1ZA 2NXOA 1S7YA 5F7VA 3Q26A 3FV1A 3DELB 3W9WA 1XOCA 3ZKKA 3OD7A 2DE2A 4Z0IA 1BIYA 4DXUA 1JEVA 4XKPA 1PEBA 3GZGA 1Q35A 4LQ5A 2XXVA 2GFEA 4ELQA 4OZ9A 1WVJA 3KSJA 1N04A 2V3UA 5H8HA 3FASA 5DEXA 3UGWA 3H6WA 2XX7A 4P11A 3H6VA 1YTVA 1MXXA 5H8QA 2QMXA 3TTMA 3C34A 2Q9TA 4PETA 3IX1A 1NH8A 4N13A 3M8UA 3E9XA 2XXYA 1FTLA 4EXKA 4IO6A 4GFRA 3U93A 2F36A 4OFOA 4PE5B 3R26A 1Y1MA 4OEUA 2VOZA 1GTKA 2Z23A 4I1DA 4AB5A 2OWSA 3M3FA 2Q89A 1JVXA 4WKMA 1MXZA 5EYFA 3RLFE 3D4GA 2F97A 3HV1A 2O7IA 2M8CA 1PBQA 1A8FA 2DE4A 2FNCA 4P0GA 4ESWA 1NFTA 3G7WA 3K1NA 1H45A 4EXLA 3O29A 1R1NA 2ONKE 3CFXA 3V83A 5I59A 4LUBA 2HEUA 3VXBA 4UA8A 3PUZE 2UYEA 4OXVA 3TELA 1MPBA 4G4PA 1DPPA 5JEIA 4RJZA 5CMMA 4H5FA 1M5EA 3IOUA 5FTIA 1SW2A 1PC3A 4QFOA 3FJGA 1R9QA 4OTEA 1B5IA 3CSBA 4OERA 1SD3A 2YLNA 4OQOA 3QYTA 1YAEA 4PFWA 4YKPA 2F7BA 3HCQA 1UTBB 4X48A 4X9TA 1B3FA 3QSLA 3JYRA 1NMUA 4NEDA 1DTGA 2DWAA 1AH5A 1UTHA 2DYXA 5BWJA 2UVGA 5H8FB 1QW0A 4FECA 3CFZA 3TZAA 1SYIA 4YB5A 2D21A 4JBZA 1XHYA 1LAFE 3VVEA 1URGA 4R6HA 4H8JA 4ZE8A 5AA2D 1QVSA 1JW4A 1MY4A 1NL5A 2ZNSA 3KJ7A 1ZBMA 2RF1A 2H99A 3R6UA 3PMXA 4NF5A 1B5JA 3T9HB 3B6QA 1IXCA 2VD3A 1GR2A 3VE1B 4M4GA 3B6WA 4DXBA 4DXCA 4YKKA 5I2NB 4U1OA 1LAHE 3H6UA 3SETA 1JETA 1PB9A 4IGRA 4F1UA 2XXXA 1AL3A 2Y7PA 1I6AA 3R7XA 3I6VA 3Q29A 1YCJA 2RC8A 3G3HA 4LVQA 2DP8A 2H5YA 3PPNA 1N3XA 4MF3A 2Y7IA 3ZS6A 2B3FA 3CI8A 3FD3A 2I0BA 4POWA 3HSTA 3MP8A 2YJPA 5DVIA 5HPQA 2E0SA 3H6TA 2P2AA 5H8SA 2ZNTA 4R73A 1LFIA 1A7LA 2UXAA 4ZEKA 4TLLB 5DTBA 4IO5A 3KJTA 4KI0E 3LC8A 5AA1A 1DOTA 2V3QA 1OVBA 4RNSA 4PFUA 3M3LA 5I84A 3H4ZA 2Q2CA 4G77A 2HAVA 2X7PA 3HHFA 4TLMB 3A3UA 2V25A 5CBRA 1LFGA 1B5HA 1NNKA 1BKAA 1FQEA 3TODA 1H44A 3Q25A 3T9VA 3FGSA 1MXVA 2O69A 4H0WA 3TDJA 1IEJA 1B51A 5DEXB 1EZPA 4G8MA 3K4UA 1EH3A 3LUYA 1UTBA 5H8QB 1SBPA 4MH5A 2B3BA 4F2QA 5H8NA 3SEVA 2VP1A 2QS2A 1BTJA 4FATA 2VGQA 4KHZE 5H8FA 5HBCA 5KCJB 2FYIA 4IO7A 2DXRA 4E0WA 2PT2A 1P1WA 1TFDA 3RY3A 2I49A 1T0KA 1UIVA 3FZVA 3H7MA 1B05A 4XIGQ 1B0LA 3K6UA 3EHUA 4LZ8A 1GV8A 4MBPA 3L6GA 3G3IA 3SKPA 4HCYA 4ZZAA 4BDMA 1JEUA 1B7UA 4FEBA 1UIUA 2F6GA 1HSLA 3TTLA 1XT8A 4BDOA 1ZU0A 2F34A 2UVHA 1GVCA 4O3CA 1KWHA 3S4UA 3CFLA 1IXIA 5JTYB 1ZIUA 2DE3A 1S9TA 3RPWA 5I2NA 4XKRA 4IY6A 4FIMA 3OEMA 2HFBA 2LAOA 2P1SA 2I6EA 3VVFA 2QSXA 3FXQA 4IO2A 4THIA 1R9LA 3C4MA 4O3AA 4DIGA 1P1QA 1EZ9A 1II5A 1RKMA 3TTNA 3OO8A 4WEPA 3OSQA 2OZZA 3IOWA 4YB7A 1LB8A 1ATGA 2HCAA 4EUOA 5I2KA 4JSDA 3KN8A 2P0SA 5TPAB 1ZLQA 2ZNUA 4N07A 4WEDA 4I8CA 4O3BA 3V8XB 4PP0A 4BLAA 4ZE9A 2XXIA 2QS4A 3PD8A 1B6HA 1PB8A 2V93A 5B7DA 3K2DA 2I3WA 3LSWA 4PFYA 3KGCA 1OMPA 1SI0A 2RCAA 3IL1B 3KSXA 3RT8A 1ZMGA 5FHNA 3QXMA 4QSEA 3GLBA 1BLFA 4RYAA 3FATA 1MDQA 1MY0A 1D9YA 2Y7WA 2O7UA 4H67A 1USYH 1R6ZA 1Y20A 1B46A 2W7YA 1UTHB 3ILTB 3E4RA 5AA2B 3S9LC 4TQUQ 3G3KA 5I56A 3IR1A 3K0VA 2DS9A 1B7HA 1A8EA 1NNFA 4H6DA 4JXIA 4U4XA 3RN8A 1I6QA 1XC1A 1M5DA 2IEEA 1VE4A 1FW0A 4NF6B 4JWOA 1YPNA 2XXPA 5CMKA 3MZBA 5AE4A 4IY5A 4NF5B 3H06B 4F29A 4UACA 3PPQA 2XXQA 2DQVA 2DVZA 1HSJA 1EU8A 3PMVA 4OVJA 4KQPA 5KCJA 4DCYA 1B52A 3VLUA 4OMBA 2QPQA 2ABHA 3UA8A 3OO7A 3N5LA 4L17A 1NNTA 3KEIA 4F3PA 3G3FA 2VHAA 1A54A 4GQOA 1IXHA 2Y7KA 3K00A 2ZMBA 3HHGA 1MQHA 2I4BA 2D3IA 1NKXA 4LZ7A 4DDDA 3LSLA 1OLCA 1NH7A 2RCBA 3LSXA 1N0TA 4IB2A 3QK6A 4MLQA 4JB7A 4DE8A 1I6BA 3MQ9A 5JTYA 3OO6A 3KBRA 2A5TB 3E3KA 4ELOA 5B70A 1SW1A 1VR5A 1HSEA 1JVYA 4HTGA 4MLVA 2RC9A 1IUDA 1JNFA 1ZJLA 4F1VA 3MVZA 3A09A 1OIBA 1M5CA 3KOSA 4EF2A 1XVXA 3UORA 1Q1KA 3WAFA 3EF7A 4BDNA 3W15C 3UP9A 1N76A 3FVNA 5TPAA 3QAXA 3USDA 2Y84A 2ZXTA 2DVCA 3TQWA 3MBPA 5KDTA 3U1OA 3MPKA 2O1LA 3O6GA 5ISUA 3LSFB 2H9BA 1SW4A 1JQFA 4F3GA 4XTCQ 2ESNA 2F7CA 1A55A 3K01A 3MJNA 4JDFA 3UN6A 3IO4A 3PUYE 3FXRA 3GBAA 1RYXA 1D4NA 1ZTYA 2GHBA 3VLWA 4KCCA 3HO7A 2OCUA 2UVIA 3PD9A 4QFNA 5H8NB 4R9GA 2O1MA 1H3DA 4DZ1A 3KZGA 2PT1A 1P99A 3PUXE 5AA2A 2CMOA 1Y4CA 2G29A 4JWYA 1CE2A 4QRZA 1Y3PA 3OSRA 4EF1A 4EQ7A 3TKDA 1VFEA 4JWXA 4NF6A 4WXJA 3AXFA 2Z8EA 4KPTA 2DXYA 4GD5A 1O64A 1PB7A 3S9EA 1FQCA 4K3FA 3SERA 3FVGA 1JW1A 1FQBA 3LBSA 4ZEFA 2V84A 2XX8A 1MY3A 3K6WA 3T66A 3VDFA 4OENA 4I62A 3IK6B 5AA4B 5FTHA 2QS1A 2B65A 4OWDA 4YICA 1B2HA 3TTKA 1LB9A 2R6GE 1GGGA 3ZKLA 2F35A 3MW0A 2R71A 1A99A 5CBSA 2PBWA 2QS3A 3D4CA 3QUJA 2ALUA 4RK2A 4R6YA 3U8QA 3EHSA 4ELRA 2O84X 2ONSA 5I2KB 1B3HA 4FEDA 1JW5A 4GVOA 4RPOA 1H76A 2A5TA 3MPLA 3TFLA 1LSTA 1LGBC 3RNNA 1SQYA 1DMBA 1B40A 4X1DA 2I4CA 4HCWA 3S9MC 5TP9B 4XKNA 5CMBA 4QFLA 4NMYA 3VV5A 2F5XA 2ZYOA 4F3SA 4F39A 3G3JA 4NWCA 4DLDA 4ZDMA 1J1NA 3CVGA 1SI1A 1B1HA 5L8DA 1FQFA 3ECRA 1URDA 5DVJA 3VXCA 4Z7EA 4ZEIA 2KLFA 4POXA 3OMBA 5I56B 4RPNA 5CRYA 4LZ5A 2CZLA 3MAMA 4LA9A 3U94A 2NWJA 4LP2B 3DLNA 1MY2A 5KZTA 3S9NC 1MPDA 3C31A 1P1NA 5I58B 2F8DA 1MXYA 3JV9A 4GXSB 1LAXA 2XD3A 3IB1A 1FTKA 2PMSA 2Z22A 1QUIA 2FA7A 2DWIA 5M2VA 3IJOB 4LATA 1MH3A 4QHQA 3K6VA 2ZYKA 4KFQA 3OELA 3H3GA 4YU0A 2I48A 3K02A 3FXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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