3IVIA

Design and synthesis of potent bace-1 inhibitors with cellular activity: structure-activity relationship of p1 substituents
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
389
structure length
380
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of cell potent BACE-1 inhibitors: structure-activity relationship of P1' substituents.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 380
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3iviA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3iviA02
4J1CA 1HTRB 5P0HA 4Y5EA 5P23A 5P0UA 4NJVA 4EP3A 5P6YA 5P4LA 4Y4JA 1HIVA 4Y54A 1K2BA 1EC2A 3QN8A 5P83A 3B7VA 4RVIA 3INFA 5P3KA 5P66A 3IAWA 5P1ZA 4Y5CA 4D8CA 5P3HA 3QP0A 3OADB 3ZPTA 4Z50A 1MT7A 1XN2A 5P43A 4KB9A 5ISKA 5P8VA 2VS2A 5P3IA 3ZOVA 3KM4A 3S54A 5P6FA 1MUIA 4EYRA 2FXDA 4J54A 2V10C 5OYYA 2P4JA 3UDRA 3BRAA 2QU2A 3OUCA 4I0DA 1FMXA 5P5XA 4IVSA 5BS4A 5P7RA 1MVPA 5P68A 5P0FA 4AA9A 2Z54A 4M8XA 2ZHVA 1NPVA 3HD8A 3VYFA 5DR3A 2XYFA 4FGXA 5P10A 5P6OA 4F74A 2ZHUA 1LYAA 3LNKA 5P2DA 2FNSA 1HBVA 3FNSA 5P74A 1HWRA 1ME6A 3OU3A 5HCOA 5P5VA 5P6TA 5P8RA 5P5JA 4Y44A 2VNMA 1UPJA 5P84A 5P8DA 5P2WA 3UDJA 3ZKMA 1MSNA 3OY4A 5P1AA 2AOFA 3BHEA 5P5NA 2G22A 4ZEAA 5HDUA 3PGIA 2NNKA 5P7AA 5JFPA 3EKVA 4YCKA 1FQ4A 3OHHA 4B1EA 5P4KA 2QP8A 4K9HA 5DR0A 4GZFA 1JLDA 2AVVA 1LV1A 2ER6E 2OHQA 3UDMA 3EKXA 3LPKA 5P1BA 1EPME 4FE6A 4R8YA 1HXWA 1LYAB 5ISJA 4I12A 4PEPA 3BVAA 2OHPA 4RROA 3VF7A 5OZRA 5KQFA 4APRE 5P76A 5P4AA 4Y5LA 2AOEA 3EL9A 3NU3A 1XS7D 5P3QA 5P2MA 1F7AA 1APUE 3OQFA 1ZAPA 1W5WA 3NXEA 4Q1NA 2RKFA 2VA7A 3SLZA 4ACUA 4Q1XA 1YTIA 4B70A 4L1AB 1B6PA 2VIEA 5P51A 4KE0A 4Y3AA 1GVVA 5P06A 5P44A 2PH6A 3SKFA 1PPKE 4H3IA 5P1PA 2FNTA 5P8JA 3L5FA 2BPVA 5OZKA 5AHAA 3KYRA 2UPJA 5P8GA 1AM5A 4Y4DA 2J9JA 4FL8A 5KR1A 4YBIA 3SA6A 2O4PA 5P47A 4GJ7A 1LF3A 5OZZA 3Q70A 1EBKC 1WBKA 2QMGA 2VJ6A 3QIHA 3S85A 5P4XA 1ZBGA 4Y4GA 2BPWA 1BDQA 4Y47A 5P0XA 2AVSA 1K6CA 4Y3YA 4GJ5A 4LXAA 5KR8A 4Y3NA 4ER1E 3TPRA 1TZSA 5OYQA 4EJLA 5AH6A 5P20A 5P07A 4Y5MA 4JPCA 5I3VA 1CPIA 1RPIA 1NH0A 3PMUA 1GNMA 4Y3MA 4RLDA 5OYZA 1SMEA 3NU5A 4F73A 2I0DA 5J25A 3LZUA 3QRSA 4KUPA 2HB3A 1J71A 3VEUA 1PPME 3LIVA 5P7UA 4Y39A 4A4QA 5P4UA 3O9CA 5P79A 3EM6A 1Z8CA 2AVMA 4B72A 4ZPGA 2F8GA 5AHCA 3WZ7A 1FMUA 1BAIA 4H3JA 4JOOA 1XDHA 3INEA 3PSYA 1UH8A 1YT9A 1SP5A 4DJUA 5COPA 3NYGA 2J9KA 2Q54A 1KJFA 3UDNA 2QMPA 5OYUA 3WB5A 3TOGA 4DJWA 5HE4A 4Y41A 4Y3RA 4ZPEA 5P1LA 5P5TA 1SDVA 5P59A 4Y4EA 5P41A 3D1YA 2ER9E 1DPJA 2JYSA 2OHLA 4RZ1A 1D4LA 2AZCA 1IVQA 3OK9A 5P0ZA 1AZ5A 2H6TA 2QHZA 4CPSA 3IGBA 5IE1A 5P4IA 4EJKA 3OGPA 5P69A 1PSOE 1YX9A 3OGQA 5P40A 2O40A 3URLA 5P4ZA 4L7JA 3O9HA 4OBZA 2QI6A 5P18A 3EM4A 5IVSA 3PI0A 4WY1A 2BPZA 4ZIPA 3VCMA 5KAOA 1AIDA 2NXMA 3N4LA 3ST5A 3FIVA 1ZSRA 2PYMA 5P22A 5IS4A 5P1KA 4X7IA 1LZQA 2I0AA 3KFNA 1WKRA 1Z1RA 3ZKNA 5P57A 1C6XA 2QI7A 5P4JA 1U8GA 5F01A 1BWAA 2IGYA 2IQGA 1XE6A 2ZJLA 5P28A 3URIA 3LPIA 4YCYA 4GJCA 5P5MA 1IZEA 3SACA 3GGVA 4Q5MA 3BXRA 4OBZB 5P1EA 5P1RA 2G24A 4J0TA 4BFBA 5P1YA 2WEZA 2F81A 5CLMA 2VNNA 1D4IA 5P85A 1A30A 3TL9A 4FRKA 2Q55A 3CKRA 5P0RA 7HVPA 1VIJA 4RCEA 1KJHA 9HVPA 4TVHA 4BEKA 5P5QA 1IDAA 3QVIA 1LYBA 5P7IA 4DQHA 2WF0A 4K4RA 4FAFA 5P6RA 5DQ2A 5OZJA 4PZWA 5P8EA 3KT5A 1BXQA 4Y3ZA 4YE3A 4UPJA 5HDVA 4Y5AA 5P1UA 2QMFA 4I0JA 5P2ZA 5P1SA 1B5FA 1SGZA 3ZKQA 2B7ZA 3O9BA 4XKXA 3BGCA 5P7DA 5P33A 4COEA 4F75A 3VSWA 4B00A 5P4TA 2Z4OA 4JP9A 5P6WA 4GJ9A 5P0YA 3U7SA 3RTMA 5P3GA 5DGUA 2O4NA 4EP2A 5P2KA 4GMIA 5P45A 3L3AA 2P3BA 5P7BA 1XL2A 5TOLA 1YTGA 3NUOA 4R95A 1T6EX 1LYBB 5P0KA 3TPPA 5P60A 4CPQA 1HVHA 1NPWA 2WJOA 2ZGAA 3LZSA 1WBMA 4B0QA 5P17A 1C70A 1E80E 3IXJA 1B5FB 3FNTA 1IDBA 5P0QA 4FIVA 3OHFA 1KJ7A 3LIXA 2PQZA 4NJTA 4TRYA 3MWSA 3T11A 5P2OA 1RV7A 3EL4A 2NPHA 4ER4E 2Q3KA 4Y43A 4LAPA 2ER7E 2IL2A 5OZ2A 2ANLA 3GI0A 2G26A 5P7FA 5P4VA 4M8YA 2P3BB 5P11A 3VFBA 2OHSA 4Y3DA 4Y6MA 2BPYA 3G72A 5P0TA 2QHCA 2I1AA 5P14A 2OAHA 3L38A 3TLHA 5P7PA 3D20A 5P0SA 5OZ3A 2VA5A 2I4WA 2BJUA 1ODWA 1GNNA 2PSUA 2WF2A 4K4QA 1D4KA 5P64A 3KA2A 5JFUA 4QJ8A 1EC0A 5P6NA 2FIVA 4NKKA 1TCWA 2ZYEA 3HBOA 1BIMA 2MIPA 1T7KA 5P7OA 2QU3A 4DQEA 3HAUA 4J0ZA 4PZXA 1BDLA 4XX4A 4DQGA 3AIDA 3BGBA 2QMDA 4U8WA 2BB9A 1SIPA 3QRMA 2V12C 4Z2ZA 4Y3QA 4RVJA 3MSLA 5APRE 5P2GA 2G1NA 3NDTA 3NSHA 5P49A 4Y36A 3GI5A 5P5OA 1BILA 1QRPE 1UH7A 5P0WA 1APVE 3M9FA 4Y4ZA 4Y56A 6FIVA 2AOIA 2NMZA 2RENA 3I25A 3LHGA 3Q6YA 5P2LA 4Y9WA 4NJUA 5P7HA 1YTHA 2CEJA 5P1XA 1MT9A 5ENMA 3TPLA 3ZLQA 4CPXA 2R8NA 4TVGA 5P6PA 3L59A 1T3RA 3DV1A 5P7SA 5P3CA 3K4VC 5P1QA 3UHLA 4J1EA 3EM3A 5P5HA 1FEJC 5P1MA 3IVIA 2RMPA 5P2NA 3IA9A 5P6EA 3BVBA 4DUSA 2NR6A 4Y4UA 4XX3A 1HVIA 2VIYA 3NDWA 2HB4A 2WF3A 4MC6A 5P8HA 4IVTA 3TTPA 4YA8A 5OZXA 3FNUA 3OUBA 2R38A 5KQZA 1EPNE 5P7NA 4B05A 3U71A 5P4BA 1CMSA 4ACXA 2APRA 2HPEA 1MT8A 1FQXA 2QK5A 2AOHA 5OZ9A 5P56A 5P6LA 3EC0A 5CONA 5P1NA 1EAGA 4QJAA 1APWE 3QI1A 3K1WA 3KMXA 5P39A 1QDMA 5P2HA 1BWBA 3SAAA 1EPRE 2AZBA 1GVUA 3UCBA 2Q15A 2I4DA 3VLBA 1BVEA 5DQCA 3PCWA 1E82E 2B60A 1EC3A 4EQJA 2ZJJA 5P27A 3FSMA 5P5FA 2AZ8A 1DP5A 3LINA 1LEEA 3DK1A 2PSGA 1SH9A 2F3EA 3RVIA 5OZCA 4B1CA 2G21A 2WKZA 5P0AA 2OHMA 3R1GB 3WZ6A 1W51A 5P73A 1OHRA 1FIVA 3LPJA 5HE5A 2OHRA 1IZHA 5P6GA 2R5PA 1B11A 2QI3A 1A9MA 1FMBA 2ZHSA 1MIQA 5P12A 5P2QA 5OZYA 5OZTA 5P6QA 5OZBA 5P7VA 4HVPA 3ZKIA 5P35A 5P5IA 3F9QA 1HEGE 1EPOE 3OXVA 2A1EA 3G6ZA 2PH8A 4HDPA 2F80A 5OZAA 1ZTZA 4L1AA 2WEDA 4Y5KA 2WECA 1W5VA 3D1XA 3LIZA 1SDTA 3CKPA 4YCTA 4MC2A 5DR4A 2FDDA 3T7XA 3EL1A 2I4VA 1KJ4A 5P3MA 3OOTA 3FX5A 1FB7A 2BQVA 5OZOA 3S7LA 3SA4A 1K6VA 2AODA 5KQXA 1RNEA 2WEBA 4X2LA 1EPLE 1OD1A 3WZ8A 5KR2A 3IN4A 1ER8E 5P8PA 3DJKA 3UDKA 1HIHA 2ZJNA 3O9LA 3LZVA 4APEA 4J1KA 5P88A 1M43A 4Y3PA 3PM4A 2O4KA 4Y3SA 2G1YA 2ZJIA 5P3NA 3RU1A 4Y3HA 3KDBA 5HD0A 3O9FA 3VF5A 2G94A 2QZXA 4OD9A 3HVGA 3BUFA 5P4DA 1FQ6A 5P2BA 1ZPKA 4D88A 4OBJA 3UQXA 1HVJA 5HDXA 1FG6C 1IIQA 3UFNA 5P7XA 3URJA 3NU9A 5KOQA 2AZ9A 2P3AA 1HVRA 1HVLA 4XXSA 5JODA 2QI0A 5P16A 5P8BA 2FLEA 3O9LB 3S45A 3GI6A 5P2RA 5HTZA 3Q4BA 5AH8A 3TNEA 2I4XA 2HM1A 5P08A 5P5BA 5IVRA 1NPAA 4GJ6A 5P5SA 5P3AA 2I4QA 2XFJA 5P5PA 4OD9B 3OU4B 5P0GA 3DCRA 1HXBA 5OZ1A 4N00A 3KT2A 5P78A 5P0EA 3OU1A 2Q11A 3SQFA 3SABA 4DQBA 1E81E 5P6JA 1G6LA 5P3UA 5I3WA 5P0BA 3OQAA 4Y3WA 2G20A 3CICA 3DM6A 1HOSA 1B6LA 2FGVA 5OZ7A 1MTRA 2JXRA 3IN3A 1Q9PA 5OYRA 3UDQA 4RGHA 1HTFA 2VIJA 1HVKA 1YM4A 5P4EA 2SAMA 2XFIA 5P3BA 1XL5A 3VV6A 4K8SA 3UFLA 4YDFA 4OBFA 3PVKA 1W6HA 2BKTA 2OHTA 3OU1B 3Q3TA 3HDKA 1GVTA 4R92A 2ZE1A 1D4SA 4I0GA 1ZSFA 2IGXA 4DQCA 3GGAA 3A2OA 3O9IA 5T4SA 4DQFA 3CYXA 3IVHA 1EBYA 4YD7A 1OEXA 2NTRA 1META 3U6AA 1FGCC 3SM1A 4GYEA 1PPLE 1HPSA 3BXSA 5P3WA 4Y3JA 3R0YA 5SY3A 4J1IA 1K2CA 3I2LA 5P87A 4DPFA 3QROA 5P24A 3JW2A 4Y3GA 5OZFA 5I70A 1MSMA 1RL8A 3KFSA 5P3JA 5P2VA 2V11C 1K6TA 1SBGA 3D91A 2QI4A 2G27A 5P5UA 5P7ZA 5P6HA 5OZPA 5P5DA 5DQ1A 1K1TA 6APRE 1MERA 5AH7A 5P32A 3TH9A 1EPPE 3PMYA 6UPJA 1BVGA 4I0HA 4Y4AA 5HU1A 2FXEA 3I7EA 3UDYA 3EKQA 5ER1E 3QPJA 3OQDA 5AGZA 3VG1A 2IS0A 3FKTA 2VJ7A 3PSGA 5OZGA 1B6KA 2HB2A 4DJVA 4EJDA 3EL0A 5P31A 3UF3A 1MEUA 2OHKA 2ASIA 4Y57A 5P7YA 1A94A 4J5JA 1HPXA 4YOBA 1D4YA 1GKTA 5P0LA 2VA6A 3O9DA 1T6GA 4D85A 5DR1A 4YD6A 4Y50A 5P7LA 5P61A 5P3DA 5P6VA 3WSJA 2OHNA 5OZ4A 4LP9A 1C6YA 4Y3EA 4CKUA 1EBWA 2IKUA 2WHHA 4FM7A 1MTBA 3UQRA 3PSUA 5P8NA 5P5AA 4PYVA 5P58A 3ZPSA 3IXOA 3KFRA 4TRWA 3UQWA 5P8MA 1M4HA 5P3OA 4H3GA 1MPPA 5P6DA 3KN0A 5P6CA 1W5YA 1HSIA 4FRIA 4CPRA 2IRZA 2HS1A 5P4OA 3L5DA 4RYCA 5P86A 4AA8A 3ZKXA 2QZLA 2UY0A 1RQ9A 1C6ZA 1DMPA 5P1DA 3GI4A 4MC9A 2AOGA 1DW6C 5P5CA 2CENA 5P1CA 3PWWA 5P7JA 2HAHA 4B78A 4Y3TA 4Y4BA 4H3FA 5ENKA 1NSOA 1APTE 3KMYA 5P6KA 4NJSA 5P6SA 1HHPA 4HA5A 3PRSA 4HEGA 5P2SA 2G1SA 1HVCA 2IKOA 5P3PA 2EWYA 1HSGA 4YHQA 3GGUA 5P03A 5BRYA 5KQYA 4QJ2A 1A8GA 4EQ0A 2HC0A 2I4UA 3FV3A 3K5DA 4QJ6A 1MRWA 1K1UA 1EBZA 3OAGA 2V0ZC 3SO9A 4I8WA 2PWCA 3QS1A 2FGUA 5P0OA 5OZ6A 2ZDZA 5P3RA 5P7MA 8HVPA 1K6PA 4WY6A 5DGWA 5P1WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1C A;  1HTR B;  5P0H A;  4Y5E A;  5P23 A;  5P0U A;  4NJV A;  4EP3 A;  5P6Y A;  5P4L A;  4Y4J A;  1HIV A;  4Y54 A;  1K2B A;  1EC2 A;  3QN8 A;  5P83 A;  3B7V A;  4RVI A;  3INF A;  5P3K A;  5P66 A;  3IAW A;  5P1Z A;  4Y5C A;  4D8C A;  5P3H A;  3QP0 A;  3OAD B;  3ZPT A;  4Z50 A;  1MT7 A;  1XN2 A;  5P43 A;  4KB9 A;  5ISK A;  5P8V A;  2VS2 A;  5P3I A;  3ZOV A;  3KM4 A;  3S54 A;  5P6F A;  1MUI A;  4EYR A;  2FXD A;  4J54 A;  2V10 C;  5OYY A;  2P4J A;  3UDR A;  3BRA A;  2QU2 A;  3OUC A;  4I0D A;  1FMX A;  5P5X A;  4IVS A;  5BS4 A;  5P7R A;  1MVP A;  5P68 A;  5P0F A;  4AA9 A;  2Z54 A;  4M8X A;  2ZHV A;  1NPV A;  3HD8 A;  3VYF A;  5DR3 A;  2XYF A;  4FGX A;  5P10 A;  5P6O A;  4F74 A;  2ZHU A;  1LYA A;  3LNK A;  5P2D A;  2FNS A;  1HBV A;  3FNS A;  5P74 A;  1HWR A;  1ME6 A;  3OU3 A;  5HCO A;  5P5V A;  5P6T A;  5P8R A;  5P5J A;  4Y44 A;  2VNM A;  1UPJ A;  5P84 A;  5P8D A;  5P2W A;  3UDJ A;  3ZKM A;  1MSN A;  3OY4 A;  5P1A A;  2AOF A;  3BHE A;  5P5N A;  2G22 A;  4ZEA A;  5HDU A;  3PGI A;  2NNK A;  5P7A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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