3J4GA

Structure of lysozyme solved by microed to 2.9 a
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Three-dimensional electron crystallography of protein microcrystals.
pubmed doi rcsb
total genus 37
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3j4gA00
3CT0A 1TBYA 4M6DA 1UA6Y 1KIQC 1G7JC 1GFAA 1B5VA 4XJHA 1GEVA 5B06A 3BKHA 1LZRA 5L9JA 1CJ7A 2BQHA 1IR9A 3WL2A 1LYYA 4NGYA 4DDAA 2D4JA 4W94A 4L41A 1IORA 3OJPA 4B4EA 4ZFPA 1GPQC 1YAPA 1IP2A 1HENA 1C08C 1ZVYB 1MLCE 3HBDA 3WU7A 1LSPA 1QDRA 2NWDX 4WL6A 4GCCA 1GBSA 1XEJA 3ZVQA 4O34A 1DI3A 1LMCA 4H9CA 4W96A 1GFVA 1TDYA 1HNLA 1HSWA 2C8PA 2Z39A 4N1EI 3A96A 3A67Y 4WOAA 4B4JA 5ILCA 1BVXA 2CWIA 3WVYA 1GBZA 1NBYC 3IJUA 4J1BA 4WM5A 1KIRC 4NSGA 5HLLA 1IP7A 1GAZA 5LVGA 1D0LA 3WUNA 3RNXA 193LA 4NHPA 4H1PA 5APEA 4DD3A 5FDJA 3T6UA 5FHWA 5LA5A 2DQCY 4BAPA 3VWOA 1LZ4A 2G4PA 3J4GA 4H8ZA 1V7TA 4YEMA 1JTTL 2BQIA 4H8XA 4MCKA 4RW1A 1GFHA 2HEBA 4NGZA 5B05A 4LT3A 1XEIA 1ALCA 2FYDA 4DYGA 1JWRA 3AZ7A 4PHIA 1LYOA 4B4IA 1AT6A 2DQIY 4KPMA 4OWAA 3WW5A 1BWIA 4CJ2A 6LYZA 1B5YA 1LJIA 1GFKA 1IOTA 1JSEA 5E9RA 5LVIA 4CHXA 1J1PY 5B1GA 1F0WA 1YQVY 3GXKA 1VDPA 1YL1X 1B5WA 3HFMY 4TWSA 1IWVA 1GF3A 4YF2A 4NSIA 3WXTA 1C43A 5JENB 1GE0A 2HUBA 4Z46A 4GN4A 1GE1A 3N9EA 1KXWA 1LZ8A 1OQMA 1IR8A 2BQEA 4HJVA 4DDCA 1IWZA 2F4GA 4YENA 3AGIA 3TXBA 3LN2A 1A2YC 3WUMA 1UIGA 1GB6A 1LJEA 1JJ0A 1LZEA 5F14A 4OW1A 4HTQA 2BPUA 3WW6A 1WVVA 2YBMA 4RW2A 4TTDA 3CT1A 2DQJY 5B1FA 5LYMA 4LYCA 3TXJA 1LSGA 4UWUA 3ULRA 2I25L 4NEBA 1LSEA 1IOCA 5I53A 3TMVA 4Z3MA 7LYZA 1A4VA 1LZCA 1HMKA 1GFRA 2B5ZA 1VDQA 4QDNA 4DD9A 4Z41A 1AM7A 5A3EA 1LSDA 2DQEY 1J1XY 1LSFA 1LZ9A 2W1MA 208LA 4AGAA 1YILA 3WYHA 4GCEA 1VAUA 2ZQ3A 2DQDY 3T36A 4DD0A 5KXKA 1BQLY 4GLVA 1BWJA 1UACY 4KT3A 1WTNA 3W6AA 4NHTA 1GF5A 1DZBX 3AW7A 5APDA 1D6QA 2DKVA 1GFGA 4H9BA 5LYZA 4C5FA 5FELA 153LA 4H9IA 2YDGA 3LZTA 4NY5A 1GF6A 4CFPA 1HC0A 2BQBA 5J7CA 4HV1A 2Z2EA 4XJFA 1J1OY 1CKCA 4G4HA 1G7MC 4LYOA 4H90A 4II8A 2XJWA 1CJ8A 1LYZA 2D91A 1G7IC 5KXOA 3AYQA 3A91A 3AGHA 1GB5A 1LZ5A 4B49A 5IDDA 4H9HA 4ETAA 1JTOL 3B6LA 4LZTA 4RLMA 1D0KA 1LSZA 1DPWA 3B0KA 1HFXA 1HFZA 3TXIA 3AZ5A 2Y8PA 1V7SA 207LA 1XGUC 2HTXA 4XYYA 1B7PA 4CFOA 1FDLY 1HHLA 2A7FA 4TUNA 4H9EA 4R0FA 2BQCA 5I4XA 2EKSC 4XN6A 1LMTA 1TCYA 2F30A 3P65A 4BAFA 5HMVA 2Z12A 1XGPC 3W6CA 4E3UA 2F4AA 2WARA 1IOSA 2H9JA 4RLNA 5HNLA 1KIPC 1REMA 3WUAA 4DD7A 1LZ6A 1LZSA 1B7MA 3W3EA 1LJ3A 1D9UA 1YKYX 4TX7A 4XENA 3IJVA 4XADA 1GFEA 1LZGA 1PZYA 3P68A 2BQKA 4WM2A 4CGEA 3KAMA 3WU8A 1JPOA 1D6PA 5KXMA 4FJRA 2BQAA 1JHLA 4NG1A 3TMWA 5DM9A 4R6CA 4LFPA 4WLYA 1WVUA 4BADA 1HMLA 1LCNA 4OOOA 1ZV5L 1RJCB 5APCA 4WG1A 1WQNA 1LJKA 1BB6A 3TXDA 3WH1A 1B2KA 4DWXA 1VATA 2HEDA 3OK0A 1LHLA 3TXEA 5LYTA 2LZ2A 3ZEKA 1LJJA 1CJ6A 3G3AB 3EBAB 1SLYA 1JIYA 5KY1A 4PPOA 1IIZA 1IP6A 2D4KA 2LYOA 1LHKA 1GBYA 1JISA 1GFJA 4WM1A 1HEOA 2Z38A 1QSAA 2FYCA 3AJNA 3HBEX 6LYTA 3A8ZA 1VEDA 1YANA 1LSBA 3LZ2A 2HU3A 5F81A 4IATA 4BS7A 1LZNA 1OP9B 1QUSA 2YSSC 5KXTA 1JKBA 5K7OA 4ZEEA 2D6BA 1HSXA 1QIOA 4GCFA 3HBHA 4NWHA 3BKVA 2LYMA 1B5UA 5D5FA 1GXV2 1SQ2L 5T3FA 3K3TA 1OUFA 1FKQA 1LSCA 2BQGA 4LFXA 1JTPL 2G4NA 4B0DA 4G4BA 4LYZA 1NBZC 1QDTA 1UC0A 2IFFY 1OUJA 4NGVA 1BB5A 4ANRA 4HSFA 1GF8A 1LJ4A 1N4FA 1B7SA 2BQNA 5I4WA 1HEPA 5ILFA 5LVHA 1FN5A 4D9ZA 1FLWA 1T3PA 2CDSA 2IHLA 5KXSA 1XGTC 1OUIA 4IASA 1IOQA 3W6EA 1IC7Y 2ZIJA 4C3WA 2BQMA 1IVMA 2MEGA 2MECA 2XTHA 4NFVA 3A3QA 1IP4A 3RT5X 4XJDA 5HMJA 4M4OA 1LSYA 1LYSA 4G49A 4EMNA 2DBTA 1I56A 3E3DA 1IO5A 1B7LA 1XFPL 1LHIA 132LA 2C8OA 3P64A 4WO6A 134LA 5C6IA 4LGKA 2GV0A 3TXKA 1JJ3A 4HJZA 2FBDA 4EOFA 2Q0MX 4Z98A 1YAMA 4LYMA 3CT5A 5KKJA 4HV2A 4G9SA 1CKDA 1LZ1A 1XEKA 3FI7A 1WQRA 1WQQA 3EMSA 4ETCA 3CSQA 1GB9A 4LT0A 1IY4A 1NWGA 1OUHA 4NHSA 3CSRA 4NSHA 4NWEA 1IWYA 4G4CA 3ZVQB 4FDYA 1B5XA 1WQPA 4NGKA 3TMUA 4DT3A 4MSTA 3A6CY 1QQYA 3F6ZA 4WMGA 1O23A 1IX0A 2Z37A 2BLYA 4WM3A 1UIEA 1INUA 4N0JA 3B0IA 4ET8A 1LMPA 2HEEA 1WTMA 2BAAA 4N8ZA 1LHHA 5LINA 4YM8A 1I20A 1UBZA 4DC4A 1B5ZA 1LSAA 1B7RA 4NHIA 1NKHA 3QNGA 4OWEA 5LVKA 1GAYA 1W6ZA 1JJ1A 4UWNA 8LYZA 1C46A 2YBIA 3GXRA 1GFUA 1XSFA 1CNSA 4NGWA 4ETBA 1IEEA 1XGQC 1BB4A 2BQJA 1LJFA 2HEFA 4I0CA 3A6BY 3EXDA 4LT2A 1GE3A 4KXIA 3M18B 2A7DA 1UIDA 3AW6A 4GN5C 4WL7A 3N9CA 1NMMA 4ETDA 4WLDA 1NDGC 5KXPA 1CJ9A 5EBHA 2MEIA 2DQFC 3P4ZA 1AT5A 5LXWA 3A94A 1HEWA 5I54A 5L3HA 3G3BB 4H92A 4N1CC 1LHMA 4OWCA 1LMAA 1GF9A 4HJYA 5LAFA 1B7QA 1GE2A 4NG8A 5IELA 1GF7A 3A90A 1IWXA 4WM4A 5LA8A 1QUTA 2I6ZA 1YKZX 2XBSA 2ZNWY 1GB0A 1LZDA 5FSTA 3W6BA 2D4IA 1JUGA 1OUAA 5DLAA 4PRQA 2W1LA 1B9OA 4HPIA 4ML7A 1LTMA 5DL9A 3EO5A 4J7VA 1LZAA 1UIAA 4QEQA 1LJHA 1RFPA 1LKSA 2YBHA 4KL7A 1F6RA 2W1YA 1CKFA 3B0OA 1H87A 1REZA 1F6SA 3FE0A 1NF5A 3CQLA 5APFA 1UIHA 4PRUA 5D5CA 2DQHY 1REXA 3A34A 3IWRA 1KXYA 1DI4A 3QY4A 3WPKA 5KXWA 1REYA 1GBXA 1GDXA 1HERA 1NHEA 2BQFA 2EPEA 1LSMA 4XJGA 4TSBA 1D0MA 1UIBA 4RDSA 4OWHA 4WG7A 3WPLA 1WQMA 5A3ZA 1NDMC 1H6MA 1YROA 5LAGA 3WULA 133LA 1UIFA 1LHJA 1HEMA 2MEBA 1W08A 3ATOA 3D9AC 1OUGA 4U3XB 4NGOA 1TAYA 3A95A 4PJ2C 1BVKC 4NSJA 4IJ4A 5LVJA 4LYTA 1LJNA 3SP3A 1BGIA 1GB7A 1JKCA 1GXXA 1QTEA 2I26L 2FBBA 2ZYPA 1RCMA 1FLQA 3TXGA 4ET9A 1IP3A 2HECA 1WQOA 1E8LA 2MEAA 4AXTA 2VB1A 5M1YA 2DQAA 3AGGG 3D3DA 5LIOA 1CKHA 2BLXA 2XBRA 1DI5A 194LA 3LYMA 9LYZA 1GDWA 3AZ6A 1BHZA 2ZNXY 4N9RA 4HTNA 1TEWA 4A7DA 3LYTA 3WPJA 1JITA 3W6FA 1GD6A 4GCDA 1HELA 3TXHA 4DD2A 4ETEA 4XJBA 4QY9A 1LPIA 4LYBA 1XGRC 2H5ZA 4GCBA 1VDSA 4GN3A 3B72A 2ZILA 4H9AA 2YBJA 5FCPA 1DKJA 1F10A 3W6DA 3N9AA 5B59A 5KXZA 1EQEA 1BB3A 1RE2A 2G4QA 3A3RX 5DN4A 1C7PA 1EQ5A 5II3A 1GBWA 1LMOA 1P2CC 135LA 4GLAA 4H91A 1HEQA 1PS5A 1Z55A 2Z18A 2X0AA 5KJ9A 5HQ1A 2N5ZA 2YBLA 1LZBA 1GB2A 4WM6A 5E4PA 1EL1A 1LJGA 1GF4A 4UWVA 1C45A 1RI8B 1GF0A 1ZMYL 5KXYA 2YBNA 1MELL 1FLUA 4H94A 1DQJC 3RZ4A 4J0LA 3LYZA 5KXNA 4HPEA 5AMYA 4WLXA 5C6LA 2PC2A 4X3BA 1JKAA 1HFYA 4B1AA 3RW8A 3WMKA 1LOZA 4OWBA 2ZQ4A 1IP5A 2ZIKA 4H8YA 1LMQA 4HTKA 2AUBA 5F9XA 1C10A 1DKKA 1IY3A 2BQDA 2ZWBA 4N5RA 1GEZA 1KXXA 5L3IA 1GBOA 3WVXA 5B07A 1BB7A 2MEEA 1YL0X 4OOTA 1AZFA 2CGIA 1QTKA 4HP0A 5F16A 1OUDA 2BQLA 1B7OA 3AB6A 1LAAA 5KXXA 2W1XA 3A92A 3P66A 1LKRA 1YIKA 1GB8A 1IC5Y 2LYZA 2ZYCA 5KXRA 3WXUA 1OUEA 2HEAA 3ATNA 4NGIA 1DXJA 1I1ZA 3A93A 1AKIA 4H9FA 1LZTA 1UICA 4LT1A 5I5QA 1IWWA 3RU5A 1VDTA 2MEDA 3CB7A 3J6KA 1GHLA 4P2EA 4WLTA 1YAQA 1YKXX 2LZTA 2RSCA 3LHMA 1UUZC 1FBIX 4YOPA 1CKGA 2YVBA 1GE4A 4XJIA 2DQGY 5KKIA 2H9KA 1HF4A 1G7HC 4J1AA 1GWDA 2LHMA 1NQIA 4H93A 1QSWA 4DDBA 4QGZA 3M3UA 1FLYA 1B7NA 4I8SA 4NGJA 5C6JA 3AZ4A 1B0DA 1ZVHL 1JSFA 1IP1A 1JKDA 1IWTA 1FKVA 1GB3A 3TXFA 5FEKA 1LSNA 4NIJA 4TSCA 154LA 1EQ4A 1YAOA 1IC4Y 1GFTA 1JEFA 2HU1A 5DN5A 1BWHA 5IHGA 2MEHA 1IWUA 2BQOA 2CJLA 2MEFA 2Z19A 1LZYA 3CSZA 1IR7A 2F2NA 1G7LC 4PGJB 1VFBC 4YEOA 3MGWA 5F9UA 3TMXA 3QE8A 1DPXA 3WU9A 5I4YA 1T6VL 4WO9A 4DD1A 4NHQA 4MR1A 2EQLA 4NGLA 5KXLA 2Z2FA 1OUBA 3LYOA 4ZIXA 5HNCA 1OUCA 1LMNA 1UCOA 2EIZC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TBYA 1QS9A 1UA6Y 1G7JC 1GEVA 1IR9A 158LA 3WL2A 4NGYA 2XQOA 2D4JA 4DDAA 114LA 4ZFPA 1YAPA 1MLCE 3HBDA 2NWDX 4WL6A 4GCCA 1LMCA 4W96A 5ILCA 4N1EI 1L06A 3A96A 1C6EA 1L59A 3SB6A 4WM5A 4NSGA 5LVGA 3RNXA 183LA 5APEA 2OTZX 5FDJA 5FHWA 3SB8A 4BAPA 148LE 4YEMA 4RW1A 4NGZA 1XEIA 2FYDA 1L09A 3HH3A 1LJIA 165LA 1JSEA 5E9RA 109LA 1C6GA 3NY8A 1YQVY 1VDPA 4TWSA 1GE0A 1L18A 2HUBA 1CU5A 3CDVA 4Z46A 1GE1A 1OQMA 1IR8A 244LA 1L95A 237LA 3WUMA 2QB0B 5F14A 4HTQA 1L67A 3CT1A 180LA 1LSGA 3ULRA 5I53A 2B5ZA 5A3EA 4Z41A 4QDNA 2DQEY 1YILA 4I7SA 3DN8A 2ZQ3A 5KXKA 128LA 1WTNA 1D6QA 5LYZA 1GFGA 4C5FA 4W57A 1G0GA 4NY5A 1L50A 2BQBA 5J7CA 3L64A 197LA 1G7IC 3AGHA 4ETAA 2B73A 4LZTA 4RLMA 1HFZA 4ARJA 1L05A 207LA 2HTXA 4XYYA 110LA 1HHLA 4W52A 4H9EA 1LMTA 2Z12A 107LA 4RLNA 4DD7A 139LA 1REMA 1LZ6A 3DMZA 1B7MA 3W3EA 1L74A 4YX7C 4CGEA 3KAMA 5KXMA 1JPOA 1OVHA 3HTBA 4NG1A 3RUNA 2RBQA 4EPFA 1DYFA 1HMLA 2Z6BA 1C6KA 1C6CA 1LJKA 1BB6A 3TXDA 4DWXA 3OK0A 1LHLA 3TXEA 5LYTA 1LJJA 1JIYA 4PPOA 2LYOA 1DYCA 4WM1A 3DNAA 6LYTA 1VEDA 3LZ2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CT0 A;  1TBY A;  4M6D A;  1UA6 Y;  1KIQ C;  1G7J C;  1GFA A;  1B5V A;  4XJH A;  1GEV A;  5B06 A;  3BKH A;  1LZR A;  5L9J A;  1CJ7 A;  2BQH A;  1IR9 A;  3WL2 A;  1LYY A;  4NGY A;  4DDA A;  2D4J A;  4W94 A;  4L41 A;  1IOR A;  3OJP A;  4B4E A;  4ZFP A;  1GPQ C;  1YAP A;  1IP2 A;  1HEN A;  1C08 C;  1ZVY B;  1MLC E;  3HBD A;  3WU7 A;  1LSP A;  1QDR A;  2NWD X;  4WL6 A;  4GCC A;  1GBS A;  1XEJ A;  3ZVQ A;  4O34 A;  1DI3 A;  1LMC A;  4H9C A;  4W96 A;  1GFV A;  1TDY A;  1HNL A;  1HSW A;  2C8P A;  2Z39 A;  4N1E I;  3A96 A;  3A67 Y;  4WOA A;  4B4J A;  5ILC A;  1BVX A;  2CWI A;  3WVY A;  1GBZ A;  1NBY C;  3IJU A;  4J1B A;  4WM5 A;  1KIR C;  4NSG A;  5HLL A;  1IP7 A;  1GAZ A;  5LVG A;  1D0L A;  3WUN A;  3RNX A;  193L A;  4NHP A;  4H1P A;  5APE A;  4DD3 A;  5FDJ A;  3T6U A;  5FHW A;  5LA5 A;  2DQC Y;  4BAP A;  3VWO A;  1LZ4 A;  2G4P A;  3J4G A;  4H8Z A;  1V7T A;  4YEM A;  1JTT L;  2BQI A;  4H8X A;  4MCK A;  4RW1 A;  1GFH A;  2HEB A;  4NGZ A;  5B05 A;  4LT3 A;  1XEI A;  1ALC A;  2FYD A;  4DYG A;  1JWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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