3J4GA

Structure of lysozyme solved by microed to 2.9 a
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Three-dimensional electron crystallography of protein microcrystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 37
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3j4gA00
193LA 1IP6A 2D4KA 2RSCA 4GLVA 1I1ZA 3LYOA 4WM2A 2MEHA 2C8OA 3CSQA 3VWOA 4PRUA 1ZVYB 1NQIA 3N9EA 2GV0A 3MGWA 4WLXA 4IATA 2BQFA 3EXDA 1D0MA 4R6CA 4DC4A 5DM9A 5HNCA 3EMSA 1LAAA 1D6QA 1GB3A 4QEQA 1ZV5L 1UIAA 4G4BA 2LYOA 1QSAA 1LMPA 4WM3A 4C5FA 2XBRA 2HEDA 1IOCA 3T6UA 3AZ6A 3EBAB 1CNSA 4XN6A 4YEMA 4WOAA 5A3EA 2Z38A 4WM1A 2DQDY 1B5UA 4NGIA 4RW2A 1GXV2 2G4NA 2I25L 1QIOA 2IFFY 1JUGA 2I26L 4N9RA 4DD3A 1LSDA 1OUDA 4J7VA 2LZTA 4UWNA 1AT6A 2MEBA 1IOTA 1IP1A 1LZGA 1BQLY 1HHLA 4J1BA 4WMGA 1GF6A 1LZEA 3WL2A 1GFEA 1LKSA 3GXKA 1QQYA 3SP3A 5L9JA 1LMAA 1BWHA 2BQMA 3LZ2A 1FLUA 1B0DA 1OUBA 4RLMA 2BLYA 3P68A 2BQJA 1HFYA 5APCA 3AGHA 1HEQA 1LPIA 1FKQA 1IIZA 3AYQA 4ETEA 4GLAA 1XSFA 2EQLA 5II3A 4IASA 3WVYA 1BGIA 1LSCA 1LSZA 3ZEKA 5HNLA 3TMWA 1D0LA 1JIYA 1H87A 1NF5A 5I4WA 1F0WA 1GDWA 3WH1A 2LYMA 4EMNA 1BWIA 1REXA 4GN3A 3AJNA 4R0FA 1LMOA 1JJ1A 4DDBA 1C43A 2BQBA 4WM5A 2YBIA 1VFBC 1B5VA 2DQIY 3GXRA 1HERA 2I6ZA 2LHMA 2YBHA 3A96A 4TX7A 3WUNA 1LZRA 1LMQA 1XGRC 1LZYA 1ALCA 2ZNXY 3ATOA 1GE2A 153LA 3B0KA 1UCOA 2HEAA 4OOTA 4XJHA 1LTMA 1GB8A 2BQCA 1J1XY 5E9RA 4B0DA 1GAZA 2EPEA 3CT0A 3W6DA 2A7DA 4TSBA 1NMMA 2W1XA 1WTMA 4HP0A 1FKVA 1WVVA 3A3QA 3TMVA 1GE3A 2YBMA 1YL0X 4HSFA 1HEPA 1JTTL 1OUFA 5HLLA 5HMVA 3P66A 1GF0A 4MR1A 1F6RA 1GEVA 3AGIA 1GB7A 1BVKC 1DKKA 1NKHA 3FE0A 5I53A 4BAFA 3WVXA 5I5QA 3OJPA 2BQKA 1INUA 4I0CA 1QUTA 1VDSA 1LZBA 1DKJA 1TEWA 4J0LA 4QGZA 1N4FA 2HECA 5DN5A 1LSNA 2MECA 2ZYPA 3W6EA 3G3BB 1RCMA 4LYTA 1BB3A 1YL1X 1YAOA 1LSGA 2F30A 3CSRA 4LFPA 4M4OA 1ZVHL 6LYTA 1GF9A 1GBWA 1GFGA 1HFZA 1GB9A 1LJGA 1YANA 1LMTA 4G49A 3ZVQA 4YM8A 2DQCY 1GFUA 3WXTA 4DD2A 1LJ3A 4OWAA 2Y8PA 1XFPL 1LZ5A 1IP7A 3HFMY 4H8XA 2FBDA 1UBZA 1IOSA 1D6PA 1JPOA 2NWDX 1W08A 5T3FA 3J6KA 3AZ4A 1RJCB 3D9AC 1FLYA 5KXNA 4MCKA 4EOFA 1B7NA 1LZ1A 1GFJA 4NGZA 4XADA 5B59A 5KXWA 2ZNWY 4HJYA 1GE4A 9LYZA 5HMJA 1F10A 2ZYCA 5C6IA 4H93A 1YAQA 4GCDA 4NWHA 2YBLA 3WW5A 1YKXX 4HV2A 1CKDA 2D4JA 2F4GA 1LZ8A 2BQIA 1DQJC 1C08C 4NHSA 1OUCA 5IHGA 1IWWA 5FHWA 1WQRA 1SQ2L 1IP4A 3W6BA 1WVUA 1GFRA 2C8PA 5C6JA 3RU5A 2BPUA 5F14A 2WARA 2HEFA 3IJUA 3M18B 3B72A 5KXTA 1JITA 2BLXA 2Q0MX 1IR8A 2F4AA 4II8A 2LYZA 4YENA 1I56A 4NGOA 1REZA 1G7IC 3IJVA 1IY4A 1C10A 1AZFA 4DT3A 5FDJA 4NIJA 4H90A 4AXTA 1IWUA 3WULA 4HV1A 4J1AA 5KXXA 1WQQA 4DD0A 1GBSA 1C45A 1LMCA 1HMLA 2G4QA 1DI5A 5LYMA 4E3UA 4NWEA 4WL6A 3QY4A 1FLWA 1V7TA 4OWEA 1JHLA 1HF4A 1MLCE 5LA8A 2CJLA 1IWVA 1KXXA 3LYTA 4H8ZA 4N8ZA 5JENB 3WXUA 5KXLA 4CFOA 3WW6A 5B1FA 1HEMA 1NHEA 1UC0A 3E3DA 2BQHA 1JKBA 4TTDA 5KXSA 1PZYA 1NDGC 4B4IA 2ZIJA 4NSJA 2CGIA 1CKCA 1DPWA 4W94A 3CSZA 6LYZA 3OK0A 1FBIX 4LYCA 4I8SA 1GPQC 4LT0A 2BAAA 1VEDA 4OWCA 1GFAA 5DN4A 5I4YA 4A7DA 1LJIA 1LSMA 1IORA 3TXEA 1B2KA 2EKSC 5KXYA 1GE1A 3P64A 1IR9A 194LA 1IP5A 4LGKA 4ANRA 4CFPA 1GFKA 1YKZX 4XJDA 1GHLA 1CKHA 4CHXA 3A95A 4MSTA 4ETBA 1BB6A 2FYCA 2FYDA 2BQAA 4NGVA 1JWRA 2YBNA 3TXIA 5C6LA 1AT5A 5KXRA 1LZ6A 1LSEA 3AB6A 1XGTC 1O23A 1NBYC 5DLAA 5F9XA 1D9UA 2D91A 4RW1A 2HUBA 1YAPA 3B6LA 4NFVA 1GF5A 1KIQC 4WG1A 1REYA 1LJHA 2VB1A 5DL9A 3TXFA 1DI4A 4HTNA 4WM6A 1B5YA 3LYZA 5A3ZA 1JJ3A 5AMYA 2W1MA 4H9CA 1G7LC 5LAGA 1GD6A 3CT5A 1XEIA 2HEEA 1UACY 4NSIA 4WM4A 2YVBA 1IC7Y 3RW8A 1AM7A 3G3AB 2H5ZA 3HBEX 1D0KA 4H91A 4RDSA 1LJEA 5LYTA 3ZVQB 133LA 2LZ2A 1LJJA 4N1EI 2W1YA 4N5RA 5LVIA 1QDRA 1LHIA 1QTKA 3A67Y 4HJZA 5L3HA 4B1AA 4ETAA 5FELA 4XJIA 3AW7A 1H6MA 1LHKA 1DZBX 208LA 5FSTA 4KXIA 1I20A 2CWIA 3CT1A 5LA5A 5APEA 4ZFPA 1SLYA 3F6ZA 4ZEEA 2IHLA 1GBXA 2MEEA 1BB7A 1V7SA 1OUAA 4IJ4A 5I4XA 1RFPA 1ZMYL 4P2EA 1IWYA 1GEZA 1FLQA 5J7CA 1UA6Y 2Z2FA 3A3RX 4GCFA 5B07A 4NGWA 3RNXA 4FDYA 4LYZA 3M3UA 3WPJA 1KIRC 4HTKA 4H9BA 5F16A 5F9UA 1HEWA 2DKVA 2PC2A 1GF4A 2DQFC 4WL7A 1LHMA 1PS5A 1F6SA 1UIEA 1UIFA 1GF3A 4LT3A 4LZTA 4Z98A 4YF2A 1GXXA 1UIBA 5LVKA 2BQDA 1QDTA 3A8ZA 1LJNA 1IP2A 4DYGA 1OUIA 1XEKA 5LVHA 1TBYA 4NHPA 1B7SA 4XYYA 4H94A 4PJ2C 4PRQA 4OW1A 4UWVA 3QE8A 3IWRA 1KXWA 2MEGA 1B7OA 3N9CA 3AZ5A 1LHJA 3FI7A 1B9OA 3B0IA 5KXOA 1JKAA 4DD7A 4ET9A 1WQNA 4DDAA 1CJ6A 1LZ4A 5B1GA 1GB2A 2YSSC 5EBHA 1QSWA 1QUSA 1BHZA 4CJ2A 3A91A 2Z2EA 1LYZA 1YIKA 4KPMA 1JKDA 1B7LA 1CJ7A 1JKCA 5B05A 1YQVY 1LYOA 5KXPA 1Z55A 4B49A 1T3PA 2XBSA 2DQGY 1LZNA 4WLDA 3J4GA 2BQEA 1IO5A 2N5ZA 4PHIA 1BVXA 2D6BA 154LA 1E8LA 1GFTA 4OWHA 1GB5A 3WPLA 1JJ0A 1CJ9A 2HU3A 2HU1A 5ILFA 3A94A 4H9AA 4LFXA 5IDDA 135LA 1LSPA 1LSAA 3A92A 4ETDA 1GBOA 1FDLY 3A93A 4BS7A 1UIGA 1GF7A 2DBTA 4YOPA 1LHHA 2Z18A 3CB7A 3B0OA 3WU8A 5KJ9A 1EL1A 1EQEA 5LVJA 4DDCA 2MEAA 4HJVA 3EO5A 4N1CC 1P2CC 2ZILA 1TDYA 1RI8B 1NDMC 1VDQA 2HEBA 3LYMA 4PPOA 1LZSA 4PGJB 1HELA 1YROA 3N9AA 1IP3A 4OOOA 4WG7A 1GB0A 4TUNA 3LZTA 1GDXA 2ZQ3A 4M6DA 1GF8A 5APDA 3D3DA 1MELL 4KL7A 1GBZA 4UWUA 2H9JA 1JSEA 1UICA 1HSXA 4NY5A 1VAUA 1EQ4A 1HMKA 1OQMA 2ZIKA 5APFA 2ZQ4A 1WQMA 1LYSA 4LT1A 3W6FA 4NEBA 4Z46A 1LZTA 4HPIA 1EQ5A 4N0JA 4QDNA 2CDSA 4W96A 4NGJA 4HPEA 1IWZA 3TMXA 1LCNA 1LYYA 3A6CY 3WPKA 4H1PA 4LYBA 1OP9B 3P65A 1IWXA 132LA 1WQOA 4DD1A 1IC5Y 4OWBA 3LN2A 4DWXA 3ULRA 3AGGG 1G7JC 1HNLA 4H9EA 2G4PA 1LZCA 3TMUA 3HBDA 5LAFA 2DQHY 1IOQA 3W3EA 4BADA 4H92A 2BQOA 3P4ZA 1GE0A 1G7MC 2Z12A 4ETCA 4H8YA 4CGEA 4XJBA 1C7PA 1DXJA 1B7QA 1G7HC 1LSBA 3HBHA 4G4HA 4ET8A 1QTEA 4TWSA 4NHTA 4GCEA 1HENA 2F2NA 1GAYA 1NBZC 5D5FA 1IVMA 1WTNA 4U3XB 1B7PA 1WQPA 3A6BY 1OUJA 4L41A 1IC4Y 2D4IA 4FJRA 1OUEA 4NGKA 1YKYX 3WYHA 5F81A 2FBBA 2DQAA 5ILCA 2XJWA 2B5ZA 3BKVA 2Z19A 1LJFA 1C46A 2A7FA 1FN5A 1A4VA 1IX0A 1GB6A 1LZDA 1XGUC 4KT3A 3W6CA 5HQ1A 1JEFA 5FCPA 4NG8A 4X3BA 4QY9A 1LSFA 2BQLA 2YDGA 3W6AA 1UIDA 3WUAA 1LKRA 1DPXA 1GWDA 4NGYA 4WO6A 5K7OA 1YAMA 1GFVA 1B7RA 4NSHA 1LJKA 4G9SA 3BKHA 1CKFA 3CQLA 1LMNA 4RLNA 3WMKA 5LYZA 2ZWBA 4B4JA 2DQJY 3RT5X 3TXKA 5KY1A 5LIOA 4GCCA 2DQEY 4H9HA 2MEFA 2XTHA 3RZ4A 1BWJA 1JSFA 1GBYA 5LVGA 3WU9A 5KXMA 3QNGA 2Z37A 3TXGA 4LYMA 5KXKA 1LZ9A 1UIHA 4GN4A 1BB5A 1REMA 4H9FA 3T36A 1B7MA 5E4PA 5L3IA 5LINA 1B5XA 2HTXA 5FEKA 3TXHA 5LXWA 1J1PY 1YILA 1IEEA 1UUZC 2AUBA 2H9KA 4NG1A 1DI3A 1HFXA 3WUMA 1TAYA 4WLYA 1JTOL 4NHIA 4D9ZA 1T6VL 4WO9A 3KAMA 4BAPA 207LA 3ATNA 4XJGA 1JTPL 1GFHA 4GCBA 4TSCA 5D5CA 3TXDA 4XJFA 1TCYA 3TXJA 2MEIA 1NWGA 2Z39A 3LHMA 3AW6A 1LOZA 4LYOA 4DD9A 1OUGA 4G4CA 1HC0A 4H9IA 2BQNA 1LSYA 1IWTA 1RE2A 4WLTA 1LJ4A 4Z3MA 4NHQA 8LYZA 4LT2A 134LA 1B5WA 1CJ8A 3TXBA 1KXYA 3A34A 4ZIXA 1OUHA 1LHLA 1CKGA 4B4EA 1XEJA 1VDPA 1VATA 1IR7A 2BQGA 5I54A 4XENA 3A90A 3AZ7A 1LZAA 4NGLA 1HSWA 3WU7A 4Z41A 4YEOA 7LYZA 1JISA 2EIZC 4GN5C 1IY3A 5KKJA 5M1YA 1AKIA 5KXZA 1J1OY 1B5ZA 2YBJA 4AGAA 1A2YC 1KIPC 4ML7A 1XGPC 1HEOA 1BB4A 5KKIA 2W1LA 1W6ZA 4HTQA 2MEDA 5IELA 4O34A 4C3WA 1VDTA 3K3TA 4NSGA 2X0AA 1XGQC 5B06A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
193LA 1IP6A 1I1ZA 248LA 3CSQA 1L52A 3MGWA 3C82A 1D0MA 1L49A 3EMLA 1C64A 3CDTA 2HEDA 1IOCA 3T6UA 3EBAB 242LA 4YEMA 4WOAA 2Z38A 4W52A 1C6EA 4DD3A 178LA 1L69A 224LA 4UWNA 1AT6A 1L37A 1C6HA 1L87A 1HHLA 1QT5A 2OTZX 1LMAA 1BWHA 184LA 109LA 3P68A 2BQJA 3AGHA 1HEQA 2B7XA 1LSCA 2B70A 3ZEKA 1JIYA 1NF5A 1BWIA 4R0FA 114LA 1VFBC 2DQIY 108LA 1LZRA 1LMQA 1XGRC 3ATOA 1LTMA 2BQCA 3HTDA 1L29A 1NMMA 1LI6A 4EJ4A 1SWZA 4EKPA 4I7SA 1KY0A 140LA 3P66A 1F6RA 112LA 1BVKC 115LA 3OJPA 3SB9A 1LZBA 4J0LA 4QGZA 1N4FA 2ZYPA 2MECA 1ZVHL 1HFZA 1LJGA 1YANA 1LMTA 4DD2A 1LJ3A 2Y8PA 2NWDX 1D6PA 1PQIA 3J6KA 1QUOA 1RJCB 3D9AC 2A4TA 4EOFA 1L07A 1K28A 1LZ1A 4NGZA 2ZNWY 4ARLA 4NWHA 1YKXX 1CKDA 2BQIA 5IHGA 1DQJC 1OVJA 1IP4A 2BPUA 2WARA 2HEFA 175LA 2OU9A 3OE6A 1IY4A 5FDJA 3WULA 1P36A 1GBSA 4DD0A 1OV7A 199LA 1G0JA 196LA 4OWEA 1JHLA 1HF4A 2CJLA 4YXCA 1D3MA 4AQNA 3WW6A 1L97A 1HEMA 1L23A 1KNIA 4TTDA 5KXSA 129LA 1CKCA 1DPWA 4LYCA 1GPQC 4LT0A 2BAAA 4OWCA 1GFAA 3DN2A 247LA 1LWGA 2EKSC 4LGKA 194LA 4ANRA 243LA 1BB6A 1JWRA 2YBNA 1AT5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 193L A;  1IP6 A;  2D4K A;  2RSC A;  4GLV A;  1I1Z A;  3LYO A;  4WM2 A;  2MEH A;  2C8O A;  3CSQ A;  3VWO A;  4PRU A;  1ZVY B;  1NQI A;  3N9E A;  2GV0 A;  3MGW A;  4WLX A;  4IAT A;  2BQF A;  3EXD A;  1D0M A;  4R6C A;  4DC4 A;  5DM9 A;  5HNC A;  3EMS A;  1LAA A;  1D6Q A;  1GB3 A;  4QEQ A;  1ZV5 L;  1UIA A;  4G4B A;  2LYO A;  1QSA A;  1LMP A;  4WM3 A;  4C5F A;  2XBR A;  2HED A;  1IOC A;  3T6U A;  3AZ6 A;  3EBA B;  1CNS A;  4XN6 A;  4YEM A;  4WOA A;  5A3E A;  2Z38 A;  4WM1 A;  2DQD Y;  1B5U A;  4NGI A;  4RW2 A;  1GXV 2;  2G4N A;  2I25 L;  1QIO A;  2IFF Y;  1JUG A;  2I26 L;  4N9R A;  4DD3 A;  1LSD A;  1OUD A;  4J7V A;  2LZT A;  4UWN A;  1AT6 A;  2MEB A;  1IOT A;  1IP1 A;  1LZG A;  1BQL Y;  1HHL A;  4J1B A;  4WMG A;  1GF6 A;  1LZE A;  3WL2 A;  1GFE A;  1LKS A;  3GXK A;  1QQY A;  3SP3 A;  5L9J A;  1LMA A;  1BWH A;  2BQM A;  3LZ2 A;  1FLU A;  1B0D A;  1OUB A;  4RLM A;  2BLY A;  3P68 A;  2BQJ A;  1HFY A;  5APC A;  3AGH A;  1HEQ A;  1LPI A;  1FKQ A;  1IIZ A;  3AYQ A;  4ETE A;  4GLA A;  1XSF A;  2EQL A; 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 3TXK A;  5KY1 A;  5LIO A;  4GCC A;  2DQE Y;  4H9H A;  2MEF A;  2XTH A;  3RZ4 A;  1BWJ A;  1JSF A;  1GBY A;  5LVG A;  3WU9 A;  5KXM A;  3QNG A;  2Z37 A;  3TXG A;  4LYM A;  5KXK A;  1LZ9 A;  1UIH A;  4GN4 A;  1BB5 A;  1REM A;  4H9F A;  3T36 A;  1B7M A;  5E4P A;  5L3I A;  5LIN A;  1B5X A;  2HTX A;  5FEK A;  3TXH A;  5LXW A;  1J1P Y;  1YIL A;  1IEE A;  1UUZ C;  2AUB A;  2H9K A;  4NG1 A;  1DI3 A;  1HFX A;  3WUM A;  1TAY A;  4WLY A;  1JTO L;  4NHI A;  4D9Z A;  1T6V L;  4WO9 A;  3KAM A;  4BAP A;  207L A;  3ATN A;  4XJG A;  1JTP L;  1GFH A;  4GCB A;  4TSC A;  5D5C A;  3TXD A;  4XJF A;  1TCY A;  3TXJ A;  2MEI A;  1NWG A;  2Z39 A;  3LHM A;  3AW6 A;  1LOZ A;  4LYO A;  4DD9 A;  1OUG A;  4G4C A;  1HC0 A;  4H9I A;  2BQN A;  1LSY A;  1IWT A;  1RE2 A;  4WLT A;  1LJ4 A;  4Z3M A;  4NHQ A;  8LYZ A;  4LT2 A;  134L A;  1B5W A;  1CJ8 A;  3TXB A;  1KXY A;  3A34 A;  4ZIX A;  1OUH A;  1LHL A;  1CKG A;  4B4E A;  1XEJ A;  1VDP A;  1VAT A;  1IR7 A;  2BQG A;  5I54 A;  4XEN A;  3A90 A;  3AZ7 A;  1LZA A;  4NGL A;  1HSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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