The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
138
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structure length |
133
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Chain Sequence |
AVAPEFTNRNPRNLELLSVARKERGWRTVFPSREFWHRLRVIRTQHHVEALVEHQNGKVVVSASTREWAIKKHNVVACESIGRVLAQRCLEAGINFMVYQPTPWEAASDSMKRLQSAMTEGGVVLREPQRIYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
133
|
| sequence length |
138
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-08-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| P | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X62 K; 4X64 K; 4DR5 K; 2UXB K; 4LF7 K; 4DV5 K; 2ZM6 K; 3T1H K; 4DR3 K; 4LF5 K; 4DR1 K; 2UUA K; 5LMN K; 4DV0 K; 4DV4 K; 1IBK K; 4JI6 K; 1HNZ K; 4OX9 K; 2UXD K; 2E5L K; 5FLX O; 4JI1 K; 4DV1 K; 4JI7 K; 2UXC K; 4JV5 K; 1N36 K; 1N34 K; 1IBM K; 4KHP K; 4DV2 K; 2VQF K; 4X66 K; 4DR4 K; 4JI0 K; 1I94 K; 1HNX K; 3J81 O; 5IT9 O; 1HR0 K; 4YHH K; 4LF9 K; 4B3T K; 4DV6 K; 4JI4 K; 1J5E K; 2UU9 K; 5LL6 Z; 4DV3 K; 4NXM K; 4JI3 K; 5BR8 K; 3OTO K; 4CVN E; 1XMO K; 3JAM O; 4LFC K; 4NXN K; 4JI5 K; 1HNW K; 1XNQ K; 1XMQ K; 5IWA K; 2VQE K; 4B3M K; 4LF6 K; 4AQY K; 1FJG K; 4LFB K; 4K0K K; 5AJ3 K; 4DUY K; 2UUB K; 5LMU K; 4B3R K; 4DR7 K; 1N33 K; 4X65 K; 3J7Y P; 4LF4 K; 4JI8 K; 4V19 S; 1IBL K; 2UUC K; 1XNR K; 2F4V K; 2HHH K; 4YY3 K; 4LF8 K; 3T1Y K; 4GKK K; 4DV7 K; 4CW7 B; 4DR2 K; 1N32 K; 4LFA K; 4JYA K; 5A2Q O; 3J80 O; 3J7A P; 4DR6 K; 4JI2 K; 4B3S K; 4GKJ K; 4DUZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EU7 A; 2E2P A; 3UKU B; 2EX3 A; 3GDQ A; 4M41 A; 2DY4 A; 1K8K A; 4KHU A; 1UA1 A; 1EX4 A; 1T44 A; 2ZM6 K; 3NAE A; 1G15 A; 3P1G A; 1HYS A; 1QZ5 A; 5AQJ A; 4DR3 K; 1GLC G; 5EX5 A; 4L8R B; 4ZTJ A; 4IG0 A; 1VQL N; 3KWG A; 4E3S A; 5BN8 A; 3V81 A; 3ID8 A; 1LWF A; 3EZ5 A; 2KFN A; 4N56 A; 2BE2 A; 2E4L A; 4DV1 K; 4M3X A; 1HKC A; 2NRW A; 3D45 A; 1EP4 A; 3QET A; 3PX0 A; 1S6Q A; 4ID5 A; 1W2B M; 1N8R O; 2AJQ A; 5CZ1 A; 1RBS A; 3ZX2 A; 4OKK A; 2QA4 N; 1I94 K; 1VQ7 N; 1KVA A; 1NK5 A; 3VQB A; 5IT9 O; 3PSI A; 4E1M A; 4RW6 A; 3HM9 A; 3QIC A; 4LD0 A; 4CFC A; 3KLE A; 3SCX A; 4WFA L; 5GIO A; 2QWP A; 1CLQ A; 3AAQ A; 4H5V A; 2OPP A; 3KD5 E; 3A0I X; 3SQ2 A; 2HHX A; 2WOM A; 1OH8 A; 3GBT A; 1QTM A; 4CD3 A; 3EE8 A; 1GOC A; 1BI4 B; 1HJR A; 2V7Z A; 3ZSX A; 3SAH A; 1HQU A; 2GV9 A; 3V1O A; 4EIA A; 4CCH A; 4AHU A; 2XRI A; 3TR8 A; 1G99 A; 1XC3 A; 2P9L B; 3DLG A; 2O4I A; 5CY4 A; 4CF2 A; 2EWS A; 5GAG P; 3EYZ A; 1WSG A; 5JVG L; 3CM6 A; 4H4O A; 4CD1 A; 2XY7 A; 1SAZ A; 3ZYY X; 1T3V A; 1T03 A; 3W0L A; 3VQC A; 2A1R A; 4CJQ A; 3TAQ A; 3CCV N; 1NKB A; 3J80 O; 4ILH A; 1TKT A; 1MWK A; 5FPN A; 3MCP A; 3MN5 A; 4W5R A; 3SUP A; 3O8M A; 4AHS A; 2FBY A; 3QES A; 4ELV A; 5KRS A; 1IV0 A; 3CQX A; 1X3N A; 4LC9 B; 1BGX T; 1R59 O; 3AVF A; 3H45 C; 5CE3 A; 4IO9 L; 3NF6 A; 3TAM A; 5KGX A; 3HOS A; 4DTP A; 5FRO A; 4KHS A; 4KO0 A; 3GE1 A; 3EKS A; 3ULE A; 3KLG A; 1BO5 O; 3I8B A; 4KTQ A; 1NGG A; 1E4F T; 3O9Q A; 5TKY A; 1DT9 A; 3KJV A; 3DLR A; 4BRH A; 1NK6 A; 4DV6 K; 4BVP A; 3NH2 A; 4R79 A; 3PY8 A; 1KTQ A; 5C25 A; 4E0D A; 3D2F A; 4ISF A; 4J2A A; 3KK2 A; 2QWO A; 4XH4 A; 5C15 A; 3IS9 A; 1YJW N; 1IKV A; 2DFH A; 5ADX H; 4IBN A; 3THY A; 4F2R A; 1XNQ K; 4YDU C; 1NNE A; 1EWQ A; 3VQP A; 5GAH P; 3HSC A; 2JGU A; 2UUB K; 4B1V A; 2F9W A; 2HHV A; 4H0X B; 2V51 B; 4CEE A; 4CK2 A; 1U6Z A; 5DM6 L; 5C24 A; 2HHT A; 1WSH A; 1TUY A; 4H0O A; 1RTD A; 5ADX A; 3HYF A; 4JEP A; 3CER A; 5AZJ B; 1GLF O; 3HM8 A; 4FLT A; 3PLA A; 3QFP A; 1NGB A; 4HTL A; 4LF8 K; 3CC2 N; 3VEN A; 5F2R A; 2IVN A; 2P9K A; 3E1Y A; 1JLG A; 3P39 A; 1ZBH A; 3O1B A; 4B9N A; 3M8Q A; 4PL7 A; 3DRS A; 4BWJ A; 4Y1C A; 5AQK A; 3PX4 A; 1KD1 O; 1YVN A; 4GKJ K; 3K9K A; 3WQT A; 4DG1 A; 4JS5 A; 1NOZ A; 3SUO A; 2HMP A; 3RRH A; 3DLB A; 5I9E B; 3RSE A; 4DU4 A; 3L4Q A; 4QS7 A; 2P9U B; 3WXI A; 3CF5 L; 4C8M A; 3O9R A; 3TTF A; 2H3G X; 2UUA K; 3G0Z A; 1NGE A; 4FLW A; 1ASV A; 4IFY A; 4H5N A; 4I9L A; 1IBK K; 3CXC M; 1RGI A; 3L2U A; 1U4B A; 2FSN A; 3SI6 A; 3KKR A; 4H4M A; 1ZBL A; 2OCE A; 5M1Q A; 2YHX A; 4YOU A; 3L2W A; 2IIR A; 3OYK A; 4DV2 K; 1KFS A; 1NGA A; 3ZET A; 1GOB A; 4HWI A; 4FW1 A; 1LOT B; 1SKS A; 4RW7 A; 4DTM A; 3CJA A; 1SZ2 A; 4FM0 A; 4F2S A; 4NO7 A; 2Q36 A; 4CJK A; 1D5A A; 2QWN A; 2B4J A; 2IC3 A; 1IG9 A; 1MA9 B; 2QXL A; 1S5J A; 4EFH A; 3VQ5 A; 2XO7 A; 4M7Y A; 4B3O A; 3M6G A; 3SV3 A; 4AHV A; 5HBM A; 2G8I A; 2HNY A; 5C42 A; 1XWL A; 2EHG A; 2GWK A; 4H0T B; 1C6V A; 3H1V X; 1RDU A; 2HBK A; 5H1S Q; 4Z4I A; 4I2Q A; 1TKX A; 1NU0 A; 4FK2 A; 1SL2 A; 1E3M A; 4A61 A; 1D8Y A; 1C1C A; 2QWR A; 3LP2 A; 4DLE A; 1V4T A; 4CJ5 A; 3UKR B; 5CYM A; 3I56 N; 2ITM A; 4E1J A; 4KHW A; 4O8K A; 5KQ8 A; 1I39 A; 3CCE N; 4V19 S; 5AFU H; 3C7N A; 3CPE A; 1HYZ A; 1IBL K; 3LAN A; 4DQR A; 3VF4 A; 4HTU A; 1NOY A; 1BQM A; 2VCP A; 4Q0B A; 4M63 C; 2BTF A; 2YNH A; 2YX6 A; 3DRP A; 2E20 A; 3QB0 A; 3LAL A; 3UE5 A; 4JK7 A; 2XY5 A; 3AV9 A; 3VA0 A; 4NLC A; 3Q7B A; 4BDY A; 3FZK A; 3IRX A; 4E7L A; 3KLF A; 4JI2 K; 5AFU A; 4B3S K; 3VEZ A; 4DUZ K; 3F5T A; 5I3U A; 4YOW A; 3OA9 A; 4BC4 A; 4DR5 K; 1KCF A; 4B8C A; 3VTH A; 4CJF A; 5CZ2 A; 3T19 A; 5I42 A; 2NUB A; 3SZ2 A; 4CK3 A; 1S1U A; 1A5V A; 3HL8 A; 1SL0 A; 3IKM A; 5AQV A; 3OYM A; 4BDZ A; 1QHA A; 2QWM A; 3N4P A; 2Q3S A; 4F3T A; 4B1Y B; 3CPW M; 1N36 K; 1R0A A; 3DLL L; 4HCB A; 3V1Q A; 2JWL A; 5KQD A; 4MLH A; 4FZZ A; 3AVG A; 1VSD A; 2NNW A; 1K9M O; 4CE9 A; 4ILJ A; 3E9P A; 2KW4 A; 5AQP A; 3MN7 A; 3WXM B; 3FFK B; 3L6Q A; 1U2V A; 2V52 B; 3ZSQ A; 3CM5 A; 1U47 A; 3DMJ A; 3TAF A; 3S3O A; 4CJT A; 1JCF A; 2G8K A; 1HUX A; 3AA5 X; 3ATV A; 1ZXO A; 2XY6 A; 1NMD A; 5AQZ A; 4IJN A; 4DHY A; 3TTD A; 3VET A; 1SKW A; 1YF5 L; 4JI5 K; 4FVM A; 4KFB A; 3OBW A; 1C1A A; 4B3M K; 1S6P A; 4OLA A; 1B92 A; 2ZWH A; 3QNO A; 3L2R A; 4CHP A; 1WN7 A; 4B3R K; 2GEM A; 1D4X A; 4JHD A; 3SUQ A; 5AQT A; 4WQ4 A; 2QXF A; 1CXQ A; 2KHO A; 3FZF A; 3O08 A; 2RN2 A; 3LZI A; 2KLA A; 4ICL A; 1EWR A; 5K14 A; 5AZI B; 5FRN A; 1TKZ A; 1KLN A; 2PY5 A; 1JCE A; 4DWI A; 3L2Q A; 3NH0 A; 1A5W A; 4I6M A; 4BE0 A; 4JYA K; 4BRL A; 4JK9 A; 2ZJR L; 1T6C A; 4MQ3 A; 1TAU A; 4FLV A; 1OKJ A; 3RRG A; 4JS4 A; 3ZT3 A; 4W5N A; 4B9Q A; 1WBD A; 5J2P A; 3K5M A; 1IH7 A; 4RG8 A; 4B1U B; 4F8R A; 2PYL A; 3BF1 A; 2ZJP L; 5F1X A; 2FF6 A; 3VQ7 A; 1YTA A; 2QW9 A; 4JI6 K; 1HNZ K; 2E5L K; 4QS8 A; 4FWQ A; 3PO4 A; 4DQP A; 3WUH A; 4CGG A; 1KFD A; 4FWM A; 4Z94 A; 3U6F A; 1YIT N; 4KTZ A; 4JD2 A; 4CBX A; 3WXJ A; 3C6T A; 1YXQ A; 3R8E A; 1BUP A; 5MLC Q; 1HYV A; 1K73 O; 1C0M A; 3NF9 A; 3ZT2 A; 2RF2 A; 5BRF A; 5FDL A; 4LH5 A; 4FJK A; 4FPA A; 1KSP A; 4DSK A; 4IDK A; 3P31 A; 5EXW A; 5TKW A; 3SQ4 A; 2OPS A; 1U45 A; 3R9P A; 1NJY A; 1NGI A; 4EHU A; 2DTU A; 5GIN A; 3AVH A; 3R6M A; 3SJH A; 2OTJ N; 1XMO K; 4KB1 A; 1RT2 A; 3OYA A; 1HNW K; 4CFB A; 3ZSO A; 3QBX A; 3CJC A; 2KFZ A; 2FBV A; 4GVM A; 5M1K A; 4CJW A; 4BY9 C; 1WAJ A; 3A2F A; 4M3R A; 1LWC A; 5AQM A; 2ZF5 O; 1VQP N; 4FJ9 A; 1TGO A; 2HOE A; 3V9Z A; 4JNE A; 3LWM A; 3AO5 A; 4LF4 K; 1KAY A; 2D0O A; 4JI8 K; 4OLB A; 2HHW A; 3P83 D; 3U9D A; 1O1W A; 4CHN A; 1T05 A; 2UUC K; 5CHI A; 3CI5 A; 4KH5 A; 2CH6 A; 4BRO A; 2RHK A; 2I7P A; 4YY3 K; 1QZ6 A; 2P9S B; 2F9T A; 4CW7 B; 3UB5 A; 1S1T A; 1NGF A; 4H8K A; 1EQY A; 4C8N A; 3EL2 A; 3SBT A; 3U9Z A; 3J7A P; 3HPH A; 3O4W A; 3VQ8 A; 2WBN A; 4M42 A; 1MU2 A; 5D3G A; 3AVC A; 3S41 A; 4W5Q A; 4DKW A; 1VRU A; 4CF0 A; 3KK3 A; 4LF7 K; 3AO3 A; 5AQI A; 3O3H A; 4WFB L; 1GLL O; 4B08 A; 4B9U A; 2PBD A; 3WNG A; 4CEZ A; 2Q1N A; 4I9Q A; 2A42 A; 4CES A; 3ISN C; 2UXC K; 2P9P B; 3HZ6 A; 4GVE A; 4EP4 A; 1Z25 A; 1HPZ A; 5AQR A; 3RR8 A; 3AY9 A; 4OPA A; 3VQ9 A; 4UQG A; 2QKK A; 1DLO A; 4O55 A; 4FJ8 A; 4DR4 K; 3H46 O; 3M3Z A; 3OVN A; 2ZGY A; 1BDG A; 4A2A A; 1LV5 A; 2OA8 A; 3ULE B; 1QQM A; 1NM1 A; 4NLB A; 3HP6 A; 5AQW A; 3MK6 A; 3M8P A; 4NYN A; 1BQN A; 1CZA N; 4OPJ A; 1BA0 A; 2G8V A; 4N47 A; 5EY4 A; 3SAG A; 5BR8 K; 2Z1G A; 4B9S A; 4OKJ A; 4M3T A; 3CHW A; 3C65 A; 5C10 A; 2YKM A; 2R7Y A; 1JLE A; 3QNN A; 1JL2 A; 2ZE2 A; 3SBG A; 3ZT4 A; 5HRO A; 4FLU A; 2P9N A; 5E41 A; 3G71 N; 3VN5 A; 2Z1I A; 2F8T A; 3ZT1 A; 1ASW A; 2OPR A; 2E2N A; 2P9I A; 2VYP A; 4CJS A; 1LW0 A; 1WUA A; 2BAN A; 4CJ3 A; 2QEX N; 3NMU A; 4C1N K; 1NMN A; 3CFP A; 4HUG A; 4YOV A; 1DEJ A; 3SK3 A; 3ENH A; 4CIE A; 3LPT A; 2HHH K; 5EVZ A; 1VSM A; 2X74 A; 2O8F B; 4DV7 K; 2A5X A; 2DPN A; 4WCE L; 4YNQ A; 4FJN A; 1EXQ A; 1X9M A; 1VQN N; 4FYD A; 2GTD A; 2A41 A; 3TSU A; 3TTC A; 2HBM A; 4B8A B; 4BAC A; 3ZT0 A; 5KPT A; 4KH4 A; 3PIO L; 1QS4 A; 3T1H K; 1VSK A; 2E1Z A; 3MN9 A; 3THW B; 1S1V A; 1W0H A; 3LWL A; 2PFU A; 3VGM A; 3CC7 N; 2O8D A; 5F0X A; 4DV4 K; 2X78 A; 1KC8 O; 4MDB A; 4IFV A; 5HRP A; 4BRF A; 1NKE A; 4O44 A; 3ZX3 A; 3NE6 A; 1C0T A; 3CC4 N; 1D9D A; 4BWM A; 4CGH A; 3C95 A; 4IEE A; 3K57 A; 3ZSV A; 2CGL A; 4M3Y A; 4A59 A; 1IO2 A; 1NGC A; 1S9E A; 1UWB A; 3LDS A; 4PL8 A; 1YHQ N; 1VQ5 N; 4YHH K; 1JXE A; 3WNE A; 2NRH A; 1ZBU A; 3KVG A; 4PKH A; 1N5Y A; 4ZHR A; 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5SWM A; 2VWJ A; 3AGK A; 2QWQ A; 2F96 A; 3KWI A; 5GAD P; 1C0G A; 5GIP A; 4FWN A; 3V6D A; 2P9L A; 4DB3 A; 3CQY A; 5BPM A; 3DI6 A; 4MO5 A; 5KRT A; 4YFU A; 3QDK A; 5BN9 A; 4OPK A; 3L2V A; 5FRM A; 2HND A; 2Z1J A; 3L4I A; 4DV3 K; 4FLX A; 4FK0 A; 2HVI A; 2YV0 X; 4GW6 A; 3D2E B; 3ITH A; 4DF4 A; 4CHO A; 3SNN A; 3O4Q A; 2FBT A; 3Q7C A; 4CZJ A; 5J2Q A; 5JIC A; 1GOA A; 2IS3 A; 3HRG A; 4BC5 A; 4RTF D; 1XHZ A; 3VQA A; 1UOC A; 1JJ2 M; 3MWP A; 5LMU K; 1Q7Y O; 2P5O A; 4CHQ A; 3OS2 A; 3AO4 A; 1N33 K; 3VPZ A; 3SYZ A; 3CJ7 A; 3HPG A; 4FJL A; 3ZLJ A; 1MDU B; 3SAF A; 1NK9 A; 1XHX A; 1J5O A; 2X6S A; 4J2E A; 3TAG A; 1QQN A; 5AQY A; 1VSF A; 2QM1 A; 1XNR K; 3WEE B; 2IGI A; 4ILG B; 3RMC A; 4BRK A; 5E26 A; 4Z4G A; 2Q2R A; 4CGD A; 2VGN A; 4BG8 A; 4FWK A; 1FJG K; 2Q97 A; 3P5J A; 4CJ7 A; 3PIP L; 1VQ6 N; 1SS6 A; 4BVO A; 4YOX A; 3HTV A; 1YI2 N; 4DV5 K; 3TPQ A; 4AM6 A; 1NJI O; 3BF3 A; 3P38 A; 4LSN A; 2RKI A; 1YT3 A; 3ZSZ A; 3HT3 A; 3THX B; 3KTQ A; 4AHT A; 3LDQ A; 5AQU A; 4CBU A; 4J2B A; 1NBW A; 4DS5 A; 3L3V A; 3CIP A; 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