The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVRFLMKLTNETVSIELKNGTIVHGTITSVDMQMNTHLKAVKMTVKGREPVPVETLSIRGNNIRYYILPDSLPLDTLLID
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
|
| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| total genus |
10
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| structure length |
82
|
| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
f
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N9S A; 4PJO A; 4XU0 A; 4Y91 A; 5GAN e; 5GAM d; 2EWN A; 3HSB A; 3GIB A; 4M77 G; 4M78 E; 3VU3 C; 4QVC A; 3JCM h; 5GAN 8; 2DJZ A; 2DXT A; 4C8Q D; 5GAN 3; 1B34 A; 1X01 A; 4M77 E; 5LJ3 f; 4C8Q C; 3BW1 A; 2HNI A; 1M5Q 1; 4C92 B; 5LJ3 j; 4M75 E; 5GAN d; 1TH7 A; 4V2S A; 4M7A E; 4M78 F; 1JBM A; 3RKY A; 1M8V A; 3RUX A; 4F7U E; 1D3B A; 2DVE A; 2E10 A; 4N0A C; 3JB9 H; 4XTU A; 4RCB A; 5CAI A; 5LJ3 d; 2DTI A; 2VC8 A; 4PJO E; 2EJ9 A; 3L2Z A; 4M75 F; 5GAM f; 4F7U B; 3JB9 F; 4M7A F; 3JCM c; 1I81 A; 2RM4 A; 4EMK C; 5GAM j; 4F7U F; 2EAY A; 5GAO r; 4XU1 A; 4PJO B; 4MMK A; 4M77 D; 1U1T A; 4N0A A; 4M77 C; 4OP0 A; 4M78 G; 4XQ3 A; 4PJO F; 1WQW A; 2EJG A; 3JB9 D; 4JRI A; 5GAN f; 4NL3 A; 4M7A D; 5LJ5 e; 3FJP A; 4A53 A; 5GAN j; 2K57 A; 1B34 B; 4RCC A; 4C92 E; 4EMK A; 2DKG A; 4M7D A; 4XU3 A; 2E41 A; 3V7S A; 1WPY A; 4M75 G; 4WF2 A; 5LJ3 g; 5GAO p; 3JB9 G; 4M7A G; 3L1A A; 4F7U G; 5GAN 7; 4A54 A; 1D3B B; 1JRI A; 5GAN 6; 5GAN 2; 5LJ5 d; 3JB9 J; 4C92 F; 2Y90 A; 4NOY A; 4PJO G; 2JN0 A; 5GAO l; 4NL2 A; 3V8K A; 5GAM g; 4HT9 A; 4XTX A; 1I8F A; 4C8Q A; 2YHT A; 5GMK i; 3V7C A; 3JCM e; 3BDU A; 4M78 D; 4XTZ A; 5DY9 A; 4C92 D; 2RD1 A; 2FB7 A; 1MGQ A; 2DXU A; 4M78 C; 5GMK h; 3JCM X; 4XTY A; 5GAM h; 5GAO n; 3JCM W; 4M7D E; 3SWN C; 2VXF A; 4HA8 A; 3JCM P; 5GAN g; 2DEQ A; 4C92 G; 4M75 D; 2VXE A; 4X9C A; 5LJ5 g; 3INZ A; 4M75 C; 4EMK B; 1Y96 A; 3HFO A; 3RKW A; 3JCM d; 4JRK A; 5LJ5 f; 4M7A C; 4M7D B; 3BY7 A; 5GAN h; 2DZ9 A; 5GAN 5; 5LJ5 j; 4M7D F; 3V8J A; 4XU2 A; 4X9D A; 2E65 A; 3FB9 A; 3SWN A; 5I21 A; 4PJO D; 4HT8 A; 4M77 A; 5GMK l; 1N9R A; 3JCM V; 4PJO C; 2DTH A; 5LJ3 h; 5GMK e; 3RKX A; 4M75 A; 4DQ2 A; 3JCM b; 2I2L A; 4J6W A; 4M7A A; 3QO3 A; 5GAO m; 1KQ2 A; 4C8Q B; 3FIF A; 3QHS A; 2YLC A; 4J6X A; 2YLB A; 4C8Q F; 4M7D G; 2RB6 A; 2CGH A; 3QUI A; 3JCM f; 1I5L A; 1BIA A; 3EFS A; 3V8L A; 2EJF A; 1WQ7 A; 1BIB A; 4J5Y A; 2E1H A; 4C92 C; 2ZGW A; 5GAN 4; 1I4K 1; 1H64 1; 3M4G A; 1Y96 B; 1YCY A; 2FYK A; 4XTV A; 3SB2 A; 4MML A; 5LJ3 e; 3JB9 I; 1HK9 A; 3PGG A; 4J6Y A; 3QSU A; 3HFN A; 4M78 B; 3V7R A; 1LNX A; 3JCM g; 3SWN B; 4C8Q G; 2DZC A; 4M78 A; 4EMH A; 2DTO A; 3EFR A; 4C92 A; 4M77 B; 4EMG A; 1U1S A; 5LJ5 h; 1HXD A; 3AHU A; 1KQ1 A; 3RES A; 4JLI A; 3BFM A; 4JUV A; 2RA2 A; 4M75 B; 4M77 F; 4C8Q E; 4M7A B; 5GMK m; 5GAO q; 3RER A; 5GAM e; 1LJO A; 4PNO A; 4M7D D; 2E64 A; 5GMK j; 4M7D C; 1WNL A; 1LOJ A; 4F7U A; 4XTW A; 3JCM Q; 3JCM J; 3RIR A; 4QVD A; 2QTX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M9S A; 2EWN A; 1ZUU A; 2JW4 A; 3UA7 A; 1NE8 A; 1X01 A; 4F16 A; 5KYW B; 2AKL A; 3X20 B; 4YTL A; 1YNZ A; 4BY6 C; 2JTE A; 1N6A A; 1JEG A; 4J7F A; 2M9U A; 2DM1 A; 3CPW S; 1VQK A; 3P8B B; 4E7H A; 2F2V A; 2RM4 A; 3MP1 A; 1OUL A; 2O2O A; 4N4G A; 4M78 G; 4XQ3 A; 1WDX A; 1X43 A; 1AWJ A; 1QKW A; 2QEX T; 2A37 A; 1NBE B; 4FT2 A; 1M90 R; 1KC8 R; 2LQ8 A; 2NUT A; 4IIO A; 4NL2 A; 4XTX A; 4C8Q A; 2KI7 A; 3M55 A; 3QWY A; 4BY6 B; 3PMI A; 3MHX A; 2J6K A; 3ZFJ A; 1WJR A; 3FJ5 A; 4QQG A; 5CCA A; 2MOX A; 1IRE B; 2FG0 A; 3BY7 A; 4J7I A; 3GNF B; 2QTV A; 4OMQ A; 4GLM A; 3PNW C; 2C06 A; 3CXC P; 3J7A F; 1T0J A; 3M0Q A; 2PTK A; 2YLC A; 2X4Y A; 5GJW B; 1G3Y A; 4C8Q F; 3G6E T; 3GF5 A; 4LD9 K; 1KQS A; 4B6M A; 2AZV A; 4J5Y A; 1K73 R; 1IO6 A; 1VQM A; 2HQH A; 2DXC A; 4MZT A; 2COZ A; 4XAX B; 1LNX A; 4F14 A; 4J9I A; 3DB3 A; 4BE1 A; 3GBQ A; 3SFM A; 4R55 A; 4JUV A; 1OEB A; 2DK3 A; 3CCM Q; 1LJO A; 1Q81 U; 2VYT A; 4CRI A; 2GTO A; 1D1A A; 3JCM J; 4QVD A; 3OW2 S; 3H0I A; 1BKB A; 3TCJ A; 1ZUY A; 2M1H A; 1BCO A; 2DXT A; 4E6R A; 2GFA A; 1M8V A; 3M0S A; 2EGC A; 2OTL A; 1LCK A; 3OYY A; 1JXO A; 1NLP C; 2L3P A; 3GNG A; 5GAM f; 2OI3 A; 1ZSG A; 1I81 A; 3NTI A; 3C94 A; 3HRT A; 1CSK A; 1PHT A; 3EFO A; 1NJI R; 3MPU B; 4M75 G; 2K5F A; 3CXC A; 4JS4 A; 5CKF A; 1UG1 A; 4F7U G; 1WHJ A; 4PJO G; 4HCK A; 2DD4 A; 2LX9 A; 4A4H A; 2KGT A; 1UEC A; 2X9H A; 2VB6 A; 4EDU A; 2CH4 W; 3X25 B; 3OS5 A; 1WXU A; 2RK2 A; 1K9M R; 2DVJ A; 4RTT A; 5CKE A; 4FSX A; 4JRK A; 1U3O A; 1D1C A; 3PIP A; 2O9V A; 3OYI A; 2YSQ A; 4KGZ B; 2NUT B; 3JCM V; 1PG5 B; 2RJC A; 2HL5 C; 3UAT A; 2BUD A; 1VQN A; 4C8Q B; 1YJN T; 1QVG S; 1VQP A; 1VQ9 T; 1ZSZ A; 1YJ9 T; 1W2B P; 3SEM A; 2XDD A; 1YIT A; 5CO7 A; 1K0S A; 3EAE A; 2MIO A; 4E2F B; 3QXE B; 2NLU A; 4EPC A; 2KAF A; 2KXD A; 4EMG A; 1PRL C; 2HKQ B; 2EFI A; 2CT3 A; 2IIM A; 1JU5 C; 3CCV T; 1S72 T; 5GAO q; 5GAM e; 2H3J A; 4K11 A; 5GMK j; 1WNL A; 3QZ5 B; 1Q81 R; 1TSF A; 3ZL7 C; 5CIU A; 1GXI E; 3OYK A; 1Q82 C; 2CZ7 B; 1NPP A; 4MZP A; 1KHI A; 3REA B; 2DJZ A; 2YT6 A; 1AT1 B; 1RUW A; 3BW1 A; 1E6H A; 2CP3 A; 1UHF A; 2B8A A; 2QA4 A; 1YBY A; 1DJ7 B; 1M1K C; 1IHV A; 1QVF P; 2E5K A; 2VC8 A; 4MDW A; 1W1F A; 2WSF E; 4M77 C; 1M1G A; 2KE9 A; 1M3A A; 1XTD A; 2C0T A; 2NUZ A; 3FJP A; 2V26 A; 1UB4 A; 3LW5 E; 3BE3 A; 4XU3 A; 5KYY A; 2X35 A; 3HKS A; 1KD1 U; 1OX8 A; 1RAC B; 2ZPI B; 4DBQ A; 1JRI A; 1BCM A; 4C92 F; 4ZNX A; 3SD4 A; 1WZO A; 1AWO A; 3KUF A; 3THK A; 2OAW A; 3RBB B; 2Y4X A; 2VV5 A; 1NZ9 A; 5GAM h; 2AHJ B; 5D7U A; 5C6S A; 3EFO B; 4DBF A; 2BKD N; 2DPP B; 3HL8 A; 3GOX A; 4PJM A; 1HD3 A; 2AK5 A; 6AT1 B; 1ZSZ C; 2M16 A; 3CCR T; 3M9Q A; 1OV3 A; 3AT1 B; 3VS0 A; 2OTJ A; 1PC0 A; 3VYH B; 2LNH B; 2CGH A; 2QEX Q; 4E7S A; 2QYZ A; 2KDS A; 1D0Y A; 4AFU C; 4JZ3 A; 1QVF A; 4J9E A; 2DZC A; 4BDY A; 4PK4 A; 4C5E A; 3GLX A; 3ZEH A; 2JUF A; 1VYT A; 3CBO A; 1YIJ A; 3PVL A; 1SRL A; 1VIE A; 1ZSZ B; 3H9N A; 3NTH A; 5A2Q E; 1VQO T; 2HCK A; 1EIF A; 3VS3 A; 3CD6 A; 1VQL T; 4FW2 A; 3X28 B; 2A7Y A; 4KUD K; 3DKM A; 3OS0 A; 4RG8 A; 3TEE A; 1P92 A; 2HNI A; 2JTM A; 2QQR A; 1QCN A; 3G6E Q; 4ZGJ B; 4LDX A; 5CAI A; 5KE3 A; 2DTI A; 2HAX A; 1N8R C; 3OYA A; 3I56 A; 2RNA A; 1SSH A; 3QPH A; 3JCM c; 4E7I A; 3OBY A; 5D6Y A; 3G71 T; 3MET A; 4M77 D; 2RI5 A; 3L42 A; 2PUO B; 1WHM A; 2BZ8 A; 4WTO B; 3JB9 G; 3TSZ A; 4M7A G; 3L1A A; 1TUG B; 5IHN A; 3N5B B; 3A8G B; 3O5Z A; 3S3M A; 1QWE A; 9ATC B; 1SHF A; 3CCU T; 3MO8 A; 2K2V A; 1X27 A; 2OJ2 A; 1WJS A; 2HMA A; 2LTO A; 4EIK A; 2QI2 A; 2OAU A; 2RI2 A; 2EYX A; 2DX1 A; 3QDF A; 2RJE A; 2BZX A; 3FRN A; 2VAS A; 3HHT B; 2YWW A; 4L6V 5; 2DFU A; 4RTW A; 3MJX A; 5KYY B; 1VQ7 A; 2YUN A; 2DZ9 A; 3M53 A; 4RTZ A; 2A0F B; 2DNU A; 1UJ0 A; 4KRT A; 1GRI A; 2RMO A; 3M4Y A; 3QJY A; 3QO3 A; 3QHS A; 3NFC A; 2RB6 A; 3JCM f; 1NLO C; 3TRE A; 1MMG A; 3CCM T; 2KEA A; 1JJ2 P; 1RAD B; 2QGF B; 2EQK A; 2W10 A; 4J9H A; 1QLY A; 2V8K A; 3VJP A; 1PKS A; 2R5M A; 4HVV A; 2FZG B; 3HP9 A; 2K6D A; 3BFM A; 3BDL A; 4KGV B; 2CP0 A; 2XIC A; 3OYN A; 2X4W A; 2EYQ A; 3OYB A; 2O9S A; 2JXB A; 2RHY A; 4Y91 A; 4AFQ C; 4JJC A; 3HSB A; 1UGR B; 2R5A A; 2KYM A; 1BI1 A; 2HKN A; 5J39 A; 1M5Q 1; 4OML A; 3QBY A; 2DJQ A; 1JBM A; 3CC7 A; 3OYG A; 1VQ9 Q; 4CI0 C; 4IKF A; 1IHW A; 3H8Z A; 3G4S A; 4LUE A; 5GAM j; 3J80 E; 1QCO A; 5GAO r; 3IQL A; 4E7Z A; 2JT4 A; 2HD0 A; 4BE2 A; 2XMF A; 3JB9 D; 4NL3 A; 4M7A D; 4AMC A; 3LGF A; 2KY9 A; 4RKU E; 4HCB A; 2K57 A; 4HCZ A; 4C92 E; 3CCV Q; 5GAO p; 1S72 Q; 5KYU A; 2RJD A; 2JM8 A; 3RR6 A; 3CC2 A; 1QMC A; 1J3T A; 2JN0 A; 4OMF B; 3PVQ A; 1YCS B; 3FDR A; 3JCM e; 1JJ2 A; 1BYM A; 2CP7 A; 1VQK T; 3D7S B; 3OYJ A; 1UEB A; 4FYX B; 1Q82 U; 1RAF B; 1ZBJ A; 2GQI A; 2GQV A; 1ZBX A; 3CCQ A; 3V8J A; 3OB9 A; 7AT1 B; 2JZ2 A; 1M1K U; 4A4G A; 3WVD B; 2KRN A; 1RAI B; 3FC3 A; 3RNJ A; 5FU6 C; 3ME9 A; 1K8A C; 2RQV A; 4LE9 A; 2D9T A; 1T3S A; 3OS2 A; 2CS7 A; 3JSC A; 1D0X A; 2FYK A; 2PUK B; 3HFN A; 4IUT A; 1G8X A; 2DTO A; 1ZLM A; 1RL2 A; 3RES A; 3H0H A; 2GNC A; 4FCY A; 2DAQ A; 3MP6 A; 4M7D C; 3JCM Q; 3OMG A; 2P4T A; 1YI2 A; 1MV0 B; 1WXT A; 2KT1 A; 1B7T A; 4AG2 C; 1R0C B; 2MF2 A; 4E7K A; 4FT4 A; 4LDU A; 3JCM h; 3CCR Q; 4E7L A; 1VQM T; 2MYS A; 5LJ3 f; 3EG1 A; 2GF7 A; 2LVM A; 4GLK A; 1G3T A; 1C0M A; 2DVE A; 2DXB A; 2LZ6 B; 2FRY A; 4L59 A; 4Z89 A; 2EJ9 A; 4OF1 A; 2EYY A; 2DLP A; 2K5L A; 1PSE A; 1NM7 A; 4IIM A; 2VVK A; 5GAN f; 1KQS P; 4IUQ A; 3NTK A; 2M51 A; 4FW1 A; 3R6O A; 1PD1 A; 1WLP B; 3H6Z A; 2DRM A; 4J9B A; 5GAO l; 3VUZ A; 1WFW A; 1VQO Q; 4KUL A; 1TUD A; 1I8F A; 2OTL T; 1IZ6 A; 4BI4 A; 3LWI A; 1VQL Q; 2FB7 A; 1MGQ A; 4M78 C; 5IXB A; 5GMK h; 4Y92 A; 1SPK A; 3JCM W; 3CC4 A; 1ACM B; 2LRQ A; 2YUP A; 1VIF A; 1FWZ A; 3CMA A; 5KYU B; 2EQM A; 1ZUK A; 1QCF A; 2L2P A; 4JZ4 A; 4HT8 A; 2GGR A; 4DEY A; 3G71 Q; 4M75 A; 2AIR B; 4Y28 E; 4J6W A; 2ZCF B; 1M1K R; 2J6F A; 4ELY C; 2KRM A; 2DL3 A; 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4PLL A; 3VS2 A; 2EVR A; 2K9G A; 3MKD A; 4DBR A; 1H64 1; 3ASK A; 1K76 A; 4C8Q G; 4EMH A; 2O31 A; 1HXD A; 1VQ5 A; 2AT1 B; 4M77 F; 4M75 B; 3EG2 A; 1VQK Q; 2FEI A; 2F2W A; 1R77 A; 2DYI A; 3CCS A; 3I5R A; 1U5S A; 4C0F A; 3OW2 A; 2OTJ T; 2R58 A; 4AFS C; 1QVG P; 2YXY A; 3EGX B; 3CMA Q; 4JJB A; 2QDY B; 2BIV A; 5I22 A; 3QZ9 B; 2JMC A; 4V2S A; 1W4S A; 4AFZ C; 1YWP A; 2CT4 A; 1W2B S; 5FRN A; 1AEY A; 1XOV A; 1RAA B; 2JS2 A; 2EAY A; 2DL5 A; 3PFS A; 1YIJ T; 4BUG A; 4BAC A; 1K8A U; 3GPL A; 1GBR A; 4QT7 A; 1JB0 E; 3VS4 A; 2YDL A; 5DM7 R; 4EMK A; 4O5V A; 3CD6 T; 5CVI A; 1O75 A; 4Z02 A; 3P8D A; 1PD0 A; 1YHQ A; 1TUC A; 1HYO A; 2X51 A; 2L89 A; 2L3S A; 5EC7 A; 1Y07 A; 5IHI A; 3TU4 K; 4KH0 B; 1VQM Q; 2P0Q A; 2VXF A; 4HA8 A; 5L8R E; 1M90 C; 2CZ1 B; 4FSS A; 2QXF A; 5IN1 A; 4M75 D; 4FYW B; 1KC8 C; 1MUZ A; 2HQE A; 2JOY A; 2PU9 B; 4BB7 A; 2DE0 X; 3X24 B; 3LX7 A; 3SWN A; 4PJO D; 3S3O A; 4A63 B; 2YUQ A; 3RMQ A; 3OSV A; 4DQ2 A; 3JCM b; 4B9W A; 3OA6 A; 4M7A A; 2ROT A; 5GAO m; 1FMV A; 1MV3 A; 4JJD A; 4PFP A; 1QVG A; 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