The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
73
|
structure length |
73
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Chain Sequence |
b'KAGAPDLKKYLDRQVFVQLNGSRKVYGVLRGYDIFLNIVLEDSIEEKVDGEKVKIGSVAIRGNSVIMIETLDK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| total genus |
9
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| structure length |
73
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| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
o
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| J | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DXT A; 4M7D A; 1TH7 A; 4M75 D; 3L2Z A; 2FYK A; 4M7A A; 5GAN d; 1D3B A; 2DEQ A; 4M78 E; 4PJO E; 4M75 B; 4J6X A; 3RKY A; 4M78 C; 2DJZ A; 4XQ3 A; 4C8Q D; 2VXF A; 1Y96 A; 4XTV A; 4N0A C; 5GAN e; 3V8L A; 5LJ5 d; 2E64 A; 4A54 A; 4M7D B; 3QSU A; 3BDU A; 2DTH A; 5LJ5 f; 4M7A B; 4EMK C; 1D3B B; 1B34 A; 1WQW A; 4HA8 A; 3JCM d; 2YLC A; 5LJ5 e; 5LJ5 h; 4XU2 A; 1M5Q 1; 3FIF A; 1LJO A; 3PGG A; 4XU0 A; 4A53 A; 2K57 A; 4N0A A; 5LJ3 f; 3JCM f; 4EMG A; 3HSB A; 1Y96 B; 2VXE A; 4M7D F; 5GMK h; 4J5Y A; 3BY7 A; 5LJ3 h; 3JCM h; 3JCM e; 3HFN A; 5GAN g; 3RER A; 3L1A A; 1YCY A; 4M7A F; 4NL2 A; 4RCC A; 3VU3 C; 1LNX A; 1B34 B; 5GMK j; 1I4K 1; 5LJ3 j; 5GAO n; 1HXD A; 2DVE A; 2RD1 A; 4QVC A; 5GAN 3; 1LOJ A; 1MGQ A; 2EJF A; 3JB9 H; 5LJ5 g; 4PJO C; 2YLB A; 3AHU A; 5GAN 5; 3JCM c; 2I2L A; 4M7D D; 4C8Q E; 4JLI A; 2DTO A; 1WPY A; 4M78 G; 4M78 F; 2E1H A; 4PJO G; 4M7A D; 5LJ3 g; 3JCM g; 4EMH A; 3JCM J; 4M78 A; 5CAI A; 4PJO A; 5GAN 8; 3SWN C; 4X9D A; 5LJ3 d; 4PNO A; 2HNI A; 1WNL A; 4M77 E; 4OP0 A; 4XU1 A; 4C92 E; 4HT8 A; 2CGH A; 1WQ7 A; 4M78 D; 5GMK e; 4F7U E; 5LJ3 e; 3FJP A; 5DY9 A; 4EMK A; 5GAM j; 2DZ9 A; 1X01 A; 3HFO A; 2EJ9 A; 4M78 B; 2ZGW A; 4PJO B; 2RM4 A; 3JB9 I; 3JB9 F; 3JB9 G; 4M75 E; 5GAN 4; 4J6W A; 1HK9 A; 2DKG A; 1BIA A; 1I81 A; 2VC8 A; 3JCM b; 1N9R A; 3SB2 A; 1BIB A; 2DZC A; 3EFS A; 5GAN 6; 4RCB A; 4XTX A; 3JCM W; 4EMK B; 5GMK l; 3V8K A; 1KQ2 A; 5GAN 7; 4M7D E; 2E10 A; 1N9S A; 4PJO F; 4C8Q C; 3V7R A; 4V2S A; 5GMK m; 4F7U B; 1KQ1 A; 4XTZ A; 3EFR A; 4XTW A; 5GAM d; 1JBM A; 4M7A E; 3M4G A; 3JCM X; 5GAN 2; 5GAO q; 1I8F A; 2JN0 A; 3JB9 D; 2QTX A; 1U1S A; 4XU3 A; 1JRI A; 2DTI A; 2EAY A; 4J6Y A; 4C8Q G; 5GAM f; 4QVD A; 5GMK i; 3INZ A; 1M8V A; 4DQ2 A; 4MMK A; 4WF2 A; 3RUX A; 5GAM e; 5GAM h; 4C8Q A; 1H64 1; 4NL3 A; 4NOY A; 3V8J A; 4M77 C; 2Y90 A; 3FB9 A; 3QUI A; 3RES A; 3RIR A; 4C92 C; 5GAO l; 2EWN A; 5GAO r; 3JB9 J; 2EJG A; 5GAO m; 4PJO D; 2RB6 A; 3SWN A; 4HT9 A; 1U1T A; 2YHT A; 4XTY A; 5GAN f; 4M77 F; 4M77 G; 3JCM V; 4X9C A; 5I21 A; 4C92 F; 4C92 G; 3RKX A; 5GAO p; 4F7U F; 4F7U G; 5GAN h; 4M75 C; 4JRK A; 4C8Q B; 4M77 A; 2E41 A; 2FB7 A; 3BFM A; 4MML A; 4C92 A; 3BW1 A; 3JCM P; 5GAM g; 3V7C A; 4F7U A; 5GAN j; 3GIB A; 4M75 F; 4M75 G; 3SWN B; 2DXU A; 2E65 A; 4M7D C; 3V7S A; 4M77 D; 4M75 A; 3RKW A; 3JCM Q; 4C92 D; 4M7A C; 4C8Q F; 2RA2 A; 3QHS A; 3QO3 A; 4JRI A; 4JUV A; 4M77 B; 5LJ5 j; 1I5L A; 4M7D G; 4C92 B; 4XTU A; 4Y91 A; 4M7A G; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WGS A; 5A0D A; 2PUO B; 1WIE A; 2O4X A; 3DB4 A; 1Q86 C; 4C0F A; 2IIM A; 2NLU A; 5EG2 A; 2KI7 A; 1XOV A; 2F1L A; 2L5Q A; 3UWN A; 5LJ5 d; 2V26 A; 2D0N A; 2ZPI B; 3VUZ A; 1UG1 A; 2QEX T; 1IXD A; 2GGR A; 1VYT A; 1RLP C; 2CP0 A; 4M7D F; 4L6V 5; 3FEO A; 3CME Q; 2BE9 B; 1I5O B; 5LJ3 j; 1HXD A; 1N5Z A; 2KE9 A; 3AHU A; 3G4S T; 1PD0 A; 5HY6 A; 1GCQ C; 2COW A; 1H92 A; 2M0O A; 2PVO B; 1T0H A; 3VYH B; 5D6Y A; 3SWN C; 3CCL Q; 2QG9 B; 1UGV A; 3M0Q A; 4J9I A; 5HK0 A; 1ZSZ B; 2CSQ A; 1WJR A; 4LN2 A; 2QI2 A; 2X4Y A; 3HFO A; 1MMN A; 1VQK Q; 2OAW A; 3JB9 G; 2QYZ A; 1ZUY A; 1V29 B; 2OI3 A; 2QEX Q; 2DIL A; 1M1F A; 2DAQ A; 5CKH A; 2FEI A; 1M2O A; 1QCN A; 3VJP A; 1H8K A; 2EYZ A; 2L3Q A; 2K5I A; 3LLR A; 3G71 T; 2QGF B; 1SRL A; 4J83 A; 4J6Y A; 2Y4Y A; 2E3I A; 2KRN A; 1WLP B; 3OYH A; 3EHR A; 3CBO A; 1GCQ A; 5I2S A; 1WXT A; 1YIT T; 4FYX B; 5A0G A; 3OYB A; 4O5V A; 1U8R A; 3SWN A; 1U1T A; 1JU5 C; 3G4S A; 2J7I A; 4M75 C; 3OA6 A; 4M77 A; 2XIC A; 2HKQ B; 2CUB A; 1UB4 A; 3CEY A; 1WX6 A; 7AT1 B; 1EFN A; 3GNG A; 2L0A A; 4M7D C; 3M58 A; 1NG2 A; 4PJJ A; 5KYY B; 4AG2 C; 4HCC A; 2BUD A; 3PIP A; 2PNI A; 3CCM T; 1RAC B; 4CC3 A; 3CMA T; 2JVV A; 1X43 A; 3VRY A; 2JTF A; 3ZL7 C; 2VXF A; 2LNV A; 2QK0 A; 4RMO A; 3G71 Q; 1I0C A; 1OV3 A; 1SF9 A; 1YI2 Q; 3CCR Q; 2KRS A; 3REB B; 3CCJ Q; 1T3S A; 1ABO A; 1IB8 A; 3PVQ A; 3QZ9 B; 4XU2 A; 1YIT Q; 1HJD A; 1QKX A; 2LVM A; 3JCM f; 3OSV A; 2JS2 A; 1IZ6 A; 2DA9 A; 5IH2 A; 2DIQ A; 3JCM e; 2A36 A; 2JM9 A; 1AZG B; 2K3B A; 1TUD A; 1X6B A; 2JTM A; 4JJC A; 3ZBD A; 1VYU A; 1BK2 A; 1M90 U; 3GLX A; 4C0Z A; 2P0Q A; 3H9N A; 5C6S A; 2X4W A; 5FU7 B; 3CMA Q; 1UEB A; 2DJQ A; 2L3P A; 3CCM A; 3CMA A; 5AT1 B; 1K4U S; 1RI0 A; 4X34 A; 5GAM j; 1RAG B; 2KBT A; 3CCE T; 2HD0 A; 3F70 A; 2EJ9 A; 3UPU A; 1BI2 A; 2RI3 A; 4DEY A; 2XDD A; 2YSQ A; 3OW2 S; 2VGM A; 2E5K A; 3JCM b; 2FZK B; 2COZ A; 5GAN 6; 2HKN A; 1N6A A; 2H3J A; 1PSF A; 1I8F A; 2CP7 A; 2RJC A; 4LDX A; 2KGT A; 4C8Q A; 1NYG A; 3JAM E; 2KNB B; 2LT4 A; 3GBQ A; 1WHH A; 4HCZ A; 4C0D B; 3OBY A; 5GAM g; 1YBY A; 2YXY A; 3V7S A; 5L23 A; 1KQS A; 1C6V X; 3CCE Q; 2LCS A; 2L89 A; 3CCV T; 2AIR B; 2EKH A; 1LVK A; 4C92 B; 3CCE A; 4FYW B; 1MND A; 2RMO A; 4JRQ A; 3Q1J A; 5J39 A; 1Q7Y R; 5FRO A; 2M0Y A; 3EGX B; 1AWW A; 4C5H A; 4OMQ A; 2BZ8 A; 1M1G A; 2DTH A; 4A4H A; 1KIK A; 5KYX B; 2JXB A; 2XK0 A; 1OX8 A; 1ZBJ A; 2RI2 A; 5GMK h; 3M54 A; 4J5Y A; 2RN8 A; 3JCM h; 4BY6 B; 2EPD A; 3X24 B; 3EGD A; 2BKD N; 2DK3 A; 3LWI A; 2W0Z A; 1GL5 A; 1G5V A; 1G2B A; 2ROT A; 2BE7 D; 1TWB A; 3CCV Q; 4J8O A; 3CCV A; 2RHX A; 3I55 T; 1YN8 A; 3GF5 A; 1G3Y A; 2KRO A; 1WQ7 A; 2MPX C; 3SD4 A; 5KYW A; 1OPL A; 4IKF A; 4E7J A; 1Q86 R; 3ZEH A; 4B9X A; 2HBW A; 2KRM A; 1UGQ B; 3LH0 A; 5FRN A; 2E12 A; 4RCB A; 4CC4 B; 5GAN 7; 2NUZ A; 4HVW A; 1WI7 A; 5GMK i; 3KFV A; 3CPF A; 4CC7 A; 2KXD A; 4YTL A; 1MV3 A; 4OB3 B; 2V8K A; 2MF2 A; 2ZCF B; 2PTK A; 5I21 A; 4LD6 A; 4E6R A; 5GAO p; 2LX7 A; 3I35 A; 3M5A A; 4IIM A; 3JCM P; 3I55 Q; 4PFO A; 4XK8 E; 3I55 A; 3CCQ A; 3JCM Q; 5D7U A; 4C92 D; 3QKJ A; 1AWO A; 1KK7 A; 2DF6 A; 3C94 A; 3ASK A; 2MWO A; 1IRE B; 4AFQ C; 2CT4 A; 2ZPH B; 4M7A A; 2EGC A; 2JUF A; 2GQI A; 4PJO E; 1H3H A; 2LQW A; 2EIF A; 3RKY A; 4FT2 A; 2RQV A; 5KYU A; 1C1A A; 4Z8A A; 5GAN e; 4M4Z A; 2KSS A; 5CCA A; 1JJ2 P; 2GF7 A; 1KJW A; 4JZ3 A; 5FW9 A; 2IVW A; 3VS0 A; 1D3B B; 1VQN Q; 4R55 A; 1LJO A; 4J9F A; 3ER0 A; 3J81 E; 1JJ2 A; 2OAU A; 3M53 A; 4E2F B; 3VS3 A; 4F14 A; 1QWF A; 4B6M A; 1BKB A; 1MGQ A; 3LGF A; 3JB9 H; 4C5I A; 2FPD A; 3EH1 A; 2EQK A; 1BYM A; 1MMG A; 3EH2 A; 4C5E A; 2VVK A; 1WPY A; 4M78 G; 2K5L A; 3CC7 Q; 4ZGE B; 2CT3 A; 1TOV A; 1M2V A; 4A4K A; 2YRD A; 2D1X A; 4HT8 A; 3KUF A; 2GCX A; 2F2V A; 1CKA A; 2CP3 A; 4D8D A; 3MP1 A; 4KUD K; 3O8V A; 3C12 A; 1CKB A; 2GNC A; 2KXC A; 1I81 A; 3MEW A; 3X25 B; 4KRT A; 1VQO Q; 4RG2 A; 2JNG A; 4LDV A; 4RTT A; 2JZ2 A; 4E7L A; 3M4G A; 2JN0 A; 2KT8 A; 4II1 A; 1JQQ A; 2D8H A; 1M8V A; 2I0N A; 3RUX A; 1RLQ C; 5FLX E; 4ZN3 A; 2A37 A; 4OGC A; 3VS7 A; 5IXB A; 1VQ7 T; 1V76 A; 2EQI A; 2YWW A; 2QXF A; 4A4F A; 1NPR A; 2JT4 A; 4HT9 A; 3VKI A; 2X51 A; 4FW2 A; 4X9C A; 3OBW A; 2E41 A; 1PD1 A; 1VA7 A; 4MML A; 2VKN A; 1TXQ A; 1WJQ A; 2RO0 A; 4KUI A; 4AT1 B; 2LT1 A; 2RJE A; 1NE8 A; 2ZAE A; 2HQH A; 2JTE A; 2DEQ A; 2MK5 A; 2FVU A; 4HCK A; 1BI3 A; 2XDB A; 3A8H B; 3A5Z B; 4C8Q D; 1A0N B; 5CK9 A; 3CCS Q; 3TEE A; 4AFS C; 4JS4 A; 4N0A C; 3H8Z A; 1IGU A; 2DMO A; 2MAM A; 3BDU A; 1VQ7 Q; 3NHN A; 2QDY B; 1HSQ A; 4J9B A; 1VQ7 A; 1X69 A; 1PRM C; 3OYM A; 2QTV A; 3PTA A; 5KE3 A; 4JS5 A; 3EG2 A; 1VQ8 T; 3GOX A; 1QVF P; 3QWX X; 1RAF B; 2O9S A; 1ZSZ A; 4JJB A; 3X20 B; 3JRZ A; 1K9A A; 2CDT A; 2RQR A; 1QVF A; 1ZUU A; 2AZV A; 2BZX A; 3TSW A; 5C0M A; 2YUP A; 3PNW C; 4PNO A; 1QWE A; 4E7K A; 1D1A A; 2IPO B; 4F7U E; 2SEM A; 2NUP B; 2ED1 A; 4IIO A; 2DIG A; 4IUV A; 2OJ2 A; 2CYZ B; 2P0K A; 2DL7 A; 4J6W A; 4EPC A; 1BIA A; 4PK4 A; 3EFS A; 4OGE A; 2CZ6 B; 2CZ0 B; 2AK5 A; 1UFF A; 2ESW A; 3EHQ A; 4MMK A; 4A63 B; 3PMI A; 1VQ8 Q; 1K73 C; 2KDS A; 4LUD A; 5GAO r; 1XNI A; 3CCU T; 2E6N A; 3SHW A; 4M77 G; 1FX7 A; 4C92 F; 5KCH A; 4DBR A; 5KYY A; 1ZUK A; 3BFM A; 3DB3 A; 3QXE B; 2F5K A; 2MI6 A; 2MYS A; 2JOY A; 3LH5 A; 1Q86 U; 2CH4 W; 5I11 A; 1JXO A; 2NYS A; 2FYK A; 2QQA A; 3RBB B; 3LGL A; 1D1C A; 2K6D A; 1M3B A; 3CME T; 1W2B S; 3CBM A; 2E64 A; 1WDX A; 1N8R U; 1LPL A; 1UGP B; 2ATC B; 2K3X A; 1M5Q 1; 4JDS A; 2EW3 A; 3CCU Q; 2VXE A; 3CCU A; 3BY7 A; 1IGQ A; 2X3W D; 3L2U A; 4RCC A; 1QVG S; 3CCL T; 1X6O A; 4J7F A; 3ULR B; 2YLB A; 1SRM A; 1SSF A; 5CR2 A; 1W1F A; 1P92 A; 4C0D C; 2RK1 A; 3QJY A; 2CZ1 B; 1K1Z A; 1VQK T; 4OVA A; 3JCM g; 4M7A D; 3P8H A; 1TUG B; 1YJN T; 5CAI A; 5HKC A; 5LJ3 d; 4RTZ A; 5HK3 A; 1ZLM A; 2DXC A; 1V1C A; 1N8R C; 2DZ9 A; 3OSS C; 1D0Y A; 4PJO B; 4DEX A; 4J9C A; 3CME A; 3OYI A; 4M75 E; 5GAN 4; 4LDW A; 2CZ7 B; 2VC8 A; 4L59 A; 1KSW A; 2K7A A; 1SHF A; 2MOX A; 4V2S A; 4M7D E; 1BCO A; 4K11 A; 3I56 T; 1KQ1 A; 1C0M A; 3TRE A; 1J3T A; 1K76 A; 3PIO A; 4C8Q G; 2VYT A; 4DQ2 A; 1UEC A; 3CCL A; 1H64 1; 3X26 B; 4PLL A; 4M77 C; 4BY6 C; 2R58 A; 2RF0 A; 5DM7 R; 3L2W A; 5IHI A; 3JCM V; 1GCP A; 1WFW A; 4J7I A; 1VQK A; 1YJN Q; 4F17 A; 1VQP Q; 4C92 A; 1GFC A; 1WA7 A; 1U5S A; 1YJN A; 2QEX A; 3GIB A; 2ABL A; 2CP6 A; 1NLO C; 2J6F A; 3HTR A; 1YI2 T; 3EGX A; 3VUB A; 4C8Q F; 3CCR T; 3HHT B; 1RAB B; 3CCJ T; 5FU6 C; 2PU9 B; 2PVD B; 1VQL T; 1JEG A; 2JM8 A; 2KT1 A; 1UE9 A; 2A28 A; 4FYY B; 4GLK A; 2W10 A; 5KYX A; 2C0O A; 3I56 Q; 3M9Q A; 1JO8 A; 2HMA A; 3I56 A; 4X1V A; 2HBP A; 1TU0 B; 2GFA A; 2J06 A; 2K57 A; 4EMG A; 1Y96 B; 2CUD A; 2D6F A; 2AHJ B; 1UHC A; 3L1A A; 1YCY A; 1ZSG A; 2KMT A; 1RL2 A; 3THK A; 2XMF A; 4PJM A; 3RMQ A; 4QVC A; 1E6H A; 2RQT A; 2JS0 A; 1VQ6 T; 4ME7 A; 3NFC A; 1XTD A; 4HXJ A; 3G71 A; 1M8M A; 1KD1 R; 3RDV A; 1YI2 A; 2HAX A; 3WVE B; 3J7A F; 4ESR A; 3CCR A; 1VQL Q; 5GAN 8; 3CCJ A; 2X4J A; 1JXM A; 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