The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
77
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structure length |
77
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Chain Sequence |
TPLDLLKLNLDERVYIKLRGARTLVGTLQAFDSHCNIVLSDAVETIYQLNNEELSESERRCEMVFIRGDTVTLISTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
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| total genus |
8
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| structure length |
77
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| sequence length |
77
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XTU A; 2DTI A; 4M77 C; 5GAN e; 4F7U G; 4C92 D; 3L1A A; 4HA8 A; 4F7U B; 3JB9 H; 5LJ3 j; 1M5Q 1; 4M78 B; 5LJ3 h; 3SWN C; 5GAM f; 4M78 F; 4MML A; 2E64 A; 4M7A D; 4PJO C; 2ZGW A; 4M75 F; 1LJO A; 3AHU A; 4RCC A; 3INZ A; 5LJ5 e; 5GAN d; 5GAN 2; 1M8V A; 2YLC A; 1B34 A; 4A53 A; 4XU2 A; 5GAN h; 5GAN 4; 5GAO n; 5GMK l; 3JCM Q; 1I5L A; 3HFO A; 3RKX A; 4J6X A; 2I2L A; 4EMG A; 4XU0 A; 4JRI A; 2EJF A; 4PJO G; 4XTV A; 4F7U A; 4M7A E; 4M78 A; 1KQ2 A; 4RCB A; 1YCY A; 3RKY A; 4C92 E; 5GMK j; 1U1T A; 3V7S A; 2EWN A; 4M77 G; 2FYK A; 3V8L A; 1Y96 B; 4C92 A; 4M7A F; 4A54 A; 4NOY A; 4WF2 A; 5GAN 7; 4M75 D; 4C8Q F; 5GAN 8; 3JB9 G; 5GAO l; 4JUV A; 3HSB A; 4XQ3 A; 5GAN g; 5GAN 3; 3V7R A; 3EFR A; 4M7D F; 2FB7 A; 2DTO A; 1D3B A; 4MMK A; 2RA2 A; 2E65 A; 4XTW A; 4XTY A; 1X01 A; 3BW1 A; 3RUX A; 4M78 E; 3BFM A; 3BY7 A; 3PGG A; 5GAM h; 3JCM V; 2DXU A; 4EMH A; 1H64 1; 1Y96 A; 4QVD A; 2EAY A; 3FIF A; 4DQ2 A; 1WPY A; 4JRK A; 4M78 G; 4Y91 A; 1WQW A; 4M7A G; 4PJO E; 1I4K 1; 4M77 F; 3JB9 I; 4C8Q G; 5I21 A; 4JLI A; 5LJ3 e; 2YLB A; 4C8Q D; 2DZ9 A; 5GMK h; 1D3B B; 4F7U F; 5LJ3 g; 4N0A C; 1HXD A; 1WQ7 A; 4M75 A; 5GAN 6; 3JCM P; 4PJO F; 4M7D D; 2EJ9 A; 4M78 D; 4PJO A; 1TH7 A; 5GAN j; 3SWN A; 1HK9 A; 2E41 A; 3HFN A; 3SB2 A; 3JCM J; 1U1S A; 2YHT A; 3FB9 A; 4M7D C; 1LNX A; 5LJ3 d; 3FJP A; 4M77 A; 4C92 C; 2VXF A; 5GAO m; 4QVC A; 5GAN f; 4J6W A; 2VXE A; 5LJ5 g; 4M7D G; 2DZC A; 4M75 E; 5LJ5 h; 1N9R A; 5GMK e; 2JN0 A; 5LJ5 j; 5GMK i; 3JCM X; 2Y90 A; 4M75 G; 3V8K A; 5GAO q; 3JB9 F; 2DJZ A; 3QUI A; 4M7D E; 4PJO B; 1N9S A; 2DEQ A; 2DTH A; 4C8Q A; 4OP0 A; 4NL2 A; 4XTX A; 3VU3 C; 2E10 A; 3QO3 A; 2RD1 A; 4X9D A; 4C8Q C; 4M77 B; 4HT8 A; 2HNI A; 3RKW A; 4XU1 A; 2E1H A; 3QSU A; 3JCM b; 4F7U E; 3JCM W; 3GIB A; 4M7A A; 3JCM h; 3JCM e; 2CGH A; 1JRI A; 5LJ5 f; 5GAM d; 4J5Y A; 4C8Q E; 5GAO r; 4X9C A; 2RM4 A; 1BIA A; 4M75 B; 5GMK m; 4J6Y A; 4XU3 A; 4EMK B; 3JB9 D; 4M7D A; 4PJO D; 4M7A C; 3SWN B; 5GAM j; 1LOJ A; 4M78 C; 3JCM d; 4V2S A; 2K57 A; 3QHS A; 3RER A; 4EMK C; 2RB6 A; 4M77 D; 4M75 C; 5GAN 5; 1I8F A; 3M4G A; 2DVE A; 4N0A A; 4M7A B; 3EFS A; 3JCM c; 3RES A; 5GAM e; 5LJ3 f; 5DY9 A; 1I81 A; 2DXT A; 2QTX A; 4C92 B; 5CAI A; 2DKG A; 4PNO A; 3JCM g; 5GAO p; 3JCM f; 4EMK A; 4C92 G; 4M7D B; 2EJG A; 1BIB A; 1KQ1 A; 3RIR A; 4C92 F; 1JBM A; 5GAM g; 4NL3 A; 3JB9 J; 4XTZ A; 4HT9 A; 3V8J A; 1B34 B; 4C8Q B; 1WNL A; 1MGQ A; 3L2Z A; 4M77 E; 5LJ5 d; 3BDU A; 2VC8 A; 3V7C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3G6E T; 1I07 A; 4C92 D; 3H0H A; 1GXI E; 4ZN1 A; 1B07 A; 3OYD A; 1D0X A; 2I0N A; 4Y28 E; 1YHQ Q; 4JJC A; 4DBF A; 1XQH A; 4OB2 B; 4J6X A; 2I2L A; 1VQO A; 4EMG A; 1OU8 A; 2ROT A; 1A0N B; 1Q7Y C; 1UGQ B; 2JOY A; 4A63 B; 4C5E A; 3E9F A; 1K9M R; 4QVZ A; 1IXD A; 5GAN g; 4OMQ A; 2X9H A; 5FW9 A; 1CKA A; 2DTO A; 2KYB A; 2ZPH B; 1PRM C; 3GP8 A; 3IQL A; 4KUI A; 1OZ3 A; 3NTK A; 2D0Q B; 1NPR A; 4HCK A; 1ZBJ A; 3X28 B; 2LT4 A; 4RTT A; 2QTV A; 1OOT A; 1TH7 A; 3L2W A; 3HKS A; 3JCM J; 2O88 A; 3FB9 A; 1ZA2 B; 3G7Z A; 2PUO B; 5GAO m; 2ZPG B; 4JZ4 A; 2BZX A; 2JTE A; 1WHK A; 2G6F X; 4RG2 A; 1OX8 A; 2P0P A; 4PJO B; 1YN8 A; 2LCL A; 3VS0 A; 2HEQ A; 4OB3 B; 1UJY A; 2RI2 A; 4X34 A; 1V76 A; 1VYU A; 2KRM A; 4RTV A; 4NS5 A; 2J6K A; 1ZHI A; 4RUG A; 4F16 A; 1WYX A; 2EIF A; 2YUP A; 3LH0 A; 4IIM A; 2R58 A; 3QDF A; 4DA4 A; 3JB9 D; 1QVF P; 3L2R A; 1LOJ A; 4D6W A; 3O5Z A; 2E6N A; 3MEA A; 1AWO A; 5L23 A; 2CRE A; 2KY9 A; 1RAG B; 1UG1 A; 1WNL A; 1KQS S; 4E7H A; 3L1A A; 3X24 B; 3JB9 H; 1QLY A; 3CCS A; 5FU6 C; 5GAN 4; 5GAO n; 1VQ6 T; 4EIK A; 2DXC A; 4KH1 B; 1RAD B; 1B7T A; 1UGR B; 1YCS B; 3CC2 Q; 4M78 A; 4RCB A; 1RL2 A; 5ECA A; 1VQ8 A; 3J7A F; 4NOY A; 2AZS A; 1NJI U; 1NEG A; 3CC4 Q; 1IO6 A; 3OYL A; 2CP0 A; 2F2V A; 3I56 A; 3VS2 A; 2F2X A; 2COY A; 3BW1 A; 3PGG A; 4B9X A; 3EG3 A; 3VKI A; 1X43 A; 2HBP A; 3OMG A; 2OAW A; 3VRZ A; 7AT1 B; 1NZ9 A; 3ZBD A; 2K5L A; 4PJM A; 5GAN j; 2OTL A; 1GBQ A; 3CME T; 3CCU A; 1NLP C; 5GAN f; 4N4H A; 2OX7 A; 2BKD N; 1VQ4 Q; 2MCN A; 2DEQ A; 2B8A A; 2HMA A; 1ZQ1 A; 4C8Q C; 4C0G A; 3RKW A; 1SRL A; 4II1 A; 2QAS A; 3CCE A; 3GIB A; 4BY6 C; 3JCM h; 3EG0 A; 3JCM e; 1KK7 A; 2FZG B; 4C8Q E; 5GAO r; 1VQ6 Q; 2X51 A; 1M90 U; 1YJW A; 5IN1 A; 2IG0 A; 3JCM d; 4Y92 A; 2L5Q A; 2JVV A; 4B6M A; 1M2V A; 1GCP A; 5DY9 A; 5CAI A; 2E5K A; 2Z0W A; 3EH1 A; 1I0C A; 4HT9 A; 1RAI B; 2VGN A; 1ZSZ A; 2IIM A; 1VQN A; 1QQJ A; 4F7U B; 5IXB A; 1BI2 A; 3H0I A; 3OQ5 A; 1D09 B; 5LJ5 e; 1M1G A; 5CKH A; 3CCE Q; 4XU2 A; 1VQK Q; 3EG9 A; 3JCM Q; 5AYF A; 3L2Q A; 5FU7 C; 5KYY B; 3CME Q; 2CKK A; 4FW2 A; 3GNG A; 4RKU E; 4ELZ C; 3O8V A; 3LGF A; 1K9M C; 5DM7 R; 3HSB A; 4JUV A; 3G6E A; 2JT4 A; 1VIF A; 5GAN 3; 4BUG A; 4M7D F; 4LD9 K; 3OS2 A; 2E65 A; 2CZ6 B; 3OW2 A; 1GFD A; 1PKT A; 5KE3 A; 4HCC A; 4OVA A; 1IZ6 A; 1U06 A; 4Q5W A; 5LJ3 g; 2SRC A; 4AFQ C; 2RJE A; 3SFM A; 2PU9 B; 2GF7 A; 2XDP A; 2DBM A; 2O4X B; 1FYN A; 1SSH A; 2K9G A; 2RNA A; 1QCN A; 1VQN T; 1YFN A; 2DZC A; 4JDS A; 1N9R A; 3CPW S; 2PNI A; 1SRM A; 1YIT T; 2EPD A; 3M54 A; 3TSZ A; 1N9S A; 2EKH A; 3CC2 A; 3JV3 A; 5HY6 A; 4AFS C; 2M02 A; 4BY6 B; 4F7U E; 5LL6 S; 1BI3 A; 3DB3 A; 1IHW A; 3AT1 B; 1UHC A; 1D1C A; 4V2S A; 1RAB B; 3CCV A; 2BE7 D; 3BDL A; 4LN2 A; 3M4G A; 2E3H A; 1LPL A; 3RES A; 3CC7 A; 1TUD A; 2EYY A; 2SEM A; 1N27 A; 3CMA A; 1VQM A; 2ENM A; 4C92 F; 1Q7Y R; 2K3Y A; 3RMS A; 1YIJ A; 2EKO A; 4FM4 B; 2D8H A; 2DTI A; 4LD6 A; 4RTZ A; 4J8O A; 1ZUU A; 3GNF B; 3I35 A; 4EDU A; 2KRS A; 4A4G A; 4DEX A; 3HFO A; 5FWC A; 1K1Z A; 3GF5 A; 3RKX A; 4LUE A; 1S1N A; 2QQS A; 4XTV A; 3CQT A; 1YJN Q; 1U1T A; 2CZ0 B; 3PVL A; 3HRT A; 2VUB A; 5GAN 7; 3CCJ A; 1R77 A; 2QXF A; 2RQU A; 4XQ3 A; 1OPL A; 3V7R A; 5IHN A; 2E6Z A; 3GPL A; 2H3E B; 1PD0 A; 2AKL A; 2QQR A; 3CXC P; 4BE0 A; 4QVD A; 5FU6 B; 4GY5 A; 1KG1 A; 3ZEH A; 2DIQ A; 4ME7 A; 1VYV A; 3SHW A; 5GJV B; 1E6H A; 4O6J A; 4CI0 C; 4CC7 A; 3SWN A; 2LZ6 B; 3QII A; 1LNX A; 3HRU A; 4LDV A; 1Q81 U; 5CVI A; 2XG8 D; 1ZUY A; 5LJ5 h; 3G71 T; 1C1A A; 1QKX A; 3QUI A; 2KXC A; 1JB0 E; 1NEB A; 4LDU A; 2LDM A; 4BD3 A; 1K8A R; 4XTX A; 3EGX B; 3R6O A; 1XNI A; 1IRX A; 3RMQ A; 3R6N A; 3DLL A; 4DOV A; 4E47 A; 3JSC A; 5M9O A; 3JCM W; 1UGP B; 3L42 A; 4RG8 A; 4MDX A; 2O9S A; 4M75 B; 4M7D A; 1BU1 A; 2EW3 A; 2JW4 A; 2YUN A; 3GBQ A; 2JMC A; 2KT1 A; 1I5O B; 4M75 C; 3JCM c; 5GAN 5; 5KYX B; 4M7A B; 1M2O A; 2YXY A; 4PLI A; 1D1A A; 2M9U A; 4KT0 E; 4C0D B; 5KH6 A; 2EYZ A; 2OTJ A; 3RIR A; 1VQK T; 4JS5 A; 1VIE A; 4FT2 A; 2JNG A; 4Z8A A; 4XTU A; 4M77 C; 3MET A; 2LJ3 A; 4IUU A; 4RTY A; 1M5Q 1; 1WJR A; 1ZSG A; 2LQN A; 1VYT A; 1VQ9 T; 3INZ A; 4A4E A; 2DRM A; 3QPH A; 2HZY A; 4VUB A; 2CP6 A; 2DET A; 3TVT A; 3OA6 A; 5FRO A; 2EJF A; 1BCO A; 2ZPF B; 2PVD B; 4RMO A; 4QQG A; 2KMT A; 2CUB A; 2KBT A; 4CC4 B; 3CCL T; 2DD5 A; 2M51 A; 3EFR A; 2E4H A; 2FB7 A; 4GBQ A; 5D6W A; 4EPC A; 4ZTJ A; 2VV5 A; 4OMP A; 4J83 A; 1VQO T; 3MEV A; 3JB9 I; 2RQW A; 3QYH B; 3CCM T; 4F7U F; 3MP1 A; 4J9E A; 3G71 Q; 3M0T A; 3PVQ A; 1KHC A; 2K3X A; 1T0H A; 4FIB A; 2LQK A; 2ESW A; 1U1S A; 2KE9 A; 2D1X A; 4C92 C; 2HD0 A; 1OV3 A; 2DD4 A; 4IUR A; 1MV3 A; 4LXC A; 1W1F A; 3JB9 F; 2DJZ A; 3PT9 A; 1AWJ A; 1XJW B; 2XHC A; 1AHJ B; 2RHX A; 1QWF A; 4XU1 A; 4ZGD B; 5HCK A; 4M7A A; 4ELY C; 2CGH A; 2QG9 B; 3VS5 A; 2DEU A; 2DIL A; 1W6X A; 1TOV A; 3EG1 A; 2CH4 A; 2QK0 A; 2LQ8 A; 4M78 C; 3KBG A; 3BE3 A; 3THK A; 2LT1 A; 2QGF B; 4JJB A; 2LVM A; 3M0R A; 2HCK A; 5KYN A; 2A08 A; 2ZAE A; 2RHY A; 4CC2 A; 2K2V A; 1K0S A; 2QYZ A; 1HJD A; 3D7S B; 1D1B A; 2RK1 A; 3LH5 A; 3S6W A; 3I5S A; 4C0F A; 1KHI A; 3RBB B; 3CPW P; 3OYG A; 3VRY A; 5CCA A; 4B9W A; 2HKN A; 3I55 Q; 3VYH B; 1Q86 R; 4R0K A; 4HVW A; 2LJ0 A; 1NBE B; 3E19 A; 3V7S A; 1ZX6 A; 1AD5 A; 3CD6 Q; 1H3H A; 4HKE A; 1M3A A; 1G2B A; 2IVW A; 1BI0 A; 2NYS A; 2RA2 A; 8AT1 B; 2CS7 A; 1T3S A; 2QEX T; 3JCM V; 2LJ1 A; 2RQT A; 2EAY A; 4JS4 A; 1WPY A; 3OYE A; 4M7A G; 4JLI A; 4KRT A; 4N0A C; 2DXB A; 5KYW A; 4M78 D; 4PLL A; 3CCJ Q; 1C0M A; 2Y4Y A; 5LJ3 d; 1QVF A; 2OTL T; 4M7D G; 2RQR A; 2YRD A; 3ZFJ A; 5KE2 A; 2L3S A; 2EGA A; 2XD0 A; 2EVR A; 1YP5 A; 3PMI A; 2CP7 A; 1VQN Q; 2L8D A; 3OYA A; 1IB8 A; 1KD1 R; 1PHT A; 3M56 A; 3X26 B; 4AG2 C; 1K76 A; 2NUT B; 1VQM Q; 3OBY A; 3HPW A; 1JU5 C; 2NUP A; 3LW5 E; 2A0F B; 2RB6 A; 3CC7 Q; 3NGP A; 5KCH A; 3CXC S; 1ARK A; 1OI1 A; 3J81 E; 2HAX A; 3M0S A; 2A36 A; 1QVP A; 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2CT3 A; 2PUK B; 3V8J A; 4GLK A; 1NM7 A; 3QJY A; 1M2V B; 2MI6 A; 2D9T A; 1PD1 A; 1H8K A; 3EHR A; 4A4H A; 1M8V A; 2M16 A; 4A53 A; 1U5S A; 2FPE A; 3KFV A; 2CSQ A; 4F7U A; 1TWB A; 2QEX Q; 2EYW A; 1VQ4 T; 3RKY A; 5CO7 A; 2CDT A; 2FL7 A; 2NUZ A; 1Y96 B; 1KD1 C; 1S72 Q; 2RJC A; 1OEB A; 3C12 A; 1TTH B; 4MMK A; 4PKC C; 3HTR A; 1YIJ T; 5GAM h; 2B86 A; 1O9S A; 1M4Z A; 2CP2 A; 1W2B A; 2DPP B; 1UEC A; 3X25 B; 4AG1 C; 1WQW A; 3I55 A; 5LJ3 e; 2YLB A; 3I56 Q; 1KC8 C; 1KC8 R; 5FRM A; 1AZE A; 3F70 A; 3UWN A; 1VQ5 A; 5GAN 6; 2XDB A; 2AKK A; 4FCY A; 1HK9 A; 2KNB B; 1GBR A; 3OSV A; 5EG2 A; 2L0A A; 4J6W A; 2VXE A; 4M75 E; 3VYG A; 2JN0 A; 3EG2 A; 4J9C A; 5GMK i; 3C4S A; 2MPX C; 3OYN A; 2EGE A; 1DJ7 B; 5GJW B; 2JZ2 A; 1VQL T; 1ZA1 B; 2E10 A; 2YWW A; 4FL6 A; 1S72 A; 2RJF A; 1X6G A; 4C0Z A; 1PG5 B; 3JCM b; 2GQI A; 2RHI A; 3A8L B; 4A4F A; 2RM4 A; 2K5F A; 2KR3 A; 2CH4 W; 3FDR A; 3PIO A; 2M1H A; 1RAE B; 4E7L A; 4PFZ A; 1PRL C; 1F1B B; 3MP8 A; 2WSF E; 2OTJ T; 1V1C A; 2O2O A; 3NTI A; 2EJG A; 4OMF B; 4PK4 A; 3OBW A; 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