3JR6A

Sequential reorganization of beta-sheet topology by insertion of a single strand
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
170
structure length
170
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Sequential reorganization of beta-sheet topology by insertion of a single strand.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 53
structure length 170
sequence length 170
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3jr6A00
3SN6R 4W56A 1D3NA 1OVHA 1C6GA 1JQUA 1QTHA 2B6WA 161LA 260LA 3HU9A 1L65A 186LA 1L20A 3HUKA 164LA 1PQJA 1CV0A 1L10A 1KS3A 1DYAA 1LI3A 1OWYA 2RH1A 1G0QA 1QUHA 1L89A 259LA 3L2XA 1DYCA 2LCBA 2LZMA 4ARMA 1L06A 4ZPUA 3HTGA 4I7QA 1L54A 1CV5A 4GBRB 2OE4X 1L12A 1LYIA 3HDEA 3DKEX 190LA 2B6XA 152LA 1G1VA 1L62A 3DMZA 1L74A 3GUMA 1L42A 2B70A 1D3FA 3HUAA 1L32A 3OE9A 248LA 1PQMA 182LA 4W57A 200LA 7LZMA 2B74A 1SX2A 102LA 144LA 4PJZA 1L47A 1L30A 3PBLA 113LA 1CU3A 1C64A 131LA 239LA 1ZURA 1C61A 1G0JA 1L55A 1D3JA 156LA 1L11A 2F47A 1XJTA 188LA 4AQNA 2A4TA 3FI5A 1CX7A 1OYUA 1C6JA 1P2LA 1D2WA 2O7AA 1I6SA 1L05A 195LA 225LA 2ANXA 2OE9X 3CDQA 3C8SA 3SB9A 1P2RA 216LA 3HH6A 1LYEA 1L99A 1L41A 243LA 172LA 129LA 4ARQA 146LA 170LA 1L44A 3LZMA 2O79A 244LA 183LA 221LA 4I7OA 1DYGA 3VW7A 137LA 1L94A 3C7WA 1SWZA 1C69A 3GUIA 3G3VA 197LA 1L50A 3NY8A 1P37A 163LA 1L46A 4EKSA 1L60A 109LA 3CDVA 4EPFA 1L71A 3G3XA 1L21A 1L36A 3GUPA 1L23A 1TLAA 215LA 189LA 1EPYA 1L07A 1OVKA 238LA 1G0MA 241LA 245LA 1L90A 1C62A 125LA 3F9LA 173LA 3HTDA 157LA 1C65A 253LA 5LZMA 2B72A 122LA 3EMLA 1C6NA 1LWKA 103LA 3DN8A 3DMXA 1D3MA 219LA 2RB0X 184LA 178LA 1P56A 1L86A 242LA 3OE6A 3SBAA 3SB5A 3UONA 1L39A 4ARLA 3DN6A 3NY9A 2B7XA 1OV7A 3NYAA 199LA 3C81A 1C66A 1P64A 1L31A 4I7KA 3F8VA 1L34A 174LA 1LGWA 261LA 256LA 1QT8A 1L52A 1PQIA 1C6PA 4EJ4A 4LDEA 3K2RA 4EKPA 2HUKA 257LA 4I7MA 1L88A 3HT8A 1L87A 3PDSA 2OU8A 4ARPA 234LA 108LA 1QT5A 1B6IA 222LA 1L18A 1C6QA 206LA 1L16A 3CDRA 1L96A 130LA 1L64A 251LA 1G0LA 240LA 139LA 3C82A 254LA 2RBRA 198LA 1PQOA 1C67A 1KY1A 171LA 209LA 151LA 1QTCA 1L49A 2HUMA 3HT9A 1P6YA 4I7TA 142LA 1L93A 119LA 1L26A 3CDTA 1T8AA 1C6AA 1C68A 1JTMA 128LA 1L73A 138LA 2QB0B 118LA 1QTBA 3HH3A 4W55A 1L98A 2RAYX 123LA 3OE8A 1QTZA 1LWGA 147LA 1L27A 3DNAA 1XJUA 1P3NA 175LA 3GULA 1L67A 2RBPA 1QSQA 1KY0A 1L77A 2B6YA 2HULA 4EPIA 1LPYA 2OTZX 1PQKA 159LA 1QT7A 1L61A 1CU6A 2IGCA 1CV4A 104LA 3SB7A 1LI6A 210LA 231LA 3GUOA 1C6TA 1T97A 3FADA 4EKQA 3L64A 1JTNA 2RBQA 4OO9A 205LA 3GUKA 3HWLA 232LA 1L33A 1L63A 4DAJA 4GRVA 250LA 228LA 3DN2A 1LYJA 3C7YA 4W58A 1L03A 1L25A 1L59A 237LA 2B73A 141LA 1P7SA 1G1WA 1C6BA 1CUPA 1L85A 160LA 185LA 4DJHA 2O4WA 1L08A 1C6DA 3DN4A 1CVKA 1QTDA 2LC9A 2Z6BA 1G0KA 149LA 1G06A 162LA 1SWYA 4LDLA 143LA 1C60A 1QT6A 140LA 252LA 158LA 4I7RA 120LA 218LA 3G3WA 1CUQA 1C6HA 1L56A 1L29A 1L22A 1T6HA 1QUDA 1L01A 1G0PA 176LA 1KW7A 224LA 181LA 1L72A 1L97A 1L70A 3SBBC 1L84A 1P36A 255LA 1ZYTA 4YXAC 3SB8A 1L14A 4W52A 1L15A 1L83A 1L82A 167LA 4W51A 2ANVA 1L24A 2F2QA 2QARC 3ODUA 127LA 169LA 1WTHA 1SSYA 1LGXA 2NTHA 1C6IA 1L48A 2F32A 1CV1A 3HU8A 1G07A 235LA 2RB1X 1SX7A 213LA 150LA 1QUOA 1L45A 1L81A 1L53A 1LYFA 2RAZX 4S0WA 3C80A 1C6KA 2RBSA 1C63A 247LA 4IAPA 229LA 1D9WA 166LA 1T8FA 2OEAX 2RBOA 201LA 3OE0A 1L04A 4EXMA 1L02A 1SSWA 187LA 1QS9A 4I7SA 1LYDA 1PQDA 1QSBA 1LI2A 1NHBA 3FA0A 4EKRA 1L95A 4W53A 3HH5A 3C83A 1L09A 220LA 1CU2A 212LA 1P5CA 3JR6A 3DMVA 1T8GA 110LA 107LA 4LDOA 3RZEA 230LA 2B6ZA 4ARQB 155LA 1CU5A 1L13A 4LZMA 1L91A 226LA 1LLHA 4YX7C 1QS5A 2CUUA 1KW5A 1CU0A 3C8QA 3HH4A 214LA 3CDOA 196LA 1D2YA 2RBNA 1L37A 1OVJA 4I7PA 3HT6A 3V2WA 217LA 180LA 1OWZA 2OE7X 3HT7A 1QT4A 2RB2X 3GUJA 3HTFA 1L51A 1C6EA 4DKLA 1L76A 2Q9DA 223LA 1L17A 177LA 4E97A 2Q9EA 191LA 1L28A 4ARJA 1C6LA 3DN1A 3QAKA 2L78A 168LA 1LYGA 2B75A 3HTBA 1CTWA 1L92A 227LA 262LA 3RUNA 4YXCA 1L79A 1L68A 1L66A 1G0GA 6LZMA 4I7NA 165LA 233LA 1L69A 1K28A 236LA 4W54A 1LW9A 1L75A 4I7LA 3D4SA 1L0JA 1OV5A 3GUNA 1KNIA 249LA 2OU9A 1CV6A 1L43A 111LA 1DYEA 3C8RA 4PK0A 3DN3A 1CV3A 148LE 1ZWNA 1C6FA 1L57A 114LA 1L38A 1DYFA 1L58A 2OTYX 1L00A 1CX6A 4I7JA 4K5YA 2NTGA 1L19A 126LA 1P46A 1QTVA 3SB6A 1L40A 1L0KA 115LA 112LA 1L35A 1LYHA 1C6CA 1L80A 1QT3A 258LA 1XEPA 211LA 3HUQA 1QUGA 3DN0A 192LA 1LGUA 4ARMB 3V2YA 1C6MA 1DYBA 4W59A 3HDFA 5I14A 2B6TA 246LA 3C7ZA 145LA 1DYDA 2OU0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6GA 4ML7A 4PRUA 2WARA 260LA 3HUKA 4NSIA 3WPJA 5KXMA 1L10A 5LA8A 3W6CA 4ET9A 4IJ4A 1OWYA 1IP3A 3HTGA 4NG8A 2XTHA 4ANRA 3HDEA 3DKEX 1G1VA 1QTKA 4ETEA 5LIOA 1L74A 3E3DA 4P2EA 4WLYA 3OE9A 4B1AA 1GFUA 4J1BA 1JEFA 1SX2A 4RW2A 2HU1A 1GB5A 3PBLA 113LA 4J7VA 5HMJA 4TSBA 1LZCA 4NFVA 131LA 5KJ9A 1L55A 1UIBA 2F47A 1XJTA 1IO5A 2BQKA 2O7AA 1GAZA 1LYSA 1LMNA 1GE2A 3WMKA 3WYHA 3HH6A 2DQIY 1L99A 1GD6A 243LA 172LA 4ARQA 1XEJA 1L44A 244LA 4I7OA 3VW7A 4WMGA 1D0LA 1GFRA 1L94A 1CKHA 1LMTA 1LZ9A 2YBHA 5KXOA 1ZVYB 163LA 1W6ZA 1L46A 2ZQ4A 4EKSA 4WM4A 1L71A 2NWDX 3G3XA 3RU5A 5K7OA 2DQHY 3GUPA 1JSEA 3KAMA 4H9BA 2G4NA 1ZMYL 1L07A 1OVKA 238LA 1G0MA 5I4XA 1LHMA 1HFZA 2ZNXY 157LA 1REZA 5KKIA 1IWWA 4UWNA 1C6NA 1LWKA 3TXHA 1OUHA 5IHGA 2RB0X 1P56A 3OE6A 3SBAA 2H5ZA 3DN6A 3NY9A 1LSPA 3C81A 4H9EA 4I7KA 1LZRA 3F8VA 261LA 2PC2A 4LT1A 5LVHA 1YIKA 4LYZA 1XEKA 3CB7A 4EKPA 1LZ6A 257LA 133LA 5KY1A 4N0JA 5FSTA 4ARPA 234LA 2ZIKA 1CKFA 1LJEA 3B0OA 1NDMC 4NHTA 4UWVA 4DD9A 4GCBA 3CDRA 130LA 251LA 1A4VA 5LAFA 240LA 5KXKA 2BQBA 1GB9A 1PQOA 171LA 5J7CA 2Q0MX 4TUNA 151LA 2MEDA 1WVVA 4WM6A 1HEQA 1L93A 3CDTA 4W94A 3WU7A 1C68A 1NMMA 128LA 1L73A 2QB0B 4D9ZA 1JWRA 1L98A 123LA 1UCOA 3OE8A 1QTZA 1LWGA 5B1GA 2XQOA 1SQ2L 2VB1A 3DNAA 4FDYA 1XJUA 2LZTA 2RBPA 1GFEA 1LPYA 1GFVA 1QT7A 159LA 3K3TA 1QDTA 3SB7A 1LI6A 210LA 4NGWA 3FADA 1JTNA 4GCCA 2RBQA 1L63A 5L3IA 3HBEX 228LA 1GE4A 1LHJA 4J0LA 1HSWA 4W58A 1L03A 2HEBA 1L25A 1LZ8A 1YROA 2ZWBA 1IP6A 1C6BA 2RSCA 1L85A 160LA 4DJHA 2DBTA 5HNLA 4YOPA 1CVKA 1QTDA 1WVUA 2Z6BA 1TBYA 1G06A 1UIGA 3QY4A 1DI4A 1HENA 158LA 5B1FA 218LA 4H1PA 4B4IA 1G0PA 176LA 4HTKA 4DD7A 1KW7A 4GN5C 181LA 3WUMA 4ZEEA 1LSDA 3SBBC 1JIYA 4H92A 1L84A 1XSFA 255LA 3TXKA 1L14A 5C6LA 2BQCA 4XN6A 2F2QA 2QARC 169LA 1LSFA 1B7SA 1IORA 2NTHA 1DPWA 4OWBA 2D91A 1INUA 2Z2FA 1LZGA 4WLDA 1EQ4A 1L53A 3N9EA 4NGVA 1OUAA 5B59A 5I53A 1C63A 1GB0A 2F2NA 4WM2A 1EQ5A 1LJJA 4QY9A 4O34A 1FBIX 4EXMA 1L02A 1AKIA 4CJ2A 2MEBA 4NGJA 4NGKA 1IIZA 4HTNA 1SLYA 4EKRA 4WM5A 4W53A 1GFJA 2HEEA 212LA 3IWRA 3J4GA 3RZEA 6LYZA 1LLHA 4YX7C 1QS5A 1CU0A 1RCMA 1ZVHL 1L37A 1YILA 1LHLA 4BADA 1T6VL 1RFPA 1LZEA 1UA6Y 2Z18A 1WQNA 4CFOA 1LSNA 1QT4A 3GUJA 4NSHA 3HTFA 4RDSA 5APDA 1YAMA 1LZNA 4RLNA 3GXKA 1GHLA 191LA 4ARJA 1LJHA 3A95A 1LJGA 5DM9A 1BHZA 262LA 1IOQA 3RW8A 5DN5A 1HFXA 4H91A 134LA 3D4SA 3GUNA 4N1EI 3W6BA 2CWIA 3CT5A 3ZVQA 2EQLA 4N8ZA 1C6FA 1L57A 1L58A 1BWIA 1CX6A 4WO6A 1REXA 4I7JA 4K5YA 6LYTA 3HFMY 3SB6A 1L40A 1YKYX 1C08C 115LA 4M4OA 1B5WA 4XJGA 1B2KA 3A92A 1QUGA 3CQLA 2FYDA 1HNLA 4NHQA 4H8ZA 3HDFA 4H9CA 1DYDA 2OU0X 1LSAA 3SN6R 1D3NA 5C6IA 1JQUA 3RNXA 2B6WA 4G4CA 1GFAA 1L20A 1GF3A 1KXWA 1BB4A 1CV0A 4J1AA 1NKHA 4EOFA 1LI3A 1QUHA 259LA 3FE0A 2IHLA 4ARMA 1JKDA 1GFKA 1CV5A 4GBRB 2OE4X 5FEKA 4B0DA 1JSFA 1LHKA 1D3FA 4QGZA 2F4GA 1DKJA 4KT3A 4G9SA 1GF9A 1PQMA 7LZMA 144LA 1I1ZA 4PJZA 1L47A 1C64A 2B5ZA 1GE0A 4AQNA 188LA 3AW6A 1OYUA 1HSXA 1GF0A 2Z19A 4B4JA 1I6SA 1HEPA 1L05A 2ANXA 2OE9X 3CDQA 3C8SA 3SB9A 3GXRA 3A8ZA 1LYEA 129LA 4IATA 146LA 4GN4A 183LA 2BQHA 3G3BB 3C7WA 4N9RA 1C69A 3GUIA 3G3VA 197LA 1L50A 1BGIA 2HEFA 3NY8A 2BQJA 1RJCB 4H90A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6G A;  4ML7 A;  4PRU A;  2WAR A;  260L A;  3HUK A;  4NSI A;  3WPJ A;  5KXM A;  1L10 A;  5LA8 A;  3W6C A;  4ET9 A;  4IJ4 A;  1OWY A;  1IP3 A;  3HTG A;  4NG8 A;  2XTH A;  4ANR A;  3HDE A;  3DKE X;  1G1V A;  1QTK A;  4ETE A;  5LIO A;  1L74 A;  3E3D A;  4P2E A;  4WLY A;  3OE9 A;  4B1A A;  1GFU A;  4J1B A;  1JEF A;  1SX2 A;  4RW2 A;  2HU1 A;  1GB5 A;  3PBL A;  113L A;  4J7V A;  5HMJ A;  4TSB A;  1LZC A;  4NFV A;  131L A;  5KJ9 A;  1L55 A;  1UIB A;  2F47 A;  1XJT A;  1IO5 A;  2BQK A;  2O7A A;  1GAZ A;  1LYS A;  1LMN A;  1GE2 A;  3WMK A;  3WYH A;  3HH6 A;  2DQI Y;  1L99 A;  1GD6 A;  243L A;  172L A;  4ARQ A;  1XEJ A;  1L44 A;  244L A;  4I7O A;  3VW7 A;  4WMG A;  1D0L A;  1GFR A;  1L94 A;  1CKH A;  1LMT A;  1LZ9 A;  2YBH A;  5KXO A;  1ZVY B;  163L A;  1W6Z A;  1L46 A;  2ZQ4 A;  4EKS A;  4WM4 A;  1L71 A;  2NWD X;  3G3X A;  3RU5 A;  5K7O A;  2DQH Y;  3GUP A;  1JSE A;  3KAM A;  4H9B A;  2G4N A;  1ZMY L;  1L07 A;  1OVK A;  238L A;  1G0M A;  5I4X A;  1LHM A;  1HFZ A;  2ZNX Y;  157L A;  1REZ A;  5KKI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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