The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
172
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sequence length |
490
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structure length |
490
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Chain Sequence |
MALQFTLNQDAPASAAVDCIVVGAFADKTLSPAAQALDSASQGRLTALLARGDVAGKTGSTTLLHDLPGVAAPRVLVVGLGDAGKFGVAPYLKAIGDATRALKTGAVGTALLTLTELTVKARDAAWNIRQAVTVSDHAAYRYTATLGKKKVDETGLTTLAIAGDDARALAVGVATAEGVEFARELGNLPPNYCTPAYLADTAAAFAGKFPGAEAEILDEAQMEALGMGSLLSVARGSANRPRLIVLKWNGGGDARPYVLVGKGITFDTGGVNLKTQGGIEEMKYDMCGGATVIGTFVATVKAELPINLVVVVPAVENAIDGNAYRPSDVITSMSGKTIEVGNTDAEGRLILCDALTYAERFNPEALVDVATLTGACMVALGHQTAGLMSKHDDLANELLAAGEHVFDRAWRLPLWDEYQGLLDSTFADVYNIGGRWGGAITAGCFLSRFTENQRWAHLDIAGVASDEGKRGMATGRPVGLLTQWLLDRAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Leucyl Aminopeptidase (pepA) from Xoo0834,Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331
rcsb |
| molecule keywords |
Probable cytosol aminopeptidase
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Xanthomonas oryzae pv. oryzae
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| total genus |
172
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| structure length |
490
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| sequence length |
490
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.4.11.1: Leucyl aminopeptidase. |
| pdb deposition date | 2009-09-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00883 | Peptidase_M17 | Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain |
| A | PF02789 | Peptidase_M17_N | Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 | Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2C6C A; 1PCA A; 2PCU A; 5CPA A; 4NJQ A; 4OC2 A; 3V45 A; 3N5F A; 2XEJ A; 3B3V A; 3LMS A; 4MMO A; 2C6G A; 3SIG A; 4UIA A; 2ZEM A; 2ZEP A; 3PB4 X; 4DYO A; 5DS0 A; 3QNV A; 1VIX A; 2VRI A; 3S9N A; 3H8F A; 1YD9 A; 3FVL A; 4IHM A; 3D7D A; 4MHY A; 1RTQ A; 1VHE A; 2RFH A; 1Z2L A; 4YU9 A; 1CX8 A; 1PYT B; 2AFO A; 1ZG8 A; 2BFR A; 5E3B A; 1SPV A; 3T8W A; 3GPG A; 4ZX9 A; 4Z65 A; 1FNO A; 4P4J A; 2GRE A; 2HB6 A; 1BLL E; 5HVF A; 1ZLI A; 4R8F A; 2JBK A; 3Q71 A; 3PFO A; 5D8N A; 3PB6 X; 4J5Q A; 2I3C A; 1TKJ A; 3S9L A; 1TF8 A; 3H8E A; 4MHZ A; 1YW4 A; 4J5R A; 2V8H A; 2PJ5 A; 1LAN A; 2PJ4 A; 3RBU A; 3FEE A; 3KR5 A; 5JM6 A; 4LQG A; 1R43 A; 3VAR A; 3IEH A; 3EWO A; 4OID A; 7CPA A; 4D86 A; 2CTC A; 3BHX A; 2V8V A; 2FXK A; 5J1Q A; 4AXV A; 2EK8 A; 1LAP A; 1XFO A; 1YW6 A; 4P4I A; 1ELL P; 1R3N A; 1YSJ A; 5LYI A; 3NH5 A; 2XD7 A; 1Y0Y A; 2GLJ A; 1GYT A; 3PRT A; 2AFZ A; 3FX6 A; 3SII A; 2BOA A; 3EJG A; 3L2N A; 3SJF A; 4UF4 A; 4EFD A; 4KYB A; 3WC7 A; 4NGQ A; 5CMS A; 4RUH A; 5ELY A; 1HDU A; 5K8P A; 5DUS A; 4ZI6 A; 5F09 A; 3DLJ A; 4IAV A; 4MCQ A; 4ETJ A; 2QYV A; 1TY8 A; 3WT4 A; 4P10 A; 3PEI A; 5HIH A; 3HLP A; 1HEE A; 1TKH A; 4OKO A; 1VGY A; 3TX8 A; 2VL1 A; 3B3S A; 4GVW A; 3D4U A; 1ZG7 A; 2PE3 A; 5FSY A; 4NGN A; 4GUA A; 2PJ7 A; 2Q43 A; 4O23 A; 2JEW A; 3B3W A; 2ZEL A; 1QQ9 A; 4UEE A; 5FSV A; 4F9V A; 4NGM A; 5K8M A; 1TXZ A; 4A94 A; 4EME A; 3IFE A; 3IO1 A; 4UML A; 3VH9 A; 2WZN A; 1ELM P; 2IQ6 A; 6CPA A; 1LFW A; 3GUX A; 2PJ8 A; 4A37 A; 3B2Y A; 3SI2 A; 3VFQ A; 2ZOF A; 3FF3 A; 4EWT A; 3I1U A; 4K0C A; 2GLF A; 2OR4 A; 5HOL A; 5LRJ A; 4ZX8 A; 4YWY A; 1Z8L A; 3PBE A; 2IJZ A; 2GU2 A; 3VAT A; 3ISX A; 3EW5 A; 4GVV A; 1UWY A; 2NYQ A; 2QVP A; 1KWM A; 2ACF A; 2EEE A; 5LYL A; 4BD9 A; 2PJB A; 3RAM A; 2ZEO A; 2CTB A; 1VHU A; 4UEF A; 3V38 A; 4DUK A; 4F9U A; 3H8G A; 1ARL A; 2CF4 A; 2PJ9 A; 2IMO A; 1ZG9 A; 1M4L A; 4MCR A; 1NJR A; 2LGR A; 4PQA A; 1ZR5 A; 1CG2 A; 4ABK A; 2OOT A; 2XEG A; 5LRG A; 5LRK A; 1HJZ A; 5CBM A; 1TF9 A; 5THW A; 1F2O A; 1YLO A; 4NGR A; 4G1P A; 4NGP A; 1XBU A; 1ARM A; 3IIF A; 2ZEN A; 3NFZ A; 4P45 A; 5HVG A; 1QMU A; 1XJO A; 4UIB A; 4TWE A; 2AFC A; 1H8L A; 4WJB A; 3EWP A; 4R6T A; 4JLL A; 1TXR A; 2AFX A; 3B3C A; 4X3R A; 3SJG A; 3KGQ A; 3EKE A; 4IQY A; 1ZLH A; 3MRU A; 4W9Y A; 4ZY2 A; 4OIW A; 4JVV A; 3PB7 X; 5FSU A; 1AYE A; 4MRI A; 3D7G A; 4NGT A; 2O53 A; 2ABZ A; 2BO9 A; 3S9M A; 2WYR A; 4P4F A; 1XMB A; 4P44 A; 1LCP A; 2CIJ A; 3ETI A; 2DEA A; 3NH8 A; 4X8I A; 1IGB A; 4X2T A; 4JZ0 A; 3GLJ A; 4PPZ A; 3KR4 A; 4OP4 A; 3PBB A; 2PJ6 A; 3B7I A; 3K9T A; 2ZEG A; 3FED A; 2HC9 A; 4MHN A; 3TC8 A; 4DJL A; 1IY7 A; 4MCS A; 4FAI A; 4P4E A; 3JRU A; 1VHO A; 3D7F A; 3KQX A; 8CPA A; 1AMP A; 1DTD A; 2AFW A; 4JYW A; 2ZEH A; 3SJE A; 2ZOG A; 3KAS A; 1LAM A; 2PJ1 A; 5JGF A; 1CBX A; 3NH4 A; 5AIL A; 2PIZ A; 3CDX A; 2AFM A; 2PVV A; 1FT7 A; 3MN8 A; 3IID A; 3B35 A; 2ANP A; 2O4H A; 2FAV A; 4ZY0 A; 4FUU A; 5IB9 A; 4PXD A; 4J5S A; 2JBJ A; 2V77 A; 2ZED A; 3KI9 A; 4WWV A; 1F57 A; 2PJC A; 2PRQ A; 4MCP A; 4NJR A; 4Q7A A; 4OME A; 1CP7 A; 2PJ2 A; 3KQZ A; 1Z5R A; 2ZEF A; 2C6P A; 3GB0 A; 3IWW A; 2EWB A; 2F7V A; 3FH4 A; 1Q7L A; 2QJ8 A; 2PJA A; 4R7M A; 4K3N A; 2X47 A; 4OC3 A; 2L8R A; 3PFE A; 3CPX A; 4TU0 A; 3D7H A; 3V2B A; 5LYF A; 3K2K A; 1Y0R A; 3KHZ A; 1NSA A; 4ZYQ A; 3B3T A; 5LYD A; 3CT9 A; 2PIY A; 2J9A A; 2DX6 A; 4ESS A; 1BAV A; 5HVH A; 4PXB A; 4MXU A; 3V7Z A; 2BFQ A; 3JZT A; 4FWU A; 3WAB A; 3LWU A; 1CPS A; 2C1C A; 4MHP A; 3SJX A; 3SIJ A; 4OC1 A; 2BCO A; 2V8D A; 3GQO A; 4P4D A; 4H2K A; 3GPO A; 3KZW A; 4A39 A; 1CPX A; 3PB9 X; 4PXC A; 3Q6Z A; 1BPM A; 3D67 A; 4A38 A; 3KHX A; 1F2P A; 3FEC A; 3D68 A; 2Q4Z A; 3PB8 X; 1LOK A; 5FSX A; 2AFU A; 4TNU A; 3BI0 A; 3RZA A; 4NFR A; 1Y7E A; 3BI1 A; 3WC5 A; 3DGV A; 1OBR A; 3ISZ A; 3WC6 A; 2PVW A; 3GQE A; 3FJU A; 3IJ3 A; 4J4Z A; 1YME A; 3EJF A; 4R76 A; 3FMC A; 5I4M A; 4OC5 A; 3CPA A; 4IK2 A; 2RB7 A; 4OC0 A; 2NSM A; 3IC1 A; 4JCA A; 1DE4 C; 5D29 A; 4GM5 A; 3EWQ A; 3EWR A; 4JGK A; 4OC4 A; 2Q51 A; 2PJ3 A; 1TKF A; 3SIH A; 5K8O A; 3D66 A; 4P6Y A; 2EK9 A; 4PXE A; 2XEF A; 2AFS A; 5CB3 A; 1EE3 P; 4UEZ A; 1CP6 A; 4FBE A; 5FSZ A; 4KSI A; 2PJ0 A; 5JH9 A; 2F8H A; 4CPA A; 4NGS A; 4B6Z A; 3HUV A; 4P4B A; 4F8Z A; 2FG1 A; 1XRY A; 2G9D A; 3GPQ A; 4ONW A; 4ZY1 A; 4ETK A; 1JQG A; 3IIB A; 3BXM A; 5CB5 A; 4ABL A; 5HXD A; 1ZR3 A; 5K8N A; 2FVG A; 2ZEE A; 3NA6 A; 2POK A; 3KL9 A; 3SI1 A; 3SI0 A; 2V8G A; 1BPN A; 1HDQ A; 2XEI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YGW A; 2C6C A; 1PCA A; 2PCU A; 5CPA A; 1I12 A; 4NJQ A; 5HH1 A; 4OC2 A; 3V45 A; 3N5F A; 2P0W A; 2XEJ A; 3B3V A; 3LMS A; 4MMO A; 2GAN A; 1J4J A; 3GYA A; 3IWG A; 2C6G A; 3OWC A; 4CS0 B; 3SIG A; 4UIA A; 2ZEM A; 4B11 A; 2ZEP A; 4UWI A; 3PB4 X; 4DYO A; 4KSF A; 2JZF A; 5DS0 A; 3QNV A; 1VIX A; 2J8M A; 3NE8 A; 3TOB A; 2VRI A; 3S9N A; 1UFH A; 3H8F A; 1YD9 A; 1S7L A; 2IL4 A; 3FVL A; 4CGO A; 2P6G A; 2ZW7 A; 4IHM A; 3D7D A; 4MHY A; 1RTQ A; 1VHE A; 2RFH A; 1Z2L A; 4YU9 A; 1CX8 A; 5AG7 A; 1PYT B; 4KVX A; 5A27 A; 4PK3 A; 2AFO A; 1ZG8 A; 2BFR A; 5E3B A; 2CY2 A; 4R9M A; 4MFJ A; 4XPD C; 1SPV A; 3T8W A; 3GPG A; 4ZX9 A; 2DPT A; 2ARH A; 1FNO A; 4Z65 A; 5G1Z A; 4P4J A; 2GRE A; 2HB6 A; 1BLL E; 5HVF A; 5KTA A; 4ORF A; 4CAF A; 2FXF A; 1KUX A; 1ZLI A; 4R8F A; 2JBK A; 4C68 A; 3TT2 A; 1M4D A; 3CXP A; 4PSW A; 3PZJ A; 3Q71 A; 3PFO A; 5D8N A; 3PB6 X; 4M6G A; 4NSQ A; 2OH1 A; 4J5Q A; 4KOV A; 2I3C A; 3MGD A; 1CM0 A; 1TKJ A; 3S9L A; 3RYO A; 1TF8 A; 2EO8 A; 3H8E A; 4MHZ A; 3IWE A; 4BBH A; 2JZD A; 1YW4 A; 4J5R A; 2V8H A; 2PJ5 A; 4R3K A; 4KOY A; 1LAN A; 4LX9 A; 2PJ4 A; 4KOX A; 3RBU A; 2ZPA A; 1Z4R A; 3FEE A; 3GY9 A; 3KR5 A; 2GIV A; 4R87 A; 5C88 A; 4LQG A; 5JM6 A; 1R43 A; 1XEB A; 3VAR A; 3IEH A; 1YLE A; 3EWO A; 4ZGY B; 4OID A; 2B3V A; 5AG4 A; 7CPA A; 4D86 A; 4XPL A; 2CTC A; 3BHX A; 1SQH A; 2FIW A; 2AJ6 A; 2FXK A; 2V8V A; 5J1Q A; 3S6K A; 4PV6 A; 5G21 A; 1S7F A; 2J8R A; 1B87 A; 3S6F A; 4AXV A; 2EK8 A; 1LAP A; 3JVN A; 1XFO A; 1XIX A; 1YW6 A; 2QIR A; 4P4I A; 1ELL P; 1R3N A; 4QB9 A; 3QAY A; 1JWQ A; 1YSJ A; 5LYI A; 3NH5 A; 2XD7 A; 1Y0Y A; 1YK3 A; 2GLJ A; 3G8W A; 2G3A A; 1GYT A; 1Q2Y A; 3PRT A; 3BJ7 A; 2AFZ A; 1QSR A; 3FX6 A; 3SII A; 3F5B A; 2BOA A; 3EJG A; 3L2N A; 1YX0 A; 4U5Y A; 3SJF A; 4UF4 A; 2Z3M A; 4EFD A; 4KYB A; 4LUA A; 3WC7 A; 4NGQ A; 1YQE A; 2K5T A; 5CMS A; 4M6H A; 2ATR A; 4RUH A; 5I0C A; 1TIQ A; 5ELY A; 3TO7 A; 1HDU A; 2D4P A; 4HNY B; 3ZJ0 A; 5K8P A; 3H4Q A; 4LQ6 A; 4YFJ A; 2GE3 A; 5DUS A; 4JWP A; 4YGO A; 4ZI6 A; 1MK4 A; 4L8A A; 2VQY A; 2HQY A; 4UA3 A; 4UCN A; 4AVA A; 5F09 A; 2JDC A; 4CGN A; 2B58 A; 4F0X A; 3CXQ A; 3S6G A; 3DLJ A; 4A32 A; 4IAV A; 3EC4 A; 1Q2C A; 5GCN A; 1S5K A; 4MCQ A; 4MY0 A; 4ETJ A; 2QYV A; 3D3S A; 3GKR A; 4KOW A; 3F8K A; 1TY8 A; 3WT4 A; 4P10 A; 3PEI A; 3SHP A; 5HIH A; 1P4N A; 3HLP A; 5BWA B; 1HEE A; 1TKH A; 2Q4Y A; 2VXK A; 4OKO A; 4JXQ A; 1VGY A; 2ODF A; 2BEI A; 4UFV A; 3TX8 A; 4A30 A; 4CRZ B; 2VL1 A; 3B3S A; 4GVW A; 3D4U A; 1ZG7 A; 4DNC A; 1QSM A; 1Y9K A; 4UCP A; 5J8F A; 4XPK A; 2PE3 A; 5FSY A; 4NGN A; 4AG7 A; 4GUA A; 2X7B A; 4RS2 A; 2OU2 A; 2Q4V A; 2PJ7 A; 2B4D A; 2Q43 A; 4KVO E; 4O23 A; 4A31 A; 1MJB A; 2JEW A; 3B3W A; 2ZEL A; 2VZY A; 4CGP A; 1PUA A; 1QQ9 A; 4UEE A; 5FSV A; 4F9V A; 1YRE A; 4NGM A; 5AG6 A; 5IX3 A; 5IB9 A; 1VHS A; 5K8M A; 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