3JVJA

Crystal structure of the bromodomain 1 in mouse brd4
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
MGSTNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the Dual Bromodomains of the P-TEFb-activating Protein Brd4 at Atomic Resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Signaling protein
source organism Mus musculus
total genus 39
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3jvjA01
4ZQLA 5CQ6A 2YQDA 5I89A 4YH4A 2G4AA 3U5OA 4O71A 4HXNA 5FB0A 4O75A 4TT6A 2R0VA 4YATA 4NYXA 4PCIA 3JVJA 3UV4A 5LVRA 5I29A 5E9VA 4YY4A 2YYNA 5CUCA 4IR6A 5HM0A 3MQMA 4QR4A 4YC9A 5A5OA 4LDFA 2DKWA 4Z93A 5F1HA 2E3KA 3TLPA 5H1TA 5CUAA 4NS5A 5L97A 1ZS5A 2OUOA 2WP1A 5DLXA 2YEKA 3JVLA 4A9KA 5IBNA 5HELA 3UV5A 5I83A 5I7XA 2L85A 4PTBA 5EPRA 3LJWA 5EPSA 4IOQA 4TQNA 2L84A 3DWYA 3K2JA 4HXRA 5A5SA 4GPJA 5LKZA 4WIVA 5EM3A 3U5NA 5FB1A 4CUUA 2E7OA 5C85A 5FH8A 3MB3A 4HBXA 4NR9A 5E74A 5CS8A 4O7FA 5CUGA 3O34A 5E9MA 4IR5A 2RO1A 4UIVA 5TB6A 4YABA 4Z1QA 4QUUA 3UV2A 5L8TA 4LYWA 4NUEA 3AQAA 5HQ7A 4YK0A 4MENA 5C89A 5HJCA 4MEOA 5FE0A 5D3JA 5E7DA 4QR5A 5F63A 4LYIA 3U5LA 4MR5A 4QUTA 5DYUA 4YY6A 5IGNA 2RFJA 4HXKA 2DVQA 4N3WA 4BW2A 4HXMA 4MR4A 5HLSA 2YDWA 2F6NA 5FE8A 5I7YA 3MB4A 4YBMA 4QSUA 5FH6A 5L98A 4X2IA 2R0SA 5ENHA 5H1VA 4OUFA 4MEQA 5CQ8A 4A9FA 5DLZA 5DW1A 5L99A 4YYNA 1X0JA 3Q2FA 4CLBA 5FG4A 5HQ6A 4KV1A 5F36A 4PY6A 4QSPA 4QEUA 5F5ZA 4N4FA 4LYSA 4RVRA 5G4RA 5HFRA 4QEVA 5II1A 5F61A 5E9IA 3DAIA 5DBMA 3SVFA 5IIDA 2RNYA 4QNSA 5ENGA 4NYWA 4CUSA 5I1QA 5E9LA 4E96A 5CUDA 3LQIA 5CQ7A 5A5NA 4KV4A 4ALGA 4UYEA 2GRCA 5DYAA 4J1PA 5EVAA 5AD3A 5HEMA 3G0LA 4YYJA 4O72A 4ZC9A 3JVMA 4UYFB 5EWHA 4XY9A 5ENFA 5LVQA 3D7CA 2RNWA 3MUKA 5CQAA 2E7NA 4HBWA 4ZW1A 5BT5A 3P1DA 4HBYA 5FFYA 4TZ8A 4TT4A 4KCXA 5FE1A 4A9MA 4J3IA 4UYHA 3P5OA 4Z1SA 2I7KA 2OSSA 4A9EA 5EWDA 5EP7A 4HXLA 5IGKA 2YELA 5II2A 4TS8A 4QY4A 2DVRA 4O78A 5HCLA 5CGPA 2I8NA 5D25A 4YH3A 4IORA 5I80A 4NR7A 5EWVA 3Q2EA 4QC3A 4QSQA 4NRCA 4CURA 3QZSA 1WUMA 5D3PA 5LKUA 3P1FA 1F68A 4YYGA 4YBSA 1WUGA 5LJ1A 3O35A 4PS5A 4Y03A 5ETBA 5AMEA 5JI8A 2RNXA 3HMHA 3MULA 3LXJA 5D26A 4A9OA 5ENJA 3NXBA 4OGIA 1N72A 3SVGA 5LJ2A 5A5PA 5DYCA 5E9YA 4CFKA 4XY8A 5LKXA 4UIYA 4QSTA 5F3AA 5JWMA 4FLPA 5EPBA 4LR6A 4YADA 5C87A 5HFQA 5EV9A 5HQ5A 5I88A 2MJVB 4LZSA 4CFLA 5FE5A 3RCWA 5ENBA 4NUDA 2NXBA 4LC2A 4MR6A 5D3RA 5FE6A 4TU4A 3UVYA 5FE7A 5FE4A 4Z6HA 4O74A 4F3IA 4YAXA 5CP5A 5KO4A 5I40A 4WHWA 5CUBA 5D7XA 4QBMA 5BT4A 4NRBA 5DFDA 5CRMA 2D9EA 4QB3A 4NUCA 2FSAA 5DYXA 5HRWA 5DFCA 4A9IA 5CQ5A 1E6IA 4NYVA 4UIUA 3AADA 5A5QA 4QC1A 5EWCA 2D82A 5KTXA 4NRAA 4PCEA 4TTEA 3ONIA 2WP2A 5EGUA 5A82A 4N4IA 4BW1A 3SVHA 5DX4A 4C66A 4YYHA 5EK9A 5F1LA 4UIZA 5DKHA 4NXJA 4O77A 5IG6A 3U5PA 3U5JA 3P1CA 4IOOA 2OO1A 2N9GA 2RI7A 2YW5A 4NR4A 2DVSA 3QZVA 4BHWA 4BW3A 4TU6A 4AKNA 5A7CA 5IGLA 3I3JA 5E3DA 4QYLA 4ALHA 3LQJA 3GG3A 4HXPA 2DWWA 5EQ1A 3O33A 4TYLA 4XYAA 5F60A 3S92A 4O7BA 5D3HA 5E3GA 5D0CA 5KTWA 5HENA 3IU6A 4O7AA 5ENEA 4NR6A 2R10A 3IU5A 4YYIA 4QSSA 5CTLA 5ETDA 5FG6A 3LQHA 4DONA 3JVKA 4Q0NA 5KHMA 4LZRA 5FH7A 5CRZA 5LKTA 5HRVA 4NR8A 2R0YA 4LZ2A 5EI4A 5EA1A 5DKCA 5FE2A 4CL9A 5J0DA 5KU3A 4J0SA 5CFWA 4HXSA 4UITA 4MEPA 5EICA 5CQ3A 4YYMA 3U5MA 4YBTA 5C8GA 4N4HA 5G4SA 4Z6IA 4CUTA 4N4GA 4Q0OA 5FFVA 4QSXA 5D3LA 5DY7A 4NR5A 5FDZA 4YYDA 5CQTA 4UYDA 3P1EA 4BJXA 4XUAA 3UVWA 3UVDA 4TZ2A 3O36A 5CZGA 3HMEA 5LJ0A 5KTUA 4BW4A 3MXFA 4LRGA 4A9HA 5CQ4A 4O7CA 4QEWA 5A5RA 3ZYUA 2L5EA 3UVXA 4PKLA 4A9NA 4QSWA 4MR3A 5TCMA 5E73A 5K29A 3QZTA 4UYFA 5FBXA 4YYKA 5D24A 4HBVA 5F25A 5DFBA 5AD2A 5L96A 4O76A 5D3TA 5A83A 2DVVA 5FFWA 2LSPB 5L8UA 4IR4A 5EISA 4UIXA 5F62A 4OGJA 3UW9A 5DKDA 3S91A 3G0JA 5FE9A 5HRXA 5A85A 1JM4B 4A9JA 5A81A 4QSRA 5EU1A 4NQNA 5D3NA 2H60A 4O7EA 4WHUA 4C67A 5ENCA 5BT3A 4IR3A 5DW2A 5ACYA 4QYDA 5E9KA 5FG5A 5FE3A 5I86A 5H85A 5EWWA 4QR3A 3O37A 2DATA 5IGMA 4TT2A 4A9LA 4QZSA 4J0RA 4HXOA 4CUPA 5COIA 5LUUA 5D3SA 4NQMA 5AMFA 3U5KA 5H1UA 5E0RA 5CUEA 5C4QA 4QSVA 5CY9A 2KTBB 5C7NA 4UIWA 5CPEA 4UYGA 3HMFA 2RS9B 3FKMX 4XUBA 5ENIA 4CUQA 2F6JA 5CU8A 2YEMA 5F2PA 1JSPB 1EQFA 4O70A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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