3JXHC

Ca-like domain of human ptprg
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
Knots found
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
PYWAYSGAYGPEHWVTSSVSCGGRHQSPIDILDQYARVGEEYQELQLDGFDNESSNKTWMKNTGKTVAILLKDDYFVSGAGLPGRFKAEKVEFHWGHSNGSAGSEHSINGRRFPVEMQIFFYNPDDFDSFQTAISENRIIGAMAIFFQVSPRDNSALDPIIHGLKGVVHHEKETFLDPFVLRDLLPASLGSYYRYTGSLTTPPCSEIVEWIVFRRPVPISYHQLEAFYSIFTTESVEYLRNNFRPQQRLHDRVVSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Cell adhesion
molecule keywords Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
publication title The protein tyrosine phosphatases PTPRZ and PTPRG bind to distinct members of the contactin family of neural recognition molecules.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 70
structure length 257
sequence length 263
other databases KnotProt 2.0: K +31
ec nomenclature ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date 2009-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 3jxhC00
5BRWA 2QO8A 1G53A 3ML5A 3MNHA 5SZ7A 1CZMA 5FL4A 1KWRA 1BCDA 4RUZA 5FLTA 5FDCA 1CNYA 4Z1KA 3KLDB 4Q0LA 5FLPA 2FMZA 1RAYA 4LHIA 1TTMA 3RG4A 4HEZA 4RUYA 4YX4A 4KNNA 1HEBA 3M96A 5FLRA 3GZ0A 3S8XA 4KUVA 4Z0QA 2NXSA 4E9OX 3DD8A 1CINA 2EU2A 3M5SA 3IBIA 3M1KA 1TG9A 4TWLA 5AMGA 4QJXA 3MNKA 5G03A 4PXXA 1KOPA 4R5BA 5JESB 2W2JA 2NMXA 4XFWA 1HECA 1YO0A 1G45A 1OQ5A 3ZP9A 4CNWA 1RZDA 1I91A 3UYNA 3OKVA 1G4OA 2X7TA 3C7PA 1V9IC 1FSNA 4ITOA 4FRCA 4K0TA 1DCAA 3M2YA 3MHLA 1TE3X 2NWZA 3SAPA 3V7XA 3M98A 1FQRA 3OIKA 1CAHA 4KNJA 4PZHA 3NJ9A 4ZWXA 7CA2A 3CZVA 1IF8A 5DOGA 1FQMA 5SZ4A 3BL1A 4RN4A 3IEOA 2FNNA 4QK1A 4UOVA 1ZFKA 5DSNA 3TVNX 3UYQA 1G4JA 1OKMA 4RFCA 1CVCA 1XEGA 3P58A 4XZ5A 3R16A 1ZNCA 2WEJA 3DV7A 5AMLA 4KNIA 1A42A 4G0CA 5JG3B 3M2NA 1MUAA 3DCWA 3DD0A 3D93A 4ZWZA 3MNUA 1CCTA 3S78B 1H4NA 3MDZA 1ZFQA 3U45X 1BZMA 1OKLA 3S72B 3HKUA 1BNUA 3PJJA 4HEYA 4Z1NA 5C8IA 4FPTA 1RJ6A 1CVEA 5EOIA 2FMGA 5AMDA 1ZGFA 1UGEA 3M1QA 9CA2A 4QK2A 5FNMA 12CAA 3Q31A 4MLXA 1KOQA 5A25A 5L6KA 3T5UA 1HEAA 1CVFA 4KP8A 4WUPA 2FNMA 3V5GA 1FQLA 2NXRA 3D92A 1G54A 1UGDA 3W6IA 3DAZA 3S97A 3FW3A 2FW4A 4FL7A 1DMYA 2HL4A 5EH7A 1EOUA 3N2PA 1ZSAA 3DBUA 5FLQA 3RYXB 4YGLA 5A6HA 3S9TA 3MNIA 4Q8ZA 4Q7VA 5FNLA 2H4NA 4JSWA 4L5VA 8CA2A 2AX2A 5CLUA 5FL6A 3IBUA 3V3JA 3M67A 5EHVA 2CBAA 1CA3A 3HKQA 5BRUA 1CNXA 5SZ6A 4ZX1A 2HOCA 3MHIA 3P55A 3S77B 1CANA 1J9WA 1FR4A 2ILIA 1BN4A 1G0EA 1XEVA 4Z1EA 3NI5A 1CNGA 5DSLA 3U7CA 1TG3A 3MWOA 3T84A 3DC3A 3MMFA 2POVA 3S76A 5E28A 3P5LA 3DCCA 2FOQA 4R5AA 5DSKA 1YO1A 4K13A 1IF9A 2GD8A 1DMXA 1CNCA 1LZVA 3N3JA 3NB5A 1IF4A 3F4XA 1RZCA 4Q8YA 3T83A 3HFPA 5DSPA 1H9NA 1I9MA 2FOUA 1CAYA 3HS4A 6CA2A 2HNCA 4YXUA 1G1DA 5E5UA 1CAZA 2WEGA 3JXGA 4QJ0A 5CJFA 1JV0A 1JD0A 2EU3A 3BETA 5SZ1A 4Q78A 4K0ZA 4Q9YA 3KS3A 3P3JA 1IF6A 4QY3A 1G3ZA 3OKUA 3OILA 1G6VA 1HCAA 1G46A 4E3FA 2CBCA 1CALA 3EFIA 4MTYA 1TBTX 2NN7A 4WR7A 5FL5A 4XE1A 4E3DA 5EH5A 1RJ5A 2OSMA 3MNJA 4WUQA 5IPZA 1CAIA 4Q6DA 5FNHA 4XIWA 5FNIA 3M04A 4DZ9A 5CA2A 3MNAA 3MHMA 3VBDA 1TEQX 1Z9YA 1LG5A 1T9NA 4FVOA 5BNLA 3RGEA 1G52A 1XQ0A 2FOYA 4FU5A 5EHEA 3JXFA 4Q7WA 4RH2A 3M5TA 3MZCA 3CAJA 3PYKA 4Q09A 3R17B 2QP6A 2VVBX 1CNIA 1HUGA 5G0BA 3V3FA 3RG3A 3N0NA 4E3HA 4YGFA 3IAIA 2EZ7A 1BNQA 3KONA 4QJMA 5EHWA 5SZ5A 4IDRX 3DC9A 4JSZA 5E2NA 5J8ZA 3ZNCA 5HPJA 2CBBA 1I9PA 3DA2A 3RZ7A 3PO6A 4G7AA 1YO2A 5JDVB 3M40A 1FR7A 5DSOA 4M2RA 4MDLA 5FNKA 3RZ5A 1CNHA 4QEFA 3W6HA 4E5QA 2WEOA 3KWAA 4FVNA 1CAKA 3V3IB 3T85A 1UGGA 1BNNA 3BL0A 4K0SA 1TB0X 2CBDA 1URTA 4HBAA 1KEQA 3RYJB 5JEGB 3SBHA 3D0NA 3DVDA 4MDMA 3S71B 4DZ7A 4Y0JA 4QJWA 5JEHB 1CA2A 1YDAA 4Q90A 3V2MA 4YHAA 3U47A 3KKXA 2X7SA 1FSQA 3F7BA 1Z97A 3S73B 4QSAA 1I9OA 3M3XA 3SBIA 3N4BA 2Q38A 1BN3A 1UGFA 5E2KA 3RZ1B 3V2JA 3OYQA 4M2WA 2NN1A 4ZX0A 1RZAA 4GL1X 4XIXA 4COQA 4PYXA 1CAJA 1CNBA 1BN1A 1ZE8A 4RFDA 2HD6A 2ZNCA 2CA2A 4CQ0A 4WL4A 1CVDA 5FNGA 3F8EA 4KUYA 1CAOA 4KUWA 5DSMA 4KV0A 3FFPX 4Q87A 3T82A 2X7UA 3HLJA 1ZH9A 2NNVA 5DRSA 5JG5B 1F2WA 1CRMA 3DVCA 2IT4A 4M2VA 4QJOA 2NWOA 3S74B 4YYTA 4CNXA 1RZBA 2NWYA 1CCUA 4JS6A 4QSIA 3RZ8A 4QTLA 4E3GA 1CVAA 2HFWA 5FDIA 3SAXA 5FLOA 5E2RA 4QJPA 4E4AA 4MO8A 1BNMA 2CABA 5EKHA 4MDGA 5JEPB 4CNVA 1OKNA 3RYVB 4CNRA 4ETQC 4MLTA 5DSJA 3P3HA 4KNMA 3M14A 4Q8XA 4ILXA 3S75B 1CVHA 2FNKA 3RJ7A 1BNVA 1FSRA 4Q06A 2WD2A 4Q6EA 2GEHA 3T5ZA 3KNEA 4ITPA 3RYZA 1HVAA 1HUHA 4HF3A 4QK3A 3CA2A 2HKKA 1TH9A 4L5UA 2POUA 4Q7PA 4QSJA 3D9ZA 1KWQA 1UGBA 3EFTA 3U3AX 5G01A 5JGSB 1HEDA 5DVXA 5DSQA 3LXEA 3MHOA 3QYKA 5E2MA 5G0CA 3IGPA 1ZSBA 4YXIA 1G48A 2NWPA 4N0XB 1YDDA 1ZGEA 1Y7WA 5DSRA 2CBEA 1JCZA 3CYUA 3MYQA 3RLDA 3RZ0B 1I90A 4QIYA 1YDCA 4FIKA 3K2FA 2H15A 3HKTA 4Q99A 2QOAA 4BF6A 4PQ7A 3TVOX 3B4FA 3FE4A 1CAMA 4WW8A 1ZSCA 3B1BA 3DVBA 4K1QA 1CVBA 2NXTA 5EH8A 3P5AA 5E2SA 3M2XA 3IBLA 1BNWA 3OYSA 1CRAA 4LU3A 2NNSA 5E5RA 1RAZA 3F7UA 1LG6A 3M1JA 4N16A 4CACA 5DSIA 5L3OA 1CNKA 3DCSA 4X5SA 5CACA 4JSAA 1V9EA 2WEHA 5JQ0A 1TEUX 1H9QA 1XPZA 5FLSA 3KIGA 4IWZA 4KAPA 1LUGA 4YGJA 1G0FA 5SZ0A 3OIMA 4LP6A 4Q07A 1HCBA 3V3GB 2FOVA 4KP5A 1DCBA 2POWA 4JSSA 4RIVA 3MHCA 5JQTA 4ZWYA 1BNTA 1I8ZA 3K7KA 1LGDA 3V3HB 4Q08A 1AVNA 1BV3A 1IF5A 3KOKA 4QIZA 4CA2A 1BICA 1UGCA 1AZMA 4E49A 4M2UA 1I9LA 5SZ2A 3IBNA 2AW1A 2NNGA 4L5WA 4BF1A 4Z1JA 1RZEA 1FLJA 5DOHA 2F14A 4WW6A 1MOOA 1CIMA 3OY0A 5EKJA 4QSBA 3JXHC 4HU1A 2ABEA 3P44A 4BCWA 3RYYA 4HT0A 3L14A 4YGKA 4YXOA 4RUXA 4YVYA 1UGAA 4R59A 2Q1BA 4PYYA 4YWPA 1YDBA 1I9NA 1Z93A 5FNJA 5BYIA 3P4VA 4Q81A 5EIJA 1FQNA 2WD3A 5BRVA 1I9QA 5JGTB 1AM6A 4Q7SA 5EZTX 5LMDA 5SZ3A 1CNJA 1IF7A 4TWMA 3M2ZA 4C3TA 3M1WA 2OSFA 2FOSA 1CILA 3HKNA 3ML2A 4HEWA 4RIUA 4Q49A 4ZWIA 3TMJA 1THKA 3K34A 2NNOA 2Q1QA 4YGNA 3M5EA 4HT2A 1CCSA 5EKMA 1CNWA 3KOIA 4Q83A 4ZAOA 3D8WA 2O4ZA 2VVAX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5BRW A;  2QO8 A;  1G53 A;  3ML5 A;  3MNH A;  5SZ7 A;  1CZM A;  5FL4 A;  1KWR A;  1BCD A;  4RUZ A;  5FLT A;  5FDC A;  1CNY A;  4Z1K A;  3KLD B;  4Q0L A;  5FLP A;  2FMZ A;  1RAY A;  4LHI A;  1TTM A;  3RG4 A;  4HEZ A;  4RUY A;  4YX4 A;  4KNN A;  1HEB A;  3M96 A;  5FLR A;  3GZ0 A;  3S8X A;  4KUV A;  4Z0Q A;  2NXS A;  4E9O X;  3DD8 A;  1CIN A;  2EU2 A;  3M5S A;  3IBI A;  3M1K A;  1TG9 A;  4TWL A;  5AMG A;  4QJX A;  3MNK A;  5G03 A;  4PXX A;  1KOP A;  4R5B A;  5JES B;  2W2J A;  2NMX A;  4XFW A;  1HEC A;  1YO0 A;  1G45 A;  1OQ5 A;  3ZP9 A;  4CNW A;  1RZD A;  1I91 A;  3UYN A;  3OKV A;  1G4O A;  2X7T A;  3C7P A;  1V9I C;  1FSN A;  4ITO A;  4FRC A;  4K0T A;  1DCA A;  3M2Y A;  3MHL A;  1TE3 X;  2NWZ A;  3SAP A;  3V7X A;  3M98 A;  1FQR A;  3OIK A;  1CAH A;  4KNJ A;  4PZH A;  3NJ9 A;  4ZWX A;  7CA2 A;  3CZV A;  1IF8 A;  5DOG A;  1FQM A;  5SZ4 A;  3BL1 A;  4RN4 A;  3IEO A;  2FNN A;  4QK1 A;  4UOV A;  1ZFK A;  5DSN A;  3TVN X;  3UYQ A;  1G4J A;  1OKM A;  4RFC A;  1CVC A;  1XEG A;  3P58 A;  4XZ5 A;  3R16 A; 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